forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser2;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  56 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  57 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  58 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  59 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  60 import org.forester.msa.BasicMsa;
  61 import org.forester.msa.Mafft;
  62 import org.forester.msa.Msa;
  63 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  64 import org.forester.msa.MsaMethods;
  65 import org.forester.pccx.TestPccx;
  66 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  72 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  75 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  79 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  81 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  83 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  84 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  85 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  88 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  89 import org.forester.protein.Protein;
  90 import org.forester.rio.TestRIO;
  91 import org.forester.sdi.SDI;
  92 import org.forester.sdi.SDIR;
  93 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  94 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  95 import org.forester.sequence.Sequence;
  96 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  97 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  98 import org.forester.tools.SupportCount;
  99 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 100 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 101 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 102 import org.forester.util.BasicTable;
 103 import org.forester.util.BasicTableParser;
 104 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 105 import org.forester.util.ForesterConstants;
 106 import org.forester.util.ForesterUtil;
 107 import org.forester.util.GeneralTable;
 108 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 110 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 111 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 115 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 116
 117 @SuppressWarnings( "unused")
 118 public final class Test {
 119
 120     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 121     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 124     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 126                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 127     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 128     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 131     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 133                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 134
 135     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 136         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 137         return p;
 138     }
 139
 140     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 141         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 142     }
 143
 144     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 145         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 146     }
 147
 148     public static void main( final String[] args ) {
 149         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 150         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 151                 + "]" );
 152         Locale.setDefault( Locale.US );
 153         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 154         int failed = 0;
 155         int succeeded = 0;
 156         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 157         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 158             System.out.println( "OK.]" );
 159         }
 160         else {
 161             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 162             System.out.println( "Testing aborted." );
 163             System.exit( -1 );
 164         }
 165         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 166         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 167             System.out.println( "OK.]" );
 168         }
 169         else {
 170             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 171             System.out.println( "Testing aborted." );
 172             System.exit( -1 );
 173         }
 174         final long start_time = new Date().getTime();
 175         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 176         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 177             System.out.println( "OK." );
 178             succeeded++;
 179         }
 180         else {
 181             System.out.println( "failed." );
 182             failed++;
 183         }
 184         System.exit( 0 );
 185         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 186         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 187             System.out.println( "OK." );
 188             succeeded++;
 189         }
 190         else {
 191             System.out.println( "failed." );
 192             failed++;
 193         }
 194         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 195         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 196             System.out.println( "OK." );
 197             succeeded++;
 198         }
 199         else {
 200             System.out.println( "failed." );
 201             failed++;
 202         }
 203         System.out.print( "Basic node methods: " );
 204         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 205             System.out.println( "OK." );
 206             succeeded++;
 207         }
 208         else {
 209             System.out.println( "failed." );
 210             failed++;
 211         }
 212         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 213         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 214             System.out.println( "OK." );
 215             succeeded++;
 216         }
 217         else {
 218             System.out.println( "failed." );
 219             failed++;
 220         }
 221         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 222         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 223             System.out.println( "OK." );
 224             succeeded++;
 225         }
 226         else {
 227             System.out.println( "failed." );
 228             failed++;
 229         }
 230         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 231         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 232             System.out.println( "OK." );
 233             succeeded++;
 234         }
 235         else {
 236             System.out.println( "failed." );
 237             failed++;
 238         }
 239         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 240         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 241             System.out.println( "OK." );
 242             succeeded++;
 243         }
 244         else {
 245             System.out.println( "failed." );
 246             failed++;
 247         }
 248         System.out.print( "NH parsing: " );
 249         if ( Test.testNHParsing() ) {
 250             System.out.println( "OK." );
 251             succeeded++;
 252         }
 253         else {
 254             System.out.println( "failed." );
 255             failed++;
 256         }
 257         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 258         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 259             System.out.println( "OK." );
 260             succeeded++;
 261         }
 262         else {
 263             System.out.println( "failed." );
 264             failed++;
 265         }
 266         System.out.print( "NHX parsing: " );
 267         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 268             System.out.println( "OK." );
 269             succeeded++;
 270         }
 271         else {
 272             System.out.println( "failed." );
 273             failed++;
 274         }
 275         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 276         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 277             System.out.println( "OK." );
 278             succeeded++;
 279         }
 280         else {
 281             System.out.println( "failed." );
 282             failed++;
 283         }
 284         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 285         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 286             System.out.println( "OK." );
 287             succeeded++;
 288         }
 289         else {
 290             System.out.println( "failed." );
 291             failed++;
 292         }
 293         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 294         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 295             System.out.println( "OK." );
 296             succeeded++;
 297         }
 298         else {
 299             System.out.println( "failed." );
 300             failed++;
 301         }
 302         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 303         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 304             System.out.println( "OK." );
 305             succeeded++;
 306         }
 307         else {
 308             System.out.println( "failed." );
 309             failed++;
 310         }
 311         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 312         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 313             System.out.println( "OK." );
 314             succeeded++;
 315         }
 316         else {
 317             System.out.println( "failed." );
 318             failed++;
 319         }
 320         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 321         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 322             System.out.println( "OK." );
 323             succeeded++;
 324         }
 325         else {
 326             System.out.println( "failed." );
 327             failed++;
 328         }
 329         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 330         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 331             System.out.println( "OK." );
 332             succeeded++;
 333         }
 334         else {
 335             System.out.println( "failed." );
 336             failed++;
 337         }
 338         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 339         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 340             System.out.println( "OK." );
 341             succeeded++;
 342         }
 343         else {
 344             System.out.println( "failed." );
 345             failed++;
 346         }
 347         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 348         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 349             System.out.println( "OK." );
 350             succeeded++;
 351         }
 352         else {
 353             System.out.println( "failed." );
 354             failed++;
 355         }
 356         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 357         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 358             System.out.println( "OK." );
 359             succeeded++;
 360         }
 361         else {
 362             System.out.println( "failed." );
 363             failed++;
 364         }
 365         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 366         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 367             System.out.println( "OK." );
 368             succeeded++;
 369         }
 370         else {
 371             System.out.println( "failed." );
 372             failed++;
 373         }
 374         System.out.print( "Copying of node data: " );
 375         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 376             System.out.println( "OK." );
 377             succeeded++;
 378         }
 379         else {
 380             System.out.println( "failed." );
 381             failed++;
 382         }
 383         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 384         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 385             System.out.println( "OK." );
 386             succeeded++;
 387         }
 388         else {
 389             System.out.println( "failed." );
 390             failed++;
 391         }
 392         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 393         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 394             System.out.println( "OK." );
 395             succeeded++;
 396         }
 397         else {
 398             System.out.println( "failed." );
 399             failed++;
 400         }
 401         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 402         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 403             System.out.println( "OK." );
 404             succeeded++;
 405         }
 406         else {
 407             System.out.println( "failed." );
 408             failed++;
 409         }
 410         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 411         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 412             System.out.println( "OK." );
 413             succeeded++;
 414         }
 415         else {
 416             System.out.println( "failed." );
 417             failed++;
 418         }
 419         System.out.print( "Re-id methods: " );
 420         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 421             System.out.println( "OK." );
 422             succeeded++;
 423         }
 424         else {
 425             System.out.println( "failed." );
 426             failed++;
 427         }
 428         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 429         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 430             System.out.println( "OK." );
 431             succeeded++;
 432         }
 433         else {
 434             System.out.println( "failed." );
 435             failed++;
 436         }
 437         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 438         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 439             System.out.println( "OK." );
 440             succeeded++;
 441         }
 442         else {
 443             System.out.println( "failed." );
 444             failed++;
 445         }
 446         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 447         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 448             System.out.println( "OK." );
 449             succeeded++;
 450         }
 451         else {
 452             System.out.println( "failed." );
 453             failed++;
 454         }
 455         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 456         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 457             System.out.println( "OK." );
 458             succeeded++;
 459         }
 460         else {
 461             System.out.println( "failed." );
 462             failed++;
 463         }
 464         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 465         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 466             System.out.println( "OK." );
 467             succeeded++;
 468         }
 469         else {
 470             System.out.println( "failed." );
 471             failed++;
 472         }
 473         System.out.print( "Rerooting: " );
 474         if ( Test.testRerooting() ) {
 475             System.out.println( "OK." );
 476             succeeded++;
 477         }
 478         else {
 479             System.out.println( "failed." );
 480             failed++;
 481         }
 482         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 483         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 484             System.out.println( "OK." );
 485             succeeded++;
 486         }
 487         else {
 488             System.out.println( "failed." );
 489             failed++;
 490         }
 491         System.out.print( "Node removal: " );
 492         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 493             System.out.println( "OK." );
 494             succeeded++;
 495         }
 496         else {
 497             System.out.println( "failed." );
 498             failed++;
 499         }
 500         System.out.print( "Support count: " );
 501         if ( Test.testSupportCount() ) {
 502             System.out.println( "OK." );
 503             succeeded++;
 504         }
 505         else {
 506             System.out.println( "failed." );
 507             failed++;
 508         }
 509         System.out.print( "Support transfer: " );
 510         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 511             System.out.println( "OK." );
 512             succeeded++;
 513         }
 514         else {
 515             System.out.println( "failed." );
 516             failed++;
 517         }
 518         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 519         if ( Test.testGetLCA() ) {
 520             System.out.println( "OK." );
 521             succeeded++;
 522         }
 523         else {
 524             System.out.println( "failed." );
 525             failed++;
 526         }
 527         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 528         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 529             System.out.println( "OK." );
 530             succeeded++;
 531         }
 532         else {
 533             System.out.println( "failed." );
 534             failed++;
 535         }
 536         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 537         if ( Test.testGetDistance() ) {
 538             System.out.println( "OK." );
 539             succeeded++;
 540         }
 541         else {
 542             System.out.println( "failed." );
 543             failed++;
 544         }
 545         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 546         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 547             System.out.println( "OK." );
 548             succeeded++;
 549         }
 550         else {
 551             System.out.println( "failed." );
 552             failed++;
 553         }
 554         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 555         if ( Test.testDataObjects() ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "Properties map: " );
 564         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 565             System.out.println( "OK." );
 566             succeeded++;
 567         }
 568         else {
 569             System.out.println( "failed." );
 570             failed++;
 571         }
 572         System.out.print( "SDIse: " );
 573         if ( Test.testSDIse() ) {
 574             System.out.println( "OK." );
 575             succeeded++;
 576         }
 577         else {
 578             System.out.println( "failed." );
 579             failed++;
 580         }
 581         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 582         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 583             System.out.println( "OK." );
 584             succeeded++;
 585         }
 586         else {
 587             System.out.println( "failed." );
 588             failed++;
 589         }
 590         System.out.print( "GSDI: " );
 591         if ( TestGSDI.test() ) {
 592             System.out.println( "OK." );
 593             succeeded++;
 594         }
 595         else {
 596             System.out.println( "failed." );
 597             failed++;
 598         }
 599         System.out.print( "RIO: " );
 600         if ( TestRIO.test() ) {
 601             System.out.println( "OK." );
 602             succeeded++;
 603         }
 604         else {
 605             System.out.println( "failed." );
 606             failed++;
 607         }
 608         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 609         System.out.println();
 610         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 611             System.out.println( "OK." );
 612             succeeded++;
 613         }
 614         else {
 615             System.out.println( "failed." );
 616             failed++;
 617         }
 618         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 619         System.out.println();
 620         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 621             System.out.println( "OK." );
 622             succeeded++;
 623         }
 624         else {
 625             System.out.println( "failed." );
 626             failed++;
 627         }
 628         System.out.print( "GO: " );
 629         System.out.println();
 630         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 631             System.out.println( "OK." );
 632             succeeded++;
 633         }
 634         else {
 635             System.out.println( "failed." );
 636             failed++;
 637         }
 638         System.out.print( "Modeling tools: " );
 639         if ( TestPccx.test() ) {
 640             System.out.println( "OK." );
 641             succeeded++;
 642         }
 643         else {
 644             System.out.println( "failed." );
 645             failed++;
 646         }
 647         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 648         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 649             System.out.println( "OK." );
 650             succeeded++;
 651         }
 652         else {
 653             System.out.println( "failed." );
 654             failed++;
 655         }
 656         System.out.print( "Split Matrix: " );
 657         if ( Test.testSplit() ) {
 658             System.out.println( "OK." );
 659             succeeded++;
 660         }
 661         else {
 662             System.out.println( "failed." );
 663             failed++;
 664         }
 665         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 666         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 667             System.out.println( "OK." );
 668             succeeded++;
 669         }
 670         else {
 671             System.out.println( "failed." );
 672             failed++;
 673         }
 674         System.out.print( "Basic table: " );
 675         if ( Test.testBasicTable() ) {
 676             System.out.println( "OK." );
 677             succeeded++;
 678         }
 679         else {
 680             System.out.println( "failed." );
 681             failed++;
 682         }
 683         System.out.print( "General table: " );
 684         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 685             System.out.println( "OK." );
 686             succeeded++;
 687         }
 688         else {
 689             System.out.println( "failed." );
 690             failed++;
 691         }
 692         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 693         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 694             System.out.println( "OK." );
 695             succeeded++;
 696         }
 697         else {
 698             System.out.println( "failed." );
 699             failed++;
 700         }
 701         System.out.print( "General MSA parser: " );
 702         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 703             System.out.println( "OK." );
 704             succeeded++;
 705         }
 706         else {
 707             System.out.println( "failed." );
 708             failed++;
 709         }
 710         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 711         if ( Test.testFastaParser() ) {
 712             System.out.println( "OK." );
 713             succeeded++;
 714         }
 715         else {
 716             System.out.println( "failed." );
 717             failed++;
 718         }
 719         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 720         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 721             System.out.println( "OK." );
 722             succeeded++;
 723         }
 724         else {
 725             System.out.println( "failed." );
 726             failed++;
 727         }
 728         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 729         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 730             System.out.println( "OK." );
 731             succeeded++;
 732         }
 733         else {
 734             System.out.println( "failed." );
 735             failed++;
 736         }
 737         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 738         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 739             System.out.println( "OK." );
 740             succeeded++;
 741         }
 742         else {
 743             System.out.println( "failed." );
 744             failed++;
 745         }
 746         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 747         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 748             System.out.println( "OK." );
 749             succeeded++;
 750         }
 751         else {
 752             System.out.println( "failed." );
 753             failed++;
 754         }
 755         //----
 756         String path = "";
 757         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 758         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 759             path = "/usr/local/bin/mafft";
 760         }
 761         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 762             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 763         }
 764         else {
 765             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 766         }
 767         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 768             path = "mafft";
 769         }
 770         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 771             path = "/usr/local/bin/mafft";
 772         }
 773         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 774             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 775             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 776                 System.out.println( "OK." );
 777                 succeeded++;
 778             }
 779             else {
 780                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 781             }
 782         }
 783         //----
 784         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 785         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 786             System.out.println( "OK." );
 787             succeeded++;
 788         }
 789         else {
 790             System.out.println( "failed." );
 791             failed++;
 792         }
 793         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 794         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 795             System.out.println( "OK." );
 796             succeeded++;
 797         }
 798         else {
 799             System.out.println( "failed." );
 800             failed++;
 801         }
 802         System.out.println();
 803         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 804         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 805         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 806         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 807                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 808         System.out.println();
 809         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 810         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 811         System.out.println();
 812         if ( failed < 1 ) {
 813             System.out.println( "OK." );
 814         }
 815         else {
 816             System.out.println( "Not OK." );
 817         }
 818     }
 819
 820     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 821         try {
 822             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "MOUSE" ) ) {
 823                 return false;
 824             }
 825             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 826                 return false;
 827             }
 828             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 829                 return false;
 830             }
 831             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 832                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 833                 return false;
 834             }
 835             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 836                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 837                 return false;
 838             }
 839             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 840                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 841                 return false;
 842             }
 843             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 847                 return false;
 848             }
 849             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 850                     .equals( "RAT" ) ) {
 851                 return false;
 852             }
 853             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 854                     .equals( "RAT" ) ) {
 855                 return false;
 856             }
 857             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 858                     .equals( "RAT" ) ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 862                 return false;
 863             }
 864             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 868                 return false;
 869             }
 870             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 871                     .equals( "PIG" ) ) {
 872                 return false;
 873             }
 874             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 875                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 879                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 880                 return false;
 881             }
 882         }
 883         catch ( final Exception e ) {
 884             e.printStackTrace( System.out );
 885             return false;
 886         }
 887         return true;
 888     }
 889
 890     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 891         try {
 892             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 896             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 897                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 898             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 899                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 900             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 901                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 902             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 903                 return false;
 904             }
 905             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !n3.isExternal() ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !n3.isRoot() ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 921                 return false;
 922             }
 923         }
 924         catch ( final Exception e ) {
 925             e.printStackTrace( System.out );
 926             return false;
 927         }
 928         return true;
 929     }
 930
 931     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 932         try {
 933             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 934             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 935             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 936                                                               xml_parser );
 937             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 938                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 945             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 946             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 947             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 948             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( !t1.isRooted() ) {
 952                 return false;
 953             }
 954             if ( t1.isRerootable() ) {
 955                 return false;
 956             }
 957             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 961                 return false;
 962             }
 963             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 967                 return false;
 968             }
 969             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 973                 return false;
 974             }
 975             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 982                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 983                 return false;
 984             }
 985             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 986                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 993                 return false;
 994             }
 995             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1014                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1015                 return false;
1016             }
1017             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1018                 return false;
1019             }
1020             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1021                 return false;
1022             }
1023             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1024                 return false;
1025             }
1026             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1027                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1028                 return false;
1029             }
1030             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1031                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1032                 return false;
1033             }
1034             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1035                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1036                 return false;
1037             }
1038             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1039                     .equals( "experimental" ) ) {
1040                 return false;
1041             }
1042             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1043                     .equals( "function" ) ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1047                     .getValue() != 1 ) {
1048                 return false;
1049             }
1050             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1051                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1052                 return false;
1053             }
1054             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1055                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1056                 return false;
1057             }
1058             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1059                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1060                 return false;
1061             }
1062             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1063                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1064                 return false;
1065             }
1066             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1067                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1068                 return false;
1069             }
1070             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1071                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1072                 return false;
1073             }
1074             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1075                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1076                 return false;
1077             }
1078             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1079                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1080                 return false;
1081             }
1082             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1083                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1084                 return false;
1085             }
1086             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1087                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1088                 return false;
1089             }
1090             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1091                 return false;
1092             }
1093             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1094                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1095                 return false;
1096             }
1097             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1098                 return false;
1099             }
1100         }
1101         catch ( final Exception e ) {
1102             e.printStackTrace( System.out );
1103             return false;
1104         }
1105         return true;
1106     }
1107
1108     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1109         try {
1110             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1111             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1112             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1113                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1114             }
1115             else {
1116                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1117             }
1118             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1119                                                               xml_parser );
1120             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1121                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1122                 return false;
1123             }
1124             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1125                 return false;
1126             }
1127             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1128             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1129             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1130                 return false;
1131             }
1132             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1133             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1134                 return false;
1135             }
1136             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1137                 return false;
1138             }
1139             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1140                 return false;
1141             }
1142             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1146             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1147             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1148             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1161                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1165                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1169             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1170             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1171             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1172             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1176             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1192                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1193                 return false;
1194             }
1195             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1196                 return false;
1197             }
1198             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1199                 return false;
1200             }
1201             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1202                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1206                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1210                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1214                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1218                     .equals( "experimental" ) ) {
1219                 return false;
1220             }
1221             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1222                     .equals( "function" ) ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1226                     .getValue() != 1 ) {
1227                 return false;
1228             }
1229             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1230                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1231                 return false;
1232             }
1233             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1234                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1235                 return false;
1236             }
1237             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1238                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1239                 return false;
1240             }
1241             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1242                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1246                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1250                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1254                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1258                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1262                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1266                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1270                 return false;
1271             }
1272             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1273                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1283                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1290                 return false;
1291             }
1292             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1299                     .equals( "ncbi" ) ) {
1300                 return false;
1301             }
1302             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1303                 return false;
1304             }
1305             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1306                     .getName().equals( "B" ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1310                     .getFrom() != 21 ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1317                     .getLength() != 24 ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1321                     .getConfidence() != 2144 ) {
1322                 return false;
1323             }
1324             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1325                     .equals( "pfam" ) ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1332                 return false;
1333             }
1334             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1341             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1378                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1379                 ;
1380                 return false;
1381             }
1382             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1383                 return false;
1384             }
1385             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1392                 return false;
1393             }
1394             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1395                 return false;
1396             }
1397             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1401                 return false;
1402             }
1403             //
1404             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1405                 return false;
1406             }
1407             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1408                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1415                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1416                 return false;
1417             }
1418             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1419                 return false;
1420             }
1421             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1422                 return false;
1423             }
1424             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1425                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1426                 return false;
1427             }
1428         }
1429         catch ( final Exception e ) {
1430             e.printStackTrace( System.out );
1431             return false;
1432         }
1433         return true;
1434     }
1435
1436     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1437         try {
