forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.datastructures.IntMatrix;
  42 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  43 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  46 import org.forester.go.TestGo;
  47 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  50 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  55 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  56 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  57 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  58 import org.forester.msa.BasicMsa;
  59 import org.forester.msa.Mafft;
  60 import org.forester.msa.Msa;
  61 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  62 import org.forester.msa.MsaMethods;
  63 import org.forester.pccx.TestPccx;
  64 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  70 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  73 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  77 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  79 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  82 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  83 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  86 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  87 import org.forester.protein.Protein;
  88 import org.forester.sdi.GSDI;
  89 import org.forester.sdi.RIO;
  90 import org.forester.sdi.SDI;
  91 import org.forester.sdi.SDIR;
  92 import org.forester.sdi.SDIse;
  93 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  94 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  95 import org.forester.sequence.Sequence;
  96 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  97 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  98 import org.forester.tools.SupportCount;
  99 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 100 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 101 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 102 import org.forester.util.BasicTable;
 103 import org.forester.util.BasicTableParser;
 104 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 105 import org.forester.util.ForesterConstants;
 106 import org.forester.util.ForesterUtil;
 107 import org.forester.util.GeneralTable;
 108 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 110 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 111 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 115 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 116
 117 @SuppressWarnings( "unused")
 118 public final class Test {
 119
 120     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 121     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 124     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 126                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 127     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 128     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 131     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 133                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 134
 135     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 136         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 137         return p;
 138     }
 139
 140     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 141         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 142         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 143     }
 144
 145     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 146         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 147     }
 148
 149     public static void main( final String[] args ) {
 150         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 151         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 152                 + "]" );
 153         Locale.setDefault( Locale.US );
 154         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 155         int failed = 0;
 156         int succeeded = 0;
 157         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 158         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 159             System.out.println( "OK.]" );
 160         }
 161         else {
 162             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 163             System.out.println( "Testing aborted." );
 164             System.exit( -1 );
 165         }
 166         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 167         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 168             System.out.println( "OK.]" );
 169         }
 170         else {
 171             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 172             System.out.println( "Testing aborted." );
 173             System.exit( -1 );
 174         }
 175         final long start_time = new Date().getTime();
 176         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 177         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 178             System.out.println( "OK." );
 179             succeeded++;
 180         }
 181         else {
 182             System.out.println( "failed." );
 183             System.exit( -1 ); //TODO FIXME remove me!! ~
 184             failed++;
 185         }
 186         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 187         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 188             System.out.println( "OK." );
 189             succeeded++;
 190         }
 191         else {
 192             System.out.println( "failed." );
 193             failed++;
 194         }
 195         System.out.print( "Basic node methods: " );
 196         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 197             System.out.println( "OK." );
 198             succeeded++;
 199         }
 200         else {
 201             System.out.println( "failed." );
 202             failed++;
 203         }
 204         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 205         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 206             System.out.println( "OK." );
 207             succeeded++;
 208         }
 209         else {
 210             System.out.println( "failed." );
 211             failed++;
 212         }
 213         System.out.print( "NH parsing: " );
 214         if ( Test.testNHParsing() ) {
 215             System.out.println( "OK." );
 216             succeeded++;
 217         }
 218         else {
 219             System.out.println( "failed." );
 220             failed++;
 221         }
 222         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 223         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 224             System.out.println( "OK." );
 225             succeeded++;
 226         }
 227         else {
 228             System.out.println( "failed." );
 229             failed++;
 230         }
 231         System.out.print( "NHX parsing: " );
 232         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 233             System.out.println( "OK." );
 234             succeeded++;
 235         }
 236         else {
 237             System.out.println( "failed." );
 238             failed++;
 239         }
 240         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 241         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 242             System.out.println( "OK." );
 243             succeeded++;
 244         }
 245         else {
 246             System.out.println( "failed." );
 247             failed++;
 248         }
 249         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 250         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 251             System.out.println( "OK." );
 252             succeeded++;
 253         }
 254         else {
 255             System.out.println( "failed." );
 256             failed++;
 257         }
 258         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 259         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 260             System.out.println( "OK." );
 261             succeeded++;
 262         }
 263         else {
 264             System.out.println( "failed." );
 265             failed++;
 266         }
 267         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 268         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 269             System.out.println( "OK." );
 270             succeeded++;
 271         }
 272         else {
 273             System.out.println( "failed." );
 274             failed++;
 275         }
 276         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 277         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 278             System.out.println( "OK." );
 279             succeeded++;
 280         }
 281         else {
 282             System.out.println( "failed." );
 283             failed++;
 284         }
 285         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 286         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 287             System.out.println( "OK." );
 288             succeeded++;
 289         }
 290         else {
 291             System.out.println( "failed." );
 292             failed++;
 293         }
 294         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 295         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 296             System.out.println( "OK." );
 297             succeeded++;
 298         }
 299         else {
 300             System.out.println( "failed." );
 301             failed++;
 302         }
 303         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 304         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 305             System.out.println( "OK." );
 306             succeeded++;
 307         }
 308         else {
 309             System.out.println( "failed." );
 310             failed++;
 311         }
 312         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 313         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 314             System.out.println( "OK." );
 315             succeeded++;
 316         }
 317         else {
 318             System.out.println( "failed." );
 319             failed++;
 320         }
 321         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 322         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 323             System.out.println( "OK." );
 324             succeeded++;
 325         }
 326         else {
 327             System.out.println( "failed." );
 328             failed++;
 329         }
 330         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 331         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 332             System.out.println( "OK." );
 333             succeeded++;
 334         }
 335         else {
 336             System.out.println( "failed." );
 337             failed++;
 338         }
 339         System.out.print( "Copying of node data: " );
 340         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 341             System.out.println( "OK." );
 342             succeeded++;
 343         }
 344         else {
 345             System.out.println( "failed." );
 346             failed++;
 347         }
 348         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 349         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 350             System.out.println( "OK." );
 351             succeeded++;
 352         }
 353         else {
 354             System.out.println( "failed." );
 355             failed++;
 356         }
 357         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 358         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 359             System.out.println( "OK." );
 360             succeeded++;
 361         }
 362         else {
 363             System.out.println( "failed." );
 364             failed++;
 365         }
 366         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 367         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 368             System.out.println( "OK." );
 369             succeeded++;
 370         }
 371         else {
 372             System.out.println( "failed." );
 373             failed++;
 374         }
 375         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 376         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 377             System.out.println( "OK." );
 378             succeeded++;
 379         }
 380         else {
 381             System.out.println( "failed." );
 382             failed++;
 383         }
 384         System.out.print( "Re-id methods: " );
 385         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 386             System.out.println( "OK." );
 387             succeeded++;
 388         }
 389         else {
 390             System.out.println( "failed." );
 391             failed++;
 392         }
 393         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 394         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 395             System.out.println( "OK." );
 396             succeeded++;
 397         }
 398         else {
 399             System.out.println( "failed." );
 400             failed++;
 401         }
 402         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 403         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 404             System.out.println( "OK." );
 405             succeeded++;
 406         }
 407         else {
 408             System.out.println( "failed." );
 409             failed++;
 410         }
 411         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 412         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 413             System.out.println( "OK." );
 414             succeeded++;
 415         }
 416         else {
 417             System.out.println( "failed." );
 418             failed++;
 419         }
 420         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 421         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 422             System.out.println( "OK." );
 423             succeeded++;
 424         }
 425         else {
 426             System.out.println( "failed." );
 427             failed++;
 428         }
 429         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 430         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 431             System.out.println( "OK." );
 432             succeeded++;
 433         }
 434         else {
 435             System.out.println( "failed." );
 436             failed++;
 437         }
 438         System.out.print( "Rerooting: " );
 439         if ( Test.testRerooting() ) {
 440             System.out.println( "OK." );
 441             succeeded++;
 442         }
 443         else {
 444             System.out.println( "failed." );
 445             failed++;
 446         }
 447         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 448         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 449             System.out.println( "OK." );
 450             succeeded++;
 451         }
 452         else {
 453             System.out.println( "failed." );
 454             failed++;
 455         }
 456         System.out.print( "Support count: " );
 457         if ( Test.testSupportCount() ) {
 458             System.out.println( "OK." );
 459             succeeded++;
 460         }
 461         else {
 462             System.out.println( "failed." );
 463             failed++;
 464         }
 465         System.out.print( "Support transfer: " );
 466         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 467             System.out.println( "OK." );
 468             succeeded++;
 469         }
 470         else {
 471             System.out.println( "failed." );
 472             failed++;
 473         }
 474         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 475         if ( Test.testGetLCA() ) {
 476             System.out.println( "OK." );
 477             succeeded++;
 478         }
 479         else {
 480             System.out.println( "failed." );
 481             failed++;
 482         }
 483         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 484         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 485             System.out.println( "OK." );
 486             succeeded++;
 487         }
 488         else {
 489             System.out.println( "failed." );
 490             failed++;
 491         }
 492         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 493         if ( Test.testGetDistance() ) {
 494             System.out.println( "OK." );
 495             succeeded++;
 496         }
 497         else {
 498             System.out.println( "failed." );
 499             failed++;
 500         }
 501         System.out.print( "SDIse: " );
 502         if ( Test.testSDIse() ) {
 503             System.out.println( "OK." );
 504             succeeded++;
 505         }
 506         else {
 507             System.out.println( "failed." );
 508             failed++;
 509         }
 510         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 511         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 512             System.out.println( "OK." );
 513             succeeded++;
 514         }
 515         else {
 516             System.out.println( "failed." );
 517             failed++;
 518         }
 519         System.out.print( "GSDI: " );
 520         if ( TestGSDI.test() ) {
 521             System.out.println( "OK." );
 522             succeeded++;
 523         }
 524         else {
 525             System.out.println( "failed." );
 526             failed++;
 527         }
 528         System.out.print( "Ortholog table: " );
 529         if ( Test.testOrthologTable() ) {
 530             System.out.println( "OK." );
 531             succeeded++;
 532         }
 533         else {
 534             System.out.println( "failed." );
 535             failed++;
 536         }
 537         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 538         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 539             System.out.println( "OK." );
 540             succeeded++;
 541         }
 542         else {
 543             System.out.println( "failed." );
 544             failed++;
 545         }
 546         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 547         if ( Test.testDataObjects() ) {
 548             System.out.println( "OK." );
 549             succeeded++;
 550         }
 551         else {
 552             System.out.println( "failed." );
 553             failed++;
 554         }
 555         System.out.print( "Properties map: " );
 556         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 557             System.out.println( "OK." );
 558             succeeded++;
 559         }
 560         else {
 561             System.out.println( "failed." );
 562             failed++;
 563         }
 564         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 565         System.out.println();
 566         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 567             System.out.println( "OK." );
 568             succeeded++;
 569         }
 570         else {
 571             System.out.println( "failed." );
 572             failed++;
 573         }
 574         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 575         System.out.println();
 576         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 577             System.out.println( "OK." );
 578             succeeded++;
 579         }
 580         else {
 581             System.out.println( "failed." );
 582             failed++;
 583         }
 584         System.out.print( "GO: " );
 585         System.out.println();
 586         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 587             System.out.println( "OK." );
 588             succeeded++;
 589         }
 590         else {
 591             System.out.println( "failed." );
 592             failed++;
 593         }
 594         System.out.print( "Modeling tools: " );
 595         if ( TestPccx.test() ) {
 596             System.out.println( "OK." );
 597             succeeded++;
 598         }
 599         else {
 600             System.out.println( "failed." );
 601             failed++;
 602         }
 603         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 604         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 605             System.out.println( "OK." );
 606             succeeded++;
 607         }
 608         else {
 609             System.out.println( "failed." );
 610             failed++;
 611         }
 612         System.out.print( "Split Matrix: " );
 613         if ( Test.testSplit() ) {
 614             System.out.println( "OK." );
 615             succeeded++;
 616         }
 617         else {
 618             System.out.println( "failed." );
 619             failed++;
 620         }
 621         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 622         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 623             System.out.println( "OK." );
 624             succeeded++;
 625         }
 626         else {
 627             System.out.println( "failed." );
 628             failed++;
 629         }
 630         System.out.print( "Basic table: " );
 631         if ( Test.testBasicTable() ) {
 632             System.out.println( "OK." );
 633             succeeded++;
 634         }
 635         else {
 636             System.out.println( "failed." );
 637             failed++;
 638         }
 639         System.out.print( "General table: " );
 640         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 641             System.out.println( "OK." );
 642             succeeded++;
 643         }
 644         else {
 645             System.out.println( "failed." );
 646             failed++;
 647         }
 648         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 649         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 650             System.out.println( "OK." );
 651             succeeded++;
 652         }
 653         else {
 654             System.out.println( "failed." );
 655             failed++;
 656         }
 657         System.out.print( "General MSA parser: " );
 658         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 659             System.out.println( "OK." );
 660             succeeded++;
 661         }
 662         else {
 663             System.out.println( "failed." );
 664             failed++;
 665         }
 666         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 667         if ( Test.testFastaParser() ) {
 668             System.out.println( "OK." );
 669             succeeded++;
 670         }
 671         else {
 672             System.out.println( "failed." );
 673             failed++;
 674         }
 675         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 676         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 677             System.out.println( "OK." );
 678             succeeded++;
 679         }
 680         else {
 681             System.out.println( "failed." );
 682             failed++;
 683         }
 684         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 685         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 686             System.out.println( "OK." );
 687             succeeded++;
 688         }
 689         else {
 690             System.out.println( "failed." );
 691             failed++;
 692         }
 693         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 694         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 695             System.out.println( "OK." );
 696             succeeded++;
 697         }
 698         else {
 699             System.out.println( "failed." );
 700             failed++;
 701         }
 702         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 703         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 704             System.out.println( "OK." );
 705             succeeded++;
 706         }
 707         else {
 708             System.out.println( "failed." );
 709             failed++;
 710         }
 711         //----
 712         String path = "";
 713         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 714         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 715             path = "/usr/local/bin/mafft";
 716         }
 717         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 718             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 719         }
 720         else {
 721             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 722         }
 723         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 724             path = "mafft";
 725         }
 726         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 727             path = "/usr/local/bin/mafft";
 728         }
 729         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 730             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 731             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 732                 System.out.println( "OK." );
 733                 succeeded++;
 734             }
 735             else {
 736                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 737             }
 738         }
 739         //----
 740         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 741         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 742             System.out.println( "OK." );
 743             succeeded++;
 744         }
 745         else {
 746             System.out.println( "failed." );
 747             failed++;
 748         }
 749         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 750         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 751             System.out.println( "OK." );
 752             succeeded++;
 753         }
 754         else {
 755             System.out.println( "failed." );
 756             failed++;
 757         }
 758         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 759         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 760         //            System.out.println( "OK." );
 761         //            succeeded++;
 762         //        }
 763         //        else {
 764         //            System.out
 765         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 766         //        }
 767         System.out.println();
 768         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 769         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 770         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 771         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 772                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 773         System.out.println();
 774         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 775         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 776         System.out.println();
 777         if ( failed < 1 ) {
 778             System.out.println( "OK." );
 779         }
 780         else {
 781             System.out.println( "Not OK." );
 782         }
 783         // System.out.println();
 784         // Development.setTime( true );
 785         //try {
 786         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 787         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 788         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 789         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 790         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 791         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 792         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 793         // NHXParser() )[ 0 ];
 794         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 795         // }
 796         // catch ( final Exception e ) {
 797         //     e.printStackTrace();
 798         // }
 799         // t1.getRoot().preorderPrint();
 800         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 801         // .getInstance();
 802         // try {
 803         //
 804         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 805         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 806         // factory.create(
 807         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 808         // new NHXParser() );
 809         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 810         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 811         // factory.create(
 812         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 813         // new NHXParser() );
 814         //
 815         //
 816         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 817         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 818         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 819         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 820         // factory.create(
 821         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 822         // new NHXParser() );
 823         // factory.create(
 824         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 825         // new NHXParser() );
 826         //
 827         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 828         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 829         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 830         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 831         //
 832         // factory.create(
 833         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 834         // new NHXParser() );
 835         // factory.create(
 836         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 837         // new NHXParser() );
 838         //
 839         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 840         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 841         // factory.create(
 842         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 843         // new NHXParser() );
 844         //
 845         // }
 846         // catch ( IOException e ) {
 847         // // TODO Auto-generated catch block
 848         // e.printStackTrace();
 849         // }
 850     }
 851
 852     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 853         try {
 854             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 855                 return false;
 856             }
 857             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 858             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 859                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 860             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 861                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 862             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 863                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 864             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 868                 return false;
 869             }
 870             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( !n3.isExternal() ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( !n3.isRoot() ) {
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 883                 return false;
 884             }
 885         }
 886         catch ( final Exception e ) {
 887             e.printStackTrace( System.out );
 888             return false;
 889         }
 890         return true;
 891     }
 892
 893     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 894         try {
 895             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 896             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 897             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 898                                                               xml_parser );
 899             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 900                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 901                 return false;
 902             }
 903             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 904                 return false;
 905             }
 906             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 907             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 908             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 909             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 910             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !t1.isRooted() ) {
 914                 return false;
 915             }
 916             if ( t1.isRerootable() ) {
 917                 return false;
 918             }
 919             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 920                 return false;
 921             }
 922             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 923                 return false;
 924             }
 925             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 926                 return false;
 927             }
 928             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 929                 return false;
 930             }
 931             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 932                 return false;
 933             }
 934             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 935                 return false;
 936             }
 937             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 938                 return false;
 939             }
 940             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 941                 return false;
 942             }
 943             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 944                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 948                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 952                 return false;
 953             }
 954             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 955                 return false;
 956             }
 957             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 961                 return false;
 962             }
 963             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 967                 return false;
 968             }
 969             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 973                 return false;
 974             }
 975             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 976                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 980                 return false;
 981             }
 982             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 983                 return false;
 984             }
 985             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 986                 return false;
 987             }
 988             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 989                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
 993                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
 997                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1001                     .equals( "experimental" ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1005                     .equals( "function" ) ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1009                     .getValue() != 1 ) {
1010                 return false;
1011             }
1012             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1013                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1017                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1018                 return false;
1019             }
1020             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1021                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1022                 return false;
1023             }
1024             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1025                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1029                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1033                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1034                 return false;
1035             }
1036             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1037                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1038                 return false;
1039             }
1040             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1041                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1042                 return false;
1043             }
1044             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1045                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1046                 return false;
1047             }
1048             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1049                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1053                 return false;
1054             }
1055             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1056                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1057                 return false;
1058             }
1059             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1060                 return false;
1061             }
1062         }
1063         catch ( final Exception e ) {
1064             e.printStackTrace( System.out );
1065             return false;
1066         }
1067         return true;
1068     }
1069
1070     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1071         try {
1072             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1073             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1074             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1075                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1076             }
1077             else {
1078                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1079             }
1080             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1081                                                               xml_parser );
1082             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1083                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1084                 return false;
1085             }
1086             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1087                 return false;
1088             }
1089             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1090             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1091             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1092                 return false;
1093             }
1094             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1095             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1096                 return false;
1097             }
1098             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1099                 return false;
1100             }
