forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.Mafft;
  58 import org.forester.msa.Msa;
  59 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  60 import org.forester.pccx.TestPccx;
  61 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  62 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  63 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  65 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  66 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  67 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  69 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  72 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  74 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  77 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  79 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  80 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  81 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  82 import org.forester.sdi.SDI;
  83 import org.forester.sdi.SDIR;
  84 import org.forester.sdi.SDIse;
  85 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  86 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  87 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  88 import org.forester.sequence.Sequence;
  89 import org.forester.surfacing.Protein;
  90 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  91 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  92 import org.forester.tools.SupportCount;
  93 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  94 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  95 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  96 import org.forester.util.BasicTable;
  97 import org.forester.util.BasicTableParser;
  98 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.ForesterConstants;
 100 import org.forester.util.ForesterUtil;
 101 import org.forester.util.GeneralTable;
 102 import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
 103 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 104 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 105 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 106 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 107 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 108 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 110
 111 @SuppressWarnings( "unused")
 112 public final class Test {
 113
 114     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 115     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 116                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 117                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 118     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 121     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 122     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 123                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 124                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 125     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 128
 129     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 130         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 131         return p;
 132     }
 133
 134     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 135         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 136         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 137     }
 138
 139     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 140         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 141     }
 142
 143     public static void main( final String[] args ) {
 144         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 145         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 146                 + "]" );
 147         Locale.setDefault( Locale.US );
 148         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 149         int failed = 0;
 150         int succeeded = 0;
 151         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 152         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 153             System.out.println( "OK.]" );
 154         }
 155         else {
 156             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 157             System.out.println( "Testing aborted." );
 158             System.exit( -1 );
 159         }
 160         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 161         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 162             System.out.println( "OK.]" );
 163         }
 164         else {
 165             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 166             System.out.println( "Testing aborted." );
 167             System.exit( -1 );
 168         }
 169         final long start_time = new Date().getTime();
 170         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 171         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 172             System.out.println( "OK." );
 173             succeeded++;
 174         }
 175         else {
 176             System.out.println( "failed." );
 177             failed++;
 178         }
 179         System.out.print( "Basic node methods: " );
 180         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 181             System.out.println( "OK." );
 182             succeeded++;
 183         }
 184         else {
 185             System.out.println( "failed." );
 186             failed++;
 187         }
 188         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 189         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 190             System.out.println( "OK." );
 191             succeeded++;
 192         }
 193         else {
 194             System.out.println( "failed." );
 195             failed++;
 196         }
 197         System.out.print( "NH parsing: " );
 198         if ( Test.testNHParsing() ) {
 199             System.out.println( "OK." );
 200             succeeded++;
 201         }
 202         else {
 203             System.out.println( "failed." );
 204             failed++;
 205         }
 206         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 207         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 208             System.out.println( "OK." );
 209             succeeded++;
 210         }
 211         else {
 212             System.out.println( "failed." );
 213             failed++;
 214         }
 215         System.out.print( "NHX parsing: " );
 216         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 217             System.out.println( "OK." );
 218             succeeded++;
 219         }
 220         else {
 221             System.out.println( "failed." );
 222             failed++;
 223         }
 224         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 225         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 226             System.out.println( "OK." );
 227             succeeded++;
 228         }
 229         else {
 230             System.out.println( "failed." );
 231             failed++;
 232         }
 233         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 234         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 235             System.out.println( "OK." );
 236             succeeded++;
 237         }
 238         else {
 239             System.out.println( "failed." );
 240             failed++;
 241         }
 242         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 243         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 244             System.out.println( "OK." );
 245             succeeded++;
 246         }
 247         else {
 248             System.out.println( "failed." );
 249             failed++;
 250         }
 251         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 252         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 253             System.out.println( "OK." );
 254             succeeded++;
 255         }
 256         else {
 257             System.out.println( "failed." );
 258             failed++;
 259         }
 260         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 261         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 262             System.out.println( "OK." );
 263             succeeded++;
 264         }
 265         else {
 266             System.out.println( "failed." );
 267             failed++;
 268         }
 269         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 270         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 271             System.out.println( "OK." );
 272             succeeded++;
 273         }
 274         else {
 275             System.out.println( "failed." );
 276             failed++;
 277         }
 278         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 279         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 280             System.out.println( "OK." );
 281             succeeded++;
 282         }
 283         else {
 284             System.out.println( "failed." );
 285             failed++;
 286         }
 287         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 288         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 289             System.out.println( "OK." );
 290             succeeded++;
 291         }
 292         else {
 293             System.out.println( "failed." );
 294             failed++;
 295         }
 296         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 297         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 298             System.out.println( "OK." );
 299             succeeded++;
 300         }
 301         else {
 302             System.out.println( "failed." );
 303             failed++;
 304         }
 305         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 306         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 307             System.out.println( "OK." );
 308             succeeded++;
 309         }
 310         else {
 311             System.out.println( "failed." );
 312             failed++;
 313         }
 314         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 315         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 316             System.out.println( "OK." );
 317             succeeded++;
 318         }
 319         else {
 320             System.out.println( "failed." );
 321             failed++;
 322         }
 323         System.out.print( "Copying of node data: " );
 324         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 325             System.out.println( "OK." );
 326             succeeded++;
 327         }
 328         else {
 329             System.out.println( "failed." );
 330             failed++;
 331         }
 332         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 333         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 334             System.out.println( "OK." );
 335             succeeded++;
 336         }
 337         else {
 338             System.out.println( "failed." );
 339             failed++;
 340         }
 341         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 342         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 343             System.out.println( "OK." );
 344             succeeded++;
 345         }
 346         else {
 347             System.out.println( "failed." );
 348             failed++;
 349         }
 350         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 351         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 352             System.out.println( "OK." );
 353             succeeded++;
 354         }
 355         else {
 356             System.out.println( "failed." );
 357             failed++;
 358         }
 359         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 360         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 361             System.out.println( "OK." );
 362             succeeded++;
 363         }
 364         else {
 365             System.out.println( "failed." );
 366             failed++;
 367         }
 368         System.out.print( "Re-id methods: " );
 369         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 370             System.out.println( "OK." );
 371             succeeded++;
 372         }
 373         else {
 374             System.out.println( "failed." );
 375             failed++;
 376         }
 377         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 378         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 379             System.out.println( "OK." );
 380             succeeded++;
 381         }
 382         else {
 383             System.out.println( "failed." );
 384             failed++;
 385         }
 386         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 387         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 388             System.out.println( "OK." );
 389             succeeded++;
 390         }
 391         else {
 392             System.out.println( "failed." );
 393             failed++;
 394         }
 395         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 396         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 397             System.out.println( "OK." );
 398             succeeded++;
 399         }
 400         else {
 401             System.out.println( "failed." );
 402             failed++;
 403         }
 404         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 405         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 406             System.out.println( "OK." );
 407             succeeded++;
 408         }
 409         else {
 410             System.out.println( "failed." );
 411             failed++;
 412         }
 413         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 414         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 415             System.out.println( "OK." );
 416             succeeded++;
 417         }
 418         else {
 419             System.out.println( "failed." );
 420             failed++;
 421         }
 422         System.out.print( "Rerooting: " );
 423         if ( Test.testRerooting() ) {
 424             System.out.println( "OK." );
 425             succeeded++;
 426         }
 427         else {
 428             System.out.println( "failed." );
 429             failed++;
 430         }
 431         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 432         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 433             System.out.println( "OK." );
 434             succeeded++;
 435         }
 436         else {
 437             System.out.println( "failed." );
 438             failed++;
 439         }
 440         System.out.print( "Support count: " );
 441         if ( Test.testSupportCount() ) {
 442             System.out.println( "OK." );
 443             succeeded++;
 444         }
 445         else {
 446             System.out.println( "failed." );
 447             failed++;
 448         }
 449         System.out.print( "Support transfer: " );
 450         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 451             System.out.println( "OK." );
 452             succeeded++;
 453         }
 454         else {
 455             System.out.println( "failed." );
 456             failed++;
 457         }
 458         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 459         if ( Test.testGetLCA() ) {
 460             System.out.println( "OK." );
 461             succeeded++;
 462         }
 463         else {
 464             System.out.println( "failed." );
 465             failed++;
 466         }
 467         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 468         if ( Test.testGetDistance() ) {
 469             System.out.println( "OK." );
 470             succeeded++;
 471         }
 472         else {
 473             System.out.println( "failed." );
 474             failed++;
 475         }
 476         System.out.print( "SDIse: " );
 477         if ( Test.testSDIse() ) {
 478             System.out.println( "OK." );
 479             succeeded++;
 480         }
 481         else {
 482             System.out.println( "failed." );
 483             failed++;
 484         }
 485         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 486         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 487             System.out.println( "OK." );
 488             succeeded++;
 489         }
 490         else {
 491             System.out.println( "failed." );
 492             failed++;
 493         }
 494         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 495         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 496             System.out.println( "OK." );
 497             succeeded++;
 498         }
 499         else {
 500             System.out.println( "failed." );
 501             failed++;
 502         }
 503         System.out.print( "GSDI: " );
 504         if ( TestGSDI.test() ) {
 505             System.out.println( "OK." );
 506             succeeded++;
 507         }
 508         else {
 509             System.out.println( "failed." );
 510             failed++;
 511         }
 512         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 513         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 514             System.out.println( "OK." );
 515             succeeded++;
 516         }
 517         else {
 518             System.out.println( "failed." );
 519             failed++;
 520         }
 521         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 522         if ( Test.testDataObjects() ) {
 523             System.out.println( "OK." );
 524             succeeded++;
 525         }
 526         else {
 527             System.out.println( "failed." );
 528             failed++;
 529         }
 530         System.out.print( "Properties map: " );
 531         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 532             System.out.println( "OK." );
 533             succeeded++;
 534         }
 535         else {
 536             System.out.println( "failed." );
 537             failed++;
 538         }
 539         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 540         System.out.println();
 541         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 542             System.out.println( "OK." );
 543             succeeded++;
 544         }
 545         else {
 546             System.out.println( "failed." );
 547             failed++;
 548         }
 549         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 550         System.out.println();
 551         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 552             System.out.println( "OK." );
 553             succeeded++;
 554         }
 555         else {
 556             System.out.println( "failed." );
 557             failed++;
 558         }
 559         System.out.print( "GO: " );
 560         System.out.println();
 561         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 562             System.out.println( "OK." );
 563             succeeded++;
 564         }
 565         else {
 566             System.out.println( "failed." );
 567             failed++;
 568         }
 569         System.out.print( "Modeling tools: " );
 570         if ( TestPccx.test() ) {
 571             System.out.println( "OK." );
 572             succeeded++;
 573         }
 574         else {
 575             System.out.println( "failed." );
 576             failed++;
 577         }
 578         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 579         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 580             System.out.println( "OK." );
 581             succeeded++;
 582         }
 583         else {
 584             System.out.println( "failed." );
 585             failed++;
 586         }
 587         System.out.print( "Split Matrix: " );
 588         if ( Test.testSplit() ) {
 589             System.out.println( "OK." );
 590             succeeded++;
 591         }
 592         else {
 593             System.out.println( "failed." );
 594             failed++;
 595         }
 596         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 597         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 598             System.out.println( "OK." );
 599             succeeded++;
 600         }
 601         else {
 602             System.out.println( "failed." );
 603             failed++;
 604         }
 605         System.out.print( "Basic table: " );
 606         if ( Test.testBasicTable() ) {
 607             System.out.println( "OK." );
 608             succeeded++;
 609         }
 610         else {
 611             System.out.println( "failed." );
 612             failed++;
 613         }
 614         System.out.print( "General table: " );
 615         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 616             System.out.println( "OK." );
 617             succeeded++;
 618         }
 619         else {
 620             System.out.println( "failed." );
 621             failed++;
 622         }
 623         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 624         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 625             System.out.println( "OK." );
 626             succeeded++;
 627         }
 628         else {
 629             System.out.println( "failed." );
 630             failed++;
 631         }
 632         System.out.print( "General MSA parser: " );
 633         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 634             System.out.println( "OK." );
 635             succeeded++;
 636         }
 637         else {
 638             System.out.println( "failed." );
 639             failed++;
 640         }
 641         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 642         if ( Test.testFastaParser() ) {
 643             System.out.println( "OK." );
 644             succeeded++;
 645         }
 646         else {
 647             System.out.println( "failed." );
 648             failed++;
 649         }
 650         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 651         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 652             System.out.println( "OK." );
 653             succeeded++;
 654         }
 655         else {
 656             System.out.println( "failed." );
 657             failed++;
 658         }
 659         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 660         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 661             System.out.println( "OK." );
 662             succeeded++;
 663         }
 664         else {
 665             System.out.println( "failed." );
 666             failed++;
 667         }
 668         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 669         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 670             System.out.println( "OK." );
 671             succeeded++;
 672         }
 673         else {
 674             System.out.println( "failed." );
 675             failed++;
 676         }
 677         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 678         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 679             System.out.println( "OK." );
 680             succeeded++;
 681         }
 682         else {
 683             System.out.println( "failed." );
 684             failed++;
 685         }
 686         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 687             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 688             if ( Test.testMafft() ) {
 689                 System.out.println( "OK." );
 690                 succeeded++;
 691             }
 692             else {
 693                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 694             }
 695         }
 696         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 697         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 698             System.out.println( "OK." );
 699             succeeded++;
 700         }
 701         else {
 702             System.out.println( "failed." );
 703             failed++;
 704         }
 705         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 706         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 707         //            System.out.println( "OK." );
 708         //            succeeded++;
 709         //        }
 710         //        else {
 711         //            System.out
 712         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 713         //        }
 714         System.out.println();
 715         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 716         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 717         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 718         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 719                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 720         System.out.println();
 721         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 722         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 723         System.out.println();
 724         if ( failed < 1 ) {
 725             System.out.println( "OK." );
 726         }
 727         else {
 728             System.out.println( "Not OK." );
 729         }
 730         // System.out.println();
 731         // Development.setTime( true );
 732         //try {
 733         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 734         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 735         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 736         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 737         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 738         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 739         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 740         // NHXParser() )[ 0 ];
 741         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 742         // }
 743         // catch ( final Exception e ) {
 744         //     e.printStackTrace();
 745         // }
 746         // t1.getRoot().preorderPrint();
 747         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 748         // .getInstance();
 749         // try {
 750         //
 751         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 752         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 753         // factory.create(
 754         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 755         // new NHXParser() );
 756         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 757         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 758         // factory.create(
 759         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 760         // new NHXParser() );
 761         //
 762         //
 763         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 764         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 765         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 766         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 767         // factory.create(
 768         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 769         // new NHXParser() );
 770         // factory.create(
 771         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 772         // new NHXParser() );
 773         //
 774         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 775         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 776         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 777         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 778         //
 779         // factory.create(
 780         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 781         // new NHXParser() );
 782         // factory.create(
 783         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 784         // new NHXParser() );
 785         //
 786         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 787         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 788         // factory.create(
 789         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 790         // new NHXParser() );
 791         //
 792         // }
 793         // catch ( IOException e ) {
 794         // // TODO Auto-generated catch block
 795         // e.printStackTrace();
 796         // }
 797     }
 798
 799     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 800         try {
 801             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 802                 return false;
 803             }
 804             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 805             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 806                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 807             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 808                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 809             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 810                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 811             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 812                 return false;
 813             }
 814             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 815                 return false;
 816             }
 817             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 818                 return false;
 819             }
 820             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 821                 return false;
 822             }
 823             if ( !n3.isExternal() ) {
 824                 return false;
 825             }
 826             if ( !n3.isRoot() ) {
 827                 return false;
 828             }
 829             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 830                 return false;
 831             }
 832         }
 833         catch ( final Exception e ) {
 834             e.printStackTrace( System.out );
 835             return false;
 836         }
 837         return true;
 838     }
 839
 840     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 841         try {
 842             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 843             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 844             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 845                                                               xml_parser );
 846             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 847                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 848                 return false;
 849             }
 850             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 851                 return false;
 852             }
 853             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 854             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 855             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 856             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 857             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 858                 return false;
 859             }
 860             if ( !t1.isRooted() ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( t1.isRerootable() ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 879                 return false;
 880             }
 881             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 882                 return false;
 883             }
 884             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 885                 return false;
 886             }
 887             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 888                 return false;
 889             }
 890             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 891                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 892                 return false;
 893             }
 894             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 895                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 914                 return false;
 915             }
 916             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 917                 return false;
 918             }
 919             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 920                 return false;
 921             }
 922             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 923                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 936                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 940                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 941                 return false;
 942             }
 943             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 944                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 948                     .equals( "experimental" ) ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 952                     .equals( "function" ) ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 956                     .getValue() != 1 ) {
 957                 return false;
 958             }
 959             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 960                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 961                 return false;
 962             }
 963             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 964                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 968                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 969                 return false;
 970             }
 971             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 972                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 973                 return false;
 974             }
 975             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 976                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 980                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 984                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 988                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
 989                 return false;
 990             }
 991             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
 992                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
 993                 return false;
 994             }
 995             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 996                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
 997                 return false;
 998             }
 999             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1000                 return false;
1001             }
1002             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1003                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1004                 return false;
1005             }
1006             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1007                 return false;
1008             }
1009             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1010             //     return false;
1011             //}
1012             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1013             //                return false;
1014             //            }
1015             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1016             //                return false;
1017             //            }
1018             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1019             //                return false;
1020             //            }
1021             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1022             //                return false;
1023             //            }
1024             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1025             //                return false;
1026             //            }
1027             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1028             //                return false;
1029             //            }
1030             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1031             //                return false;
1032             //            }
1033             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1034             //                return false;
1035             //            }
1036             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1037             //                    .equals( "B" ) ) {
1038             //                return false;
1039             //            }
1040             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1041             //                return false;
1042             //            }
1043             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1044             //                return false;
1045             //            }
1046             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1047             //                return false;
1048             //            }
1049             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1050             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1051             //                return false;
1052             //            }