1438             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1439             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1440             try {
1441                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1442             }
1443             catch ( final Exception e ) {
1444                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1445             }
1446             if ( xml_parser == null ) {
1447                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1448                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1449                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1450                 }
1451                 else {
1452                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1453                 }
1454             }
1455             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1456                                                               xml_parser );
1457             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1458                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1459                 return false;
1460             }
1461             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1462                 return false;
1463             }
1464             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1465             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1466             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1467             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1468             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1469                 return false;
1470             }
1471             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1472                 return false;
1473             }
1474             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1475                 return false;
1476             }
1477             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1481                 return false;
1482             }
1483             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1484                 return false;
1485             }
1486             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1487                 return false;
1488             }
1489             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1490             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1491             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1492                 System.out.println( "errors:" );
1493                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1494                 return false;
1495             }
1496             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1497                 return false;
1498             }
1499             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1500                                                               xml_parser );
1501             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1502                 System.out.println( "errors:" );
1503                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1504                 return false;
1505             }
1506             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1507                 return false;
1508             }
1509             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1510                 return false;
1511             }
1512             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1513                                                               xml_parser );
1514             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1515                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1516                 return false;
1517             }
1518             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1519                 return false;
1520             }
1521             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1522             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1523                 return false;
1524             }
1525             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1526                 return false;
1527             }
1528             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1529                 return false;
1530             }
1531             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1532                 return false;
1533             }
1534             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1535                                                               xml_parser );
1536             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1537                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1538                 return false;
1539             }
1540             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1541                 return false;
1542             }
1543             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1544             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1545                 return false;
1546             }
1547             s.getNode( "first" );
1548             s.getNode( "<>" );
1549             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1550             s.getNode( "'''\"" );
1551             s.getNode( "\"\"\"" );
1552             s.getNode( "dick & doof" );
1553         }
1554         catch ( final Exception e ) {
1555             e.printStackTrace( System.out );
1556             return false;
1557         }
1558         return true;
1559     }
1560
1561     private static boolean testBasicTable() {
1562         try {
1563             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1564             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1565                 return false;
1566             }
1567             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1568                 return false;
1569             }
1570             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1571             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1572             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1573             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1574             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1575             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1576             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1577             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1578             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1579                 return false;
1580             }
1581             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1582                 return false;
1583             }
1584             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1585                 return false;
1586             }
1587             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1588                 return false;
1589             }
1590             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1591                 return false;
1592             }
1593             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1594                 return false;
1595             }
1596             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1597                 return false;
1598             }
1599             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1600                 return false;
1601             }
1602             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1603                 return false;
1604             }
1605             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1606                 return false;
1607             }
1608             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1609             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1610             source.append( "" + l );
1611             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1612             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1613             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1614             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1615             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1616             source.append( "40 41 42 43" + l );
1617             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1618             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1619             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1620             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1639             source1.append( "" + l );
1640             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1641             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1642             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1643             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1644             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1645             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1646             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1647             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1648             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1649             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1650                 return false;
1651             }
1652             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1653                 return false;
1654             }
1655             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1656                 return false;
1657             }
1658             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1674             source2.append( "" + l );
1675             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1676             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1677             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1678             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1679             source2.append( "                     " + l );
1680             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1681             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1682             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1683             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1684             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1685                                                                         ";",
1686                                                                         false,
1687                                                                         false,
1688                                                                         "comment:",
1689                                                                         false );
1690             if ( tl.size() != 2 ) {
1691                 return false;
1692             }
1693             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1694             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1695             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1711                 return false;
1712             }
1713         }
1714         catch ( final Exception e ) {
1715             e.printStackTrace( System.out );
1716             return false;
1717         }
1718         return true;
1719     }
1720
1721     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1722         try {
1723             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1724             final TolParser parser = new TolParser();
1725             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1726             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1727                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1731                 return false;
1732             }
1733             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1734             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( !t1.isRooted() ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1741                 return false;
1742             }
1743             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1753             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1754                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1761             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t2.isRooted() ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1783                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1787             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1788                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1795             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1796                 return false;
1797             }
1798             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1799                 return false;
1800             }
1801             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1802                 return false;
1803             }
1804             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1805                 return false;
1806             }
1807             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1808             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1809                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1816             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1817                 return false;
1818             }
1819             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1820                 return false;
1821             }
1822             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1826                 return false;
1827             }
1828             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1829             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1830                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1837             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1847                 return false;
1848             }
1849         }
1850         catch ( final Exception e ) {
1851             e.printStackTrace( System.out );
1852             return false;
1853         }
1854         return true;
1855     }
1856
1857     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1858         try {
1859             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1860             final Phylogeny t1 = factory.create();
1861             if ( !t1.isEmpty() ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1865             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1866                 return false;
1867             }
1868             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1869                 return false;
1870             }
1871             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1872                 return false;
1873             }
1874             if ( t2.isEmpty() ) {
1875                 return false;
1876             }
1877             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1878             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1888             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1889             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1890                 return false;
1891             }
1892             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1893                 return false;
1894             }
1895             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1896                 return false;
1897             }
1898             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1899             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1900             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1901                 return false;
1902             }
1903             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1904                 return false;
1905             }
1906             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1907             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1908             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1909                 return false;
1910             }
1911             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1912             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1913             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1917             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1918             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1922                 return false;
1923             }
1924             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
1925             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1926             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1930             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1931             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1932                 return false;
1933             }
1934         }
1935         catch ( final Exception e ) {
1936             e.printStackTrace( System.out );
1937             return false;
1938         }
1939         return true;
1940     }
1941
1942     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1943         try {
1944             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1945             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1946             final Phylogeny[] ev0 = factory
1947                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1948                              new NHXParser() );
1949             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1950             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1951                 return false;
1952             }
1953             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1954                 return false;
1955             }
1956             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1957             final Phylogeny[] ev1 = factory
1958                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1959                              new NHXParser() );
1960             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1961             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1965                 return false;
1966             }
1967             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1968             final Phylogeny[] ev_b = factory
1969                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1970                              new NHXParser() );
1971             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1972             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1973                 return false;
1974             }
1975             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1976                 return false;
1977             }
1978             //
1979             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1980             final Phylogeny[] ev1x = factory
1981                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1982                              new NHXParser() );
1983             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1984             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1985                 return false;
1986             }
1987             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1988                 return false;
1989             }
1990             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1991             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1992                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1993                              new NHXParser() );
1994             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1995             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1996                 return false;
1997             }
1998             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1999                 return false;
2000             }
2001             //
2002             final Phylogeny[] t2 = factory
2003                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2004                              new NHXParser() );
2005             final Phylogeny[] ev2 = factory
2006                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2007                              new NHXParser() );
2008             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2009                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2010             }
2011             //
2012             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2013                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2014             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2015             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2016             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2017                 return false;
2018             }
2019             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2020                 return false;
2021             }
2022             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2023                 return false;
2024             }
2025         }
2026         catch ( final Exception e ) {
2027             e.printStackTrace();
2028             return false;
2029         }
2030         return true;
2031     }
2032
2033     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2034         try {
2035             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2036                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2037             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2038             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2039                 return false;
2040             }
2041         }
2042         catch ( final Exception e ) {
2043             e.printStackTrace();
2044             return false;
2045         }
2046         return true;
2047     }
2048
2049     private static boolean testDataObjects() {
2050         try {
2051             final Confidence s0 = new Confidence();
2052             final Confidence s1 = new Confidence();
2053             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2054                 return false;
2055             }
2056             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2057             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2058             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2059                 return false;
2060             }
2061             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2062                 return false;
2063             }
2064             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2065             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2066                 return false;
2067             }
2068             s3.asSimpleText();
2069             s3.asText();
2070             // Taxonomy
2071             // ----------
2072             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2073             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2074             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2075             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2076             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2077             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2078             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2079             t1.setScientificName( "E. coli" );
2080             t1.setCommonName( "coli" );
2081             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2082             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2083                 return false;
2084             }
2085             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2086             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2087             t2.setScientificName( "what" );
2088             t2.setCommonName( "something" );
2089             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2093             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             t1.setIdentifier( null );
2097             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2098             t3.setScientificName( "what" );
2099             t3.setCommonName( "something" );
2100             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2101                 return false;
2102             }
2103             t1.setIdentifier( null );
2104             t1.setTaxonomyCode( "" );
2105             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2106             t4.setCommonName( "something" );
2107             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2108                 return false;
2109             }
2110             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2111             t4.setCommonName( "something" );
2112             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2113                 return false;
2114             }
2115             t1.setIdentifier( null );
2116             t1.setTaxonomyCode( "" );
2117             t1.setScientificName( "" );
2118             t5.setCommonName( "COLI" );
2119             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2120                 return false;
2121             }
2122             t5.setCommonName( "vibrio" );
2123             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2124                 return false;
2125             }
2126             // Identifier
2127             // ----------
2128             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2129             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2130             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2131                 return false;
2132             }
2133             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2134                 return false;
2135             }
2136             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2137                 return false;
2138             }
2139             id1.asSimpleText();
2140             id1.asText();
2141             // ProteinDomain
2142             // ---------------
2143             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2144             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2145             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2146                 return false;
2147             }
2148             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2149                 return false;
2150             }
2151             pd1.asSimpleText();
2152             pd1.asText();
2153             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2154             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2155             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2156                 return false;
2157             }
2158             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2159                 return false;
2160             }
2161             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2162                 return false;
2163             }
2164             pd3.asSimpleText();
2165             pd3.asText();
2166             // DomainArchitecture
2167             // ------------------
2168             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2169             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2170             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2171             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2172             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2173             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2174             domains0.add( d2 );
2175             domains0.add( d0 );
2176             domains0.add( d3 );
2177             domains0.add( d1 );
2178             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2179             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2180                 return false;
2181             }
2182             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2183             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2184                 return false;
2185             }
2186             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2187                 return false;
2188             }
2189             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2190                 return false;
2191             }
2192             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2193             domains1.add( d1 );
2194             domains1.add( d2 );
2195             domains1.add( d4 );
2196             domains1.add( d0 );
2197             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2198             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             ds1.asSimpleText();
2202             ds1.asText();
2203             ds1.toNHX();
2204             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2205             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2206                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2207                 return false;
2208             }
2209             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2210                 return false;
2211             }
2212             // Event
2213             // -----
2214             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2215             if ( e1.isDuplication() ) {
2216                 return false;
2217             }
2218             if ( !e1.isFusion() ) {
2219                 return false;
2220             }
2221             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2222                 return false;
2223             }
2224             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2228             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2229                 return false;
2230             }
2231             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2232                 return false;
2233             }
2234             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2235             if ( e2.isDuplication() ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2242                 return false;
2243             }
2244             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2245                 return false;
2246             }
2247             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2251                 return false;
2252             }
2253             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2254             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2255                 return false;
2256             }
2257             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2258             if ( e3.isDuplication() ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             if ( e3.isSpeciation() ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2271             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2272             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             e3 = null;
2276             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2277                 return false;
2278             }
2279             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2280             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2287             e4 = null;
2288             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2289             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2290                 return false;
2291             }
2292             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             final Event e5 = new Event();
2296             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2297                 return false;
2298             }
2299             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2306             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2307                 return false;
2308             }
2309             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2313             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2314                 return false;
2315             }
2316             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2317                 return false;
2318             }
2319             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2320             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2321                 return false;
2322             }
2323             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2324                 return false;
2325             }
2326         }
2327         catch ( final Exception e ) {
2328             e.printStackTrace( System.out );
2329             return false;
2330         }
2331         return true;
2332     }
2333
2334     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2335         try {
2336             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2337             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2338             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2339             if ( t0.isEmpty() ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2346             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2347                 return false;
2348             }
2349             if ( !t0.isEmpty() ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2353             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2354                 return false;
2355             }
2356             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2357             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2361                 return false;
2362             }
2363             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2364             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2365                 return false;
2366             }
2367             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2368             if ( !t1.isEmpty() ) {
2369                 return false;
2370             }
2371             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2372             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2373                 return false;
2374             }
2375             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2376             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2377                 return false;
2378             }
2379             t2.toNewHampshireX();
2380             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2381             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2385             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2386                 return false;
2387             }
2388             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2389             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2393             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2394                 return false;
2395             }
2396             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2397             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2398                 return false;
2399             }
2400             n = t3.getNode( "A" );
2401             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2402                 return false;
2403             }
2404             n = n.getNextExternalNode();
2405             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2406                 return false;
2407             }
2408             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2409             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2410                 return false;
2411             }
2412             n = t3.getNode( "C" );
2413             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2417             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2418                 return false;
2419             }
2420             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2421             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2425             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2429             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2433             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2434                 return false;
2435             }
2436             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2437             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2441             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             n = t4.getNode( "A" );
2445             n = n.getNextExternalNode();
2446             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             n = n.getNextExternalNode();
2450             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2454             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2458             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2459             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2463             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2467             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2468             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2472             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2473                 return false;
2474             }
2475             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2476             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2477             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2481             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2485             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2486             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2490             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2494             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2495             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2496                 return false;
2497             }
2498             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2499             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2503             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2504             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2508             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2512             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2513             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2514                 return false;
2515             }
2516             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2517             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2518                 return false;
2519             }
2520             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2521             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2525             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2526                 return false;
2527             }
2528             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2529             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2530             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2534             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2535                 return false;
2536             }
2537             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2538             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2539                 return false;
2540             }
2541             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2542             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2546             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2547                 return false;
2548             }
2549             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2550             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2551                 return false;
2552             }
2553             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2554             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2558             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2559                 return false;
2560             }
2561             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2562             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2566             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2567                 return false;
2568             }
2569             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2570             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2571                 return false;
2572             }
2573             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2574             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2575                 return false;
2576             }
2577             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2578             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2582             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2583                 return false;
2584             }
2585             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2586             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2587             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2591             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2595             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2596             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2600             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2604             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2605             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2606                 return false;
2607             }
2608             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2609             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2610                 return false;
2611             }
2612             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2613             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2617             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2618                 return false;
2619             }
2620             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2621             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2622                 return false;
2623             }
2624             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2625             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2626                 return false;
2627             }
2628         }
2629         catch ( final Exception e ) {
2630             e.printStackTrace( System.out );
2631             return false;
2632         }
2633         return true;
2634     }
2635
2636     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2637         try {
2638             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2639             dss1.addValue( 82 );
2640             dss1.addValue( 78 );
2641             dss1.addValue( 70 );
2642             dss1.addValue( 58 );
2643             dss1.addValue( 42 );
2644             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2645                 return false;
2646             }
2647             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2657                 return false;
2658             }
2659             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2660                 return false;
2661             }
2662             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2666                 return false;
2667             }
2668             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2669                 return false;
2670             }
2671             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2672                 return false;
2673             }
2674             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2675                 return false;
2676             }
2677             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2678                 return false;
2679             }
2680             dss1.addValue( 123 );
2681             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2685                 return false;
2686             }
2687             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2691             dss2.addValue( -1.85 );
2692             dss2.addValue( 57.5 );
2693             dss2.addValue( 92.78 );
2694             dss2.addValue( 57.78 );
2695             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2696                 return false;
2697             }
2698             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2702             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             dss2.addValue( -100 );
2706             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2707                 return false;