1101             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1102                 return false;
1103             }
1104             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1105                 return false;
1106             }
1107             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1108             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1109             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1110             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1111                 return false;
1112             }
1113             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1114                 return false;
1115             }
1116             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1117                 return false;
1118             }
1119             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1120                 return false;
1121             }
1122             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1123                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1124                 return false;
1125             }
1126             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1127                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1131             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1132             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1133             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1134             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1135                 return false;
1136             }
1137             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1138             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1142                 return false;
1143             }
1144             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1145                 return false;
1146             }
1147             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1148                 return false;
1149             }
1150             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1151                 return false;
1152             }
1153             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1154                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1161                 return false;
1162             }
1163             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1164                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1168                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1172                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1176                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1180                     .equals( "experimental" ) ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1184                     .equals( "function" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1188                     .getValue() != 1 ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1192                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1193                 return false;
1194             }
1195             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1196                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1200                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1204                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1208                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1212                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1216                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1220                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1221                 return false;
1222             }
1223             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1224                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1228                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1235                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1239                 return false;
1240             }
1241             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1242                 return false;
1243             }
1244             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1245                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1258                 return false;
1259             }
1260             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1261                     .equals( "ncbi" ) ) {
1262                 return false;
1263             }
1264             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1265                 return false;
1266             }
1267             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1268                     .getName().equals( "B" ) ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1272                     .getFrom() != 21 ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1279                     .getLength() != 24 ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1283                     .getConfidence() != 2144 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1287                     .equals( "pfam" ) ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1291                 return false;
1292             }
1293             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1294                 return false;
1295             }
1296             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1297                 return false;
1298             }
1299             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1300                 return false;
1301             }
1302             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1303             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1322                 return false;
1323             }
1324             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1325                 return false;
1326             }
1327             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1328                 return false;
1329             }
1330             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1334                 return false;
1335             }
1336             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1340                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1341                 ;
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             //
1366             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1370                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1374                 return false;
1375             }
1376             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1377                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1387                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390         }
1391         catch ( final Exception e ) {
1392             e.printStackTrace( System.out );
1393             return false;
1394         }
1395         return true;
1396     }
1397
1398     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1399         try {
1400             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1401             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1402             try {
1403                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1404             }
1405             catch ( final Exception e ) {
1406                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1407             }
1408             if ( xml_parser == null ) {
1409                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1410                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1411                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1412                 }
1413                 else {
1414                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1415                 }
1416             }
1417             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1418                                                               xml_parser );
1419             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1420                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1421                 return false;
1422             }
1423             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1424                 return false;
1425             }
1426             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1427             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1428             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1429             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1430             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1431                 return false;
1432             }
1433             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1434                 return false;
1435             }
1436             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1437                 return false;
1438             }
1439             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1440                 return false;
1441             }
1442             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1443                 return false;
1444             }
1445             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1446                 return false;
1447             }
1448             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1452             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1453             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1454                 System.out.println( "errors:" );
1455                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1456                 return false;
1457             }
1458             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1459                 return false;
1460             }
1461             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1462                                                               xml_parser );
1463             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1464                 System.out.println( "errors:" );
1465                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1466                 return false;
1467             }
1468             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1469                 return false;
1470             }
1471             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1472                 return false;
1473             }
1474             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1475                                                               xml_parser );
1476             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1477                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1478                 return false;
1479             }
1480             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1481                 return false;
1482             }
1483             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1484             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1485                 return false;
1486             }
1487             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1488                 return false;
1489             }
1490             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1491                 return false;
1492             }
1493             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1494                 return false;
1495             }
1496             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1497                                                               xml_parser );
1498             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1499                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1500                 return false;
1501             }
1502             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1503                 return false;
1504             }
1505             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1506             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1507                 return false;
1508             }
1509             s.getNode( "first" );
1510             s.getNode( "<>" );
1511             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1512             s.getNode( "'''\"" );
1513             s.getNode( "\"\"\"" );
1514             s.getNode( "dick & doof" );
1515         }
1516         catch ( final Exception e ) {
1517             e.printStackTrace( System.out );
1518             return false;
1519         }
1520         return true;
1521     }
1522
1523     private static boolean testBasicTable() {
1524         try {
1525             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1526             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1530                 return false;
1531             }
1532             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1533             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1534             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1535             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1536             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1537             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1538             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1539             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1540             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1541                 return false;
1542             }
1543             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1544                 return false;
1545             }
1546             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1550                 return false;
1551             }
1552             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1553                 return false;
1554             }
1555             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1562                 return false;
1563             }
1564             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1565                 return false;
1566             }
1567             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1568                 return false;
1569             }
1570             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1571             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1572             source.append( "" + l );
1573             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1574             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1575             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1576             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1577             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1578             source.append( "40 41 42 43" + l );
1579             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1580             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1581             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1582             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1586                 return false;
1587             }
1588             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1589                 return false;
1590             }
1591             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1592                 return false;
1593             }
1594             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1595                 return false;
1596             }
1597             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1601             source1.append( "" + l );
1602             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1603             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1604             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1605             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1606             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1607             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1608             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1609             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1610             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1611             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1636             source2.append( "" + l );
1637             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1638             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1639             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1640             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1641             source2.append( "                     " + l );
1642             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1643             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1644             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1645             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1646             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1647                                                                         ";",
1648                                                                         false,
1649                                                                         false,
1650                                                                         "comment:",
1651                                                                         false );
1652             if ( tl.size() != 2 ) {
1653                 return false;
1654             }
1655             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1656             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1657             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1658                 return false;
1659             }
1660             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1673                 return false;
1674             }
1675         }
1676         catch ( final Exception e ) {
1677             e.printStackTrace( System.out );
1678             return false;
1679         }
1680         return true;
1681     }
1682
1683     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1684         try {
1685             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1686             final TolParser parser = new TolParser();
1687             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1688             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1689                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1690                 return false;
1691             }
1692             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1696             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1697                 return false;
1698             }
1699             if ( !t1.isRooted() ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1703                 return false;
1704             }
1705             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1706                 return false;
1707             }
1708             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1709                 return false;
1710             }
1711             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1715             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1716                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1723             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             if ( !t2.isRooted() ) {
1727                 return false;
1728             }
1729             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1730                 return false;
1731             }
1732             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1733                 return false;
1734             }
1735             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1745                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1749             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1750                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1754                 return false;
1755             }
1756             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1757             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1761                 return false;
1762             }
1763             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1764                 return false;
1765             }
1766             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1767                 return false;
1768             }
1769             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1770             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1771                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1772                 return false;
1773             }
1774             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1778             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1782                 return false;
1783             }
1784             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1785                 return false;
1786             }
1787             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1788                 return false;
1789             }
1790             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1791             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1792                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1793                 return false;
1794             }
1795             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1796                 return false;
1797             }
1798             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1799             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1809                 return false;
1810             }
1811         }
1812         catch ( final Exception e ) {
1813             e.printStackTrace( System.out );
1814             return false;
1815         }
1816         return true;
1817     }
1818
1819     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1820         try {
1821             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1822             final Phylogeny t1 = factory.create();
1823             if ( !t1.isEmpty() ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1827             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             if ( t2.isEmpty() ) {
1837                 return false;
1838             }
1839             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1840             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1850             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1851             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1855                 return false;
1856             }
1857             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1858                 return false;
1859             }
1860             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1861             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1862             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1863                 return false;
1864             }
1865             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1866                 return false;
1867             }
1868             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1869             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1870             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1871                 return false;
1872             }
1873             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1874             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1875             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1876                 return false;
1877             }
1878             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1879             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1880             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1881                 return false;
1882             }
1883             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1884                 return false;
1885             }
1886             final char[] a9 = new char[] {};
1887             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1888             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1889                 return false;
1890             }
1891             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1892             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1893             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1894                 return false;
1895             }
1896         }
1897         catch ( final Exception e ) {
1898             e.printStackTrace( System.out );
1899             return false;
1900         }
1901         return true;
1902     }
1903
1904     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1905         try {
1906             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1907             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1908             final Phylogeny[] ev0 = factory
1909                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1910                              new NHXParser() );
1911             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1912             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1913                 return false;
1914             }
1915             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1916                 return false;
1917             }
1918             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1919             final Phylogeny[] ev1 = factory
1920                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1921                              new NHXParser() );
1922             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1923             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1924                 return false;
1925             }
1926             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1930             final Phylogeny[] ev_b = factory
1931                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1932                              new NHXParser() );
1933             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1934             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1938                 return false;
1939             }
1940             //
1941             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1942             final Phylogeny[] ev1x = factory
1943                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1944                              new NHXParser() );
1945             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1946             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1947                 return false;
1948             }
1949             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1950                 return false;
1951             }
1952             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1953             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1954                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1955                              new NHXParser() );
1956             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1957             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1958                 return false;
1959             }
1960             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1961                 return false;
1962             }
1963             //
1964             final Phylogeny[] t2 = factory
1965                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
1966                              new NHXParser() );
1967             final Phylogeny[] ev2 = factory
1968                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
1969                              new NHXParser() );
1970             for( final Phylogeny target : t2 ) {
1971                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
1972             }
1973             //
1974             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
1975                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
1976             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
1977             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
1978             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1979                 return false;
1980             }
1981             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
1982                 return false;
1983             }
1984             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1985                 return false;
1986             }
1987         }
1988         catch ( final Exception e ) {
1989             e.printStackTrace();
1990             return false;
1991         }
1992         return true;
1993     }
1994
1995     private static boolean testCopyOfNodeData() {
1996         try {
1997             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
1998                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
1999             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2000             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2001                 return false;
2002             }
2003         }
2004         catch ( final Exception e ) {
2005             e.printStackTrace();
2006             return false;
2007         }
2008         return true;
2009     }
2010
2011     private static boolean testDataObjects() {
2012         try {
2013             final Confidence s0 = new Confidence();
2014             final Confidence s1 = new Confidence();
2015             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2016                 return false;
2017             }
2018             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2019             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2020             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2021                 return false;
2022             }
2023             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2024                 return false;
2025             }
2026             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2027             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2028                 return false;
2029             }
2030             s3.asSimpleText();
2031             s3.asText();
2032             // Taxonomy
2033             // ----------
2034             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2035             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2036             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2037             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2038             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2039             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2040             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2041             t1.setScientificName( "E. coli" );
2042             t1.setCommonName( "coli" );
2043             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2044             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2048             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2049             t2.setScientificName( "what" );
2050             t2.setCommonName( "something" );
2051             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2052                 return false;
2053             }
2054             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2055             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2056                 return false;
2057             }
2058             t1.setIdentifier( null );
2059             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2060             t3.setScientificName( "what" );
2061             t3.setCommonName( "something" );
2062             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2063                 return false;
2064             }
2065             t1.setIdentifier( null );
2066             t1.setTaxonomyCode( "" );
2067             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2068             t4.setCommonName( "something" );
2069             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2070                 return false;
2071             }
2072             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2073             t4.setCommonName( "something" );
2074             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2075                 return false;
2076             }
2077             t1.setIdentifier( null );
2078             t1.setTaxonomyCode( "" );
2079             t1.setScientificName( "" );
2080             t5.setCommonName( "COLI" );
2081             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2082                 return false;
2083             }
2084             t5.setCommonName( "vibrio" );
2085             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2086                 return false;
2087             }
2088             // Identifier
2089             // ----------
2090             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2091             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2092             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2093                 return false;
2094             }
2095             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2096                 return false;
2097             }
2098             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             id1.asSimpleText();
2102             id1.asText();
2103             // ProteinDomain
2104             // ---------------
2105             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2106             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2107             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2108                 return false;
2109             }
2110             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2111                 return false;
2112             }
2113             pd1.asSimpleText();
2114             pd1.asText();
2115             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2116             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2117             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2121                 return false;
2122             }
2123             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2124                 return false;
2125             }
2126             pd3.asSimpleText();
2127             pd3.asText();
2128             // DomainArchitecture
2129             // ------------------
2130             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2131             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2132             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2133             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2134             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2135             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2136             domains0.add( d2 );
2137             domains0.add( d0 );
2138             domains0.add( d3 );
2139             domains0.add( d1 );
2140             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2141             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2142                 return false;
2143             }
2144             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2145             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2146                 return false;
2147             }
2148             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2149                 return false;
2150             }
2151             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2152                 return false;
2153             }
2154             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2155             domains1.add( d1 );
2156             domains1.add( d2 );
2157             domains1.add( d4 );
2158             domains1.add( d0 );
2159             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2160             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2161                 return false;
2162             }
2163             ds1.asSimpleText();
2164             ds1.asText();
2165             ds1.toNHX();
2166             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2167             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2168                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2169                 return false;
2170             }
2171             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2172                 return false;
2173             }
2174             // Event
2175             // -----
2176             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2177             if ( e1.isDuplication() ) {
2178                 return false;
2179             }
2180             if ( !e1.isFusion() ) {
2181                 return false;
2182             }
2183             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2184                 return false;
2185             }
2186             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2187                 return false;
2188             }
2189             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2190             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2191                 return false;
2192             }
2193             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2194                 return false;
2195             }
2196             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2197             if ( e2.isDuplication() ) {
2198                 return false;
2199             }
2200             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2201                 return false;
2202             }
2203             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2204                 return false;
2205             }
2206             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2207                 return false;
2208             }
2209             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2210                 return false;
2211             }
2212             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2213                 return false;
2214             }