1053             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1054             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1055             //                return false;
1056             //            }
1057             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1058             //                return false;
1059             //            }
1060             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1061             //                return false;
1062             //            }
1063             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1064             //                return false;
1065             //            }
1066             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1067             //                return false;
1068             //            }
1069             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1070             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1071             //                ;
1072             //                return false;
1073             //            }
1074             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1075             //                return false;
1076             //            }
1077             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1078             //                return false;
1079             //            }
1080             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1081             //                return false;
1082             //            }
1083             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1084             //                return false;
1085             //            }
1086             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1087             //                return false;
1088             //            }
1089             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1090             //                return false;
1091             //            }
1092             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1093             //                return false;
1094             //            }
1095             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1096             //                                                              xml_parser );
1097             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1098             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1099             //                return false;
1100             //            }
1101             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1102             //                return false;
1103             //            }
1104             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1105             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1106             //                return false;
1107             //            }
1108             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1109             //                return false;
1110             //            }
1111             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1112             //                return false;
1113             //            }
1114             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1115             //                return false;
1116             //            }
1117         }
1118         catch ( final Exception e ) {
1119             e.printStackTrace( System.out );
1120             return false;
1121         }
1122         return true;
1123     }
1124
1125     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1126         try {
1127             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1128             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1129             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1130                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1131             }
1132             else {
1133                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1134             }
1135             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1136                                                               xml_parser );
1137             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1138                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1139                 return false;
1140             }
1141             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1142                 return false;
1143             }
1144             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1145             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1146             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1147                 return false;
1148             }
1149             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1150             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1151                 return false;
1152             }
1153             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1154                 return false;
1155             }
1156             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1157                 return false;
1158             }
1159             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1163             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1164             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1165             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1172                 return false;
1173             }
1174             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1178                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1182                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1186             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1187             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1188             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1189             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1190                 return false;
1191             }
1192             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1193             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1194                 return false;
1195             }
1196             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1200                 return false;
1201             }
1202             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1209                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1219                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1223                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1224                 return false;
1225             }
1226             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1227                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1228                 return false;
1229             }
1230             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1231                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1235                     .equals( "experimental" ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1239                     .equals( "function" ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1243                     .getValue() != 1 ) {
1244                 return false;
1245             }
1246             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1247                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1248                 return false;
1249             }
1250             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1251                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1255                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1259                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1263                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1264                 return false;
1265             }
1266             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1267                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1268                 return false;
1269             }
1270             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1271                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1275                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1279                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1283                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1290                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1291                 return false;
1292             }
1293             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1294                 return false;
1295             }
1296             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1297                 return false;
1298             }
1299             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1300                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1316                     .equals( "ncbi" ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1323                     .getName().equals( "B" ) ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1327                     .getFrom() != 21 ) {
1328                 return false;
1329             }
1330             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1334                     .getLength() != 24 ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1338                     .getConfidence() != 2144 ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1342                     .equals( "pfam" ) ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1358             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1359                 return false;
1360             }
1361             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1374                 return false;
1375             }
1376             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1377                 return false;
1378             }
1379             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1380                 return false;
1381             }
1382             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1383                 return false;
1384             }
1385             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1392                 return false;
1393             }
1394             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1395                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1396                 ;
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1415                 return false;
1416             }
1417             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1418                 return false;
1419             }
1420             //
1421             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1422                 return false;
1423             }
1424             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1425                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1432                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1433                 return false;
1434             }
1435             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1436                 return false;
1437             }
1438             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1439                 return false;
1440             }
1441             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1442                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1443                 return false;
1444             }
1445         }
1446         catch ( final Exception e ) {
1447             e.printStackTrace( System.out );
1448             return false;
1449         }
1450         return true;
1451     }
1452
1453     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1454         try {
1455             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1456             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1457             try {
1458                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1459             }
1460             catch ( final Exception e ) {
1461                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1462             }
1463             if ( xml_parser == null ) {
1464                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1465                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1466                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1467                 }
1468                 else {
1469                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1470                 }
1471             }
1472             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1473                                                               xml_parser );
1474             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1475                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1476                 return false;
1477             }
1478             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1479                 return false;
1480             }
1481             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1482             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1483             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1484             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1485             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1486                 return false;
1487             }
1488             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1498                 return false;
1499             }
1500             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1501                 return false;
1502             }
1503             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1504                 return false;
1505             }
1506             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1507             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1508             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1509                 System.out.println( "errors:" );
1510                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1511                 return false;
1512             }
1513             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1514                 return false;
1515             }
1516             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1517                                                               xml_parser );
1518             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1519                 System.out.println( "errors:" );
1520                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1530                                                               xml_parser );
1531             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1532                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1533                 return false;
1534             }
1535             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1536                 return false;
1537             }
1538             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1539             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1543                 return false;
1544             }
1545             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1546                 return false;
1547             }
1548             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1549                 return false;
1550             }
1551             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1552                                                               xml_parser );
1553             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1554                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1555                 return false;
1556             }
1557             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1558                 return false;
1559             }
1560             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1561             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1562                 return false;
1563             }
1564             s.getNode( "first" );
1565             s.getNode( "<>" );
1566             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1567             s.getNode( "'''\"" );
1568             s.getNode( "\"\"\"" );
1569             s.getNode( "dick & doof" );
1570         }
1571         catch ( final Exception e ) {
1572             e.printStackTrace( System.out );
1573             return false;
1574         }
1575         return true;
1576     }
1577
1578     private static boolean testBasicTable() {
1579         try {
1580             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1581             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1582                 return false;
1583             }
1584             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1585                 return false;
1586             }
1587             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1588             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1589             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1590             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1591             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1592             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1593             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1594             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1595             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1596                 return false;
1597             }
1598             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1605                 return false;
1606             }
1607             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1608                 return false;
1609             }
1610             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1611                 return false;
1612             }
1613             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1614                 return false;
1615             }
1616             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1617                 return false;
1618             }
1619             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1620                 return false;
1621             }
1622             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1623                 return false;
1624             }
1625             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1626             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1627             source.append( "" + l );
1628             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1629             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1630             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1631             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1632             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1633             source.append( "40 41 42 43" + l );
1634             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1635             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1636             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1637             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1638                 return false;
1639             }
1640             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1641                 return false;
1642             }
1643             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1644                 return false;
1645             }
1646             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1647                 return false;
1648             }
1649             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1650                 return false;
1651             }
1652             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1653                 return false;
1654             }
1655             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1656             source1.append( "" + l );
1657             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1658             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1659             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1660             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1661             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1662             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1663             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1664             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1665             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1666             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1679                 return false;
1680             }
1681             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1682                 return false;
1683             }
1684             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1685                 return false;
1686             }
1687             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1688                 return false;
1689             }
1690             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1691             source2.append( "" + l );
1692             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1693             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1694             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1695             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1696             source2.append( "                     " + l );
1697             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1698             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1699             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1700             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1701             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1702                                                                         ";",
1703                                                                         false,
1704                                                                         "comment:",
1705                                                                         false );
1706             if ( tl.size() != 2 ) {
1707                 return false;
1708             }
1709             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1710             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1711             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1715                 return false;
1716             }
1717             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1718                 return false;
1719             }
1720             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1721                 return false;
1722             }
1723             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1727                 return false;
1728             }
1729         }
1730         catch ( final Exception e ) {
1731             e.printStackTrace( System.out );
1732             return false;
1733         }
1734         return true;
1735     }
1736
1737     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1738         try {
1739             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1740             final TolParser parser = new TolParser();
1741             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1742             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1743                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1750             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( !t1.isRooted() ) {
1754                 return false;
1755             }
1756             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1757                 return false;
1758             }
1759             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1763                 return false;
1764             }
1765             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1766                 return false;
1767             }
1768             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1769             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1770                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1777             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1778                 return false;
1779             }
1780             if ( !t2.isRooted() ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1790                 return false;
1791             }
1792             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1793                 return false;
1794             }
1795             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1796                 return false;
1797             }
1798             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1799                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1803             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1804                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1805                 return false;
1806             }
1807             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1808                 return false;
1809             }
1810             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1811             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1812                 return false;
1813             }
1814             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1815                 return false;
1816             }
1817             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1818                 return false;
1819             }
1820             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1824             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1825                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1826                 return false;
1827             }
1828             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1829                 return false;
1830             }
1831             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1832             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1833                 return false;
1834             }
1835             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1836                 return false;
1837             }
1838             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1839                 return false;
1840             }
1841             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1845             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1846                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1853             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1854                 return false;
1855             }
1856             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1857                 return false;
1858             }
1859             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1863                 return false;
1864             }
1865         }
1866         catch ( final Exception e ) {
1867             e.printStackTrace( System.out );
1868             return false;
1869         }
1870         return true;
1871     }
1872
1873     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1874         try {
1875             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1876             final Phylogeny t1 = factory.create();
1877             if ( !t1.isEmpty() ) {
1878                 return false;
1879             }
1880             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1881             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             if ( t2.isEmpty() ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1894             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1898                 return false;
1899             }
1900             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1901                 return false;
1902             }
1903             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1904             PhylogenyNodeIterator it;
1905             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1906                 it.next();
1907             }
1908             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1909                 it.next();
1910             }
1911             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1912             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1913                 return false;
1914             }
1915             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1916                 return false;
1917             }
1918             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             if ( it2.hasNext() ) {
1922                 return false;
1923             }
1924             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1925             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1926                 return false;
1927             }
1928             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1929                 return false;
1930             }
1931             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1935             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1936             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1937                 return false;
1938             }
1939             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1943             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1944             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1945                 return false;
1946             }
1947             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1948             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1949             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1950                 return false;
1951             }
1952             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1953             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1954             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1955                 return false;
1956             }
1957             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1958                 return false;
1959             }
1960             final char[] a9 = new char[] {};
1961             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1962             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1966             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1967             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1968                 return false;
1969             }
1970         }
1971         catch ( final Exception e ) {
1972             e.printStackTrace( System.out );
1973             return false;
1974         }
1975         return true;
1976     }
1977
1978     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1979         try {
1980             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1981             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1982             final Phylogeny[] ev0 = factory
1983                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1984                              new NHXParser() );
1985             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1986             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1987                 return false;
1988             }
1989             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1993             final Phylogeny[] ev1 = factory
1994                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1995                              new NHXParser() );
1996             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1997             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1998                 return false;
1999             }
2000             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2001                 return false;
2002             }
2003             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2004             final Phylogeny[] ev_b = factory
2005                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2006                              new NHXParser() );
2007             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2008             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2009             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2010                 return false;
2011             }
2012             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2013                 return false;
2014             }
2015             //
2016             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2017             final Phylogeny[] ev1x = factory
2018                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2019                              new NHXParser() );
2020             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2021             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2022                 return false;
2023             }
2024             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2028             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2029                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2030                              new NHXParser() );
2031             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2032             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2033                 return false;
2034             }
2035             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2036                 return false;
2037             }
2038             //
2039             final Phylogeny[] t2 = factory
2040                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2041                              new NHXParser() );
2042             final Phylogeny[] ev2 = factory
2043                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2044                              new NHXParser() );
2045             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2046                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2047             }
2048             //
2049             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2050                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2051             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2052             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2053             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2054                 return false;
2055             }
2056             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062         }
2063         catch ( final Exception e ) {
2064             e.printStackTrace();
2065             return false;
2066         }
2067         return true;
2068     }
2069
2070     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2071         try {
2072             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2073                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2074             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2075             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2076                 return false;
2077             }
2078         }
2079         catch ( final Exception e ) {
2080             e.printStackTrace();
2081             return false;
2082         }
2083         return true;
2084     }
2085
2086     private static boolean testDataObjects() {
2087         try {
2088             final Confidence s0 = new Confidence();
2089             final Confidence s1 = new Confidence();
2090             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2091                 return false;
2092             }
2093             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2094             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2095             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2096                 return false;
2097             }
2098             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2102             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             s3.asSimpleText();
2106             s3.asText();
2107             // Taxonomy
2108             // ----------
2109             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2110             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2111             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2112             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2113             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2114             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2115             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2116             t1.setScientificName( "E. coli" );