2708             }
2709             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2710                 return false;
2711             }
2712             final double[] ds = new double[ 14 ];
2713             ds[ 0 ] = 34;
2714             ds[ 1 ] = 23;
2715             ds[ 2 ] = 1;
2716             ds[ 3 ] = 32;
2717             ds[ 4 ] = 11;
2718             ds[ 5 ] = 2;
2719             ds[ 6 ] = 12;
2720             ds[ 7 ] = 33;
2721             ds[ 8 ] = 13;
2722             ds[ 9 ] = 22;
2723             ds[ 10 ] = 21;
2724             ds[ 11 ] = 35;
2725             ds[ 12 ] = 24;
2726             ds[ 13 ] = 31;
2727             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2728             if ( bins.length != 4 ) {
2729                 return false;
2730             }
2731             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2732                 return false;
2733             }
2734             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2738                 return false;
2739             }
2740             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2741                 return false;
2742             }
2743             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2744             ds1[ 0 ] = 10.0;
2745             ds1[ 1 ] = 19.0;
2746             ds1[ 2 ] = 9.999;
2747             ds1[ 3 ] = 0.0;
2748             ds1[ 4 ] = 39.9;
2749             ds1[ 5 ] = 39.999;
2750             ds1[ 6 ] = 30.0;
2751             ds1[ 7 ] = 19.999;
2752             ds1[ 8 ] = 30.1;
2753             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2754             if ( bins1.length != 4 ) {
2755                 return false;
2756             }
2757             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2758                 return false;
2759             }
2760             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2761                 return false;
2762             }
2763             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2764                 return false;
2765             }
2766             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2767                 return false;
2768             }
2769             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2770             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2771                 return false;
2772             }
2773             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2774                 return false;
2775             }
2776             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2777                 return false;
2778             }
2779             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2780                 return false;
2781             }
2782             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2783             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2784                 return false;
2785             }
2786             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2787                 return false;
2788             }
2789             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2790                 return false;
2791             }
2792             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2796             dss3.addValue( 1 );
2797             dss3.addValue( 1 );
2798             dss3.addValue( 1 );
2799             dss3.addValue( 2 );
2800             dss3.addValue( 3 );
2801             dss3.addValue( 4 );
2802             dss3.addValue( 5 );
2803             dss3.addValue( 5 );
2804             dss3.addValue( 5 );
2805             dss3.addValue( 6 );
2806             dss3.addValue( 7 );
2807             dss3.addValue( 8 );
2808             dss3.addValue( 9 );
2809             dss3.addValue( 10 );
2810             dss3.addValue( 10 );
2811             dss3.addValue( 10 );
2812             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2813             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2814             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2815         }
2816         catch ( final Exception e ) {
2817             e.printStackTrace( System.out );
2818             return false;
2819         }
2820         return true;
2821     }
2822
2823     private static boolean testDir( final String file ) {
2824         try {
2825             final File f = new File( file );
2826             if ( !f.exists() ) {
2827                 return false;
2828             }
2829             if ( !f.isDirectory() ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             if ( !f.canRead() ) {
2833                 return false;
2834             }
2835         }
2836         catch ( final Exception e ) {
2837             return false;
2838         }
2839         return true;
2840     }
2841
2842     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2843         try {
2844             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2845             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2846             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2847             n = n.getNextExternalNode();
2848             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2849                 return false;
2850             }
2851             n = n.getNextExternalNode();
2852             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2853                 return false;
2854             }
2855             n = n.getNextExternalNode();
2856             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2857                 return false;
2858             }
2859             n = t1.getNode( "B" );
2860             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2861                 n = n.getNextExternalNode();
2862             }
2863             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2864             n = t2.getNode( "A" );
2865             n = n.getNextExternalNode();
2866             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2867                 return false;
2868             }
2869             n = n.getNextExternalNode();
2870             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2871                 return false;
2872             }
2873             n = n.getNextExternalNode();
2874             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2875                 return false;
2876             }
2877             n = t2.getNode( "B" );
2878             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2879                 n = n.getNextExternalNode();
2880             }
2881             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2882             n = t3.getNode( "A" );
2883             n = n.getNextExternalNode();
2884             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2885                 return false;
2886             }
2887             n = n.getNextExternalNode();
2888             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2889                 return false;
2890             }
2891             n = n.getNextExternalNode();
2892             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2893                 return false;
2894             }
2895             n = n.getNextExternalNode();
2896             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2897                 return false;
2898             }
2899             n = n.getNextExternalNode();
2900             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2901                 return false;
2902             }
2903             n = n.getNextExternalNode();
2904             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2905                 return false;
2906             }
2907             n = n.getNextExternalNode();
2908             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2909                 return false;
2910             }
2911             n = t3.getNode( "B" );
2912             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2913                 n = n.getNextExternalNode();
2914             }
2915             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2916             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2917                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2918             }
2919             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2920             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2921                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2922             }
2923             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2924             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
2925             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
2926                 return false;
2927             }
2928             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
2929                 return false;
2930             }
2931             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
2932                 return false;
2933             }
2934             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
2935                 return false;
2936             }
2937             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
2938                 return false;
2939             }
2940             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
2941                 return false;
2942             }
2943             if ( iter.hasNext() ) {
2944                 return false;
2945             }
2946         }
2947         catch ( final Exception e ) {
2948             e.printStackTrace( System.out );
2949             return false;
2950         }
2951         return true;
2952     }
2953
2954     private static boolean testGeneralTable() {
2955         try {
2956             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2957             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2958             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2959             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2960             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2961             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2962             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2963             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2964             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2965             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2966                 return false;
2967             }
2968             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2969                 return false;
2970             }
2971             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2972                 return false;
2973             }
2974             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2978                 return false;
2979             }
2980             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2981                 return false;
2982             }
2983             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2984                 return false;
2985             }
2986             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2993             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2994             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2995             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2996             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2997             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2998             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2999             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3000             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3001             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3002             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3003                 return false;
3004             }
3005             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3006                 return false;
3007             }
3008             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3009                 return false;
3010             }
3011             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3012                 return false;
3013             }
3014             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3015                 return false;
3016             }
3017             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3018                 return false;
3019             }
3020             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3024                 return false;
3025             }
3026             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3027                 return false;
3028             }
3029             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3030                 return false;
3031             }
3032         }
3033         catch ( final Exception e ) {
3034             e.printStackTrace( System.out );
3035             return false;
3036         }
3037         return true;
3038     }
3039
3040     private static boolean testGetDistance() {
3041         try {
3042             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3043             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3044                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3045             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3046                 return false;
3047             }
3048             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3139                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3140             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3141                 return false;
3142             }
3143             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3153                 return false;
3154             }
3155             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173         }
3174         catch ( final Exception e ) {
3175             e.printStackTrace( System.out );
3176             return false;
3177         }
3178         return true;
3179     }
3180
3181     private static boolean testGetLCA() {
3182         try {
3183             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3184             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3185                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3186             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3187             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3191             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3195             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3199             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3203             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3207             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3211             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3215             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3219             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3223             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3224                 return false;
3225             }
3226             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3227             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3228                 return false;
3229             }
3230             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3231             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3232                 return false;
3233             }
3234             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3235             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3236                 return false;
3237             }
3238             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3239             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3240                 return false;
3241             }
3242             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3243             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3244                 return false;
3245             }
3246             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3247             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3248                 return false;
3249             }
3250             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3251             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3252                 return false;
3253             }
3254             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3255             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3256                 return false;
3257             }
3258             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3259             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3263             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3267             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3271             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3275             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3279             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3280             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3284             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3288             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3292             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3296             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3300             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3304             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3308             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final Phylogeny p3 = factory
3312                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3313                              new NHXParser() )[ 0 ];
3314             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3315             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3319             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3323             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3327             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3328                 return false;
3329             }
3330             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3331             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3332                 return false;
3333             }
3334             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3338             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             if ( !al_3.isRoot() ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3345             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3352             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3359             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3360                 return false;
3361             }
3362             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3363             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3364             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3365                 return false;
3366             }
3367             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3368             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3369             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3373             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3374             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3375                 return false;
3376             }
3377             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3378             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3379             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3380                 return false;
3381             }
3382         }
3383         catch ( final Exception e ) {
3384             e.printStackTrace( System.out );
3385             return false;
3386         }
3387         return true;
3388     }
3389
3390     private static boolean testGetLCA2() {
3391         try {
3392             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3393             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3394             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3395             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3396                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3397             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3398                 return false;
3399             }
3400             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3401             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3402             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3403                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3404             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3405                 return false;
3406             }
3407             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3408                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3409             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3410                 return false;
3411             }
3412             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3413             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3414             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3415                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3416             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3417                 return false;
3418             }
3419             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3420                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3421             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3422                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3423                 System.exit( -1 );
3424                 return false;
3425             }
3426             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3427                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3428             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3432                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3433             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3434                 return false;
3435             }
3436             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3437                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3438             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3439             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3440                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3441             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3442                 return false;
3443             }
3444             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3445                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3446             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3447                 return false;
3448             }
3449             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3450                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3451             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3455                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3456             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3457                 return false;
3458             }
3459             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3460                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3461             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3465                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3466             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3467                 return false;
3468             }
3469             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3470                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3471             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3472                 return false;
3473             }
3474             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3475                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3476             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3480                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3481             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3482                 return false;
3483             }
3484             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3485                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3486             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3487                 return false;
3488             }
3489             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3490                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3491             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3492                 return false;
3493             }
3494             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3495                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3496             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3497                 return false;
3498             }
3499             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3500                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3501             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3502                 return false;
3503             }
3504             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3505                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3506             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3507                 return false;
3508             }
3509             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3510                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3511             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3512                 return false;
3513             }
3514             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3515                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3516             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3517                 return false;
3518             }
3519             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3520                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3521             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3522                 return false;
3523             }
3524             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3525                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3526             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3527                 return false;
3528             }
3529             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3530                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3531             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3532                 return false;
3533             }
3534             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3535                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3536             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3537                 return false;
3538             }
3539             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3540                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3541             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3542                 return false;
3543             }
3544             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3545                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3546             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3550                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3551             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3552                 return false;
3553             }
3554             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3555             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3556             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3557                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3558             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3562                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3563             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3564                 return false;
3565             }
3566             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3567                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3568             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3569                 return false;
3570             }
3571             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3572                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3573             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3577                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3578             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3579                 return false;
3580             }
3581             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3582                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3583             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3587                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3588             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3592                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3593             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             final Phylogeny p3 = factory
3597                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3598                              new NHXParser() )[ 0 ];
3599             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3600             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3601                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3602             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3606                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3607             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3611                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3612             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3616                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3617             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3621                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3622             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3629                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3630             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             if ( !al_3.isRoot() ) {
3634                 return false;
3635             }
3636             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3637                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3638             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3639                 return false;
3640             }
3641             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3642                 return false;
3643             }
3644             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3645                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3646             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3650                 return false;
3651             }
3652             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3653                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3654             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3655                 return false;
3656             }
3657             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3658             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3659             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3660                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3661             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3662                 return false;
3663             }
3664             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3665             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3666             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3667                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3668             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3669                 return false;
3670             }
3671             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3672             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3673             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3674                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3675             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3676                 return false;
3677             }
3678             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3679             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3680             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3681                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3682             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3683                 return false;
3684             }
3685             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3686                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3687             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3688                 return false;
3689             }
3690             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3691                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3692             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3693                 return false;
3694             }
3695             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3696                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3697             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3698                 return false;
3699             }
3700             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3701                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3702             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3706                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3707             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3708                 return false;
3709             }
3710         }
3711         catch ( final Exception e ) {
3712             e.printStackTrace( System.out );
3713             return false;
3714         }
3715         return true;
3716     }
3717
3718     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3719         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3720         try {
3721             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3722                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3723             parser1.parse();
3724             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3725                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3726             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3727             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3728                 return false;
3729             }
3730             if ( proteins.size() != 4 ) {
3731                 return false;
3732             }
3733             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3734                 return false;
3735             }
3736             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3737                 return false;
3738             }
3739             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3740                 return false;
3741             }
3742             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3743             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3744                 return false;
3745             }
3746             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3747                 return false;
3748             }
3749             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3750             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3751                 return false;
3752             }
3753             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3757             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3761             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3762                 return false;
3763             }
3764             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3765                 return false;
3766             }
3767             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3768                 return false;
3769             }
3770             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3771                 return false;
3772             }
3773             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3780                 return false;
3781             }
3782             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3783                 return false;
3784             }
3785             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3786                 return false;
3787             }
3788             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3789                 return false;
3790             }
3791         }
3792         catch ( final Exception e ) {
3793             e.printStackTrace( System.out );
3794             return false;
3795         }
3796         return true;
3797     }
3798
3799     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3800         try {
3801             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3802             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3803             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3804             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3805             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3809             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3810                 return false;
3811             }
3812             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3813             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3817             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3818                 return false;
3819             }
3820         }
3821         catch ( final Exception e ) {
3822             e.printStackTrace( System.out );
3823             return false;
3824         }
3825         return true;
3826     }
3827
3828     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3829         try {
3830             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3831             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3832             PhylogenyNodeIterator it0;
3833             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3834                 it0.next();
3835             }
3836             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3837                 it0.next();
3838             }
3839             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3840             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3847                 return false;
3848             }
3849             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3850                 return false;
3851             }
3852             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3853                 return false;
3854             }
3855             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3856                 return false;
3857             }
3858             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3859                 return false;
3860             }
3861             if ( it.hasNext() ) {
3862                 return false;
3863             }
3864             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3865                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3866             PhylogenyNodeIterator it2;
3867             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3868                 it2.next();
3869             }
3870             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3871                 it2.next();
3872             }
3873             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3874             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3875                 return false;
3876             }
3877             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3878                 return false;
3879             }
3880             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3881                 return false;
3882             }
3883             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3884                 return false;
3885             }
3886             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3887                 return false;
3888             }
3889             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3890                 return false;
3891             }
3892             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3893                 return false;
3894             }
3895             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3896                 return false;
3897             }
3898             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3917                 return false;
3918             }
3919             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3920                 return false;
3921             }
3922             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3926                 return false;
3927             }
3928             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3941                 return false;
3942             }
3943             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( it3.hasNext() ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3953             PhylogenyNodeIterator it4;
3954             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3955                 it4.next();
3956             }
3957             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3958                 it4.next();
3959             }
3960             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3961             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3977             PhylogenyNodeIterator it6;
3978             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3979                 it6.next();
3980             }
3981             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3982                 it6.next();
3983             }
3984             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3985             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( it.hasNext() ) {
3989                 return false;
3990             }
3991         }
3992         catch ( final Exception e ) {
3993             e.printStackTrace( System.out );
3994             return false;
3995         }
3996         return true;
3997     }
3998
3999     private static boolean testNodeRemoval() {
4000         try {
4001             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4002             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4003             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
4004             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
4008             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
4009             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4013             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
4014             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
4015                 return false;
4016             }
4017         }
4018         catch ( final Exception e ) {
4019             e.printStackTrace( System.out );
4020             return false;
4021         }
4022         return true;
4023     }
4024
4025     private static boolean testMidpointrooting() {
4026         try {
4027             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4028             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4029             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
4030             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
4037                            1 ) ) {
4038                 return false;
4039             }
4040             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
