forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39 import java.util.SortedSet;
  40
  41 import org.forester.application.support_transfer;
  42 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  43 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  44 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  46 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  47 import org.forester.go.TestGo;
  48 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  49 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  50 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  51 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  57 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  58 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  59 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  60 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  61 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  62 import org.forester.msa.BasicMsa;
  63 import org.forester.msa.Mafft;
  64 import org.forester.msa.Msa;
  65 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  66 import org.forester.msa.MsaMethods;
  67 import org.forester.pccx.TestPccx;
  68 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  75 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  76 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  79 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  82 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  83 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  85 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  86 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  87 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  88 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  89 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  90 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  91 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  92 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  93 import org.forester.protein.BasicDomain;
  94 import org.forester.protein.BasicProtein;
  95 import org.forester.protein.Domain;
  96 import org.forester.protein.Protein;
  97 import org.forester.protein.ProteinId;
  98 import org.forester.rio.TestRIO;
  99 import org.forester.sdi.SDI;
 100 import org.forester.sdi.SDIR;
 101 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 102 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 103 import org.forester.sequence.Sequence;
 104 import org.forester.species.BasicSpecies;
 105 import org.forester.species.Species;
 106 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 107 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 108 import org.forester.tools.SupportCount;
 109 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 110 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 111 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 112 import org.forester.util.BasicTable;
 113 import org.forester.util.BasicTableParser;
 114 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 115 import org.forester.util.ForesterConstants;
 116 import org.forester.util.ForesterUtil;
 117 import org.forester.util.GeneralTable;
 118 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 119 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 120 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 121 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 122 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 123 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 126
 127 @SuppressWarnings( "unused")
 128 public final class Test {
 129
 130     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 131     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 132     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 133                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 134                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 135     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 137                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 138     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 139     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 140                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 141                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 142     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 143                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 144                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 145
 146     public static boolean testOverlapRemoval() {
 147         try {
 148             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 149             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 150             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 151             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 152             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 153             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 154             covered.add( true ); // 0
 155             covered.add( false ); // 1
 156             covered.add( true ); // 2
 157             covered.add( false ); // 3
 158             covered.add( true ); // 4
 159             covered.add( true ); // 5
 160             covered.add( false ); // 6
 161             covered.add( true ); // 7
 162             covered.add( true ); // 8
 163             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
 164                 return false;
 165             }
 166             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
 167                 return false;
 168             }
 169             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
 170                 return false;
 171             }
 172             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
 173                 return false;
 174             }
 175             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
 176                 return false;
 177             }
 178             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 179             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 180             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
 181             ab.addProteinDomain( a );
 182             ab.addProteinDomain( b );
 183             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
 184             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 185                 return false;
 186             }
 187             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 188                 return false;
 189             }
 190             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 191                 return false;
 192             }
 193             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
 194             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 195                 return false;
 196             }
 197             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 198                 return false;
 199             }
 200             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 201             final Domain d = new BasicDomain( "d",
 202                                               ( short ) 10000,
 203                                               ( short ) 10500,
 204                                               ( short ) 1,
 205                                               ( short ) 1,
 206                                               0.0000001,
 207                                               1 );
 208             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 209             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
 210             cde.addProteinDomain( c );
 211             cde.addProteinDomain( d );
 212             cde.addProteinDomain( e );
 213             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
 214             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 215                 return false;
 216             }
 217             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 218                 return false;
 219             }
 220             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 221             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 222             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 223             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
 224             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
 225             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
 226             fghi.addProteinDomain( f );
 227             fghi.addProteinDomain( g );
 228             fghi.addProteinDomain( h );
 229             fghi.addProteinDomain( i );
 230             fghi.addProteinDomain( i );
 231             fghi.addProteinDomain( i );
 232             fghi.addProteinDomain( i2 );
 233             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
 234             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 235                 return false;
 236             }
 237             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 238                 return false;
 239             }
 240             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
 241                 return false;
 242             }
 243             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
 244             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 245                 return false;
 246             }
 247             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 248                 return false;
 249             }
 250             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 251             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 252             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 253             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 254             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 255             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 256             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 257             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
 258             jklm.addProteinDomain( j );
 259             jklm.addProteinDomain( k );
 260             jklm.addProteinDomain( l );
 261             jklm.addProteinDomain( m );
 262             jklm.addProteinDomain( m0 );
 263             jklm.addProteinDomain( m1 );
 264             jklm.addProteinDomain( m2 );
 265             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
 266             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 267                 return false;
 268             }
 269             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 270                 return false;
 271             }
 272             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
 273                 return false;
 274             }
 275             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
 276             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 277                 return false;
 278             }
 279             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 283             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
 284             od.addProteinDomain( only );
 285             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
 286             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 287                 return false;
 288             }
 289             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 290                 return false;
 291             }
 292         }
 293         catch ( final Exception e ) {
 294             e.printStackTrace( System.out );
 295             return false;
 296         }
 297         return true;
 298     }
 299
 300     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
 301         try {
 302             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 303             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 304             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 305             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 306             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 307             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 308             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 309             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 310             covered.add( true ); // 0
 311             covered.add( false ); // 1
 312             covered.add( true ); // 2
 313             covered.add( false ); // 3
 314             covered.add( true ); // 4
 315             covered.add( true ); // 5
 316             covered.add( false ); // 6
 317             covered.add( true ); // 7
 318             covered.add( true ); // 8
 319             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
 320                 return false;
 321             }
 322             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
 323                 return false;
 324             }
 325             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
 326                 return false;
 327             }
 328             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
 329                 return false;
 330             }
 331             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
 332                 return false;
 333             }
 334             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
 335                 return false;
 336             }
 337             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
 338                 return false;
 339             }
 340             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 341             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 342             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 343             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
 344             abc.addProteinDomain( a );
 345             abc.addProteinDomain( b );
 346             abc.addProteinDomain( c );
 347             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
 348             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
 349             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 350                 return false;
 351             }
 352             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 353                 return false;
 354             }
 355             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 356                 return false;
 357             }
 358             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 359                 return false;
 360             }
 361             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 362                 return false;
 363             }
 364             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 365             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 366             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 367             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
 368             def.addProteinDomain( d );
 369             def.addProteinDomain( e );
 370             def.addProteinDomain( f );
 371             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
 372             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
 373             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 374                 return false;
 375             }
 376             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 377                 return false;
 378             }
 379             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
 383                 return false;
 384             }
 385             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
 386                 return false;
 387             }
 388             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
 389                 return false;
 390             }
 391         }
 392         catch ( final Exception e ) {
 393             e.printStackTrace( System.out );
 394             return false;
 395         }
 396         return true;
 397     }
 398
 399     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 400         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 401     }
 402
 403     public static void main( final String[] args ) {
 404         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 405         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 406                 + "]" );
 407         Locale.setDefault( Locale.US );
 408         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 409         int failed = 0;
 410         int succeeded = 0;
 411         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 412         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 413             System.out.println( "OK.]" );
 414         }
 415         else {
 416             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 417             System.out.println( "Testing aborted." );
 418             System.exit( -1 );
 419         }
 420         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 421         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 422             System.out.println( "OK.]" );
 423         }
 424         else {
 425             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 426             System.out.println( "Testing aborted." );
 427             System.exit( -1 );
 428         }
 429         final long start_time = new Date().getTime();
 430         System.out.print( "Basic node methods: " );
 431         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Protein id: " );
 440         if ( !testProteinId() ) {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         else {
 445             succeeded++;
 446         }
 447         System.out.println( "OK." );
 448         System.out.print( "Species: " );
 449         if ( !testSpecies() ) {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         else {
 454             succeeded++;
 455         }
 456         System.out.println( "OK." );
 457         System.out.print( "Basic domain: " );
 458         if ( !testBasicDomain() ) {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         else {
 463             succeeded++;
 464         }
 465         System.out.println( "OK." );
 466         System.out.print( "Basic protein: " );
 467         if ( !testBasicProtein() ) {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         else {
 472             succeeded++;
 473         }
 474         System.out.println( "OK." );
 475         System.out.print( "Sequence writer: " );
 476         if ( testSequenceWriter() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 485         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 494             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 495             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 496                 System.out.println( "OK." );
 497                 succeeded++;
 498             }
 499             else {
 500                 System.out.println( "failed." );
 501                 failed++;
 502             }
 503         }
 504         /////////////////////System.exit( 0 );
 505         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 506         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 507             System.out.println( "OK." );
 508             succeeded++;
 509         }
 510         else {
 511             System.out.println( "failed." );
 512             failed++;
 513         }
 514         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 515         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 516             System.out.println( "OK." );
 517             succeeded++;
 518         }
 519         else {
 520             System.out.println( "failed." );
 521             failed++;
 522         }
 523         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 524             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 525             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 526                 System.out.println( "OK." );
 527                 succeeded++;
 528             }
 529             else {
 530                 System.out.println( "failed." );
 531                 failed++;
 532                 System.exit( -1 );
 533             }
 534         }
 535         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 536         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 537             System.out.println( "OK." );
 538             succeeded++;
 539         }
 540         else {
 541             System.out.println( "failed." );
 542             failed++;
 543         }
 544         //
 545         System.out.print( "Overlap removal: " );
 546         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         else {
 551             succeeded++;
 552         }
 553         System.out.println( "OK." );
 554         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 555         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 556             System.out.println( "failed." );
 557             failed++;
 558         }
 559         else {
 560             succeeded++;
 561         }
 562         System.out.println( "OK." );
 563         //
 564         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 565         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "SN extraction: " );
 574         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 583         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 584             System.out.println( "OK." );
 585             succeeded++;
 586         }
 587         else {
 588             System.out.println( "failed." );
 589             failed++;
 590         }
 591         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 592         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 593             System.out.println( "OK." );
 594             succeeded++;
 595         }
 596         else {
 597             System.out.println( "failed." );
 598             failed++;
 599         }
 600         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 601         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 610         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 611             System.out.println( "OK." );
 612             succeeded++;
 613         }
 614         else {
 615             System.out.println( "failed." );
 616             failed++;
 617         }
 618         System.out.print( "NH parsing: " );
 619         if ( Test.testNHParsing() ) {
 620             System.out.println( "OK." );
 621             succeeded++;
 622         }
 623         else {
 624             System.out.println( "failed." );
 625             failed++;
 626         }
 627         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 628         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "NHX parsing: " );
 637         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 646         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 655         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 664         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 673         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 682         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 691         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 692             System.out.println( "OK." );
 693             succeeded++;
 694         }
 695         else {
 696             System.out.println( "failed." );
 697             failed++;
 698         }
 699         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 700         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 701             System.out.println( "OK." );
 702             succeeded++;
 703         }
 704         else {
 705             System.out.println( "failed." );
 706             failed++;
 707         }
 708         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 709         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 710             System.out.println( "OK." );
 711             succeeded++;
 712         }
 713         else {
 714             System.out.println( "failed." );
 715             failed++;
 716         }
 717         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 718         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 719             System.out.println( "OK." );
 720             succeeded++;
 721         }
 722         else {
 723             System.out.println( "failed." );
 724             failed++;
 725         }
 726         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 727         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 728             System.out.println( "OK." );
 729             succeeded++;
 730         }
 731         else {
 732             System.out.println( "failed." );
 733             failed++;
 734         }
 735         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 736         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 737             System.out.println( "OK." );
 738             succeeded++;
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "failed." );
 742             failed++;
 743         }
 744         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 745         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 746             System.out.println( "OK." );
 747             succeeded++;
 748         }
 749         else {
 750             System.out.println( "failed." );
 751             failed++;
 752         }
 753         System.out.print( "Copying of node data: " );
 754         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 755             System.out.println( "OK." );
 756             succeeded++;
 757         }
 758         else {
 759             System.out.println( "failed." );
 760             failed++;
 761         }
 762         System.out.print( "Tree copy: " );
 763         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 764             System.out.println( "OK." );
 765             succeeded++;
 766         }
 767         else {
 768             System.out.println( "failed." );
 769             failed++;
 770         }
 771         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 772         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 773             System.out.println( "OK." );
 774             succeeded++;
 775         }
 776         else {
 777             System.out.println( "failed." );
 778             failed++;
 779         }
 780         System.out.print( "Tree methods: " );
 781         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 782             System.out.println( "OK." );
 783             succeeded++;
 784         }
 785         else {
 786             System.out.println( "failed." );
 787             failed++;
 788         }
 789         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 790         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 791             System.out.println( "OK." );
 792             succeeded++;
 793         }
 794         else {
 795             System.out.println( "failed." );
 796             failed++;
 797         }
 798         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 799         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 800             System.out.println( "OK." );
 801             succeeded++;
 802         }
 803         else {
 804             System.out.println( "failed." );
 805             failed++;
 806         }
 807         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 808         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 809             System.out.println( "OK." );
 810             succeeded++;
 811         }
 812         else {
 813             System.out.println( "failed." );
 814             failed++;
 815         }
 816         System.out.print( "Re-id methods: " );
 817         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 818             System.out.println( "OK." );
 819             succeeded++;
 820         }
 821         else {
 822             System.out.println( "failed." );
 823             failed++;
 824         }
 825         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 826         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 827             System.out.println( "OK." );
 828             succeeded++;
 829         }
 830         else {
 831             System.out.println( "failed." );
 832             failed++;
 833         }
 834         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 835         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 836             System.out.println( "OK." );
 837             succeeded++;
 838         }
 839         else {
 840             System.out.println( "failed." );
 841             failed++;
 842         }
 843         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 844         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 845             System.out.println( "OK." );
 846             succeeded++;
 847         }
 848         else {
 849             System.out.println( "failed." );
 850             failed++;
 851         }
 852         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 853         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 854             System.out.println( "OK." );
 855             succeeded++;
 856         }
 857         else {
 858             System.out.println( "failed." );
 859             failed++;
 860         }
 861         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 862         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 863             System.out.println( "OK." );
 864             succeeded++;
 865         }
 866         else {
 867             System.out.println( "failed." );
 868             failed++;
 869         }
 870         System.out.print( "Rerooting: " );
 871         if ( Test.testRerooting() ) {
 872             System.out.println( "OK." );
 873             succeeded++;
 874         }
 875         else {
 876             System.out.println( "failed." );
 877             failed++;
 878         }
 879         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 880         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 881             System.out.println( "OK." );
 882             succeeded++;
 883         }
 884         else {
 885             System.out.println( "failed." );
 886             failed++;
 887         }
 888         System.out.print( "Node removal: " );
 889         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 890             System.out.println( "OK." );
 891             succeeded++;
 892         }
 893         else {
 894             System.out.println( "failed." );
 895             failed++;
 896         }
 897         System.out.print( "Support count: " );
 898         if ( Test.testSupportCount() ) {
 899             System.out.println( "OK." );
 900             succeeded++;
 901         }
 902         else {
 903             System.out.println( "failed." );
 904             failed++;
 905         }
 906         System.out.print( "Support transfer: " );
 907         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 908             System.out.println( "OK." );
 909             succeeded++;
 910         }
 911         else {
 912             System.out.println( "failed." );
 913             failed++;
 914         }
 915         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 916         if ( Test.testGetLCA() ) {
 917             System.out.println( "OK." );
 918             succeeded++;
 919         }
 920         else {
 921             System.out.println( "failed." );
 922             failed++;
 923         }
 924         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 925         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 926             System.out.println( "OK." );
 927             succeeded++;
 928         }
 929         else {
 930             System.out.println( "failed." );
 931             failed++;
 932         }
 933         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 934         if ( Test.testGetDistance() ) {
 935             System.out.println( "OK." );
 936             succeeded++;
 937         }
 938         else {
 939             System.out.println( "failed." );
 940             failed++;
 941         }
 942         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 943         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 944             System.out.println( "OK." );
 945             succeeded++;
 946         }
 947         else {
 948             System.out.println( "failed." );
 949             failed++;
 950         }
 951         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 952         if ( Test.testDataObjects() ) {
 953             System.out.println( "OK." );
 954             succeeded++;
 955         }
 956         else {
 957             System.out.println( "failed." );
 958             failed++;
 959         }
 960         System.out.print( "Properties map: " );
 961         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 962             System.out.println( "OK." );
 963             succeeded++;
 964         }
 965         else {
 966             System.out.println( "failed." );
 967             failed++;
 968         }
 969         System.out.print( "SDIse: " );
 970         if ( Test.testSDIse() ) {
 971             System.out.println( "OK." );
 972             succeeded++;
 973         }
 974         else {
 975             System.out.println( "failed." );
 976             failed++;
 977         }
 978         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 979         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 980             System.out.println( "OK." );
 981             succeeded++;
 982         }
 983         else {
 984             System.out.println( "failed." );
 985             failed++;
 986         }
 987         System.out.print( "GSDI: " );
 988         if ( TestGSDI.test() ) {
 989             System.out.println( "OK." );
 990             succeeded++;
 991         }
 992         else {
 993             System.out.println( "failed." );
 994             failed++;
 995         }
 996         System.out.print( "RIO: " );
 997         if ( TestRIO.test() ) {
 998             System.out.println( "OK." );
 999             succeeded++;
1000         }
1001         else {
1002             System.out.println( "failed." );
1003             failed++;
1004         }
1005         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
1006         System.out.println();
1007         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1008             System.out.println( "OK." );
1009             succeeded++;
1010         }
1011         else {
1012             System.out.println( "failed." );
1013             failed++;
1014         }
1015         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
1016         System.out.println();
1017         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1018             System.out.println( "OK." );
1019             succeeded++;
1020         }
1021         else {
1022             System.out.println( "failed." );
1023             failed++;
1024         }
1025         System.out.print( "GO: " );
1026         System.out.println();
1027         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1028             System.out.println( "OK." );
1029             succeeded++;
1030         }
1031         else {
1032             System.out.println( "failed." );
1033             failed++;
1034         }
1035         System.out.print( "Modeling tools: " );
1036         if ( TestPccx.test() ) {
1037             System.out.println( "OK." );
1038             succeeded++;
1039         }
1040         else {
1041             System.out.println( "failed." );
1042             failed++;
1043         }
1044         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
1045         if ( Test.testSplitStrict() ) {
1046             System.out.println( "OK." );
1047             succeeded++;
1048         }
1049         else {
1050             System.out.println( "failed." );
1051             failed++;
1052         }
1053         System.out.print( "Split Matrix: " );
1054         if ( Test.testSplit() ) {
1055             System.out.println( "OK." );
1056             succeeded++;
1057         }
1058         else {
1059             System.out.println( "failed." );
1060             failed++;
1061         }
1062         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
1063         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
1064             System.out.println( "OK." );
1065             succeeded++;
1066         }
1067         else {
1068             System.out.println( "failed." );
1069             failed++;
1070         }
1071         System.out.print( "Basic table: " );
1072         if ( Test.testBasicTable() ) {
1073             System.out.println( "OK." );
1074             succeeded++;
1075         }
1076         else {
1077             System.out.println( "failed." );
1078             failed++;
1079         }
1080         System.out.print( "General table: " );
1081         if ( Test.testGeneralTable() ) {
1082             System.out.println( "OK." );
1083             succeeded++;
1084         }
1085         else {
1086             System.out.println( "failed." );
1087             failed++;
1088         }
1089         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
1090         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
1091             System.out.println( "OK." );
1092             succeeded++;
1093         }
1094         else {
1095             System.out.println( "failed." );
1096             failed++;
1097         }
1098         System.out.print( "General MSA parser: " );
1099         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
1100             System.out.println( "OK." );
1101             succeeded++;
1102         }
1103         else {
1104             System.out.println( "failed." );
1105             failed++;
1106         }
1107         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
1108         if ( Test.testFastaParser() ) {
1109             System.out.println( "OK." );
1110             succeeded++;
1111         }
1112         else {
1113             System.out.println( "failed." );
1114             failed++;
1115         }
1116         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
1117         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
1118             System.out.println( "OK." );
1119             succeeded++;
1120         }
1121         else {
1122             System.out.println( "failed." );
1123             failed++;
1124         }
1125         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
1126         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
1127             System.out.println( "OK." );
1128             succeeded++;
1129         }
1130         else {
1131             System.out.println( "failed." );
1132             failed++;
1133         }
1134         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1135             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
1136             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
1137                 System.out.println( "OK." );
1138                 succeeded++;
1139             }
1140             else {
1141                 System.out.println( "failed." );
1142                 failed++;
1143             }
1144         }
1145         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1146             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
1147             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
1148                 System.out.println( "OK." );
1149                 succeeded++;
1150             }
1151             else {
1152                 System.out.println( "failed." );
1153                 failed++;
1154             }
1155         }
1156         //----
1157         String path = "";
1158         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
1159         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
1160             path = "/usr/local/bin/mafft";
1161         }
1162         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
1163             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
1164         }
1165         else {
1166             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
1167         }
1168         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1169             path = "mafft";
1170         }
1171         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1172             path = "/usr/local/bin/mafft";
1173         }
1174         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1175             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
1176             if ( Test.testMafft( path ) ) {
1177                 System.out.println( "OK." );
1178                 succeeded++;
1179             }
1180             else {
1181                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
1182             }
1183         }
1184         //----
1185         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
1186         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
1187             System.out.println( "OK." );
1188             succeeded++;
1189         }
1190         else {
1191             System.out.println( "failed." );
1192             failed++;
1193         }
1194         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
1195         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
1196             System.out.println( "OK." );
1197             succeeded++;
1198         }
1199         else {
1200             System.out.println( "failed." );
1201             failed++;
1202         }
1203         System.out.println();
1204         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1205         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1206         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1207         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1208                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1209         System.out.println();
1210         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1211         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1212         System.out.println();
1213         if ( failed < 1 ) {
1214             System.out.println( "OK." );
1215         }
1216         else {
1217             System.out.println( "Not OK." );
1218         }
1219     }
1220
1221     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1222         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1223         return p;
1224     }
1225
1226     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1227         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1228     }
1229
1230     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1231         try {
1232             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1233             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1246             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1250             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1254             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257         }
1258         catch ( final Exception e ) {
1259             e.printStackTrace();
1260             return false;
1261         }
1262         return true;
1263     }
1264
1265     private static boolean testBasicDomain() {
1266         try {
1267             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1268             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1281             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1282             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1283             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1284             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1285             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1313                 return false;
1314             }
1315         }
1316         catch ( final Exception e ) {
1317             e.printStackTrace( System.out );
1318             return false;
1319         }
1320         return true;
1321     }
1322
1323     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1324         try {
1325             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1329             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1330                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1331             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1332                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1333             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1334                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1335             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( !n3.isExternal() ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( !n3.isRoot() ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1354                 return false;
1355             }
1356         }
1357         catch ( final Exception e ) {
1358             e.printStackTrace( System.out );
1359             return false;
1360         }
1361         return true;
1362     }
1363
1364     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1365         try {
1366             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1367             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1368             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1369                                                               xml_parser );
1370             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1371                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1378             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1379             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1380             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1381             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !t1.isRooted() ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( t1.isRerootable() ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1415                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1416                 return false;
1417             }
1418             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1419                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1447                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1448                 return false;
1449             }
1450             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1451                 return false;
1452             }
1453             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1454                 return false;
1455             }
1456             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1457                 return false;
1458             }
1459             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1460                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1464                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1465                 return false;
1466             }
1467             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1468                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1469                 return false;
1470             }
1471             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1472                     .equals( "experimental" ) ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1476                     .equals( "function" ) ) {
1477                 return false;
1478             }
1479             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1480                     .getValue() != 1 ) {
1481                 return false;
1482             }
1483             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1484                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1485                 return false;
1486             }
1487             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1488                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1492                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1496                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1497                 return false;
1498             }
1499             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1500                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1501                 return false;
1502             }
1503             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1504                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1508                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1509                 return false;
1510             }
1511             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1512                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1516                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1520                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1527                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1534             if ( x.size() != 4 ) {
1535                 return false;
1536             }
1537             int c = 0;
1538             for( final Accession acc : x ) {
1539                 if ( c == 0 ) {
1540                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1541                         return false;
1542                     }
1543                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1544                         return false;
1545                     }
1546                 }
1547                 c++;
1548             }
1549         }
1550         catch ( final Exception e ) {
1551             e.printStackTrace( System.out );
1552             return false;
1553         }
1554         return true;
1555     }
1556
1557     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1558         try {
1559             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1560             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1561             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1562                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1563             }
1564             else {
1565                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1566             }
1567             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1568                                                               xml_parser );
1569             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1570                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1571                 return false;
1572             }
1573             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1574                 return false;
1575             }
1576             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1577             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1578             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1579                 return false;
1580             }
1581             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1582             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1586                 return false;
1587             }
1588             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1589                 return false;
1590             }
1591             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1592                 return false;
1593             }
1594             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1595             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1596             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1597             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1601                 return false;
1602             }
1603             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1604                 return false;
1605             }
1606             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1607                 return false;
1608             }
1609             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1610                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1611                 return false;
1612             }
1613             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1614                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1618             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1619             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1620             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1621             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1625             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1626                 return false;
1627             }
1628             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1632                 return false;
1633             }
1634             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1635                 return false;
1636             }
1637             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1638                 return false;
1639             }
1640             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1641                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1642                 return false;
1643             }
1644             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1645                 return false;
1646             }
1647             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1648                 return false;
1649             }
1650             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1651                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1652                 return false;
1653             }
1654             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1655                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1656                 return false;
1657             }
1658             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1659                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1660                 return false;
1661             }
1662             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1663                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1667                     .equals( "experimental" ) ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1671                     .equals( "function" ) ) {
1672                 return false;
1673             }
1674             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1675                     .getValue() != 1 ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1679                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1683                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1684                 return false;
1685             }
1686             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1687                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1688                 return false;
1689             }
1690             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1691                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1695                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1699                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1703                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1707                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1711                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1715                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1719                 return false;