2117             t1.setCommonName( "coli" );
2118             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2119             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2120                 return false;
2121             }
2122             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2123             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2124             t2.setScientificName( "what" );
2125             t2.setCommonName( "something" );
2126             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2127                 return false;
2128             }
2129             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2130             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2131                 return false;
2132             }
2133             t1.setIdentifier( null );
2134             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2135             t3.setScientificName( "what" );
2136             t3.setCommonName( "something" );
2137             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2138                 return false;
2139             }
2140             t1.setIdentifier( null );
2141             t1.setTaxonomyCode( "" );
2142             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2143             t4.setCommonName( "something" );
2144             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2145                 return false;
2146             }
2147             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2148             t4.setCommonName( "something" );
2149             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             t1.setIdentifier( null );
2153             t1.setTaxonomyCode( "" );
2154             t1.setScientificName( "" );
2155             t5.setCommonName( "COLI" );
2156             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2157                 return false;
2158             }
2159             t5.setCommonName( "vibrio" );
2160             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2161                 return false;
2162             }
2163             // Identifier
2164             // ----------
2165             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2166             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2167             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2168                 return false;
2169             }
2170             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2171                 return false;
2172             }
2173             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2174                 return false;
2175             }
2176             id1.asSimpleText();
2177             id1.asText();
2178             // ProteinDomain
2179             // ---------------
2180             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2181             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2182             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2183                 return false;
2184             }
2185             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2186                 return false;
2187             }
2188             pd1.asSimpleText();
2189             pd1.asText();
2190             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2191             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2192             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2193                 return false;
2194             }
2195             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2196                 return false;
2197             }
2198             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             pd3.asSimpleText();
2202             pd3.asText();
2203             // DomainArchitecture
2204             // ------------------
2205             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2206             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2207             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2208             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2209             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2210             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2211             domains0.add( d2 );
2212             domains0.add( d0 );
2213             domains0.add( d3 );
2214             domains0.add( d1 );
2215             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2216             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2220             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2230             domains1.add( d1 );
2231             domains1.add( d2 );
2232             domains1.add( d4 );
2233             domains1.add( d0 );
2234             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2235             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             ds1.asSimpleText();
2239             ds1.asText();
2240             ds1.toNHX();
2241             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2242             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2243                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2244                 return false;
2245             }
2246             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             // Event
2250             // -----
2251             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2252             if ( e1.isDuplication() ) {
2253                 return false;
2254             }
2255             if ( !e1.isFusion() ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2265             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2266                 return false;
2267             }
2268             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2272             if ( e2.isDuplication() ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2291             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2292                 return false;
2293             }
2294             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2295             if ( e3.isDuplication() ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             if ( e3.isSpeciation() ) {
2299                 return false;
2300             }
2301             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2308             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2309             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             e3 = null;
2313             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2314                 return false;
2315             }
2316             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2317             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2318                 return false;
2319             }
2320             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2321                 return false;
2322             }
2323             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2324             e4 = null;
2325             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2326             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2327                 return false;
2328             }
2329             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2330                 return false;
2331             }
2332             final Event e5 = new Event();
2333             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2334                 return false;
2335             }
2336             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2337                 return false;
2338             }
2339             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2343             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2344                 return false;
2345             }
2346             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2347                 return false;
2348             }
2349             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2350             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2351                 return false;
2352             }
2353             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2354                 return false;
2355             }
2356             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2357             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2361                 return false;
2362             }
2363         }
2364         catch ( final Exception e ) {
2365             e.printStackTrace( System.out );
2366             return false;
2367         }
2368         return true;
2369     }
2370
2371     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2372         try {
2373             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2374             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2375             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2376             if ( t0.isEmpty() ) {
2377                 return false;
2378             }
2379             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2380                 return false;
2381             }
2382             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2383             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             if ( !t0.isEmpty() ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2390             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2391                 return false;
2392             }
2393             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2394             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2395                 return false;
2396             }
2397             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2398                 return false;
2399             }
2400             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2401             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2402                 return false;
2403             }
2404             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2405             if ( !t1.isEmpty() ) {
2406                 return false;
2407             }
2408             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2409             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2410                 return false;
2411             }
2412             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2413             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             t2.toNewHampshireX();
2417             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2418             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2422             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2426             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2430             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2434             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             n = t3.getNode( "A" );
2438             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             n = n.getNextExternalNode();
2442             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2443                 return false;
2444             }
2445             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2446             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             n = t3.getNode( "C" );
2450             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2454             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2458             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2462             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2463                 return false;
2464             }
2465             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2466             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2467                 return false;
2468             }
2469             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2470             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2474             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2478             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2479                 return false;
2480             }
2481             n = t4.getNode( "A" );
2482             n = n.getNextExternalNode();
2483             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             n = n.getNextExternalNode();
2487             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2491             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2495             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2496             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2500             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2504             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2505             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2506                 return false;
2507             }
2508             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2509             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2510                 return false;
2511             }
2512             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2513             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2514             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2518             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2522             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2523             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2527             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2531             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2532             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2536             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2540             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2541             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2545             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2549             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2550             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2551                 return false;
2552             }
2553             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2554             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2558             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2559                 return false;
2560             }
2561             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2562             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2566             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2567             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2568                 return false;
2569             }
2570             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2571             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2575             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2579             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2583             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2587             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2591             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2595             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2596                 return false;
2597             }
2598             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2599             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2600                 return false;
2601             }
2602             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2603             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2604                 return false;
2605             }
2606             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2607             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2611             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2612                 return false;
2613             }
2614             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2615             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2619             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2623             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2624             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2625                 return false;
2626             }
2627             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2628             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2632             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2633             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2634                 return false;
2635             }
2636             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2637             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2641             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2642             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2646             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2647                 return false;
2648             }
2649             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2650             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2654             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2655                 return false;
2656             }
2657             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2658             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2659                 return false;
2660             }
2661             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2662             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2663                 return false;
2664             }
2665         }
2666         catch ( final Exception e ) {
2667             e.printStackTrace( System.out );
2668             return false;
2669         }
2670         return true;
2671     }
2672
2673     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2674         try {
2675             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2676             dss1.addValue( 82 );
2677             dss1.addValue( 78 );
2678             dss1.addValue( 70 );
2679             dss1.addValue( 58 );
2680             dss1.addValue( 42 );
2681             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2685                 return false;
2686             }
2687             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             dss1.addValue( 123 );
2718             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2719                 return false;
2720             }
2721             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2722                 return false;
2723             }
2724             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2725                 return false;
2726             }
2727             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2728             dss2.addValue( -1.85 );
2729             dss2.addValue( 57.5 );
2730             dss2.addValue( 92.78 );
2731             dss2.addValue( 57.78 );
2732             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2739             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2740                 return false;
2741             }
2742             dss2.addValue( -100 );
2743             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2744                 return false;
2745             }
2746             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             final double[] ds = new double[ 14 ];
2750             ds[ 0 ] = 34;
2751             ds[ 1 ] = 23;
2752             ds[ 2 ] = 1;
2753             ds[ 3 ] = 32;
2754             ds[ 4 ] = 11;
2755             ds[ 5 ] = 2;
2756             ds[ 6 ] = 12;
2757             ds[ 7 ] = 33;
2758             ds[ 8 ] = 13;
2759             ds[ 9 ] = 22;
2760             ds[ 10 ] = 21;
2761             ds[ 11 ] = 35;
2762             ds[ 12 ] = 24;
2763             ds[ 13 ] = 31;
2764             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2765             if ( bins.length != 4 ) {
2766                 return false;
2767             }
2768             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2769                 return false;
2770             }
2771             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2781             ds1[ 0 ] = 10.0;
2782             ds1[ 1 ] = 19.0;
2783             ds1[ 2 ] = 9.999;
2784             ds1[ 3 ] = 0.0;
2785             ds1[ 4 ] = 39.9;
2786             ds1[ 5 ] = 39.999;
2787             ds1[ 6 ] = 30.0;
2788             ds1[ 7 ] = 19.999;
2789             ds1[ 8 ] = 30.1;
2790             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2791             if ( bins1.length != 4 ) {
2792                 return false;
2793             }
2794             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2795                 return false;
2796             }
2797             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2798                 return false;
2799             }
2800             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2801                 return false;
2802             }
2803             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2804                 return false;
2805             }
2806             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2807             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2808                 return false;
2809             }
2810             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2811                 return false;
2812             }
2813             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2814                 return false;
2815             }
2816             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2820             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2824                 return false;
2825             }
2826             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2827                 return false;
2828             }
2829             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2833             dss3.addValue( 1 );
2834             dss3.addValue( 1 );
2835             dss3.addValue( 1 );
2836             dss3.addValue( 2 );
2837             dss3.addValue( 3 );
2838             dss3.addValue( 4 );
2839             dss3.addValue( 5 );
2840             dss3.addValue( 5 );
2841             dss3.addValue( 5 );
2842             dss3.addValue( 6 );
2843             dss3.addValue( 7 );
2844             dss3.addValue( 8 );
2845             dss3.addValue( 9 );
2846             dss3.addValue( 10 );
2847             dss3.addValue( 10 );
2848             dss3.addValue( 10 );
2849             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2850             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2851             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5 );
2852         }
2853         catch ( final Exception e ) {
2854             e.printStackTrace( System.out );
2855             return false;
2856         }
2857         return true;
2858     }
2859
2860     private static boolean testDir( final String file ) {
2861         try {
2862             final File f = new File( file );
2863             if ( !f.exists() ) {
2864                 return false;
2865             }
2866             if ( !f.isDirectory() ) {
2867                 return false;
2868             }
2869             if ( !f.canRead() ) {
2870                 return false;
2871             }
2872         }
2873         catch ( final Exception e ) {
2874             return false;
2875         }
2876         return true;
2877     }
2878
2879     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2880         try {
2881             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2882             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2883             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2884             n = n.getNextExternalNode();
2885             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2886                 return false;
2887             }
2888             n = n.getNextExternalNode();
2889             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2890                 return false;
2891             }
2892             n = n.getNextExternalNode();
2893             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2894                 return false;
2895             }
2896             n = t1.getNode( "B" );
2897             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2898                 n = n.getNextExternalNode();
2899             }
2900             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2901             n = t2.getNode( "A" );
2902             n = n.getNextExternalNode();
2903             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2904                 return false;
2905             }
2906             n = n.getNextExternalNode();
2907             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2908                 return false;
2909             }
2910             n = n.getNextExternalNode();
2911             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2912                 return false;
2913             }
2914             n = t2.getNode( "B" );
2915             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2916                 n = n.getNextExternalNode();
2917             }
2918             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2919             n = t3.getNode( "A" );
2920             n = n.getNextExternalNode();
2921             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2922                 return false;
2923             }
2924             n = n.getNextExternalNode();
2925             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2926                 return false;
2927             }
2928             n = n.getNextExternalNode();
2929             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2930                 return false;
2931             }
2932             n = n.getNextExternalNode();
2933             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2934                 return false;
2935             }
2936             n = n.getNextExternalNode();
2937             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2938                 return false;
2939             }
2940             n = n.getNextExternalNode();
2941             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2942                 return false;
2943             }
2944             n = n.getNextExternalNode();
2945             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2946                 return false;
2947             }
2948             n = t3.getNode( "B" );
2949             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2950                 n = n.getNextExternalNode();
2951             }
2952             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2953             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2954                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2955             }
2956             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2957             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2958                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2959             }
2960         }
2961         catch ( final Exception e ) {
2962             e.printStackTrace( System.out );
2963             return false;
2964         }
2965         return true;
2966     }
2967
2968     private static boolean testGeneralTable() {
2969         try {
2970             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2971             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2972             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2973             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2974             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2975             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2976             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2977             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2978             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2979             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2980                 return false;
2981             }
2982             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2983                 return false;
2984             }
2985             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2989                 return false;
2990             }
2991             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3007             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3008             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3009             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3010             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3011             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3012             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3013             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3014             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3015             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3016             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3044                 return false;
3045             }
3046         }
3047         catch ( final Exception e ) {
3048             e.printStackTrace( System.out );
3049             return false;
3050         }
3051         return true;
3052     }
3053
3054     private static boolean testGetDistance() {
3055         try {
3056             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3057             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3058                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3059             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3060             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3154                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3155             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3183                 return false;
3184             }
3185             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3186                 return false;
3187             }
3188         }
3189         catch ( final Exception e ) {
3190             e.printStackTrace( System.out );
3191             return false;
3192         }
3193         return true;
3194     }
3195
3196     private static boolean testGetLCA() {
3197         try {
3198             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3199             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3200                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3201             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3202             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3203             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3207             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3211             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3215             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3219             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3223             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3224                 return false;
3225             }
3226             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3227             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3228                 return false;
3229             }
3230             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3231             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3232                 return false;
3233             }
3234             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3235             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3236                 return false;
3237             }
3238             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3239             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3240                 return false;
3241             }
3242             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3243             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3244                 return false;
3245             }
3246             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3247             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3248                 return false;
3249             }
3250             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3251             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3252                 return false;
3253             }
3254             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3255             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3256                 return false;
3257             }
3258             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3259             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3263             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3267             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3271             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3275             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3279             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3280                 return false;
3281             }
3282             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3283             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3287             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3288                 return false;
3289             }
3290             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3291             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3292                 return false;
3293             }
3294             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3295             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3296             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3300             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3304             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3308             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3312             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3316             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3317                 return false;
3318             }
3319             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3320             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3321                 return false;
3322             }
3323             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3324             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3325                 return false;
3326             }
3327             final Phylogeny p3 = factory
3328                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3329                              new NHXParser() )[ 0 ];
3330             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3331             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3332                 return false;
3333             }
3334             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3335             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3336                 return false;
3337             }
3338             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3339             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3343             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3347             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3348                 return false;
3349             }
3350             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3354             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3355                 return false;
3356             }
3357             if ( !al_3.isRoot() ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3361             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3365                 return false;
3366             }
3367             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3368             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3369                 return false;
3370             }
3371             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3372                 return false;
3373             }
3374             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3375             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3376                 return false;
3377             }
