forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.BasicMsa;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.msa.MsaMethods;
  62 import org.forester.pccx.TestPccx;
  63 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  68 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  72 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  81 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  83 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  86 import org.forester.protein.Protein;
  87 import org.forester.sdi.SDI;
  88 import org.forester.sdi.SDIR;
  89 import org.forester.sdi.SDIse;
  90 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  91 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  92 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  93 import org.forester.sequence.Sequence;
  94 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  95 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  96 import org.forester.tools.SupportCount;
  97 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  98 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  99 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 100 import org.forester.util.BasicTable;
 101 import org.forester.util.BasicTableParser;
 102 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 103 import org.forester.util.ForesterConstants;
 104 import org.forester.util.ForesterUtil;
 105 import org.forester.util.GeneralTable;
 106 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 107 import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
 108 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 109 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 110 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 115
 116 @SuppressWarnings( "unused")
 117 public final class Test {
 118
 119     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 120     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 123     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 127     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 130     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133
 134     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 135         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 136         return p;
 137     }
 138
 139     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 140         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 141         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 142     }
 143
 144     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 145         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 146     }
 147
 148     public static void main( final String[] args ) {
 149         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 150         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 151                 + "]" );
 152         Locale.setDefault( Locale.US );
 153         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 154         int failed = 0;
 155         int succeeded = 0;
 156         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 157         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 158             System.out.println( "OK.]" );
 159         }
 160         else {
 161             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 162             System.out.println( "Testing aborted." );
 163             System.exit( -1 );
 164         }
 165         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 166         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 167             System.out.println( "OK.]" );
 168         }
 169         else {
 170             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 171             System.out.println( "Testing aborted." );
 172             System.exit( -1 );
 173         }
 174         final long start_time = new Date().getTime();
 175
 176
 177
 178         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 179         if (  testSequenceIdParsing() ) {
 180             System.out.println( "OK." );
 181             succeeded++;
 182         }
 183         else {
 184             System.out.println( "failed." );
 185             System.exit( -1 ); //TODO FIXME remove me!! ~
 186             failed++;
 187         }
 188         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 189         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 190             System.out.println( "OK." );
 191             succeeded++;
 192         }
 193         else {
 194             System.out.println( "failed." );
 195             failed++;
 196         }
 197         System.out.print( "Basic node methods: " );
 198         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 199             System.out.println( "OK." );
 200             succeeded++;
 201         }
 202         else {
 203             System.out.println( "failed." );
 204             failed++;
 205         }
 206         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 207         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 208             System.out.println( "OK." );
 209             succeeded++;
 210         }
 211         else {
 212             System.out.println( "failed." );
 213             failed++;
 214         }
 215         System.out.print( "NH parsing: " );
 216         if ( Test.testNHParsing() ) {
 217             System.out.println( "OK." );
 218             succeeded++;
 219         }
 220         else {
 221             System.out.println( "failed." );
 222             failed++;
 223         }
 224         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 225         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 226             System.out.println( "OK." );
 227             succeeded++;
 228         }
 229         else {
 230             System.out.println( "failed." );
 231             failed++;
 232         }
 233         System.out.print( "NHX parsing: " );
 234         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 235             System.out.println( "OK." );
 236             succeeded++;
 237         }
 238         else {
 239             System.out.println( "failed." );
 240             failed++;
 241         }
 242         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 243         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 244             System.out.println( "OK." );
 245             succeeded++;
 246         }
 247         else {
 248             System.out.println( "failed." );
 249             failed++;
 250         }
 251         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 252         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 253             System.out.println( "OK." );
 254             succeeded++;
 255         }
 256         else {
 257             System.out.println( "failed." );
 258             failed++;
 259         }
 260         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 261         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 262             System.out.println( "OK." );
 263             succeeded++;
 264         }
 265         else {
 266             System.out.println( "failed." );
 267             failed++;
 268         }
 269         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 270         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 271             System.out.println( "OK." );
 272             succeeded++;
 273         }
 274         else {
 275             System.out.println( "failed." );
 276             failed++;
 277         }
 278         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 279         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 280             System.out.println( "OK." );
 281             succeeded++;
 282         }
 283         else {
 284             System.out.println( "failed." );
 285             failed++;
 286         }
 287         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 288         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 289             System.out.println( "OK." );
 290             succeeded++;
 291         }
 292         else {
 293             System.out.println( "failed." );
 294             failed++;
 295         }
 296         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 297         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 298             System.out.println( "OK." );
 299             succeeded++;
 300         }
 301         else {
 302             System.out.println( "failed." );
 303             failed++;
 304         }
 305         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 306         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 307             System.out.println( "OK." );
 308             succeeded++;
 309         }
 310         else {
 311             System.out.println( "failed." );
 312             failed++;
 313         }
 314         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 315         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 316             System.out.println( "OK." );
 317             succeeded++;
 318         }
 319         else {
 320             System.out.println( "failed." );
 321             failed++;
 322         }
 323         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 324         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 325             System.out.println( "OK." );
 326             succeeded++;
 327         }
 328         else {
 329             System.out.println( "failed." );
 330             failed++;
 331         }
 332         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 333         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 334             System.out.println( "OK." );
 335             succeeded++;
 336         }
 337         else {
 338             System.out.println( "failed." );
 339             failed++;
 340         }
 341         System.out.print( "Copying of node data: " );
 342         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 343             System.out.println( "OK." );
 344             succeeded++;
 345         }
 346         else {
 347             System.out.println( "failed." );
 348             failed++;
 349         }
 350         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 351         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 352             System.out.println( "OK." );
 353             succeeded++;
 354         }
 355         else {
 356             System.out.println( "failed." );
 357             failed++;
 358         }
 359         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 360         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 361             System.out.println( "OK." );
 362             succeeded++;
 363         }
 364         else {
 365             System.out.println( "failed." );
 366             failed++;
 367         }
 368         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 369         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 370             System.out.println( "OK." );
 371             succeeded++;
 372         }
 373         else {
 374             System.out.println( "failed." );
 375             failed++;
 376         }
 377         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 378         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 379             System.out.println( "OK." );
 380             succeeded++;
 381         }
 382         else {
 383             System.out.println( "failed." );
 384             failed++;
 385         }
 386         System.out.print( "Re-id methods: " );
 387         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 388             System.out.println( "OK." );
 389             succeeded++;
 390         }
 391         else {
 392             System.out.println( "failed." );
 393             failed++;
 394         }
 395         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 396         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 397             System.out.println( "OK." );
 398             succeeded++;
 399         }
 400         else {
 401             System.out.println( "failed." );
 402             failed++;
 403         }
 404         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 405         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 406             System.out.println( "OK." );
 407             succeeded++;
 408         }
 409         else {
 410             System.out.println( "failed." );
 411             failed++;
 412         }
 413         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 414         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 415             System.out.println( "OK." );
 416             succeeded++;
 417         }
 418         else {
 419             System.out.println( "failed." );
 420             failed++;
 421         }
 422         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 423         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 424             System.out.println( "OK." );
 425             succeeded++;
 426         }
 427         else {
 428             System.out.println( "failed." );
 429             failed++;
 430         }
 431         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 432         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 433             System.out.println( "OK." );
 434             succeeded++;
 435         }
 436         else {
 437             System.out.println( "failed." );
 438             failed++;
 439         }
 440         System.out.print( "Rerooting: " );
 441         if ( Test.testRerooting() ) {
 442             System.out.println( "OK." );
 443             succeeded++;
 444         }
 445         else {
 446             System.out.println( "failed." );
 447             failed++;
 448         }
 449         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 450         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 451             System.out.println( "OK." );
 452             succeeded++;
 453         }
 454         else {
 455             System.out.println( "failed." );
 456             failed++;
 457         }
 458         System.out.print( "Support count: " );
 459         if ( Test.testSupportCount() ) {
 460             System.out.println( "OK." );
 461             succeeded++;
 462         }
 463         else {
 464             System.out.println( "failed." );
 465             failed++;
 466         }
 467         System.out.print( "Support transfer: " );
 468         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 469             System.out.println( "OK." );
 470             succeeded++;
 471         }
 472         else {
 473             System.out.println( "failed." );
 474             failed++;
 475         }
 476         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 477         if ( Test.testGetLCA() ) {
 478             System.out.println( "OK." );
 479             succeeded++;
 480         }
 481         else {
 482             System.out.println( "failed." );
 483             failed++;
 484         }
 485         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 486         if ( Test.testGetDistance() ) {
 487             System.out.println( "OK." );
 488             succeeded++;
 489         }
 490         else {
 491             System.out.println( "failed." );
 492             failed++;
 493         }
 494         System.out.print( "SDIse: " );
 495         if ( Test.testSDIse() ) {
 496             System.out.println( "OK." );
 497             succeeded++;
 498         }
 499         else {
 500             System.out.println( "failed." );
 501             failed++;
 502         }
 503         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 504         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 505             System.out.println( "OK." );
 506             succeeded++;
 507         }
 508         else {
 509             System.out.println( "failed." );
 510             failed++;
 511         }
 512         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 513         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 514             System.out.println( "OK." );
 515             succeeded++;
 516         }
 517         else {
 518             System.out.println( "failed." );
 519             failed++;
 520         }
 521         System.out.print( "GSDI: " );
 522         if ( TestGSDI.test() ) {
 523             System.out.println( "OK." );
 524             succeeded++;
 525         }
 526         else {
 527             System.out.println( "failed." );
 528             failed++;
 529         }
 530         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 531         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 532             System.out.println( "OK." );
 533             succeeded++;
 534         }
 535         else {
 536             System.out.println( "failed." );
 537             failed++;
 538         }
 539         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 540         if ( Test.testDataObjects() ) {
 541             System.out.println( "OK." );
 542             succeeded++;
 543         }
 544         else {
 545             System.out.println( "failed." );
 546             failed++;
 547         }
 548         System.out.print( "Properties map: " );
 549         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 550             System.out.println( "OK." );
 551             succeeded++;
 552         }
 553         else {
 554             System.out.println( "failed." );
 555             failed++;
 556         }
 557         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 558         System.out.println();
 559         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 560             System.out.println( "OK." );
 561             succeeded++;
 562         }
 563         else {
 564             System.out.println( "failed." );
 565             failed++;
 566         }
 567         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 568         System.out.println();
 569         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 570             System.out.println( "OK." );
 571             succeeded++;
 572         }
 573         else {
 574             System.out.println( "failed." );
 575             failed++;
 576         }
 577         System.out.print( "GO: " );
 578         System.out.println();
 579         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 580             System.out.println( "OK." );
 581             succeeded++;
 582         }
 583         else {
 584             System.out.println( "failed." );
 585             failed++;
 586         }
 587         System.out.print( "Modeling tools: " );
 588         if ( TestPccx.test() ) {
 589             System.out.println( "OK." );
 590             succeeded++;
 591         }
 592         else {
 593             System.out.println( "failed." );
 594             failed++;
 595         }
 596         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 597         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 598             System.out.println( "OK." );
 599             succeeded++;
 600         }
 601         else {
 602             System.out.println( "failed." );
 603             failed++;
 604         }
 605         System.out.print( "Split Matrix: " );
 606         if ( Test.testSplit() ) {
 607             System.out.println( "OK." );
 608             succeeded++;
 609         }
 610         else {
 611             System.out.println( "failed." );
 612             failed++;
 613         }
 614         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 615         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 616             System.out.println( "OK." );
 617             succeeded++;
 618         }
 619         else {
 620             System.out.println( "failed." );
 621             failed++;
 622         }
 623         System.out.print( "Basic table: " );
 624         if ( Test.testBasicTable() ) {
 625             System.out.println( "OK." );
 626             succeeded++;
 627         }
 628         else {
 629             System.out.println( "failed." );
 630             failed++;
 631         }
 632         System.out.print( "General table: " );
 633         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 634             System.out.println( "OK." );
 635             succeeded++;
 636         }
 637         else {
 638             System.out.println( "failed." );
 639             failed++;
 640         }
 641         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 642         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 643             System.out.println( "OK." );
 644             succeeded++;
 645         }
 646         else {
 647             System.out.println( "failed." );
 648             failed++;
 649         }
 650         System.out.print( "General MSA parser: " );
 651         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 652             System.out.println( "OK." );
 653             succeeded++;
 654         }
 655         else {
 656             System.out.println( "failed." );
 657             failed++;
 658         }
 659         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 660         if ( Test.testFastaParser() ) {
 661             System.out.println( "OK." );
 662             succeeded++;
 663         }
 664         else {
 665             System.out.println( "failed." );
 666             failed++;
 667         }
 668         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 669         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 670             System.out.println( "OK." );
 671             succeeded++;
 672         }
 673         else {
 674             System.out.println( "failed." );
 675             failed++;
 676         }
 677         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 678         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 679             System.out.println( "OK." );
 680             succeeded++;
 681         }
 682         else {
 683             System.out.println( "failed." );
 684             failed++;
 685         }
 686         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 687         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 688             System.out.println( "OK." );
 689             succeeded++;
 690         }
 691         else {
 692             System.out.println( "failed." );
 693             failed++;
 694         }
 695         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 696         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 697             System.out.println( "OK." );
 698             succeeded++;
 699         }
 700         else {
 701             System.out.println( "failed." );
 702             failed++;
 703         }
 704         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 705             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 706             if ( Test.testMafft() ) {
 707                 System.out.println( "OK." );
 708                 succeeded++;
 709             }
 710             else {
 711                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 712             }
 713         }
 714         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 715         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 716             System.out.println( "OK." );
 717             succeeded++;
 718         }
 719         else {
 720             System.out.println( "failed." );
 721             failed++;
 722         }
 723         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 724         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 725             System.out.println( "OK." );
 726             succeeded++;
 727         }
 728         else {
 729             System.out.println( "failed." );
 730             failed++;
 731         }
 732         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 733         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 734         //            System.out.println( "OK." );
 735         //            succeeded++;
 736         //        }
 737         //        else {
 738         //            System.out
 739         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 740         //        }
 741         System.out.println();
 742         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 743         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 744         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 745         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 746                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 747         System.out.println();
 748         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 749         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 750         System.out.println();
 751         if ( failed < 1 ) {
 752             System.out.println( "OK." );
 753         }
 754         else {
 755             System.out.println( "Not OK." );
 756         }
 757         // System.out.println();
 758         // Development.setTime( true );
 759         //try {
 760         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 761         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 762         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 763         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 764         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 765         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 766         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 767         // NHXParser() )[ 0 ];
 768         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 769         // }
 770         // catch ( final Exception e ) {
 771         //     e.printStackTrace();
 772         // }
 773         // t1.getRoot().preorderPrint();
 774         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 775         // .getInstance();
 776         // try {
 777         //
 778         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 779         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 780         // factory.create(
 781         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 782         // new NHXParser() );
 783         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 784         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 785         // factory.create(
 786         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 787         // new NHXParser() );
 788         //
 789         //
 790         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 791         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 792         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 793         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 794         // factory.create(
 795         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 796         // new NHXParser() );
 797         // factory.create(
 798         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 799         // new NHXParser() );
 800         //
 801         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 802         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 803         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 804         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 805         //
 806         // factory.create(
 807         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 808         // new NHXParser() );
 809         // factory.create(
 810         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 811         // new NHXParser() );
 812         //
 813         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 814         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 815         // factory.create(
 816         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 817         // new NHXParser() );
 818         //
 819         // }
 820         // catch ( IOException e ) {
 821         // // TODO Auto-generated catch block
 822         // e.printStackTrace();
 823         // }
 824     }
 825
 826     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 827         try {
 828             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 829                 return false;
 830             }
 831             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 832             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 833                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 834             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 835                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 836             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 837                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 838             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 839                 return false;
 840             }
 841             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 845                 return false;
 846             }
 847             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 848                 return false;
 849             }
 850             if ( !n3.isExternal() ) {
 851                 return false;
 852             }
 853             if ( !n3.isRoot() ) {
 854                 return false;
 855             }
 856             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 857                 return false;
 858             }
 859         }
 860         catch ( final Exception e ) {
 861             e.printStackTrace( System.out );
 862             return false;
 863         }
 864         return true;
 865     }
 866
 867     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 868         try {
 869             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 870             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 871             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 872                                                               xml_parser );
 873             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 874                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 875                 return false;
 876             }
 877             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 878                 return false;
 879             }
 880             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 881             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 882             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 883             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 884             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 885                 return false;
 886             }
 887             if ( !t1.isRooted() ) {
 888                 return false;
 889             }
 890             if ( t1.isRerootable() ) {
 891                 return false;
 892             }
 893             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 894                 return false;
 895             }
 896             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 897                 return false;
 898             }
 899             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 900                 return false;
 901             }
 902             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 903                 return false;
 904             }
 905             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 918                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 922                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 923                 return false;
 924             }
 925             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 926                 return false;
 927             }
 928             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 929                 return false;
 930             }
 931             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 932                 return false;
 933             }
 934             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 935                 return false;
 936             }
 937             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 938                 return false;
 939             }
 940             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 941                 return false;
 942             }
 943             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 944                 return false;
 945             }
 946             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 950                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 957                 return false;
 958             }
 959             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 963                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 967                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 971                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 975                     .equals( "experimental" ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 979                     .equals( "function" ) ) {
 980                 return false;
 981             }
 982             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 983                     .getValue() != 1 ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 987                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 991                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 992                 return false;
 993             }
 994             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 995                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 999                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1000                 return false;
1001             }
1002             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1003                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1004                 return false;
1005             }
1006             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1007                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1011                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1012                 return false;
1013             }
1014             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1015                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1016                 return false;
1017             }
1018             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1019                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1023                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1024                 return false;
1025             }
1026             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1027                 return false;
1028             }
1029             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1030                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1031                 return false;
1032             }
1033             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1034                 return false;
1035             }
1036             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1037             //     return false;
1038             //}
1039             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1040             //                return false;
1041             //            }
1042             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1043             //                return false;
1044             //            }
1045             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1046             //                return false;
1047             //            }
1048             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1049             //                return false;
1050             //            }
1051             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1052             //                return false;
1053             //            }
1054             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1055             //                return false;
1056             //            }
1057             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1058             //                return false;
1059             //            }
1060             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1061             //                return false;
1062             //            }
1063             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1064             //                    .equals( "B" ) ) {
1065             //                return false;
1066             //            }
1067             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1068             //                return false;
1069             //            }
1070             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1071             //                return false;
1072             //            }
1073             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1074             //                return false;
1075             //            }
1076             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1077             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1078             //                return false;
1079             //            }
1080             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1081             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1082             //                return false;
1083             //            }
1084             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1085             //                return false;
1086             //            }
1087             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1088             //                return false;
1089             //            }
1090             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1091             //                return false;
1092             //            }
1093             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1094             //                return false;
1095             //            }
1096             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1097             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1098             //                ;
1099             //                return false;
1100             //            }
1101             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1102             //                return false;
1103             //            }
1104             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1105             //                return false;
1106             //            }
1107             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1108             //                return false;
1109             //            }
1110             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1111             //                return false;
1112             //            }
1113             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1114             //                return false;
1115             //            }
1116             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1117             //                return false;
1118             //            }
1119             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1120             //                return false;
1121             //            }