1720             }
1721             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1722                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1723                 return false;
1724             }
1725             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1729                 return false;
1730             }
1731             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1732                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1733                 return false;
1734             }
1735             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1745                 return false;
1746             }
1747             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1748                     .equals( "ncbi" ) ) {
1749                 return false;
1750             }
1751             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1752                 return false;
1753             }
1754             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1755                     .getName().equals( "B" ) ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1759                     .getFrom() != 21 ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1763                 return false;
1764             }
1765             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1766                     .getLength() != 24 ) {
1767                 return false;
1768             }
1769             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1770                     .getConfidence() != 2144 ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1774                     .equals( "pfam" ) ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1778                 return false;
1779             }
1780             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1790             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1812                 return false;
1813             }
1814             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1815                 return false;
1816             }
1817             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1818                 return false;
1819             }
1820             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1827                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1837                 return false;
1838             }
1839             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1840                 return false;
1841             }
1842             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1843                 return false;
1844             }
1845             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1846                 return false;
1847             }
1848             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1849                 return false;
1850             }
1851             //
1852             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1856                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1857                 return false;
1858             }
1859             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1863                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1873                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1874                 return false;
1875             }
1876             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
1877                     .getCrossReferences();
1878             if ( x.size() != 4 ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             int c = 0;
1882             for( final Accession acc : x ) {
1883                 if ( c == 0 ) {
1884                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1885                         return false;
1886                     }
1887                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1888                         return false;
1889                     }
1890                 }
1891                 c++;
1892             }
1893         }
1894         catch ( final Exception e ) {
1895             e.printStackTrace( System.out );
1896             return false;
1897         }
1898         return true;
1899     }
1900
1901     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1902         try {
1903             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1904             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1905             try {
1906                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1907             }
1908             catch ( final Exception e ) {
1909                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1910             }
1911             if ( xml_parser == null ) {
1912                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1913                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1914                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1915                 }
1916                 else {
1917                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1918                 }
1919             }
1920             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1921                                                               xml_parser );
1922             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1923                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1924                 return false;
1925             }
1926             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1930             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1931             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1932             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1933             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1934                 return false;
1935             }
1936             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1937                 return false;
1938             }
1939             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1955             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1956             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1957                 System.out.println( "errors:" );
1958                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1959                 return false;
1960             }
1961             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1965                                                               xml_parser );
1966             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1967                 System.out.println( "errors:" );
1968                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1969                 return false;
1970             }
1971             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1972                 return false;
1973             }
1974             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1975                 return false;
1976             }
1977             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1978                                                               xml_parser );
1979             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1980                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1981                 return false;
1982             }
1983             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1984                 return false;
1985             }
1986             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1987             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1988                 return false;
1989             }
1990             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1991                 return false;
1992             }
1993             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1994                 return false;
1995             }
1996             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1997                 return false;
1998             }
1999             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2000                                                               xml_parser );
2001             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2002                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2003                 return false;
2004             }
2005             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2006                 return false;
2007             }
2008             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2009             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2010                 return false;
2011             }
2012             s.getNode( "first" );
2013             s.getNode( "<>" );
2014             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2015             s.getNode( "'''\"" );
2016             s.getNode( "\"\"\"" );
2017             s.getNode( "dick & doof" );
2018         }
2019         catch ( final Exception e ) {
2020             e.printStackTrace( System.out );
2021             return false;
2022         }
2023         return true;
2024     }
2025
2026     private static boolean testBasicProtein() {
2027         try {
2028             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2029             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2030             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2031             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2032             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2033             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2034             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2035             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2036             p0.addProteinDomain( y );
2037             p0.addProteinDomain( e );
2038             p0.addProteinDomain( b );
2039             p0.addProteinDomain( c );
2040             p0.addProteinDomain( d );
2041             p0.addProteinDomain( a );
2042             p0.addProteinDomain( x );
2043             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2044                 return false;
2045             }
2046             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2047                 return false;
2048             }
2049             //
2050             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2051             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2052             aa0.addProteinDomain( a1 );
2053             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2054                 return false;
2055             }
2056             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             //
2060             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2061             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2062             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2063             aa1.addProteinDomain( a11 );
2064             aa1.addProteinDomain( a12 );
2065             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2066                 return false;
2067             }
2068             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2069                 return false;
2070             }
2071             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2072             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2073                 return false;
2074             }
2075             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2076                 return false;
2077             }
2078             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2079                 return false;
2080             }
2081             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2082             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2083                 return false;
2084             }
2085             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2086                 return false;
2087             }
2088             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2089                 return false;
2090             }
2091             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2092                 return false;
2093             }
2094             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2095             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2096                 return false;
2097             }
2098             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2102                 return false;
2103             }
2104             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2105                 return false;
2106             }
2107             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2108             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2109                 return false;
2110             }
2111             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             //
2121             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2122             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2123             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2124             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2125             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2126             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2127             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2128             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2129             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2130             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2131             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2132             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2133             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2134             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2135             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2136             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2137             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2138             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2139             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2140             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2141             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2142             p00.addProteinDomain( y0 );
2143             p00.addProteinDomain( e0 );
2144             p00.addProteinDomain( b0 );
2145             p00.addProteinDomain( c0 );
2146             p00.addProteinDomain( d0 );
2147             p00.addProteinDomain( a0 );
2148             p00.addProteinDomain( x0 );
2149             p00.addProteinDomain( y1 );
2150             p00.addProteinDomain( y2 );
2151             p00.addProteinDomain( y3 );
2152             p00.addProteinDomain( e1 );
2153             p00.addProteinDomain( e2 );
2154             p00.addProteinDomain( e3 );
2155             p00.addProteinDomain( e4 );
2156             p00.addProteinDomain( e5 );
2157             p00.addProteinDomain( z0 );
2158             p00.addProteinDomain( z1 );
2159             p00.addProteinDomain( z2 );
2160             p00.addProteinDomain( zz0 );
2161             p00.addProteinDomain( zz1 );
2162             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2163                 return false;
2164             }
2165             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2166                 return false;
2167             }
2168             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2169                 return false;
2170             }
2171             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2172                 return false;
2173             }
2174             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2175                 return false;
2176             }
2177             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2178             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2179             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2180             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2181             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2182             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2183             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2184             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2185             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2186             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2187             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2188             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2189             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2190             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2191             p.addProteinDomain( B15 );
2192             p.addProteinDomain( C50 );
2193             p.addProteinDomain( A60 );
2194             p.addProteinDomain( A30 );
2195             p.addProteinDomain( C70 );
2196             p.addProteinDomain( B35 );
2197             p.addProteinDomain( B40 );
2198             p.addProteinDomain( A0 );
2199             p.addProteinDomain( A10 );
2200             p.addProteinDomain( A20 );
2201             p.addProteinDomain( B25 );
2202             p.addProteinDomain( D80 );
2203             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2204             domains_ids.add( "A" );
2205             domains_ids.add( "B" );
2206             domains_ids.add( "C" );
2207             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             domains_ids.add( "X" );
2214             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2215                 return false;
2216             }
2217             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             domains_ids = new ArrayList<String>();
2221             domains_ids.add( "A" );
2222             domains_ids.add( "C" );
2223             domains_ids.add( "D" );
2224             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2228                 return false;
2229             }
2230             domains_ids = new ArrayList<String>();
2231             domains_ids.add( "A" );
2232             domains_ids.add( "D" );
2233             domains_ids.add( "C" );
2234             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2235                 return false;
2236             }
2237             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2238                 return false;
2239             }
2240             domains_ids = new ArrayList<String>();
2241             domains_ids.add( "A" );
2242             domains_ids.add( "A" );
2243             domains_ids.add( "B" );
2244             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2245                 return false;
2246             }
2247             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             domains_ids = new ArrayList<String>();
2251             domains_ids.add( "A" );
2252             domains_ids.add( "A" );
2253             domains_ids.add( "A" );
2254             domains_ids.add( "B" );
2255             domains_ids.add( "B" );
2256             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             domains_ids = new ArrayList<String>();
2263             domains_ids.add( "A" );
2264             domains_ids.add( "A" );
2265             domains_ids.add( "B" );
2266             domains_ids.add( "A" );
2267             domains_ids.add( "B" );
2268             domains_ids.add( "B" );
2269             domains_ids.add( "A" );
2270             domains_ids.add( "B" );
2271             domains_ids.add( "C" );
2272             domains_ids.add( "A" );
2273             domains_ids.add( "C" );
2274             domains_ids.add( "D" );
2275             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281         }
2282         catch ( final Exception e ) {
2283             e.printStackTrace( System.out );
2284             return false;
2285         }
2286         return true;
2287     }
2288
2289     private static boolean testBasicTable() {
2290         try {
2291             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2292             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2299             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2300             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2301             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2302             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2303             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2304             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2305             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2306             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2307                 return false;
2308             }
2309             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2325                 return false;
2326             }
2327             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2328                 return false;
2329             }
2330             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2334                 return false;
2335             }
2336             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2337             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2338             source.append( "" + l );
2339             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2340             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2341             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2342             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2343             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2344             source.append( "40 41 42 43" + l );
2345             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2346             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2347             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2348             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2355                 return false;
2356             }
2357             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2361                 return false;
2362             }
2363             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2367             source1.append( "" + l );
2368             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2369             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2370             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2371             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2372             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2373             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2374             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2375             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2376             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2377             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2402             source2.append( "" + l );
2403             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2404             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2405             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2406             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2407             source2.append( "                     " + l );
2408             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2409             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2410             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2411             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2412             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2413                                                                         ';',
2414                                                                         false,
2415                                                                         false,
2416                                                                         "comment:",
2417                                                                         false );
2418             if ( tl.size() != 2 ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2422             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2423             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2424                 return false;
2425             }
2426             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2439                 return false;
2440             }
2441         }
2442         catch ( final Exception e ) {
2443             e.printStackTrace( System.out );
2444             return false;
2445         }
2446         return true;
2447     }
2448
2449     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2450         try {
2451             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2452             final TolParser parser = new TolParser();
2453             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2454             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2455                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2456                 return false;
2457             }
2458             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2462             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2463                 return false;
2464             }
2465             if ( !t1.isRooted() ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2481             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2482                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2483                 return false;
2484             }
2485             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2489             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             if ( !t2.isRooted() ) {
2493                 return false;
2494             }
2495             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2496                 return false;
2497             }
2498             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2502                 return false;
2503             }
2504             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2508                 return false;
2509             }
2510             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2511                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2512                 return false;
2513             }
2514             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2515             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2516                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2517                 return false;
2518             }
2519             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2523             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2530                 return false;
2531             }
2532             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2536             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2537                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2538                 return false;
2539             }
2540             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2541                 return false;
2542             }
2543             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2544             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2551                 return false;
2552             }
2553             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2557             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2558                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2559                 return false;
2560             }
2561             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2562                 return false;
2563             }
2564             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2565             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2566                 return false;
2567             }
2568             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2575                 return false;
2576             }
2577         }
2578         catch ( final Exception e ) {
2579             e.printStackTrace( System.out );
2580             return false;
2581         }
2582         return true;
2583     }
2584
2585     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2586         try {
2587             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2588             final Phylogeny t1 = factory.create();
2589             if ( !t1.isEmpty() ) {
2590                 return false;
2591             }
2592             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2593             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2594                 return false;
2595             }
2596             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2600                 return false;
2601             }
2602             if ( t2.isEmpty() ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2606             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2610                 return false;
2611             }
2612             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2616             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2617             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2618                 return false;
2619             }
2620             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2621                 return false;
2622             }
2623             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2624                 return false;
2625             }
2626             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2627             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2628             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2635             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2636             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2640             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2641             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2642                 return false;
2643             }
2644             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2645             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2646             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2647                 return false;
2648             }
2649             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2653             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2654             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2655                 return false;
2656             }
2657             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2658             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2659             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2660                 return false;
2661             }
2662         }
2663         catch ( final Exception e ) {
2664             e.printStackTrace( System.out );
2665             return false;
2666         }
2667         return true;
2668     }
2669
2670     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2671         try {
2672             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2673             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2674             final Phylogeny[] ev0 = factory
2675                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2676                              new NHXParser() );
2677             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2678             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2679                 return false;
2680             }
2681             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2685             final Phylogeny[] ev1 = factory
2686                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2687                              new NHXParser() );
2688             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2689             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2690                 return false;
2691             }
2692             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2693                 return false;
2694             }
2695             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2696             final Phylogeny[] ev_b = factory
2697                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2698                              new NHXParser() );
2699             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2700             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             //
2707             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2708             final Phylogeny[] ev1x = factory
2709                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2710                              new NHXParser() );
2711             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2712             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2716                 return false;
2717             }
2718             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2719             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2720                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2721                              new NHXParser() );
2722             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2723             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             //
2730             final Phylogeny[] t2 = factory
2731                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2732                              new NHXParser() );
2733             final Phylogeny[] ev2 = factory
2734                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2735                              new NHXParser() );
2736             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2737                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2738             }
2739             //
2740             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2741                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2742             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2743             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2744             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2745                 return false;
2746             }
2747             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2748                 return false;
2749             }
2750             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2751                 return false;
2752             }
2753         }
2754         catch ( final Exception e ) {
2755             e.printStackTrace();
2756             return false;
2757         }
2758         return true;
2759     }
2760
2761     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2762         try {
2763             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2764                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2765             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2766             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2767                 return false;
2768             }
2769         }
2770         catch ( final Exception e ) {
2771             e.printStackTrace();
2772             return false;
2773         }
2774         return true;
2775     }
2776
2777     private static boolean testTreeCopy() {
2778         try {
2779             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=animals]";
2780             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
2781             final Phylogeny t1 = t0.copy();
2782             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
2783                 return false;
2784             }
2785             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2786                 return false;
2787             }
2788             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
2789             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
2790             t0.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( "metazoa" );
2791             t0.getNode( "b" ).setName( "Bee" );
2792             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((Bee,d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=metazoa]" ) ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
2799             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "Bee" ), true );
2800             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
2801             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2802                 return false;
2803             }
2804         }
2805         catch ( final Exception e ) {
2806             e.printStackTrace();
2807             return false;
2808         }
2809         return true;
2810     }
2811
2812     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
2813         try {
2814             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
2815             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
2816                 return false;
2817             }
2818             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
2819                 return false;
2820             }
2821             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
2822             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
2826                 return false;
2827             }
2828         }
2829         catch ( final Exception e ) {
2830             e.printStackTrace();
2831             return false;
2832         }
2833         return true;
2834     }
2835
2836     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
2837         try {
2838             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
2839             n.setName( "tr|B3RJ64" );
2840             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
2841                 return false;
2842             }
2843             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
2844             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
2845                 return false;
2846             }
2847             n.setName( "NP_001025424" );
2848             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
2849                 return false;
2850             }
2851             n.setName( "_NM_001030253-" );
2852             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
2853                 return false;
2854             }
2855             n.setName( "XM_002122186" );
2856             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
2857                 return false;
2858             }
2859             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
2860             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2861                 return false;
2862             }
2863             n.setName( "AAA34956" );
2864             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2865                 return false;
2866             }
2867             n.setName( "GI:394892" );
2868             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2869                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2870                 return false;
2871             }
2872             n.setName( "gi_394892" );
2873             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2874                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2875                 return false;
2876             }
2877             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
2878             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2879                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2880                 return false;
2881             }
2882             n.setName( "P12345" );
2883             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2884                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2885                 return false;
2886             }
2887             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
2888             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2889                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2890                 return false;
2891             }
2892         }
2893         catch ( final Exception e ) {
2894             e.printStackTrace( System.out );
2895             return false;
2896         }
2897         return true;
2898     }
2899
2900     private static boolean testDataObjects() {
2901         try {
2902             final Confidence s0 = new Confidence();
2903             final Confidence s1 = new Confidence();
2904             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2905                 return false;
2906             }
2907             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2908             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2909             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2910                 return false;
2911             }
2912             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2916             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2917                 return false;
2918             }
2919             s3.asSimpleText();
2920             s3.asText();
2921             // Taxonomy
2922             // ----------
2923             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2924             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2925             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2926             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2927             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2928             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2929             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2930             t1.setScientificName( "E. coli" );
2931             t1.setCommonName( "coli" );
2932             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2933             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2934                 return false;
2935             }
2936             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2937             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2938             t2.setScientificName( "what" );
2939             t2.setCommonName( "something" );
2940             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2941                 return false;
2942             }
2943             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2944             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2945                 return false;
2946             }
2947             t1.setIdentifier( null );
2948             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2949             t3.setScientificName( "what" );
2950             t3.setCommonName( "something" );
2951             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2952                 return false;
2953             }
2954             t1.setIdentifier( null );
2955             t1.setTaxonomyCode( "" );
2956             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2957             t4.setCommonName( "something" );
2958             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2959                 return false;
2960             }
2961             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2962             t4.setCommonName( "something" );
2963             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2964                 return false;
2965             }
2966             t1.setIdentifier( null );
2967             t1.setTaxonomyCode( "" );
2968             t1.setScientificName( "" );
2969             t5.setCommonName( "COLI" );
2970             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2971                 return false;
2972             }
2973             t5.setCommonName( "vibrio" );
2974             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             // Identifier
2978             // ----------
2979             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2980             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2981             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2982                 return false;
2983             }
2984             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2985                 return false;
2986             }
2987             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2988                 return false;
2989             }
2990             id1.asSimpleText();
2991             id1.asText();
2992             // ProteinDomain
2993             // ---------------
2994             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2995             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2996             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2997                 return false;
2998             }
2999             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3000                 return false;
3001             }
3002             pd1.asSimpleText();
3003             pd1.asText();
3004             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3005             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3006             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3013                 return false;
3014             }
3015             pd3.asSimpleText();
3016             pd3.asText();
3017             // DomainArchitecture
3018             // ------------------
3019             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3020             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3021             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3022             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3023             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3024             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3025             domains0.add( d2 );
3026             domains0.add( d0 );
3027             domains0.add( d3 );
3028             domains0.add( d1 );
3029             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3030             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3031                 return false;
3032             }
3033             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3034             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3044             domains1.add( d1 );
3045             domains1.add( d2 );
3046             domains1.add( d4 );
3047             domains1.add( d0 );
3048             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3049             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             ds1.asSimpleText();
3053             ds1.asText();
3054             ds1.toNHX();
3055             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3056             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3057                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             // Event
3064             // -----
3065             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3066             if ( e1.isDuplication() ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( !e1.isFusion() ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3079             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3083                 return false;
3084             }
3085             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3086             if ( e2.isDuplication() ) {
3087                 return false;
3088             }
3089             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3090                 return false;
3091             }
3092             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3096                 return false;
3097             }
3098             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3099                 return false;
3100             }
3101             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3102                 return false;
3103             }
3104             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3105             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3109             if ( e3.isDuplication() ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( e3.isSpeciation() ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3122             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3123             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             e3 = null;
3127             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3131             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3135                 return false;
3136             }
3137             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3138             e4 = null;
3139             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3140             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3141                 return false;
3142             }
3143             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             final Event e5 = new Event();
3147             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3157             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3158                 return false;
3159             }
3160             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3161                 return false;
3162             }
3163             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3164             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3171             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3175                 return false;
3176             }
3177         }
3178         catch ( final Exception e ) {
3179             e.printStackTrace( System.out );
3180             return false;
3181         }
3182         return true;
3183     }
3184
3185     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3186         try {
3187             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3188             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3189             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3190             if ( t0.isEmpty() ) {
3191                 return false;
3192             }
3193             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3194                 return false;
3195             }
3196             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3197             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3198                 return false;
3199             }
3200             if ( !t0.isEmpty() ) {
3201                 return false;
3202             }
3203             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3204             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3208             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3209                 return false;
3210             }
3211             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3215             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3219             if ( !t1.isEmpty() ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3223             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3224                 return false;
3225             }
3226             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3227             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3228                 return false;
3229             }
3230             t2.toNewHampshireX();
3231             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3232             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3236             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3240             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3244             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3248             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             n = t3.getNode( "A" );
3252             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             n = n.getNextExternalNode();
3256             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3260             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             n = t3.getNode( "C" );
3264             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3265                 return false;
3266             }
3267             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3268             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3269                 return false;
3270             }
3271             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3272             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3273                 return false;
3274             }
3275             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3276             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3277                 return false;
3278             }
3279             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3280             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3284             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3288             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3292             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             n = t4.getNode( "A" );
3296             n = n.getNextExternalNode();
3297             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             n = n.getNextExternalNode();
3301             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3302                 return false;
3303             }
3304             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3305             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3306                 return false;
3307             }
3308             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3309             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3310             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3311                 return false;
3312             }
3313             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3314             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3315                 return false;
3316             }
3317             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3318             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3319             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3323             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3327             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3328             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3329                 return false;
3330             }
3331             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3332             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3336             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3337             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3338                 return false;
3339             }
3340             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3341             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3345             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3346             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3350             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3354             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3355             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3359             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3360                 return false;