3378             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3379             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3380             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3381                 return false;
3382             }
3383             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3384             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3385             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3386                 return false;
3387             }
3388             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3389             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3390             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3391                 return false;
3392             }
3393             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3394             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3395             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3396                 return false;
3397             }
3398         }
3399         catch ( final Exception e ) {
3400             e.printStackTrace( System.out );
3401             return false;
3402         }
3403         return true;
3404     }
3405
3406     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3407         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3408         try {
3409             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3410                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3411             parser1.parse();
3412             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3413                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3414             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3415             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             if ( proteins.size() != 4 ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3431             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3432                 return false;
3433             }
3434             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3435             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3439             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3440                 return false;
3441             }
3442             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3443             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3444                 return false;
3445             }
3446             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3447                 return false;
3448             }
3449             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3450                 return false;
3451             }
3452             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473         }
3474         catch ( final Exception e ) {
3475             e.printStackTrace( System.out );
3476             return false;
3477         }
3478         return true;
3479     }
3480
3481     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3482         try {
3483             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3484             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3485             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3486             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3487             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3488                 return false;
3489             }
3490             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3491             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3492                 return false;
3493             }
3494             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3495             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3496                 return false;
3497             }
3498             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3499             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3500                 return false;
3501             }
3502         }
3503         catch ( final Exception e ) {
3504             e.printStackTrace( System.out );
3505             return false;
3506         }
3507         return true;
3508     }
3509
3510     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3511         try {
3512             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3513             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3514             PhylogenyNodeIterator it0;
3515             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3516                 it0.next();
3517             }
3518             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3519                 it0.next();
3520             }
3521             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3522             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3529                 return false;
3530             }
3531             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3532                 return false;
3533             }
3534             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             if ( it.hasNext() ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3547                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3548             PhylogenyNodeIterator it2;
3549             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3550                 it2.next();
3551             }
3552             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3553                 it2.next();
3554             }
3555             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3556             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3557                 return false;
3558             }
3559             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3560                 return false;
3561             }
3562             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3563                 return false;
3564             }
3565             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3566                 return false;
3567             }
3568             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3569                 return false;
3570             }
3571             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3572                 return false;
3573             }
3574             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3596                 return false;
3597             }
3598             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3605                 return false;
3606             }
3607             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( it3.hasNext() ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3635             PhylogenyNodeIterator it4;
3636             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3637                 it4.next();
3638             }
3639             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3640                 it4.next();
3641             }
3642             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3643             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3650                 return false;
3651             }
3652             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3656                 return false;
3657             }
3658             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3659             PhylogenyNodeIterator it6;
3660             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3661                 it6.next();
3662             }
3663             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3664                 it6.next();
3665             }
3666             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3667             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3668                 return false;
3669             }
3670             if ( it.hasNext() ) {
3671                 return false;
3672             }
3673         }
3674         catch ( final Exception e ) {
3675             e.printStackTrace( System.out );
3676             return false;
3677         }
3678         return true;
3679     }
3680
3681     private static boolean testMidpointrooting() {
3682         try {
3683             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3684             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3685                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3686             if ( !t1.isRooted() ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3690             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3691                 return false;
3692             }
3693             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3694                 return false;
3695             }
3696             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3697                 return false;
3698             }
3699             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3700                 return false;
3701             }
3702             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3709             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3710             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3714                 return false;
3715             }
3716             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3717                 return false;
3718             }
3719             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3726                 return false;
3727             }
3728         }
3729         catch ( final Exception e ) {
3730             e.printStackTrace( System.out );
3731             return false;
3732         }
3733         return true;
3734     }
3735
3736     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3737         try {
3738             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3739             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3740             parser.parse();
3741             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3742             if ( labels.length != 7 ) {
3743                 return false;
3744             }
3745             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3746                 return false;
3747             }
3748             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3752                 return false;
3753             }
3754             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3755                 return false;
3756             }
3757             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3761                 return false;
3762             }
3763             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3764                 return false;
3765             }
3766             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3767             parser.parse();
3768             labels = parser.getCharStateLabels();
3769             if ( labels.length != 7 ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3773                 return false;
3774             }
3775             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3776                 return false;
3777             }
3778             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3779                 return false;
3780             }
3781             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3782                 return false;
3783             }
3784             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3785                 return false;
3786             }
3787             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793         }
3794         catch ( final Exception e ) {
3795             e.printStackTrace( System.out );
3796             return false;
3797         }
3798         return true;
3799     }
3800
3801     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3802         try {
3803             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3804             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3805             parser.parse();
3806             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3807             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3808                 return false;
3809             }
3810             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3811                 return false;
3812             }
3813             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             //            if ( labels.length != 7 ) {
3835             //                return false;
3836             //            }
3837             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3838             //                return false;
3839             //            }
3840             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3841             //                return false;
3842             //            }
3843             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3844             //                return false;
3845             //            }
3846             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3847             //                return false;
3848             //            }
3849             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3850             //                return false;
3851             //            }
3852             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3853             //                return false;
3854             //            }
3855             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3856             //                return false;
3857             //            }
3858             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3859             //            parser.parse();
3860             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3861             //            if ( labels.length != 7 ) {
3862             //                return false;
3863             //            }
3864             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3865             //                return false;
3866             //            }
3867             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3868             //                return false;
3869             //            }
3870             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3871             //                return false;
3872             //            }
3873             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3874             //                return false;
3875             //            }
3876             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3877             //                return false;
3878             //            }
3879             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3880             //                return false;
3881             //            }
3882             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3883             //                return false;
3884             //            }
3885         }
3886         catch ( final Exception e ) {
3887             e.printStackTrace( System.out );
3888             return false;
3889         }
3890         return true;
3891     }
3892
3893     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3894         try {
3895             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3896             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3897             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3898             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             phylogenies = null;
3908             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3909             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3916                 return false;
3917             }
3918             phylogenies = null;
3919             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3920             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             phylogenies = null;
3933             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3934             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3941                 return false;
3942             }
3943             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3998                 return false;
3999             }
4000             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4007                 return false;
4008             }
4009             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4013                 return false;
4014             }
4015             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4022                 return false;
4023             }
4024             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4046                 return false;
4047             }
4048             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4049                 return false;
4050             }
4051             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4055                 return false;
4056             }
4057         }
4058         catch ( final Exception e ) {
4059             e.printStackTrace( System.out );
4060             return false;
4061         }
4062         return true;
4063     }
4064
4065     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4066         try {
4067             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4068             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4069             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4070             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4077                 return false;
4078             }
4079             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4086                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4087                 return false;
4088             }
4089             phylogenies = null;
4090             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4091             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4110                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4129                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4148                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4149                 return false;
4150             }
4151             phylogenies = null;
4152             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4153             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4157                 return false;
4158             }
4159             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4172                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4185                 return false;
4186             }
4187             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4188                 return false;
4189             }
4190             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4191                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4201                 return false;
4202             }
4203             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4210                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4211                 return false;
4212             }
4213         }
4214         catch ( final Exception e ) {
4215             e.printStackTrace( System.out );
4216             return false;
4217         }
4218         return true;
4219     }
4220
4221     private static boolean testNHParsing() {
4222         try {
4223             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4224             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4225             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4229             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4230             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4231             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4232             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4233                 return false;
4234             }
4235             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4236                 return false;
4237             }
4238             final Phylogeny p1b = factory
4239                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4240                              new NHXParser() )[ 0 ];
4241             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4242                 return false;
4243             }
4244             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4248             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4249             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4250             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4251             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4252             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4253             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4254             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4255             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4256             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4257             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4258                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4259                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4260                                                     new NHXParser() );
4261             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4265                 return false;
4266             }
4267             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4268                 return false;
4269             }
4270             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4274             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4275             final String p16_S = "((A,B),C)";
4276             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4277             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4281             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4282             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4283                 return false;
4284             }
4285             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4286             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4287             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4291             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4292             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4293                 return false;
4294             }
4295             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4296             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4297             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4301             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4302             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4303                 return false;
4304             }
4305             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4306             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4307             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4308                 return false;
4309             }
4310             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4311             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4312             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4316             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4317             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4318                 return false;
4319             }
4320             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4321             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4322             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4323             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4324                 return false;
4325             }
4326             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4330                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4331                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4332                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4333                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4334                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4335                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4336                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4337             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4338             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             final String p26_S = "(A,B)ab";
4342             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4343             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4344                 return false;
4345             }
4346             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4347             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4348                                                     new NHXParser() );
4349             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4353             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4354             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4355             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4356             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4357                                                     new NHXParser() );
4358             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4365                 return false;
4366             }
4367             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4371             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4372             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4376             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4377             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4378                 return false;
4379             }
4380             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4381             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4382             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             final String p33_S = "A";
4386             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4387             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             final String p34_S = "B;";
4391             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4392             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             final String p35_S = "B:0.2";
4396             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4397             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             final String p36_S = "(A)";
4401             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4402             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4403                 return false;
4404             }
4405             final String p37_S = "((A))";
4406             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4407             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4408                 return false;
4409             }
4410             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4411             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4412             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4413                 return false;
4414             }
4415             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4416             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4417             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4418                 return false;
4419             }
4420             final String p40_S = "(A,B,C)";
4421             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4422             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4423                 return false;
4424             }
4425             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4426             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4427             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4428                 return false;
4429             }
4430             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4431             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4432             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4433                 return false;
4434             }
4435             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4436             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4437             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4438                 return false;
4439             }
4440             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4441             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4442             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4443                 return false;
4444             }
4445             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4446             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4447             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4448                 return false;
4449             }
4450             final String p46_S = "";
4451             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4452             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4453                 return false;
4454             }
4455         }
4456         catch ( final Exception e ) {
4457             e.printStackTrace( System.out );
4458             return false;
4459         }
4460         return true;
4461     }
4462
4463     private static boolean testNHXconversion() {
4464         try {
4465             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4466             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4467             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4468             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4469             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4470                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4471             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4472                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4473             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4474                 return false;
4475             }
4476             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4477                 return false;
4478             }
4479             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4483                 return false;
4484             }
4485             if ( !n5.toNewHampshireX()
4486                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56.0:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( !n6.toNewHampshireX()
4490                     .equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100.0:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4491                 return false;
4492             }
4493         }
4494         catch ( final Exception e ) {
4495             e.printStackTrace( System.out );
4496             return false;
4497         }
4498         return true;
4499     }
4500
4501     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4502         try {
4503             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4504             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4505             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4506             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4507             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4508                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4509             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4513                 return false;
4514             }
4515             if ( n3.isDuplication() ) {
4516                 return false;
4517             }
4518             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4525                 return false;
4526             }
4527             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4537                 return false;
4538             }
4539             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4540                 return false;
4541             }
4542             if ( !n5.isDuplication() ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4546                 return false;
4547             }
4548             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4555                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4556                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4557             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4564                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4565                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4566             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4567                 return false;
4568             }
4569             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4573                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4574             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4575                 return false;
4576             }
4577             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4578                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4579             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4583                 return false;
4584             }
4585             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4586                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4587             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4594                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4595             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4599                 return false;
4600             }
4601             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4602                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4603             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4604                 return false;
4605             }
4606             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4607                 return false;
4608             }
4609             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4610                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4611             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4615                 return false;
4616             }
4617             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4618                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4619             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4620                 return false;
4621             }
4622             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4623                 return false;
4624             }
4625             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4626                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4627             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4634                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4635             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4636                 return false;
4637             }
4638             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4639                 return false;
4640             }
4641             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4642                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4643             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4644                 return false;
4645             }
4646             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4647                 return false;
4648             }
4649             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4650                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4651                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2",
4652                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4653                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4654                     return false;
4655                 }
4656                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4657                     return false;
4658                 }
4659                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4660                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4661                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4662                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4663                     return false;
4664                 }
4665                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4666                     return false;
4667                 }