1122             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1123             //                                                              xml_parser );
1124             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1125             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1126             //                return false;
1127             //            }
1128             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1129             //                return false;
1130             //            }
1131             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1132             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1133             //                return false;
1134             //            }
1135             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1136             //                return false;
1137             //            }
1138             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1139             //                return false;
1140             //            }
1141             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1142             //                return false;
1143             //            }
1144         }
1145         catch ( final Exception e ) {
1146             e.printStackTrace( System.out );
1147             return false;
1148         }
1149         return true;
1150     }
1151
1152     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1153         try {
1154             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1155             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1156             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1157                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1158             }
1159             else {
1160                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1161             }
1162             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1163                                                               xml_parser );
1164             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1165                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1166                 return false;
1167             }
1168             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1172             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1173             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1177             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1178                 return false;
1179             }
1180             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1184                 return false;
1185             }
1186             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1187                 return false;
1188             }
1189             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1190             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1191             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1192             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1193                 return false;
1194             }
1195             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1196                 return false;
1197             }
1198             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1199                 return false;
1200             }
1201             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1205                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1209                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1213             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1214             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1215             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1216             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1220             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1221                 return false;
1222             }
1223             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1224                 return false;
1225             }
1226             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1227                 return false;
1228             }
1229             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1230                 return false;
1231             }
1232             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1236                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1246                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1250                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1254                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1258                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1262                     .equals( "experimental" ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1266                     .equals( "function" ) ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1270                     .getValue() != 1 ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1274                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1278                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1282                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1283                 return false;
1284             }
1285             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1286                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1290                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1291                 return false;
1292             }
1293             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1294                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1298                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1302                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1303                 return false;
1304             }
1305             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1306                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1310                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1317                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1321                 return false;
1322             }
1323             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1327                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1328                 return false;
1329             }
1330             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1334                 return false;
1335             }
1336             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1343                     .equals( "ncbi" ) ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1350                     .getName().equals( "B" ) ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1354                     .getFrom() != 21 ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1361                     .getLength() != 24 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1365                     .getConfidence() != 2144 ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1369                     .equals( "pfam" ) ) {
1370                 return false;
1371             }
1372             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1379                 return false;
1380             }
1381             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1385             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1392                 return false;
1393             }
1394             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1395                 return false;
1396             }
1397             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1401                 return false;
1402             }
1403             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1404                 return false;
1405             }
1406             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1410                 return false;
1411             }
1412             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1416                 return false;
1417             }
1418             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1419                 return false;
1420             }
1421             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1422                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1423                 ;
1424                 return false;
1425             }
1426             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1427                 return false;
1428             }
1429             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1430                 return false;
1431             }
1432             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1433                 return false;
1434             }
1435             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1436                 return false;
1437             }
1438             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1439                 return false;
1440             }
1441             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1442                 return false;
1443             }
1444             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1445                 return false;
1446             }
1447             //
1448             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1452                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1453                 return false;
1454             }
1455             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1456                 return false;
1457             }
1458             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1459                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1460                 return false;
1461             }
1462             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1463                 return false;
1464             }
1465             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1466                 return false;
1467             }
1468             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1469                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1470                 return false;
1471             }
1472         }
1473         catch ( final Exception e ) {
1474             e.printStackTrace( System.out );
1475             return false;
1476         }
1477         return true;
1478     }
1479
1480     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1481         try {
1482             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1483             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1484             try {
1485                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1486             }
1487             catch ( final Exception e ) {
1488                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1489             }
1490             if ( xml_parser == null ) {
1491                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1492                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1493                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1494                 }
1495                 else {
1496                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1497                 }
1498             }
1499             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1500                                                               xml_parser );
1501             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1502                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1503                 return false;
1504             }
1505             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1506                 return false;
1507             }
1508             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1509             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1510             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1511             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1512             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1516                 return false;
1517             }
1518             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1519                 return false;
1520             }
1521             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1522                 return false;
1523             }
1524             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1534             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1535             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1536                 System.out.println( "errors:" );
1537                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1538                 return false;
1539             }
1540             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1541                 return false;
1542             }
1543             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1544                                                               xml_parser );
1545             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1546                 System.out.println( "errors:" );
1547                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1548                 return false;
1549             }
1550             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1551                 return false;
1552             }
1553             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1557                                                               xml_parser );
1558             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1559                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1560                 return false;
1561             }
1562             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1566             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1567                 return false;
1568             }
1569             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1570                 return false;
1571             }
1572             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1573                 return false;
1574             }
1575             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1576                 return false;
1577             }
1578             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1579                                                               xml_parser );
1580             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1581                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1582                 return false;
1583             }
1584             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1585                 return false;
1586             }
1587             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1588             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1589                 return false;
1590             }
1591             s.getNode( "first" );
1592             s.getNode( "<>" );
1593             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1594             s.getNode( "'''\"" );
1595             s.getNode( "\"\"\"" );
1596             s.getNode( "dick & doof" );
1597         }
1598         catch ( final Exception e ) {
1599             e.printStackTrace( System.out );
1600             return false;
1601         }
1602         return true;
1603     }
1604
1605     private static boolean testBasicTable() {
1606         try {
1607             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1608             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1615             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1616             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1617             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1618             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1619             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1620             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1621             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1622             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1623                 return false;
1624             }
1625             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1626                 return false;
1627             }
1628             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1632                 return false;
1633             }
1634             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1635                 return false;
1636             }
1637             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1638                 return false;
1639             }
1640             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1641                 return false;
1642             }
1643             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1644                 return false;
1645             }
1646             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1647                 return false;
1648             }
1649             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1650                 return false;
1651             }
1652             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1653             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1654             source.append( "" + l );
1655             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1656             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1657             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1658             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1659             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1660             source.append( "40 41 42 43" + l );
1661             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1662             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1663             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1664             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1674                 return false;
1675             }
1676             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1677                 return false;
1678             }
1679             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1683             source1.append( "" + l );
1684             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1685             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1686             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1687             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1688             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1689             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1690             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1691             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1692             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1693             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1694                 return false;
1695             }
1696             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1697                 return false;
1698             }
1699             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1703                 return false;
1704             }
1705             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1706                 return false;
1707             }
1708             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1709                 return false;
1710             }
1711             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1715                 return false;
1716             }
1717             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1718             source2.append( "" + l );
1719             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1720             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1721             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1722             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1723             source2.append( "                     " + l );
1724             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1725             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1726             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1727             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1728             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1729                                                                         ";",
1730                                                                         false,
1731                                                                         "comment:",
1732                                                                         false );
1733             if ( tl.size() != 2 ) {
1734                 return false;
1735             }
1736             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1737             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1738             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1745                 return false;
1746             }
1747             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1754                 return false;
1755             }
1756         }
1757         catch ( final Exception e ) {
1758             e.printStackTrace( System.out );
1759             return false;
1760         }
1761         return true;
1762     }
1763
1764     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1765         try {
1766             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1767             final TolParser parser = new TolParser();
1768             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1769             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1770                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1777             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1778                 return false;
1779             }
1780             if ( !t1.isRooted() ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1790                 return false;
1791             }
1792             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1793                 return false;
1794             }
1795             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1796             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1797                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1804             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1805                 return false;
1806             }
1807             if ( !t2.isRooted() ) {
1808                 return false;
1809             }
1810             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1811                 return false;
1812             }
1813             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1814                 return false;
1815             }
1816             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1817                 return false;
1818             }
1819             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1820                 return false;
1821             }
1822             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1826                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1827                 return false;
1828             }
1829             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1830             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1831                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1838             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1839                 return false;
1840             }
1841             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1845                 return false;
1846             }
1847             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1848                 return false;
1849             }
1850             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1851             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1852                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1859             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1863                 return false;
1864             }
1865             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1866                 return false;
1867             }
1868             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1869                 return false;
1870             }
1871             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1872             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1873                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1874                 return false;
1875             }
1876             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1880             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1881                 return false;
1882             }
1883             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1884                 return false;
1885             }
1886             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1887                 return false;
1888             }
1889             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1890                 return false;
1891             }
1892         }
1893         catch ( final Exception e ) {
1894             e.printStackTrace( System.out );
1895             return false;
1896         }
1897         return true;
1898     }
1899
1900     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1901         try {
1902             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1903             final Phylogeny t1 = factory.create();
1904             if ( !t1.isEmpty() ) {
1905                 return false;
1906             }
1907             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1908             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1909                 return false;
1910             }
1911             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1912                 return false;
1913             }
1914             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1915                 return false;
1916             }
1917             if ( t2.isEmpty() ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1921             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1922                 return false;
1923             }
1924             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1925                 return false;
1926             }
1927             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1931             PhylogenyNodeIterator it;
1932             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1933                 it.next();
1934             }
1935             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1936                 it.next();
1937             }
1938             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1939             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( it2.hasNext() ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1952             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1953                 return false;
1954             }
1955             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1956                 return false;
1957             }
1958             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1959                 return false;
1960             }
1961             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1962             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1963             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1964                 return false;
1965             }
1966             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1967                 return false;
1968             }
1969             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1970             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1971             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1972                 return false;
1973             }
1974             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1975             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1976             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1977                 return false;
1978             }
1979             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1980             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1981             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1982                 return false;
1983             }
1984             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1985                 return false;
1986             }
1987             final char[] a9 = new char[] {};
1988             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1989             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1993             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1994             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1995                 return false;
1996             }
1997         }
1998         catch ( final Exception e ) {
1999             e.printStackTrace( System.out );
2000             return false;
2001         }
2002         return true;
2003     }
2004
2005     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2006         try {
2007             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2008             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2009             final Phylogeny[] ev0 = factory
2010                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2011                              new NHXParser() );
2012             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2013             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2014                 return false;
2015             }
2016             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2017                 return false;
2018             }
2019             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2020             final Phylogeny[] ev1 = factory
2021                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2022                              new NHXParser() );
2023             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2024             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2028                 return false;
2029             }
2030             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2031             final Phylogeny[] ev_b = factory
2032                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2033                              new NHXParser() );
2034             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2035             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2036             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2037                 return false;
2038             }
2039             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2040                 return false;
2041             }
2042             //
2043             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2044             final Phylogeny[] ev1x = factory
2045                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2046                              new NHXParser() );
2047             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2048             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2049                 return false;
2050             }
2051             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2052                 return false;
2053             }
2054             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2055             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2056                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2057                              new NHXParser() );
2058             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2059             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2063                 return false;
2064             }
2065             //
2066             final Phylogeny[] t2 = factory
2067                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2068                              new NHXParser() );
2069             final Phylogeny[] ev2 = factory
2070                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2071                              new NHXParser() );
2072             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2073                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2074             }
2075             //
2076             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2077                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2078             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2079             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2080             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2081                 return false;
2082             }
2083             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2084                 return false;
2085             }
2086             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2087                 return false;
2088             }
2089         }
2090         catch ( final Exception e ) {
2091             e.printStackTrace();
2092             return false;
2093         }
2094         return true;
2095     }
2096
2097     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2098         try {
2099             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2100                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2101             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2102             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105         }
2106         catch ( final Exception e ) {
2107             e.printStackTrace();
2108             return false;
2109         }
2110         return true;
2111     }
2112
2113     private static boolean testDataObjects() {
2114         try {
2115             final Confidence s0 = new Confidence();
2116             final Confidence s1 = new Confidence();
2117             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2121             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2122             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2123                 return false;
2124             }
2125             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2126                 return false;
2127             }
2128             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2129             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2130                 return false;
2131             }
2132             s3.asSimpleText();
2133             s3.asText();
2134             // Taxonomy
2135             // ----------
2136             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2137             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2138             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2139             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2140             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2141             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2142             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2143             t1.setScientificName( "E. coli" );
2144             t1.setCommonName( "coli" );
2145             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2146             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2147                 return false;
2148             }
2149             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2150             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2151             t2.setScientificName( "what" );
2152             t2.setCommonName( "something" );
2153             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2157             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2158                 return false;
2159             }
2160             t1.setIdentifier( null );
2161             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2162             t3.setScientificName( "what" );
2163             t3.setCommonName( "something" );
2164             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             t1.setIdentifier( null );
2168             t1.setTaxonomyCode( "" );
2169             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2170             t4.setCommonName( "something" );
2171             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2172                 return false;
2173             }
2174             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2175             t4.setCommonName( "something" );
2176             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2177                 return false;
2178             }
2179             t1.setIdentifier( null );
2180             t1.setTaxonomyCode( "" );
2181             t1.setScientificName( "" );
2182             t5.setCommonName( "COLI" );
2183             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2184                 return false;
2185             }
2186             t5.setCommonName( "vibrio" );
2187             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2188                 return false;
2189             }
2190             // Identifier
2191             // ----------
2192             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2193             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2194             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2198                 return false;
2199             }
2200             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2201                 return false;
2202             }
2203             id1.asSimpleText();
2204             id1.asText();
2205             // ProteinDomain
2206             // ---------------
2207             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2208             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2209             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2210                 return false;
2211             }
2212             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2213                 return false;
2214             }
2215             pd1.asSimpleText();
2216             pd1.asText();
2217             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2218             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2219             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2223                 return false;
2224             }
2225             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2226                 return false;
2227             }
2228             pd3.asSimpleText();
2229             pd3.asText();
2230             // DomainArchitecture
2231             // ------------------