4041                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4042             if ( !t1.isRooted() ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4046             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4050                 return false;
4051             }
4052             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4053                 return false;
4054             }
4055             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4056                 return false;
4057             }
4058             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4059                 return false;
4060             }
4061             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4062                 return false;
4063             }
4064             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
4065             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4066             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4073                 return false;
4074             }
4075             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4079                 System.exit( -1 );
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4083                 return false;
4084             }
4085         }
4086         catch ( final Exception e ) {
4087             e.printStackTrace( System.out );
4088             return false;
4089         }
4090         return true;
4091     }
4092
4093     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
4094         try {
4095             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4096             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4097             parser.parse();
4098             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4099             if ( labels.length != 7 ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4103                 return false;
4104             }
4105             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4109                 return false;
4110             }
4111             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4112                 return false;
4113             }
4114             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4115                 return false;
4116             }
4117             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4124             parser.parse();
4125             labels = parser.getCharStateLabels();
4126             if ( labels.length != 7 ) {
4127                 return false;
4128             }
4129             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4148                 return false;
4149             }
4150         }
4151         catch ( final Exception e ) {
4152             e.printStackTrace( System.out );
4153             return false;
4154         }
4155         return true;
4156     }
4157
4158     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4159         try {
4160             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4161             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4162             parser.parse();
4163             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4164             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4165                 return false;
4166             }
4167             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4168                 return false;
4169             }
4170             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4171                 return false;
4172             }
4173             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4174                 return false;
4175             }
4176             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4177                 return false;
4178             }
4179             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4180                 return false;
4181             }
4182             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4183                 return false;
4184             }
4185             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4189                 return false;
4190             }
4191             //            if ( labels.length != 7 ) {
4192             //                return false;
4193             //            }
4194             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4195             //                return false;
4196             //            }
4197             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4198             //                return false;
4199             //            }
4200             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4201             //                return false;
4202             //            }
4203             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4204             //                return false;
4205             //            }
4206             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4207             //                return false;
4208             //            }
4209             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4210             //                return false;
4211             //            }
4212             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4213             //                return false;
4214             //            }
4215             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4216             //            parser.parse();
4217             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4218             //            if ( labels.length != 7 ) {
4219             //                return false;
4220             //            }
4221             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4222             //                return false;
4223             //            }
4224             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4225             //                return false;
4226             //            }
4227             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4228             //                return false;
4229             //            }
4230             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4231             //                return false;
4232             //            }
4233             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4234             //                return false;
4235             //            }
4236             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4237             //                return false;
4238             //            }
4239             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4240             //                return false;
4241             //            }
4242         }
4243         catch ( final Exception e ) {
4244             e.printStackTrace( System.out );
4245             return false;
4246         }
4247         return true;
4248     }
4249
4250     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4251         try {
4252             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4253             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4254             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4255             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4256                 return false;
4257             }
4258             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4259                 return false;
4260             }
4261             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             phylogenies = null;
4265             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4266             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4270                 return false;
4271             }
4272             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4273                 return false;
4274             }
4275             phylogenies = null;
4276             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4277             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4281                 return false;
4282             }
4283             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4284                 return false;
4285             }
4286             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             phylogenies = null;
4290             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4291             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4292                 return false;
4293             }
4294             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4304                 return false;
4305             }
4306             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4325                 return false;
4326             }
4327             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4328                 return false;
4329             }
4330             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4337                 return false;
4338             }
4339             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4340                 return false;
4341             }
4342             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4352                 return false;
4353             }
4354             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4370                 return false;
4371             }
4372             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4376                 return false;
4377             }
4378             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4394                 return false;
4395             }
4396             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4403                 return false;
4404             }
4405             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4406                 return false;
4407             }
4408             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4409                 return false;
4410             }
4411             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4412                 return false;
4413             }
4414         }
4415         catch ( final Exception e ) {
4416             e.printStackTrace( System.out );
4417             return false;
4418         }
4419         return true;
4420     }
4421
4422     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
4423         try {
4424             final NexusPhylogeniesParser2 p = new NexusPhylogeniesParser2();
4425             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
4426             if ( !p.hasNext() ) {
4427                 return false;
4428             }
4429             Phylogeny phy = p.next();
4430             if ( phy == null ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             if ( p.hasNext() ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             phy = p.next();
4443             if ( phy != null ) {
4444                 return false;
4445             }
4446             //
4447             p.reset();
4448             if ( !p.hasNext() ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             phy = p.next();
4452             if ( phy == null ) {
4453                 return false;
4454             }
4455             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4456                 return false;
4457             }
4458             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4459                 return false;
4460             }
4461             if ( p.hasNext() ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             phy = p.next();
4465             if ( phy != null ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             ////
4469             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
4470             if ( !p.hasNext() ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             phy = p.next();
4474             if ( phy == null ) {
4475                 return false;
4476             }
4477             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4478                 return false;
4479             }
4480             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
4481                 return false;
4482             }
4483             if ( p.hasNext() ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             phy = p.next();
4487             if ( phy != null ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             //
4491             p.reset();
4492             if ( !p.hasNext() ) {
4493                 return false;
4494             }
4495             phy = p.next();
4496             if ( phy == null ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             if ( p.hasNext() ) {
4506                 return false;
4507             }
4508             phy = p.next();
4509             if ( phy != null ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             ////
4513             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
4514             if ( !p.hasNext() ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             phy = p.next();
4518             if ( phy == null ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4525                 return false;
4526             }
4527             if ( phy.isRooted() ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( p.hasNext() ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             phy = p.next();
4534             if ( phy != null ) {
4535                 return false;
4536             }
4537             //
4538             p.reset();
4539             if ( !p.hasNext() ) {
4540                 return false;
4541             }
4542             phy = p.next();
4543             if ( phy == null ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4547                 return false;
4548             }
4549             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4550                 return false;
4551             }
4552             if ( p.hasNext() ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             phy = p.next();
4556             if ( phy != null ) {
4557                 return false;
4558             }
4559             ////
4560             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
4561             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
4562             //                return false;
4563             //            }
4564             //0
4565             if ( !p.hasNext() ) {
4566                 return false;
4567             }
4568             phy = p.next();
4569             if ( phy == null ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4573                 return false;
4574             }
4575             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             //1
4579             if ( !p.hasNext() ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             phy = p.next();
4583             if ( phy == null ) {
4584                 return false;
4585             }
4586             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             //2
4593             if ( !p.hasNext() ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             phy = p.next();
4597             if ( phy == null ) {
4598                 return false;
4599             }
4600             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4601                 return false;
4602             }
4603             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4604                 return false;
4605             }
4606             if ( phy.isRooted() ) {
4607                 return false;
4608             }
4609             //3
4610             if ( !p.hasNext() ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             phy = p.next();
4614             if ( phy == null ) {
4615                 return false;
4616             }
4617             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             if ( !phy.isRooted() ) {
4624                 return false;
4625             }
4626             //4
4627             if ( !p.hasNext() ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             phy = p.next();
4631             if ( phy == null ) {
4632                 return false;
4633             }
4634             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
4635                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4636                 return false;
4637             }
4638             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4639                 return false;
4640             }
4641             if ( !phy.isRooted() ) {
4642                 return false;
4643             }
4644             //5
4645             if ( !p.hasNext() ) {
4646                 return false;
4647             }
4648             phy = p.next();
4649             if ( phy == null ) {
4650                 return false;
4651             }
4652             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4653                 return false;
4654             }
4655             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             if ( phy.isRooted() ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             //6
4662             if ( !p.hasNext() ) {
4663                 return false;
4664             }
4665             phy = p.next();
4666             if ( phy == null ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4673                 return false;
4674             }
4675             if ( !phy.isRooted() ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             //7
4679             if ( !p.hasNext() ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             phy = p.next();
4683             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4684                 return false;
4685             }
4686             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4687                 return false;
4688             }
4689             if ( !phy.isRooted() ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             //8
4693             if ( !p.hasNext() ) {
4694                 return false;
4695             }
4696             phy = p.next();
4697             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4698                 return false;
4699             }
4700             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
4701                 return false;
4702             }
4703             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
4704                 return false;
4705             }
4706             //9
4707             if ( !p.hasNext() ) {
4708                 return false;
4709             }
4710             phy = p.next();
4711             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
4718                 return false;
4719             }
4720             //10
4721             if ( !p.hasNext() ) {
4722                 return false;
4723             }
4724             phy = p.next();
4725             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4729                 return false;
4730             }
4731             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             if ( !phy.isRooted() ) {
4735                 return false;
4736             }
4737             //11
4738             if ( !p.hasNext() ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             phy = p.next();
4742             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4743                 return false;
4744             }
4745             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
4749                 return false;
4750             }
4751             if ( phy.isRooted() ) {
4752                 return false;
4753             }
4754             //12
4755             if ( !p.hasNext() ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             phy = p.next();
4759             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4760                 return false;
4761             }
4762             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
4763                 return false;
4764             }
4765             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
4766                 return false;
4767             }
4768             if ( !phy.isRooted() ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             //13
4772             if ( !p.hasNext() ) {
4773                 return false;
4774             }
4775             phy = p.next();
4776             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4777                 return false;
4778             }
4779             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4780                 return false;
4781             }
4782             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             if ( !phy.isRooted() ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             //14
4789             if ( !p.hasNext() ) {
4790                 return false;
4791             }
4792             phy = p.next();
4793             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4794                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4795                 return false;
4796             }
4797             if ( !phy
4798                     .toNewHampshire()
4799                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4800                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4801                 return false;
4802             }
4803             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             if ( !phy.isRooted() ) {
4807                 return false;
4808             }
4809             //15
4810             if ( !p.hasNext() ) {
4811                 return false;
4812             }
4813             phy = p.next();
4814             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4815                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4816                 return false;
4817             }
4818             if ( !phy
4819                     .toNewHampshire()
4820                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4821                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4822                 return false;
4823             }
4824             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
4825                 return false;
4826             }
4827             if ( phy.isRooted() ) {
4828                 return false;
4829             }
4830             //16
4831             if ( !p.hasNext() ) {
4832                 return false;
4833             }
4834             phy = p.next();
4835             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4836                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4837                 return false;
4838             }
4839             if ( !phy
4840                     .toNewHampshire()
4841                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4842                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4843                 return false;
4844             }
4845             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             if ( !phy.isRooted() ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             //17
4852             if ( !p.hasNext() ) {
4853                 return false;
4854             }
4855             phy = p.next();
4856             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4857                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4858                 return false;
4859             }
4860             if ( !phy
4861                     .toNewHampshire()
4862                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4863                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4864                 return false;
4865             }
4866             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             if ( phy.isRooted() ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             //
4873             if ( p.hasNext() ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             phy = p.next();
4877             if ( phy != null ) {
4878                 return false;
4879             }
4880             p.reset();
4881             //0
4882             if ( !p.hasNext() ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             phy = p.next();
4886             if ( phy == null ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4890                 return false;
4891             }
4892             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             //1
4896             if ( !p.hasNext() ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             phy = p.next();
4900             if ( phy == null ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4904                 return false;
4905             }
4906             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             //2
4910             if ( !p.hasNext() ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             phy = p.next();
4914             if ( phy == null ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4918                 return false;
4919             }
4920             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4921                 return false;
4922             }
4923             if ( phy.isRooted() ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             //3
4927             if ( !p.hasNext() ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             phy = p.next();
4931             if ( phy == null ) {
4932                 return false;
4933             }
4934             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
4935                 return false;
4936             }
4937             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4938                 return false;
4939             }
4940             if ( !phy.isRooted() ) {
4941                 return false;
4942             }
4943             //4
4944             if ( !p.hasNext() ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             phy = p.next();
4948             if ( phy == null ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
4952                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4953                 return false;
4954             }
4955             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4956                 return false;
4957             }
4958             if ( !phy.isRooted() ) {
4959                 return false;
4960             }
4961             //5
4962             if ( !p.hasNext() ) {
4963                 return false;
4964             }
4965             phy = p.next();
4966             if ( phy == null ) {
4967                 return false;
4968             }
4969             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4973                 return false;
4974             }
4975             if ( phy.isRooted() ) {
4976                 return false;
4977             }
4978         }
4979         catch ( final Exception e ) {
4980             e.printStackTrace( System.out );
4981             return false;
4982         }
4983         return true;
4984     }
4985
4986     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4987         try {
4988             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4989             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4990             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4991             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5001                 return false;
5002             }
5003             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5004                 return false;
5005             }
5006             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5007                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5008                 return false;
5009             }
5010             phylogenies = null;
5011             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
5012             if ( phylogenies.length != 3 ) {
5013                 return false;
5014             }
5015             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5016                 return false;
5017             }
5018             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5019                 return false;
5020             }
5021             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
5022                 return false;
5023             }
5024             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5025                 return false;
5026             }
5027             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5028                 return false;
5029             }
5030             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5031                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5032                 return false;
5033             }
5034             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5035                 return false;
5036             }
5037             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
5038                 return false;
5039             }
5040             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
5041                 return false;
5042             }
5043             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5044                 return false;
5045             }
5046             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5047                 return false;
5048             }
5049             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5050                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5051                 return false;
5052             }
5053             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5054                 return false;
5055             }
5056             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
5057                 return false;
5058             }
5059             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5066                 return false;
5067             }
5068             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5069                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             phylogenies = null;
5073             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
5074             if ( phylogenies.length != 3 ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5078                 return false;
5079             }
5080             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5081                 return false;
5082             }
5083             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
5084                 return false;
5085             }
5086             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5093                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5094                 return false;
5095             }
5096             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5097                 return false;
5098             }
5099             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5109                 return false;
5110             }
5111             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5112                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5113                 return false;
5114             }
5115             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5116                 return false;
5117             }
5118             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
5119                 return false;
5120             }
5121             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5131                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5132                 return false;
5133             }
5134         }
5135         catch ( final Exception e ) {
5136             e.printStackTrace( System.out );
5137             return false;
5138         }
5139         return true;
5140     }
5141
5142     private static boolean testNHParsing() {
5143         try {
5144             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5145             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5146             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
5147                 return false;
5148             }
5149             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
5150             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
5151             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
5152             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
5153             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
5154                 return false;
5155             }
5156             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
5157                 return false;
5158             }
5159             final Phylogeny p1b = factory
5160                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
5161                              new NHXParser() )[ 0 ];
5162             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5169             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
5170             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
5171             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5172             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
5173             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
5174             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
5175             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
5176             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
5177             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
5178             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
5179                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
5180                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
5181                                                     new NHXParser() );
5182             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
5183                 return false;
5184             }
5185             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
5186                 return false;
5187             }
5188             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
5189                 return false;
5190             }
5191             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
5192                 return false;
5193             }
5194             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
5195             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
5196             final String p16_S = "((A,B),C)";
5197             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
5198             if ( p16.length != 1 ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
5202                 return false;
5203             }
5204             final String p17_S = "(C,(A,B))";
5205             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
5206             if ( p17.length != 1 ) {
5207                 return false;
5208             }
5209             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
5210                 return false;
5211             }
5212             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
5213             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
5214             if ( p18.length != 1 ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
5221             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
5222             if ( p19.length != 1 ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
5226                 return false;
5227             }
5228             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
5229             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
5230             if ( p20.length != 1 ) {
5231                 return false;
5232             }
5233             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
5234                 return false;
5235             }
5236             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
5237             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
5238             if ( p21.length != 1 ) {
5239                 return false;
5240             }
5241             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
5245             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
5246             if ( p22.length != 1 ) {
5247                 return false;
5248             }
5249             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
5250                 return false;
5251             }
5252             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5253             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
5254             if ( p23.length != 1 ) {
5255                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
5256                 System.exit( -1 );
5257                 return false;
5258             }
5259             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5263             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
5264             if ( p24.length != 1 ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5271             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5272             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
5273             if ( p241.length != 2 ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
5283                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
5284                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
5285                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
5286                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
5287                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
5288                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
5289                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
5290             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
5291             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
5292                 return false;
5293             }
5294             final String p26_S = "(A,B)ab";
5295             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
5296             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5300             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
5301             if ( p27s.length != 1 ) {
5302                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
5303                 System.exit( -1 );
5304                 return false;
5305             }
5306             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
5307                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
5308                 System.exit( -1 );
5309                 return false;
5310             }
5311             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
5312                                                     new NHXParser() );
5313             if ( p27.length != 1 ) {
5314                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
5315                 System.exit( -1 );
5316                 return false;
5317             }
5318             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
5319                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
5320                 System.exit( -1 );
5321                 return false;
5322             }
5323             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5324             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5325             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
5326             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
5327             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
5328                                                     new NHXParser() );
5329             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
5336                 return false;
5337             }
5338             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             if ( p28.length != 4 ) {
5342                 return false;
5343             }
5344             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
5345             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
5346             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
5350             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
5351             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
5352                 return false;
5353             }
5354             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
5355             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
5356             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
5357                 return false;
5358             }
5359             final String p33_S = "A";
5360             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
5361             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
5362                 return false;
5363             }
5364             final String p34_S = "B;";
5365             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
5366             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
5367                 return false;
5368             }
5369             final String p35_S = "B:0.2";
5370             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
5371             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
5372                 return false;
5373             }
5374             final String p36_S = "(A)";
5375             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
5376             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
5377                 return false;
5378             }
5379             final String p37_S = "((A))";
5380             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
5381             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
5382                 return false;
5383             }
5384             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
5385             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
5386             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
5390             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
5391             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
5392                 return false;
5393             }
5394             final String p40_S = "(A,B,C)";
5395             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
5396             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
5397                 return false;
5398             }
5399             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
5400             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
5401             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
5402                 return false;
5403             }
5404             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
5405             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
5406             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
5407                 return false;
5408             }
5409             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5410             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
5411             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
5412                 return false;
5413             }
5414             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5415             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
5416             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
5420             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
5421             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
5422                 return false;
5423             }
5424             final String p46_S = "";
5425             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
5426             if ( p46.length != 0 ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5430             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5434             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             final Phylogeny p49 = factory
5438                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
5439                              new NHXParser() )[ 0 ];
5440             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5441                 return false;
5442             }
5443             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5444             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
5445                 return false;
5446             }
5447             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
5448                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
5455                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
5456                 return false;
5457             }
5458             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5459             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
5460                 return false;
5461             }
5462             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5463             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             final Phylogeny p53 = factory