2215             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2216             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2220             if ( e3.isDuplication() ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             if ( e3.isSpeciation() ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2233             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2234             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2235                 return false;
2236             }
2237             e3 = null;
2238             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2242             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2243                 return false;
2244             }
2245             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2246                 return false;
2247             }
2248             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2249             e4 = null;
2250             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2251             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2252                 return false;
2253             }
2254             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2255                 return false;
2256             }
2257             final Event e5 = new Event();
2258             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2268             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2272                 return false;
2273             }
2274             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2275             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2282             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2283                 return false;
2284             }
2285             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2286                 return false;
2287             }
2288         }
2289         catch ( final Exception e ) {
2290             e.printStackTrace( System.out );
2291             return false;
2292         }
2293         return true;
2294     }
2295
2296     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2297         try {
2298             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2299             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2300             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2301             if ( t0.isEmpty() ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2308             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             if ( !t0.isEmpty() ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2315             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2319             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2326             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2327                 return false;
2328             }
2329             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2330             if ( !t1.isEmpty() ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2334             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2335                 return false;
2336             }
2337             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2338             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             t2.toNewHampshireX();
2342             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2343             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2344                 return false;
2345             }
2346             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2347             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2348                 return false;
2349             }
2350             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2351             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2355             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2359             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             n = t3.getNode( "A" );
2363             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             n = n.getNextExternalNode();
2367             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2368                 return false;
2369             }
2370             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2371             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2372                 return false;
2373             }
2374             n = t3.getNode( "C" );
2375             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2376                 return false;
2377             }
2378             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2379             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2380                 return false;
2381             }
2382             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2383             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2387             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2391             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2392                 return false;
2393             }
2394             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2395             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2399             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2403             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             n = t4.getNode( "A" );
2407             n = n.getNextExternalNode();
2408             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2409                 return false;
2410             }
2411             n = n.getNextExternalNode();
2412             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2416             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2420             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2421             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2425             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2429             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2430             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2434             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2438             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2439             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2440                 return false;
2441             }
2442             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2443             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2444                 return false;
2445             }
2446             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2447             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2448             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2449                 return false;
2450             }
2451             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2452             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2456             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2457             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2458                 return false;
2459             }
2460             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2461             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2465             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2466             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2467                 return false;
2468             }
2469             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2470             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2474             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2475             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2476                 return false;
2477             }
2478             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2479             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2483             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2487             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2491             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2492             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2493                 return false;
2494             }
2495             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2496             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2500             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2504             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2508             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2512             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2516             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2520             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2524             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2528             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2529                 return false;
2530             }
2531             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2532             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2536             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2540             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2541                 return false;
2542             }
2543             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2544             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2548             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2549             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2550                 return false;
2551             }
2552             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2553             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2557             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2558             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2559                 return false;
2560             }
2561             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2562             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2566             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2567             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2568                 return false;
2569             }
2570             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2571             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2575             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2579             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2583             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2587             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590         }
2591         catch ( final Exception e ) {
2592             e.printStackTrace( System.out );
2593             return false;
2594         }
2595         return true;
2596     }
2597
2598     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2599         try {
2600             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2601             dss1.addValue( 82 );
2602             dss1.addValue( 78 );
2603             dss1.addValue( 70 );
2604             dss1.addValue( 58 );
2605             dss1.addValue( 42 );
2606             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2610                 return false;
2611             }
2612             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2622                 return false;
2623             }
2624             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2625                 return false;
2626             }
2627             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2628                 return false;
2629             }
2630             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2631                 return false;
2632             }
2633             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2634                 return false;
2635             }
2636             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2640                 return false;
2641             }
2642             dss1.addValue( 123 );
2643             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2644                 return false;
2645             }
2646             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2647                 return false;
2648             }
2649             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2653             dss2.addValue( -1.85 );
2654             dss2.addValue( 57.5 );
2655             dss2.addValue( 92.78 );
2656             dss2.addValue( 57.78 );
2657             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2658                 return false;
2659             }
2660             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2661                 return false;
2662             }
2663             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2664             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2665                 return false;
2666             }
2667             dss2.addValue( -100 );
2668             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2669                 return false;
2670             }
2671             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2672                 return false;
2673             }
2674             final double[] ds = new double[ 14 ];
2675             ds[ 0 ] = 34;
2676             ds[ 1 ] = 23;
2677             ds[ 2 ] = 1;
2678             ds[ 3 ] = 32;
2679             ds[ 4 ] = 11;
2680             ds[ 5 ] = 2;
2681             ds[ 6 ] = 12;
2682             ds[ 7 ] = 33;
2683             ds[ 8 ] = 13;
2684             ds[ 9 ] = 22;
2685             ds[ 10 ] = 21;
2686             ds[ 11 ] = 35;
2687             ds[ 12 ] = 24;
2688             ds[ 13 ] = 31;
2689             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2690             if ( bins.length != 4 ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2706             ds1[ 0 ] = 10.0;
2707             ds1[ 1 ] = 19.0;
2708             ds1[ 2 ] = 9.999;
2709             ds1[ 3 ] = 0.0;
2710             ds1[ 4 ] = 39.9;
2711             ds1[ 5 ] = 39.999;
2712             ds1[ 6 ] = 30.0;
2713             ds1[ 7 ] = 19.999;
2714             ds1[ 8 ] = 30.1;
2715             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2716             if ( bins1.length != 4 ) {
2717                 return false;
2718             }
2719             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2720                 return false;
2721             }
2722             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2723                 return false;
2724             }
2725             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2726                 return false;
2727             }
2728             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2729                 return false;
2730             }
2731             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2732             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2742                 return false;
2743             }
2744             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2745             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2749                 return false;
2750             }
2751             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2752                 return false;
2753             }
2754             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2755                 return false;
2756             }
2757             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2758             dss3.addValue( 1 );
2759             dss3.addValue( 1 );
2760             dss3.addValue( 1 );
2761             dss3.addValue( 2 );
2762             dss3.addValue( 3 );
2763             dss3.addValue( 4 );
2764             dss3.addValue( 5 );
2765             dss3.addValue( 5 );
2766             dss3.addValue( 5 );
2767             dss3.addValue( 6 );
2768             dss3.addValue( 7 );
2769             dss3.addValue( 8 );
2770             dss3.addValue( 9 );
2771             dss3.addValue( 10 );
2772             dss3.addValue( 10 );
2773             dss3.addValue( 10 );
2774             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2775             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2776             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2777         }
2778         catch ( final Exception e ) {
2779             e.printStackTrace( System.out );
2780             return false;
2781         }
2782         return true;
2783     }
2784
2785     private static boolean testDir( final String file ) {
2786         try {
2787             final File f = new File( file );
2788             if ( !f.exists() ) {
2789                 return false;
2790             }
2791             if ( !f.isDirectory() ) {
2792                 return false;
2793             }
2794             if ( !f.canRead() ) {
2795                 return false;
2796             }
2797         }
2798         catch ( final Exception e ) {
2799             return false;
2800         }
2801         return true;
2802     }
2803
2804     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2805         try {
2806             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2807             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2808             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2809             n = n.getNextExternalNode();
2810             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2811                 return false;
2812             }
2813             n = n.getNextExternalNode();
2814             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2815                 return false;
2816             }
2817             n = n.getNextExternalNode();
2818             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2819                 return false;
2820             }
2821             n = t1.getNode( "B" );
2822             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2823                 n = n.getNextExternalNode();
2824             }
2825             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2826             n = t2.getNode( "A" );
2827             n = n.getNextExternalNode();
2828             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2829                 return false;
2830             }
2831             n = n.getNextExternalNode();
2832             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             n = n.getNextExternalNode();
2836             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2837                 return false;
2838             }
2839             n = t2.getNode( "B" );
2840             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2841                 n = n.getNextExternalNode();
2842             }
2843             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2844             n = t3.getNode( "A" );
2845             n = n.getNextExternalNode();
2846             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2847                 return false;
2848             }
2849             n = n.getNextExternalNode();
2850             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2851                 return false;
2852             }
2853             n = n.getNextExternalNode();
2854             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             n = n.getNextExternalNode();
2858             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2859                 return false;
2860             }
2861             n = n.getNextExternalNode();
2862             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2863                 return false;
2864             }
2865             n = n.getNextExternalNode();
2866             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2867                 return false;
2868             }
2869             n = n.getNextExternalNode();
2870             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2871                 return false;
2872             }
2873             n = t3.getNode( "B" );
2874             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2875                 n = n.getNextExternalNode();
2876             }
2877             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2878             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2879                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2880             }
2881             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2882             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2883                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2884             }
2885         }
2886         catch ( final Exception e ) {
2887             e.printStackTrace( System.out );
2888             return false;
2889         }
2890         return true;
2891     }
2892
2893     private static boolean testGeneralTable() {
2894         try {
2895             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2896             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2897             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2898             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2899             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2900             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2901             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2902             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2903             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2904             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2905                 return false;
2906             }
2907             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2908                 return false;
2909             }
2910             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2911                 return false;
2912             }
2913             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2914                 return false;
2915             }
2916             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2917                 return false;
2918             }
2919             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2920                 return false;
2921             }
2922             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2923                 return false;
2924             }
2925             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2926                 return false;
2927             }
2928             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2929                 return false;
2930             }
2931             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2932             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2933             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2934             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2935             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2936             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2937             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2938             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2939             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2940             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2941             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2942                 return false;
2943             }
2944             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2945                 return false;
2946             }
2947             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
2948                 return false;
2949             }
2950             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
2951                 return false;
2952             }
2953             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
2954                 return false;
2955             }
2956             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
2957                 return false;
2958             }
2959             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
2960                 return false;
2961             }
2962             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
2963                 return false;
2964             }
2965             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
2966                 return false;
2967             }
2968             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
2969                 return false;
2970             }
2971         }
2972         catch ( final Exception e ) {
2973             e.printStackTrace( System.out );
2974             return false;
2975         }
2976         return true;
2977     }
2978
2979     private static boolean testGetDistance() {
2980         try {
2981             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2982             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
2983                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2984             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
2985             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
2989                 return false;
2990             }
2991             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3013                 return false;
3014             }
3015             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3016                 return false;
3017             }
3018             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3019                 return false;
3020             }
3021             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3022                 return false;
3023             }
3024             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3025                 return false;
3026             }
3027             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3028                 return false;
3029             }
3030             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3031                 return false;
3032             }
3033             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3034                 return false;
3035             }
3036             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3037                 return false;
3038             }
3039             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3040                 return false;
3041             }
3042             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3043                 return false;
3044             }
3045             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3046                 return false;
3047             }
3048             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3079                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3080             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3081                 return false;
3082             }
3083             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3084                 return false;
3085             }
3086             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3087                 return false;
3088             }
3089             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3090                 return false;
3091             }
3092             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3096                 return false;
3097             }
3098             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3099                 return false;
3100             }
3101             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3102                 return false;
3103             }
3104             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3105                 return false;
3106             }
3107             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3108                 return false;
3109             }
3110             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3111                 return false;
3112             }
3113         }
3114         catch ( final Exception e ) {
3115             e.printStackTrace( System.out );
3116             return false;
3117         }
3118         return true;
3119     }
3120
3121     private static boolean testGetLCA() {
3122         try {
3123             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3124             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3125                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3126             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3127             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3131             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3135             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3139             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3143             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3147             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3151             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3155             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3159             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3163             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3167             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3171             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3175             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3179             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3183             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3187             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3191             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3195             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3199             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3203             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3207             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3211             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3215             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3219             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3220             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3224             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3228             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3232             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3236             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3240             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3244             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3248             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final Phylogeny p3 = factory
3252                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3253                              new NHXParser() )[ 0 ];
3254             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3255             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3256                 return false;
3257             }
3258             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3259             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3263             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3267             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3271             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3278             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             if ( !al_3.isRoot() ) {
3282                 return false;
3283             }
3284             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3285             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3292             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3296                 return false;
3297             }
3298             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3299             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3303             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3304             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3308             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3309             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3310                 return false;
3311             }
3312             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3313             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3314             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3315                 return false;
3316             }
3317             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3318             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3319             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322         }
3323         catch ( final Exception e ) {
3324             e.printStackTrace( System.out );
3325             return false;
3326         }
3327         return true;
3328     }
3329
3330     private static boolean testGetLCA2() {
3331         try {
3332             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3333             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3334                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3335             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3336             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3337                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3338             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3342                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3343             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3347                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3348             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3352                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3353             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3357                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3358             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3359                 return false;
3360             }
3361             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3362                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3363             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3364                 return false;
3365             }
3366             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3367                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3368             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3369                 return false;
3370             }
3371             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3372                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3373             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3377                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3378             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3382                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3383             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3387                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3388             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3392                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3393             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3394                 return false;
3395             }
3396             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3397                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3398             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3399                 return false;
3400             }
3401             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3402                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3403             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3407                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3408             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3409                 return false;
3410             }
3411             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3412                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3413             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3414                 return false;
3415             }
3416             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3417                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3418             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3422                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3423             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3424                 return false;
3425             }
3426             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3427                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3428             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3432                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3433             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3434                 return false;
3435             }
3436             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3437                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3438             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3439                 return false;
3440             }
3441             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3442                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3443             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3444                 return false;
3445             }
3446             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3447                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3448             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3452             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3453             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3454                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3455             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3459                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3460             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3464                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3465             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3469                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3470             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3474                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3475             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3479                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3480             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3481                 return false;