2232             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2233             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2234             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2235             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2236             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2237             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2238             domains0.add( d2 );
2239             domains0.add( d0 );
2240             domains0.add( d3 );
2241             domains0.add( d1 );
2242             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2243             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2244                 return false;
2245             }
2246             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2247             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2251                 return false;
2252             }
2253             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2254                 return false;
2255             }
2256             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2257             domains1.add( d1 );
2258             domains1.add( d2 );
2259             domains1.add( d4 );
2260             domains1.add( d0 );
2261             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2262             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2263                 return false;
2264             }
2265             ds1.asSimpleText();
2266             ds1.asText();
2267             ds1.toNHX();
2268             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2269             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2270                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2271                 return false;
2272             }
2273             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             // Event
2277             // -----
2278             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2279             if ( e1.isDuplication() ) {
2280                 return false;
2281             }
2282             if ( !e1.isFusion() ) {
2283                 return false;
2284             }
2285             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2286                 return false;
2287             }
2288             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2289                 return false;
2290             }
2291             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2292             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2299             if ( e2.isDuplication() ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2315                 return false;
2316             }
2317             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2318             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2322             if ( e3.isDuplication() ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             if ( e3.isSpeciation() ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2332                 return false;
2333             }
2334             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2335             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2336             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2337                 return false;
2338             }
2339             e3 = null;
2340             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2341                 return false;
2342             }
2343             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2344             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2348                 return false;
2349             }
2350             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2351             e4 = null;
2352             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2353             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2354                 return false;
2355             }
2356             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2357                 return false;
2358             }
2359             final Event e5 = new Event();
2360             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2361                 return false;
2362             }
2363             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2367                 return false;
2368             }
2369             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2370             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2371                 return false;
2372             }
2373             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2374                 return false;
2375             }
2376             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2377             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2384             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2385                 return false;
2386             }
2387             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2388                 return false;
2389             }
2390         }
2391         catch ( final Exception e ) {
2392             e.printStackTrace( System.out );
2393             return false;
2394         }
2395         return true;
2396     }
2397
2398     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2399         try {
2400             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2401             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2402             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2403             if ( t0.isEmpty() ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2410             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             if ( !t0.isEmpty() ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2417             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2418                 return false;
2419             }
2420             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2421             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2425                 return false;
2426             }
2427             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2428             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2429                 return false;
2430             }
2431             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2432             if ( !t1.isEmpty() ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2436             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2437                 return false;
2438             }
2439             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2440             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2441                 return false;
2442             }
2443             t2.toNewHampshireX();
2444             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2445             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2446                 return false;
2447             }
2448             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2449             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2453             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2454                 return false;
2455             }
2456             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2457             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2458                 return false;
2459             }
2460             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2461             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             n = t3.getNode( "A" );
2465             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             n = n.getNextExternalNode();
2469             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2470                 return false;
2471             }
2472             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2473             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2474                 return false;
2475             }
2476             n = t3.getNode( "C" );
2477             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2481             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2485             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2489             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2493             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2494                 return false;
2495             }
2496             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2497             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2498                 return false;
2499             }
2500             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2501             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2502                 return false;
2503             }
2504             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2505             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2506                 return false;
2507             }
2508             n = t4.getNode( "A" );
2509             n = n.getNextExternalNode();
2510             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2511                 return false;
2512             }
2513             n = n.getNextExternalNode();
2514             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2518             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2522             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2523             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2527             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2531             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2532             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2536             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2540             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2541             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2545             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2549             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2550             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2551                 return false;
2552             }
2553             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2554             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2558             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2559             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2563             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2567             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2568             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2572             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2573                 return false;
2574             }
2575             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2576             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2577             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2581             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2585             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2586                 return false;
2587             }
2588             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2589             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2590                 return false;
2591             }
2592             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2593             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2594             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2598             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2599                 return false;
2600             }
2601             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2602             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2606             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2610             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2614             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2615                 return false;
2616             }
2617             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2618             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2622             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2626             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2630             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2631                 return false;
2632             }
2633             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2634             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2638             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2639                 return false;
2640             }
2641             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2642             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2646             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2647                 return false;
2648             }
2649             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2650             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2651             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2655             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2656                 return false;
2657             }
2658             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2659             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2660             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2661                 return false;
2662             }
2663             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2664             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2665                 return false;
2666             }
2667             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2668             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2669             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2670                 return false;
2671             }
2672             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2673             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2674                 return false;
2675             }
2676             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2677             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2678                 return false;
2679             }
2680             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2681             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2685             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2686                 return false;
2687             }
2688             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2689             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2690                 return false;
2691             }
2692         }
2693         catch ( final Exception e ) {
2694             e.printStackTrace( System.out );
2695             return false;
2696         }
2697         return true;
2698     }
2699
2700     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2701         try {
2702             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2703             dss1.addValue( 82 );
2704             dss1.addValue( 78 );
2705             dss1.addValue( 70 );
2706             dss1.addValue( 58 );
2707             dss1.addValue( 42 );
2708             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2730                 return false;
2731             }
2732             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2742                 return false;
2743             }
2744             dss1.addValue( 123 );
2745             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2749                 return false;
2750             }
2751             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2752                 return false;
2753             }
2754             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2755             dss2.addValue( -1.85 );
2756             dss2.addValue( 57.5 );
2757             dss2.addValue( 92.78 );
2758             dss2.addValue( 57.78 );
2759             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2763                 return false;
2764             }
2765             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2766             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2767                 return false;
2768             }
2769             dss2.addValue( -100 );
2770             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2771                 return false;
2772             }
2773             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2774                 return false;
2775             }
2776             final double[] ds = new double[ 14 ];
2777             ds[ 0 ] = 34;
2778             ds[ 1 ] = 23;
2779             ds[ 2 ] = 1;
2780             ds[ 3 ] = 32;
2781             ds[ 4 ] = 11;
2782             ds[ 5 ] = 2;
2783             ds[ 6 ] = 12;
2784             ds[ 7 ] = 33;
2785             ds[ 8 ] = 13;
2786             ds[ 9 ] = 22;
2787             ds[ 10 ] = 21;
2788             ds[ 11 ] = 35;
2789             ds[ 12 ] = 24;
2790             ds[ 13 ] = 31;
2791             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2792             if ( bins.length != 4 ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2799                 return false;
2800             }
2801             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2802                 return false;
2803             }
2804             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2805                 return false;
2806             }
2807             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2808             ds1[ 0 ] = 10.0;
2809             ds1[ 1 ] = 19.0;
2810             ds1[ 2 ] = 9.999;
2811             ds1[ 3 ] = 0.0;
2812             ds1[ 4 ] = 39.9;
2813             ds1[ 5 ] = 39.999;
2814             ds1[ 6 ] = 30.0;
2815             ds1[ 7 ] = 19.999;
2816             ds1[ 8 ] = 30.1;
2817             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2818             if ( bins1.length != 4 ) {
2819                 return false;
2820             }
2821             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2822                 return false;
2823             }
2824             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2825                 return false;
2826             }
2827             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2828                 return false;
2829             }
2830             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2831                 return false;
2832             }
2833             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2834             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2835                 return false;
2836             }
2837             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2838                 return false;
2839             }
2840             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2841                 return false;
2842             }
2843             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2844                 return false;
2845             }
2846             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2847             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2848                 return false;
2849             }
2850             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2851                 return false;
2852             }
2853             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2854                 return false;
2855             }
2856             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2857                 return false;
2858             }
2859             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2860             dss3.addValue( 1 );
2861             dss3.addValue( 1 );
2862             dss3.addValue( 1 );
2863             dss3.addValue( 2 );
2864             dss3.addValue( 3 );
2865             dss3.addValue( 4 );
2866             dss3.addValue( 5 );
2867             dss3.addValue( 5 );
2868             dss3.addValue( 5 );
2869             dss3.addValue( 6 );
2870             dss3.addValue( 7 );
2871             dss3.addValue( 8 );
2872             dss3.addValue( 9 );
2873             dss3.addValue( 10 );
2874             dss3.addValue( 10 );
2875             dss3.addValue( 10 );
2876             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2877             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2878             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2879         }
2880         catch ( final Exception e ) {
2881             e.printStackTrace( System.out );
2882             return false;
2883         }
2884         return true;
2885     }
2886
2887     private static boolean testDir( final String file ) {
2888         try {
2889             final File f = new File( file );
2890             if ( !f.exists() ) {
2891                 return false;
2892             }
2893             if ( !f.isDirectory() ) {
2894                 return false;
2895             }
2896             if ( !f.canRead() ) {
2897                 return false;
2898             }
2899         }
2900         catch ( final Exception e ) {
2901             return false;
2902         }
2903         return true;
2904     }
2905
2906     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2907         try {
2908             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2909             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2910             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2911             n = n.getNextExternalNode();
2912             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             n = n.getNextExternalNode();
2916             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2917                 return false;
2918             }
2919             n = n.getNextExternalNode();
2920             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2921                 return false;
2922             }
2923             n = t1.getNode( "B" );
2924             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2925                 n = n.getNextExternalNode();
2926             }
2927             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2928             n = t2.getNode( "A" );
2929             n = n.getNextExternalNode();
2930             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2931                 return false;
2932             }
2933             n = n.getNextExternalNode();
2934             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2935                 return false;
2936             }
2937             n = n.getNextExternalNode();
2938             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2939                 return false;
2940             }
2941             n = t2.getNode( "B" );
2942             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2943                 n = n.getNextExternalNode();
2944             }
2945             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2946             n = t3.getNode( "A" );
2947             n = n.getNextExternalNode();
2948             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2949                 return false;
2950             }
2951             n = n.getNextExternalNode();
2952             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2953                 return false;
2954             }
2955             n = n.getNextExternalNode();
2956             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2957                 return false;
2958             }
2959             n = n.getNextExternalNode();
2960             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2961                 return false;
2962             }
2963             n = n.getNextExternalNode();
2964             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2965                 return false;
2966             }
2967             n = n.getNextExternalNode();
2968             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2969                 return false;
2970             }
2971             n = n.getNextExternalNode();
2972             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2973                 return false;
2974             }
2975             n = t3.getNode( "B" );
2976             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2977                 n = n.getNextExternalNode();
2978             }
2979             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2980             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2981                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2982             }
2983             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2984             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2985                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2986             }
2987         }
2988         catch ( final Exception e ) {
2989             e.printStackTrace( System.out );
2990             return false;
2991         }
2992         return true;
2993     }
2994
2995     private static boolean testGeneralTable() {
2996         try {
2997             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2998             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2999             t0.setValue( 10, 1, "error" );
3000             t0.setValue( 10, 1, "110" );
3001             t0.setValue( 9, 1, "19" );
3002             t0.setValue( 1, 10, "101" );
3003             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
3004             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
3005             t0.setValue( 0, 0, "00" );
3006             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
3013                 return false;
3014             }
3015             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
3016                 return false;
3017             }
3018             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
3019                 return false;
3020             }
3021             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
3022                 return false;
3023             }
3024             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3025                 return false;
3026             }
3027             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3028                 return false;
3029             }
3030             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3031                 return false;
3032             }
3033             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3034             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3035             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3036             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3037             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3038             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3039             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3040             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3041             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3042             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3043             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3071                 return false;
3072             }
3073         }
3074         catch ( final Exception e ) {
3075             e.printStackTrace( System.out );
3076             return false;
3077         }
3078         return true;
3079     }
3080
3081     private static boolean testGetDistance() {
3082         try {
3083             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3084             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3085                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3086             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3157                 return false;
3158             }
3159             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3166                 return false;
3167             }
3168             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3169                 return false;
3170             }
3171             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3175                 return false;
3176             }
3177             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3178                 return false;
3179             }
3180             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3181                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3182             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3183                 return false;
3184             }
3185             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3189                 return false;
3190             }
3191             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3198                 return false;
3199             }
3200             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3201                 return false;
3202             }
3203             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3207                 return false;
3208             }
3209             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3213                 return false;
3214             }
3215         }
3216         catch ( final Exception e ) {
3217             e.printStackTrace( System.out );
3218             return false;
3219         }
3220         return true;
3221     }
3222
3223     private static boolean testGetLCA() {
3224         try {
3225             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3226             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3227                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3228             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3229             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3230             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3234             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3238             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3242             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3246             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3250             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3254             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3258             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3259                 return false;
3260             }
3261             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3262             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3266             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3270             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3274             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3278             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3282             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3286             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3290             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3294             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3298             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3302             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3306             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3310             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3311                 return false;
3312             }
3313             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3314             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3315                 return false;
3316             }
3317             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3318             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3322             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3323             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3327             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3328                 return false;
3329             }
3330             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3331             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3332                 return false;
3333             }
3334             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3335             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3336                 return false;
3337             }
3338             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3339             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3343             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3347             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3348                 return false;
3349             }
3350             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3351             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3352                 return false;
3353             }
3354             final Phylogeny p3 = factory
3355                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3356                              new NHXParser() )[ 0 ];
3357             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3358             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3359                 return false;
3360             }
3361             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3362             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3366             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3367                 return false;
3368             }
3369             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3370             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3371                 return false;
3372             }
3373             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3374             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3375                 return false;
3376             }
3377             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3381             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             if ( !al_3.isRoot() ) {
3385                 return false;
3386             }
3387             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3388             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3392                 return false;
3393             }
3394             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3395             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3396                 return false;
3397             }
3398             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3399                 return false;
3400             }
3401             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3402             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3403                 return false;
3404             }
3405             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3406             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3407             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3411             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3412             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3416             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3417             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3421             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3422             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3423                 return false;
3424             }
3425         }
3426         catch ( final Exception e ) {
3427             e.printStackTrace( System.out );
3428             return false;
3429         }
3430         return true;
3431     }
3432
3433     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3434         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3435         try {
3436             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3437                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3438             parser1.parse();
3439             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3440                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3441             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3442             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3443                 return false;
3444             }
3445             if ( proteins.size() != 4 ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3455                 return false;
3456             }
3457             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3458             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3465             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3469                 return false;
3470             }
3471             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3472             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3476             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3483                 return false;
3484             }
3485             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3489                 return false;
3490             }
3491             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3492                 return false;
3493             }
3494             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3495                 return false;
3496             }
3497             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3498                 return false;
3499             }
3500             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3501                 return false;
3502             }
3503             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3504                 return false;
3505             }
3506         }
3507         catch ( final Exception e ) {
3508             e.printStackTrace( System.out );
3509             return false;
3510         }
3511         return true;
3512     }
3513
3514     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3515         try {
3516             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3517             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3518             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3519             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3520             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3524             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3525                 return false;
3526             }
3527             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3528             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3529                 return false;
3530             }
3531             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3532             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3533                 return false;
3534             }
3535         }
3536         catch ( final Exception e ) {
3537             e.printStackTrace( System.out );
3538             return false;
3539         }