5467                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
5468                              new NHXParser() )[ 0 ];
5469             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             //
5473             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5474             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
5475                 return false;
5476             }
5477             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
5478                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
5479                 return false;
5480             }
5481         }
5482         catch ( final Exception e ) {
5483             e.printStackTrace( System.out );
5484             return false;
5485         }
5486         return true;
5487     }
5488
5489     private static boolean testNHParsingIter() {
5490         try {
5491             final String p0_str = "(A,B);";
5492             final NHXParser p = new NHXParser();
5493             p.setSource( p0_str );
5494             if ( !p.hasNext() ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             final Phylogeny p0 = p.next();
5498             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
5499                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
5500                 return false;
5501             }
5502             if ( p.hasNext() ) {
5503                 return false;
5504             }
5505             if ( p.next() != null ) {
5506                 return false;
5507             }
5508             //
5509             final String p00_str = "(A,B)root;";
5510             p.setSource( p00_str );
5511             final Phylogeny p00 = p.next();
5512             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
5513                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
5514                 return false;
5515             }
5516             //
5517             final String p000_str = "A;";
5518             p.setSource( p000_str );
5519             final Phylogeny p000 = p.next();
5520             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
5521                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
5522                 return false;
5523             }
5524             //
5525             final String p0000_str = "A";
5526             p.setSource( p0000_str );
5527             final Phylogeny p0000 = p.next();
5528             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
5529                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
5530                 return false;
5531             }
5532             //
5533             p.setSource( "(A)" );
5534             final Phylogeny p00000 = p.next();
5535             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
5536                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
5537                 return false;
5538             }
5539             //
5540             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
5541             p.setSource( p1_str );
5542             if ( !p.hasNext() ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             final Phylogeny p1_0 = p.next();
5546             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
5547                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
5548                 return false;
5549             }
5550             if ( !p.hasNext() ) {
5551                 return false;
5552             }
5553             final Phylogeny p1_1 = p.next();
5554             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5555                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( !p.hasNext() ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             final Phylogeny p1_2 = p.next();
5562             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
5563                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
5564                 return false;
5565             }
5566             if ( !p.hasNext() ) {
5567                 return false;
5568             }
5569             final Phylogeny p1_3 = p.next();
5570             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5571                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
5572                 return false;
5573             }
5574             if ( p.hasNext() ) {
5575                 return false;
5576             }
5577             if ( p.next() != null ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             //
5581             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
5582             p.setSource( p2_str );
5583             if ( !p.hasNext() ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             Phylogeny p2_0 = p.next();
5587             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5588                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5589                 return false;
5590             }
5591             if ( !p.hasNext() ) {
5592                 return false;
5593             }
5594             Phylogeny p2_1 = p.next();
5595             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5596                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( !p.hasNext() ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             Phylogeny p2_2 = p.next();
5603             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5604                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5605                 return false;
5606             }
5607             if ( !p.hasNext() ) {
5608                 return false;
5609             }
5610             Phylogeny p2_3 = p.next();
5611             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5612                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( !p.hasNext() ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             Phylogeny p2_4 = p.next();
5619             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5620                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5621                 return false;
5622             }
5623             if ( p.hasNext() ) {
5624                 return false;
5625             }
5626             if ( p.next() != null ) {
5627                 return false;
5628             }
5629             ////
5630             p.reset();
5631             if ( !p.hasNext() ) {
5632                 return false;
5633             }
5634             p2_0 = p.next();
5635             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5636                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5637                 return false;
5638             }
5639             if ( !p.hasNext() ) {
5640                 return false;
5641             }
5642             p2_1 = p.next();
5643             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5644                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5645                 return false;
5646             }
5647             if ( !p.hasNext() ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             p2_2 = p.next();
5651             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5652                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5653                 return false;
5654             }
5655             if ( !p.hasNext() ) {
5656                 return false;
5657             }
5658             p2_3 = p.next();
5659             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5660                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5661                 return false;
5662             }
5663             if ( !p.hasNext() ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             p2_4 = p.next();
5667             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5668                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5669                 return false;
5670             }
5671             if ( p.hasNext() ) {
5672                 return false;
5673             }
5674             if ( p.next() != null ) {
5675                 return false;
5676             }
5677             //
5678             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
5679             p.setSource( p3_str );
5680             if ( !p.hasNext() ) {
5681                 return false;
5682             }
5683             final Phylogeny p3_0 = p.next();
5684             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             if ( p.hasNext() ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             if ( p.next() != null ) {
5691                 return false;
5692             }
5693             //
5694             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
5695             p.setSource( p4_str );
5696             if ( !p.hasNext() ) {
5697                 return false;
5698             }
5699             final Phylogeny p4_0 = p.next();
5700             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
5701                 return false;
5702             }
5703             if ( p.hasNext() ) {
5704                 return false;
5705             }
5706             if ( p.next() != null ) {
5707                 return false;
5708             }
5709             //
5710             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
5711             p.setSource( p5_str );
5712             if ( !p.hasNext() ) {
5713                 return false;
5714             }
5715             final Phylogeny p5_0 = p.next();
5716             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
5717                 return false;
5718             }
5719             if ( p.hasNext() ) {
5720                 return false;
5721             }
5722             if ( p.next() != null ) {
5723                 return false;
5724             }
5725             //
5726             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5727             p.setSource( p6_str );
5728             if ( !p.hasNext() ) {
5729                 return false;
5730             }
5731             Phylogeny p6_0 = p.next();
5732             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             if ( p.hasNext() ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             if ( p.next() != null ) {
5739                 return false;
5740             }
5741             p.reset();
5742             if ( !p.hasNext() ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             p6_0 = p.next();
5746             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5747                 return false;
5748             }
5749             if ( p.hasNext() ) {
5750                 return false;
5751             }
5752             if ( p.next() != null ) {
5753                 return false;
5754             }
5755             //
5756             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5757             p.setSource( p7_str );
5758             if ( !p.hasNext() ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             Phylogeny p7_0 = p.next();
5762             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( p.hasNext() ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( p.next() != null ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             p.reset();
5772             if ( !p.hasNext() ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             p7_0 = p.next();
5776             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5777                 return false;
5778             }
5779             if ( p.hasNext() ) {
5780                 return false;
5781             }
5782             if ( p.next() != null ) {
5783                 return false;
5784             }
5785             //
5786             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
5787             p.setSource( p8_str );
5788             if ( !p.hasNext() ) {
5789                 return false;
5790             }
5791             Phylogeny p8_0 = p.next();
5792             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( !p.hasNext() ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             if ( !p.hasNext() ) {
5799                 return false;
5800             }
5801             Phylogeny p8_1 = p.next();
5802             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             if ( p.hasNext() ) {
5806                 return false;
5807             }
5808             if ( p.next() != null ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             p.reset();
5812             if ( !p.hasNext() ) {
5813                 return false;
5814             }
5815             p8_0 = p.next();
5816             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5817                 return false;
5818             }
5819             if ( !p.hasNext() ) {
5820                 return false;
5821             }
5822             p8_1 = p.next();
5823             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5824                 return false;
5825             }
5826             if ( p.hasNext() ) {
5827                 return false;
5828             }
5829             if ( p.next() != null ) {
5830                 return false;
5831             }
5832             p.reset();
5833             //
5834             p.setSource( "" );
5835             if ( p.hasNext() ) {
5836                 return false;
5837             }
5838             //
5839             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
5840             if ( !p.hasNext() ) {
5841                 return false;
5842             }
5843             Phylogeny p_27 = p.next();
5844             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5845                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5846                 System.exit( -1 );
5847                 return false;
5848             }
5849             if ( p.hasNext() ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             if ( p.next() != null ) {
5853                 return false;
5854             }
5855             p.reset();
5856             if ( !p.hasNext() ) {
5857                 return false;
5858             }
5859             p_27 = p.next();
5860             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5861                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5862                 System.exit( -1 );
5863                 return false;
5864             }
5865             if ( p.hasNext() ) {
5866                 return false;
5867             }
5868             if ( p.next() != null ) {
5869                 return false;
5870             }
5871         }
5872         catch ( final Exception e ) {
5873             e.printStackTrace( System.out );
5874             return false;
5875         }
5876         return true;
5877     }
5878
5879     private static boolean testNHXconversion() {
5880         try {
5881             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
5882             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
5883             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
5884             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
5885             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
5886                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
5887             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
5888                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
5889             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5890                 return false;
5891             }
5892             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5893                 return false;
5894             }
5895             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
5896                 return false;
5897             }
5898             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
5899                 return false;
5900             }
5901             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
5902                 return false;
5903             }
5904             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
5905                 return false;
5906             }
5907         }
5908         catch ( final Exception e ) {
5909             e.printStackTrace( System.out );
5910             return false;
5911         }
5912         return true;
5913     }
5914
5915     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
5916         try {
5917             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345678",
5918                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5919             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345x",
5923                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5924             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5925                 System.out.println( n1.toString() );
5926                 return false;
5927             }
5928             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
5929                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5930             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5931                 System.out.println( n2.toString() );
5932                 return false;
5933             }
5934             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345",
5935                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5936             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5937                 System.out.println( n3.toString() );
5938                 return false;
5939             }
5940             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345",
5941                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5942             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5943                 System.out.println( n4.toString() );
5944                 return false;
5945             }
5946             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345-blag",
5947                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5948             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5949                 System.out.println( n5.toString() );
5950                 return false;
5951             }
5952             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag",
5953                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5954             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5955                 System.out.println( n6.toString() );
5956                 return false;
5957             }
5958             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag",
5959                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5960             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5961                 System.out.println( n7.toString() );
5962                 return false;
5963             }
5964             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag",
5965                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5966             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5967                 System.out.println( n8.toString() );
5968                 return false;
5969             }
5970             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345_blag",
5971                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5972             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5973                 System.out.println( n9.toString() );
5974                 return false;
5975             }
5976             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag",
5977                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5978             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "12X45" ) ) {
5979                 System.out.println( n10.toString() );
5980                 return false;
5981             }
5982             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus",
5983                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5984             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
5985                 System.out.println( n11.toString() );
5986                 return false;
5987             }
5988             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_musculus",
5989                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5990             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
5991                 System.out.println( n12.toString() );
5992                 return false;
5993             }
5994             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus1",
5995                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5996             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5997                 System.out.println( n13.toString() );
5998                 return false;
5999             }
6000             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_11",
6001                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6002             if ( n14.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6003                 System.out.println( n14.toString() );
6004                 return false;
6005             }
6006             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v11",
6007                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6008             if ( !n15.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus v11" ) ) {
6009                 System.out.println( n15.toString() );
6010                 return false;
6011             }
6012             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_/11",
6013                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6014             if ( n16.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6015                 System.out.println( n16.toString() );
6016                 return false;
6017             }
6018             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v",
6019                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6020             if ( n17.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6021                 System.out.println( n17.toString() );
6022                 return false;
6023             }
6024         }
6025         catch ( final Exception e ) {
6026             e.printStackTrace( System.out );
6027             return false;
6028         }
6029         return true;
6030     }
6031
6032     private static boolean testNHXNodeParsing() {
6033         try {
6034             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
6035             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
6036             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
6037             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
6038             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
6039                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
6040             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
6041                 return false;
6042             }
6043             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( n3.isDuplication() ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
6053                 return false;
6054             }
6055             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
6056                 return false;
6057             }
6058             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
6059                 return false;
6060             }
6061             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
6062                 return false;
6063             }
6064             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
6065                 return false;
6066             }
6067             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
6068                 return false;
6069             }
6070             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
6071                 return false;
6072             }
6073             if ( !n5.isDuplication() ) {
6074                 return false;
6075             }
6076             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
6077                 return false;
6078             }
6079             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
6080                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6081             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
6088                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6089             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
6090                 return false;
6091             }
6092             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6093                 return false;
6094             }
6095             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
6096                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6097             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
6098                 return false;
6099             }
6100             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
6101                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6102             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
6109                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6110             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
6111                 return false;
6112             }
6113             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
6117                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6118             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
6119                 return false;
6120             }
6121             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
6122                 return false;
6123             }
6124             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
6125                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6126             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
6130                 return false;
6131             }
6132             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
6133                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6134             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
6141                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6142             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
6143                 return false;
6144             }
6145             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
6146                 return false;
6147             }
6148             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
6149                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6150             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
6157                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6158             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
6165                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6166             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
6167                 return false;
6168             }
6169             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
6173                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6174             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
6175                 return false;
6176             }
6177             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
6178                 return false;
6179             }
6180             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
6181                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6182             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
6189                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
6190                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6191             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
6198                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
6199                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6200             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
6207                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
6208                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6209             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
6210                 return false;
6211             }
6212             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
6213                 return false;
6214             }
6215             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
6216                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6217             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
6218                 return false;
6219             }
6220             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
6221                 return false;
6222             }
6223             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
6224                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6225             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
6232                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6233             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
6234                 return false;
6235             }
6236             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
6240                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6241             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
6242                 return false;
6243             }
6244             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
6245                 return false;
6246             }
6247             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
6248                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
6249                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6250             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
6251                 return false;
6252             }
6253             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
6260                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
6261                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6262             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
6263                 return false;
6264             }
6265             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
6266                 return false;
6267             }
6268             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
6269                 return false;
6270             }
6271             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
6272                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6273             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
6280                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6281             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
6288                 return false;
6289             }
6290             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
6291                 return false;
6292             }
6293             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6294                 return false;
6295             }
6296             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
6297                 return false;
6298             }
6299             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
6306                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
6307             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
6314             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
6315                 return false;
6316             }
6317             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
6318                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6319             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
6332                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6333             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
6340                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
6341                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6342             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
6352                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6353             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6357                 return false;
6358             }
6359             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
6360                 return false;
6361             }
6362             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
6363                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6364             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
6371                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6372             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
6373                 return false;
6374             }
6375             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej",
6382                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6383             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6387                 return false;
6388             }
6389             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
6390                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6391             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
6398                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6399             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345678",
6403                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6404             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6405                 return false;
6406             }
6407         }
6408         catch ( final Exception e ) {
6409             e.printStackTrace( System.out );
6410             return false;
6411         }
6412         return true;
6413     }
6414
6415     private static boolean testNHXParsing() {
6416         try {
6417             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6418             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
6419             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
6423             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
6424             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6425                 return false;
6426             }
6427             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
6428             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
6429             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
6430                 return false;
6431             }
6432             final Phylogeny[] p3 = factory
6433                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
6434                              new NHXParser() );
6435             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6436                 return false;
6437             }
6438             final Phylogeny[] p4 = factory
6439                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
6440                              new NHXParser() );
6441             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6442                 return false;
6443             }
6444             final Phylogeny[] p5 = factory
6445                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
6446                              new NHXParser() );
6447             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6448                 return false;
6449             }
6450             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
6451             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
6452             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
6453             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
6454                 return false;
6455             }
6456             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
6457             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
6458             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
6459             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
6460                 return false;
6461             }
6462             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
6463             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
6464             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
6465             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
6469             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             final Phylogeny p10 = factory
6473                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
6474                              new NHXParser() )[ 0 ];
6475             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
6476                 return false;
6477             }
6478         }
6479         catch ( final Exception e ) {
6480             e.printStackTrace( System.out );
6481             return false;
6482         }
6483         return true;
6484     }
6485
6486     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
6487         try {
6488             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6489             final NHXParser p = new NHXParser();
6490             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
6491             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
6495             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
6496                 return false;
6497             }
6498             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
6505                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
6512                 return false;
6513             }
6514             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
6518                 return false;
6519             }
6520             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
6521                 return false;
6522             }
6523             final NHXParser p1p = new NHXParser();
6524             p1p.setIgnoreQuotes( true );
6525             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
6526             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
6527                 return false;
6528             }
6529             final NHXParser p2p = new NHXParser();
6530             p1p.setIgnoreQuotes( false );
6531             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
6532             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
6533                 return false;
6534             }
6535             final NHXParser p3p = new NHXParser();
6536             p3p.setIgnoreQuotes( false );
6537             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
6538             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
6539                 return false;
6540             }
6541             final NHXParser p4p = new NHXParser();
6542             p4p.setIgnoreQuotes( false );
6543             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
6544             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
6545                 return false;
6546             }
6547             final Phylogeny p10 = factory
6548                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
6549                              new NHXParser() )[ 0 ];
6550             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
6551             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
6555             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             //
6559             final Phylogeny p12 = factory
6560                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
6561                              new NHXParser() )[ 0 ];
6562             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
6563             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
6567             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
6571             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
6575             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6576                 return false;
6577             }
6578         }
6579         catch ( final Exception e ) {
6580             e.printStackTrace( System.out );
6581             return false;
6582         }
6583         return true;
6584     }
6585
6586     private static boolean testNHXParsingMB() {
6587         try {
6588             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6589             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
6590                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6591                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6592                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6593                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6594                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6595                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6596                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6597                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
6598             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
6602                 return false;
6603             }
6604             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
6605                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
6612                 return false;
6613             }
6614             final Phylogeny p2 = factory
6615                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
6616                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6617                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6618                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6619                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6620                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6621                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6622                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6623                                      + "7.369400000000000e-02}])",
6624                              new NHXParser() )[ 0 ];
6625             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
6626                 return false;
6627             }
6628             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
6629                 return false;
6630             }
6631         }
6632         catch ( final Exception e ) {
6633             e.printStackTrace( System.out );
6634             System.exit( -1 );
6635             return false;
6636         }
6637         return true;
6638     }
6639
6640     private static boolean testPhylogenyBranch() {
6641         try {
6642             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
6643             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
6644             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
6645             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
6646             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
6647                 return false;
6648             }
6649             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
6650                 return false;
6651             }
6652             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
6653                 return false;
6654             }
6655             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
6656             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
6657             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
6658             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
6659                 return false;
6660             }
6661             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
6662                 return false;
6663             }
6664             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
6665             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
6666                 return false;
6667             }
6668             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
6669                 return false;
6670             }
6671             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
6672                 return false;
6673             }
6674         }
6675         catch ( final Exception e ) {
6676             e.printStackTrace( System.out );
6677             return false;
6678         }
6679         return true;
6680     }
6681
6682     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
6683         try {
6684             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6685             PhyloXmlParser xml_parser = null;
6686             try {
6687                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
6688             }
6689             catch ( final Exception e ) {
6690                 // Do nothing -- means were not running from jar.