3361             }
3362             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3363             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3364             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3365                 return false;
3366             }
3367             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3368             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3369                 return false;
3370             }
3371             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3372             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3373                 return false;
3374             }
3375             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3376             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3377                 return false;
3378             }
3379             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3380             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3381             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3385             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3386                 return false;
3387             }
3388             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3389             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3390                 return false;
3391             }
3392             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3393             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3394                 return false;
3395             }
3396             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3397             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3398                 return false;
3399             }
3400             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3401             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3402                 return false;
3403             }
3404             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3405             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3406                 return false;
3407             }
3408             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3409             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3410                 return false;
3411             }
3412             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3413             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3414                 return false;
3415             }
3416             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3417             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3421             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3425             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3426                 return false;
3427             }
3428             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3429             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3430                 return false;
3431             }
3432             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3433             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3434                 return false;
3435             }
3436             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3437             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3438             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3439                 return false;
3440             }
3441             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3442             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3443                 return false;
3444             }
3445             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3446             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3447             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3451             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3455             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3456             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3457                 return false;
3458             }
3459             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3460             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3464             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3468             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3469                 return false;
3470             }
3471             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3472             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3476             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3477                 return false;
3478             }
3479         }
3480         catch ( final Exception e ) {
3481             e.printStackTrace( System.out );
3482             return false;
3483         }
3484         return true;
3485     }
3486
3487     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3488         try {
3489             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3490             dss1.addValue( 82 );
3491             dss1.addValue( 78 );
3492             dss1.addValue( 70 );
3493             dss1.addValue( 58 );
3494             dss1.addValue( 42 );
3495             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3496                 return false;
3497             }
3498             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3499                 return false;
3500             }
3501             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3502                 return false;
3503             }
3504             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3505                 return false;
3506             }
3507             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3508                 return false;
3509             }
3510             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3511                 return false;
3512             }
3513             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3514                 return false;
3515             }
3516             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3517                 return false;
3518             }
3519             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3520                 return false;
3521             }
3522             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3529                 return false;
3530             }
3531             dss1.addValue( 123 );
3532             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3533                 return false;
3534             }
3535             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3536                 return false;
3537             }
3538             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3539                 return false;
3540             }
3541             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3542             dss2.addValue( -1.85 );
3543             dss2.addValue( 57.5 );
3544             dss2.addValue( 92.78 );
3545             dss2.addValue( 57.78 );
3546             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3553             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3554                 return false;
3555             }
3556             dss2.addValue( -100 );
3557             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             final double[] ds = new double[ 14 ];
3564             ds[ 0 ] = 34;
3565             ds[ 1 ] = 23;
3566             ds[ 2 ] = 1;
3567             ds[ 3 ] = 32;
3568             ds[ 4 ] = 11;
3569             ds[ 5 ] = 2;
3570             ds[ 6 ] = 12;
3571             ds[ 7 ] = 33;
3572             ds[ 8 ] = 13;
3573             ds[ 9 ] = 22;
3574             ds[ 10 ] = 21;
3575             ds[ 11 ] = 35;
3576             ds[ 12 ] = 24;
3577             ds[ 13 ] = 31;
3578             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3579             if ( bins.length != 4 ) {
3580                 return false;
3581             }
3582             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3595             ds1[ 0 ] = 10.0;
3596             ds1[ 1 ] = 19.0;
3597             ds1[ 2 ] = 9.999;
3598             ds1[ 3 ] = 0.0;
3599             ds1[ 4 ] = 39.9;
3600             ds1[ 5 ] = 39.999;
3601             ds1[ 6 ] = 30.0;
3602             ds1[ 7 ] = 19.999;
3603             ds1[ 8 ] = 30.1;
3604             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3605             if ( bins1.length != 4 ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3609                 return false;
3610             }
3611             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3612                 return false;
3613             }
3614             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3615                 return false;
3616             }
3617             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3621             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3634             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3647             dss3.addValue( 1 );
3648             dss3.addValue( 1 );
3649             dss3.addValue( 1 );
3650             dss3.addValue( 2 );
3651             dss3.addValue( 3 );
3652             dss3.addValue( 4 );
3653             dss3.addValue( 5 );
3654             dss3.addValue( 5 );
3655             dss3.addValue( 5 );
3656             dss3.addValue( 6 );
3657             dss3.addValue( 7 );
3658             dss3.addValue( 8 );
3659             dss3.addValue( 9 );
3660             dss3.addValue( 10 );
3661             dss3.addValue( 10 );
3662             dss3.addValue( 10 );
3663             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3664             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3665             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3666         }
3667         catch ( final Exception e ) {
3668             e.printStackTrace( System.out );
3669             return false;
3670         }
3671         return true;
3672     }
3673
3674     private static boolean testDir( final String file ) {
3675         try {
3676             final File f = new File( file );
3677             if ( !f.exists() ) {
3678                 return false;
3679             }
3680             if ( !f.isDirectory() ) {
3681                 return false;
3682             }
3683             if ( !f.canRead() ) {
3684                 return false;
3685             }
3686         }
3687         catch ( final Exception e ) {
3688             return false;
3689         }
3690         return true;
3691     }
3692
3693     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
3694         //The format for GenBank Accession numbers are:
3695         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
3696         //Protein:    3 letters + 5 numerals
3697         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
3698         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
3699             return false;
3700         }
3701         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
3702             return false;
3703         }
3704         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
3705             return false;
3706         }
3707         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
3708             return false;
3709         }
3710         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
3711             return false;
3712         }
3713         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
3714             return false;
3715         }
3716         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
3717             return false;
3718         }
3719         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
3720             return false;
3721         }
3722         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
3723             return false;
3724         }
3725         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
3726             return false;
3727         }
3728         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
3729             return false;
3730         }
3731         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3732             return false;
3733         }
3734         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3735             return false;
3736         }
3737         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
3738             return false;
3739         }
3740         return true;
3741     }
3742
3743     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
3744         try {
3745             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3746             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3747             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
3748             n = n.getNextExternalNode();
3749             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3750                 return false;
3751             }
3752             n = n.getNextExternalNode();
3753             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             n = n.getNextExternalNode();
3757             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             n = t1.getNode( "B" );
3761             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3762                 n = n.getNextExternalNode();
3763             }
3764             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
3765             n = t2.getNode( "A" );
3766             n = n.getNextExternalNode();
3767             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3768                 return false;
3769             }
3770             n = n.getNextExternalNode();
3771             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3772                 return false;
3773             }
3774             n = n.getNextExternalNode();
3775             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3776                 return false;
3777             }
3778             n = t2.getNode( "B" );
3779             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3780                 n = n.getNextExternalNode();
3781             }
3782             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3783             n = t3.getNode( "A" );
3784             n = n.getNextExternalNode();
3785             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3786                 return false;
3787             }
3788             n = n.getNextExternalNode();
3789             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3790                 return false;
3791             }
3792             n = n.getNextExternalNode();
3793             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             n = n.getNextExternalNode();
3797             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
3798                 return false;
3799             }
3800             n = n.getNextExternalNode();
3801             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
3802                 return false;
3803             }
3804             n = n.getNextExternalNode();
3805             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             n = n.getNextExternalNode();
3809             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
3810                 return false;
3811             }
3812             n = t3.getNode( "B" );
3813             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3814                 n = n.getNextExternalNode();
3815             }
3816             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3817             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3818                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3819             }
3820             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3821             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3822                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3823             }
3824             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3825             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
3826             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
3827                 return false;
3828             }
3829             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
3830                 return false;
3831             }
3832             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
3833                 return false;
3834             }
3835             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
3836                 return false;
3837             }
3838             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
3839                 return false;
3840             }
3841             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
3842                 return false;
3843             }
3844             if ( iter.hasNext() ) {
3845                 return false;
3846             }
3847         }
3848         catch ( final Exception e ) {
3849             e.printStackTrace( System.out );
3850             return false;
3851         }
3852         return true;
3853     }
3854
3855     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
3856         try {
3857             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3858                 return false;
3859             }
3860             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
3861                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3862                 return false;
3863             }
3864             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
3865                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3866                 return false;
3867             }
3868             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3869                 return false;
3870             }
3871             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
3872                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
3873                 return false;
3874             }
3875         }
3876         catch ( final Exception e ) {
3877             e.printStackTrace( System.out );
3878             return false;
3879         }
3880         return true;
3881     }
3882
3883     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
3884         try {
3885             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3886                 return false;
3887             }
3888             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3889                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3890                 return false;
3891             }
3892             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3893                     .equals( "ARATH" ) ) {
3894                 return false;
3895             }
3896             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3897                     .equals( "ARATH" ) ) {
3898                 return false;
3899             }
3900             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3901                 return false;
3902             }
3903             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3904                 return false;
3905             }
3906             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3907                 return false;
3908             }
3909             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3910                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3914                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3918                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3919                 return false;
3920             }
3921             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3922                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3926                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3930                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3934                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3938                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3945                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
3949                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3953                     .equals( "9YX45" ) ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
3957                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3958                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
3962                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3963                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
3967                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3968                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
3972                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
3976                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3980                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3981                 return false;
3982             }
3983             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3984                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
3988                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
3992                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
3996                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4000                     .equals( "RAT" ) ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4004                     .equals( "PIG" ) ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             if ( !ParserUtils
4008                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4009                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4013                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4014                 return false;
4015             }
4016             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4017                 return false;
4018             }
4019         }
4020         catch ( final Exception e ) {
4021             e.printStackTrace( System.out );
4022             return false;
4023         }
4024         return true;
4025     }
4026
4027     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4028         try {
4029             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4030             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4031             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4035             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4039             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4043             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4044                 return false;
4045             }
4046             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4047             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4051             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4055             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4056                 return false;
4057             }
4058             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4059             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4060                 return false;
4061             }
4062             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4063             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4067             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4068                 return false;
4069             }
4070             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4071             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4072                 return false;
4073             }
4074             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4075             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             n.setName( "B3RJ64" );
4079             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4083             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4084                 return false;
4085             }
4086             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4087             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             n.setName( "sp B3RJ64" );
4091             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4095             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4099             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4103             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4107             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4108                 return false;
4109             }
4110             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4111             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4112                 return false;
4113             }
4114             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4115             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4119             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4123             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4124                 return false;
4125             }
4126             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4127             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4131             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4135             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4139             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4143             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4144                 return false;
4145             }
4146             n = new PhylogenyNode();
4147             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4148             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4149             n.getNodeData().addSequence( seq );
4150             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4154             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4155                 return false;
4156             }
4157             n = new PhylogenyNode();
4158             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4159             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4160             n.getNodeData().addSequence( seq );
4161             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4165             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             n = new PhylogenyNode();
4169             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4170             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4171             n.getNodeData().addSequence( seq );
4172             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             n = new PhylogenyNode();
4176             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4177             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4178             n.getNodeData().addSequence( seq );
4179             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4180                 return false;
4181             }
4182             //
4183             n = new PhylogenyNode();
4184             n.setName( "ACP19736" );
4185             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             n = new PhylogenyNode();
4189             n.setName( "|ACP19736|" );
4190             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4191                 return false;
4192             }
4193         }
4194         catch ( final Exception e ) {
4195             e.printStackTrace( System.out );
4196             return false;
4197         }
4198         return true;
4199     }
4200
4201     private static boolean testFastaParser() {
4202         try {
4203             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4210             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4211                 return false;
4212             }
4213             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4214                 return false;
4215             }
4216             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4217                 return false;
4218             }
4219             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4220                 return false;
4221             }
4222             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4223                 return false;
4224             }
4225             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228         }
4229         catch ( final Exception e ) {
4230             e.printStackTrace();
4231             return false;
4232         }
4233         return true;
4234     }
4235
4236     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4237         try {
4238             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4239             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4240             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4241             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4242             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4243             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4244             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4245             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4246             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4247                 return false;
4248             }
4249             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4253                 return false;
4254             }
4255             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4256                 return false;
4257             }
4258             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4259                 return false;
4260             }
4261             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4265                 return false;
4266             }
4267             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4268                 return false;
4269             }
4270             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4274                 return false;
4275             }
4276             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4277                 return false;
4278             }
4279             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4280                 return false;
4281             }
4282             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4283             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4284                 return false;
4285             }
4286             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4293             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4303             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4304                 return false;
4305             }
4306             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4310                 return false;
4311             }
4312         }
4313         catch ( final Exception e ) {
4314             e.printStackTrace();
4315             return false;
4316         }
4317         return true;
4318     }
4319
4320     private static boolean testGeneralTable() {
4321         try {
4322             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4323             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4324             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4325             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4326             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4327             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4328             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4329             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4330             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4331             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4332                 return false;
4333             }
4334             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4335                 return false;
4336             }
4337             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4338                 return false;
4339             }
4340             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4341                 return false;
4342             }
4343             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4344                 return false;
4345             }
4346             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4347                 return false;
4348             }
4349             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4359             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4360             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4361             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4362             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4363             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4364             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4365             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4366             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4367             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4368             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4369                 return false;
4370             }
4371             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4372                 return false;
4373             }
4374             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4375                 return false;
4376             }
4377             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4378                 return false;
4379             }
4380             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4381                 return false;
4382             }
4383             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4384                 return false;
4385             }
4386             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4387                 return false;
4388             }
4389             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4390                 return false;
4391             }
4392             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4396                 return false;
4397             }
4398         }
4399         catch ( final Exception e ) {
4400             e.printStackTrace( System.out );
4401             return false;
4402         }
4403         return true;
4404     }
4405
4406     private static boolean testGetDistance() {
4407         try {
4408             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4409             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4410                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4411             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4415                 return false;
4416             }
4417             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4418                 return false;
4419             }
4420             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4421                 return false;
4422             }
4423             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4424                 return false;
4425             }
4426             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4427                 return false;
4428             }
4429             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4430                 return false;
4431             }
4432             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4433                 return false;
4434             }
4435             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4436                 return false;
4437             }
4438             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4439                 return false;
4440             }
4441             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4448                 return false;
4449             }
4450             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4451                 return false;
4452             }
4453             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4454                 return false;
4455             }
4456             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4463                 return false;
4464             }
4465             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4469                 return false;
4470             }
4471             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4472                 return false;
4473             }
4474             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4475                 return false;
4476             }
4477             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4478                 return false;
4479             }
4480             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4481                 return false;
4482             }
4483             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4493                 return false;
4494             }
4495             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4496                 return false;
4497             }
4498             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4499                 return false;
4500             }
4501             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4502                 return false;
4503             }
4504             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4505                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4506             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4513                 return false;
4514             }
4515             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4516                 return false;
4517             }
4518             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4525                 return false;
4526             }
4527             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4537                 return false;
4538             }
4539         }
4540         catch ( final Exception e ) {
4541             e.printStackTrace( System.out );
4542             return false;
4543         }
4544         return true;
4545     }
4546
4547     private static boolean testGetLCA() {
4548         try {
4549             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4550             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4551                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4552             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4553             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4554                 return false;
4555             }
4556             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4557             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
4561             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4562                 return false;
4563             }
4564             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
4565             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4566                 return false;
4567             }
4568             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
4569             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
4573             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
4577             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
4581             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
4585             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
4589             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
4593             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
4597             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4598                 return false;
4599             }
4600             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
4601             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4602                 return false;
4603             }
4604             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
4605             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
4609             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4610                 return false;
4611             }
4612             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
4613             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4614                 return false;
4615             }
4616             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4617             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
4621             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
4625             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
4629             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
4633             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4634                 return false;
4635             }
4636             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
4637             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
4641             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4642                 return false;
4643             }
4644             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4645             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
4646             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4647                 return false;
4648             }
4649             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
4650             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
4654             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4655                 return false;
4656             }
4657             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
4658             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
4662             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4663                 return false;
4664             }
4665             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
4666             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
4670             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4671                 return false;
4672             }
4673             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
4674             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             final Phylogeny p3 = factory
4678                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4679                              new NHXParser() )[ 0 ];
4680             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
4681             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
4685             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
4689             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
4693             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4694                 return false;
4695             }
4696             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
4697             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4698                 return false;
4699             }
4700             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4701                 return false;
4702             }
4703             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
4704             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             if ( !al_3.isRoot() ) {
4708                 return false;
4709             }
4710             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
4711             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
4718             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
4719                 return false;
4720             }
4721             if ( !fl_3.isRoot() ) {
4722                 return false;
4723             }
4724             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
4725             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4729             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
4730             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
4734             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
4735             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
4736                 return false;
4737             }
4738             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
4739             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
4740             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
4744             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
4745             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
4746                 return false;
4747             }
4748         }
4749         catch ( final Exception e ) {
4750             e.printStackTrace( System.out );
4751             return false;
4752         }
4753         return true;
4754     }
4755
4756     private static boolean testGetLCA2() {
4757         try {
4758             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4759             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
4760             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
4761             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
4762                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
4763             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4767             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
4768             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
4769                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
4770             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
4771                 return false;
4772             }
4773             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
4774                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
4775             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
4776                 return false;
4777             }
4778             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4779             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
4780             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
4781                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4782             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4786                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
4787             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
4788                 System.out.println( p_c_2.getName() );
4789                 System.exit( -1 );
4790                 return false;
4791             }
4792             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4793                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
4794             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
4798                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4799             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4803                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4804             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
4805             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4806                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
4807             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4808                 return false;
4809             }
4810             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
4811                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
4812             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4816                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
4817             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4818                 return false;
4819             }
4820             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4821                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4822             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4826                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
4827             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4828                 return false;
4829             }
4830             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
4831                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
4832             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4833                 return false;
4834             }
4835             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
4836                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4837             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4838                 return false;
4839             }
4840             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4841                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
4842             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4846                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
4847             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4848                 return false;
4849             }
4850             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
4851                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
4852             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4853                 return false;
4854             }
4855             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4856                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
4857             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4861                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
4862             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4866                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
4867             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4868                 return false;
4869             }
4870             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4871                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
4872             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4876                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
4877             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4878                 return false;
4879             }
4880             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4881                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
4882             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
4886                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4887             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4888                 return false;
4889             }
4890             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4891                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
4892             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4896                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
4897             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4898                 return false;
4899             }
4900             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4901                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
4902             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
4906                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
4907             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4908                 return false;
4909             }
4910             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4911                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
4912             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4916                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
4917             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4918                 return false;
4919             }
4920             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4921             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
4922             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4923                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
4924             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4925                 return false;
4926             }
4927             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4928                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
4929             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4933                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
4934             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4935                 return false;
4936             }
4937             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
4938                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
4939             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4943                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
4944             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4948                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
4949             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4950                 return false;
4951             }
4952             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
4953                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
4954             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4955                 return false;
4956             }
4957             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4958                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
4959             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4960                 return false;
4961             }
4962             final Phylogeny p3 = factory
4963                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4964                              new NHXParser() )[ 0 ];
4965             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
4966             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
4967                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4968             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4969                 return false;
4970             }
4971             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4972                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4973             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4974                 return false;
4975             }
4976             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4977                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
4978             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4979                 return false;
4980             }
4981             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4982                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
4983             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4984                 return false;
4985             }
4986             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4987                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