3540         return true;
3541     }
3542
3543     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3544         try {
3545             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3546             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3547             PhylogenyNodeIterator it0;
3548             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3549                 it0.next();
3550             }
3551             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3552                 it0.next();
3553             }
3554             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3555             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3571                 return false;
3572             }
3573             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             if ( it.hasNext() ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3580                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3581             PhylogenyNodeIterator it2;
3582             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3583                 it2.next();
3584             }
3585             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3586                 it2.next();
3587             }
3588             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3589             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3596                 return false;
3597             }
3598             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3605                 return false;
3606             }
3607             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3650                 return false;
3651             }
3652             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3656                 return false;
3657             }
3658             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3659                 return false;
3660             }
3661             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3662                 return false;
3663             }
3664             if ( it3.hasNext() ) {
3665                 return false;
3666             }
3667             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3668             PhylogenyNodeIterator it4;
3669             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3670                 it4.next();
3671             }
3672             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3673                 it4.next();
3674             }
3675             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3676             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3680                 return false;
3681             }
3682             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3683                 return false;
3684             }
3685             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3686                 return false;
3687             }
3688             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3689                 return false;
3690             }
3691             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3692             PhylogenyNodeIterator it6;
3693             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3694                 it6.next();
3695             }
3696             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3697                 it6.next();
3698             }
3699             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3700             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3701                 return false;
3702             }
3703             if ( it.hasNext() ) {
3704                 return false;
3705             }
3706         }
3707         catch ( final Exception e ) {
3708             e.printStackTrace( System.out );
3709             return false;
3710         }
3711         return true;
3712     }
3713
3714     private static boolean testMidpointrooting() {
3715         try {
3716             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3717             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3718                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3719             if ( !t1.isRooted() ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3723             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3727                 return false;
3728             }
3729             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3730                 return false;
3731             }
3732             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3733                 return false;
3734             }
3735             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3736                 return false;
3737             }
3738             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3739                 return false;
3740             }
3741             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3742             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3743             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3744                 return false;
3745             }
3746             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3747                 return false;
3748             }
3749             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3750                 return false;
3751             }
3752             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3753                 return false;
3754             }
3755             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3756                 return false;
3757             }
3758             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3759                 return false;
3760             }
3761         }
3762         catch ( final Exception e ) {
3763             e.printStackTrace( System.out );
3764             return false;
3765         }
3766         return true;
3767     }
3768
3769     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3770         try {
3771             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3772             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3773             parser.parse();
3774             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3775             if ( labels.length != 7 ) {
3776                 return false;
3777             }
3778             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3779                 return false;
3780             }
3781             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3782                 return false;
3783             }
3784             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3785                 return false;
3786             }
3787             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3800             parser.parse();
3801             labels = parser.getCharStateLabels();
3802             if ( labels.length != 7 ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3809                 return false;
3810             }
3811             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3812                 return false;
3813             }
3814             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3815                 return false;
3816             }
3817             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3818                 return false;
3819             }
3820             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3821                 return false;
3822             }
3823             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3824                 return false;
3825             }
3826         }
3827         catch ( final Exception e ) {
3828             e.printStackTrace( System.out );
3829             return false;
3830         }
3831         return true;
3832     }
3833
3834     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3835         try {
3836             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3837             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3838             parser.parse();
3839             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3840             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3847                 return false;
3848             }
3849             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3850                 return false;
3851             }
3852             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3853                 return false;
3854             }
3855             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3856                 return false;
3857             }
3858             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3859                 return false;
3860             }
3861             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3862                 return false;
3863             }
3864             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3865                 return false;
3866             }
3867             //            if ( labels.length != 7 ) {
3868             //                return false;
3869             //            }
3870             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3871             //                return false;
3872             //            }
3873             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3874             //                return false;
3875             //            }
3876             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3877             //                return false;
3878             //            }
3879             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3880             //                return false;
3881             //            }
3882             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3883             //                return false;
3884             //            }
3885             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3886             //                return false;
3887             //            }
3888             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3889             //                return false;
3890             //            }
3891             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3892             //            parser.parse();
3893             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3894             //            if ( labels.length != 7 ) {
3895             //                return false;
3896             //            }
3897             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3898             //                return false;
3899             //            }
3900             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3901             //                return false;
3902             //            }
3903             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3904             //                return false;
3905             //            }
3906             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3907             //                return false;
3908             //            }
3909             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3910             //                return false;
3911             //            }
3912             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3913             //                return false;
3914             //            }
3915             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3916             //                return false;
3917             //            }
3918         }
3919         catch ( final Exception e ) {
3920             e.printStackTrace( System.out );
3921             return false;
3922         }
3923         return true;
3924     }
3925
3926     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3927         try {
3928             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3929             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3930             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3931             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             phylogenies = null;
3941             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3942             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3943                 return false;
3944             }
3945             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3949                 return false;
3950             }
3951             phylogenies = null;
3952             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3953             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             phylogenies = null;
3966             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3967             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3998                 return false;
3999             }
4000             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4007                 return false;
4008             }
4009             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4013                 return false;
4014             }
4015             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4022                 return false;
4023             }
4024             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4046                 return false;
4047             }
4048             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4049                 return false;
4050             }
4051             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4058                 return false;
4059             }
4060             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4073                 return false;
4074             }
4075             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4079                 return false;
4080             }
4081             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4082                 return false;
4083             }
4084             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4085                 return false;
4086             }
4087             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4088                 return false;
4089             }
4090         }
4091         catch ( final Exception e ) {
4092             e.printStackTrace( System.out );
4093             return false;
4094         }
4095         return true;
4096     }
4097
4098     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4099         try {
4100             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4101             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4102             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4103             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4119                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             phylogenies = null;
4123             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4124             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4131                 return false;
4132             }
4133             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4134                 return false;
4135             }
4136             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4137                 return false;
4138             }
4139             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4143                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4144                 return false;
4145             }
4146             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4147                 return false;
4148             }
4149             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4162                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4181                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             phylogenies = null;
4185             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4186             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4190                 return false;
4191             }
4192             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4193                 return false;
4194             }
4195             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4196                 return false;
4197             }
4198             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4199                 return false;
4200             }
4201             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4202                 return false;
4203             }
4204             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4205                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4206                 return false;
4207             }
4208             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4209                 return false;
4210             }
4211             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4212                 return false;
4213             }
4214             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4215                 return false;
4216             }
4217             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4218                 return false;
4219             }
4220             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4221                 return false;
4222             }
4223             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4224                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4225                 return false;
4226             }
4227             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4228                 return false;
4229             }
4230             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4231                 return false;
4232             }
4233             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4237                 return false;
4238             }
4239             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4240                 return false;
4241             }
4242             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4243                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4244                 return false;
4245             }
4246         }
4247         catch ( final Exception e ) {
4248             e.printStackTrace( System.out );
4249             return false;
4250         }
4251         return true;
4252     }
4253
4254     private static boolean testNHParsing() {
4255         try {
4256             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4257             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4258             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4259                 return false;
4260             }
4261             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4262             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4263             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4264             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4265             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4269                 return false;
4270             }
4271             final Phylogeny p1b = factory
4272                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4273                              new NHXParser() )[ 0 ];
4274             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4275                 return false;
4276             }
4277             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4281             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4282             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4283             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4284             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4285             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4286             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4287             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4288             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4289             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4290             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4291                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4292                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4293                                                     new NHXParser() );
4294             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4304                 return false;
4305             }
4306             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4307             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4308             final String p16_S = "((A,B),C)";
4309             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4310             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4314             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4315             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4319             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4320             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4321                 return false;
4322             }
4323             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4324             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4325             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4329             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4330             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4334             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4335             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4339             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4340             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4341                 return false;
4342             }
4343             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4344             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4345             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4349             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4350             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4354             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4355             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4356             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4357                 return false;
4358             }
4359             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4360                 return false;
4361             }
4362             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4363                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4364                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4365                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4366                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4367                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4368                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4369                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4370             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4371             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4372                 return false;
4373             }
4374             final String p26_S = "(A,B)ab";
4375             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4376             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4380             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4381                                                     new NHXParser() );
4382             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4386             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4387             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4388             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4389             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4390                                                     new NHXParser() );
4391             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4404             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4405             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4406                 return false;
4407             }
4408             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4409             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4410             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4411                 return false;
4412             }
4413             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4414             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4415             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             final String p33_S = "A";
4419             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4420             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4421                 return false;
4422             }
4423             final String p34_S = "B;";
4424             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4425             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4426                 return false;
4427             }
4428             final String p35_S = "B:0.2";
4429             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4430             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             final String p36_S = "(A)";
4434             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4435             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4436                 return false;
4437             }
4438             final String p37_S = "((A))";
4439             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4440             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4441                 return false;
4442             }
4443             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4444             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4445             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4449             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4450             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4451                 return false;
4452             }
4453             final String p40_S = "(A,B,C)";
4454             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4455             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4456                 return false;
4457             }
4458             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4459             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4460             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4464             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4465             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4469             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4470             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4474             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4475             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4479             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4480             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4481                 return false;
4482             }
4483             final String p46_S = "";
4484             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4485             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4489             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4493             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             final Phylogeny p49 = factory
4497                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4498                              new NHXParser() )[ 0 ];
4499             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4503             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4507                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4511                 return false;
4512             }
4513             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4514                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4518             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4522             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4523                 return false;
4524             }
4525             final Phylogeny p53 = factory
4526                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4527                              new NHXParser() )[ 0 ];
4528             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4529                 return false;
4530             }
4531             //
4532             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4533             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4537                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4538                 return false;
4539             }
4540         }
4541         catch ( final Exception e ) {
4542             e.printStackTrace( System.out );
4543             return false;
4544         }
4545         return true;
4546     }
4547
4548     private static boolean testNHXconversion() {
4549         try {
4550             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4551             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4552             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4553             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4554             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4555                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4556             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4557                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4558             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4559                 return false;
4560             }
4561             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4562                 return false;
4563             }
4564             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4568                 return false;
4569             }
4570             if ( !n5.toNewHampshireX()
4571                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4572                 return false;
4573             }
4574             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4575                 return false;
4576             }
4577         }
4578         catch ( final Exception e ) {
4579             e.printStackTrace( System.out );
4580             return false;
4581         }
4582         return true;
4583     }
4584
4585     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4586         try {
4587             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4588             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4589             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4590             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4591             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4592                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4593             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             if ( n3.isDuplication() ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4615                 return false;
4616             }
4617             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4624                 return false;
4625             }
4626             if ( !n5.isDuplication() ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4633                 return false;
4634             }
4635             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4636                 return false;
4637             }
4638             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4639                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4640                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4641             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4642                 return false;
4643             }
4644             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4645                 return false;
4646             }
4647             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4648                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4649                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4650             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4654                 return false;
4655             }
4656             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4657                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4658             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4662                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4663             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4664                 return false;
4665             }
4666             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4670                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4671             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4678                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4679             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4686                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4687             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4694                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4695             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4702                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4703             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4704                 return false;
4705             }
4706             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4707                 return false;
4708             }
4709             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4710                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4711             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4718                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4719             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4723                 return false;
4724             }
4725             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4726                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4727             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4728                 return false;
4729             }
4730             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4734                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4735                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2",
4736                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4737                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4738                     return false;
4739                 }
4740                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4741                     return false;
4742                 }
4743                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4744                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4745                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4746                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4747                     return false;
4748                 }
4749                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "" ) ) {
4750                     return false;
4751                 }
4752                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4753                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4754                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4755                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4756                     return false;
4757                 }
4758                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "" ) ) {
4759                     return false;
4760                 }
4761                 final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4762                         .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4763                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4764                 if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4765                     return false;
4766                 }
4767                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4768                     return false;
4769                 }
4770                 final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4771                         .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4772                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4773                 if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4774                     return false;
4775                 }
4776                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4777                     return false;
4778                 }
4779                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4780                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2",
4781                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4782                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4783                     return false;
4784                 }
4785                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4786                     return false;
4787                 }
4788                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4789                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4790                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4791                     return false;
4792                 }
4793                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4794                     return false;
4795                 }
4796             }
4797             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4798                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4799                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4800             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4807                 return false;
4808             }
4809             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4810                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4811                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4812             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4816                 return false;
4817             }
4818             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4822             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4823             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4827                 return false;
4828             }
4829             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4833                 return false;
4834             }
4835             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4836                 return false;
4837             }
4838             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4842                 return false;