6691             }
6692             if ( xml_parser == null ) {
6693                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
6694                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
6695                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
6696                 }
6697                 else {
6698                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
6699                 }
6700             }
6701             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
6702                                                               xml_parser );
6703             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
6704                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
6705                 return false;
6706             }
6707             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
6711             PhylogenyNode n = null;
6712             Distribution d = null;
6713             n = t1.getNode( "root node" );
6714             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6715                 return false;
6716             }
6717             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6718                 return false;
6719             }
6720             d = n.getNodeData().getDistribution();
6721             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6722                 return false;
6723             }
6724             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             if ( d.getPolygons() != null ) {
6728                 return false;
6729             }
6730             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6731                 return false;
6732             }
6733             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             n = t1.getNode( "node a" );
6746             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6747                 return false;
6748             }
6749             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6753             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6754                 return false;
6755             }
6756             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6757                 return false;
6758             }
6759             if ( d.getPolygons() != null ) {
6760                 return false;
6761             }
6762             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6763                 return false;
6764             }
6765             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6766                 return false;
6767             }
6768             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6769                 return false;
6770             }
6771             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6772                 return false;
6773             }
6774             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6775                 return false;
6776             }
6777             n = t1.getNode( "node bb" );
6778             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6779                 return false;
6780             }
6781             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6782                 return false;
6783             }
6784             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6785             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6786                 return false;
6787             }
6788             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6789                 return false;
6790             }
6791             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6792                 return false;
6793             }
6794             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6795                 return false;
6796             }
6797             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6801                 return false;
6802             }
6803             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6804                 return false;
6805             }
6806             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6807                 return false;
6808             }
6809             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
6810             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6811                 return false;
6812             }
6813             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6814                 return false;
6815             }
6816             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6817                 return false;
6818             }
6819             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6820                 return false;
6821             }
6822             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6823                 return false;
6824             }
6825             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
6826                 return false;
6827             }
6828             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
6829                 return false;
6830             }
6831             p = d.getPolygons().get( 1 );
6832             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6833                 return false;
6834             }
6835             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
6836                 return false;
6837             }
6838             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
6839                 return false;
6840             }
6841             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6842                 return false;
6843             }
6844             // Roundtrip:
6845             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
6846             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
6847             if ( rt.length != 1 ) {
6848                 return false;
6849             }
6850             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
6851             n = t1_rt.getNode( "root node" );
6852             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6853                 return false;
6854             }
6855             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6856                 return false;
6857             }
6858             d = n.getNodeData().getDistribution();
6859             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6860                 return false;
6861             }
6862             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6863                 return false;
6864             }
6865             if ( d.getPolygons() != null ) {
6866                 return false;
6867             }
6868             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6869                 return false;
6870             }
6871             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6872                 return false;
6873             }
6874             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6875                 return false;
6876             }
6877             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6878                 return false;
6879             }
6880             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6881                 return false;
6882             }
6883             n = t1_rt.getNode( "node a" );
6884             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6885                 return false;
6886             }
6887             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6888                 return false;
6889             }
6890             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6891             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6892                 return false;
6893             }
6894             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6895                 return false;
6896             }
6897             if ( d.getPolygons() != null ) {
6898                 return false;
6899             }
6900             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6901                 return false;
6902             }
6903             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6910                 return false;
6911             }
6912             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6913                 return false;
6914             }
6915             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
6916             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6920                 return false;
6921             }
6922             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6923             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6924                 return false;
6925             }
6926             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6927                 return false;
6928             }
6929             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6930                 return false;
6931             }
6932             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6933                 return false;
6934             }
6935             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6936                 return false;
6937             }
6938             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6939                 return false;
6940             }
6941             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6942                 return false;
6943             }
6944             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6945                 return false;
6946             }
6947             p = d.getPolygons().get( 0 );
6948             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6949                 return false;
6950             }
6951             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6952                 return false;
6953             }
6954             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6955                 return false;
6956             }
6957             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6958                 return false;
6959             }
6960             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
6964                 return false;
6965             }
6966             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
6967                 return false;
6968             }
6969             p = d.getPolygons().get( 1 );
6970             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
6974                 return false;
6975             }
6976             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
6977                 return false;
6978             }
6979             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6980                 return false;
6981             }
6982         }
6983         catch ( final Exception e ) {
6984             e.printStackTrace( System.out );
6985             return false;
6986         }
6987         return true;
6988     }
6989
6990     private static boolean testPostOrderIterator() {
6991         try {
6992             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6993             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6994             PhylogenyNodeIterator it0;
6995             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
6996                 it0.next();
6997             }
6998             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
6999                 it0.next();
7000             }
7001             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7002             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
7003             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7004                 return false;
7005             }
7006             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7007                 return false;
7008             }
7009             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7010                 return false;
7011             }
7012             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7013                 return false;
7014             }
7015             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7016                 return false;
7017             }
7018             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7019                 return false;
7020             }
7021             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
7022                 return false;
7023             }
7024             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
7025                 return false;
7026             }
7027             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
7031                 return false;
7032             }
7033             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
7034                 return false;
7035             }
7036             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
7037                 return false;
7038             }
7039             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
7040                 return false;
7041             }
7042             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
7043                 return false;
7044             }
7045             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7046                 return false;
7047             }
7048             if ( it.hasNext() ) {
7049                 return false;
7050             }
7051         }
7052         catch ( final Exception e ) {
7053             e.printStackTrace( System.out );
7054             return false;
7055         }
7056         return true;
7057     }
7058
7059     private static boolean testPreOrderIterator() {
7060         try {
7061             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7062             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7063             PhylogenyNodeIterator it0;
7064             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
7065                 it0.next();
7066             }
7067             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
7068                 it0.next();
7069             }
7070             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
7071             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7072                 return false;
7073             }
7074             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7075                 return false;
7076             }
7077             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7078                 return false;
7079             }
7080             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7081                 return false;
7082             }
7083             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7090                 return false;
7091             }
7092             if ( it.hasNext() ) {
7093                 return false;
7094             }
7095             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7096             it = t1.iteratorPreorder();
7097             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7098                 return false;
7099             }
7100             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
7101                 return false;
7102             }
7103             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7104                 return false;
7105             }
7106             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7107                 return false;
7108             }
7109             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7110                 return false;
7111             }
7112             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7113                 return false;
7114             }
7115             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7116                 return false;
7117             }
7118             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7119                 return false;
7120             }
7121             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
7122                 return false;
7123             }
7124             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
7128                 return false;
7129             }
7130             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
7131                 return false;
7132             }
7133             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
7134                 return false;
7135             }
7136             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
7137                 return false;
7138             }
7139             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
7140                 return false;
7141             }
7142             if ( it.hasNext() ) {
7143                 return false;
7144             }
7145         }
7146         catch ( final Exception e ) {
7147             e.printStackTrace( System.out );
7148             return false;
7149         }
7150         return true;
7151     }
7152
7153     private static boolean testPropertiesMap() {
7154         try {
7155             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
7156             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
7157             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
7158             final Property p2 = new Property( "something:else",
7159                                               "?",
7160                                               "improbable:research",
7161                                               "xsd:decimal",
7162                                               AppliesTo.NODE );
7163             pm.addProperty( p0 );
7164             pm.addProperty( p1 );
7165             pm.addProperty( p2 );
7166             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
7167                 return false;
7168             }
7169             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
7170                 return false;
7171             }
7172             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
7173                 return false;
7174             }
7175             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
7176                 return false;
7177             }
7178             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
7179                 return false;
7180             }
7181             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
7182                 return false;
7183             }
7184             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
7185             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
7186                 return false;
7187             }
7188             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
7189                 return false;
7190             }
7191             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
7192                 return false;
7193             }
7194         }
7195         catch ( final Exception e ) {
7196             e.printStackTrace( System.out );
7197             return false;
7198         }
7199         return true;
7200     }
7201
7202     private static boolean testReIdMethods() {
7203         try {
7204             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7205             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7206             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
7207             p.levelOrderReID();
7208             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
7209                 return false;
7210             }
7211             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7221                 return false;
7222             }
7223             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7224                 return false;
7225             }
7226             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7227                 return false;
7228             }
7229             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7230                 return false;
7231             }
7232             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7233                 return false;
7234             }
7235             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7236                 return false;
7237             }
7238             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
7239                 return false;
7240             }
7241             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
7242                 return false;
7243             }
7244             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7245                 return false;
7246             }
7247             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7248                 return false;
7249             }
7250             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7251                 return false;
7252             }
7253         }
7254         catch ( final Exception e ) {
7255             e.printStackTrace( System.out );
7256             return false;
7257         }
7258         return true;
7259     }
7260
7261     private static boolean testRerooting() {
7262         try {
7263             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7264             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
7265                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7266             if ( !t1.isRooted() ) {
7267                 return false;
7268             }
7269             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7270             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7271             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7272             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7273             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7274             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7275             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7276             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7277             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7278             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7279             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7280             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7281             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7282             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7283             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7284             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7285             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7286             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7287             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7288             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7289             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7290             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7291             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7292             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7293             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7294             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7295             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7296             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7297             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
7298                 return false;
7299             }
7300             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
7301                 return false;
7302             }
7303             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
7304                 return false;
7305             }
7306             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
7307                 return false;
7308             }
7309             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
7310                 return false;
7311             }
7312             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
7313                 return false;
7314             }
7315             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
7316                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7317             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7318             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7319             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7320             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7321             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7322             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7323             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7324             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7325             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7326             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7327             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7328             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7329             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7330             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7331             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7332             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7333             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7334             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7335             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7336             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7337             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7338             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7339             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7340             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7341             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7342             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7343             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7344             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7345             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7346             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7347             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7348             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7349             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7350             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7351             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7352             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7353             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7354             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7355             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7356             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7357             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7358             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7359             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7360             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7361             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7362             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7369             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7373                 return false;
7374             }
7375             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7376             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7383                 return false;
7384             }
7385             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7386             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7387                 return false;
7388             }
7389             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7390                 return false;
7391             }
7392             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7393                 return false;
7394             }
7395             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7396             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7403             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7404                 return false;
7405             }
7406             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
7410                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7411             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
7412             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7413                 return false;
7414             }
7415             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7416                 return false;
7417             }
7418             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
7422             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7423                 return false;
7424             }
7425             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7426                 return false;
7427             }
7428             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7429                 return false;
7430             }
7431             t3.reRoot( t3.getRoot() );
7432             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7433                 return false;
7434             }
7435             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7436                 return false;
7437             }
7438             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7439                 return false;
7440             }
7441         }
7442         catch ( final Exception e ) {
7443             e.printStackTrace( System.out );
7444             return false;
7445         }
7446         return true;
7447     }
7448
7449     private static boolean testSDIse() {
7450         try {
7451             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7452             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
7453             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
7454             gene1.setRooted( true );
7455             species1.setRooted( true );
7456             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
7457             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
7458                 return false;
7459             }
7460             final Phylogeny species2 = factory
7461                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7462                              new NHXParser() )[ 0 ];
7463             final Phylogeny gene2 = factory
7464                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7465                              new NHXParser() )[ 0 ];
7466             species2.setRooted( true );
7467             gene2.setRooted( true );
7468             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
7469             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
7473                 return false;
7474             }
7475             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
7479                 return false;
7480             }
7481             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
7482                 return false;
7483             }
7484             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
7485                 return false;
7486             }
7487             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             final Phylogeny species3 = factory
7491                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7492                              new NHXParser() )[ 0 ];
7493             final Phylogeny gene3 = factory
7494                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7495                              new NHXParser() )[ 0 ];
7496             species3.setRooted( true );
7497             gene3.setRooted( true );
7498             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
7499             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7500                 return false;
7501             }
7502             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
7503                 return false;
7504             }
7505             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
7506                 return false;
7507             }
7508             final Phylogeny species4 = factory
7509                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7510                              new NHXParser() )[ 0 ];
7511             final Phylogeny gene4 = factory
7512                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7513                              new NHXParser() )[ 0 ];
7514             species4.setRooted( true );
7515             gene4.setRooted( true );
7516             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
7517             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7518                 return false;
7519             }
7520             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
7524                 return false;
7525             }
7526             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7530                 return false;
7531             }
7532             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             final Phylogeny species5 = factory
7536                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7537                              new NHXParser() )[ 0 ];
7538             final Phylogeny gene5 = factory
7539                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7540                              new NHXParser() )[ 0 ];
7541             species5.setRooted( true );
7542             gene5.setRooted( true );
7543             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
7544             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
7563             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
7564             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
7565             final Phylogeny species6 = factory
7566                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7567                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7568                              new NHXParser() )[ 0 ];
7569             final Phylogeny gene6 = factory
7570                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
7571                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
7572                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
7573                              new NHXParser() )[ 0 ];
7574             species6.setRooted( true );
7575             gene6.setRooted( true );
7576             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
7577             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
7578                 return false;
7579             }
7580             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
7581                 return false;
7582             }
7583             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7584                 return false;
7585             }
7586             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7587                 return false;
7588             }
7589             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
7590                 return false;
7591             }
7592             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
7593                 return false;
7594             }
7595             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
7596                 return false;
7597             }
7598             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
7599                 return false;
7600             }
7601             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
7602                 return false;
7603             }
7604             sdi6.computeMappingCostL();
7605             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
7606                 return false;
7607             }
7608             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7609                 return false;
7610             }
7611             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7612                 return false;
7613             }
7614             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
7615                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
7616                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
7617                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
7618                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
7619             species7.setRooted( true );
7620             final Phylogeny gene7_1 = Test
7621                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7622             gene7_1.setRooted( true );
7623             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
7624             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7625                 return false;
7626             }
7627             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7628                 return false;
7629             }
7630             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7631                 return false;
7632             }
7633             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7634                 return false;
7635             }
7636             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7637                 return false;
7638             }
7639             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7643                 return false;
7644             }
7645             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7646                 return false;
7647             }
7648             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7649                 return false;
7650             }
7651             final Phylogeny gene7_2 = Test
7652                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7653             gene7_2.setRooted( true );
7654             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
7655             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7659                 return false;
7660             }
7661             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7665                 return false;
7666             }
7667             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7668                 return false;
7669             }
7670             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7671                 return false;
7672             }
7673             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
7674                 return false;
7675             }
7676             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7683                 return false;
7684             }
7685         }
7686         catch ( final Exception e ) {
7687             return false;
7688         }
7689         return true;
7690     }
7691
7692     private static boolean testSDIunrooted() {
7693         try {
7694             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7695             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
7696             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
7697             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
7698             PhylogenyBranch br = iter.next();
7699             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7700                 return false;
7701             }
7702             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7703                 return false;
7704             }
7705             br = iter.next();
7706             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7710                 return false;
7711             }
7712             br = iter.next();
7713             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7714                 return false;
7715             }
7716             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7717                 return false;
7718             }
7719             br = iter.next();
7720             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7721                 return false;
7722             }
7723             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             br = iter.next();
7727             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7728                 return false;
7729             }
7730             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             br = iter.next();
7734             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             br = iter.next();
7741             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7742                 return false;
7743             }
7744             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7745                 return false;
7746             }
7747             br = iter.next();
7748             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             br = iter.next();
7755             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7756                 return false;
7757             }
7758             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7759                 return false;
7760             }
7761             br = iter.next();
7762             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7763                 return false;
7764             }
7765             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             br = iter.next();
7769             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7770                 return false;
7771             }
7772             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7773                 return false;
7774             }
7775             br = iter.next();
7776             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
7777                 return false;
7778             }
7779             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
7780                 return false;
7781             }
7782             br = iter.next();
7783             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7784                 return false;
7785             }
7786             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7787                 return false;
7788             }
7789             br = iter.next();
7790             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
7791                 return false;
7792             }
7793             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
7794                 return false;
7795             }
7796             br = iter.next();
7797             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
7801                 return false;
7802             }
7803             if ( iter.hasNext() ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7807             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
7808             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
7809             br = iter1.next();
7810             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7811                 return false;
7812             }
7813             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             br = iter1.next();
7817             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7818                 return false;
7819             }
7820             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7821                 return false;
7822             }
7823             br = iter1.next();
7824             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7825                 return false;
7826             }
7827             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7828                 return false;
7829             }
7830             if ( iter1.hasNext() ) {
7831                 return false;
7832             }
7833             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7834             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
7835             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
7836             br = iter2.next();
7837             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7838                 return false;
7839             }
7840             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7841                 return false;
7842             }
7843             br = iter2.next();
7844             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7845                 return false;
7846             }
7847             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             br = iter2.next();
7851             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7852                 return false;
7853             }
7854             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7855                 return false;
7856             }
7857             if ( iter2.hasNext() ) {
7858                 return false;
7859             }
7860             final Phylogeny species0 = factory
7861                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7862                              new NHXParser() )[ 0 ];
7863             final Phylogeny gene1 = factory
7864                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7865                              new NHXParser() )[ 0 ];
7866             species0.setRooted( true );
7867             gene1.setRooted( true );
7868             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
7869             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
7870             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7871                 return false;
7872             }
7873             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
7874                 return false;
7875             }
7876             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
7877                 return false;
7878             }
7879             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
7880                 return false;
7881             }
7882             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7883                 return false;
7884             }
7885             final Phylogeny gene2 = factory
7886                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7887                              new NHXParser() )[ 0 ];
7888             gene2.setRooted( true );
7889             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
7890             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7891                 return false;
7892             }
7893             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7894                 return false;
7895             }
7896             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7897                 return false;
7898             }
7899             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
7900                 return false;
7901             }
7902             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7903                 return false;
7904             }
7905             final Phylogeny species6 = factory
7906                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7907                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7908                              new NHXParser() )[ 0 ];
7909             final Phylogeny gene6 = factory