4988             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4989                 return false;
4990             }
4991             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4995                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
4996             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4997                 return false;
4998             }
4999             if ( !al_3.isRoot() ) {
5000                 return false;
5001             }
5002             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5003                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5004             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5005                 return false;
5006             }
5007             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5008                 return false;
5009             }
5010             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5011                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5012             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5013                 return false;
5014             }
5015             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5016                 return false;
5017             }
5018             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5019                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5020             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5021                 return false;
5022             }
5023             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5024             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5025             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5026                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5027             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5028                 return false;
5029             }
5030             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5031             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5032             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5033                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5034             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5035                 return false;
5036             }
5037             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5038             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5039             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5040                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5041             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5045             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5046             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5047                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5048             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5049                 return false;
5050             }
5051             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5052                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5053             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5054                 return false;
5055             }
5056             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5057                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5058             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5062                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5063             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5064                 return false;
5065             }
5066             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5067                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5068             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5069                 return false;
5070             }
5071             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5072                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5073             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5074                 return false;
5075             }
5076         }
5077         catch ( final Exception e ) {
5078             e.printStackTrace( System.out );
5079             return false;
5080         }
5081         return true;
5082     }
5083
5084     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5085         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5086         try {
5087             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5088                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5089             parser1.parse();
5090             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5091                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5092             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5093             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5094                 return false;
5095             }
5096             if ( proteins.size() != 4 ) {
5097                 return false;
5098             }
5099             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5109             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5110                 return false;
5111             }
5112             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5113                 return false;
5114             }
5115             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5116             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5123             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5124                 return false;
5125             }
5126             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5127             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5155                 return false;
5156             }
5157         }
5158         catch ( final Exception e ) {
5159             e.printStackTrace( System.out );
5160             return false;
5161         }
5162         return true;
5163     }
5164
5165     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5166         try {
5167             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5168             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5169             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5170             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5171             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5172                 return false;
5173             }
5174             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5175             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5176                 return false;
5177             }
5178             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5179             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5180                 return false;
5181             }
5182             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5183             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5184                 return false;
5185             }
5186         }
5187         catch ( final Exception e ) {
5188             e.printStackTrace( System.out );
5189             return false;
5190         }
5191         return true;
5192     }
5193
5194     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5195         try {
5196             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5197             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5198             PhylogenyNodeIterator it0;
5199             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5200                 it0.next();
5201             }
5202             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5203                 it0.next();
5204             }
5205             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5206             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5207                 return false;
5208             }
5209             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5210                 return false;
5211             }
5212             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5213                 return false;
5214             }
5215             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5219                 return false;
5220             }
5221             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5222                 return false;
5223             }
5224             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5225                 return false;
5226             }
5227             if ( it.hasNext() ) {
5228                 return false;
5229             }
5230             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5231                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5232             PhylogenyNodeIterator it2;
5233             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5234                 it2.next();
5235             }
5236             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5237                 it2.next();
5238             }
5239             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5240             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5241                 return false;
5242             }
5243             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5244                 return false;
5245             }
5246             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5247                 return false;
5248             }
5249             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5250                 return false;
5251             }
5252             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5259                 return false;
5260             }
5261             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5262                 return false;
5263             }
5264             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5271                 return false;
5272             }
5273             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5283                 return false;
5284             }
5285             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5286                 return false;
5287             }
5288             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5292                 return false;
5293             }
5294             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5295                 return false;
5296             }
5297             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5298                 return false;
5299             }
5300             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5301                 return false;
5302             }
5303             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5307                 return false;
5308             }
5309             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5310                 return false;
5311             }
5312             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5313                 return false;
5314             }
5315             if ( it3.hasNext() ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5319             PhylogenyNodeIterator it4;
5320             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5321                 it4.next();
5322             }
5323             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5324                 it4.next();
5325             }
5326             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5327             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5328                 return false;
5329             }
5330             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5337                 return false;
5338             }
5339             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5340                 return false;
5341             }
5342             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5343             PhylogenyNodeIterator it6;
5344             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5345                 it6.next();
5346             }
5347             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5348                 it6.next();
5349             }
5350             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5351             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5352                 return false;
5353             }
5354             if ( it.hasNext() ) {
5355                 return false;
5356             }
5357         }
5358         catch ( final Exception e ) {
5359             e.printStackTrace( System.out );
5360             return false;
5361         }
5362         return true;
5363     }
5364
5365     private static boolean testMafft( final String path ) {
5366         try {
5367             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5368             opts.add( "--maxiterate" );
5369             opts.add( "1000" );
5370             opts.add( "--localpair" );
5371             opts.add( "--quiet" );
5372             Msa msa = null;
5373             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5374             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5375             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381         }
5382         catch ( final Exception e ) {
5383             e.printStackTrace( System.out );
5384             return false;
5385         }
5386         return true;
5387     }
5388
5389     private static boolean testMidpointrooting() {
5390         try {
5391             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5392             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5393             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5394             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5401                            1 ) ) {
5402                 return false;
5403             }
5404             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5405                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5406             if ( !t1.isRooted() ) {
5407                 return false;
5408             }
5409             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5410             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5429             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5430             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5434                 return false;
5435             }
5436             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5437                 return false;
5438             }
5439             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5443                 System.exit( -1 );
5444                 return false;
5445             }
5446             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5447                 return false;
5448             }
5449         }
5450         catch ( final Exception e ) {
5451             e.printStackTrace( System.out );
5452             return false;
5453         }
5454         return true;
5455     }
5456
5457     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5458         try {
5459             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
5460             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
5461             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
5462             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
5463             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5464             l.add( s0 );
5465             l.add( s1 );
5466             l.add( s2 );
5467             l.add( s3 );
5468             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5469             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5476                 return false;
5477             }
5478             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5479                 return false;
5480             }
5481         }
5482         catch ( final Exception e ) {
5483             e.printStackTrace( System.out );
5484             return false;
5485         }
5486         return true;
5487     }
5488
5489     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5490         try {
5491             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5492             PhylogenyNode n;
5493             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5494             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5495             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5496             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5497             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5498             n = t0.getFirstExternalNode();
5499             while ( n != null ) {
5500                 ext.add( n );
5501                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5502             }
5503             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             ext.clear();
5522             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5523             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5524             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5525             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5526             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5527             n = t1.getNode( "ab" );
5528             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5529             while ( n != null ) {
5530                 ext.add( n );
5531                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5532             }
5533             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5534                 return false;
5535             }
5536             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5537                 return false;
5538             }
5539             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5540                 return false;
5541             }
5542             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5546                 return false;
5547             }
5548             //
5549             //
5550             ext.clear();
5551             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5552             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
5553             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5554             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5555             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5556             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5557             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5558             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5559             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5560             n = t2.getNode( "ab" );
5561             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5562             while ( n != null ) {
5563                 ext.add( n );
5564                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5565             }
5566             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5567                 return false;
5568             }
5569             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5570                 return false;
5571             }
5572             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5573                 return false;
5574             }
5575             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             //
5579             //
5580             ext.clear();
5581             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5582             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
5583             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5584             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5585             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5586             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5587             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5588             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5589             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5590             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5591             n = t3.getNode( "ab" );
5592             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5593             while ( n != null ) {
5594                 ext.add( n );
5595                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5596             }
5597             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5598                 return false;
5599             }
5600             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5601                 return false;
5602             }
5603             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5604                 return false;
5605             }
5606             //
5607             //
5608             ext.clear();
5609             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5610             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
5611             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5612             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5613             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5614             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5615             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5616             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5617             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5618             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5619             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
5620             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
5621             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
5622                 return false;
5623             }
5624             //
5625             //
5626             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5627             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
5628             ext.clear();
5629             n = t5.getFirstExternalNode();
5630             while ( n != null ) {
5631                 ext.add( n );
5632                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5633             }
5634             if ( ext.size() != 8 ) {
5635                 return false;
5636             }
5637             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5647                 return false;
5648             }
5649             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5650                 return false;
5651             }
5652             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5653                 return false;
5654             }
5655             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
5656                 return false;
5657             }
5658             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
5659                 return false;
5660             }
5661             //
5662             //
5663             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5664             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
5665             ext.clear();
5666             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5667             n = t6.getNode( "ab" );
5668             while ( n != null ) {
5669                 ext.add( n );
5670                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5671             }
5672             if ( ext.size() != 7 ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5691                 return false;
5692             }
5693             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5694                 return false;
5695             }
5696             //
5697             //
5698             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5699             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
5700             ext.clear();
5701             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5702             n = t7.getNode( "a" );
5703             while ( n != null ) {
5704                 ext.add( n );
5705                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5706             }
5707             if ( ext.size() != 7 ) {
5708                 return false;
5709             }
5710             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5711                 return false;
5712             }
5713             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5714                 return false;
5715             }
5716             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5717                 return false;
5718             }
5719             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5720                 return false;
5721             }
5722             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5723                 return false;
5724             }
5725             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5726                 return false;
5727             }
5728             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5729                 return false;
5730             }
5731             //
5732             //
5733             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5734             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
5735             ext.clear();
5736             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5737             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5738             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5739             n = t8.getNode( "a" );
5740             while ( n != null ) {
5741                 ext.add( n );
5742                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5743             }
5744             if ( ext.size() != 7 ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5748                 return false;
5749             }
5750             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5751                 return false;
5752             }
5753             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5754                 System.out.println( "2 fail" );
5755                 return false;
5756             }
5757             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5758                 return false;
5759             }
5760             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5761                 return false;
5762             }
5763             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5767                 return false;
5768             }
5769             //
5770             //
5771             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5772             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
5773             ext.clear();
5774             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5775             n = t9.getNode( "a" );
5776             while ( n != null ) {
5777                 ext.add( n );
5778                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5779             }
5780             if ( ext.size() != 7 ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5784                 return false;
5785             }
5786             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5787                 return false;
5788             }
5789             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5799                 return false;
5800             }
5801             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5802                 return false;
5803             }
5804             //
5805             //
5806             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5807             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
5808             ext.clear();
5809             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5810             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5811             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5812             n = t10.getNode( "a" );
5813             while ( n != null ) {
5814                 ext.add( n );
5815                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5816             }
5817             if ( ext.size() != 7 ) {
5818                 return false;
5819             }
5820             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5821                 return false;
5822             }
5823             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5824                 return false;
5825             }
5826             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5827                 return false;
5828             }
5829             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5830                 return false;
5831             }
5832             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5836                 return false;
5837             }
5838             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5839                 return false;
5840             }
5841             //
5842             //
5843             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5844             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
5845             ext.clear();
5846             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5847             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5848             n = t11.getNode( "a" );
5849             while ( n != null ) {
5850                 ext.add( n );
5851                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5852             }
5853             if ( ext.size() != 6 ) {
5854                 return false;
5855             }
5856             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5857                 return false;
5858             }
5859             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5860                 return false;
5861             }
5862             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5863                 return false;
5864             }
5865             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5866                 return false;
5867             }
5868             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5869                 return false;
5870             }
5871             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5872                 return false;
5873             }
5874             //
5875             //
5876             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5877             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
5878             ext.clear();
5879             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5880             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5881             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5882             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5883             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
5884             n = t12.getNode( "a" );
5885             while ( n != null ) {
5886                 ext.add( n );
5887                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5888             }
5889             if ( ext.size() != 6 ) {
5890                 return false;
5891             }
5892             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5893                 return false;
5894             }
5895             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5896                 return false;
5897             }
5898             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5899                 return false;
5900             }
5901             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5902                 return false;
5903             }
5904             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5905                 return false;
5906             }
5907             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5908                 return false;
5909             }
5910             //
5911             //
5912             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5913             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
5914             ext.clear();
5915             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5916             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
5917             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5918             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5919             n = t13.getNode( "ab" );
5920             while ( n != null ) {
5921                 ext.add( n );
5922                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5923             }
5924             if ( ext.size() != 5 ) {
5925                 return false;
5926             }
5927             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5928                 return false;
5929             }
5930             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5931                 return false;
5932             }
5933             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5934                 return false;
5935             }
5936             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5940                 return false;
5941             }
5942             //
5943             //
5944             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5945             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
5946             ext.clear();
5947             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5948             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5949             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5950             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5951             n = t14.getNode( "ab" );
5952             while ( n != null ) {
5953                 ext.add( n );
5954                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5955             }
5956             if ( ext.size() != 5 ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5960                 return false;
5961             }
5962             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5969                 return false;
5970             }
5971             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5972                 return false;
5973             }
5974             //
5975             //
5976             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5977             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
5978             ext.clear();
5979             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5980             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5981             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5982             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5983             n = t15.getNode( "ab" );
5984             while ( n != null ) {
5985                 ext.add( n );
5986                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5987             }
5988             if ( ext.size() != 6 ) {
5989                 return false;
5990             }
5991             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5992                 return false;
5993             }
5994             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5995                 return false;
5996             }
5997             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5998                 return false;
5999             }
6000             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6001                 return false;
6002             }
6003             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6004                 return false;
6005             }
6006             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6007                 return false;
6008             }
6009             //
6010             //
6011             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6012             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6013             ext.clear();
6014             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6015             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6016             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6017             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6018             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6019             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6020             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6021             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6022             n = t16.getNode( "ab" );
6023             while ( n != null ) {
6024                 ext.add( n );
6025                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6026             }
6027             if ( ext.size() != 4 ) {
6028                 return false;
6029             }
6030             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6031                 return false;
6032             }
6033             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6034                 return false;
6035             }
6036             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6037                 return false;
6038             }
6039             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6040                 return false;
6041             }
6042         }
6043         catch ( final Exception e ) {
6044             e.printStackTrace( System.out );
6045             return false;
6046         }
6047         return true;
6048     }
6049
6050     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6051         try {
6052             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6053             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6054             parser.parse();
6055             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6056             if ( labels.length != 7 ) {
6057                 return false;
6058             }
6059             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6060                 return false;
6061             }
6062             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6063                 return false;
6064             }
6065             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6066                 return false;
6067             }
6068             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6081             parser.parse();
6082             labels = parser.getCharStateLabels();
6083             if ( labels.length != 7 ) {
6084                 return false;
6085             }
6086             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6087                 return false;
6088             }
6089             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6090                 return false;
6091             }
6092             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6093                 return false;
6094             }
6095             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6096                 return false;
6097             }
6098             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6099                 return false;
6100             }
6101             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6102                 return false;
6103             }
6104             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6105                 return false;
6106             }
6107         }
6108         catch ( final Exception e ) {
6109             e.printStackTrace( System.out );
6110             return false;
6111         }
6112         return true;
6113     }
6114
6115     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6116         try {
6117             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6118             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6119             parser.parse();
6120             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6121             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6122                 return false;
6123             }
6124             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6125                 return false;
6126             }
6127             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6128                 return false;
6129             }
6130             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6131                 return false;
6132             }
6133             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6134                 return false;
6135             }
6136             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6137                 return false;
6138             }
6139             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6140                 return false;
6141             }
6142             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6143                 return false;
6144             }
6145             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6146                 return false;
6147             }
6148             //            if ( labels.length != 7 ) {
6149             //                return false;
6150             //            }
6151             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6152             //                return false;
6153             //            }
6154             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6155             //                return false;
6156             //            }
6157             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6158             //                return false;
6159             //            }
6160             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6161             //                return false;
6162             //            }
6163             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6164             //                return false;
6165             //            }
6166             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6167             //                return false;
6168             //            }
6169             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6170             //                return false;
6171             //            }
6172             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6173             //            parser.parse();
6174             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6175             //            if ( labels.length != 7 ) {
6176             //                return false;
6177             //            }
6178             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6179             //                return false;
6180             //            }
6181             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6182             //                return false;
6183             //            }
6184             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6185             //                return false;
6186             //            }
6187             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6188             //                return false;
6189             //            }
6190             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6191             //                return false;
6192             //            }
6193             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6194             //                return false;
6195             //            }
6196             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6197             //                return false;
6198             //            }
6199         }
6200         catch ( final Exception e ) {
6201             e.printStackTrace( System.out );
6202             return false;
6203         }
6204         return true;
6205     }
6206
6207     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6208         try {
6209             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6210             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6211             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6212             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6213                 return false;
6214             }
6215             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6216                 return false;
6217             }
6218             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6219                 return false;
6220             }
6221             phylogenies = null;
6222             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6223             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6224                 return false;
6225             }
6226             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6227                 return false;
6228             }
6229             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             phylogenies = null;
6233             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6234             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6244                 return false;
6245             }
6246             phylogenies = null;
6247             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6248             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6249                 return false;
6250             }
6251             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6252                 return false;
6253             }
6254             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6255                 return false;
6256             }
6257             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6270                 return false;
6271             }
6272             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6273                 return false;
6274             }
6275             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6276                 return false;
6277             }
6278             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6288                 return false;
6289             }
6290             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6291                 return false;
6292             }
6293             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6294                 return false;
6295             }
6296             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6297                 return false;
6298             }
6299             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6309                 return false;
6310             }
6311             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6312                 return false;
6313             }
6314             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6315                 return false;
6316             }
6317             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6318                 return false;
6319             }
6320             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6330                 return false;
6331             }
6332             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6333                 return false;
6334             }
6335             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6336                 return false;
6337             }
6338             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6339                 return false;
6340             }
6341             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6342                 return false;
6343             }
6344             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6345                 return false;
6346             }
6347             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6357                 return false;
6358             }
6359             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6360                 return false;
6361             }
6362             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6363                 return false;
6364             }
6365             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6366                 return false;
6367             }
6368             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6369                 return false;
6370             }
6371         }
6372         catch ( final Exception e ) {
6373             e.printStackTrace( System.out );
6374             return false;
6375         }
6376         return true;
6377     }
6378
6379     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6380         try {
6381             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6382             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6383             if ( !p.hasNext() ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             Phylogeny phy = p.next();
6387             if ( phy == null ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( p.hasNext() ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             phy = p.next();
6400             if ( phy != null ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             //
6404             p.reset();
6405             if ( !p.hasNext() ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             phy = p.next();
6409             if ( phy == null ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             if ( p.hasNext() ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             phy = p.next();
6422             if ( phy != null ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             ////
6426             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6427             if ( !p.hasNext() ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             phy = p.next();
6431             if ( phy == null ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( p.hasNext() ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             phy = p.next();
6444             if ( phy != null ) {
6445                 return false;
6446             }
6447             //
6448             p.reset();
6449             if ( !p.hasNext() ) {
6450                 return false;
6451             }
6452             phy = p.next();
6453             if ( phy == null ) {
6454                 return false;
6455             }
6456             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6457                 return false;
6458             }
6459             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6460                 return false;
6461             }
6462             if ( p.hasNext() ) {
6463                 return false;
6464             }
6465             phy = p.next();
6466             if ( phy != null ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             ////
6470             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6471             if ( !p.hasNext() ) {
6472                 return false;
6473             }
6474             phy = p.next();
6475             if ( phy == null ) {
6476                 return false;
6477             }
6478             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6482                 return false;
6483             }
6484             if ( phy.isRooted() ) {
6485                 return false;
6486             }
6487             if ( p.hasNext() ) {
6488                 return false;
6489             }
6490             phy = p.next();
6491             if ( phy != null ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             //
6495             p.reset();
6496             if ( !p.hasNext() ) {
6497                 return false;
6498             }
6499             phy = p.next();
6500             if ( phy == null ) {
6501                 return false;
6502             }
6503             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6507                 return false;
6508             }
6509             if ( p.hasNext() ) {
6510                 return false;
6511             }
6512             phy = p.next();
6513             if ( phy != null ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             ////
6517             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6518             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
6519             //                return false;
6520             //            }
6521             //0
6522             if ( !p.hasNext() ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             phy = p.next();
6526             if ( phy == null ) {
6527                 return false;
6528             }
6529             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6530                 return false;
6531             }
6532             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6533                 return false;
6534             }
6535             //1
6536             if ( !p.hasNext() ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             phy = p.next();
6540             if ( phy == null ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             //2
6550             if ( !p.hasNext() ) {
6551                 return false;
6552             }
6553             phy = p.next();
6554             if ( phy == null ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             if ( phy.isRooted() ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             //3
6567             if ( !p.hasNext() ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             phy = p.next();
6571             if ( phy == null ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6578                 return false;
6579             }
6580             if ( !phy.isRooted() ) {
6581                 return false;
6582             }
6583             //4
6584             if ( !p.hasNext() ) {
6585                 return false;
6586             }
6587             phy = p.next();
6588             if ( phy == null ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6592                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6593                 return false;
6594             }
6595             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6596                 return false;
6597             }
6598             if ( !phy.isRooted() ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             //5
6602             if ( !p.hasNext() ) {
6603                 return false;
6604             }
6605             phy = p.next();
6606             if ( phy == null ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6610                 return false;
6611             }
6612             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             if ( phy.isRooted() ) {
6616                 return false;
6617             }
6618             //6
6619             if ( !p.hasNext() ) {
6620                 return false;
6621             }
6622             phy = p.next();
6623             if ( phy == null ) {
6624                 return false;
6625             }
6626             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6630                 return false;
6631             }
6632             if ( !phy.isRooted() ) {
6633                 return false;
6634             }
6635             //7
6636             if ( !p.hasNext() ) {
6637                 return false;
6638             }
6639             phy = p.next();
6640             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6641                 return false;
6642             }
6643             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6644                 return false;