3482             }
3483             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3484                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3485             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3489                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3490             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3491                 return false;
3492             }
3493             final Phylogeny p3 = factory
3494                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3495                              new NHXParser() )[ 0 ];
3496             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3497             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3498                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3499             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3500                 return false;
3501             }
3502             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3503                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3504             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3505                 return false;
3506             }
3507             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3508                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3509             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3510                 return false;
3511             }
3512             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3513                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3514             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3515                 return false;
3516             }
3517             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3518                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3519             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3520                 return false;
3521             }
3522             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3526                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3527             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             if ( !al_3.isRoot() ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3534                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3535             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3536                 return false;
3537             }
3538             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3539                 return false;
3540             }
3541             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3542                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3543             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3550                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3551             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3552                 return false;
3553             }
3554             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3555             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3556             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3557                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3558             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3562             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3563             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3564                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3565             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3566                 return false;
3567             }
3568             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3569             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3570             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3571                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3572             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3576             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3577             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3578                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3579             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3580                 return false;
3581             }
3582             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3583                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3584             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3585                 return false;
3586             }
3587             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3588                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3589             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3593                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3594             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3595                 return false;
3596             }
3597             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3598                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3599             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3603                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3604             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3605                 return false;
3606             }
3607         }
3608         catch ( final Exception e ) {
3609             e.printStackTrace( System.out );
3610             return false;
3611         }
3612         return true;
3613     }
3614
3615     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3616         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3617         try {
3618             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3619                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3620             parser1.parse();
3621             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3622                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3623             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3624             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             if ( proteins.size() != 4 ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3634                 return false;
3635             }
3636             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3637                 return false;
3638             }
3639             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3640             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3647             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3648                 return false;
3649             }
3650             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3651                 return false;
3652             }
3653             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3654             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3655                 return false;
3656             }
3657             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3658             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3659                 return false;
3660             }
3661             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3662                 return false;
3663             }
3664             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3665                 return false;
3666             }
3667             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3668                 return false;
3669             }
3670             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3671                 return false;
3672             }
3673             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3680                 return false;
3681             }
3682             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3683                 return false;
3684             }
3685             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3686                 return false;
3687             }
3688         }
3689         catch ( final Exception e ) {
3690             e.printStackTrace( System.out );
3691             return false;
3692         }
3693         return true;
3694     }
3695
3696     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3697         try {
3698             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3699             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3700             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3701             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3702             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3706             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3707                 return false;
3708             }
3709             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3710             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3714             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3715                 return false;
3716             }
3717         }
3718         catch ( final Exception e ) {
3719             e.printStackTrace( System.out );
3720             return false;
3721         }
3722         return true;
3723     }
3724
3725     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3726         try {
3727             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3728             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3729             PhylogenyNodeIterator it0;
3730             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3731                 it0.next();
3732             }
3733             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3734                 it0.next();
3735             }
3736             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3737             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3741                 return false;
3742             }
3743             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3744                 return false;
3745             }
3746             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3747                 return false;
3748             }
3749             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3750                 return false;
3751             }
3752             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3753                 return false;
3754             }
3755             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3756                 return false;
3757             }
3758             if ( it.hasNext() ) {
3759                 return false;
3760             }
3761             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3762                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3763             PhylogenyNodeIterator it2;
3764             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3765                 it2.next();
3766             }
3767             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3768                 it2.next();
3769             }
3770             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3771             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3772                 return false;
3773             }
3774             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3775                 return false;
3776             }
3777             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3778                 return false;
3779             }
3780             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3781                 return false;
3782             }
3783             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3784                 return false;
3785             }
3786             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3787                 return false;
3788             }
3789             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3790                 return false;
3791             }
3792             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3793                 return false;
3794             }
3795             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3796                 return false;
3797             }
3798             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3799                 return false;
3800             }
3801             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3802                 return false;
3803             }
3804             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3805                 return false;
3806             }
3807             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3808                 return false;
3809             }
3810             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3811                 return false;
3812             }
3813             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3835                 return false;
3836             }
3837             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             if ( it3.hasNext() ) {
3847                 return false;
3848             }
3849             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3850             PhylogenyNodeIterator it4;
3851             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3852                 it4.next();
3853             }
3854             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3855                 it4.next();
3856             }
3857             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3858             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3859                 return false;
3860             }
3861             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3862                 return false;
3863             }
3864             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3865                 return false;
3866             }
3867             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3868                 return false;
3869             }
3870             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3871                 return false;
3872             }
3873             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3874             PhylogenyNodeIterator it6;
3875             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3876                 it6.next();
3877             }
3878             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3879                 it6.next();
3880             }
3881             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3882             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3883                 return false;
3884             }
3885             if ( it.hasNext() ) {
3886                 return false;
3887             }
3888         }
3889         catch ( final Exception e ) {
3890             e.printStackTrace( System.out );
3891             return false;
3892         }
3893         return true;
3894     }
3895
3896     private static boolean testMidpointrooting() {
3897         try {
3898             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3899             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3900                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3901             if ( !t1.isRooted() ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3905             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3906                 return false;
3907             }
3908             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3924             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3925             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3926                 return false;
3927             }
3928             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3941                 return false;
3942             }
3943         }
3944         catch ( final Exception e ) {
3945             e.printStackTrace( System.out );
3946             return false;
3947         }
3948         return true;
3949     }
3950
3951     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3952         try {
3953             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3954             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3955             parser.parse();
3956             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3957             if ( labels.length != 7 ) {
3958                 return false;
3959             }
3960             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3982             parser.parse();
3983             labels = parser.getCharStateLabels();
3984             if ( labels.length != 7 ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4006                 return false;
4007             }
4008         }
4009         catch ( final Exception e ) {
4010             e.printStackTrace( System.out );
4011             return false;
4012         }
4013         return true;
4014     }
4015
4016     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4017         try {
4018             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4019             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4020             parser.parse();
4021             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4022             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4023                 return false;
4024             }
4025             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4026                 return false;
4027             }
4028             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4029                 return false;
4030             }
4031             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4035                 return false;
4036             }
4037             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4038                 return false;
4039             }
4040             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4041                 return false;
4042             }
4043             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4044                 return false;
4045             }
4046             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             //            if ( labels.length != 7 ) {
4050             //                return false;
4051             //            }
4052             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4053             //                return false;
4054             //            }
4055             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4056             //                return false;
4057             //            }
4058             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4059             //                return false;
4060             //            }
4061             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4062             //                return false;
4063             //            }
4064             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4065             //                return false;
4066             //            }
4067             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4068             //                return false;
4069             //            }
4070             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4071             //                return false;
4072             //            }
4073             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4074             //            parser.parse();
4075             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4076             //            if ( labels.length != 7 ) {
4077             //                return false;
4078             //            }
4079             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4080             //                return false;
4081             //            }
4082             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4083             //                return false;
4084             //            }
4085             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4086             //                return false;
4087             //            }
4088             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4089             //                return false;
4090             //            }
4091             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4092             //                return false;
4093             //            }
4094             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4095             //                return false;
4096             //            }
4097             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4098             //                return false;
4099             //            }
4100         }
4101         catch ( final Exception e ) {
4102             e.printStackTrace( System.out );
4103             return false;
4104         }
4105         return true;
4106     }
4107
4108     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4109         try {
4110             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4111             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4112             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4113             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             phylogenies = null;
4123             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4124             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4131                 return false;
4132             }
4133             phylogenies = null;
4134             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4135             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             phylogenies = null;
4148             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4149             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4165                 return false;
4166             }
4167             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4168                 return false;
4169             }
4170             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4171                 return false;
4172             }
4173             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4174                 return false;
4175             }
4176             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4177                 return false;
4178             }
4179             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4180                 return false;
4181             }
4182             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4183                 return false;
4184             }
4185             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4189                 return false;
4190             }
4191             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4201                 return false;
4202             }
4203             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4213                 return false;
4214             }
4215             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4216                 return false;
4217             }
4218             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4219                 return false;
4220             }
4221             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4222                 return false;
4223             }
4224             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4225                 return false;
4226             }
4227             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4228                 return false;
4229             }
4230             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4231                 return false;
4232             }
4233             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4237                 return false;
4238             }
4239             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4240                 return false;
4241             }
4242             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4246                 return false;
4247             }
4248             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4249                 return false;
4250             }
4251             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4252                 return false;
4253             }
4254             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4255                 return false;
4256             }
4257             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4258                 return false;
4259             }
4260             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4261                 return false;
4262             }
4263             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4264                 return false;
4265             }
4266             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4270                 return false;
4271             }
4272         }
4273         catch ( final Exception e ) {
4274             e.printStackTrace( System.out );
4275             return false;
4276         }
4277         return true;
4278     }
4279
4280     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4281         try {
4282             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4283             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4284             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4285             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4286                 return false;
4287             }
4288             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4289                 return false;
4290             }
4291             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4292                 return false;
4293             }
4294             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4301                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             phylogenies = null;
4305             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4306             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4325                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4329                 return false;
4330             }
4331             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4332                 return false;
4333             }
4334             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4335                 return false;
4336             }
4337             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4338                 return false;
4339             }
4340             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4341                 return false;
4342             }
4343             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4344                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4348                 return false;
4349             }
4350             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4354                 return false;
4355             }
4356             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4357                 return false;
4358             }
4359             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4360                 return false;
4361             }
4362             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4363                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             phylogenies = null;
4367             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4368             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4369                 return false;
4370             }
4371             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4372                 return false;
4373             }
4374             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4375                 return false;
4376             }
4377             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4378                 return false;
4379             }
4380             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4381                 return false;
4382             }
4383             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4384                 return false;
4385             }
4386             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4387                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4394                 return false;
4395             }
4396             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4403                 return false;
4404             }
4405             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4406                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4410                 return false;
4411             }
4412             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4413                 return false;
4414             }
4415             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4419                 return false;
4420             }
4421             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4425                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4426                 return false;
4427             }
4428         }
4429         catch ( final Exception e ) {
4430             e.printStackTrace( System.out );
4431             return false;
4432         }
4433         return true;
4434     }
4435
4436     private static boolean testNHParsing() {
4437         try {
4438             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4439             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4440             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4441                 return false;
4442             }
4443             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4444             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4445             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4446             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4447             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4448                 return false;
4449             }
4450             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4451                 return false;
4452             }
4453             final Phylogeny p1b = factory
4454                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4455                              new NHXParser() )[ 0 ];
4456             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4463             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4464             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4465             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4466             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4467             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4468             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4469             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4470             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4471             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4472             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4473                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4474                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4475                                                     new NHXParser() );
4476             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4477                 return false;
4478             }
4479             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4483                 return false;
4484             }
4485             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4489             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4490             final String p16_S = "((A,B),C)";
4491             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4492             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4493                 return false;
4494             }
4495             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4496             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4497             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4498                 return false;
4499             }
4500             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4501             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4502             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4506             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4507             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4511             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4512             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4513                 return false;
4514             }
4515             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4516             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4517             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4521             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4522             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4523                 return false;
4524             }
4525             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4526             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4527             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4531             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4532             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4533                 return false;
4534             }
4535             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4536             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4537             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4538             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4539                 return false;
4540             }
4541             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4542                 return false;
4543             }
4544             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4545                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4546                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4547                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4548                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4549                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4550                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4551                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4552             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4553             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4554                 return false;
4555             }
4556             final String p26_S = "(A,B)ab";
4557             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4558             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4559                 return false;
4560             }
4561             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4562             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4563                                                     new NHXParser() );
4564             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4568             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4569             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4570             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4571             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4572                                                     new NHXParser() );
4573             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4577                 return false;
4578             }
4579             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4583                 return false;
4584             }
4585             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4586             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4587             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4591             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4592             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4596             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4597             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4598                 return false;
4599             }
4600             final String p33_S = "A";
4601             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4602             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             final String p34_S = "B;";
4606             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4607             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4608                 return false;
4609             }
4610             final String p35_S = "B:0.2";
4611             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4612             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             final String p36_S = "(A)";
4616             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4617             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             final String p37_S = "((A))";
4621             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4622             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4623                 return false;
4624             }
4625             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4626             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4627             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4631             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4632             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4633                 return false;
4634             }
4635             final String p40_S = "(A,B,C)";
4636             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4637             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4641             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4642             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4646             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4647             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4651             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4652             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4653                 return false;