4668                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4669                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4670                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4671                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4672                     return false;
4673                 }
4674                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4675                     return false;
4676                 }
4677                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4678                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2",
4679                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4680                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4681                     return false;
4682                 }
4683                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4684                     return false;
4685                 }
4686                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4687                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4688                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4689                     return false;
4690                 }
4691                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4692                     return false;
4693                 }
4694             }
4695             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4696                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4697                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4698             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4708                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4709                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4710             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4714                 return false;
4715             }
4716             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4720             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4721             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4722                 return false;
4723             }
4724             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4725                 return false;
4726             }
4727             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4728                 return false;
4729             }
4730             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4734                 return false;
4735             }
4736             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4740                 return false;
4741             }
4742             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4743                 return false;
4744             }
4745             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4749                 return false;
4750             }
4751             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4752                 return false;
4753             }
4754             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4755                 return false;
4756             }
4757             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4764                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4765             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4766                 return false;
4767             }
4768             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4778                 return false;
4779             }
4780             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4781                 return false;
4782             }
4783             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4784                 return false;
4785             }
4786             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4787                 return false;
4788             }
4789             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4790             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4794             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4798                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4799                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4800             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4807                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4808                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4809             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4816                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4817                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4818             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4822                 return false;
4823             }
4824             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4825                 return false;
4826             }
4827             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4828                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4829                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4830             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4831                 return false;
4832             }
4833             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4840                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4841                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4842             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4849                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4850             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4857                 return false;
4858             }
4859         }
4860         catch ( final Exception e ) {
4861             e.printStackTrace( System.out );
4862             return false;
4863         }
4864         return true;
4865     }
4866
4867     private static boolean testNHXParsing() {
4868         try {
4869             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4870             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4871             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4875             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4876             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4877                 return false;
4878             }
4879             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4880             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4881             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4882                 return false;
4883             }
4884             final Phylogeny[] p3 = factory
4885                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4886                              new NHXParser() );
4887             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4888                 return false;
4889             }
4890             final Phylogeny[] p4 = factory
4891                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4892                              new NHXParser() );
4893             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4894                 return false;
4895             }
4896             final Phylogeny[] p5 = factory
4897                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4898                              new NHXParser() );
4899             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4903             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4904             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4905             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4906                 return false;
4907             }
4908             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4909             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4910             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4911             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4912                 return false;
4913             }
4914             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4915             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4916             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4917             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4918                 return false;
4919             }
4920             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4921             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             final Phylogeny p10 = factory
4925                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
4926                              new NHXParser() )[ 0 ];
4927             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4928                 return false;
4929             }
4930         }
4931         catch ( final Exception e ) {
4932             e.printStackTrace( System.out );
4933             return false;
4934         }
4935         return true;
4936     }
4937
4938     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
4939         try {
4940             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4941             final NHXParser p = new NHXParser();
4942             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
4943             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
4944                 return false;
4945             }
4946             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
4947             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
4954                 return false;
4955             }
4956             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
4957                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
4958                 return false;
4959             }
4960             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
4964                 return false;
4965             }
4966             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
4967                 return false;
4968             }
4969             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
4973                 return false;
4974             }
4975             final NHXParser p1p = new NHXParser();
4976             p1p.setIgnoreQuotes( true );
4977             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
4978             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4979                 return false;
4980             }
4981             final NHXParser p2p = new NHXParser();
4982             p1p.setIgnoreQuotes( false );
4983             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
4984             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4985                 return false;
4986             }
4987             final NHXParser p3p = new NHXParser();
4988             p3p.setIgnoreQuotes( false );
4989             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
4990             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
4991                 return false;
4992             }
4993             final NHXParser p4p = new NHXParser();
4994             p4p.setIgnoreQuotes( false );
4995             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
4996             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
4997                 return false;
4998             }
4999             final Phylogeny p10 = factory
5000                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5001                              new NHXParser() )[ 0 ];
5002             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
5003             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5004                 return false;
5005             }
5006             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5007             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5008                 return false;
5009             }
5010             //
5011             final Phylogeny p12 = factory
5012                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5013                              new NHXParser() )[ 0 ];
5014             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
5015             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5016                 return false;
5017             }
5018             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5019             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5023             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5024                 return false;
5025             }
5026             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5027             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5028                 return false;
5029             }
5030         }
5031         catch ( final Exception e ) {
5032             e.printStackTrace( System.out );
5033             return false;
5034         }
5035         return true;
5036     }
5037
5038     private static boolean testNHXParsingMB() {
5039         try {
5040             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5041             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=1.000000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5042                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5043                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5044                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5045                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=1.000000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5046                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5047                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5048                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5049                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5050             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5051                 System.out.println( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent() );
5052                 System.exit( -1 );
5053                 return false;
5054             }
5055             //  if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
5056             //     return false;
5057             //  }
5058         }
5059         catch ( final Exception e ) {
5060             e.printStackTrace( System.out );
5061             System.exit( -1 );
5062             return false;
5063         }
5064         return true;
5065     }
5066
5067     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5068         try {
5069             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5070             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5071             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5072             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5073             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5074                 return false;
5075             }
5076             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5077                 return false;
5078             }
5079             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5080                 return false;
5081             }
5082             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5083             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5084             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5085             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5086                 return false;
5087             }
5088             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5089                 return false;
5090             }
5091             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5092             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5096                 return false;
5097             }
5098             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101         }
5102         catch ( final Exception e ) {
5103             e.printStackTrace( System.out );
5104             return false;
5105         }
5106         return true;
5107     }
5108
5109     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5110         try {
5111             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5112             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5113             try {
5114                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5115             }
5116             catch ( final Exception e ) {
5117                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5118             }
5119             if ( xml_parser == null ) {
5120                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5121                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5122                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5123                 }
5124                 else {
5125                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5126                 }
5127             }
5128             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5129                                                               xml_parser );
5130             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5131                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5132                 return false;
5133             }
5134             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5135                 return false;
5136             }
5137             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5138             PhylogenyNode n = null;
5139             Distribution d = null;
5140             n = t1.getNode( "root node" );
5141             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5142                 return false;
5143             }
5144             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             d = n.getNodeData().getDistribution();
5148             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             if ( d.getPolygons() != null ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5158                 return false;
5159             }
5160             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5161                 return false;
5162             }
5163             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5164                 return false;
5165             }
5166             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5167                 return false;
5168             }
5169             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5170                 return false;
5171             }
5172             n = t1.getNode( "node a" );
5173             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5174                 return false;
5175             }
5176             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5177                 return false;
5178             }
5179             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5180             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             if ( d.getPolygons() != null ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5190                 return false;
5191             }
5192             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5202                 return false;
5203             }
5204             n = t1.getNode( "node bb" );
5205             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5206                 return false;
5207             }
5208             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5209                 return false;
5210             }
5211             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5212             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5213                 return false;
5214             }
5215             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5219                 return false;
5220             }
5221             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5222                 return false;
5223             }
5224             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5225                 return false;
5226             }
5227             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5228                 return false;
5229             }
5230             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5231                 return false;
5232             }
5233             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5234                 return false;
5235             }
5236             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5237             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5238                 return false;
5239             }
5240             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5241                 return false;
5242             }
5243             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5244                 return false;
5245             }
5246             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5247                 return false;
5248             }
5249             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5250                 return false;
5251             }
5252             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             p = d.getPolygons().get( 1 );
5259             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             // Roundtrip:
5272             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5273             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5274             if ( rt.length != 1 ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5278             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5279             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5283                 return false;
5284             }
5285             d = n.getNodeData().getDistribution();
5286             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             if ( d.getPolygons() != null ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5305                 return false;
5306             }
5307             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5311             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5318             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5322                 return false;
5323             }
5324             if ( d.getPolygons() != null ) {
5325                 return false;
5326             }
5327             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5328                 return false;
5329             }
5330             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5337                 return false;
5338             }
5339             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5340                 return false;
5341             }
5342             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5343             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5350             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5357                 return false;
5358             }
5359             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5360                 return false;
5361             }
5362             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5372                 return false;
5373             }
5374             p = d.getPolygons().get( 0 );
5375             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5382                 return false;
5383             }
5384             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5385                 return false;
5386             }
5387             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5388                 return false;
5389             }
5390             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5391                 return false;
5392             }
5393             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5394                 return false;
5395             }
5396             p = d.getPolygons().get( 1 );
5397             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5407                 return false;
5408             }
5409         }
5410         catch ( final Exception e ) {
5411             e.printStackTrace( System.out );
5412             return false;
5413         }
5414         return true;
5415     }
5416
5417     private static boolean testPostOrderIterator() {
5418         try {
5419             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5420             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5421             PhylogenyNodeIterator it0;
5422             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5423                 it0.next();
5424             }
5425             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5426                 it0.next();
5427             }
5428             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5429             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5430             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5434                 return false;
5435             }
5436             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5437                 return false;
5438             }
5439             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5446                 return false;
5447             }
5448             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             if ( it.hasNext() ) {
5476                 return false;
5477             }
5478         }
5479         catch ( final Exception e ) {
5480             e.printStackTrace( System.out );
5481             return false;
5482         }
5483         return true;
5484     }
5485
5486     private static boolean testPreOrderIterator() {
5487         try {
5488             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5489             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5490             PhylogenyNodeIterator it0;
5491             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5492                 it0.next();
5493             }
5494             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5495                 it0.next();
5496             }
5497             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5498             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5505                 return false;
5506             }
5507             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5514                 return false;
5515             }
5516             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5517                 return false;
5518             }
5519             if ( it.hasNext() ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5523             it = t1.iteratorPreorder();
5524             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5528                 return false;
5529             }
5530             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5531                 return false;
5532             }
5533             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5534                 return false;
5535             }
5536             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5537                 return false;
5538             }
5539             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5540                 return false;
5541             }
5542             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5546                 return false;
5547             }
5548             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5549                 return false;
5550             }
5551             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5555                 return false;
5556             }
5557             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5558                 return false;
5559             }
5560             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5561                 return false;
5562             }
5563             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5564                 return false;
5565             }
5566             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5567                 return false;
5568             }
5569             if ( it.hasNext() ) {
5570                 return false;
5571             }
5572         }
5573         catch ( final Exception e ) {
5574             e.printStackTrace( System.out );
5575             return false;
5576         }
5577         return true;
5578     }
5579
5580     private static boolean testPropertiesMap() {
5581         try {
5582             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5583             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5584             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5585             final Property p2 = new Property( "something:else",
5586                                               "?",
5587                                               "improbable:research",
5588                                               "xsd:decimal",
5589                                               AppliesTo.NODE );
5590             pm.addProperty( p0 );
5591             pm.addProperty( p1 );
5592             pm.addProperty( p2 );
5593             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5606                 return false;
5607             }
5608             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5612             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5619                 return false;
5620             }
5621         }
5622         catch ( final Exception e ) {
5623             e.printStackTrace( System.out );
5624             return false;
5625         }
5626         return true;
5627     }
5628
5629     private static boolean testReIdMethods() {
5630         try {
5631             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5632             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5633             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5634             p.levelOrderReID();
5635             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5660                 return false;
5661             }
5662             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5663                 return false;
5664             }
5665             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5666                 return false;
5667             }
5668             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5669                 return false;
5670             }
5671             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5672                 return false;
5673             }
5674             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5675                 return false;
5676             }
5677             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5678                 return false;
5679             }
5680         }
5681         catch ( final Exception e ) {
5682             e.printStackTrace( System.out );
5683             return false;
5684         }
5685         return true;
5686     }
5687
5688     private static boolean testRerooting() {
5689         try {
5690             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5691             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5692                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5693             if ( !t1.isRooted() ) {
5694                 return false;
5695             }
5696             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5697             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5698             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5699             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5700             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5701             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5702             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5703             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5704             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5705             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5706             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5707             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5708             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5709             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5710             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5711             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5712             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5713             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5714             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5715             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5716             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5717             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5718             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5719             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5720             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5721             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5722             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5723             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5724             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5743                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5744             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5745             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5746             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5747             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5748             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5749             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5750             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5751             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5752             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5753             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5754             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5755             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5756             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5757             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5758             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5759             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5760             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5761             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5762             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5763             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5764             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5765             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5766             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5767             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5768             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5769             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5770             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5771             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5772             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5773             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5774             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5775             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5776             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5777             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5778             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5779             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5780             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5781             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5782             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5783             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5784             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5785             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5786             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5787             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5788             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5789             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5796             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5803             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5807                 return false;
5808             }
5809             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5810                 return false;
5811             }