6645             }
6646             if ( !phy.isRooted() ) {
6647                 return false;
6648             }
6649             //8
6650             if ( !p.hasNext() ) {
6651                 return false;
6652             }
6653             phy = p.next();
6654             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6655                 return false;
6656             }
6657             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
6661                 return false;
6662             }
6663             //9
6664             if ( !p.hasNext() ) {
6665                 return false;
6666             }
6667             phy = p.next();
6668             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6669                 return false;
6670             }
6671             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
6672                 return false;
6673             }
6674             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
6675                 return false;
6676             }
6677             //10
6678             if ( !p.hasNext() ) {
6679                 return false;
6680             }
6681             phy = p.next();
6682             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6683                 return false;
6684             }
6685             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6686                 return false;
6687             }
6688             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
6689                 return false;
6690             }
6691             if ( !phy.isRooted() ) {
6692                 return false;
6693             }
6694             //11
6695             if ( !p.hasNext() ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             phy = p.next();
6699             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6700                 return false;
6701             }
6702             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
6703                 return false;
6704             }
6705             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
6706                 return false;
6707             }
6708             if ( phy.isRooted() ) {
6709                 return false;
6710             }
6711             //12
6712             if ( !p.hasNext() ) {
6713                 return false;
6714             }
6715             phy = p.next();
6716             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6717                 return false;
6718             }
6719             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
6720                 return false;
6721             }
6722             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
6723                 return false;
6724             }
6725             if ( !phy.isRooted() ) {
6726                 return false;
6727             }
6728             //13
6729             if ( !p.hasNext() ) {
6730                 return false;
6731             }
6732             phy = p.next();
6733             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             if ( !phy.isRooted() ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             //14
6746             if ( !p.hasNext() ) {
6747                 return false;
6748             }
6749             phy = p.next();
6750             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6751                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6752                 return false;
6753             }
6754             if ( !phy
6755                     .toNewHampshire()
6756                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6757                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6758                 return false;
6759             }
6760             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
6761                 return false;
6762             }
6763             if ( !phy.isRooted() ) {
6764                 return false;
6765             }
6766             //15
6767             if ( !p.hasNext() ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             phy = p.next();
6771             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6772                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6773                 return false;
6774             }
6775             if ( !phy
6776                     .toNewHampshire()
6777                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6778                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6779                 return false;
6780             }
6781             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
6782                 return false;
6783             }
6784             if ( phy.isRooted() ) {
6785                 return false;
6786             }
6787             //16
6788             if ( !p.hasNext() ) {
6789                 return false;
6790             }
6791             phy = p.next();
6792             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6793                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6794                 return false;
6795             }
6796             if ( !phy
6797                     .toNewHampshire()
6798                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6799                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6800                 return false;
6801             }
6802             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
6803                 return false;
6804             }
6805             if ( !phy.isRooted() ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             //17
6809             if ( !p.hasNext() ) {
6810                 return false;
6811             }
6812             phy = p.next();
6813             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6814                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6815                 return false;
6816             }
6817             if ( !phy
6818                     .toNewHampshire()
6819                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6820                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6821                 return false;
6822             }
6823             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
6824                 return false;
6825             }
6826             if ( phy.isRooted() ) {
6827                 return false;
6828             }
6829             //
6830             if ( p.hasNext() ) {
6831                 return false;
6832             }
6833             phy = p.next();
6834             if ( phy != null ) {
6835                 return false;
6836             }
6837             p.reset();
6838             //0
6839             if ( !p.hasNext() ) {
6840                 return false;
6841             }
6842             phy = p.next();
6843             if ( phy == null ) {
6844                 return false;
6845             }
6846             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6847                 return false;
6848             }
6849             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6850                 return false;
6851             }
6852             //1
6853             if ( !p.hasNext() ) {
6854                 return false;
6855             }
6856             phy = p.next();
6857             if ( phy == null ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6861                 return false;
6862             }
6863             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6864                 return false;
6865             }
6866             //2
6867             if ( !p.hasNext() ) {
6868                 return false;
6869             }
6870             phy = p.next();
6871             if ( phy == null ) {
6872                 return false;
6873             }
6874             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6875                 return false;
6876             }
6877             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6878                 return false;
6879             }
6880             if ( phy.isRooted() ) {
6881                 return false;
6882             }
6883             //3
6884             if ( !p.hasNext() ) {
6885                 return false;
6886             }
6887             phy = p.next();
6888             if ( phy == null ) {
6889                 return false;
6890             }
6891             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6892                 return false;
6893             }
6894             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6895                 return false;
6896             }
6897             if ( !phy.isRooted() ) {
6898                 return false;
6899             }
6900             //4
6901             if ( !p.hasNext() ) {
6902                 return false;
6903             }
6904             phy = p.next();
6905             if ( phy == null ) {
6906                 return false;
6907             }
6908             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6909                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6910                 return false;
6911             }
6912             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6913                 return false;
6914             }
6915             if ( !phy.isRooted() ) {
6916                 return false;
6917             }
6918             //5
6919             if ( !p.hasNext() ) {
6920                 return false;
6921             }
6922             phy = p.next();
6923             if ( phy == null ) {
6924                 return false;
6925             }
6926             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6927                 return false;
6928             }
6929             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6930                 return false;
6931             }
6932             if ( phy.isRooted() ) {
6933                 return false;
6934             }
6935         }
6936         catch ( final Exception e ) {
6937             e.printStackTrace( System.out );
6938             return false;
6939         }
6940         return true;
6941     }
6942
6943     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
6944         try {
6945             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6946             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6947             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
6948             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6949                 return false;
6950             }
6951             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6952                 return false;
6953             }
6954             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6955                 return false;
6956             }
6957             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6958                 return false;
6959             }
6960             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6964                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6965                 return false;
6966             }
6967             phylogenies = null;
6968             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
6969             if ( phylogenies.length != 3 ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6988                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6989                 return false;
6990             }
6991             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6992                 return false;
6993             }
6994             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
6995                 return false;
6996             }
6997             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
6998                 return false;
6999             }
7000             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7001                 return false;
7002             }
7003             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7004                 return false;
7005             }
7006             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7007                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7008                 return false;
7009             }
7010             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7011                 return false;
7012             }
7013             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7014                 return false;
7015             }
7016             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7017                 return false;
7018             }
7019             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7020                 return false;
7021             }
7022             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7023                 return false;
7024             }
7025             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7026                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7027                 return false;
7028             }
7029             phylogenies = null;
7030             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7031             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7032                 return false;
7033             }
7034             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7035                 return false;
7036             }
7037             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7038                 return false;
7039             }
7040             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7041                 return false;
7042             }
7043             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7044                 return false;
7045             }
7046             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7047                 return false;
7048             }
7049             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7050                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7051                 return false;
7052             }
7053             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7054                 return false;
7055             }
7056             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7060                 return false;
7061             }
7062             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7063                 return false;
7064             }
7065             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7066                 return false;
7067             }
7068             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7069                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7070                 return false;
7071             }
7072             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7073                 return false;
7074             }
7075             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7076                 return false;
7077             }
7078             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7079                 return false;
7080             }
7081             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7082                 return false;
7083             }
7084             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7085                 return false;
7086             }
7087             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7088                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7089                 return false;
7090             }
7091         }
7092         catch ( final Exception e ) {
7093             e.printStackTrace( System.out );
7094             return false;
7095         }
7096         return true;
7097     }
7098
7099     private static boolean testNHParsing() {
7100         try {
7101             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7102             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7103             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7104                 return false;
7105             }
7106             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7107             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7108             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7109             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7110             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7111                 return false;
7112             }
7113             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7114                 return false;
7115             }
7116             final Phylogeny p1b = factory
7117                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7118                              new NHXParser() )[ 0 ];
7119             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7120                 return false;
7121             }
7122             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7123                 return false;
7124             }
7125             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7126             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7127             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7128             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7129             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7130             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7131             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7132             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7133             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7134             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7135             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7136                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7137                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7138                                                     new NHXParser() );
7139             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7140                 return false;
7141             }
7142             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7143                 return false;
7144             }
7145             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7149                 return false;
7150             }
7151             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7152             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7153             final String p16_S = "((A,B),C)";
7154             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7155             if ( p16.length != 1 ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7159                 return false;
7160             }
7161             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7162             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7163             if ( p17.length != 1 ) {
7164                 return false;
7165             }
7166             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7167                 return false;
7168             }
7169             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7170             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7171             if ( p18.length != 1 ) {
7172                 return false;
7173             }
7174             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7175                 return false;
7176             }
7177             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7178             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7179             if ( p19.length != 1 ) {
7180                 return false;
7181             }
7182             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7186             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7187             if ( p20.length != 1 ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7194             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7195             if ( p21.length != 1 ) {
7196                 return false;
7197             }
7198             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7199                 return false;
7200             }
7201             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7202             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7203             if ( p22.length != 1 ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7210             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7211             if ( p23.length != 1 ) {
7212                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7213                 System.exit( -1 );
7214                 return false;
7215             }
7216             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7217                 return false;
7218             }
7219             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7220             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7221             if ( p24.length != 1 ) {
7222                 return false;
7223             }
7224             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7225                 return false;
7226             }
7227             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7228             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7229             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7230             if ( p241.length != 2 ) {
7231                 return false;
7232             }
7233             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7237                 return false;
7238             }
7239             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7240                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7241                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7242                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7243                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7244                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7245                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7246                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7247             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7248             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7249                 return false;
7250             }
7251             final String p26_S = "(A,B)ab";
7252             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7253             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7254                 return false;
7255             }
7256             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7257             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7258             if ( p27s.length != 1 ) {
7259                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7260                 System.exit( -1 );
7261                 return false;
7262             }
7263             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7264                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7265                 System.exit( -1 );
7266                 return false;
7267             }
7268             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7269                                                     new NHXParser() );
7270             if ( p27.length != 1 ) {
7271                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7272                 System.exit( -1 );
7273                 return false;
7274             }
7275             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7276                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7277                 System.exit( -1 );
7278                 return false;
7279             }
7280             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7281             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7282             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7283             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7284             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7285                                                     new NHXParser() );
7286             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7287                 return false;
7288             }
7289             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7290                 return false;
7291             }
7292             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7293                 return false;
7294             }
7295             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             if ( p28.length != 4 ) {
7299                 return false;
7300             }
7301             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7302             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7303             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7304                 return false;
7305             }
7306             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7307             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7308             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7309                 return false;
7310             }
7311             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7312             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7313             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7314                 return false;
7315             }
7316             final String p33_S = "A";
7317             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7318             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7319                 return false;
7320             }
7321             final String p34_S = "B;";
7322             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7323             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7324                 return false;
7325             }
7326             final String p35_S = "B:0.2";
7327             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7328             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7329                 return false;
7330             }
7331             final String p36_S = "(A)";
7332             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7333             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7334                 return false;
7335             }
7336             final String p37_S = "((A))";
7337             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7338             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7339                 return false;
7340             }
7341             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7342             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7343             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7344                 return false;
7345             }
7346             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7347             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7348             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7349                 return false;
7350             }
7351             final String p40_S = "(A,B,C)";
7352             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7353             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7354                 return false;
7355             }
7356             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7357             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7358             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7359                 return false;
7360             }
7361             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7362             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7363             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7364                 return false;
7365             }
7366             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7367             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7368             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7369                 return false;
7370             }
7371             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7372             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7373             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7374                 return false;
7375             }
7376             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7377             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7378             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7379                 return false;
7380             }
7381             final String p46_S = "";
7382             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7383             if ( p46.length != 0 ) {
7384                 return false;
7385             }
7386             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7387             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7391             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7392                 return false;
7393             }
7394             final Phylogeny p49 = factory
7395                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7396                              new NHXParser() )[ 0 ];
7397             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7398                 return false;
7399             }
7400             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7401             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7405                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7412                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7413                 return false;
7414             }
7415             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7416             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7417                 return false;
7418             }
7419             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7420             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7421                 return false;
7422             }
7423             final Phylogeny p53 = factory
7424                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7425                              new NHXParser() )[ 0 ];
7426             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7427                 return false;
7428             }
7429             //
7430             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7431             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7432                 return false;
7433             }
7434             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7435                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7436                 return false;
7437             }
7438         }
7439         catch ( final Exception e ) {
7440             e.printStackTrace( System.out );
7441             return false;
7442         }
7443         return true;
7444     }
7445
7446     private static boolean testNHParsingIter() {
7447         try {
7448             final String p0_str = "(A,B);";
7449             final NHXParser p = new NHXParser();
7450             p.setSource( p0_str );
7451             if ( !p.hasNext() ) {
7452                 return false;
7453             }
7454             final Phylogeny p0 = p.next();
7455             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
7456                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
7457                 return false;
7458             }
7459             if ( p.hasNext() ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             if ( p.next() != null ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             //
7466             final String p00_str = "(A,B)root;";
7467             p.setSource( p00_str );
7468             final Phylogeny p00 = p.next();
7469             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
7470                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
7471                 return false;
7472             }
7473             //
7474             final String p000_str = "A;";
7475             p.setSource( p000_str );
7476             final Phylogeny p000 = p.next();
7477             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
7478                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
7479                 return false;
7480             }
7481             //
7482             final String p0000_str = "A";
7483             p.setSource( p0000_str );
7484             final Phylogeny p0000 = p.next();
7485             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
7486                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
7487                 return false;
7488             }
7489             //
7490             p.setSource( "(A)" );
7491             final Phylogeny p00000 = p.next();
7492             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
7493                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
7494                 return false;
7495             }
7496             //
7497             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
7498             p.setSource( p1_str );
7499             if ( !p.hasNext() ) {
7500                 return false;
7501             }
7502             final Phylogeny p1_0 = p.next();
7503             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
7504                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
7505                 return false;
7506             }
7507             if ( !p.hasNext() ) {
7508                 return false;
7509             }
7510             final Phylogeny p1_1 = p.next();
7511             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7512                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
7513                 return false;
7514             }
7515             if ( !p.hasNext() ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             final Phylogeny p1_2 = p.next();
7519             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
7520                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
7521                 return false;
7522             }
7523             if ( !p.hasNext() ) {
7524                 return false;
7525             }
7526             final Phylogeny p1_3 = p.next();
7527             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7528                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
7529                 return false;
7530             }
7531             if ( p.hasNext() ) {
7532                 return false;
7533             }
7534             if ( p.next() != null ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             //
7538             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
7539             p.setSource( p2_str );
7540             if ( !p.hasNext() ) {
7541                 return false;
7542             }
7543             Phylogeny p2_0 = p.next();
7544             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7545                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7546                 return false;
7547             }
7548             if ( !p.hasNext() ) {
7549                 return false;
7550             }
7551             Phylogeny p2_1 = p.next();
7552             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7553                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !p.hasNext() ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             Phylogeny p2_2 = p.next();
7560             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7561                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7562                 return false;
7563             }
7564             if ( !p.hasNext() ) {
7565                 return false;
7566             }
7567             Phylogeny p2_3 = p.next();
7568             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7569                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !p.hasNext() ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             Phylogeny p2_4 = p.next();
7576             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7577                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7578                 return false;
7579             }
7580             if ( p.hasNext() ) {
7581                 return false;
7582             }
7583             if ( p.next() != null ) {
7584                 return false;
7585             }
7586             ////
7587             p.reset();
7588             if ( !p.hasNext() ) {
7589                 return false;
7590             }
7591             p2_0 = p.next();
7592             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7593                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7594                 return false;
7595             }
7596             if ( !p.hasNext() ) {
7597                 return false;
7598             }
7599             p2_1 = p.next();
7600             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7601                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7602                 return false;
7603             }
7604             if ( !p.hasNext() ) {
7605                 return false;
7606             }
7607             p2_2 = p.next();
7608             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7609                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7610                 return false;
7611             }
7612             if ( !p.hasNext() ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             p2_3 = p.next();
7616             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7617                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7618                 return false;
7619             }
7620             if ( !p.hasNext() ) {
7621                 return false;
7622             }
7623             p2_4 = p.next();
7624             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7625                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( p.hasNext() ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( p.next() != null ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             //
7635             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
7636             p.setSource( p3_str );
7637             if ( !p.hasNext() ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             final Phylogeny p3_0 = p.next();
7641             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
7642                 return false;
7643             }
7644             if ( p.hasNext() ) {
7645                 return false;
7646             }
7647             if ( p.next() != null ) {
7648                 return false;
7649             }
7650             //
7651             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
7652             p.setSource( p4_str );
7653             if ( !p.hasNext() ) {
7654                 return false;
7655             }
7656             final Phylogeny p4_0 = p.next();
7657             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
7658                 return false;
7659             }
7660             if ( p.hasNext() ) {
7661                 return false;
7662             }
7663             if ( p.next() != null ) {
7664                 return false;
7665             }
7666             //
7667             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
7668             p.setSource( p5_str );
7669             if ( !p.hasNext() ) {
7670                 return false;
7671             }
7672             final Phylogeny p5_0 = p.next();
7673             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
7674                 return false;
7675             }
7676             if ( p.hasNext() ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             if ( p.next() != null ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             //
7683             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7684             p.setSource( p6_str );
7685             if ( !p.hasNext() ) {
7686                 return false;
7687             }
7688             Phylogeny p6_0 = p.next();
7689             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             if ( p.hasNext() ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             if ( p.next() != null ) {
7696                 return false;
7697             }
7698             p.reset();
7699             if ( !p.hasNext() ) {
7700                 return false;
7701             }
7702             p6_0 = p.next();
7703             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7704                 return false;
7705             }
7706             if ( p.hasNext() ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             if ( p.next() != null ) {
7710                 return false;
7711             }
7712             //
7713             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7714             p.setSource( p7_str );
7715             if ( !p.hasNext() ) {
7716                 return false;
7717             }
7718             Phylogeny p7_0 = p.next();
7719             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7720                 return false;
7721             }
7722             if ( p.hasNext() ) {
7723                 return false;
7724             }
7725             if ( p.next() != null ) {
7726                 return false;
7727             }
7728             p.reset();
7729             if ( !p.hasNext() ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             p7_0 = p.next();
7733             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7734                 return false;
7735             }
7736             if ( p.hasNext() ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             if ( p.next() != null ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             //
7743             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
7744             p.setSource( p8_str );
7745             if ( !p.hasNext() ) {
7746                 return false;
7747             }
7748             Phylogeny p8_0 = p.next();
7749             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             if ( !p.hasNext() ) {
7753                 return false;
7754             }
7755             if ( !p.hasNext() ) {
7756                 return false;
7757             }
7758             Phylogeny p8_1 = p.next();
7759             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7760                 return false;
7761             }
7762             if ( p.hasNext() ) {
7763                 return false;
7764             }
7765             if ( p.next() != null ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             p.reset();
7769             if ( !p.hasNext() ) {
7770                 return false;
7771             }
7772             p8_0 = p.next();
7773             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7774                 return false;
7775             }
7776             if ( !p.hasNext() ) {
7777                 return false;
7778             }
7779             p8_1 = p.next();
7780             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7781                 return false;
7782             }
7783             if ( p.hasNext() ) {
7784                 return false;
7785             }
7786             if ( p.next() != null ) {
7787                 return false;
7788             }
7789             p.reset();
7790             //
7791             p.setSource( "" );
7792             if ( p.hasNext() ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             //
7796             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
7797             if ( !p.hasNext() ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             Phylogeny p_27 = p.next();
7801             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7802                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7803                 System.exit( -1 );
7804                 return false;
7805             }
7806             if ( p.hasNext() ) {
7807                 return false;
7808             }
7809             if ( p.next() != null ) {
7810                 return false;
7811             }
7812             p.reset();
7813             if ( !p.hasNext() ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             p_27 = p.next();
7817             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7818                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7819                 System.exit( -1 );
7820                 return false;
7821             }
7822             if ( p.hasNext() ) {
7823                 return false;
7824             }
7825             if ( p.next() != null ) {
7826                 return false;
7827             }
7828         }
7829         catch ( final Exception e ) {
7830             e.printStackTrace( System.out );
7831             return false;
7832         }
7833         return true;
7834     }
7835
7836     private static boolean testNHXconversion() {
7837         try {
7838             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7839             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7840             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7841             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7842             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7843                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
7844             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
7845                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
7846             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7847                 return false;
7848             }
7849             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7850                 return false;
7851             }
7852             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
7853                 return false;
7854             }
7855             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
7856                 return false;
7857             }
7858             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
7859                 return false;
7860             }
7861             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
7862                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
7863                 return false;
7864             }
7865         }
7866         catch ( final Exception e ) {
7867             e.printStackTrace( System.out );
7868             return false;
7869         }
7870         return true;
7871     }
7872
7873     private static boolean testNHXNodeParsing() {
7874         try {
7875             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7876             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7877             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7878             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7879             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7880                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
7881             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
7882                 return false;
7883             }
7884             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
7885                 return false;
7886             }
7887             if ( n3.isDuplication() ) {
7888                 return false;
7889             }
7890             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
7891                 return false;
7892             }
7893             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
7894                 return false;
7895             }
7896             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
7897                 return false;
7898             }
7899             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
7900                 return false;
7901             }
7902             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
7903                 return false;
7904             }
7905             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
7906                 return false;
7907             }
7908             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
7909                 return false;
7910             }
7911             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
7912                 return false;
7913             }
7914             if ( !n5.isDuplication() ) {
7915                 return false;
7916             }
7917             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
7918                 return false;
7919             }
7920             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
7921                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
7922                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7923             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7924                 return false;
7925             }
7926             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
7930                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
7931                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7932             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
7933                 return false;
7934             }
7935             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7936                 return false;
7937             }
7938             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
7939                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7940             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
7941                 return false;
7942             }
7943             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
7944                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7945             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7946                 return false;
7947             }
7948             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7949                 return false;
7950             }
7951             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
7952                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7953             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
7954                 return false;
7955             }
7956             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
7957                 return false;
7958             }
7959             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
7960                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7961             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
7962                 return false;
7963             }
7964             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
7965                 return false;
7966             }
7967             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
7968                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7969             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
7970                 return false;
7971             }
7972             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
7973                 return false;
7974             }
7975             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
7976                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7977             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
7978                 return false;
7979             }
7980             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
7981                 return false;
7982             }
7983             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
7984                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7985             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
7986                 return false;
7987             }
7988             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
7992                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7993             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
7994                 return false;
7995             }
7996             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
7997                 return false;
7998             }
7999             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8000                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8001             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8002                 return false;
8003             }
8004             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8005                 return false;
8006             }
8007             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8008                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8009             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8016                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8017             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8018                 return false;
8019             }
8020             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8021                 return false;
8022             }
8023             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8024                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8025                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8026             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8027                 return false;
8028             }
8029             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8030                 return false;
8031             }
8032             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8033                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8034                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8035             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8036                 return false;
8037             }
8038             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8039                 return false;
8040             }
8041             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8042                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8043             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8044                 return false;
8045             }
8046             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8047                 return false;
8048             }
8049             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8050                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8051                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8052             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8053                 return false;
8054             }
8055             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8056                 return false;
8057             }
8058             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8059                 return false;
8060             }
8061             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8062                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8063                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8064             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8065                 return false;
8066             }