4843             }
4844             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4845                 return false;
4846             }
4847             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4848                 return false;
4849             }
4850             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4860                 return false;
4861             }
4862             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4866                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4867             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4868                 return false;
4869             }
4870             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4871                 return false;
4872             }
4873             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4877                 return false;
4878             }
4879             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4880                 return false;
4881             }
4882             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4886                 return false;
4887             }
4888             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4892             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4896             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4900                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4901                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4902             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4906                 return false;
4907             }
4908             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4909                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4910                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4911             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4912                 return false;
4913             }
4914             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4918                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4919                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4920             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4921                 return false;
4922             }
4923             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4930                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4931                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4932             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4942                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4943                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4944             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4951                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4952             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4953                 return false;
4954             }
4955             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4956                 return false;
4957             }
4958             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4959                 return false;
4960             }
4961         }
4962         catch ( final Exception e ) {
4963             e.printStackTrace( System.out );
4964             return false;
4965         }
4966         return true;
4967     }
4968
4969     private static boolean testNHXParsing() {
4970         try {
4971             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4972             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4973             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4974                 return false;
4975             }
4976             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4977             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4978             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4979                 return false;
4980             }
4981             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4982             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4983             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4984                 return false;
4985             }
4986             final Phylogeny[] p3 = factory
4987                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4988                              new NHXParser() );
4989             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             final Phylogeny[] p4 = factory
4993                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4994                              new NHXParser() );
4995             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             final Phylogeny[] p5 = factory
4999                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5000                              new NHXParser() );
5001             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5005             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5006             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5007             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5008                 return false;
5009             }
5010             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5011             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5012             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5013             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5017             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5018             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5019             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5023             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5024                 return false;
5025             }
5026             final Phylogeny p10 = factory
5027                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5028                              new NHXParser() )[ 0 ];
5029             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5030                 return false;
5031             }
5032         }
5033         catch ( final Exception e ) {
5034             e.printStackTrace( System.out );
5035             return false;
5036         }
5037         return true;
5038     }
5039
5040     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5041         try {
5042             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5043             final NHXParser p = new NHXParser();
5044             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5045             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5046                 return false;
5047             }
5048             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5049             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5056                 return false;
5057             }
5058             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5059                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5066                 return false;
5067             }
5068             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5069                 return false;
5070             }
5071             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5072                 return false;
5073             }
5074             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5078             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5079             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5080             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5081                 return false;
5082             }
5083             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5084             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5085             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5086             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5090             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5091             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5092             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5096             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5097             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5098             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             final Phylogeny p10 = factory
5102                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5103                              new NHXParser() )[ 0 ];
5104             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5105             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5109             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5110                 return false;
5111             }
5112             //
5113             final Phylogeny p12 = factory
5114                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5115                              new NHXParser() )[ 0 ];
5116             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5117             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5118                 return false;
5119             }
5120             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5121             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5125             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5129             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5130                 return false;
5131             }
5132         }
5133         catch ( final Exception e ) {
5134             e.printStackTrace( System.out );
5135             return false;
5136         }
5137         return true;
5138     }
5139
5140     private static boolean testNHXParsingMB() {
5141         try {
5142             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5143             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5144                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5145                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5146                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5147                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5148                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5149                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5150                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5151                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5152             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5153                 return false;
5154             }
5155             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5159                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             final Phylogeny p2 = factory
5169                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5170                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5171                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5172                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5173                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5174                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5175                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5176                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5177                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5178                              new NHXParser() )[ 0 ];
5179             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5180                 return false;
5181             }
5182             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5183                 return false;
5184             }
5185         }
5186         catch ( final Exception e ) {
5187             e.printStackTrace( System.out );
5188             System.exit( -1 );
5189             return false;
5190         }
5191         return true;
5192     }
5193
5194     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5195         try {
5196             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5197             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5198             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5199             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5200             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5201                 return false;
5202             }
5203             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5204                 return false;
5205             }
5206             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5207                 return false;
5208             }
5209             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5210             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5211             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5212             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5213                 return false;
5214             }
5215             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5219             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5220                 return false;
5221             }
5222             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5226                 return false;
5227             }
5228         }
5229         catch ( final Exception e ) {
5230             e.printStackTrace( System.out );
5231             return false;
5232         }
5233         return true;
5234     }
5235
5236     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5237         try {
5238             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5239             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5240             try {
5241                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5242             }
5243             catch ( final Exception e ) {
5244                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5245             }
5246             if ( xml_parser == null ) {
5247                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5248                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5249                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5250                 }
5251                 else {
5252                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5253                 }
5254             }
5255             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5256                                                               xml_parser );
5257             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5258                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5259                 return false;
5260             }
5261             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5262                 return false;
5263             }
5264             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5265             PhylogenyNode n = null;
5266             Distribution d = null;
5267             n = t1.getNode( "root node" );
5268             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             d = n.getNodeData().getDistribution();
5275             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5276                 return false;
5277             }
5278             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             if ( d.getPolygons() != null ) {
5282                 return false;
5283             }
5284             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5285                 return false;
5286             }
5287             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5288                 return false;
5289             }
5290             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5291                 return false;
5292             }
5293             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             n = t1.getNode( "node a" );
5300             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5301                 return false;
5302             }
5303             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5307             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             if ( d.getPolygons() != null ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5323                 return false;
5324             }
5325             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             n = t1.getNode( "node bb" );
5332             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5336                 return false;
5337             }
5338             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5339             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5340                 return false;
5341             }
5342             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5343                 return false;
5344             }
5345             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5346                 return false;
5347             }
5348             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5349                 return false;
5350             }
5351             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5352                 return false;
5353             }
5354             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5355                 return false;
5356             }
5357             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5358                 return false;
5359             }
5360             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5361                 return false;
5362             }
5363             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5364             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5365                 return false;
5366             }
5367             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5368                 return false;
5369             }
5370             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5371                 return false;
5372             }
5373             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5374                 return false;
5375             }
5376             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5377                 return false;
5378             }
5379             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5380                 return false;
5381             }
5382             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5383                 return false;
5384             }
5385             p = d.getPolygons().get( 1 );
5386             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5390                 return false;
5391             }
5392             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5393                 return false;
5394             }
5395             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             // Roundtrip:
5399             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5400             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5401             if ( rt.length != 1 ) {
5402                 return false;
5403             }
5404             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5405             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5406             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5407                 return false;
5408             }
5409             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5410                 return false;
5411             }
5412             d = n.getNodeData().getDistribution();
5413             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             if ( d.getPolygons() != null ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5429                 return false;
5430             }
5431             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5432                 return false;
5433             }
5434             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5438             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5439                 return false;
5440             }
5441             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5442                 return false;
5443             }
5444             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5445             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5446                 return false;
5447             }
5448             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             if ( d.getPolygons() != null ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5470             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5477             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5478                 return false;
5479             }
5480             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5481                 return false;
5482             }
5483             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5484                 return false;
5485             }
5486             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5496                 return false;
5497             }
5498             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             p = d.getPolygons().get( 0 );
5502             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5503                 return false;
5504             }
5505             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5506                 return false;
5507             }
5508             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5509                 return false;
5510             }
5511             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5512                 return false;
5513             }
5514             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5515                 return false;
5516             }
5517             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5518                 return false;
5519             }
5520             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5521                 return false;
5522             }
5523             p = d.getPolygons().get( 1 );
5524             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5528                 return false;
5529             }
5530             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5531                 return false;
5532             }
5533             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5534                 return false;
5535             }
5536         }
5537         catch ( final Exception e ) {
5538             e.printStackTrace( System.out );
5539             return false;
5540         }
5541         return true;
5542     }
5543
5544     private static boolean testPostOrderIterator() {
5545         try {
5546             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5547             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5548             PhylogenyNodeIterator it0;
5549             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5550                 it0.next();
5551             }
5552             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5553                 it0.next();
5554             }
5555             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5556             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5557             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5558                 return false;
5559             }
5560             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5561                 return false;
5562             }
5563             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5564                 return false;
5565             }
5566             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5567                 return false;
5568             }
5569             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5570                 return false;
5571             }
5572             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5573                 return false;
5574             }
5575             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5579                 return false;
5580             }
5581             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5582                 return false;
5583             }
5584             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5585                 return false;
5586             }
5587             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5588                 return false;
5589             }
5590             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5591                 return false;
5592             }
5593             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( it.hasNext() ) {
5603                 return false;
5604             }
5605         }
5606         catch ( final Exception e ) {
5607             e.printStackTrace( System.out );
5608             return false;
5609         }
5610         return true;
5611     }
5612
5613     private static boolean testPreOrderIterator() {
5614         try {
5615             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5616             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5617             PhylogenyNodeIterator it0;
5618             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5619                 it0.next();
5620             }
5621             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5622                 it0.next();
5623             }
5624             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5625             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5626                 return false;
5627             }
5628             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5629                 return false;
5630             }
5631             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5632                 return false;
5633             }
5634             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5635                 return false;
5636             }
5637             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             if ( it.hasNext() ) {
5647                 return false;
5648             }
5649             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5650             it = t1.iteratorPreorder();
5651             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5652                 return false;
5653             }
5654             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5655                 return false;
5656             }
5657             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5661                 return false;
5662             }
5663             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5691                 return false;
5692             }
5693             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5694                 return false;
5695             }
5696             if ( it.hasNext() ) {
5697                 return false;
5698             }
5699         }
5700         catch ( final Exception e ) {
5701             e.printStackTrace( System.out );
5702             return false;
5703         }
5704         return true;
5705     }
5706
5707     private static boolean testPropertiesMap() {
5708         try {
5709             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5710             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5711             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5712             final Property p2 = new Property( "something:else",
5713                                               "?",
5714                                               "improbable:research",
5715                                               "xsd:decimal",
5716                                               AppliesTo.NODE );
5717             pm.addProperty( p0 );
5718             pm.addProperty( p1 );
5719             pm.addProperty( p2 );
5720             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5739             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5746                 return false;
5747             }
5748         }
5749         catch ( final Exception e ) {
5750             e.printStackTrace( System.out );
5751             return false;
5752         }
5753         return true;
5754     }
5755
5756     private static boolean testReIdMethods() {
5757         try {
5758             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5759             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5760             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5761             p.levelOrderReID();
5762             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5772                 return false;
5773             }
5774             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5784                 return false;
5785             }
5786             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5787                 return false;
5788             }
5789             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5799                 return false;
5800             }
5801             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5802                 return false;
5803             }
5804             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5805                 return false;
5806             }
5807         }
5808         catch ( final Exception e ) {
5809             e.printStackTrace( System.out );
5810             return false;
5811         }
5812         return true;
5813     }
5814
5815     private static boolean testRerooting() {
5816         try {
5817             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5818             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5819                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5820             if ( !t1.isRooted() ) {
5821                 return false;
5822             }
5823             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5824             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5825             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5826             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5827             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5828             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5829             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5830             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5831             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5832             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5833             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5834             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5835             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5836             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5837             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5838             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5839             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5840             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5841             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5842             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5843             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5844             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5845             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5846             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5847             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5848             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5849             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5850             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5851             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5852                 return false;
5853             }
5854             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5867                 return false;
5868             }
5869             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5870                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5871             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5872             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5873             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5874             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5875             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5876             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5877             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5878             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5879             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5880             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5881             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5882             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5883             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5885             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5887             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5888             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5889             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5890             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5892             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5893             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5894             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5895             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5896             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5897             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5899             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5900             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5901             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5902             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5903             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5904             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5905             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5906             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5907             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5908             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5909             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5910             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5911             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5912             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5913             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5914             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5915             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5916             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5917                 return false;
5918             }
5919             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5923             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5930             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5931                 return false;
5932             }
5933             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5934                 return false;
5935             }
5936             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5940             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5944                 return false;
5945             }
5946             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5947                 return false;
5948             }
5949             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5950             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5957             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5958                 return false;
5959             }
5960             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5964                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5965             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5966             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5976             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5977                 return false;
5978             }
5979             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5980                 return false;
5981             }
5982             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5983                 return false;
5984             }
5985             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5986             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5993                 return false;
5994             }
5995         }
5996         catch ( final Exception e ) {
5997             e.printStackTrace( System.out );
5998             return false;
5999         }
6000         return true;
6001     }
6002
6003     private static boolean testSDIse() {
6004         try {
6005             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6006             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6007             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6008             gene1.setRooted( true );
6009             species1.setRooted( true );
6010             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6011             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6012                 return false;
6013             }
6014             final Phylogeny species2 = factory
6015                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6016                              new NHXParser() )[ 0 ];
6017             final Phylogeny gene2 = factory
6018                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6019                              new NHXParser() )[ 0 ];
6020             species2.setRooted( true );
6021             gene2.setRooted( true );
6022             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6023             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6024                 return false;
6025             }
6026             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6027                 return false;
6028             }
6029             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6030                 return false;
6031             }
6032             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6033                 return false;
6034             }
6035             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6036                 return false;
6037             }
6038             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6039                 return false;
6040             }
6041             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6042                 return false;
6043             }
6044             final Phylogeny species3 = factory