7910                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7911                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7912                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7913                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7914                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7915                              new NHXParser() )[ 0 ];
7916             species6.setRooted( true );
7917             gene6.setRooted( true );
7918             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
7919             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7926                 return false;
7927             }
7928             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7929                 return false;
7930             }
7931             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7932                 return false;
7933             }
7934             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7935                 return false;
7936             }
7937             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7938                 return false;
7939             }
7940             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7941                 return false;
7942             }
7943             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7944                 return false;
7945             }
7946             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7947                 return false;
7948             }
7949             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
7950                 return false;
7951             }
7952             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
7953                 return false;
7954             }
7955             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
7956                 return false;
7957             }
7958             p6 = null;
7959             final Phylogeny species7 = factory
7960                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7961                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7962                              new NHXParser() )[ 0 ];
7963             final Phylogeny gene7 = factory
7964                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7965                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7966                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7967                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7968                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7969                              new NHXParser() )[ 0 ];
7970             species7.setRooted( true );
7971             gene7.setRooted( true );
7972             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
7973             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7974                 return false;
7975             }
7976             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7977                 return false;
7978             }
7979             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7980                 return false;
7981             }
7982             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7983                 return false;
7984             }
7985             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
7986                 return false;
7987             }
7988             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7992                 return false;
7993             }
7994             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7998                 return false;
7999             }
8000             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8001                 return false;
8002             }
8003             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8004                 return false;
8005             }
8006             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8007                 return false;
8008             }
8009             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             p7 = null;
8013             final Phylogeny species8 = factory
8014                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
8015                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
8016                              new NHXParser() )[ 0 ];
8017             final Phylogeny gene8 = factory
8018                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
8019                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
8020                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
8021                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
8022                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
8023                              new NHXParser() )[ 0 ];
8024             species8.setRooted( true );
8025             gene8.setRooted( true );
8026             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
8027             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
8028                 return false;
8029             }
8030             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
8031                 return false;
8032             }
8033             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
8034                 return false;
8035             }
8036             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
8037                 return false;
8038             }
8039             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
8043                 return false;
8044             }
8045             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8055                 return false;
8056             }
8057             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8058                 return false;
8059             }
8060             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8061                 return false;
8062             }
8063             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8064                 return false;
8065             }
8066             p8 = null;
8067         }
8068         catch ( final Exception e ) {
8069             e.printStackTrace( System.out );
8070             return false;
8071         }
8072         return true;
8073     }
8074
8075     private static boolean testSplit() {
8076         try {
8077             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8078             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
8079             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
8080             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
8081             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8082             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8083             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8084             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8085             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8086             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8087             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8088             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8089             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8090             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
8091             // System.out.println( s0.toString() );
8092             //
8093             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8094             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8095             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8096             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8097                 return false;
8098             }
8099             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8100             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8101             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8102             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8103             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8107             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8108                 return false;
8109             }
8110             //
8111             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8115             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8116                 return false;
8117             }
8118             //
8119             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8120             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8123             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8124             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             //
8128             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8129             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8133             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8134                 return false;
8135             }
8136             //
8137             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8141             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8142                 return false;
8143             }
8144             //
8145             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8146             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8148             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8149                 return false;
8150             }
8151             //
8152             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8153             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8154             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8158             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             //
8162             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8163             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8166             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8167                 return false;
8168             }
8169             //
8170             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8171             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8172             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8173             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8174             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8175             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             //
8179             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8182             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8183                 return false;
8184             }
8185             //
8186             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8191             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8192                 return false;
8193             }
8194             //
8195             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8201             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8202                 return false;
8203             }
8204             //
8205             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8209             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8210                 return false;
8211             }
8212             //
8213             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8216             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8217                 return false;
8218             }
8219             //
8220             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8221             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8223             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8224                 return false;
8225             }
8226             //
8227             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8229             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8230             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8231                 return false;
8232             }
8233             //
8234             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8237             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8238                 return false;
8239             }
8240             //
8241             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8242             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8244             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8245                 return false;
8246             }
8247             //
8248             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8249             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8250             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8251             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8252                 return false;
8253             }
8254             //
8255             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8256             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8257             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8258             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8259             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8260                 return false;
8261             }
8262             //
8263             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8266             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8267             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             //
8271             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8274             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8275             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8276                 return false;
8277             }
8278             //
8279             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8280             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8281             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8282             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8284             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8285                 return false;
8286             }
8287             /////////
8288             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8289             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8290             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8291             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8292             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8293             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8294             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8295             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8296             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8297             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8298             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8299             //                return false;
8300             //            }
8301             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8302             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8303             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8304             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8305             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8306             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8307             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8308             //                return false;
8309             //            }
8310             //            //
8311             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8312             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8313             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8314             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8315             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8316             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8317             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8318             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8319             //                return false;
8320             //            }
8321             //            //
8322             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8323             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8324             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8325             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8326             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8327             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8328             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8329             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8330             //                return false;
8331             //            }
8332             //            //
8333             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8334             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8335             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8336             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8337             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8338             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8339             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8340             //                return false;
8341             //            }
8342             //            //
8343             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8344             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8345             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8346             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8347             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8348             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8349             //                return false;
8350             //            }
8351             //
8352             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8353             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8354             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8355             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8356             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8357             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8358                 return false;
8359             }
8360             //
8361             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8362             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8363             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8365             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8366             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8367                 return false;
8368             }
8369             ///////////////////////////
8370             //
8371             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8374             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8375             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8376             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8377                 return false;
8378             }
8379             //
8380             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8381             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8382             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8383             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8384             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8385             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8386                 return false;
8387             }
8388             //
8389             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8390             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8391             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8394             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             //
8398             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8401             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8402             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8403             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8404                 return false;
8405             }
8406             //
8407             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8408             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8409             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8410             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8411             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8412             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8413                 return false;
8414             }
8415             //
8416             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8417             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8418             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8419             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8420             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8421                 return false;
8422             }
8423             //
8424             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8425             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8426             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8427             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8428             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8429             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8430             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8431                 return false;
8432             }
8433             //
8434             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8435             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8436             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8437             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8438             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8439             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8440             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             //
8444             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8445             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8446             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8448             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8449             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8450             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8451                 return false;
8452             }
8453             //
8454             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8455             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8456             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8457             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8458             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8459             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8460             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8461             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8462                 return false;
8463             }
8464         }
8465         catch ( final Exception e ) {
8466             e.printStackTrace();
8467             return false;
8468         }
8469         return true;
8470     }
8471
8472     private static boolean testSplitStrict() {
8473         try {
8474             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8475             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
8476             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
8477             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8478             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8479             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8480             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8481             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8482             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8483             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8484             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
8485             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8486             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8487             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8488             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8489                 return false;
8490             }
8491             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8495             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8498             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8499             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8500                 return false;
8501             }
8502             //
8503             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8504             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8505             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8506             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8507             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8508                 return false;
8509             }
8510             //
8511             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8514             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8515             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8516             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8517                 return false;
8518             }
8519             //
8520             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8524             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8525             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8526                 return false;
8527             }
8528             //
8529             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8533             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             //
8537             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8540             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8541                 return false;
8542             }
8543             //
8544             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8550             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8551                 return false;
8552             }
8553             //
8554             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8555             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8558             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8559                 return false;
8560             }
8561             //
8562             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8565             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8567             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8568                 return false;
8569             }
8570             //
8571             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8572             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8574             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8575                 return false;
8576             }
8577             //
8578             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8580             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8583             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8584                 return false;
8585             }
8586             //
8587             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8588             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8593             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             //
8597             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8599             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8600             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8601             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8602                 return false;
8603             }
8604             //
8605             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8606             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8607             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8608             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8609                 return false;
8610             }
8611             //
8612             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8613             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8615             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             //
8619             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8620             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8621             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8622             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8623                 return false;
8624             }
8625             //
8626             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8627             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8628             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8629             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8630                 return false;
8631             }
8632             //
8633             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8636             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8637                 return false;
8638             }
8639             //
8640             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8643             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8644                 return false;
8645             }
8646             //
8647             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8648             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8651             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8652                 return false;
8653             }
8654             //
8655             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8657             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8659             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8660                 return false;
8661             }
8662             //
8663             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8665             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8666             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8667             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8668                 return false;
8669             }
8670             //
8671             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8673             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8674             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8675             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8676             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8677                 return false;
8678             }
8679         }
8680         catch ( final Exception e ) {
8681             e.printStackTrace();
8682             return false;
8683         }
8684         return true;
8685     }
8686
8687     private static boolean testSubtreeDeletion() {
8688         try {
8689             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8690             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8691             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
8692             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8693                 return false;
8694             }
8695             t1.toNewHampshireX();
8696             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
8697             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             t1.toNewHampshireX();
8701             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
8702             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8703                 return false;
8704             }
8705             t1.toNewHampshireX();
8706             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
8707             t1.toNewHampshireX();
8708             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8709                 return false;
8710             }
8711             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
8712             t1.toNewHampshireX();
8713             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
8714                 return false;
8715             }
8716             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
8717             t1.toNewHampshireX();
8718             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8719                 return false;
8720             }
8721             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
8722             t1.toNewHampshireX();
8723             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8724                 return false;
8725             }
8726             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
8727             t1.toNewHampshireX();
8728             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8729                 return false;
8730             }
8731             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
8732             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
8733                 return false;
8734             }
8735             if ( !t1.isEmpty() ) {
8736                 return false;
8737             }
8738             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8739             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
8740             t2.toNewHampshireX();
8741             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8742                 return false;
8743             }
8744             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
8745             t2.toNewHampshireX();
8746             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8747                 return false;
8748             }
8749             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
8750             t2.toNewHampshireX();
8751             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8752                 return false;
8753             }
8754         }
8755         catch ( final Exception e ) {
8756             e.printStackTrace( System.out );
8757             return false;
8758         }
8759         return true;
8760     }
8761
8762     private static boolean testSupportCount() {
8763         try {
8764             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8765             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
8766             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
8767                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
8768                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8769                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8770                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
8771                                                               new NHXParser() );
8772             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
8773             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
8774             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8775                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
8776                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
8777                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8778                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8779                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8780                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
8781                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8782                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
8783                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
8784                                                               new NHXParser() );
8785             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
8786             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
8787             while ( it.hasNext() ) {
8788                 final PhylogenyNode n = it.next();
8789                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
8790                     return false;
8791                 }
8792             }
8793             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
8794             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
8795                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
8796             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
8797             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
8798             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
8802                 return false;
8803             }
8804             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
8805                 return false;
8806             }
8807             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
8808                 return false;
8809             }
8810             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
8814                 return false;
8815             }
8816             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
8817                 return false;
8818             }
8819             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
8820                 return false;
8821             }
8822             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
8823                 return false;
8824             }
8825             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
8826                 return false;
8827             }
8828             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8829             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
8830                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
8831             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
8832             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
8833             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
8834                 return false;
8835             }
8836             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
8837                 return false;
8838             }
8839             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
8840                 return false;
8841             }
8842             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
8843                 return false;
8844             }
8845             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
8846                 return false;
8847             }
8848             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
8849                 return false;
8850             }
8851             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
8852                 return false;
8853             }
8854             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
8855                 return false;
8856             }
8857             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
8858                 return false;
8859             }
8860             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
8861                 return false;
8862             }
8863             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8864             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8865             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
8866             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
8867                 return false;
8868             }
8869             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8870             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8871             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
8872             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
8873                 return false;
8874             }
8875             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8876             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
8877             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
8878             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
8879                 return false;
8880             }
8881             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8882             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8883             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
8884             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
8885                 return false;
8886             }
8887         }
8888         catch ( final Exception e ) {
8889             e.printStackTrace( System.out );
8890             return false;
8891         }
8892         return true;
8893     }
8894
8895     private static boolean testSupportTransfer() {
8896         try {
8897             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8898             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
8899                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
8900             final Phylogeny p2 = factory
8901                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
8902             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
8903                 return false;
8904             }
8905             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
8906                 return false;
8907             }
8908             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
8909             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
8910             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8911                 return false;
8912             }
8913             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
8914                 return false;
8915             }
8916             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
8917                 return false;
8918             }
8919             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
8920                 return false;
8921             }
8922             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
8923                 return false;
8924             }
8925             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
8926                 return false;
8927             }
8928             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
8929                 return false;
8930             }
8931             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
8932                 return false;
8933             }
8934         }
8935         catch ( final Exception e ) {
8936             e.printStackTrace( System.out );
8937             return false;
8938         }
8939         return true;
8940     }
8941
8942     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
8943         try {
8944             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
8945                                                                                                  10 );
8946             if ( results.size() != 1 ) {
8947                 return false;
8948             }
8949             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8950                 return false;
8951             }
8952             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8953                 return false;
8954             }
8955             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8956                 return false;
8957             }
8958             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8959                 return false;
8960             }
8961             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8962                 return false;
8963             }
8964             results = null;
8965             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
8966             if ( results.size() != 1 ) {
8967                 return false;
8968             }
8969             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8970                 return false;
8971             }
8972             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8973                 return false;
8974             }
8975             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8976                 return false;
8977             }
8978             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8979                 return false;
8980             }
8981             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8982                 return false;
8983             }
8984             results = null;
8985             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
8986             if ( results.size() != 1 ) {
8987                 return false;
8988             }
8989             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8990                 return false;
8991             }
8992             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8993                 return false;
8994             }
8995             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8996                 return false;
8997             }
8998             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8999                 return false;
9000             }
9001             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9002                 return false;
9003             }
9004             results = null;
9005             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
9006             if ( results.size() != 1 ) {
9007                 return false;
9008             }
9009             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9010                 return false;
9011             }
9012             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9013                 return false;
9014             }
9015             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9016                 return false;
9017             }
9018             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9019                 return false;
9020             }
9021             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9022                 return false;
9023             }
9024             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
9025                 return false;
9026             }
9027             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
9028                 return false;
9029             }
9030             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
9031                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9032                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
9033                 return false;
9034             }
9035         }
9036         catch ( final IOException e ) {
9037             System.out.println();