8067             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8068                 return false;
8069             }
8070             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8071                 return false;
8072             }
8073             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8074                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8075             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8079                 return false;
8080             }
8081             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8082                 return false;
8083             }
8084             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8085                 return false;
8086             }
8087             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8088                 return false;
8089             }
8090             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8091                 return false;
8092             }
8093             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8094                 return false;
8095             }
8096             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8097                 return false;
8098             }
8099             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8100                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8101             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8102                 return false;
8103             }
8104             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8105                 return false;
8106             }
8107             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8108             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8109                 return false;
8110             }
8111             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8112                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8113             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
8114                 return false;
8115             }
8116             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8117                 return false;
8118             }
8119             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8126                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8127             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8128                 return false;
8129             }
8130             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8131                 return false;
8132             }
8133             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8134                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8135                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8136             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8137                 return false;
8138             }
8139             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8140                 return false;
8141             }
8142             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8143                 return false;
8144             }
8145             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8146                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8147                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8148             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8149                 return false;
8150             }
8151             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8152                 return false;
8153             }
8154             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8155                 return false;
8156             }
8157             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8158                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8159                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8160             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8161                 return false;
8162             }
8163             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8164                 return false;
8165             }
8166             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8167                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8168             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8169                 return false;
8170             }
8171             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8175                 return false;
8176             }
8177             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8178                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8179             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8180                 return false;
8181             }
8182             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8183                 return false;
8184             }
8185             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8186                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
8187                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8188             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8189                 return false;
8190             }
8191             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8192                 return false;
8193             }
8194             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8195                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
8196                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8197             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8198                 return false;
8199             }
8200             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8201                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8202             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8203                 return false;
8204             }
8205             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8206                     .createInstanceFromNhxString( "bcl2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8207             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8208                 return false;
8209             }
8210             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8211                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8212             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8213                 return false;
8214             }
8215             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8216                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8217             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8218                 return false;
8219             }
8220             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8221                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8222             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8223                 return false;
8224             }
8225             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8226                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8227             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8228                 return false;
8229             }
8230         }
8231         catch ( final Exception e ) {
8232             e.printStackTrace( System.out );
8233             return false;
8234         }
8235         return true;
8236     }
8237
8238     private static boolean testNHXParsing() {
8239         try {
8240             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8241             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8242             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8243                 return false;
8244             }
8245             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8246             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8247             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8248                 return false;
8249             }
8250             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8251             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8252             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8253                 return false;
8254             }
8255             final Phylogeny[] p3 = factory
8256                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8257                              new NHXParser() );
8258             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8259                 return false;
8260             }
8261             final Phylogeny[] p4 = factory
8262                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8263                              new NHXParser() );
8264             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8265                 return false;
8266             }
8267             final Phylogeny[] p5 = factory
8268                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8269                              new NHXParser() );
8270             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8271                 return false;
8272             }
8273             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8274             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8275             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8276             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8277                 return false;
8278             }
8279             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8280             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8281             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8282             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8283                 return false;
8284             }
8285             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8286             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8287             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8288             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8289                 return false;
8290             }
8291             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8292             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8293                 return false;
8294             }
8295             final Phylogeny p10 = factory
8296                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8297                              new NHXParser() )[ 0 ];
8298             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8299                 return false;
8300             }
8301         }
8302         catch ( final Exception e ) {
8303             e.printStackTrace( System.out );
8304             return false;
8305         }
8306         return true;
8307     }
8308
8309     private static boolean testNHXParsingMB() {
8310         try {
8311             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8312             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8313                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8314                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8315                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8316                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8317                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8318                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8319                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8320                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8321             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8322                 return false;
8323             }
8324             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8325                 return false;
8326             }
8327             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8328                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8329                 return false;
8330             }
8331             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8332                 return false;
8333             }
8334             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8335                 return false;
8336             }
8337             final Phylogeny p2 = factory
8338                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8339                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8340                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8341                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8342                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8343                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8344                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8345                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8346                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8347                              new NHXParser() )[ 0 ];
8348             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8349                 return false;
8350             }
8351             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8352                 return false;
8353             }
8354         }
8355         catch ( final Exception e ) {
8356             e.printStackTrace( System.out );
8357             System.exit( -1 );
8358             return false;
8359         }
8360         return true;
8361     }
8362
8363     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8364         try {
8365             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8366             final NHXParser p = new NHXParser();
8367             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8368             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8369                 return false;
8370             }
8371             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8372             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8373                 return false;
8374             }
8375             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8376                 return false;
8377             }
8378             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8379                 return false;
8380             }
8381             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
8382                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
8383                 return false;
8384             }
8385             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
8386                 return false;
8387             }
8388             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
8389                 return false;
8390             }
8391             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
8392                 return false;
8393             }
8394             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
8398                 return false;
8399             }
8400             final NHXParser p1p = new NHXParser();
8401             p1p.setIgnoreQuotes( true );
8402             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
8403             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8404                 return false;
8405             }
8406             final NHXParser p2p = new NHXParser();
8407             p1p.setIgnoreQuotes( false );
8408             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
8409             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8410                 return false;
8411             }
8412             final NHXParser p3p = new NHXParser();
8413             p3p.setIgnoreQuotes( false );
8414             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
8415             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
8416                 return false;
8417             }
8418             final NHXParser p4p = new NHXParser();
8419             p4p.setIgnoreQuotes( false );
8420             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
8421             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
8422                 return false;
8423             }
8424             final Phylogeny p10 = factory
8425                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
8426                              new NHXParser() )[ 0 ];
8427             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8428             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8429                 return false;
8430             }
8431             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8432             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8433                 return false;
8434             }
8435             //
8436             final Phylogeny p12 = factory
8437                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
8438                              new NHXParser() )[ 0 ];
8439             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8440             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8444             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8445                 return false;
8446             }
8447             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
8448             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8449                 return false;
8450             }
8451             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
8452             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8453                 return false;
8454             }
8455         }
8456         catch ( final Exception e ) {
8457             e.printStackTrace( System.out );
8458             return false;
8459         }
8460         return true;
8461     }
8462
8463     private static boolean testNodeRemoval() {
8464         try {
8465             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8466             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
8467             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
8468             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
8472             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
8473             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
8474                 return false;
8475             }
8476             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
8477             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
8478             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
8479                 return false;
8480             }
8481         }
8482         catch ( final Exception e ) {
8483             e.printStackTrace( System.out );
8484             return false;
8485         }
8486         return true;
8487     }
8488
8489     private static boolean testPhylogenyBranch() {
8490         try {
8491             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
8492             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
8493             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
8494             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
8495             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
8496                 return false;
8497             }
8498             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
8499                 return false;
8500             }
8501             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
8502                 return false;
8503             }
8504             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
8505             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
8506             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
8507             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
8508                 return false;
8509             }
8510             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
8511                 return false;
8512             }
8513             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
8514             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
8515                 return false;
8516             }
8517             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
8518                 return false;
8519             }
8520             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
8521                 return false;
8522             }
8523         }
8524         catch ( final Exception e ) {
8525             e.printStackTrace( System.out );
8526             return false;
8527         }
8528         return true;
8529     }
8530
8531     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
8532         try {
8533             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8534             PhyloXmlParser xml_parser = null;
8535             try {
8536                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
8537             }
8538             catch ( final Exception e ) {
8539                 // Do nothing -- means were not running from jar.
8540             }
8541             if ( xml_parser == null ) {
8542                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
8543                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
8544                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
8545                 }
8546                 else {
8547                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
8548                 }
8549             }
8550             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
8551                                                               xml_parser );
8552             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
8553                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
8554                 return false;
8555             }
8556             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
8557                 return false;
8558             }
8559             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
8560             PhylogenyNode n = null;
8561             Distribution d = null;
8562             n = t1.getNode( "root node" );
8563             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8564                 return false;
8565             }
8566             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8567                 return false;
8568             }
8569             d = n.getNodeData().getDistribution();
8570             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8571                 return false;
8572             }
8573             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8574                 return false;
8575             }
8576             if ( d.getPolygons() != null ) {
8577                 return false;
8578             }
8579             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8583                 return false;
8584             }
8585             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8586                 return false;
8587             }
8588             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8589                 return false;
8590             }
8591             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8592                 return false;
8593             }
8594             n = t1.getNode( "node a" );
8595             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8596                 return false;
8597             }
8598             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8599                 return false;
8600             }
8601             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8602             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8603                 return false;
8604             }
8605             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8606                 return false;
8607             }
8608             if ( d.getPolygons() != null ) {
8609                 return false;
8610             }
8611             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8612                 return false;
8613             }
8614             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8615                 return false;
8616             }
8617             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8618                 return false;
8619             }
8620             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8621                 return false;
8622             }
8623             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8624                 return false;
8625             }
8626             n = t1.getNode( "node bb" );
8627             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8628                 return false;
8629             }
8630             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8631                 return false;
8632             }
8633             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8634             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8638                 return false;
8639             }
8640             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8641                 return false;
8642             }
8643             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8644                 return false;
8645             }
8646             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8647                 return false;
8648             }
8649             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8650                 return false;
8651             }
8652             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8653                 return false;
8654             }
8655             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8656                 return false;
8657             }
8658             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
8659             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8660                 return false;
8661             }
8662             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8663                 return false;
8664             }
8665             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8669                 return false;
8670             }
8671             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8672                 return false;
8673             }
8674             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8675                 return false;
8676             }
8677             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8678                 return false;
8679             }
8680             p = d.getPolygons().get( 1 );
8681             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8682                 return false;
8683             }
8684             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8685                 return false;
8686             }
8687             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8688                 return false;
8689             }
8690             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8691                 return false;
8692             }
8693             // Roundtrip:
8694             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
8695             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
8696             if ( rt.length != 1 ) {
8697                 return false;
8698             }
8699             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
8700             n = t1_rt.getNode( "root node" );
8701             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8702                 return false;
8703             }
8704             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             d = n.getNodeData().getDistribution();
8708             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8709                 return false;
8710             }
8711             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8712                 return false;
8713             }
8714             if ( d.getPolygons() != null ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8724                 return false;
8725             }
8726             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8727                 return false;
8728             }
8729             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8730                 return false;
8731             }
8732             n = t1_rt.getNode( "node a" );
8733             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8734                 return false;
8735             }
8736             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8737                 return false;
8738             }
8739             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8740             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8741                 return false;
8742             }
8743             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8744                 return false;
8745             }
8746             if ( d.getPolygons() != null ) {
8747                 return false;
8748             }
8749             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8753                 return false;
8754             }
8755             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8756                 return false;
8757             }
8758             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8759                 return false;
8760             }
8761             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8762                 return false;
8763             }
8764             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
8765             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8766                 return false;
8767             }
8768             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8769                 return false;
8770             }
8771             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8772             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8773                 return false;
8774             }
8775             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8776                 return false;
8777             }
8778             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8779                 return false;
8780             }
8781             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8782                 return false;
8783             }
8784             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8785                 return false;
8786             }
8787             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8788                 return false;
8789             }
8790             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8791                 return false;
8792             }
8793             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8794                 return false;
8795             }
8796             p = d.getPolygons().get( 0 );
8797             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8798                 return false;
8799             }
8800             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8801                 return false;
8802             }
8803             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8804                 return false;
8805             }
8806             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8807                 return false;
8808             }
8809             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8810                 return false;
8811             }
8812             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8813                 return false;
8814             }
8815             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8816                 return false;
8817             }
8818             p = d.getPolygons().get( 1 );
8819             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8820                 return false;
8821             }
8822             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8823                 return false;
8824             }
8825             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8826                 return false;
8827             }
8828             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8829                 return false;
8830             }
8831         }
8832         catch ( final Exception e ) {
8833             e.printStackTrace( System.out );
8834             return false;
8835         }
8836         return true;
8837     }
8838
8839     private static boolean testPostOrderIterator() {
8840         try {
8841             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8842             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8843             PhylogenyNodeIterator it0;
8844             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
8845                 it0.next();
8846             }
8847             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8848                 it0.next();
8849             }
8850             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8851             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
8852             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8853                 return false;
8854             }
8855             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8856                 return false;
8857             }
8858             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8859                 return false;
8860             }
8861             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8862                 return false;
8863             }
8864             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8865                 return false;
8866             }
8867             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8868                 return false;
8869             }
8870             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8871                 return false;
8872             }
8873             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8874                 return false;
8875             }
8876             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8877                 return false;
8878             }
8879             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8880                 return false;
8881             }
8882             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8883                 return false;
8884             }
8885             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8886                 return false;
8887             }
8888             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8889                 return false;
8890             }
8891             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8892                 return false;
8893             }
8894             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8895                 return false;
8896             }
8897             if ( it.hasNext() ) {
8898                 return false;
8899             }
8900         }
8901         catch ( final Exception e ) {
8902             e.printStackTrace( System.out );
8903             return false;
8904         }
8905         return true;
8906     }
8907
8908     private static boolean testPreOrderIterator() {
8909         try {
8910             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8911             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8912             PhylogenyNodeIterator it0;
8913             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
8914                 it0.next();
8915             }
8916             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8917                 it0.next();
8918             }
8919             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
8920             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8921                 return false;
8922             }
8923             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8924                 return false;
8925             }
8926             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8927                 return false;
8928             }
8929             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8930                 return false;
8931             }
8932             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8933                 return false;
8934             }
8935             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8936                 return false;
8937             }
8938             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8939                 return false;
8940             }
8941             if ( it.hasNext() ) {
8942                 return false;
8943             }
8944             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8945             it = t1.iteratorPreorder();
8946             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8947                 return false;
8948             }
8949             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8950                 return false;
8951             }
8952             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8953                 return false;
8954             }
8955             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8956                 return false;
8957             }
8958             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8959                 return false;
8960             }
8961             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8962                 return false;
8963             }
8964             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8965                 return false;
8966             }
8967             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8968                 return false;
8969             }
8970             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8971                 return false;
8972             }
8973             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8974                 return false;
8975             }
8976             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8977                 return false;
8978             }
8979             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8980                 return false;
8981             }
8982             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8983                 return false;
8984             }
8985             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8986                 return false;
8987             }
8988             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8989                 return false;
8990             }
8991             if ( it.hasNext() ) {
8992                 return false;
8993             }
8994         }
8995         catch ( final Exception e ) {
8996             e.printStackTrace( System.out );
8997             return false;
8998         }
8999         return true;
9000     }
9001
9002     private static boolean testPropertiesMap() {
9003         try {
9004             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9005             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9006             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9007             final Property p2 = new Property( "something:else",
9008                                               "?",
9009                                               "improbable:research",
9010                                               "xsd:decimal",
9011                                               AppliesTo.NODE );
9012             pm.addProperty( p0 );
9013             pm.addProperty( p1 );
9014             pm.addProperty( p2 );
9015             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9016                 return false;
9017             }
9018             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9019                 return false;
9020             }
9021             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9022                 return false;
9023             }
9024             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9025                 return false;
9026             }
9027             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9028                 return false;
9029             }
9030             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9031                 return false;
9032             }
9033             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9034             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9035                 return false;
9036             }
9037             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9038                 return false;
9039             }
9040             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9041                 return false;
9042             }
9043         }
9044         catch ( final Exception e ) {
9045             e.printStackTrace( System.out );
9046             return false;
9047         }
9048         return true;
9049     }
9050
9051     private static boolean testProteinId() {
9052         try {
9053             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9054             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9055             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9056             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9057             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9058                 return false;
9059             }
9060             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9061                 return false;
9062             }
9063             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9064                 return false;
9065             }
9066             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9067                 return false;
9068             }
9069             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9070                 return false;
9071             }
9072             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9073                 return false;
9074             }
9075             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9076                 return false;
9077             }
9078             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9079                 return false;
9080             }
9081             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9082                 return false;
9083             }
9084             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9085                 return false;
9086             }
9087             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9088                 return false;
9089             }
9090             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9091                 return false;
9092             }
9093             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9094                 return false;
9095             }
9096             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9097                 return false;
9098             }
9099             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9100             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9101                 return false;
9102             }
9103             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9104                 return false;
9105             }
9106         }
9107         catch ( final Exception e ) {
9108             e.printStackTrace( System.out );
9109             return false;
9110         }
9111         return true;
9112     }
9113
9114     private static boolean testReIdMethods() {
9115         try {
9116             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9117             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9118             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9119             p.levelOrderReID();
9120             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9121                 return false;
9122             }
9123             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9124                 return false;
9125             }
9126             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9127                 return false;
9128             }
9129             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9130                 return false;
9131             }
9132             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9133                 return false;
9134             }
9135             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9136                 return false;
9137             }
9138             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9139                 return false;
9140             }
9141             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9142                 return false;
9143             }
9144             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9145                 return false;
9146             }
9147             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9148                 return false;
9149             }
9150             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9151                 return false;
9152             }
9153             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9154                 return false;
9155             }
9156             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9157                 return false;
9158             }
9159             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9160                 return false;
9161             }
9162             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9163                 return false;
9164             }
9165         }
9166         catch ( final Exception e ) {
9167             e.printStackTrace( System.out );
9168             return false;
9169         }
9170         return true;
9171     }
9172
9173     private static boolean testRerooting() {
9174         try {
9175             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9176             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9177                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9178             if ( !t1.isRooted() ) {
9179                 return false;
9180             }
9181             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9182             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9183             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9184             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9185             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9186             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9187             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9188             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9189             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9190             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9191             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9192             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9193             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9194             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9195             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9196             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9197             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9198             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9199             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9200             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9201             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9202             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9203             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9204             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9205             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9206             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9207             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9208             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9209             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9210                 return false;
9211             }
9212             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9213                 return false;
9214             }
9215             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9216                 return false;
9217             }
9218             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9219                 return false;
9220             }
9221             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9222                 return false;
9223             }
9224             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9225                 return false;
9226             }
9227             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9228                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9229             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9230             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9231             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9232             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9233             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9234             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9235             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9236             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9237             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9238             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9239             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9240             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9241             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9242             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9243             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9244             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9245             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9246             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9247             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9248             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9249             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9250             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9251             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9252             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9253             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9254             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9255             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9256             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9257             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9258             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9259             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9260             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9261             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9262             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9263             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9264             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9265             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9266             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9267             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9268             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9269             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9270             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9271             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9272             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9273             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9274             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9275                 return false;
9276             }
9277             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9278                 return false;
9279             }
9280             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9281             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9282                 return false;
9283             }
9284             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9285                 return false;
9286             }
9287             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9288             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9289                 return false;
9290             }
9291             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9292                 return false;
9293             }
9294             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9295                 return false;
9296             }
9297             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9298             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9299                 return false;
9300             }
9301             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9302                 return false;
9303             }
9304             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9305                 return false;
9306             }
9307             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9308             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9309                 return false;
9310             }
9311             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9312                 return false;
9313             }
9314             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9315             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9316                 return false;
9317             }
9318             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9319                 return false;
9320             }
9321             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9322                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9323             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9324             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9325                 return false;
9326             }
9327             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9328                 return false;
9329             }
9330             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9331                 return false;
9332             }
9333             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9334             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9335                 return false;
9336             }
9337             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9338                 return false;
9339             }
9340             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9341                 return false;
9342             }