5812             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5813             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5814                 return false;
5815             }
5816             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5817                 return false;
5818             }
5819             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5820                 return false;
5821             }
5822             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5823             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5824                 return false;
5825             }
5826             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5827                 return false;
5828             }
5829             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5830             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5831                 return false;
5832             }
5833             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5837                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5838             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5839             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5840                 return false;
5841             }
5842             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5843                 return false;
5844             }
5845             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5846                 return false;
5847             }
5848             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5849             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5853                 return false;
5854             }
5855             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5856                 return false;
5857             }
5858             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5859             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5860                 return false;
5861             }
5862             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5863                 return false;
5864             }
5865             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5866                 return false;
5867             }
5868         }
5869         catch ( final Exception e ) {
5870             e.printStackTrace( System.out );
5871             return false;
5872         }
5873         return true;
5874     }
5875
5876     private static boolean testSDIse() {
5877         try {
5878             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5879             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5880             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5881             gene1.setRooted( true );
5882             species1.setRooted( true );
5883             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5884             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5885                 return false;
5886             }
5887             final Phylogeny species2 = factory
5888                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5889                              new NHXParser() )[ 0 ];
5890             final Phylogeny gene2 = factory
5891                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5892                              new NHXParser() )[ 0 ];
5893             species2.setRooted( true );
5894             gene2.setRooted( true );
5895             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5896             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
5909                 return false;
5910             }
5911             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
5912                 return false;
5913             }
5914             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
5915                 return false;
5916             }
5917             final Phylogeny species3 = factory
5918                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5919                              new NHXParser() )[ 0 ];
5920             final Phylogeny gene3 = factory
5921                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5922                              new NHXParser() )[ 0 ];
5923             species3.setRooted( true );
5924             gene3.setRooted( true );
5925             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
5926             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             final Phylogeny species4 = factory
5936                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5937                              new NHXParser() )[ 0 ];
5938             final Phylogeny gene4 = factory
5939                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5940                              new NHXParser() )[ 0 ];
5941             species4.setRooted( true );
5942             gene4.setRooted( true );
5943             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
5944             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5960                 return false;
5961             }
5962             final Phylogeny species5 = factory
5963                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5964                              new NHXParser() )[ 0 ];
5965             final Phylogeny gene5 = factory
5966                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5967                              new NHXParser() )[ 0 ];
5968             species5.setRooted( true );
5969             gene5.setRooted( true );
5970             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
5971             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
5972                 return false;
5973             }
5974             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
5975                 return false;
5976             }
5977             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
5978                 return false;
5979             }
5980             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5981                 return false;
5982             }
5983             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
5990             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
5991             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
5992             final Phylogeny species6 = factory
5993                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
5994                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
5995                              new NHXParser() )[ 0 ];
5996             final Phylogeny gene6 = factory
5997                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
5998                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
5999                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6000                              new NHXParser() )[ 0 ];
6001             species6.setRooted( true );
6002             gene6.setRooted( true );
6003             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6004             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6005                 return false;
6006             }
6007             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6008                 return false;
6009             }
6010             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6011                 return false;
6012             }
6013             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6014                 return false;
6015             }
6016             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6017                 return false;
6018             }
6019             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6020                 return false;
6021             }
6022             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6029                 return false;
6030             }
6031             sdi6.computeMappingCostL();
6032             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6033                 return false;
6034             }
6035             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6036                 return false;
6037             }
6038             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6039                 return false;
6040             }
6041             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6042                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6043                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6044                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6045                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6046             species7.setRooted( true );
6047             final Phylogeny gene7_1 = Test
6048                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6049             gene7_1.setRooted( true );
6050             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6051             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6052                 return false;
6053             }
6054             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6055                 return false;
6056             }
6057             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6058                 return false;
6059             }
6060             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6061                 return false;
6062             }
6063             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6064                 return false;
6065             }
6066             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6067                 return false;
6068             }
6069             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6070                 return false;
6071             }
6072             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             final Phylogeny gene7_2 = Test
6079                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6080             gene7_2.setRooted( true );
6081             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6082             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6083                 return false;
6084             }
6085             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6086                 return false;
6087             }
6088             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6089                 return false;
6090             }
6091             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6092                 return false;
6093             }
6094             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6095                 return false;
6096             }
6097             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6098                 return false;
6099             }
6100             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6101                 return false;
6102             }
6103             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6104                 return false;
6105             }
6106             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6107                 return false;
6108             }
6109             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6110                 return false;
6111             }
6112         }
6113         catch ( final Exception e ) {
6114             return false;
6115         }
6116         return true;
6117     }
6118
6119     private static boolean testSDIunrooted() {
6120         try {
6121             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6122             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6123             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6124             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6125             PhylogenyBranch br = iter.next();
6126             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6130                 return false;
6131             }
6132             br = iter.next();
6133             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6134                 return false;
6135             }
6136             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6137                 return false;
6138             }
6139             br = iter.next();
6140             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             br = iter.next();
6147             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             br = iter.next();
6154             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6155                 return false;
6156             }
6157             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6158                 return false;
6159             }
6160             br = iter.next();
6161             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             br = iter.next();
6168             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6169                 return false;
6170             }
6171             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6172                 return false;
6173             }
6174             br = iter.next();
6175             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             br = iter.next();
6182             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             br = iter.next();
6189             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6193                 return false;
6194             }
6195             br = iter.next();
6196             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             br = iter.next();
6203             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             br = iter.next();
6210             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             br = iter.next();
6217             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6218                 return false;
6219             }
6220             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6221                 return false;
6222             }
6223             br = iter.next();
6224             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( iter.hasNext() ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6234             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6235             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6236             br = iter1.next();
6237             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             br = iter1.next();
6244             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6245                 return false;
6246             }
6247             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6248                 return false;
6249             }
6250             br = iter1.next();
6251             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6252                 return false;
6253             }
6254             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6255                 return false;
6256             }
6257             if ( iter1.hasNext() ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6261             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6262             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6263             br = iter2.next();
6264             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             br = iter2.next();
6271             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             br = iter2.next();
6278             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             if ( iter2.hasNext() ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             final Phylogeny species0 = factory
6288                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6289                              new NHXParser() )[ 0 ];
6290             final Phylogeny gene1 = factory
6291                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6292                              new NHXParser() )[ 0 ];
6293             species0.setRooted( true );
6294             gene1.setRooted( true );
6295             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6296             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6297             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             final Phylogeny gene2 = factory
6313                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6314                              new NHXParser() )[ 0 ];
6315             gene2.setRooted( true );
6316             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6317             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6318                 return false;
6319             }
6320             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6330                 return false;
6331             }
6332             final Phylogeny species6 = factory
6333                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6334                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6335                              new NHXParser() )[ 0 ];
6336             final Phylogeny gene6 = factory
6337                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6338                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6339                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6340                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6341                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6342                              new NHXParser() )[ 0 ];
6343             species6.setRooted( true );
6344             gene6.setRooted( true );
6345             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6346             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6347                 return false;
6348             }
6349             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6380                 return false;
6381             }
6382             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6383                 return false;
6384             }
6385             p6 = null;
6386             final Phylogeny species7 = factory
6387                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6388                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6389                              new NHXParser() )[ 0 ];
6390             final Phylogeny gene7 = factory
6391                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6392                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6393                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6394                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6395                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6396                              new NHXParser() )[ 0 ];
6397             species7.setRooted( true );
6398             gene7.setRooted( true );
6399             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6400             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6422                 return false;
6423             }
6424             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6425                 return false;
6426             }
6427             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6434                 return false;
6435             }
6436             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6437                 return false;
6438             }
6439             p7 = null;
6440             final Phylogeny species8 = factory
6441                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6442                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6443                              new NHXParser() )[ 0 ];
6444             final Phylogeny gene8 = factory
6445                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6446                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6447                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6448                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6449                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6450                              new NHXParser() )[ 0 ];
6451             species8.setRooted( true );
6452             gene8.setRooted( true );
6453             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6454             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6455                 return false;
6456             }
6457             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6476                 return false;
6477             }
6478             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6482                 return false;
6483             }
6484             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6485                 return false;
6486             }
6487             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6488                 return false;
6489             }
6490             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6491                 return false;
6492             }
6493             p8 = null;
6494         }
6495         catch ( final Exception e ) {
6496             e.printStackTrace( System.out );
6497             return false;
6498         }
6499         return true;
6500     }
6501
6502     private static boolean testSplit() {
6503         try {
6504             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6505             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6506             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6507             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6508             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6509             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6510             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6511             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6512             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6513             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6514             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6515             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6516             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6517             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6518             // System.out.println( s0.toString() );
6519             //
6520             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6523             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6524                 return false;
6525             }
6526             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6527             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6528             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6533             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6534             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             //
6538             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6540             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6541             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6542             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             //
6546             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6550             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6551             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             //
6555             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6558             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6559             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6560             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             //
6564             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6565             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6568             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             //
6572             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6574             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6575             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             //
6579             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6580             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6584             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6585             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             //
6589             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6593             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             //
6597             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6599             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6600             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6601             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6602             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6603                 return false;
6604             }
6605             //
6606             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6607             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6608             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6609             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6610                 return false;
6611             }
6612             //
6613             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6615             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6616             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6617             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6618             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6619                 return false;
6620             }
6621             //
6622             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6626             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6627             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6628             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6629                 return false;
6630             }
6631             //
6632             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6636             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6637                 return false;
6638             }
6639             //
6640             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6643             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6644                 return false;
6645             }
6646             //
6647             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6648             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6650             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6651                 return false;
6652             }
6653             //
6654             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6657             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             //
6661             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6664             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6665                 return false;
6666             }
6667             //
6668             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6671             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6672                 return false;
6673             }
6674             //
6675             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6676             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6678             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6679                 return false;
6680             }
6681             //
6682             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6683             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6684             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6685             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6686             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6687                 return false;
6688             }
6689             //
6690             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6691             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6692             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6693             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6694             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6695                 return false;
6696             }
6697             //
6698             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6699             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6700             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6702             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6703                 return false;
6704             }
6705             //
6706             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6707             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6708             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6709             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6711             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6712                 return false;
6713             }
6714             /////////
6715             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6716             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6717             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6718             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6719             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6720             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6721             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6722             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6723             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6724             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6725             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6726             //                return false;
6727             //            }
6728             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6729             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6730             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6731             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6732             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6733             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6734             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6735             //                return false;
6736             //            }
6737             //            //
6738             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6739             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6740             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6741             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6742             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6743             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6744             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6745             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6746             //                return false;
6747             //            }
6748             //            //
6749             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6750             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6751             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6752             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6753             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6754             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6755             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6756             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6757             //                return false;
6758             //            }
6759             //            //
6760             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6761             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6762             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6763             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6764             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6765             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6766             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6767             //                return false;
6768             //            }
6769             //            //
6770             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6771             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6772             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6773             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6774             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6775             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6776             //                return false;
6777             //            }
6778             //
6779             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6781             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6782             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6783             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6784             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6785                 return false;
6786             }
6787             //
6788             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6789             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6790             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6791             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6792             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6793             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6794                 return false;
6795             }
6796             ///////////////////////////
6797             //
6798             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6799             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6800             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6801             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6802             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6803             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6804                 return false;
6805             }
6806             //
6807             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6808             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6809             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6810             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6811             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6812             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6813                 return false;
6814             }
6815             //
6816             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6817             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6818             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6819             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6820             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6821             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             //
6825             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6826             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6827             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6828             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6829             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6830             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6831                 return false;
6832             }
6833             //
6834             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6835             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6836             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6837             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6838             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6839             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6840                 return false;
6841             }
6842             //
6843             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6844             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6845             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6846             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6847             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6848                 return false;
6849             }
6850             //