6045                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6046                              new NHXParser() )[ 0 ];
6047             final Phylogeny gene3 = factory
6048                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6049                              new NHXParser() )[ 0 ];
6050             species3.setRooted( true );
6051             gene3.setRooted( true );
6052             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6053             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6057                 return false;
6058             }
6059             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6060                 return false;
6061             }
6062             final Phylogeny species4 = factory
6063                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6064                              new NHXParser() )[ 0 ];
6065             final Phylogeny gene4 = factory
6066                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6067                              new NHXParser() )[ 0 ];
6068             species4.setRooted( true );
6069             gene4.setRooted( true );
6070             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6071             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6081                 return false;
6082             }
6083             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6084                 return false;
6085             }
6086             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6087                 return false;
6088             }
6089             final Phylogeny species5 = factory
6090                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6091                              new NHXParser() )[ 0 ];
6092             final Phylogeny gene5 = factory
6093                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6094                              new NHXParser() )[ 0 ];
6095             species5.setRooted( true );
6096             gene5.setRooted( true );
6097             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6098             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6099                 return false;
6100             }
6101             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6102                 return false;
6103             }
6104             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6105                 return false;
6106             }
6107             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6108                 return false;
6109             }
6110             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6111                 return false;
6112             }
6113             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6117             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6118             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6119             final Phylogeny species6 = factory
6120                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6121                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6122                              new NHXParser() )[ 0 ];
6123             final Phylogeny gene6 = factory
6124                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6125                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6126                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6127                              new NHXParser() )[ 0 ];
6128             species6.setRooted( true );
6129             gene6.setRooted( true );
6130             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6131             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6153                 return false;
6154             }
6155             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             sdi6.computeMappingCostL();
6159             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6163                 return false;
6164             }
6165             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6166                 return false;
6167             }
6168             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6169                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6170                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6171                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6172                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6173             species7.setRooted( true );
6174             final Phylogeny gene7_1 = Test
6175                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6176             gene7_1.setRooted( true );
6177             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6178             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6182                 return false;
6183             }
6184             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6185                 return false;
6186             }
6187             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6188                 return false;
6189             }
6190             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6203                 return false;
6204             }
6205             final Phylogeny gene7_2 = Test
6206                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6207             gene7_2.setRooted( true );
6208             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6209             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6210                 return false;
6211             }
6212             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6213                 return false;
6214             }
6215             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6216                 return false;
6217             }
6218             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6219                 return false;
6220             }
6221             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6234                 return false;
6235             }
6236             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6237                 return false;
6238             }
6239         }
6240         catch ( final Exception e ) {
6241             return false;
6242         }
6243         return true;
6244     }
6245
6246     private static boolean testSDIunrooted() {
6247         try {
6248             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6249             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6250             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6251             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6252             PhylogenyBranch br = iter.next();
6253             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             br = iter.next();
6260             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             br = iter.next();
6267             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             br = iter.next();
6274             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             br = iter.next();
6281             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             br = iter.next();
6288             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             br = iter.next();
6295             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             br = iter.next();
6302             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             br = iter.next();
6309             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             br = iter.next();
6316             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             br = iter.next();
6323             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             br = iter.next();
6330             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             br = iter.next();
6337             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             br = iter.next();
6344             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6345                 return false;
6346             }
6347             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             br = iter.next();
6351             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             if ( iter.hasNext() ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6361             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6362             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6363             br = iter1.next();
6364             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             br = iter1.next();
6371             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6372                 return false;
6373             }
6374             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             br = iter1.next();
6378             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( iter1.hasNext() ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6388             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6389             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6390             br = iter2.next();
6391             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             br = iter2.next();
6398             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6399                 return false;
6400             }
6401             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6402                 return false;
6403             }
6404             br = iter2.next();
6405             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6409                 return false;
6410             }
6411             if ( iter2.hasNext() ) {
6412                 return false;
6413             }
6414             final Phylogeny species0 = factory
6415                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6416                              new NHXParser() )[ 0 ];
6417             final Phylogeny gene1 = factory
6418                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6419                              new NHXParser() )[ 0 ];
6420             species0.setRooted( true );
6421             gene1.setRooted( true );
6422             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6423             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6424             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6425                 return false;
6426             }
6427             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6434                 return false;
6435             }
6436             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6437                 return false;
6438             }
6439             final Phylogeny gene2 = factory
6440                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6441                              new NHXParser() )[ 0 ];
6442             gene2.setRooted( true );
6443             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6444             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6445                 return false;
6446             }
6447             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6448                 return false;
6449             }
6450             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6451                 return false;
6452             }
6453             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6454                 return false;
6455             }
6456             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6457                 return false;
6458             }
6459             final Phylogeny species6 = factory
6460                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6461                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6462                              new NHXParser() )[ 0 ];
6463             final Phylogeny gene6 = factory
6464                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6465                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6466                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6467                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6468                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6469                              new NHXParser() )[ 0 ];
6470             species6.setRooted( true );
6471             gene6.setRooted( true );
6472             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6473             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6474                 return false;
6475             }
6476             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6477                 return false;
6478             }
6479             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6480                 return false;
6481             }
6482             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6489                 return false;
6490             }
6491             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6495                 return false;
6496             }
6497             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6498                 return false;
6499             }
6500             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6501                 return false;
6502             }
6503             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6507                 return false;
6508             }
6509             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6510                 return false;
6511             }
6512             p6 = null;
6513             final Phylogeny species7 = factory
6514                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6515                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6516                              new NHXParser() )[ 0 ];
6517             final Phylogeny gene7 = factory
6518                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6519                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6520                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6521                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6522                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6523                              new NHXParser() )[ 0 ];
6524             species7.setRooted( true );
6525             gene7.setRooted( true );
6526             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6527             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6528                 return false;
6529             }
6530             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6546                 return false;
6547             }
6548             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             p7 = null;
6567             final Phylogeny species8 = factory
6568                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6569                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6570                              new NHXParser() )[ 0 ];
6571             final Phylogeny gene8 = factory
6572                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6573                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6574                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6575                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6576                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6577                              new NHXParser() )[ 0 ];
6578             species8.setRooted( true );
6579             gene8.setRooted( true );
6580             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6581             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6585                 return false;
6586             }
6587             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6588                 return false;
6589             }
6590             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6591                 return false;
6592             }
6593             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6603                 return false;
6604             }
6605             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6612                 return false;
6613             }
6614             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             p8 = null;
6621         }
6622         catch ( final Exception e ) {
6623             e.printStackTrace( System.out );
6624             return false;
6625         }
6626         return true;
6627     }
6628
6629     private static boolean testSplit() {
6630         try {
6631             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6632             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6633             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6634             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6635             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6636             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6637             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6638             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6639             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6640             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6641             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6642             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6643             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6644             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6645             // System.out.println( s0.toString() );
6646             //
6647             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6648             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6650             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6651                 return false;
6652             }
6653             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6657             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6661             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6662                 return false;
6663             }
6664             //
6665             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6666             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6669             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6670                 return false;
6671             }
6672             //
6673             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6674             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6675             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6676             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6678             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6679                 return false;
6680             }
6681             //
6682             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6683             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6684             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6685             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6687             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6688                 return false;
6689             }
6690             //
6691             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6692             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6693             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6695             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             //
6699             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6700             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6702             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6703                 return false;
6704             }
6705             //
6706             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6707             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6708             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6709             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6712             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6713                 return false;
6714             }
6715             //
6716             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6717             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6718             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6720             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6721                 return false;
6722             }
6723             //
6724             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6725             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6726             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6727             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6728             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6729             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6730                 return false;
6731             }
6732             //
6733             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6734             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6735             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6736             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             //
6740             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6742             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6743             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6744             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6745             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6746                 return false;
6747             }
6748             //
6749             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6752             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6753             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6754             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6755             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6756                 return false;
6757             }
6758             //
6759             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6760             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6761             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6762             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6763             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6764                 return false;
6765             }
6766             //
6767             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6768             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6769             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6770             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             //
6774             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6775             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6776             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6777             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6778                 return false;
6779             }
6780             //
6781             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6782             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6783             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6784             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6785                 return false;
6786             }
6787             //
6788             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6789             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6790             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6791             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6792                 return false;
6793             }
6794             //
6795             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6797             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6798             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6799                 return false;
6800             }
6801             //
6802             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6803             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6805             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             //
6809             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6810             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6811             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6812             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6813             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6814                 return false;
6815             }
6816             //
6817             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6818             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6819             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6820             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6821             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             //
6825             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6826             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6827             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6828             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6829             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6830                 return false;
6831             }
6832             //
6833             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6834             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6835             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6836             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6837             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6838             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6839                 return false;
6840             }
6841             /////////
6842             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6843             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6844             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6845             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6846             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6847             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6848             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6849             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6850             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6851             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6852             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6853             //                return false;
6854             //            }
6855             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6856             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6857             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6858             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6859             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6860             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6861             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6862             //                return false;
6863             //            }
6864             //            //
6865             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6866             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6867             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6868             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6869             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6870             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6871             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6872             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6873             //                return false;
6874             //            }
6875             //            //
6876             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6877             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6878             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6879             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6880             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6881             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6882             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6883             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6884             //                return false;
6885             //            }
6886             //            //
6887             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6888             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6889             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6890             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6891             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6892             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6893             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6894             //                return false;
6895             //            }
6896             //            //
6897             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6898             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6899             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6900             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6901             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6902             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6903             //                return false;
6904             //            }
6905             //
6906             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6907             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6908             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6909             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6910             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6911             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6912                 return false;
6913             }
6914             //
6915             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6916             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6917             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6918             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6919             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6920             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6921                 return false;
6922             }
6923             ///////////////////////////
6924             //
6925             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6926             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6927             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6928             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6930             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6931                 return false;
6932             }
6933             //
6934             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6935             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6936             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6937             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6939             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6940                 return false;
6941             }
6942             //
6943             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6944             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6945             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6946             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6948             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6949                 return false;
6950             }
6951             //
6952             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6953             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6954             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6957             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6958                 return false;
6959             }
6960             //
6961             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6962             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6963             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6964             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6966             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6967                 return false;
6968             }
6969             //
6970             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6971             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6972             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6974             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6975                 return false;
6976             }
6977             //
6978             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6981             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6982             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6984             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             //
6988             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6991             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6992             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6993             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6994             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6995                 return false;
6996             }
6997             //
6998             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6999             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7000             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7001             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7002             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7003             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7004             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7005                 return false;
7006             }
7007             //
7008             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7009             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7010             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7011             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7012             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7013             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7015             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7016                 return false;
7017             }
7018         }
7019         catch ( final Exception e ) {
7020             e.printStackTrace();
7021             return false;
7022         }
7023         return true;
7024     }
7025
7026     private static boolean testSplitStrict() {
7027         try {
7028             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7029             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7030             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7031             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7032             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7033             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7034             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7035             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7036             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7037             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7038             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7039             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7040             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7042             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7043                 return false;
7044             }
7045             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7049             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7050             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7051             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7053             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7054                 return false;
7055             }
7056             //
7057             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7058             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7059             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7060             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7061             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7062                 return false;
7063             }
7064             //
7065             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7066             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7067             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7068             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7069             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7070             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             //
7074             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7075             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7076             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7077             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7078             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7079             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7080                 return false;
7081             }
7082             //
7083             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7084             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7085             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7086             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7087             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7088                 return false;
7089             }
7090             //
7091             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7092             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7093             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7094             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7095                 return false;
7096             }
7097             //