4654             }
4655             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4656             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4657             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4658                 return false;
4659             }
4660             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4661             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4662             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4663                 return false;
4664             }
4665             final String p46_S = "";
4666             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4667             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4671             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4675             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             final Phylogeny p49 = factory
4679                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4680                              new NHXParser() )[ 0 ];
4681             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4685             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4689                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4696                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4700             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4701                 return false;
4702             }
4703             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4704             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             final Phylogeny p53 = factory
4708                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4709                              new NHXParser() )[ 0 ];
4710             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             //
4714             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4715             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4719                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722         }
4723         catch ( final Exception e ) {
4724             e.printStackTrace( System.out );
4725             return false;
4726         }
4727         return true;
4728     }
4729
4730     private static boolean testNHXconversion() {
4731         try {
4732             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4733             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4734             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4735             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4736             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4737                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4738             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4739                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4740             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             if ( !n5.toNewHampshireX()
4753                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4754                 return false;
4755             }
4756             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4757                 return false;
4758             }
4759         }
4760         catch ( final Exception e ) {
4761             e.printStackTrace( System.out );
4762             return false;
4763         }
4764         return true;
4765     }
4766
4767     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4768         try {
4769             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4770             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4771             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4772             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4773             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4774                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4775             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4776                 return false;
4777             }
4778             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4779                 return false;
4780             }
4781             if ( n3.isDuplication() ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4785                 return false;
4786             }
4787             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4788                 return false;
4789             }
4790             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4794                 return false;
4795             }
4796             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4803                 return false;
4804             }
4805             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4806                 return false;
4807             }
4808             if ( !n5.isDuplication() ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4818                 return false;
4819             }
4820             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4821                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4822             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4829                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4830             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4831                 return false;
4832             }
4833             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4837                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4838             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4842                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4843             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4844                 return false;
4845             }
4846             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
4850                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4851             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4858                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4859             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4860                 return false;
4861             }
4862             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4866                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4867             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4868                 return false;
4869             }
4870             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4871                 return false;
4872             }
4873             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4874                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4875             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
4882                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4883             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4890                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4891             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4898                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4899             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4906                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4907             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4908                 return false;
4909             }
4910             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4914                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4915             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4922                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4923             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4930                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4931                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4932             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4939                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4940                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4941             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4942                 return false;
4943             }
4944             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4948                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4949                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4950             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4954                 return false;
4955             }
4956             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4957                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4958             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4959                 return false;
4960             }
4961             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4962                 return false;
4963             }
4964             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4965                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4966             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4967                 return false;
4968             }
4969             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
4973                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4974             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4975                 return false;
4976             }
4977             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
4978                 return false;
4979             }
4980             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
4981                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4982             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
4983                 return false;
4984             }
4985             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4989                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4990                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4991             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
5001                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
5002                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5003             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
5004                 return false;
5005             }
5006             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5007                 return false;
5008             }
5009             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
5010                 return false;
5011             }
5012             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
5013                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5014             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
5015                 return false;
5016             }
5017             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
5018                 return false;
5019             }
5020             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
5021                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5022             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
5023                 return false;
5024             }
5025             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
5026                 return false;
5027             }
5028             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
5029             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
5030             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
5031                 return false;
5032             }
5033             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5034                 return false;
5035             }
5036             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
5037                 return false;
5038             }
5039             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
5040                 return false;
5041             }
5042             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
5043                 return false;
5044             }
5045             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5046                 return false;
5047             }
5048             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
5049                 return false;
5050             }
5051             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
5052                 return false;
5053             }
5054             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5061                 return false;
5062             }
5063             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5064                 return false;
5065             }
5066             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5067                 return false;
5068             }
5069             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
5073                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
5074             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
5078                 return false;
5079             }
5080             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
5081                 return false;
5082             }
5083             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
5084                 return false;
5085             }
5086             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
5096                 return false;
5097             }
5098             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
5099             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
5103             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
5107                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5108             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
5109                 return false;
5110             }
5111             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
5115                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5116             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
5123                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
5124                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5125             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
5135                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5136             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
5146                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5147             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
5148                 return false;
5149             }
5150             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
5151                 return false;
5152             }
5153             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
5154                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5155             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
5162                 return false;
5163             }
5164         }
5165         catch ( final Exception e ) {
5166             e.printStackTrace( System.out );
5167             return false;
5168         }
5169         return true;
5170     }
5171
5172     private static boolean testNHXParsing() {
5173         try {
5174             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5175             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
5176             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
5177                 return false;
5178             }
5179             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
5180             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
5181             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5182                 return false;
5183             }
5184             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
5185             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
5186             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             final Phylogeny[] p3 = factory
5190                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5191                              new NHXParser() );
5192             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             final Phylogeny[] p4 = factory
5196                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5197                              new NHXParser() );
5198             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             final Phylogeny[] p5 = factory
5202                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5203                              new NHXParser() );
5204             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5208             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5209             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5210             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5214             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5215             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5216             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5217                 return false;
5218             }
5219             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5220             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5221             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5222             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5226             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             final Phylogeny p10 = factory
5230                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5231                              new NHXParser() )[ 0 ];
5232             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5233                 return false;
5234             }
5235         }
5236         catch ( final Exception e ) {
5237             e.printStackTrace( System.out );
5238             return false;
5239         }
5240         return true;
5241     }
5242
5243     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5244         try {
5245             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5246             final NHXParser p = new NHXParser();
5247             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5248             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5249                 return false;
5250             }
5251             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5252             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5259                 return false;
5260             }
5261             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5262                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5281             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5282             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5283             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5287             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5288             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5289             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5293             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5294             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5295             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5299             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5300             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5301             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             final Phylogeny p10 = factory
5305                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5306                              new NHXParser() )[ 0 ];
5307             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5308             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5312             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5313                 return false;
5314             }
5315             //
5316             final Phylogeny p12 = factory
5317                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5318                              new NHXParser() )[ 0 ];
5319             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5320             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5324             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5325                 return false;
5326             }
5327             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5328             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5332             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5333                 return false;
5334             }
5335         }
5336         catch ( final Exception e ) {
5337             e.printStackTrace( System.out );
5338             return false;
5339         }
5340         return true;
5341     }
5342
5343     private static boolean testNHXParsingMB() {
5344         try {
5345             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5346             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5347                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5348                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5349                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5350                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5351                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5352                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5353                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5354                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5355             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5362                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             final Phylogeny p2 = factory
5372                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5373                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5374                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5375                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5376                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5377                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5378                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5379                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5380                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5381                              new NHXParser() )[ 0 ];
5382             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5383                 return false;
5384             }
5385             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5386                 return false;
5387             }
5388         }
5389         catch ( final Exception e ) {
5390             e.printStackTrace( System.out );
5391             System.exit( -1 );
5392             return false;
5393         }
5394         return true;
5395     }
5396
5397     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5398         try {
5399             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5400             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5401             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5402             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5403             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5407                 return false;
5408             }
5409             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5410                 return false;
5411             }
5412             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5413             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5414             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5415             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5416                 return false;
5417             }
5418             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5419                 return false;
5420             }
5421             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5422             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5429                 return false;
5430             }
5431         }
5432         catch ( final Exception e ) {
5433             e.printStackTrace( System.out );
5434             return false;
5435         }
5436         return true;
5437     }
5438
5439     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5440         try {
5441             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5442             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5443             try {
5444                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5445             }
5446             catch ( final Exception e ) {
5447                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5448             }
5449             if ( xml_parser == null ) {
5450                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5451                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5452                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5453                 }
5454                 else {
5455                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5456                 }
5457             }
5458             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5459                                                               xml_parser );
5460             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5461                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5462                 return false;
5463             }
5464             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5465                 return false;
5466             }
5467             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5468             PhylogenyNode n = null;
5469             Distribution d = null;
5470             n = t1.getNode( "root node" );
5471             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5472                 return false;
5473             }
5474             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5475                 return false;
5476             }
5477             d = n.getNodeData().getDistribution();
5478             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5482                 return false;
5483             }
5484             if ( d.getPolygons() != null ) {
5485                 return false;
5486             }
5487             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5488                 return false;
5489             }
5490             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5491                 return false;
5492             }
5493             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5494                 return false;
5495             }
5496             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5497                 return false;
5498             }
5499             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5500                 return false;
5501             }
5502             n = t1.getNode( "node a" );
5503             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5510             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5514                 return false;
5515             }
5516             if ( d.getPolygons() != null ) {
5517                 return false;
5518             }
5519             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5523                 return false;
5524             }
5525             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5526                 return false;
5527             }
5528             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5529                 return false;
5530             }
5531             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             n = t1.getNode( "node bb" );
5535             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5536                 return false;
5537             }
5538             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5539                 return false;
5540             }
5541             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5542             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5546                 return false;
5547             }
5548             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5549                 return false;
5550             }
5551             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5555                 return false;
5556             }
5557             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5558                 return false;
5559             }
5560             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5561                 return false;
5562             }
5563             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5564                 return false;
5565             }
5566             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5567             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5580                 return false;
5581             }
5582             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5583                 return false;
5584             }
5585             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             p = d.getPolygons().get( 1 );
5589             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5590                 return false;
5591             }
5592             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5593                 return false;
5594             }
5595             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5596                 return false;
5597             }
5598             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5599                 return false;
5600             }
5601             // Roundtrip:
5602             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5603             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5604             if ( rt.length != 1 ) {
5605                 return false;
5606             }
5607             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5608             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5609             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5610                 return false;
5611             }
5612             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             d = n.getNodeData().getDistribution();
5616             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5617                 return false;
5618             }
5619             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5620                 return false;
5621             }
5622             if ( d.getPolygons() != null ) {
5623                 return false;
5624             }
5625             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5626                 return false;
5627             }
5628             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5629                 return false;
5630             }
5631             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5632                 return false;
5633             }
5634             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5635                 return false;
5636             }
5637             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5641             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5648             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5649                 return false;
5650             }
5651             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5652                 return false;
5653             }
5654             if ( d.getPolygons() != null ) {
5655                 return false;
5656             }
5657             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5661                 return false;
5662             }
5663             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5673             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5680             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5681                 return false;
5682             }
5683             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5684                 return false;
5685             }
5686             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5687                 return false;
5688             }
5689             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             p = d.getPolygons().get( 0 );
5705             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             p = d.getPolygons().get( 1 );
5727             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739         }
5740         catch ( final Exception e ) {
5741             e.printStackTrace( System.out );
5742             return false;
5743         }
5744         return true;
5745     }
5746
5747     private static boolean testPostOrderIterator() {
5748         try {
5749             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5750             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5751             PhylogenyNodeIterator it0;
5752             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5753                 it0.next();
5754             }
5755             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5756                 it0.next();
5757             }
5758             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5759             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5760             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5761                 return false;
5762             }
5763             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5767                 return false;
5768             }
5769             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5770                 return false;
5771             }
5772             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             if ( it.hasNext() ) {
5806                 return false;
5807             }
5808         }
5809         catch ( final Exception e ) {
5810             e.printStackTrace( System.out );
5811             return false;
5812         }
5813         return true;
5814     }
5815
5816     private static boolean testPreOrderIterator() {
5817         try {
5818             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5819             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5820             PhylogenyNodeIterator it0;
5821             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5822                 it0.next();
5823             }
5824             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5825                 it0.next();
5826             }
5827             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5828             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5829                 return false;
5830             }
5831             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5832                 return false;
5833             }
5834             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5835                 return false;
5836             }
5837             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5838                 return false;
5839             }
5840             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5841                 return false;
5842             }
5843             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5844                 return false;
5845             }
5846             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5847                 return false;
5848             }
5849             if ( it.hasNext() ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5853             it = t1.iteratorPreorder();
5854             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5867                 return false;
5868             }
5869             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5873                 return false;
5874             }
5875             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5876                 return false;
5877             }
5878             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5879                 return false;
5880             }
5881             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5882                 return false;
5883             }
5884             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5885                 return false;
5886             }
5887             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5888                 return false;
5889             }
5890             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5894                 return false;
5895             }
5896             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( it.hasNext() ) {
5900                 return false;
5901             }
5902         }
5903         catch ( final Exception e ) {
5904             e.printStackTrace( System.out );
5905             return false;
5906         }
5907         return true;
5908     }
5909
5910     private static boolean testPropertiesMap() {
5911         try {
5912             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5913             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5914             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5915             final Property p2 = new Property( "something:else",
5916                                               "?",
5917                                               "improbable:research",
5918                                               "xsd:decimal",
5919                                               AppliesTo.NODE );
5920             pm.addProperty( p0 );
5921             pm.addProperty( p1 );
5922             pm.addProperty( p2 );
5923             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5942             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5943                 return false;
5944             }
5945             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5946                 return false;
5947             }
5948             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5949                 return false;
5950             }
5951         }
5952         catch ( final Exception e ) {