9038             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9039             e.printStackTrace( System.out );
9040             return true;
9041         }
9042         catch ( final Exception e ) {
9043             return false;
9044         }
9045         return true;
9046     }
9047
9048     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
9049         //The format for GenBank Accession numbers are:
9050         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
9051         //Protein:    3 letters + 5 numerals
9052         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
9053         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
9054             return false;
9055         }
9056         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
9057             return false;
9058         }
9059         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
9060             return false;
9061         }
9062         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
9063             return false;
9064         }
9065         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
9066             return false;
9067         }
9068         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
9069             return false;
9070         }
9071         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
9072             return false;
9073         }
9074         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
9075             return false;
9076         }
9077         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
9078             return false;
9079         }
9080         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
9081             return false;
9082         }
9083         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
9084             return false;
9085         }
9086         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
9087             return false;
9088         }
9089         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
9090             return false;
9091         }
9092         return true;
9093     }
9094
9095     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
9096         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
9097             return false;
9098         }
9099         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
9100             return false;
9101         }
9102         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
9103             return false;
9104         }
9105         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
9106             return false;
9107         }
9108         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
9109             return false;
9110         }
9111         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
9112             return false;
9113         }
9114         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
9115             return false;
9116         }
9117         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
9118             return false;
9119         }
9120         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
9121             return false;
9122         }
9123         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9124             return false;
9125         }
9126         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9127             return false;
9128         }
9129         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9130             return false;
9131         }
9132         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
9133             return false;
9134         }
9135         try {
9136             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
9137             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
9138                 return false;
9139             }
9140             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
9141                 return false;
9142             }
9143             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
9144                 return false;
9145             }
9146             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
9147                 return false;
9148             }
9149             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
9150                 return false;
9151             }
9152         }
9153         catch ( final IOException e ) {
9154             System.out.println();
9155             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9156             e.printStackTrace( System.out );
9157             return true;
9158         }
9159         catch ( final Exception e ) {
9160             return false;
9161         }
9162         return true;
9163     }
9164
9165     private static boolean testWabiTxSearch() {
9166         try {
9167             String result = "";
9168             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
9169             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
9170             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
9171                 return false;
9172             }
9173             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
9174             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
9175                 return false;
9176             }
9177             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
9178             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
9179                 return false;
9180             }
9181             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
9182             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9183                 return false;
9184             }
9185             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
9186             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
9187                 return false;
9188             }
9189             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
9190             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
9191                 return false;
9192             }
9193             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
9194             queries.add( "Campylobacter coli" );
9195             queries.add( "Escherichia coli" );
9196             queries.add( "Arabidopsis" );
9197             queries.add( "Trichoplax" );
9198             queries.add( "Samanea saman" );
9199             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
9200             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
9201             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
9202             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
9203             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
9204             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
9205             ranks.add( RANKS.FAMILY );
9206             ranks.add( RANKS.GENUS );
9207             ranks.add( RANKS.TRIBE );
9208             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
9209             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
9210             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
9211         }
9212         catch ( final Exception e ) {
9213             System.out.println();
9214             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9215             e.printStackTrace( System.out );
9216             return false;
9217         }
9218         return true;
9219     }
9220
9221     private static boolean testAminoAcidSequence() {
9222         try {
9223             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
9224             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
9225                 return false;
9226             }
9227             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
9228                 return false;
9229             }
9230             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
9231                 return false;
9232             }
9233             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
9234                 return false;
9235             }
9236             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
9237             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
9238                 return false;
9239             }
9240             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
9241             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
9242                 return false;
9243             }
9244             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
9245             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
9246                 return false;
9247             }
9248         }
9249         catch ( final Exception e ) {
9250             e.printStackTrace();
9251             return false;
9252         }
9253         return true;
9254     }
9255
9256     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
9257         try {
9258             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
9259             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
9260                 return false;
9261             }
9262             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
9263                 return false;
9264             }
9265             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
9266             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
9267                 return false;
9268             }
9269             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
9270                 return false;
9271             }
9272         }
9273         catch ( final Exception e ) {
9274             e.printStackTrace();
9275             return false;
9276         }
9277         return true;
9278     }
9279
9280     private static boolean testFastaParser() {
9281         try {
9282             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
9283                 return false;
9284             }
9285             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
9286                 return false;
9287             }
9288             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
9289             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
9290                 return false;
9291             }
9292             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
9293                 return false;
9294             }
9295             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
9296                 return false;
9297             }
9298             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
9299                 return false;
9300             }
9301             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
9302                 return false;
9303             }
9304             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
9305                 return false;
9306             }
9307         }
9308         catch ( final Exception e ) {
9309             e.printStackTrace();
9310             return false;
9311         }
9312         return true;
9313     }
9314
9315     private static boolean testGeneralMsaParser() {
9316         try {
9317             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
9318             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
9319             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
9320             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
9321             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
9322             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
9323             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
9324             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
9325             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9326                 return false;
9327             }
9328             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9329                 return false;
9330             }
9331             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9332                 return false;
9333             }
9334             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9335                 return false;
9336             }
9337             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9338                 return false;
9339             }
9340             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9341                 return false;
9342             }
9343             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9344                 return false;
9345             }
9346             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9347                 return false;
9348             }
9349             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9350                 return false;
9351             }
9352             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9353                 return false;
9354             }
9355             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9356                 return false;
9357             }
9358             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9359                 return false;
9360             }
9361             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
9362             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
9363                 return false;
9364             }
9365             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
9366                 return false;
9367             }
9368             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
9369                 return false;
9370             }
9371             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
9372             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
9373                 return false;
9374             }
9375             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
9376                 return false;
9377             }
9378             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
9379                 return false;
9380             }
9381             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
9382             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
9383                 return false;
9384             }
9385             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
9386                 return false;
9387             }
9388             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
9389                 return false;
9390             }
9391         }
9392         catch ( final Exception e ) {
9393             e.printStackTrace();
9394             return false;
9395         }
9396         return true;
9397     }
9398
9399     private static boolean testMafft( final String path ) {
9400         try {
9401             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
9402             opts.add( "--maxiterate" );
9403             opts.add( "1000" );
9404             opts.add( "--localpair" );
9405             opts.add( "--quiet" );
9406             Msa msa = null;
9407             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
9408             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
9409             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
9410                 return false;
9411             }
9412             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
9413                 return false;
9414             }
9415         }
9416         catch ( final Exception e ) {
9417             e.printStackTrace( System.out );
9418             return false;
9419         }
9420         return true;
9421     }
9422
9423     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
9424         try {
9425             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9426             PhylogenyNode n;
9427             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9428             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9429             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
9430             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9431             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9432             n = t0.getFirstExternalNode();
9433             while ( n != null ) {
9434                 ext.add( n );
9435                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9436             }
9437             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9438                 return false;
9439             }
9440             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9441                 return false;
9442             }
9443             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9444                 return false;
9445             }
9446             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
9447                 return false;
9448             }
9449             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
9450                 return false;
9451             }
9452             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
9453                 return false;
9454             }
9455             ext.clear();
9456             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9457             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
9458             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9459             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9460             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9461             n = t1.getNode( "ab" );
9462             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9463             while ( n != null ) {
9464                 ext.add( n );
9465                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9466             }
9467             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9468                 return false;
9469             }
9470             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9471                 return false;
9472             }
9473             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
9474                 return false;
9475             }
9476             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
9477                 return false;
9478             }
9479             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
9480                 return false;
9481             }
9482             //
9483             //
9484             ext.clear();
9485             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9486             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
9487             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9488             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9489             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9490             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9491             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9492             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9493             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9494             n = t2.getNode( "ab" );
9495             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9496             while ( n != null ) {
9497                 ext.add( n );
9498                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9499             }
9500             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9501                 return false;
9502             }
9503             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9504                 return false;
9505             }
9506             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
9507                 return false;
9508             }
9509             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9510                 return false;
9511             }
9512             //
9513             //
9514             ext.clear();
9515             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9516             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
9517             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9518             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9519             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9520             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9521             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9522             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9523             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9524             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9525             n = t3.getNode( "ab" );
9526             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9527             while ( n != null ) {
9528                 ext.add( n );
9529                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9530             }
9531             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9532                 return false;
9533             }
9534             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9535                 return false;
9536             }
9537             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9538                 return false;
9539             }
9540             //
9541             //
9542             ext.clear();
9543             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9544             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
9545             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9546             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9547             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9548             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9549             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9550             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9551             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9552             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9553             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
9554             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
9555             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
9556                 return false;
9557             }
9558             //
9559             //
9560             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9561             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
9562             ext.clear();
9563             n = t5.getFirstExternalNode();
9564             while ( n != null ) {
9565                 ext.add( n );
9566                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9567             }
9568             if ( ext.size() != 8 ) {
9569                 return false;
9570             }
9571             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9572                 return false;
9573             }
9574             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9575                 return false;
9576             }
9577             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9578                 return false;
9579             }
9580             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9581                 return false;
9582             }
9583             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9584                 return false;
9585             }
9586             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9587                 return false;
9588             }
9589             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
9590                 return false;
9591             }
9592             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
9593                 return false;
9594             }
9595             //
9596             //
9597             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9598             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
9599             ext.clear();
9600             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9601             n = t6.getNode( "ab" );
9602             while ( n != null ) {
9603                 ext.add( n );
9604                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9605             }
9606             if ( ext.size() != 7 ) {
9607                 return false;
9608             }
9609             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9610                 return false;
9611             }
9612             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9613                 return false;
9614             }
9615             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9616                 return false;
9617             }
9618             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9619                 return false;
9620             }
9621             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9622                 return false;
9623             }
9624             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9625                 return false;
9626             }
9627             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9628                 return false;
9629             }
9630             //
9631             //
9632             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9633             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
9634             ext.clear();
9635             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9636             n = t7.getNode( "a" );
9637             while ( n != null ) {
9638                 ext.add( n );
9639                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9640             }
9641             if ( ext.size() != 7 ) {
9642                 return false;
9643             }
9644             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9645                 return false;
9646             }
9647             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9648                 return false;
9649             }
9650             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9651                 return false;
9652             }
9653             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9654                 return false;
9655             }
9656             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9657                 return false;
9658             }
9659             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9660                 return false;
9661             }
9662             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9663                 return false;
9664             }
9665             //
9666             //
9667             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9668             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
9669             ext.clear();
9670             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9671             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9672             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9673             n = t8.getNode( "a" );
9674             while ( n != null ) {
9675                 ext.add( n );
9676                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9677             }
9678             if ( ext.size() != 7 ) {
9679                 return false;
9680             }
9681             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9682                 return false;
9683             }
9684             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9685                 return false;
9686             }
9687             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9688                 System.out.println( "2 fail" );
9689                 return false;
9690             }
9691             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9692                 return false;
9693             }
9694             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9695                 return false;
9696             }
9697             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9698                 return false;
9699             }
9700             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9701                 return false;
9702             }
9703             //
9704             //
9705             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9706             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
9707             ext.clear();
9708             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9709             n = t9.getNode( "a" );
9710             while ( n != null ) {
9711                 ext.add( n );
9712                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9713             }
9714             if ( ext.size() != 7 ) {
9715                 return false;
9716             }
9717             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9718                 return false;
9719             }
9720             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9721                 return false;
9722             }
9723             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9724                 return false;
9725             }
9726             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9727                 return false;
9728             }
9729             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9730                 return false;
9731             }
9732             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9733                 return false;
9734             }
9735             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9736                 return false;
9737             }
9738             //
9739             //
9740             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9741             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
9742             ext.clear();
9743             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9744             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9745             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9746             n = t10.getNode( "a" );
9747             while ( n != null ) {
9748                 ext.add( n );
9749                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9750             }
9751             if ( ext.size() != 7 ) {
9752                 return false;
9753             }
9754             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9755                 return false;
9756             }
9757             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9758                 return false;
9759             }
9760             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9761                 return false;
9762             }
9763             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9764                 return false;
9765             }
9766             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9767                 return false;
9768             }
9769             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9770                 return false;
9771             }
9772             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9773                 return false;
9774             }
9775             //
9776             //
9777             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9778             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
9779             ext.clear();
9780             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9781             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9782             n = t11.getNode( "a" );
9783             while ( n != null ) {
9784                 ext.add( n );
9785                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9786             }
9787             if ( ext.size() != 6 ) {
9788                 return false;
9789             }
9790             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9791                 return false;
9792             }
9793             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9794                 return false;
9795             }
9796             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9797                 return false;
9798             }
9799             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9800                 return false;
9801             }
9802             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9803                 return false;
9804             }
9805             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9806                 return false;
9807             }
9808             //
9809             //
9810             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9811             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
9812             ext.clear();
9813             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9814             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9815             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9816             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9817             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
9818             n = t12.getNode( "a" );
9819             while ( n != null ) {
9820                 ext.add( n );
9821                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9822             }
9823             if ( ext.size() != 6 ) {
9824                 return false;
9825             }
9826             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9827                 return false;
9828             }
9829             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9830                 return false;
9831             }
9832             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9833                 return false;
9834             }
9835             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9836                 return false;
9837             }
9838             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9839                 return false;
9840             }
9841             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9842                 return false;
9843             }
9844             //
9845             //
9846             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9847             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
9848             ext.clear();
9849             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9850             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
9851             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9852             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9853             n = t13.getNode( "ab" );
9854             while ( n != null ) {
9855                 ext.add( n );
9856                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9857             }
9858             if ( ext.size() != 5 ) {
9859                 return false;
9860             }
9861             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9862                 return false;
9863             }
9864             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9865                 return false;
9866             }
9867             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9868                 return false;
9869             }
9870             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9871                 return false;
9872             }
9873             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9874                 return false;
9875             }
9876             //
9877             //
9878             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9879             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
9880             ext.clear();
9881             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9882             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9883             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9884             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9885             n = t14.getNode( "ab" );
9886             while ( n != null ) {
9887                 ext.add( n );
9888                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9889             }
9890             if ( ext.size() != 5 ) {
9891                 return false;
9892             }
9893             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9894                 return false;
9895             }
9896             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9897                 return false;
9898             }
9899             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9900                 return false;
9901             }
9902             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9903                 return false;
9904             }
9905             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9906                 return false;
9907             }
9908             //
9909             //
9910             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9911             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
9912             ext.clear();
9913             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9914             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9915             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9916             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9917             n = t15.getNode( "ab" );
9918             while ( n != null ) {
9919                 ext.add( n );
9920                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9921             }
9922             if ( ext.size() != 6 ) {
9923                 return false;
9924             }
9925             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9926                 return false;
9927             }
9928             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9929                 return false;
9930             }
9931             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9932                 return false;
9933             }
9934             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9935                 return false;
9936             }
9937             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
9938                 return false;
9939             }
9940             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9941                 return false;
9942             }
9943             //
9944             //
9945             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9946             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
9947             ext.clear();
9948             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9949             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9950             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9951             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9952             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9953             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9954             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9955             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
9956             n = t16.getNode( "ab" );
9957             while ( n != null ) {
9958                 ext.add( n );
9959                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9960             }
9961             if ( ext.size() != 4 ) {
9962                 return false;
9963             }
9964             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9965                 return false;
9966             }
9967             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9968                 return false;
9969             }
9970             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
9971                 return false;
9972             }
9973             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9974                 return false;
9975             }
9976         }
9977         catch ( final Exception e ) {
9978             e.printStackTrace( System.out );
9979             return false;
9980         }
9981         return true;
9982     }
9983
9984     private static boolean testMsaQualityMethod() {
9985         try {
9986             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
9987             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
9988             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
9989             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
9990             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
9991             l.add( s0 );
9992             l.add( s1 );
9993             l.add( s2 );
9994             l.add( s3 );
9995             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
9996             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
9997                 return false;
9998             }
9999             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
10000                 return false;
10001             }
10002             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
10003                 return false;
10004             }
10005             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
10006                 return false;
10007             }
10008         }
10009         catch ( final Exception e ) {
10010             e.printStackTrace( System.out );
10011             return false;
10012         }
10013         return true;
10014     }
10015
10016     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10017         try {
10018             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10019             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10020                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10021                 if ( id != null ) {
10022                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10023                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10024                 }
10025                 return false;
10026             }
10027             //
10028             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10029             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10030                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10031                 if ( id != null ) {
10032                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10033                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10034                 }
10035                 return false;
10036             }
10037             //
10038             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10039             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10040                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10041                 if ( id != null ) {
10042                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10043                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10044                 }
10045                 return false;
10046             }
10047             //
10048             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
10049             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10050                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10051                 if ( id != null ) {
10052                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10053                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10054                 }
10055                 return false;
10056             }
10057             //
10058             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10059             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10060                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10061                 if ( id != null ) {
10062                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10063                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10064                 }
10065                 return false;
10066             }
10067             //
10068             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10069             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10070                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10071                 if ( id != null ) {
10072                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10073                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10074                 }
10075                 return false;
10076             }
10077             //
10078             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10079             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10080                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10081                 if ( id != null ) {
10082                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10083                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10084                 }
10085                 return false;
10086             }
10087             //
10088             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10089             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10090                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
10091                 if ( id != null ) {
10092                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10093                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10094                 }
10095                 return false;
10096             }
10097             //
10098             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10099             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10100                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
10101                 if ( id != null ) {
10102                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10103                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10104                 }
10105                 return false;
10106             }
10107             //
10108             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
10109             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10110                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
10111                 if ( id != null ) {
10112                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10113                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10114                 }
10115                 return false;
10116             }
10117             //
10118             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
10119             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10120                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
10121                 if ( id != null ) {
10122                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10123                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10124                 }
10125                 return false;
10126             }
10127             //
10128             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
10129             if ( id != null ) {
10130                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10131                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10132                 return false;
10133             }
10134             // lcl_91970_unknown_
10135         }
10136         catch ( final Exception e ) {
10137             e.printStackTrace( System.out );
10138             return false;
10139         }
10140         return true;
10141     }
10142 }