7098             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7100             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7101             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7102             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7103             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7104             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7105                 return false;
7106             }
7107             //
7108             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7109             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7110             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7111             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7112             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7113                 return false;
7114             }
7115             //
7116             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7117             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7118             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7119             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7120             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7121             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7122                 return false;
7123             }
7124             //
7125             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7126             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7127             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7128             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7129                 return false;
7130             }
7131             //
7132             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7133             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7134             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7135             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7136             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7137             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7138                 return false;
7139             }
7140             //
7141             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7142             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7143             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7144             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7145             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7146             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7147             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7148                 return false;
7149             }
7150             //
7151             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7152             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7153             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7154             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7155             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             //
7159             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7160             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7161             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7162             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             //
7166             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7167             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7168             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7169             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7170                 return false;
7171             }
7172             //
7173             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7174             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7176             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7177                 return false;
7178             }
7179             //
7180             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7182             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7183             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             //
7187             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7190             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             //
7194             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7197             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7198                 return false;
7199             }
7200             //
7201             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7202             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7203             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7205             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7206                 return false;
7207             }
7208             //
7209             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7210             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7211             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7212             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7213             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7214                 return false;
7215             }
7216             //
7217             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7218             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7219             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7220             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7221             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7222                 return false;
7223             }
7224             //
7225             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7229             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7230             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7231                 return false;
7232             }
7233         }
7234         catch ( final Exception e ) {
7235             e.printStackTrace();
7236             return false;
7237         }
7238         return true;
7239     }
7240
7241     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7242         try {
7243             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7244             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7245             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7246             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             t1.toNewHampshireX();
7250             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7251             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7252                 return false;
7253             }
7254             t1.toNewHampshireX();
7255             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7256             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7257                 return false;
7258             }
7259             t1.toNewHampshireX();
7260             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7261             t1.toNewHampshireX();
7262             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7263                 return false;
7264             }
7265             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7266             t1.toNewHampshireX();
7267             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7268                 return false;
7269             }
7270             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7271             t1.toNewHampshireX();
7272             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7273                 return false;
7274             }
7275             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7276             t1.toNewHampshireX();
7277             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7278                 return false;
7279             }
7280             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7281             t1.toNewHampshireX();
7282             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7283                 return false;
7284             }
7285             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7286             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7287                 return false;
7288             }
7289             if ( !t1.isEmpty() ) {
7290                 return false;
7291             }
7292             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7293             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7294             t2.toNewHampshireX();
7295             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7299             t2.toNewHampshireX();
7300             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7301                 return false;
7302             }
7303             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7304             t2.toNewHampshireX();
7305             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7306                 return false;
7307             }
7308         }
7309         catch ( final Exception e ) {
7310             e.printStackTrace( System.out );
7311             return false;
7312         }
7313         return true;
7314     }
7315
7316     private static boolean testSupportCount() {
7317         try {
7318             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7319             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7320             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7321                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7322                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7323                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7324                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7325                                                               new NHXParser() );
7326             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7327             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7328             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7329                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7330                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7331                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7332                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7333                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7334                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7335                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7336                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7337                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7338                                                               new NHXParser() );
7339             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7340             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7341             while ( it.hasNext() ) {
7342                 final PhylogenyNode n = it.next();
7343                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7344                     return false;
7345                 }
7346             }
7347             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7348             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7349                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7350             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7351             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7352             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7356                 return false;
7357             }
7358             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7359                 return false;
7360             }
7361             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7362                 return false;
7363             }
7364             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7368                 return false;
7369             }
7370             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7371                 return false;
7372             }
7373             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7374                 return false;
7375             }
7376             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7383             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7384                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7385             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7386             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7387             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7391                 return false;
7392             }
7393             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7394                 return false;
7395             }
7396             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7412                 return false;
7413             }
7414             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7415                 return false;
7416             }
7417             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7418             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7419             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7420             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7421                 return false;
7422             }
7423             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7424             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7425             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7426             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7427                 return false;
7428             }
7429             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7430             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7431             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7432             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7433                 return false;
7434             }
7435             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7436             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7437             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7438             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7439                 return false;
7440             }
7441         }
7442         catch ( final Exception e ) {
7443             e.printStackTrace( System.out );
7444             return false;
7445         }
7446         return true;
7447     }
7448
7449     private static boolean testSupportTransfer() {
7450         try {
7451             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7452             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7453                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7454             final Phylogeny p2 = factory
7455                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7456             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7457                 return false;
7458             }
7459             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7463             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7464             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7465                 return false;
7466             }
7467             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7468                 return false;
7469             }
7470             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7471                 return false;
7472             }
7473             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7474                 return false;
7475             }
7476             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7477                 return false;
7478             }
7479             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7480                 return false;
7481             }
7482             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7483                 return false;
7484             }
7485             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7486                 return false;
7487             }
7488         }
7489         catch ( final Exception e ) {
7490             e.printStackTrace( System.out );
7491             return false;
7492         }
7493         return true;
7494     }
7495
7496     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7497         try {
7498             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7499             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7500             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7501             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7502             s0.setRooted( true );
7503             g0.setRooted( true );
7504             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7505             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7506                 return false;
7507             }
7508             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7509                 return false;
7510             }
7511             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7512                 return false;
7513             }
7514             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7515             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7516             g0.setRooted( true );
7517             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7518             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7519                 return false;
7520             }
7521             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7522                 return false;
7523             }
7524             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7525                 return false;
7526             }
7527             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7528             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7529             g0.setRooted( true );
7530             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7531             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7532                 return false;
7533             }
7534             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7538                 return false;
7539             }
7540             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7541             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7542             g0.setRooted( true );
7543             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7544             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7554             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7555             g0.setRooted( true );
7556             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7557             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7567             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7568             g0.setRooted( true );
7569             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7570             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7571                 return false;
7572             }
7573             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7577                 return false;
7578             }
7579             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7580             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7581             g0.setRooted( true );
7582             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7583             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7584                 return false;
7585             }
7586             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7587                 return false;
7588             }
7589             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7590                 return false;
7591             }
7592             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7593                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7594                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7595                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7596             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7597             s0.setRooted( true );
7598             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7599                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7600                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7601                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7602             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7603             g0.setRooted( true );
7604             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7605             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7606                 return false;
7607             }
7608             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7609                 return false;
7610             }
7611             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7612                 return false;
7613             }
7614             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7615                 return false;
7616             }
7617             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7618                 return false;
7619             }
7620             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7621                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7622                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7623                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7624             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7625             g0.setRooted( true );
7626             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7627             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7628                 return false;
7629             }
7630             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7631                 return false;
7632             }
7633             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7634                 return false;
7635             }
7636             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7637                 return false;
7638             }
7639             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7643                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7644                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7645                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7646             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7647             g0.setRooted( true );
7648             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7649             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7650                 return false;
7651             }
7652             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7653                 return false;
7654             }
7655             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7659                 return false;
7660             }
7661             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7665                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7666                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7667                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7668             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7669             g0.setRooted( true );
7670             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7671             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7672                 return false;
7673             }
7674             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7684                 return false;
7685             }
7686             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7687             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7688             g0.setRooted( true );
7689             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7690             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7700             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7701             g0.setRooted( true );
7702             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7703             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7704                 return false;
7705             }
7706             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7710                 return false;
7711             }
7712             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7713                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7714                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7715                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7716             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7717             g0.setRooted( true );
7718             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7719             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7720                 return false;
7721             }
7722             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7723                 return false;
7724             }
7725             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7726                 return false;
7727             }
7728             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7729                 return false;
7730             }
7731             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7732                 return false;
7733             }
7734             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7741                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7742                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7743                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7744             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7745             g0.setRooted( true );
7746             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7747             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7748                 return false;
7749             }
7750             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7751                 return false;
7752             }
7753             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7757                 return false;
7758             }
7759             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7760                 return false;
7761             }
7762             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7763                 return false;
7764             }
7765             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7769                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7770                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7771                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7772             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7773             g0.setRooted( true );
7774             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7775             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7776                 return false;
7777             }
7778             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7788                 return false;
7789             }
7790             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7791                 return false;
7792             }
7793             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7794                 return false;
7795             }
7796             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7797                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7798                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7799                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7800             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7801             g0.setRooted( true );
7802             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7803             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7807                 return false;
7808             }
7809             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7810                 return false;
7811             }
7812             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7813                 return false;
7814             }
7815             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7816                 return false;
7817             }
7818             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7819                 return false;
7820             }
7821             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7822                 return false;
7823             }
7824             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7825                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7826                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7827                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7828             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7829             s0.setRooted( true );
7830             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7831                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7832                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7833                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7834             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7835             g0.setRooted( true );
7836             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7837             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7838                 return false;
7839             }
7840             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7841                 return false;
7842             }
7843         }
7844         catch ( final Exception e ) {
7845             e.printStackTrace( System.out );
7846             return false;
7847         }
7848         return true;
7849     }
7850
7851     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7852         try {
7853             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7854                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7855             if ( results.size() != 1 ) {
7856                 return false;
7857             }
7858             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7859                 return false;
7860             }
7861             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7862                 return false;
7863             }
7864             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7865                 return false;
7866             }
7867             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7868                 return false;
7869             }
7870             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7871                 return false;
7872             }
7873             results = null;
7874             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7875             if ( results.size() != 1 ) {
7876                 return false;
7877             }
7878             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7879                 return false;
7880             }
7881             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7882                 return false;
7883             }
7884             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7885                 return false;
7886             }
7887             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7888                 return false;
7889             }
7890             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7891                 return false;
7892             }
7893             results = null;
7894             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7895             if ( results.size() != 1 ) {
7896                 return false;
7897             }
7898             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7899                 return false;
7900             }
7901             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7905                 return false;
7906             }
7907             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7908                 return false;
7909             }
7910             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             results = null;
7914             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7915             if ( results.size() != 1 ) {
7916                 return false;
7917             }
7918             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7919                 return false;
7920             }
7921             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7922                 return false;
7923             }
7924             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7925                 return false;
7926             }
7927             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7928                 return false;
7929             }
7930             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7931                 return false;
7932             }
7933             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7940                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7941                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7942                 return false;
7943             }
7944         }
7945         catch ( final IOException e ) {
7946             System.out.println();
7947             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7948             e.printStackTrace( System.out );
7949             return true;
7950         }
7951         catch ( final Exception e ) {
7952             return false;
7953         }
7954         return true;
7955     }
7956
7957     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7958         //The format for GenBank Accession numbers are:
7959         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7960         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7961         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7962         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7963             return false;
7964         }
7965         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7966             return false;
7967         }
7968         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7969             return false;
7970         }
7971         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7972             return false;
7973         }
7974         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7975             return false;
7976         }
7977         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7978             return false;
7979         }
7980         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7981             return false;
7982         }
7983         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7984             return false;
7985         }
7986         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7987             return false;
7988         }
7989         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7990             return false;
7991         }
7992         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7993             return false;
7994         }
7995         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7996             return false;
7997         }
7998         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7999             return false;
8000         }
8001         return true;
8002     }
8003
8004     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
8005         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8006             return false;
8007         }
8008         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
8009             return false;
8010         }
8011         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
8012             return false;
8013         }
8014         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
8015             return false;
8016         }
8017         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
8018             return false;
8019         }
8020         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
8021             return false;
8022         }
8023         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
8024             return false;
8025         }
8026         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
8027             return false;
8028         }
8029         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
8030             return false;
8031         }
8032         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8033             return false;
8034         }
8035         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8036             return false;
8037         }
8038         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8039             return false;
8040         }
8041         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8042             return false;
8043         }
8044         try {
8045             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
8046             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
8047                 return false;
8048             }
8049             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
8050                 return false;
8051             }
8052             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
8053                 return false;
8054             }
8055             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
8056                 return false;
8057             }
8058             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
8059                 return false;
8060             }
8061         }
8062         catch ( final IOException e ) {
8063             System.out.println();
8064             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8065             e.printStackTrace( System.out );
8066             return true;
8067         }
8068         catch ( final Exception e ) {
8069             return false;
8070         }
8071         return true;
8072     }
8073
8074     private static boolean testWabiTxSearch() {
8075         try {
8076             String result = "";
8077             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
8078             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
8079             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
8080                 return false;
8081             }
8082             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8083             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8084                 return false;
8085             }
8086             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8087             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8088                 return false;
8089             }
8090             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8091             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8092                 return false;