5953             e.printStackTrace( System.out );
5954             return false;
5955         }
5956         return true;
5957     }
5958
5959     private static boolean testReIdMethods() {
5960         try {
5961             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5962             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5963             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5964             p.levelOrderReID();
5965             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
5969                 return false;
5970             }
5971             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
5972                 return false;
5973             }
5974             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
5975                 return false;
5976             }
5977             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5978                 return false;
5979             }
5980             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5981                 return false;
5982             }
5983             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
5996                 return false;
5997             }
5998             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
5999                 return false;
6000             }
6001             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6002                 return false;
6003             }
6004             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6005                 return false;
6006             }
6007             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6008                 return false;
6009             }
6010         }
6011         catch ( final Exception e ) {
6012             e.printStackTrace( System.out );
6013             return false;
6014         }
6015         return true;
6016     }
6017
6018     private static boolean testRerooting() {
6019         try {
6020             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6021             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
6022                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6023             if ( !t1.isRooted() ) {
6024                 return false;
6025             }
6026             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6027             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6028             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6029             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6030             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6031             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6032             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6033             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6034             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6035             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6036             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6037             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6038             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6039             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6040             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6041             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6042             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6043             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6044             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6045             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6046             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6047             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6048             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6049             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6050             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6051             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6052             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6053             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6054             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
6055                 return false;
6056             }
6057             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
6058                 return false;
6059             }
6060             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
6061                 return false;
6062             }
6063             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6064                 return false;
6065             }
6066             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6067                 return false;
6068             }
6069             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
6070                 return false;
6071             }
6072             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
6073                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6074             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6075             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6076             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6077             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6078             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6079             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6080             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6081             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6082             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6083             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6084             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6085             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6086             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6087             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6088             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6089             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6090             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6091             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6092             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6093             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6094             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6095             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6096             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6097             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6098             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6099             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6100             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6101             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6102             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6103             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6104             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6105             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6106             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6107             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6108             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6109             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6110             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6111             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6112             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6113             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6114             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6115             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6116             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6117             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6118             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6119             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6120                 return false;
6121             }
6122             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6123                 return false;
6124             }
6125             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6126             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6130                 return false;
6131             }
6132             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6133             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6134                 return false;
6135             }
6136             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6137                 return false;
6138             }
6139             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6140                 return false;
6141             }
6142             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6143             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6153             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6160             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6161                 return false;
6162             }
6163             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6164                 return false;
6165             }
6166             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
6167                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6168             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6169             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6179             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6180                 return false;
6181             }
6182             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             t3.reRoot( t3.getRoot() );
6189             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6193                 return false;
6194             }
6195             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6196                 return false;
6197             }
6198         }
6199         catch ( final Exception e ) {
6200             e.printStackTrace( System.out );
6201             return false;
6202         }
6203         return true;
6204     }
6205
6206     private static boolean testSDIse() {
6207         try {
6208             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6209             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6210             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6211             gene1.setRooted( true );
6212             species1.setRooted( true );
6213             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6214             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6215                 return false;
6216             }
6217             final Phylogeny species2 = factory
6218                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6219                              new NHXParser() )[ 0 ];
6220             final Phylogeny gene2 = factory
6221                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6222                              new NHXParser() )[ 0 ];
6223             species2.setRooted( true );
6224             gene2.setRooted( true );
6225             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6226             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6227                 return false;
6228             }
6229             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6236                 return false;
6237             }
6238             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6239                 return false;
6240             }
6241             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6242                 return false;
6243             }
6244             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6245                 return false;
6246             }
6247             final Phylogeny species3 = factory
6248                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6249                              new NHXParser() )[ 0 ];
6250             final Phylogeny gene3 = factory
6251                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6252                              new NHXParser() )[ 0 ];
6253             species3.setRooted( true );
6254             gene3.setRooted( true );
6255             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6256             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6260                 return false;
6261             }
6262             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6263                 return false;
6264             }
6265             final Phylogeny species4 = factory
6266                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6267                              new NHXParser() )[ 0 ];
6268             final Phylogeny gene4 = factory
6269                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6270                              new NHXParser() )[ 0 ];
6271             species4.setRooted( true );
6272             gene4.setRooted( true );
6273             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6274             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6284                 return false;
6285             }
6286             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             final Phylogeny species5 = factory
6293                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6294                              new NHXParser() )[ 0 ];
6295             final Phylogeny gene5 = factory
6296                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6297                              new NHXParser() )[ 0 ];
6298             species5.setRooted( true );
6299             gene5.setRooted( true );
6300             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6301             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6314                 return false;
6315             }
6316             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6320             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6321             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6322             final Phylogeny species6 = factory
6323                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6324                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6325                              new NHXParser() )[ 0 ];
6326             final Phylogeny gene6 = factory
6327                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6328                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6329                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6330                              new NHXParser() )[ 0 ];
6331             species6.setRooted( true );
6332             gene6.setRooted( true );
6333             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6334             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6347                 return false;
6348             }
6349             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             sdi6.computeMappingCostL();
6362             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6363                 return false;
6364             }
6365             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6366                 return false;
6367             }
6368             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6369                 return false;
6370             }
6371             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6372                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6373                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6374                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6375                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6376             species7.setRooted( true );
6377             final Phylogeny gene7_1 = Test
6378                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6379             gene7_1.setRooted( true );
6380             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6381             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6403                 return false;
6404             }
6405             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             final Phylogeny gene7_2 = Test
6409                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6410             gene7_2.setRooted( true );
6411             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6412             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6422                 return false;
6423             }
6424             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6425                 return false;
6426             }
6427             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6434                 return false;
6435             }
6436             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6437                 return false;
6438             }
6439             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6440                 return false;
6441             }
6442         }
6443         catch ( final Exception e ) {
6444             return false;
6445         }
6446         return true;
6447     }
6448
6449     private static boolean testSDIunrooted() {
6450         try {
6451             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6452             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6453             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6454             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6455             PhylogenyBranch br = iter.next();
6456             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6457                 return false;
6458             }
6459             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6460                 return false;
6461             }
6462             br = iter.next();
6463             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             br = iter.next();
6470             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6471                 return false;
6472             }
6473             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6474                 return false;
6475             }
6476             br = iter.next();
6477             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6478                 return false;
6479             }
6480             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6481                 return false;
6482             }
6483             br = iter.next();
6484             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6485                 return false;
6486             }
6487             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6488                 return false;
6489             }
6490             br = iter.next();
6491             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6495                 return false;
6496             }
6497             br = iter.next();
6498             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             br = iter.next();
6505             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             br = iter.next();
6512             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6513                 return false;
6514             }
6515             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6516                 return false;
6517             }
6518             br = iter.next();
6519             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6520                 return false;
6521             }
6522             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             br = iter.next();
6526             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6527                 return false;
6528             }
6529             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6530                 return false;
6531             }
6532             br = iter.next();
6533             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             br = iter.next();
6540             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             br = iter.next();
6547             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6548                 return false;
6549             }
6550             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6551                 return false;
6552             }
6553             br = iter.next();
6554             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             if ( iter.hasNext() ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6564             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6565             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6566             br = iter1.next();
6567             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6571                 return false;
6572             }
6573             br = iter1.next();
6574             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6578                 return false;
6579             }
6580             br = iter1.next();
6581             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6585                 return false;
6586             }
6587             if ( iter1.hasNext() ) {
6588                 return false;
6589             }
6590             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6591             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6592             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6593             br = iter2.next();
6594             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6595                 return false;
6596             }
6597             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             br = iter2.next();
6601             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6602                 return false;
6603             }
6604             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             br = iter2.next();
6608             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6612                 return false;
6613             }
6614             if ( iter2.hasNext() ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             final Phylogeny species0 = factory
6618                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6619                              new NHXParser() )[ 0 ];
6620             final Phylogeny gene1 = factory
6621                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6622                              new NHXParser() )[ 0 ];
6623             species0.setRooted( true );
6624             gene1.setRooted( true );
6625             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6626             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6627             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6628                 return false;
6629             }
6630             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6631                 return false;
6632             }
6633             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6634                 return false;
6635             }
6636             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6637                 return false;
6638             }
6639             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6640                 return false;
6641             }
6642             final Phylogeny gene2 = factory
6643                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6644                              new NHXParser() )[ 0 ];
6645             gene2.setRooted( true );
6646             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6647             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6648                 return false;
6649             }
6650             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6651                 return false;
6652             }
6653             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6654                 return false;
6655             }
6656             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6657                 return false;
6658             }
6659             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6660                 return false;
6661             }
6662             final Phylogeny species6 = factory
6663                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6664                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6665                              new NHXParser() )[ 0 ];
6666             final Phylogeny gene6 = factory
6667                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6668                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6669                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6670                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6671                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6672                              new NHXParser() )[ 0 ];
6673             species6.setRooted( true );
6674             gene6.setRooted( true );
6675             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6676             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6677                 return false;
6678             }
6679             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6680                 return false;
6681             }
6682             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6683                 return false;
6684             }
6685             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6686                 return false;
6687             }
6688             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6689                 return false;
6690             }
6691             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6692                 return false;
6693             }
6694             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6695                 return false;
6696             }
6697             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6698                 return false;
6699             }
6700             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6704                 return false;
6705             }
6706             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6710                 return false;
6711             }
6712             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6713                 return false;
6714             }
6715             p6 = null;
6716             final Phylogeny species7 = factory
6717                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6718                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6719                              new NHXParser() )[ 0 ];
6720             final Phylogeny gene7 = factory
6721                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6722                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6723                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6724                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6725                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6726                              new NHXParser() )[ 0 ];
6727             species7.setRooted( true );
6728             gene7.setRooted( true );
6729             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6730             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6731                 return false;
6732             }
6733             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6746                 return false;
6747             }
6748             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6749                 return false;
6750             }
6751             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6755                 return false;
6756             }
6757             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6758                 return false;
6759             }
6760             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6761                 return false;
6762             }
6763             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6764                 return false;
6765             }
6766             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6767                 return false;
6768             }
6769             p7 = null;
6770             final Phylogeny species8 = factory
6771                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6772                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6773                              new NHXParser() )[ 0 ];
6774             final Phylogeny gene8 = factory
6775                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6776                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6777                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6778                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6779                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6780                              new NHXParser() )[ 0 ];
6781             species8.setRooted( true );
6782             gene8.setRooted( true );
6783             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6784             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6785                 return false;
6786             }
6787             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6788                 return false;
6789             }
6790             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6791                 return false;
6792             }
6793             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6794                 return false;
6795             }
6796             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6797                 return false;
6798             }
6799             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6800                 return false;
6801             }
6802             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6803                 return false;
6804             }
6805             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6809                 return false;
6810             }
6811             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6815                 return false;
6816             }
6817             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6821                 return false;
6822             }
6823             p8 = null;
6824         }
6825         catch ( final Exception e ) {
6826             e.printStackTrace( System.out );
6827             return false;
6828         }
6829         return true;
6830     }
6831
6832     private static boolean testOrthologTable() {
6833         try {
6834             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6835             final Phylogeny s1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "rio_species.xml", new PhyloXmlParser() )[ 0 ];
6836             final NHXParser p = new NHXParser();
6837             p.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6838             final Phylogeny g1[] = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA
6839                     + "rio_Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.mlt" ), p );
6840             for( final Phylogeny gt : g1 ) {
6841                 gt.setRooted( true );
6842                 final GSDI sdi = new GSDI( gt, s1, true, true, true );
6843             }
6844             final IntMatrix m = RIO.calculateOrthologTable( g1 );
6845             // System.out.println( m.toString() );
6846         }
6847         catch ( final Exception e ) {
6848             e.printStackTrace();
6849             return false;
6850         }
6851         return true;
6852     }
6853
6854     private static boolean testSplit() {
6855         try {
6856             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6857             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6858             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6859             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6860             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6861             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6862             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6863             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6864             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6865             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6866             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6867             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6868             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6869             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6870             // System.out.println( s0.toString() );
6871             //
6872             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6873             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6874             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6875             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6879             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6880             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6881             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6882             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6883             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6884             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6885             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6886             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6887                 return false;
6888             }
6889             //
6890             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6891             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6892             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6893             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6894             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6895                 return false;
6896             }
6897             //
6898             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6899             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6900             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6901             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6902             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6903             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             //
6907             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6908             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6909             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6910             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6911             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6912             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6913                 return false;
6914             }
6915             //
6916             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6917             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6918             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6919             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6920             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6921                 return false;
6922             }
6923             //
6924             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6925             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6926             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6927             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             //
6931             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6934             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6935             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6936             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6937             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6938                 return false;
6939             }
6940             //
6941             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6943             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6944             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6945             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6946                 return false;
6947             }
6948             //
6949             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6951             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6952             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6953             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6954             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6955                 return false;
6956             }
6957             //
6958             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6960             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6961             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6962                 return false;
6963             }
6964             //
6965             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6969             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6970             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             //
6974             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6980             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6981                 return false;
6982             }
6983             //
6984             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6985             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6988             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6989                 return false;
6990             }
6991             //
6992             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6993             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6994             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6995             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6996                 return false;
6997             }
6998             //