9343             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9344             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9345                 return false;
9346             }
9347             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9348                 return false;
9349             }
9350             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9351                 return false;
9352             }
9353         }
9354         catch ( final Exception e ) {
9355             e.printStackTrace( System.out );
9356             return false;
9357         }
9358         return true;
9359     }
9360
9361     private static boolean testSDIse() {
9362         try {
9363             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9364             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9365             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9366             gene1.setRooted( true );
9367             species1.setRooted( true );
9368             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9369             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9370                 return false;
9371             }
9372             final Phylogeny species2 = factory
9373                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9374                              new NHXParser() )[ 0 ];
9375             final Phylogeny gene2 = factory
9376                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9377                              new NHXParser() )[ 0 ];
9378             species2.setRooted( true );
9379             gene2.setRooted( true );
9380             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
9381             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9382                 return false;
9383             }
9384             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
9385                 return false;
9386             }
9387             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
9388                 return false;
9389             }
9390             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
9391                 return false;
9392             }
9393             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
9394                 return false;
9395             }
9396             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
9397                 return false;
9398             }
9399             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
9400                 return false;
9401             }
9402             final Phylogeny species3 = factory
9403                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9404                              new NHXParser() )[ 0 ];
9405             final Phylogeny gene3 = factory
9406                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9407                              new NHXParser() )[ 0 ];
9408             species3.setRooted( true );
9409             gene3.setRooted( true );
9410             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
9411             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9412                 return false;
9413             }
9414             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
9415                 return false;
9416             }
9417             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
9418                 return false;
9419             }
9420             final Phylogeny species4 = factory
9421                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9422                              new NHXParser() )[ 0 ];
9423             final Phylogeny gene4 = factory
9424                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9425                              new NHXParser() )[ 0 ];
9426             species4.setRooted( true );
9427             gene4.setRooted( true );
9428             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
9429             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9430                 return false;
9431             }
9432             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
9433                 return false;
9434             }
9435             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
9436                 return false;
9437             }
9438             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9439                 return false;
9440             }
9441             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9442                 return false;
9443             }
9444             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9445                 return false;
9446             }
9447             final Phylogeny species5 = factory
9448                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9449                              new NHXParser() )[ 0 ];
9450             final Phylogeny gene5 = factory
9451                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9452                              new NHXParser() )[ 0 ];
9453             species5.setRooted( true );
9454             gene5.setRooted( true );
9455             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
9456             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
9457                 return false;
9458             }
9459             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
9460                 return false;
9461             }
9462             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
9463                 return false;
9464             }
9465             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9466                 return false;
9467             }
9468             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9469                 return false;
9470             }
9471             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9472                 return false;
9473             }
9474             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
9475             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
9476             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
9477             final Phylogeny species6 = factory
9478                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9479                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9480                              new NHXParser() )[ 0 ];
9481             final Phylogeny gene6 = factory
9482                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
9483                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
9484                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
9485                              new NHXParser() )[ 0 ];
9486             species6.setRooted( true );
9487             gene6.setRooted( true );
9488             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
9489             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
9490                 return false;
9491             }
9492             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
9493                 return false;
9494             }
9495             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9496                 return false;
9497             }
9498             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9499                 return false;
9500             }
9501             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
9502                 return false;
9503             }
9504             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
9505                 return false;
9506             }
9507             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
9508                 return false;
9509             }
9510             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
9511                 return false;
9512             }
9513             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
9514                 return false;
9515             }
9516             sdi6.computeMappingCostL();
9517             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
9518                 return false;
9519             }
9520             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9521                 return false;
9522             }
9523             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9524                 return false;
9525             }
9526             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
9527                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
9528                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
9529                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
9530                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
9531             species7.setRooted( true );
9532             final Phylogeny gene7_1 = Test
9533                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9534             gene7_1.setRooted( true );
9535             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
9536             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9537                 return false;
9538             }
9539             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9540                 return false;
9541             }
9542             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9543                 return false;
9544             }
9545             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9546                 return false;
9547             }
9548             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9549                 return false;
9550             }
9551             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9552                 return false;
9553             }
9554             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9555                 return false;
9556             }
9557             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9558                 return false;
9559             }
9560             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9561                 return false;
9562             }
9563             final Phylogeny gene7_2 = Test
9564                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9565             gene7_2.setRooted( true );
9566             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
9567             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9568                 return false;
9569             }
9570             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9571                 return false;
9572             }
9573             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9574                 return false;
9575             }
9576             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9577                 return false;
9578             }
9579             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9580                 return false;
9581             }
9582             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9583                 return false;
9584             }
9585             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
9586                 return false;
9587             }
9588             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9589                 return false;
9590             }
9591             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9592                 return false;
9593             }
9594             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9595                 return false;
9596             }
9597         }
9598         catch ( final Exception e ) {
9599             return false;
9600         }
9601         return true;
9602     }
9603
9604     private static boolean testSDIunrooted() {
9605         try {
9606             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9607             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
9608             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
9609             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
9610             PhylogenyBranch br = iter.next();
9611             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9612                 return false;
9613             }
9614             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9615                 return false;
9616             }
9617             br = iter.next();
9618             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9619                 return false;
9620             }
9621             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9622                 return false;
9623             }
9624             br = iter.next();
9625             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9626                 return false;
9627             }
9628             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9629                 return false;
9630             }
9631             br = iter.next();
9632             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9633                 return false;
9634             }
9635             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9636                 return false;
9637             }
9638             br = iter.next();
9639             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9640                 return false;
9641             }
9642             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9643                 return false;
9644             }
9645             br = iter.next();
9646             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9647                 return false;
9648             }
9649             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9650                 return false;
9651             }
9652             br = iter.next();
9653             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9654                 return false;
9655             }
9656             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9657                 return false;
9658             }
9659             br = iter.next();
9660             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9661                 return false;
9662             }
9663             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9664                 return false;
9665             }
9666             br = iter.next();
9667             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9668                 return false;
9669             }
9670             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9671                 return false;
9672             }
9673             br = iter.next();
9674             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9675                 return false;
9676             }
9677             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9678                 return false;
9679             }
9680             br = iter.next();
9681             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9682                 return false;
9683             }
9684             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9685                 return false;
9686             }
9687             br = iter.next();
9688             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
9689                 return false;
9690             }
9691             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
9692                 return false;
9693             }
9694             br = iter.next();
9695             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9696                 return false;
9697             }
9698             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9699                 return false;
9700             }
9701             br = iter.next();
9702             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
9703                 return false;
9704             }
9705             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
9706                 return false;
9707             }
9708             br = iter.next();
9709             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
9710                 return false;
9711             }
9712             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
9713                 return false;
9714             }
9715             if ( iter.hasNext() ) {
9716                 return false;
9717             }
9718             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9719             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
9720             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
9721             br = iter1.next();
9722             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9723                 return false;
9724             }
9725             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9726                 return false;
9727             }
9728             br = iter1.next();
9729             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9730                 return false;
9731             }
9732             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9733                 return false;
9734             }
9735             br = iter1.next();
9736             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9737                 return false;
9738             }
9739             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9740                 return false;
9741             }
9742             if ( iter1.hasNext() ) {
9743                 return false;
9744             }
9745             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9746             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
9747             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
9748             br = iter2.next();
9749             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9750                 return false;
9751             }
9752             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9753                 return false;
9754             }
9755             br = iter2.next();
9756             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9757                 return false;
9758             }
9759             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9760                 return false;
9761             }
9762             br = iter2.next();
9763             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9764                 return false;
9765             }
9766             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9767                 return false;
9768             }
9769             if ( iter2.hasNext() ) {
9770                 return false;
9771             }
9772             final Phylogeny species0 = factory
9773                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9774                              new NHXParser() )[ 0 ];
9775             final Phylogeny gene1 = factory
9776                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9777                              new NHXParser() )[ 0 ];
9778             species0.setRooted( true );
9779             gene1.setRooted( true );
9780             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
9781             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
9782             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9783                 return false;
9784             }
9785             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
9786                 return false;
9787             }
9788             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
9789                 return false;
9790             }
9791             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
9792                 return false;
9793             }
9794             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9795                 return false;
9796             }
9797             final Phylogeny gene2 = factory
9798                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9799                              new NHXParser() )[ 0 ];
9800             gene2.setRooted( true );
9801             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
9802             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9803                 return false;
9804             }
9805             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9806                 return false;
9807             }
9808             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9809                 return false;
9810             }
9811             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
9812                 return false;
9813             }
9814             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9815                 return false;
9816             }
9817             final Phylogeny species6 = factory
9818                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9819                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9820                              new NHXParser() )[ 0 ];
9821             final Phylogeny gene6 = factory
9822                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9823                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9824                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9825                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9826                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9827                              new NHXParser() )[ 0 ];
9828             species6.setRooted( true );
9829             gene6.setRooted( true );
9830             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
9831             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9832                 return false;
9833             }
9834             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9835                 return false;
9836             }
9837             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9838                 return false;
9839             }
9840             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9841                 return false;
9842             }
9843             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9844                 return false;
9845             }
9846             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9847                 return false;
9848             }
9849             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9850                 return false;
9851             }
9852             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9853                 return false;
9854             }
9855             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9856                 return false;
9857             }
9858             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9859                 return false;
9860             }
9861             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9862                 return false;
9863             }
9864             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9865                 return false;
9866             }
9867             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9868                 return false;
9869             }
9870             p6 = null;
9871             final Phylogeny species7 = factory
9872                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9873                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9874                              new NHXParser() )[ 0 ];
9875             final Phylogeny gene7 = factory
9876                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9877                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9878                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9879                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9880                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9881                              new NHXParser() )[ 0 ];
9882             species7.setRooted( true );
9883             gene7.setRooted( true );
9884             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
9885             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9886                 return false;
9887             }
9888             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9889                 return false;
9890             }
9891             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9892                 return false;
9893             }
9894             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9895                 return false;
9896             }
9897             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
9898                 return false;
9899             }
9900             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9901                 return false;
9902             }
9903             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9904                 return false;
9905             }
9906             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9907                 return false;
9908             }
9909             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9910                 return false;
9911             }
9912             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9913                 return false;
9914             }
9915             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9916                 return false;
9917             }
9918             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9919                 return false;
9920             }
9921             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9922                 return false;
9923             }
9924             p7 = null;
9925             final Phylogeny species8 = factory
9926                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9927                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9928                              new NHXParser() )[ 0 ];
9929             final Phylogeny gene8 = factory
9930                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9931                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9932                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9933                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9934                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9935                              new NHXParser() )[ 0 ];
9936             species8.setRooted( true );
9937             gene8.setRooted( true );
9938             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
9939             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9940                 return false;
9941             }
9942             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9943                 return false;
9944             }
9945             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9946                 return false;
9947             }
9948             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9949                 return false;
9950             }
9951             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9952                 return false;
9953             }
9954             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9955                 return false;
9956             }
9957             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9958                 return false;
9959             }
9960             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9961                 return false;
9962             }
9963             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9964                 return false;
9965             }
9966             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9967                 return false;
9968             }
9969             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9970                 return false;
9971             }
9972             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9973                 return false;
9974             }
9975             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9976                 return false;
9977             }
9978             p8 = null;
9979         }
9980         catch ( final Exception e ) {
9981             e.printStackTrace( System.out );
9982             return false;
9983         }
9984         return true;
9985     }
9986
9987     private static boolean testSequenceIdParsing() {
9988         try {
9989             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
9990             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
9991                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
9992                 if ( id != null ) {
9993                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9994                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
9995                 }
9996                 return false;
9997             }
9998             //
9999             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10000             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10001                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10002                 if ( id != null ) {
10003                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10004                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10005                 }
10006                 return false;
10007             }
10008             //
10009             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10010             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10011                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10012                 if ( id != null ) {
10013                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10014                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10015                 }
10016                 return false;
10017             }
10018             //
10019             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10020             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10021                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10022                 if ( id != null ) {
10023                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10024                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10025                 }
10026                 return false;
10027             }
10028             //
10029             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10030             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10031                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10032                 if ( id != null ) {
10033                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10034                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10035                 }
10036                 return false;
10037             }
10038             //
10039             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10040             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10041                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10042                 if ( id != null ) {
10043                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10044                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10045                 }
10046                 return false;
10047             }
10048             //
10049             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10050             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10051                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10052                 if ( id != null ) {
10053                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10054                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10055                 }
10056                 return false;
10057             }
10058             //
10059             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10060             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10061                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10062                 if ( id != null ) {
10063                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10064                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10065                 }
10066                 return false;
10067             }
10068             //
10069             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10070             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10071                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10072                 if ( id != null ) {
10073                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10074                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10075                 }
10076                 return false;
10077             }
10078             //
10079             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10080             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10081                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10082                 if ( id != null ) {
10083                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10084                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10085                 }
10086                 return false;
10087             }
10088             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10089             if ( id != null ) {
10090                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10091                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10092                 return false;
10093             }
10094         }
10095         catch ( final Exception e ) {
10096             e.printStackTrace( System.out );
10097             return false;
10098         }
10099         return true;
10100     }
10101
10102     private static boolean testSequenceWriter() {
10103         try {
10104             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10105             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10106                 return false;
10107             }
10108             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10109                 return false;
10110             }
10111             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10112                 return false;
10113             }
10114             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10115                 return false;
10116             }
10117             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10118                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10119                 return false;
10120             }
10121             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10122                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10123                 return false;
10124             }
10125         }
10126         catch ( final Exception e ) {
10127             e.printStackTrace();
10128             return false;
10129         }
10130         return true;
10131     }
10132
10133     private static boolean testSpecies() {
10134         try {
10135             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10136             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10137             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10138             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10139             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10140                 return false;
10141             }
10142             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10143                 return false;
10144             }
10145             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10146                 return false;
10147             }
10148             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10149                 return false;
10150             }
10151             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10152                 return false;
10153             }
10154             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10155                 return false;
10156             }
10157             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10158                 return false;
10159             }
10160             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10161                 return false;
10162             }
10163             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10164                 return false;
10165             }
10166             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10167                 return false;
10168             }
10169             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10170                 return false;
10171             }
10172             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10173                 return false;
10174             }
10175             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10176                 return false;
10177             }
10178             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10179                 return false;
10180             }
10181             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10182             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10183                 return false;
10184             }
10185             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10186                 return false;
10187             }
10188         }
10189         catch ( final Exception e ) {
10190             e.printStackTrace( System.out );
10191             return false;
10192         }
10193         return true;
10194     }
10195
10196     private static boolean testSplit() {
10197         try {
10198             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10199             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10200             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
10201             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10202             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10203             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10204             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10205             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10206             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10207             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10208             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10209             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10210             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10211             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
10212             // System.out.println( s0.toString() );
10213             //
10214             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10217             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10218                 return false;
10219             }
10220             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10221             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10225             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10228             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10229                 return false;
10230             }
10231             //
10232             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10234             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10236             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10237                 return false;
10238             }
10239             //
10240             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10242             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10245             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10246                 return false;
10247             }
10248             //
10249             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10250             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10252             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10253             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10254             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10255                 return false;
10256             }
10257             //
10258             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10259             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10260             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10261             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10262             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10263                 return false;
10264             }
10265             //
10266             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10267             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10268             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10269             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10270                 return false;
10271             }
10272             //
10273             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10274             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10276             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10277             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10278             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10279             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10280                 return false;
10281             }
10282             //
10283             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10285             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10286             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10287             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10288                 return false;
10289             }
10290             //
10291             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10292             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10293             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10294             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10295             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10296             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10297                 return false;
10298             }
10299             //
10300             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10301             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10302             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10303             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10304                 return false;
10305             }
10306             //
10307             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10308             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10309             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10310             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10312             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10313                 return false;
10314             }
10315             //
10316             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10320             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10321             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10322             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10323                 return false;
10324             }
10325             //
10326             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10327             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10328             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10329             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10330             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10331                 return false;
10332             }
10333             //
10334             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10335             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10336             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10337             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10338                 return false;
10339             }
10340             //
10341             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10342             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10343             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10344             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10345                 return false;
10346             }
10347             //
10348             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10351             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10352                 return false;
10353             }
10354             //
10355             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10356             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10357             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10358             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10359                 return false;
10360             }
10361             //
10362             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10363             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10365             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10366                 return false;
10367             }
10368             //
10369             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10370             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10372             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10373                 return false;
10374             }
10375             //
10376             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10377             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10378             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10380             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10381                 return false;
10382             }
10383             //
10384             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10385             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10386             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10387             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10388             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10389                 return false;
10390             }
10391             //
10392             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10394             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10395             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10396             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10397                 return false;
10398             }
10399             //
10400             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10401             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10402             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10403             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10404             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10405             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10406                 return false;
10407             }
10408             /////////
10409             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10410             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10411             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10412             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10413             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10414             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10415             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10416             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10417             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10418             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10419             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10420             //                return false;
10421             //            }
10422             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10423             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10424             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10425             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10426             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10427             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10428             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10429             //                return false;
10430             //            }
10431             //            //
10432             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10433             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10434             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10435             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10436             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10437             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10438             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10439             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10440             //                return false;
10441             //            }
10442             //            //
10443             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10444             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10445             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10446             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10447             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10448             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10449             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10450             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10451             //                return false;
10452             //            }
10453             //            //
10454             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10455             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10456             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10457             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10458             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10459             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10460             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10461             //                return false;
10462             //            }
10463             //            //
10464             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10465             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10466             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10467             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10468             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10469             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10470             //                return false;
10471             //            }
10472             //
10473             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10475             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10476             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10477             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10478             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10479                 return false;
10480             }
10481             //
10482             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10483             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10484             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10485             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10486             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10487             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10488                 return false;
10489             }
10490             ///////////////////////////
10491             //
10492             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10495             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10497             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10498                 return false;
10499             }
10500             //
10501             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10503             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10504             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10505             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10506             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10507                 return false;
10508             }
10509             //
10510             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10511             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10514             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10515             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10516                 return false;
10517             }
10518             //
10519             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10524             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10525                 return false;
10526             }
10527             //
10528             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10533             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10534                 return false;
10535             }
10536             //
10537             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10540             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10541             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10542                 return false;
10543             }
10544             //
10545             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10550             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10551             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10552                 return false;
10553             }
10554             //
10555             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10558             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10559             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10560             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10561             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10562                 return false;
10563             }
10564             //
10565             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10568             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10569             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10570             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10571             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10572                 return false;
10573             }
10574             //
10575             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10578             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10580             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10582             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10583                 return false;