6851             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6852             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6853             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6854             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6855             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6856             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6857             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             //
6861             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6862             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6863             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6864             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6865             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6866             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6867             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6868                 return false;
6869             }
6870             //
6871             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6872             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6873             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6874             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6875             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6876             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6877             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6878                 return false;
6879             }
6880             //
6881             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6882             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6883             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6884             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6885             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6886             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6887             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6888             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6889                 return false;
6890             }
6891         }
6892         catch ( final Exception e ) {
6893             e.printStackTrace();
6894             return false;
6895         }
6896         return true;
6897     }
6898
6899     private static boolean testSplitStrict() {
6900         try {
6901             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6902             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6903             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6904             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6905             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6906             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6907             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6908             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6909             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6910             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6911             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
6912             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6915             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6916                 return false;
6917             }
6918             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6919             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6920             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6925             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6926             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6927                 return false;
6928             }
6929             //
6930             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6934             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             //
6938             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6943             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             //
6947             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6951             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6952             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             //
6956             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6960             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             //
6964             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6967             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6968                 return false;
6969             }
6970             //
6971             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6972             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6974             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6977             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6978                 return false;
6979             }
6980             //
6981             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6982             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6984             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6985             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6986                 return false;
6987             }
6988             //
6989             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6991             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6992             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6993             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6994             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6995                 return false;
6996             }
6997             //
6998             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6999             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7000             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7001             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7002                 return false;
7003             }
7004             //
7005             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7006             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7009             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7010             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7011                 return false;
7012             }
7013             //
7014             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7018             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7019             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7020             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7021                 return false;
7022             }
7023             //
7024             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7027             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7028             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7029                 return false;
7030             }
7031             //
7032             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7033             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7034             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7035             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7036                 return false;
7037             }
7038             //
7039             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7040             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7042             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7043                 return false;
7044             }
7045             //
7046             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7049             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7050                 return false;
7051             }
7052             //
7053             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7056             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             //
7060             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7063             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7064                 return false;
7065             }
7066             //
7067             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7068             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7069             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7070             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             //
7074             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7075             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7076             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7077             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7078             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7079                 return false;
7080             }
7081             //
7082             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7083             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7084             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7085             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7086             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             //
7090             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7091             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7092             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7093             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7094             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7095                 return false;
7096             }
7097             //
7098             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7100             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7101             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7102             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7103             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7104                 return false;
7105             }
7106         }
7107         catch ( final Exception e ) {
7108             e.printStackTrace();
7109             return false;
7110         }
7111         return true;
7112     }
7113
7114     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7115         try {
7116             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7117             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7118             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7119             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7120                 return false;
7121             }
7122             t1.toNewHampshireX();
7123             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7124             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             t1.toNewHampshireX();
7128             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7129             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7130                 return false;
7131             }
7132             t1.toNewHampshireX();
7133             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7134             t1.toNewHampshireX();
7135             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7136                 return false;
7137             }
7138             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7139             t1.toNewHampshireX();
7140             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7141                 return false;
7142             }
7143             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7144             t1.toNewHampshireX();
7145             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7149             t1.toNewHampshireX();
7150             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7151                 return false;
7152             }
7153             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7154             t1.toNewHampshireX();
7155             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7159             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             if ( !t1.isEmpty() ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7166             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7167             t2.toNewHampshireX();
7168             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7169                 return false;
7170             }
7171             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7172             t2.toNewHampshireX();
7173             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7177             t2.toNewHampshireX();
7178             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7179                 return false;
7180             }
7181         }
7182         catch ( final Exception e ) {
7183             e.printStackTrace( System.out );
7184             return false;
7185         }
7186         return true;
7187     }
7188
7189     private static boolean testSupportCount() {
7190         try {
7191             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7192             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7193             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7194                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7195                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7196                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7197                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7198                                                               new NHXParser() );
7199             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7200             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7201             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7202                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7203                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7204                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7205                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7206                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7207                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7208                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7209                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7210                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7211                                                               new NHXParser() );
7212             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7213             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7214             while ( it.hasNext() ) {
7215                 final PhylogenyNode n = it.next();
7216                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7217                     return false;
7218                 }
7219             }
7220             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7221             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7222                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7223             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7224             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7225             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7229                 return false;
7230             }
7231             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7232                 return false;
7233             }
7234             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7235                 return false;
7236             }
7237             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7238                 return false;
7239             }
7240             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7241                 return false;
7242             }
7243             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7244                 return false;
7245             }
7246             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7250                 return false;
7251             }
7252             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7253                 return false;
7254             }
7255             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7256             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7257                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7258             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7259             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7260             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7261                 return false;
7262             }
7263             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7264                 return false;
7265             }
7266             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7267                 return false;
7268             }
7269             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7270                 return false;
7271             }
7272             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7273                 return false;
7274             }
7275             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7276                 return false;
7277             }
7278             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7279                 return false;
7280             }
7281             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7282                 return false;
7283             }
7284             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7285                 return false;
7286             }
7287             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7288                 return false;
7289             }
7290             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7291             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7292             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7293             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7294                 return false;
7295             }
7296             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7297             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7298             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7299             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7300                 return false;
7301             }
7302             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7303             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7304             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7305             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7306                 return false;
7307             }
7308             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7309             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7310             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7311             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7312                 return false;
7313             }
7314         }
7315         catch ( final Exception e ) {
7316             e.printStackTrace( System.out );
7317             return false;
7318         }
7319         return true;
7320     }
7321
7322     private static boolean testSupportTransfer() {
7323         try {
7324             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7325             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7326                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7327             final Phylogeny p2 = factory
7328                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7329             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7330                 return false;
7331             }
7332             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7333                 return false;
7334             }
7335             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7336             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7337             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7338                 return false;
7339             }
7340             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7341                 return false;
7342             }
7343             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7344                 return false;
7345             }
7346             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7347                 return false;
7348             }
7349             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7350                 return false;
7351             }
7352             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7356                 return false;
7357             }
7358             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7359                 return false;
7360             }
7361         }
7362         catch ( final Exception e ) {
7363             e.printStackTrace( System.out );
7364             return false;
7365         }
7366         return true;
7367     }
7368
7369     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7370         try {
7371             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7372             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7373             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7374             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7375             s0.setRooted( true );
7376             g0.setRooted( true );
7377             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7378             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7379                 return false;
7380             }
7381             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7382                 return false;
7383             }
7384             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7388             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7389             g0.setRooted( true );
7390             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7391             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7392                 return false;
7393             }
7394             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7398                 return false;
7399             }
7400             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7401             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7402             g0.setRooted( true );
7403             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7404             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7405                 return false;
7406             }
7407             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7408                 return false;
7409             }
7410             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7411                 return false;
7412             }
7413             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7414             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7415             g0.setRooted( true );
7416             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7417             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7418                 return false;
7419             }
7420             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7421                 return false;
7422             }
7423             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7424                 return false;
7425             }
7426             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7427             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7428             g0.setRooted( true );
7429             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7430             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7431                 return false;
7432             }
7433             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7434                 return false;
7435             }
7436             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7437                 return false;
7438             }
7439             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7440             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7441             g0.setRooted( true );
7442             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7443             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7444                 return false;
7445             }
7446             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7447                 return false;
7448             }
7449             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7453             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7454             g0.setRooted( true );
7455             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7456             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7457                 return false;
7458             }
7459             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7466                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7467                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7468                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7469             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7470             s0.setRooted( true );
7471             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7472                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7473                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7474                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7475             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7476             g0.setRooted( true );
7477             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7478             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7479                 return false;
7480             }
7481             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7482                 return false;
7483             }
7484             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7485                 return false;
7486             }
7487             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7491                 return false;
7492             }
7493             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7494                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7495                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7496                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7497             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7498             g0.setRooted( true );
7499             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7500             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7504                 return false;
7505             }
7506             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7507                 return false;
7508             }
7509             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7510                 return false;
7511             }
7512             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7513                 return false;
7514             }
7515             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7516                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7517                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7518                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7519             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7520             g0.setRooted( true );
7521             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7522             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7523                 return false;
7524             }
7525             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7532                 return false;
7533             }
7534             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7538                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7539                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7540                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7541             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7542             g0.setRooted( true );
7543             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7544             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7560             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7561             g0.setRooted( true );
7562             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7563             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7573             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7574             g0.setRooted( true );
7575             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7576             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7577                 return false;
7578             }
7579             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7580                 return false;
7581             }
7582             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7583                 return false;
7584             }
7585             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7586                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7587                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7588                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7589             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7590             g0.setRooted( true );
7591             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7592             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7593                 return false;
7594             }
7595             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7596                 return false;
7597             }
7598             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7599                 return false;
7600             }
7601             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7602                 return false;
7603             }
7604             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7605                 return false;
7606             }
7607             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7608                 return false;
7609             }
7610             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7611                 return false;
7612             }
7613             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7614                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7615                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7616                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7617             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7618             g0.setRooted( true );
7619             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7620             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7621                 return false;
7622             }
7623             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7624                 return false;
7625             }
7626             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7627                 return false;
7628             }
7629             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7630                 return false;
7631             }
7632             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7633                 return false;
7634             }
7635             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7636                 return false;
7637             }
7638             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7639                 return false;
7640             }
7641             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7642                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7643                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7644                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7645             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7646             g0.setRooted( true );
7647             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7648             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7649                 return false;
7650             }
7651             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7652                 return false;
7653             }
7654             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7655                 return false;
7656             }
7657             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7658                 return false;
7659             }
7660             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7661                 return false;
7662             }
7663             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7664                 return false;
7665             }
7666             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7667                 return false;
7668             }
7669             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7670                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7671                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7672                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7673             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7674             g0.setRooted( true );
7675             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7676             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7683                 return false;
7684             }
7685             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7686                 return false;
7687             }
7688             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7689                 return false;
7690             }
7691             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7692                 return false;
7693             }
7694             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7695                 return false;
7696             }
7697             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7698                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7699                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7700                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7701             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7702             s0.setRooted( true );
7703             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7704                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7705                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7706                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7707             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7708             g0.setRooted( true );
7709             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7710             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7714                 return false;
7715             }
7716         }
7717         catch ( final Exception e ) {
7718             e.printStackTrace( System.out );
7719             return false;
7720         }
7721         return true;
7722     }
7723
7724     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7725         try {
7726             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7727                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7728             if ( results.size() != 1 ) {
7729                 return false;
7730             }
7731             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7732                 return false;
7733             }
7734             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             results = null;
7747             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7748             if ( results.size() != 1 ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7764                 return false;
7765             }
7766             results = null;
7767             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7768             if ( results.size() != 1 ) {
7769                 return false;
7770             }
7771             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7772                 return false;
7773             }
7774             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7778                 return false;