8093             }
8094             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8095             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8096                 return false;
8097             }
8098             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8099             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8100                 return false;
8101             }
8102             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8103             queries.add( "Campylobacter coli" );
8104             queries.add( "Escherichia coli" );
8105             queries.add( "Arabidopsis" );
8106             queries.add( "Trichoplax" );
8107             queries.add( "Samanea saman" );
8108             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8109             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8110             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8111             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8112             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8113             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8114             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8115             ranks.add( RANKS.GENUS );
8116             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8117             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8118             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8119             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8120         }
8121         catch ( final Exception e ) {
8122             System.out.println();
8123             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8124             e.printStackTrace( System.out );
8125             return false;
8126         }
8127         return true;
8128     }
8129
8130     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8131         try {
8132             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8133             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8134                 return false;
8135             }
8136             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8137                 return false;
8138             }
8139             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8140                 return false;
8141             }
8142             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8143                 return false;
8144             }
8145             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8146             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8150             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8151                 return false;
8152             }
8153             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8154             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8155                 return false;
8156             }
8157         }
8158         catch ( final Exception e ) {
8159             e.printStackTrace();
8160             return false;
8161         }
8162         return true;
8163     }
8164
8165     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8166         try {
8167             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8168             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8169                 return false;
8170             }
8171             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8175             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8179                 return false;
8180             }
8181         }
8182         catch ( final Exception e ) {
8183             e.printStackTrace();
8184             return false;
8185         }
8186         return true;
8187     }
8188
8189     private static boolean testFastaParser() {
8190         try {
8191             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8192                 return false;
8193             }
8194             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8195                 return false;
8196             }
8197             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8198             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8199                 return false;
8200             }
8201             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8202                 return false;
8203             }
8204             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8205                 return false;
8206             }
8207             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8208                 return false;
8209             }
8210             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8211                 return false;
8212             }
8213             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8214                 return false;
8215             }
8216         }
8217         catch ( final Exception e ) {
8218             e.printStackTrace();
8219             return false;
8220         }
8221         return true;
8222     }
8223
8224     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8225         try {
8226             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8227             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8228             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8229             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8230             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8231             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8232             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8233             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8234             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8235                 return false;
8236             }
8237             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8238                 return false;
8239             }
8240             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8241                 return false;
8242             }
8243             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8244                 return false;
8245             }
8246             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8247                 return false;
8248             }
8249             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8250                 return false;
8251             }
8252             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8253                 return false;
8254             }
8255             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8256                 return false;
8257             }
8258             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8259                 return false;
8260             }
8261             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8262                 return false;
8263             }
8264             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8265                 return false;
8266             }
8267             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8271             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8272                 return false;
8273             }
8274             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8275                 return false;
8276             }
8277             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8281             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8282                 return false;
8283             }
8284             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8285                 return false;
8286             }
8287             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8288                 return false;
8289             }
8290             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8291             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8295                 return false;
8296             }
8297             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8298                 return false;
8299             }
8300         }
8301         catch ( final Exception e ) {
8302             e.printStackTrace();
8303             return false;
8304         }
8305         return true;
8306     }
8307
8308     private static boolean testMafft() {
8309         try {
8310             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8311             opts.add( "--maxiterate" );
8312             opts.add( "1000" );
8313             opts.add( "--localpair" );
8314             opts.add( "--quiet" );
8315             Msa msa = null;
8316             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8317             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8318             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8319                 return false;
8320             }
8321             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8322                 return false;
8323             }
8324         }
8325         catch ( final Exception e ) {
8326             e.printStackTrace( System.out );
8327             return false;
8328         }
8329         return true;
8330     }
8331
8332     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8333         try {
8334             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8335             PhylogenyNode n;
8336             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8337             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8338             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8339             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8340             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8341             n = t0.getFirstExternalNode();
8342             while ( n != null ) {
8343                 ext.add( n );
8344                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8345             }
8346             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8347                 return false;
8348             }
8349             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8350                 return false;
8351             }
8352             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8353                 return false;
8354             }
8355             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8356                 return false;
8357             }
8358             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8359                 return false;
8360             }
8361             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8362                 return false;
8363             }
8364             ext.clear();
8365             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8366             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8367             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8368             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8369             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8370             n = t1.getNode( "ab" );
8371             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8372             while ( n != null ) {
8373                 ext.add( n );
8374                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8375             }
8376             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8377                 return false;
8378             }
8379             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8380                 return false;
8381             }
8382             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8383                 return false;
8384             }
8385             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8386                 return false;
8387             }
8388             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8389                 return false;
8390             }
8391             //
8392             //
8393             ext.clear();
8394             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8395             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8396             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8397             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8398             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8399             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8400             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8401             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8402             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8403             n = t2.getNode( "ab" );
8404             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8405             while ( n != null ) {
8406                 ext.add( n );
8407                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8408             }
8409             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8410                 return false;
8411             }
8412             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8413                 return false;
8414             }
8415             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8416                 return false;
8417             }
8418             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8419                 return false;
8420             }
8421             //
8422             //
8423             ext.clear();
8424             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8425             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8426             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8427             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8428             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8429             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8430             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8431             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8432             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8433             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8434             n = t3.getNode( "ab" );
8435             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8436             while ( n != null ) {
8437                 ext.add( n );
8438                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8439             }
8440             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8444                 return false;
8445             }
8446             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8447                 return false;
8448             }
8449             //
8450             //
8451             ext.clear();
8452             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8453             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8454             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8455             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8456             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8457             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8458             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8459             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8460             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8461             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8462             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8463             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8464             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8465                 return false;
8466             }
8467             //
8468             //
8469             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8470             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8471             ext.clear();
8472             n = t5.getFirstExternalNode();
8473             while ( n != null ) {
8474                 ext.add( n );
8475                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8476             }
8477             if ( ext.size() != 8 ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8481                 return false;
8482             }
8483             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8484                 return false;
8485             }
8486             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8487                 return false;
8488             }
8489             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8490                 return false;
8491             }
8492             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8493                 return false;
8494             }
8495             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8496                 return false;
8497             }
8498             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8499                 return false;
8500             }
8501             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8502                 return false;
8503             }
8504             //
8505             //
8506             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8507             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8508             ext.clear();
8509             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8510             n = t6.getNode( "ab" );
8511             while ( n != null ) {
8512                 ext.add( n );
8513                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8514             }
8515             if ( ext.size() != 7 ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8525                 return false;
8526             }
8527             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8528                 return false;
8529             }
8530             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             //
8540             //
8541             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8542             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8543             ext.clear();
8544             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8545             n = t7.getNode( "a" );
8546             while ( n != null ) {
8547                 ext.add( n );
8548                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8549             }
8550             if ( ext.size() != 7 ) {
8551                 return false;
8552             }
8553             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8557                 return false;
8558             }
8559             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8560                 return false;
8561             }
8562             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8563                 return false;
8564             }
8565             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8566                 return false;
8567             }
8568             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8569                 return false;
8570             }
8571             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8572                 return false;
8573             }
8574             //
8575             //
8576             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8577             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8578             ext.clear();
8579             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8580             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8581             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8582             n = t8.getNode( "a" );
8583             while ( n != null ) {
8584                 ext.add( n );
8585                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8586             }
8587             if ( ext.size() != 7 ) {
8588                 return false;
8589             }
8590             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8591                 return false;
8592             }
8593             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8597                 System.out.println( "2 fail" );
8598                 return false;
8599             }
8600             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8601                 return false;
8602             }
8603             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8604                 return false;
8605             }
8606             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8607                 return false;
8608             }
8609             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8610                 return false;
8611             }
8612             //
8613             //
8614             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8615             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8616             ext.clear();
8617             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8618             n = t9.getNode( "a" );
8619             while ( n != null ) {
8620                 ext.add( n );
8621                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8622             }
8623             if ( ext.size() != 7 ) {
8624                 return false;
8625             }
8626             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8627                 return false;
8628             }
8629             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8630                 return false;
8631             }
8632             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8633                 return false;
8634             }
8635             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8636                 return false;
8637             }
8638             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8639                 return false;
8640             }
8641             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8642                 return false;
8643             }
8644             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8645                 return false;
8646             }
8647             //
8648             //
8649             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8650             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8651             ext.clear();
8652             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8653             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8654             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8655             n = t10.getNode( "a" );
8656             while ( n != null ) {
8657                 ext.add( n );
8658                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8659             }
8660             if ( ext.size() != 7 ) {
8661                 return false;
8662             }
8663             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8664                 return false;
8665             }
8666             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8670                 return false;
8671             }
8672             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8673                 return false;
8674             }
8675             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8679                 return false;
8680             }
8681             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8682                 return false;
8683             }
8684             //
8685             //
8686             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8687             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8688             ext.clear();
8689             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8690             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8691             n = t11.getNode( "a" );
8692             while ( n != null ) {
8693                 ext.add( n );
8694                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8695             }
8696             if ( ext.size() != 6 ) {
8697                 return false;
8698             }
8699             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8700                 return false;
8701             }
8702             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8703                 return false;
8704             }
8705             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8706                 return false;
8707             }
8708             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8709                 return false;
8710             }
8711             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8712                 return false;
8713             }
8714             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             //
8718             //
8719             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8720             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8721             ext.clear();
8722             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8723             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8724             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8725             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8726             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8727             n = t12.getNode( "a" );
8728             while ( n != null ) {
8729                 ext.add( n );
8730                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8731             }
8732             if ( ext.size() != 6 ) {
8733                 return false;
8734             }
8735             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8736                 return false;
8737             }
8738             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8739                 return false;
8740             }
8741             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8742                 return false;
8743             }
8744             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8748                 return false;
8749             }
8750             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8751                 return false;
8752             }
8753             //
8754             //
8755             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8756             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8757             ext.clear();
8758             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8759             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8760             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8761             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8762             n = t13.getNode( "ab" );
8763             while ( n != null ) {
8764                 ext.add( n );
8765                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8766             }
8767             if ( ext.size() != 5 ) {
8768                 return false;
8769             }
8770             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8771                 return false;
8772             }
8773             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8774                 return false;
8775             }
8776             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8777                 return false;
8778             }
8779             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8780                 return false;
8781             }
8782             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8783                 return false;
8784             }
8785             //
8786             //
8787             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8788             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8789             ext.clear();
8790             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8791             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8792             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8793             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8794             n = t14.getNode( "ab" );
8795             while ( n != null ) {
8796                 ext.add( n );
8797                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8798             }
8799             if ( ext.size() != 5 ) {
8800                 return false;
8801             }
8802             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8803                 return false;
8804             }
8805             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8806                 return false;
8807             }
8808             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8809                 return false;
8810             }
8811             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8812                 return false;
8813             }
8814             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8815                 return false;
8816             }
8817             //
8818             //
8819             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8820             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8821             ext.clear();
8822             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8823             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8824             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8825             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8826             n = t15.getNode( "ab" );
8827             while ( n != null ) {
8828                 ext.add( n );
8829                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8830             }
8831             if ( ext.size() != 6 ) {
8832                 return false;
8833             }
8834             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8835                 return false;
8836             }
8837             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8838                 return false;
8839             }
8840             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8841                 return false;
8842             }
8843             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8844                 return false;
8845             }
8846             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8847                 return false;
8848             }
8849             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8850                 return false;
8851             }
8852             //
8853             //
8854             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8855             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8856             ext.clear();
8857             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8858             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8859             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8860             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8861             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8862             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8863             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8864             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8865             n = t16.getNode( "ab" );
8866             while ( n != null ) {
8867                 ext.add( n );
8868                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8869             }
8870             if ( ext.size() != 4 ) {
8871                 return false;
8872             }
8873             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8874                 return false;
8875             }
8876             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8877                 return false;
8878             }
8879             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8880                 return false;
8881             }
8882             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8883                 return false;
8884             }
8885         }
8886         catch ( final Exception e ) {
8887             e.printStackTrace( System.out );
8888             return false;
8889         }
8890         return true;
8891     }
8892
8893     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8894         try {
8895             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8896             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABBXEFGHIJ" );
8897             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXCXEFGHIJ" );
8898             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXDDEFGHIJ" );
8899             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8900             l.add( s0 );
8901             l.add( s1 );
8902             l.add( s2 );
8903             l.add( s3 );
8904             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8905             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8906                 return false;
8907             }
8908             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8909                 return false;
8910             }
8911             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8912                 return false;
8913             }
8914             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8915                 return false;
8916             }
8917         }
8918         catch ( final Exception e ) {
8919             e.printStackTrace( System.out );
8920             return false;
8921         }
8922         return true;
8923     }
8924
8925     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8926         try {
8927             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8928             if ( id == null
8929                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() )
8930                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8931                  || !id.getValue().equals( "ADF31344" )
8932                  || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8933                 if ( id != null ) {
8934                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8935                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8936                 }
8937                 return false;
8938             }
8939             //
8940             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8941             if ( id == null
8942                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() )
8943                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8944                  || !id.getValue().equals( "ADF31344" )
8945                  || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8946                 if ( id != null ) {
8947                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8948                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8949                 }
8950                 return false;
8951             }
8952             //
8953             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8954             if ( id == null
8955                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() )
8956                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8957                  || !id.getValue().equals( "ADF31344" )
8958                  || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8959                 if ( id != null ) {
8960                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8961                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8962                 }
8963                 return false;
8964             }
8965
8966             //
8967             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8968             if ( id == null
8969                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() )
8970                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8971                  || !id.getValue().equals( "AAA96518" )
8972                  || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8973                 if ( id != null ) {
8974                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8975                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8976                 }
8977                 return false;
8978             }
8979             //
8980             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8981             if ( id == null
8982                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() )
8983                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8984                  || !id.getValue().equals( "EHB07727" )
8985                  || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8986                 if ( id != null ) {
8987                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8988                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8989                 }
8990                 return false;
8991             }
8992             //
8993             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8994             if ( id == null
8995                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() )
8996                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8997                  || !id.getValue().equals( "BAF37827" )
8998                  || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8999                 if ( id != null ) {
9000                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9001                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9002                 }
9003                 return false;
9004             }
9005             //
9006             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
9007             if ( id == null
9008                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() )
9009                  || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9010                  || !id.getValue().equals( "CAA73223" )
9011                  || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9012                 if ( id != null ) {
9013                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9014                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9015                 }
9016                 return false;
9017             }
9018             //
9019 //            id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
9020 //            if ( id == null
9021 //                 || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() )
9022 //                 || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9023 //                 || !id.getValue().equals( "002434188" )
9024 //                 || !id.getProvider().equals( "genbank" ) ) {
9025 //                if ( id != null ) {
9026 //                    System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9027 //                    System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9028 //                }
9029 //                return false;
9030 //            }
9031
9032             // lcl_91970_unknown_
9033         }
9034         catch ( final Exception e ) {
9035             e.printStackTrace( System.out );
9036             return false;
9037         }
9038         return true;
9039     }
9040 }