10584             }
10585         }
10586         catch ( final Exception e ) {
10587             e.printStackTrace();
10588             return false;
10589         }
10590         return true;
10591     }
10592
10593     private static boolean testSplitStrict() {
10594         try {
10595             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10596             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10597             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10598             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10599             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10600             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10601             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10602             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10603             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10604             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10605             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
10606             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10607             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10608             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10609             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10610                 return false;
10611             }
10612             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10613             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10615             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10616             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10617             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10618             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10619             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10620             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10621                 return false;
10622             }
10623             //
10624             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10626             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10627             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10628             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10629                 return false;
10630             }
10631             //
10632             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10636             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10637             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10638                 return false;
10639             }
10640             //
10641             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10645             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10646             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10647                 return false;
10648             }
10649             //
10650             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10654             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10655                 return false;
10656             }
10657             //
10658             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10661             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10662                 return false;
10663             }
10664             //
10665             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10666             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10671             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10672                 return false;
10673             }
10674             //
10675             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10676             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10679             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10680                 return false;
10681             }
10682             //
10683             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10684             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10685             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10688             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10689                 return false;
10690             }
10691             //
10692             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10693             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10695             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10696                 return false;
10697             }
10698             //
10699             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10700             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10702             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10704             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10705                 return false;
10706             }
10707             //
10708             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10709             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10714             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10715                 return false;
10716             }
10717             //
10718             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10722             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10723                 return false;
10724             }
10725             //
10726             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10727             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10728             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10729             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10730                 return false;
10731             }
10732             //
10733             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10734             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10735             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10736             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10737                 return false;
10738             }
10739             //
10740             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10742             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10743             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10744                 return false;
10745             }
10746             //
10747             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10750             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10751                 return false;
10752             }
10753             //
10754             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10757             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10758                 return false;
10759             }
10760             //
10761             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10762             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10764             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10765                 return false;
10766             }
10767             //
10768             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10769             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10770             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10771             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10772             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10773                 return false;
10774             }
10775             //
10776             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10777             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10780             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10781                 return false;
10782             }
10783             //
10784             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10785             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10786             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10788             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10789                 return false;
10790             }
10791             //
10792             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10793             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10797             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10798                 return false;
10799             }
10800         }
10801         catch ( final Exception e ) {
10802             e.printStackTrace();
10803             return false;
10804         }
10805         return true;
10806     }
10807
10808     private static boolean testSubtreeDeletion() {
10809         try {
10810             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10811             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10812             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
10813             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10814                 return false;
10815             }
10816             t1.toNewHampshireX();
10817             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
10818             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
10819                 return false;
10820             }
10821             t1.toNewHampshireX();
10822             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
10823             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10824                 return false;
10825             }
10826             t1.toNewHampshireX();
10827             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
10828             t1.toNewHampshireX();
10829             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10830                 return false;
10831             }
10832             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
10833             t1.toNewHampshireX();
10834             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
10835                 return false;
10836             }
10837             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
10838             t1.toNewHampshireX();
10839             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10840                 return false;
10841             }
10842             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
10843             t1.toNewHampshireX();
10844             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10845                 return false;
10846             }
10847             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
10848             t1.toNewHampshireX();
10849             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10850                 return false;
10851             }
10852             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
10853             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
10854                 return false;
10855             }
10856             if ( !t1.isEmpty() ) {
10857                 return false;
10858             }
10859             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10860             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
10861             t2.toNewHampshireX();
10862             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10863                 return false;
10864             }
10865             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
10866             t2.toNewHampshireX();
10867             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10868                 return false;
10869             }
10870             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
10871             t2.toNewHampshireX();
10872             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10873                 return false;
10874             }
10875         }
10876         catch ( final Exception e ) {
10877             e.printStackTrace( System.out );
10878             return false;
10879         }
10880         return true;
10881     }
10882
10883     private static boolean testSupportCount() {
10884         try {
10885             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10886             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
10887             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
10888                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
10889                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10890                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10891                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
10892                                                               new NHXParser() );
10893             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
10894             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
10895             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10896                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
10897                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
10898                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10899                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10900                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10901                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
10902                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10903                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
10904                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
10905                                                               new NHXParser() );
10906             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
10907             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
10908             while ( it.hasNext() ) {
10909                 final PhylogenyNode n = it.next();
10910                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
10911                     return false;
10912                 }
10913             }
10914             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
10915             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
10916                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
10917             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
10918             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
10919             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
10920                 return false;
10921             }
10922             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
10923                 return false;
10924             }
10925             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
10926                 return false;
10927             }
10928             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
10929                 return false;
10930             }
10931             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
10932                 return false;
10933             }
10934             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
10935                 return false;
10936             }
10937             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
10938                 return false;
10939             }
10940             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
10941                 return false;
10942             }
10943             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
10944                 return false;
10945             }
10946             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
10947                 return false;
10948             }
10949             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10950             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
10951                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
10952             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
10953             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
10954             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
10955                 return false;
10956             }
10957             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
10958                 return false;
10959             }
10960             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
10961                 return false;
10962             }
10963             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
10964                 return false;
10965             }
10966             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
10967                 return false;
10968             }
10969             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
10970                 return false;
10971             }
10972             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
10973                 return false;
10974             }
10975             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
10976                 return false;
10977             }
10978             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
10979                 return false;
10980             }
10981             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
10982                 return false;
10983             }
10984             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10985             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10986             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
10987             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
10988                 return false;
10989             }
10990             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10991             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10992             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
10993             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
10994                 return false;
10995             }
10996             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10997             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
10998             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
10999             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11000                 return false;
11001             }
11002             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11003             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11004             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11005             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11006                 return false;
11007             }
11008         }
11009         catch ( final Exception e ) {
11010             e.printStackTrace( System.out );
11011             return false;
11012         }
11013         return true;
11014     }
11015
11016     private static boolean testSupportTransfer() {
11017         try {
11018             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11019             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11020                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11021             final Phylogeny p2 = factory
11022                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11023             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11024                 return false;
11025             }
11026             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11027                 return false;
11028             }
11029             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11030             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11031             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11032                 return false;
11033             }
11034             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11035                 return false;
11036             }
11037             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11038                 return false;
11039             }
11040             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11041                 return false;
11042             }
11043             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11044                 return false;
11045             }
11046             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11047                 return false;
11048             }
11049             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11050                 return false;
11051             }
11052             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11053                 return false;
11054             }
11055         }
11056         catch ( final Exception e ) {
11057             e.printStackTrace( System.out );
11058             return false;
11059         }
11060         return true;
11061     }
11062
11063     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11064         try {
11065             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11066                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11067             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11068                 return false;
11069             }
11070             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11071                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11072             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11073                 System.out.println( n1.toString() );
11074                 return false;
11075             }
11076             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11077                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11078             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11079                 return false;
11080             }
11081             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11082                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11083             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11084                 System.out.println( n3.toString() );
11085                 return false;
11086             }
11087             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11088                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11089             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11090                 System.out.println( n4.toString() );
11091                 return false;
11092             }
11093             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11094                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11095             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11096                 System.out.println( n5.toString() );
11097                 return false;
11098             }
11099             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11100                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11101             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11102                 System.out.println( n6.toString() );
11103                 return false;
11104             }
11105             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11106                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11107             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11108                 System.out.println( n7.toString() );
11109                 return false;
11110             }
11111             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11112                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11113             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11114                 System.out.println( n8.toString() );
11115                 return false;
11116             }
11117             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11118                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11119             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11120                 System.out.println( n9.toString() );
11121                 return false;
11122             }
11123             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11124                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11125             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11126                 System.out.println( n10x.toString() );
11127                 return false;
11128             }
11129             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11130                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11131             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11132                 System.out.println( n10xx.toString() );
11133                 return false;
11134             }
11135             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11136                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11137             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11138                 System.out.println( n10.toString() );
11139                 return false;
11140             }
11141             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11142                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11143             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11144                 System.out.println( n11.toString() );
11145                 return false;
11146             }
11147             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11148                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11149                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11150             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11151                 System.out.println( n12.toString() );
11152                 return false;
11153             }
11154             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11155                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11156             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11157                 System.out.println( n13.toString() );
11158                 return false;
11159             }
11160         }
11161         catch ( final Exception e ) {
11162             e.printStackTrace( System.out );
11163             return false;
11164         }
11165         return true;
11166     }
11167
11168     private static boolean testTreeMethods() {
11169         try {
11170             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11171             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11172             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
11173             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
11174                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
11175                 return false;
11176             }
11177             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11178             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
11179             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
11180                 return false;
11181             }
11182             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
11183                 return false;
11184             }
11185             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
11186                 return false;
11187             }
11188         }
11189         catch ( final Exception e ) {
11190             e.printStackTrace( System.out );
11191             return false;
11192         }
11193         return true;
11194     }
11195
11196     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
11197         try {
11198             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
11199             n.setName( "NP_001025424" );
11200             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11201             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11202                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11203                 return false;
11204             }
11205             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
11206             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11207             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11208                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11209                 return false;
11210             }
11211             n.setName( "NP_001025424.1" );
11212             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11213             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11214                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11215                 return false;
11216             }
11217             n.setName( "NM_001030253" );
11218             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11219             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11220                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11221                 return false;
11222             }
11223             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
11224             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11225             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11226                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
11227                 System.out.println( acc.toString() );
11228                 return false;
11229             }
11230             n.setName( "P10415" );
11231             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11232             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11233                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11234                 System.out.println( acc.toString() );
11235                 return false;
11236             }
11237             n.setName( " P10415 " );
11238             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11239             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11240                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11241                 System.out.println( acc.toString() );
11242                 return false;
11243             }
11244             n.setName( "_P10415|" );
11245             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11246             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11247                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11248                 System.out.println( acc.toString() );
11249                 return false;
11250             }
11251             n.setName( "AY695820" );
11252             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11253             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11254                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11255                 System.out.println( acc.toString() );
11256                 return false;
11257             }
11258             n.setName( "_AY695820_" );
11259             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11260             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11261                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11262                 System.out.println( acc.toString() );
11263                 return false;
11264             }
11265             n.setName( "AAA59452" );
11266             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11267             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11268                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11269                 System.out.println( acc.toString() );
11270                 return false;
11271             }
11272             n.setName( "_AAA59452_" );
11273             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11274             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11275                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11276                 System.out.println( acc.toString() );
11277                 return false;
11278             }
11279             n.setName( "AAA59452.1" );
11280             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11281             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11282                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11283                 System.out.println( acc.toString() );
11284                 return false;
11285             }
11286             n.setName( "_AAA59452.1_" );
11287             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11288             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11289                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11290                 System.out.println( acc.toString() );
11291                 return false;
11292             }
11293             n.setName( "GI:94894583" );
11294             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11295             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11296                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
11297                 System.out.println( acc.toString() );
11298                 return false;
11299             }
11300         }
11301         catch ( final Exception e ) {
11302             return false;
11303         }
11304         return true;
11305     }
11306
11307     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
11308         try {
11309             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
11310             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
11311             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
11312                 return false;
11313             }
11314             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11315                 return false;
11316             }
11317             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11318                 return false;
11319             }
11320             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11321                 return false;
11322             }
11323             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
11324             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
11325             System.out.println( n2.toString() );
11326             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
11327                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
11328                 return false;
11329             }
11330             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11331                 return false;
11332             }
11333             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11334                 return false;
11335             }
11336             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11337                 return false;
11338             }
11339             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
11340             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
11341             System.out.println( "n=" + n3.toString() );
11342             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
11343                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11344                 return false;
11345             }
11346             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11347                 return false;
11348             }
11349             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11350                 return false;
11351             }
11352             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
11353                 return false;
11354             }
11355         }
11356         catch ( final IOException e ) {
11357             System.out.println();
11358             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11359             e.printStackTrace( System.out );
11360             return true;
11361         }
11362         catch ( final Exception e ) {
11363             e.printStackTrace();
11364             return false;
11365         }
11366         return true;
11367     }
11368
11369     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
11370         try {
11371             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
11372             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
11373                 System.out.println( entry.getAccession() );
11374                 return false;
11375             }
11376             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
11377                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
11378                 return false;
11379             }
11380             if ( !entry.getSequenceName()
11381                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
11382                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
11383                 return false;
11384             }
11385             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
11386             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
11387             //     return false;
11388             // }
11389             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
11390                 System.out.println( entry.getGeneName() );
11391                 return false;
11392             }
11393             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
11394                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
11395                 return false;
11396             }
11397             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
11398                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
11399                 return false;
11400             }
11401             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
11402                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
11403                 return false;
11404             }
11405             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
11406                 return false;
11407             }
11408             //
11409             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
11410             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
11411                 return false;
11412             }
11413             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
11414                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
11415                 return false;
11416             }
11417             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
11418                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
11419                 return false;
11420             }
11421             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
11422                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
11423                 return false;
11424             }
11425             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
11426                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
11427                 return false;
11428             }
11429             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
11430                 return false;
11431             }
11432             //
11433             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
11434             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
11435                 return false;
11436             }
11437             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11438                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
11439                 return false;
11440             }
11441             if ( !entry2.getSequenceName()
11442                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11443                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
11444                 return false;
11445             }
11446             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11447                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
11448                 return false;
11449             }
11450             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
11451                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
11452                 return false;
11453             }
11454             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
11455                 return false;
11456             }
11457             //
11458             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
11459             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11460                 return false;
11461             }
11462             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
11463                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
11464                 return false;
11465             }
11466             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
11467                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
11468                 return false;
11469             }
11470             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
11471                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
11472                 return false;
11473             }
11474             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
11475                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
11476                 return false;
11477             }
11478             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
11479                 return false;
11480             }
11481             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
11482                 return false;
11483             }
11484             //
11485             //
11486             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
11487             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
11488                 return false;
11489             }
11490             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11491                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
11492                 return false;
11493             }
11494             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
11495                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
11496                 return false;
11497             }
11498             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11499                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
11500                 return false;
11501             }
11502             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
11503                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
11504                 return false;
11505             }
11506             if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
11507                 System.out.println( entry4.getChromosome() );
11508                 return false;
11509             }
11510             if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
11511                 System.out.println( entry4.getMap() );
11512                 return false;
11513             }
11514            //TODO FIXME gi...
11515             //
11516             //TODO fails:
11517             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
11518             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11519             //                return false;
11520             //            }
11521         }
11522         catch ( final IOException e ) {
11523             System.out.println();
11524             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11525             e.printStackTrace( System.out );
11526             return true;
11527         }
11528         catch ( final Exception e ) {
11529             e.printStackTrace();
11530             return false;
11531         }
11532         return true;
11533     }
11534
11535     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
11536         try {
11537             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
11538             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
11539                 return false;
11540             }
11541             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
11542                 return false;
11543             }
11544             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
11545                 return false;
11546             }
11547             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
11548                 return false;
11549             }
11550             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
11551                 return false;
11552             }
11553             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
11554                 return false;
11555             }
11556         }
11557         catch ( final IOException e ) {
11558             System.out.println();
11559             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11560             e.printStackTrace( System.out );
11561             return true;
11562         }
11563         catch ( final Exception e ) {
11564             return false;
11565         }
11566         return true;
11567     }
11568
11569     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
11570         try {
11571             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
11572                                                                                                  10 );
11573             if ( results.size() != 1 ) {
11574                 return false;
11575             }
11576             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11577                 return false;
11578             }
11579             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11580                 return false;
11581             }
11582             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11583                 return false;
11584             }
11585             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11586                 return false;
11587             }
11588             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11589                 return false;
11590             }
11591             results = null;
11592             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
11593             if ( results.size() != 1 ) {
11594                 return false;
11595             }
11596             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11597                 return false;
11598             }
11599             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11600                 return false;
11601             }
11602             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11603                 return false;
11604             }
11605             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11606                 return false;
11607             }
11608             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11609                 return false;
11610             }
11611             results = null;
11612             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
11613             if ( results.size() != 1 ) {
11614                 return false;
11615             }
11616             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11617                 return false;
11618             }
11619             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11620                 return false;
11621             }
11622             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11623                 return false;
11624             }
11625             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11626                 return false;
11627             }
11628             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11629                 return false;
11630             }
11631             results = null;
11632             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
11633             if ( results.size() != 1 ) {
11634                 return false;
11635             }
11636             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11637                 return false;
11638             }
11639             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11640                 return false;
11641             }
11642             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11643                 return false;
11644             }
11645             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11646                 return false;
11647             }
11648             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11649                 return false;
11650             }
11651             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
11652                 return false;
11653             }
11654             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
11655                 return false;
11656             }
11657             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11658                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11659                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11660                 return false;
11661             }
11662             //
11663             results = null;
11664             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
11665             if ( results.size() != 1 ) {
11666                 return false;
11667             }
11668             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11669                 return false;
11670             }
11671             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11672                 return false;
11673             }
11674             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11675                 return false;
11676             }
11677             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11678                 return false;
11679             }
11680             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11681                 return false;
11682             }
11683             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11684                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11685                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11686                 return false;
11687             }
11688             //
11689             results = null;
11690             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
11691             if ( results.size() != 1 ) {
11692                 return false;
11693             }
11694             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11695                 return false;
11696             }
11697             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11698                 return false;
11699             }
11700             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11701                 return false;
11702             }
11703             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11704                 return false;
11705             }
11706             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11707                 return false;
11708             }
11709             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11710                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11711                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11712                 return false;
11713             }
11714             //
11715             results = null;
11716             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
11717             if ( results.size() != 1 ) {
11718                 return false;
11719             }
11720             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11721                 return false;
11722             }
11723             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11724                 return false;
11725             }
11726             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11727                 return false;
11728             }
11729             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11730                 return false;
11731             }
11732             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11733                 return false;
11734             }
11735             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11736                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11737                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11738                 return false;
11739             }
11740         }
11741         catch ( final IOException e ) {
11742             System.out.println();
11743             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11744             e.printStackTrace( System.out );
11745             return true;
11746         }
11747         catch ( final Exception e ) {
11748             return false;
11749         }
11750         return true;
11751     }
11752
11753     private static boolean testWabiTxSearch() {
11754         try {
11755             String result = "";
11756             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
11757             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
11758             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
11759                 return false;
11760             }
11761             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
11762             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
11763                 return false;
11764             }
11765             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
11766             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
11767                 return false;
11768             }
11769             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
11770             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11771                 return false;
11772             }
11773             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11774             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
11775                 return false;
11776             }
11777             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
11778             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
11779                 return false;
11780             }
11781             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
11782             queries.add( "Campylobacter coli" );
11783             queries.add( "Escherichia coli" );
11784             queries.add( "Arabidopsis" );
11785             queries.add( "Trichoplax" );
11786             queries.add( "Samanea saman" );
11787             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
11788             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11789             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
11790             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
11791             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
11792             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
11793             ranks.add( RANKS.FAMILY );
11794             ranks.add( RANKS.GENUS );
11795             ranks.add( RANKS.TRIBE );
11796             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
11797             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
11798             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
11799         }
11800         catch ( final Exception e ) {
11801             System.out.println();
11802             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11803             e.printStackTrace( System.out );
11804             return false;
11805         }
11806         return true;
11807     }
11808 }