7779             }
7780             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7781                 return false;
7782             }
7783             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7784                 return false;
7785             }
7786             results = null;
7787             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7788             if ( results.size() != 1 ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7801                 return false;
7802             }
7803             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7807                 return false;
7808             }
7809             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7810                 return false;
7811             }
7812             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7813                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7814                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7815                 return false;
7816             }
7817         }
7818         catch ( final IOException e ) {
7819             System.out.println();
7820             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7821             e.printStackTrace( System.out );
7822             return true;
7823         }
7824         catch ( final Exception e ) {
7825             return false;
7826         }
7827         return true;
7828     }
7829
7830     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7831         //The format for GenBank Accession numbers are:
7832         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7833         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7834         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7835         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7836             return false;
7837         }
7838         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7839             return false;
7840         }
7841         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7842             return false;
7843         }
7844         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7845             return false;
7846         }
7847         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7848             return false;
7849         }
7850         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7851             return false;
7852         }
7853         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7854             return false;
7855         }
7856         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7857             return false;
7858         }
7859         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7860             return false;
7861         }
7862         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7863             return false;
7864         }
7865         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7866             return false;
7867         }
7868         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7869             return false;
7870         }
7871         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7872             return false;
7873         }
7874         return true;
7875     }
7876
7877     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7878         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7879             return false;
7880         }
7881         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7882             return false;
7883         }
7884         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7885             return false;
7886         }
7887         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7888             return false;
7889         }
7890         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7891             return false;
7892         }
7893         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7894             return false;
7895         }
7896         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7897             return false;
7898         }
7899         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7900             return false;
7901         }
7902         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7903             return false;
7904         }
7905         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7906             return false;
7907         }
7908         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7909             return false;
7910         }
7911         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7912             return false;
7913         }
7914         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7915             return false;
7916         }
7917         try {
7918             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7919             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7926                 return false;
7927             }
7928             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7929                 return false;
7930             }
7931             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7932                 return false;
7933             }
7934         }
7935         catch ( final IOException e ) {
7936             System.out.println();
7937             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7938             e.printStackTrace( System.out );
7939             return true;
7940         }
7941         catch ( final Exception e ) {
7942             return false;
7943         }
7944         return true;
7945     }
7946
7947     private static boolean testWabiTxSearch() {
7948         try {
7949             String result = "";
7950             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7951             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7952             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7953                 return false;
7954             }
7955             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7956             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7957                 return false;
7958             }
7959             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7960             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7961                 return false;
7962             }
7963             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7964             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7965                 return false;
7966             }
7967             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7968             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7969                 return false;
7970             }
7971             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7972             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7973                 return false;
7974             }
7975             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7976             queries.add( "Campylobacter coli" );
7977             queries.add( "Escherichia coli" );
7978             queries.add( "Arabidopsis" );
7979             queries.add( "Trichoplax" );
7980             queries.add( "Samanea saman" );
7981             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7982             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7983             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7984             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7985             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7986             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7987             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7988             ranks.add( RANKS.GENUS );
7989             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7990             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7991             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7992             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7993         }
7994         catch ( final Exception e ) {
7995             System.out.println();
7996             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7997             e.printStackTrace( System.out );
7998             return false;
7999         }
8000         return true;
8001     }
8002
8003     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8004         try {
8005             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8006             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8007                 return false;
8008             }
8009             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8019             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8020                 return false;
8021             }
8022             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8023             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8024                 return false;
8025             }
8026             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8027             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8028                 return false;
8029             }
8030         }
8031         catch ( final Exception e ) {
8032             e.printStackTrace();
8033             return false;
8034         }
8035         return true;
8036     }
8037
8038     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8039         try {
8040             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8041             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8042                 return false;
8043             }
8044             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8045                 return false;
8046             }
8047             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8048             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8052                 return false;
8053             }
8054         }
8055         catch ( final Exception e ) {
8056             e.printStackTrace();
8057             return false;
8058         }
8059         return true;
8060     }
8061
8062     private static boolean testFastaParser() {
8063         try {
8064             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8065                 return false;
8066             }
8067             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8068                 return false;
8069             }
8070             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8071             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8072                 return false;
8073             }
8074             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8075                 return false;
8076             }
8077             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8078                 return false;
8079             }
8080             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8081                 return false;
8082             }
8083             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8084                 return false;
8085             }
8086             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8087                 return false;
8088             }
8089         }
8090         catch ( final Exception e ) {
8091             e.printStackTrace();
8092             return false;
8093         }
8094         return true;
8095     }
8096
8097     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8098         try {
8099             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8100             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8101             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
8102             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8103             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8104             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8105             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8106             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8107             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8108             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8109                 return false;
8110             }
8111             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8112                 return false;
8113             }
8114             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8115                 return false;
8116             }
8117             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8118             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8119                 return false;
8120             }
8121             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8122                 return false;
8123             }
8124             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8128             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8132                 return false;
8133             }
8134             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8135                 return false;
8136             }
8137         }
8138         catch ( final Exception e ) {
8139             e.printStackTrace();
8140             return false;
8141         }
8142         return true;
8143     }
8144
8145     private static boolean testMafft() {
8146         try {
8147             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8148             opts.add( "--maxiterate" );
8149             opts.add( "1000" );
8150             opts.add( "--localpair" );
8151             opts.add( "--quiet" );
8152             Msa msa = null;
8153             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8154             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi.fasta" ), opts );
8155             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8156                 return false;
8157             }
8158         }
8159         catch ( final Exception e ) {
8160             e.printStackTrace( System.out );
8161             return false;
8162         }
8163         return true;
8164     }
8165
8166     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8167         try {
8168             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8169             PhylogenyNode n;
8170             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8171             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8172             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8173             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8174             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8175             n = t0.getFirstExternalNode();
8176             while ( n != null ) {
8177                 ext.add( n );
8178                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8179             }
8180             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8181                 return false;
8182             }
8183             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8184                 return false;
8185             }
8186             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8187                 return false;
8188             }
8189             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8190                 return false;
8191             }
8192             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8193                 return false;
8194             }
8195             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             ext.clear();
8199             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8200             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8201             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8202             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8203             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8204             n = t1.getNode( "ab" );
8205             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8206             while ( n != null ) {
8207                 ext.add( n );
8208                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8209             }
8210             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8211                 return false;
8212             }
8213             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8214                 return false;
8215             }
8216             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8217                 return false;
8218             }
8219             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8220                 return false;
8221             }
8222             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8223                 return false;
8224             }
8225             //
8226             //
8227             ext.clear();
8228             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8229             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8230             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8231             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8232             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8233             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8234             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8235             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8236             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8237             n = t2.getNode( "ab" );
8238             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8239             while ( n != null ) {
8240                 ext.add( n );
8241                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8242             }
8243             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8244                 return false;
8245             }
8246             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8247                 return false;
8248             }
8249             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8250                 return false;
8251             }
8252             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8253                 return false;
8254             }
8255             //
8256             //
8257             ext.clear();
8258             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8259             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8260             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8261             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8262             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8263             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8264             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8265             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8266             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8267             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8268             n = t3.getNode( "ab" );
8269             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8270             while ( n != null ) {
8271                 ext.add( n );
8272                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8273             }
8274             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8275                 return false;
8276             }
8277             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             //
8284             //
8285             ext.clear();
8286             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8287             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8288             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8289             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8290             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8291             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8292             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8293             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8294             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8295             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8296             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8297             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8298             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8299                 return false;
8300             }
8301             //
8302             //
8303             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8304             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8305             ext.clear();
8306             n = t5.getFirstExternalNode();
8307             while ( n != null ) {
8308                 ext.add( n );
8309                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8310             }
8311             if ( ext.size() != 8 ) {
8312                 return false;
8313             }
8314             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8315                 return false;
8316             }
8317             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8318                 return false;
8319             }
8320             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8321                 return false;
8322             }
8323             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8324                 return false;
8325             }
8326             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8327                 return false;
8328             }
8329             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             //
8339             //
8340             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8341             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8342             ext.clear();
8343             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8344             n = t6.getNode( "ab" );
8345             while ( n != null ) {
8346                 ext.add( n );
8347                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8348             }
8349             if ( ext.size() != 7 ) {
8350                 return false;
8351             }
8352             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8353                 return false;
8354             }
8355             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8356                 return false;
8357             }
8358             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8359                 return false;
8360             }
8361             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8362                 return false;
8363             }
8364             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8365                 return false;
8366             }
8367             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8368                 return false;
8369             }
8370             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8371                 return false;
8372             }
8373             //
8374             //
8375             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8376             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8377             ext.clear();
8378             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8379             n = t7.getNode( "a" );
8380             while ( n != null ) {
8381                 ext.add( n );
8382                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8383             }
8384             if ( ext.size() != 7 ) {
8385                 return false;
8386             }
8387             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8388                 return false;
8389             }
8390             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8391                 return false;
8392             }
8393             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8394                 return false;
8395             }
8396             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8397                 return false;
8398             }
8399             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8400                 return false;
8401             }
8402             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8403                 return false;
8404             }
8405             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8406                 return false;
8407             }
8408             //
8409             //
8410             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8411             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8412             ext.clear();
8413             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8414             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8415             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8416             n = t8.getNode( "a" );
8417             while ( n != null ) {
8418                 ext.add( n );
8419                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8420             }
8421             if ( ext.size() != 7 ) {
8422                 return false;
8423             }
8424             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8425                 return false;
8426             }
8427             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8428                 return false;
8429             }
8430             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8431                 System.out.println( "2 fail" );
8432                 return false;
8433             }
8434             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8435                 return false;
8436             }
8437             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8438                 return false;
8439             }
8440             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8444                 return false;
8445             }
8446             //
8447             //
8448             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8449             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8450             ext.clear();
8451             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8452             n = t9.getNode( "a" );
8453             while ( n != null ) {
8454                 ext.add( n );
8455                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8456             }
8457             if ( ext.size() != 7 ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8461                 return false;
8462             }
8463             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8464                 return false;
8465             }
8466             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8467                 return false;
8468             }
8469             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8470                 return false;
8471             }
8472             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8473                 return false;
8474             }
8475             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8476                 return false;
8477             }
8478             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8479                 return false;
8480             }
8481             //
8482             //
8483             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8484             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8485             ext.clear();
8486             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8487             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8488             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8489             n = t10.getNode( "a" );
8490             while ( n != null ) {
8491                 ext.add( n );
8492                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8493             }
8494             if ( ext.size() != 7 ) {
8495                 return false;
8496             }
8497             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8498                 return false;
8499             }
8500             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8501                 return false;
8502             }
8503             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8504                 return false;
8505             }
8506             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8507                 return false;
8508             }
8509             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8510                 return false;
8511             }
8512             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             //
8519             //
8520             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8521             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8522             ext.clear();
8523             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8524             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8525             n = t11.getNode( "a" );
8526             while ( n != null ) {
8527                 ext.add( n );
8528                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8529             }
8530             if ( ext.size() != 6 ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8540                 return false;
8541             }
8542             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8543                 return false;
8544             }
8545             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8546                 return false;
8547             }
8548             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8549                 return false;
8550             }
8551             //
8552             //
8553             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8554             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8555             ext.clear();
8556             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8557             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8558             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8559             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8560             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8561             n = t12.getNode( "a" );
8562             while ( n != null ) {
8563                 ext.add( n );
8564                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8565             }
8566             if ( ext.size() != 6 ) {
8567                 return false;
8568             }
8569             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8570                 return false;
8571             }
8572             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8573                 return false;
8574             }
8575             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8576                 return false;
8577             }
8578             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8579                 return false;
8580             }
8581             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8582                 return false;
8583             }
8584             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8585                 return false;
8586             }
8587             //
8588             //
8589             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8590             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8591             ext.clear();
8592             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8593             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8594             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8595             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8596             n = t13.getNode( "ab" );
8597             while ( n != null ) {
8598                 ext.add( n );
8599                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8600             }
8601             if ( ext.size() != 5 ) {
8602                 return false;
8603             }
8604             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8605                 return false;
8606             }
8607             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8608                 return false;
8609             }
8610             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8611                 return false;
8612             }
8613             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8617                 return false;
8618             }
8619             //
8620             //
8621             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8622             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8623             ext.clear();
8624             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8625             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8626             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8627             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8628             n = t14.getNode( "ab" );
8629             while ( n != null ) {
8630                 ext.add( n );
8631                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8632             }
8633             if ( ext.size() != 5 ) {
8634                 return false;
8635             }
8636             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8637                 return false;
8638             }
8639             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8640                 return false;
8641             }
8642             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8643                 return false;
8644             }
8645             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8649                 return false;
8650             }
8651             //
8652             //
8653             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8654             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8655             ext.clear();
8656             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8657             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8658             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8659             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8660             n = t15.getNode( "ab" );
8661             while ( n != null ) {
8662                 ext.add( n );
8663                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8664             }
8665             if ( ext.size() != 6 ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8669                 return false;
8670             }
8671             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8672                 return false;
8673             }
8674             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8675                 return false;
8676             }
8677             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8678                 return false;
8679             }
8680             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8681                 return false;
8682             }
8683             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8684                 return false;
8685             }
8686             //
8687             //
8688             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8689             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8690             ext.clear();
8691             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8692             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8693             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8694             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8695             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8696             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8697             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8698             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8699             n = t16.getNode( "ab" );
8700             while ( n != null ) {
8701                 ext.add( n );
8702                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8703             }
8704             if ( ext.size() != 4 ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8708                 return false;
8709             }
8710             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8711                 return false;
8712             }
8713             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8714                 return false;
8715             }
8716             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8717                 return false;
8718             }
8719         }
8720         catch ( final Exception e ) {
8721             e.printStackTrace( System.out );
8722             return false;
8723         }
8724         return true;
8725     }
8726 }