6999             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7000             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7001             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7002             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7003                 return false;
7004             }
7005             //
7006             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7009             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7010                 return false;
7011             }
7012             //
7013             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7016             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7017                 return false;
7018             }
7019             //
7020             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7021             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7022             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7023             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7024                 return false;
7025             }
7026             //
7027             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7028             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7029             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7030             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7031                 return false;
7032             }
7033             //
7034             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7035             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7036             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7037             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7038             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7039                 return false;
7040             }
7041             //
7042             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7043             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7046             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7047                 return false;
7048             }
7049             //
7050             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7051             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7054             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7055                 return false;
7056             }
7057             //
7058             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7059             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7060             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7063             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7064                 return false;
7065             }
7066             /////////
7067             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7068             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7069             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7070             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7071             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7072             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7073             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7074             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7075             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7076             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7077             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7078             //                return false;
7079             //            }
7080             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7081             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7082             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7083             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7084             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7085             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7086             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7087             //                return false;
7088             //            }
7089             //            //
7090             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7091             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7092             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7093             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7094             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7095             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7096             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7097             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7098             //                return false;
7099             //            }
7100             //            //
7101             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7102             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7103             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7104             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7105             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7106             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7107             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7108             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7109             //                return false;
7110             //            }
7111             //            //
7112             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7113             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7114             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7115             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7116             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7117             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7118             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7119             //                return false;
7120             //            }
7121             //            //
7122             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7123             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7124             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7125             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7126             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7127             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7128             //                return false;
7129             //            }
7130             //
7131             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7133             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7134             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7135             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7136             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7137                 return false;
7138             }
7139             //
7140             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7141             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7142             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7143             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7144             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7145             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             ///////////////////////////
7149             //
7150             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7151             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7152             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7153             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7154             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7155             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             //
7159             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7160             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7161             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7162             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7163             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7164             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             //
7168             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7169             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7170             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7171             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7172             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7173             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             //
7177             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7178             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7182             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             //
7186             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7191             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7192                 return false;
7193             }
7194             //
7195             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7199             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             //
7203             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7209             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             //
7213             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7217             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7218             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7219             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7220                 return false;
7221             }
7222             //
7223             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7225             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7229             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7230                 return false;
7231             }
7232             //
7233             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7234             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7239             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7240             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7241                 return false;
7242             }
7243         }
7244         catch ( final Exception e ) {
7245             e.printStackTrace();
7246             return false;
7247         }
7248         return true;
7249     }
7250
7251     private static boolean testSplitStrict() {
7252         try {
7253             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7254             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7255             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7256             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7257             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7258             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7259             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7260             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7261             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7262             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7263             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7264             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7266             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7267             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7268                 return false;
7269             }
7270             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7271             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7274             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7276             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7277             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7278             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7279                 return false;
7280             }
7281             //
7282             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7285             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7286             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7287                 return false;
7288             }
7289             //
7290             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7291             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7292             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7293             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7294             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7295             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             //
7299             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7300             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7301             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7302             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7303             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7304             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             //
7308             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7309             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7310             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7312             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7313                 return false;
7314             }
7315             //
7316             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7319             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7320                 return false;
7321             }
7322             //
7323             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7324             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7325             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7326             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7327             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7328             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7329             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7330                 return false;
7331             }
7332             //
7333             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7334             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7335             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7336             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7337             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7338                 return false;
7339             }
7340             //
7341             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7342             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7343             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7344             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7345             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7346             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7347                 return false;
7348             }
7349             //
7350             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7352             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7353             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7354                 return false;
7355             }
7356             //
7357             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7359             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7360             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7361             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7362             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             //
7366             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7367             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7368             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7369             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7370             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7372             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7373                 return false;
7374             }
7375             //
7376             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7377             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7378             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7380             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             //
7384             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7385             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7386             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7387             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             //
7391             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7394             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             //
7398             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7401             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             //
7405             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7406             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7407             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7408             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             //
7412             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7413             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7414             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7415             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7416                 return false;
7417             }
7418             //
7419             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7420             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7421             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7422             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7423                 return false;
7424             }
7425             //
7426             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7427             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7428             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7429             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7430             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7431                 return false;
7432             }
7433             //
7434             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7435             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7436             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7437             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7438             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7439                 return false;
7440             }
7441             //
7442             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7443             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7444             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7445             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7446             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7447                 return false;
7448             }
7449             //
7450             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7451             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7452             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7453             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7454             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7455             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7456                 return false;
7457             }
7458         }
7459         catch ( final Exception e ) {
7460             e.printStackTrace();
7461             return false;
7462         }
7463         return true;
7464     }
7465
7466     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7467         try {
7468             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7469             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7470             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7471             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             t1.toNewHampshireX();
7475             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7476             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7477                 return false;
7478             }
7479             t1.toNewHampshireX();
7480             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7481             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7482                 return false;
7483             }
7484             t1.toNewHampshireX();
7485             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7486             t1.toNewHampshireX();
7487             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7491             t1.toNewHampshireX();
7492             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7493                 return false;
7494             }
7495             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7496             t1.toNewHampshireX();
7497             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7501             t1.toNewHampshireX();
7502             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7503                 return false;
7504             }
7505             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7506             t1.toNewHampshireX();
7507             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7508                 return false;
7509             }
7510             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7511             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7512                 return false;
7513             }
7514             if ( !t1.isEmpty() ) {
7515                 return false;
7516             }
7517             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7518             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7519             t2.toNewHampshireX();
7520             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7524             t2.toNewHampshireX();
7525             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7529             t2.toNewHampshireX();
7530             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7531                 return false;
7532             }
7533         }
7534         catch ( final Exception e ) {
7535             e.printStackTrace( System.out );
7536             return false;
7537         }
7538         return true;
7539     }
7540
7541     private static boolean testSupportCount() {
7542         try {
7543             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7544             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7545             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7546                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7547                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7548                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7549                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7550                                                               new NHXParser() );
7551             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7552             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7553             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7554                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7555                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7556                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7557                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7558                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7559                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7560                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7561                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7562                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7563                                                               new NHXParser() );
7564             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7565             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7566             while ( it.hasNext() ) {
7567                 final PhylogenyNode n = it.next();
7568                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7569                     return false;
7570                 }
7571             }
7572             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7573             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7574                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7575             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7576             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7577             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7578                 return false;
7579             }
7580             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7581                 return false;
7582             }
7583             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7584                 return false;
7585             }
7586             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7587                 return false;
7588             }
7589             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7590                 return false;
7591             }
7592             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7593                 return false;
7594             }
7595             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7596                 return false;
7597             }
7598             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7599                 return false;
7600             }
7601             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7602                 return false;
7603             }
7604             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7605                 return false;
7606             }
7607             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7608             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7609                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7610             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7611             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7612             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7619                 return false;
7620             }
7621             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7622                 return false;
7623             }
7624             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7625                 return false;
7626             }
7627             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7628                 return false;
7629             }
7630             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7631                 return false;
7632             }
7633             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7634                 return false;
7635             }
7636             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7637                 return false;
7638             }
7639             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7643             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7644             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7645             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7646                 return false;
7647             }
7648             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7649             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7650             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7651             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7652                 return false;
7653             }
7654             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7655             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7656             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7657             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7658                 return false;
7659             }
7660             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7661             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7662             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7663             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7664                 return false;
7665             }
7666         }
7667         catch ( final Exception e ) {
7668             e.printStackTrace( System.out );
7669             return false;
7670         }
7671         return true;
7672     }
7673
7674     private static boolean testSupportTransfer() {
7675         try {
7676             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7677             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7678                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7679             final Phylogeny p2 = factory
7680                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7681             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7682                 return false;
7683             }
7684             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7688             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7689             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7696                 return false;
7697             }
7698             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7699                 return false;
7700             }
7701             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7711                 return false;
7712             }
7713         }
7714         catch ( final Exception e ) {
7715             e.printStackTrace( System.out );
7716             return false;
7717         }
7718         return true;
7719     }
7720
7721     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7722         try {
7723             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7724                                                                                                  10 );
7725             if ( results.size() != 1 ) {
7726                 return false;
7727             }
7728             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7729                 return false;
7730             }
7731             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7732                 return false;
7733             }
7734             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             results = null;
7744             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7745             if ( results.size() != 1 ) {
7746                 return false;
7747             }
7748             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             results = null;
7764             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7765             if ( results.size() != 1 ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7769                 return false;
7770             }
7771             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7772                 return false;
7773             }
7774             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7778                 return false;
7779             }
7780             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7781                 return false;
7782             }
7783             results = null;
7784             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7785             if ( results.size() != 1 ) {
7786                 return false;
7787             }
7788             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7801                 return false;
7802             }
7803             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7807                 return false;
7808             }
7809             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7810                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7811                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7812                 return false;
7813             }
7814         }
7815         catch ( final IOException e ) {
7816             System.out.println();
7817             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7818             e.printStackTrace( System.out );
7819             return true;
7820         }
7821         catch ( final Exception e ) {
7822             return false;
7823         }
7824         return true;
7825     }
7826
7827     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7828         //The format for GenBank Accession numbers are:
7829         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7830         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7831         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7832         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7833             return false;
7834         }
7835         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7836             return false;
7837         }
7838         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7839             return false;
7840         }
7841         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7842             return false;
7843         }
7844         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7845             return false;
7846         }
7847         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7848             return false;
7849         }
7850         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7851             return false;
7852         }
7853         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7854             return false;
7855         }
7856         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7857             return false;
7858         }
7859         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7860             return false;
7861         }
7862         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7863             return false;
7864         }
7865         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7866             return false;
7867         }
7868         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7869             return false;
7870         }
7871         return true;
7872     }
7873
7874     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7875         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7876             return false;
7877         }
7878         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7879             return false;
7880         }
7881         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7882             return false;
7883         }
7884         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7885             return false;
7886         }
7887         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7888             return false;
7889         }
7890         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7891             return false;
7892         }
7893         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7894             return false;
7895         }
7896         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7897             return false;
7898         }
7899         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7900             return false;
7901         }
7902         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7903             return false;
7904         }
7905         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7906             return false;
7907         }
7908         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7909             return false;
7910         }
7911         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7912             return false;
7913         }
7914         try {
7915             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7916             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7926                 return false;
7927             }
7928             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7929                 return false;
7930             }
7931         }
7932         catch ( final IOException e ) {
7933             System.out.println();
7934             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7935             e.printStackTrace( System.out );
7936             return true;
7937         }
7938         catch ( final Exception e ) {
7939             return false;
7940         }
7941         return true;
7942     }
7943
7944     private static boolean testWabiTxSearch() {
7945         try {
7946             String result = "";
7947             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7948             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7949             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7950                 return false;
7951             }
7952             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7953             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7954                 return false;
7955             }
7956             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7957             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7961             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7962                 return false;
7963             }
7964             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7965             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7966                 return false;
7967             }
7968             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7969             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7970                 return false;
7971             }
7972             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7973             queries.add( "Campylobacter coli" );
7974             queries.add( "Escherichia coli" );
7975             queries.add( "Arabidopsis" );
7976             queries.add( "Trichoplax" );
7977             queries.add( "Samanea saman" );
7978             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7979             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7980             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7981             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7982             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7983             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7984             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7985             ranks.add( RANKS.GENUS );
7986             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7987             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7988             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7989             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7990         }
7991         catch ( final Exception e ) {
7992             System.out.println();
7993             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7994             e.printStackTrace( System.out );
7995             return false;
7996         }
7997         return true;
7998     }
7999
8000     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8001         try {
8002             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8003             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8004                 return false;
8005             }
8006             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8007                 return false;
8008             }
8009             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8016             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8017                 return false;
8018             }
8019             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8020             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8021                 return false;
8022             }
8023             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8024             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8025                 return false;
8026             }
8027         }
8028         catch ( final Exception e ) {
8029             e.printStackTrace();
8030             return false;
8031         }
8032         return true;
8033     }
8034
8035     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8036         try {
8037             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8038             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8039                 return false;
8040             }
8041             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8042                 return false;
8043             }
8044             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8045             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8049                 return false;
8050             }
8051         }
8052         catch ( final Exception e ) {
8053             e.printStackTrace();
8054             return false;
8055         }
8056         return true;
8057     }
8058
8059     private static boolean testFastaParser() {
8060         try {
8061             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8062                 return false;
8063             }
8064             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8065                 return false;
8066             }
8067             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8068             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8069                 return false;
8070             }
8071             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8072                 return false;
8073             }
8074             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8075                 return false;
8076             }
8077             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8078                 return false;
8079             }
8080             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8081                 return false;
8082             }
8083             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8084                 return false;
8085             }
8086         }
8087         catch ( final Exception e ) {
8088             e.printStackTrace();
8089             return false;
8090         }
8091         return true;
8092     }
8093
8094     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8095         try {
8096             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8097             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8098             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8099             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8100             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8101             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8102             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8103             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8104             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8105                 return false;
8106             }
8107             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8108                 return false;
8109             }
8110             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8111                 return false;
8112             }
8113             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8114                 return false;
8115             }
8116             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8117                 return false;
8118             }
8119             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8126                 return false;
8127             }
8128             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8132                 return false;
8133             }
8134             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8135                 return false;
8136             }
8137             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8138                 return false;
8139             }
8140             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8141             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8142                 return false;
8143             }
8144             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8148                 return false;
8149             }
8150             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8151             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8152                 return false;
8153             }
8154             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8155                 return false;
8156             }
8157             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8158                 return false;
8159             }
8160             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8161             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8168                 return false;
8169             }
8170         }
8171         catch ( final Exception e ) {
8172             e.printStackTrace();
8173             return false;
8174         }
8175         return true;
8176     }
8177
8178     private static boolean testMafft( final String path ) {
8179         try {
8180             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8181             opts.add( "--maxiterate" );
8182             opts.add( "1000" );
8183             opts.add( "--localpair" );
8184             opts.add( "--quiet" );
8185             Msa msa = null;
8186             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
8187             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8188             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8189                 return false;
8190             }
8191             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8192                 return false;
8193             }
8194         }
8195         catch ( final Exception e ) {
8196             e.printStackTrace( System.out );
8197             return false;
8198         }
8199         return true;
8200     }
8201
8202     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8203         try {
8204             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8205             PhylogenyNode n;
8206             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8207             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8208             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8209             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8210             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8211             n = t0.getFirstExternalNode();
8212             while ( n != null ) {
8213                 ext.add( n );
8214                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8215             }
8216             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8217                 return false;
8218             }
8219             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8220                 return false;
8221             }
8222             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8223                 return false;
8224             }
8225             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8226                 return false;
8227             }
8228             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8232                 return false;
8233             }
8234             ext.clear();
8235             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8236             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8237             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8238             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8239             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8240             n = t1.getNode( "ab" );
8241             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8242             while ( n != null ) {
8243                 ext.add( n );
8244                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8245             }
8246             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8247                 return false;
8248             }
8249             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8250                 return false;
8251             }
8252             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8253                 return false;
8254             }
8255             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8256                 return false;
8257             }
8258             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8259                 return false;
8260             }
8261             //
8262             //
8263             ext.clear();
8264             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8265             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8266             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8267             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8268             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8269             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8270             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8271             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8272             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8273             n = t2.getNode( "ab" );
8274             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8275             while ( n != null ) {
8276                 ext.add( n );
8277                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8278             }
8279             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8280                 return false;
8281             }
8282             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8283                 return false;
8284             }
8285             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8286                 return false;
8287             }
8288             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8289                 return false;
8290             }
8291             //
8292             //
8293             ext.clear();
8294             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8295             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8296             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8297             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8298             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8299             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8300             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8301             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8302             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8303             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8304             n = t3.getNode( "ab" );
8305             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8306             while ( n != null ) {
8307                 ext.add( n );
8308                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8309             }
8310             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8311                 return false;
8312             }
8313             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8314                 return false;
8315             }
8316             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8317                 return false;
8318             }
8319             //
8320             //
8321             ext.clear();
8322             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8323             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8324             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8325             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8326             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8327             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8328             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8329             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8330             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8331             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8332             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8333             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8334             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8335                 return false;
8336             }
8337             //
8338             //
8339             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8340             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8341             ext.clear();
8342             n = t5.getFirstExternalNode();
8343             while ( n != null ) {
8344                 ext.add( n );
8345                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8346             }
8347             if ( ext.size() != 8 ) {
8348                 return false;
8349             }
8350             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8354                 return false;
8355             }
8356             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8357                 return false;
8358             }
8359             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8363                 return false;
8364             }
8365             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8366                 return false;
8367             }
8368             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8369                 return false;
8370             }
8371             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8372                 return false;
8373             }
8374             //
8375             //
8376             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8377             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8378             ext.clear();
8379             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8380             n = t6.getNode( "ab" );
8381             while ( n != null ) {
8382                 ext.add( n );
8383                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8384             }
8385             if ( ext.size() != 7 ) {
8386                 return false;
8387             }
8388             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8389                 return false;
8390             }
8391             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8392                 return false;
8393             }
8394             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8398                 return false;
8399             }
8400             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8401                 return false;
8402             }
8403             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8404                 return false;
8405             }
8406             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8407                 return false;
8408             }
8409             //
8410             //
8411             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8412             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8413             ext.clear();
8414             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8415             n = t7.getNode( "a" );
8416             while ( n != null ) {
8417                 ext.add( n );
8418                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8419             }
8420             if ( ext.size() != 7 ) {
8421                 return false;
8422             }
8423             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8424                 return false;
8425             }
8426             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8427                 return false;
8428             }
8429             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8430                 return false;
8431             }
8432             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8433                 return false;
8434             }
8435             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8436                 return false;
8437             }
8438             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8439                 return false;
8440             }
8441             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8442                 return false;
8443             }
8444             //
8445             //
8446             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8447             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8448             ext.clear();
8449             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8450             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8451             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8452             n = t8.getNode( "a" );
8453             while ( n != null ) {
8454                 ext.add( n );
8455                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8456             }
8457             if ( ext.size() != 7 ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8461                 return false;
8462             }
8463             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8464                 return false;
8465             }
8466             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8467                 System.out.println( "2 fail" );
8468                 return false;
8469             }
8470             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8471                 return false;
8472             }
8473             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8474                 return false;
8475             }
8476             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8477                 return false;
8478             }
8479             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8480                 return false;
8481             }
8482             //
8483             //
8484             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8485             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8486             ext.clear();
8487             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8488             n = t9.getNode( "a" );
8489             while ( n != null ) {
8490                 ext.add( n );
8491                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8492             }
8493             if ( ext.size() != 7 ) {
8494                 return false;
8495             }
8496             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8497                 return false;
8498             }
8499             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8500                 return false;
8501             }
8502             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8503                 return false;
8504             }
8505             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8506                 return false;
8507             }
8508             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8509                 return false;
8510             }
8511             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8512                 return false;
8513             }
8514             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8515                 return false;
8516             }
8517             //
8518             //
8519             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8520             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8521             ext.clear();
8522             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8523             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8524             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8525             n = t10.getNode( "a" );
8526             while ( n != null ) {
8527                 ext.add( n );
8528                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8529             }
8530             if ( ext.size() != 7 ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8540                 return false;
8541             }
8542             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8543                 return false;
8544             }
8545             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8546                 return false;
8547             }
8548             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8549                 return false;
8550             }
8551             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8552                 return false;
8553             }
8554             //
8555             //
8556             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8557             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8558             ext.clear();
8559             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8560             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8561             n = t11.getNode( "a" );
8562             while ( n != null ) {
8563                 ext.add( n );
8564                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8565             }
8566             if ( ext.size() != 6 ) {
8567                 return false;
8568             }
8569             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8570                 return false;
8571             }
8572             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8573                 return false;
8574             }
8575             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8576                 return false;
8577             }
8578             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8579                 return false;
8580             }
8581             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8582                 return false;
8583             }
8584             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8585                 return false;
8586             }
8587             //
8588             //
8589             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8590             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8591             ext.clear();
8592             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8593             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8594             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8595             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8596             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8597             n = t12.getNode( "a" );
8598             while ( n != null ) {
8599                 ext.add( n );
8600                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8601             }
8602             if ( ext.size() != 6 ) {
8603                 return false;
8604             }
8605             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8606                 return false;
8607             }
8608             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8609                 return false;
8610             }
8611             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8612                 return false;
8613             }
8614             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8615                 return false;
8616             }
8617             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8618                 return false;
8619             }
8620             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8621                 return false;
8622             }
8623             //
8624             //
8625             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8626             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8627             ext.clear();
8628             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8629             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8630             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8631             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8632             n = t13.getNode( "ab" );
8633             while ( n != null ) {
8634                 ext.add( n );
8635                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8636             }
8637             if ( ext.size() != 5 ) {
8638                 return false;
8639             }
8640             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8641                 return false;
8642             }
8643             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8644                 return false;
8645             }
8646             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8647                 return false;
8648             }
8649             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8650                 return false;
8651             }
8652             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8653                 return false;
8654             }
8655             //
8656             //
8657             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8658             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8659             ext.clear();
8660             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8661             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8662             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8663             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8664             n = t14.getNode( "ab" );
8665             while ( n != null ) {
8666                 ext.add( n );
8667                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8668             }
8669             if ( ext.size() != 5 ) {
8670                 return false;
8671             }
8672             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8673                 return false;
8674             }
8675             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8679                 return false;
8680             }
8681             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8682                 return false;
8683             }
8684             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8685                 return false;
8686             }
8687             //
8688             //
8689             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8690             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8691             ext.clear();
8692             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8693             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8694             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8695             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8696             n = t15.getNode( "ab" );
8697             while ( n != null ) {
8698                 ext.add( n );
8699                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8700             }
8701             if ( ext.size() != 6 ) {
8702                 return false;
8703             }
8704             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8708                 return false;
8709             }
8710             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8711                 return false;
8712             }
8713             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8714                 return false;
8715             }
8716             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8717                 return false;
8718             }
8719             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8720                 return false;
8721             }
8722             //
8723             //
8724             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8725             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8726             ext.clear();
8727             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8728             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8729             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8730             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8731             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8732             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8733             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8734             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8735             n = t16.getNode( "ab" );
8736             while ( n != null ) {
8737                 ext.add( n );
8738                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8739             }
8740             if ( ext.size() != 4 ) {
8741                 return false;
8742             }
8743             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8744                 return false;
8745             }
8746             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8747                 return false;
8748             }
8749             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8753                 return false;
8754             }
8755         }
8756         catch ( final Exception e ) {
8757             e.printStackTrace( System.out );
8758             return false;
8759         }
8760         return true;
8761     }
8762
8763     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8764         try {
8765             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8766             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
8767             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
8768             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
8769             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8770             l.add( s0 );
8771             l.add( s1 );
8772             l.add( s2 );
8773             l.add( s3 );
8774             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8775             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8776                 return false;
8777             }
8778             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8779                 return false;
8780             }
8781             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8782                 return false;
8783             }
8784             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8785                 return false;
8786             }
8787         }
8788         catch ( final Exception e ) {
8789             e.printStackTrace( System.out );
8790             return false;
8791         }
8792         return true;
8793     }
8794
8795     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8796         try {
8797             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8798             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8799                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8800                 if ( id != null ) {
8801                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8802                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8803                 }
8804                 return false;
8805             }
8806             //
8807             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8808             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8809                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8810                 if ( id != null ) {
8811                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8812                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8813                 }
8814                 return false;
8815             }
8816             //
8817             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8818             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8819                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8820                 if ( id != null ) {
8821                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8822                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8823                 }
8824                 return false;
8825             }
8826             //
8827             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8828             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8829                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8830                 if ( id != null ) {
8831                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8832                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8833                 }
8834                 return false;
8835             }
8836             //
8837             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8838             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8839                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8840                 if ( id != null ) {
8841                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8842                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8843                 }
8844                 return false;
8845             }
8846             //
8847             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8848             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8849                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8850                 if ( id != null ) {
8851                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8852                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8853                 }
8854                 return false;
8855             }
8856             //
8857             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8858             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8859                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8860                 if ( id != null ) {
8861                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8862                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8863                 }
8864                 return false;
8865             }
8866             //
8867             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8868             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8869                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8870                 if ( id != null ) {
8871                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8872                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8873                 }
8874                 return false;
8875             }
8876             //
8877             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8878             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8879                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8880                 if ( id != null ) {
8881                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8882                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8883                 }
8884                 return false;
8885             }
8886             //
8887             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
8888             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8889                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8890                 if ( id != null ) {
8891                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8892                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8893                 }
8894                 return false;
8895             }
8896             //
8897             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
8898             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8899                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8900                 if ( id != null ) {
8901                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8902                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8903                 }
8904                 return false;
8905             }
8906             //
8907             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8908             if ( id != null ) {
8909                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8910                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8911                 return false;
8912             }
8913             // lcl_91970_unknown_
8914         }
8915         catch ( final Exception e ) {
8916             e.printStackTrace( System.out );
8917             return false;
8918         }
8919         return true;
8920     }
8921 }