forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39 import java.util.SortedSet;
  40
  41 import org.forester.application.support_transfer;
  42 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  43 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  44 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  46 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  47 import org.forester.go.TestGo;
  48 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  49 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  50 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  51 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  57 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  58 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  59 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  60 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  61 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  62 import org.forester.msa.BasicMsa;
  63 import org.forester.msa.Mafft;
  64 import org.forester.msa.Msa;
  65 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  66 import org.forester.msa.MsaMethods;
  67 import org.forester.pccx.TestPccx;
  68 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  75 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  76 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  79 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  82 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  83 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  85 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  86 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  87 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  88 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  89 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  90 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  91 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  92 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  93 import org.forester.protein.BasicDomain;
  94 import org.forester.protein.BasicProtein;
  95 import org.forester.protein.Domain;
  96 import org.forester.protein.Protein;
  97 import org.forester.protein.ProteinId;
  98 import org.forester.rio.TestRIO;
  99 import org.forester.sdi.SDI;
 100 import org.forester.sdi.SDIR;
 101 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 102 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 103 import org.forester.sequence.Sequence;
 104 import org.forester.species.BasicSpecies;
 105 import org.forester.species.Species;
 106 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 107 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 108 import org.forester.tools.SupportCount;
 109 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 110 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 111 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 112 import org.forester.util.BasicTable;
 113 import org.forester.util.BasicTableParser;
 114 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 115 import org.forester.util.ForesterConstants;
 116 import org.forester.util.ForesterUtil;
 117 import org.forester.util.GeneralTable;
 118 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 119 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 120 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 121 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 122 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 123 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 126
 127 @SuppressWarnings( "unused")
 128 public final class Test {
 129
 130     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 131     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 132     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 133                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 134                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 135     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 137                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 138     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 139     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 140                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 141                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 142     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 143                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 144                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 145
 146     public static boolean testOverlapRemoval() {
 147         try {
 148             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 149             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 150             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 151             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 152             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 153             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 154             covered.add( true ); // 0
 155             covered.add( false ); // 1
 156             covered.add( true ); // 2
 157             covered.add( false ); // 3
 158             covered.add( true ); // 4
 159             covered.add( true ); // 5
 160             covered.add( false ); // 6
 161             covered.add( true ); // 7
 162             covered.add( true ); // 8
 163             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
 164                 return false;
 165             }
 166             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
 167                 return false;
 168             }
 169             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
 170                 return false;
 171             }
 172             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
 173                 return false;
 174             }
 175             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
 176                 return false;
 177             }
 178             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 179             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 180             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
 181             ab.addProteinDomain( a );
 182             ab.addProteinDomain( b );
 183             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
 184             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 185                 return false;
 186             }
 187             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 188                 return false;
 189             }
 190             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 191                 return false;
 192             }
 193             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
 194             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 195                 return false;
 196             }
 197             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 198                 return false;
 199             }
 200             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 201             final Domain d = new BasicDomain( "d",
 202                                               ( short ) 10000,
 203                                               ( short ) 10500,
 204                                               ( short ) 1,
 205                                               ( short ) 1,
 206                                               0.0000001,
 207                                               1 );
 208             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 209             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
 210             cde.addProteinDomain( c );
 211             cde.addProteinDomain( d );
 212             cde.addProteinDomain( e );
 213             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
 214             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 215                 return false;
 216             }
 217             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 218                 return false;
 219             }
 220             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 221             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 222             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 223             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
 224             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
 225             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
 226             fghi.addProteinDomain( f );
 227             fghi.addProteinDomain( g );
 228             fghi.addProteinDomain( h );
 229             fghi.addProteinDomain( i );
 230             fghi.addProteinDomain( i );
 231             fghi.addProteinDomain( i );
 232             fghi.addProteinDomain( i2 );
 233             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
 234             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 235                 return false;
 236             }
 237             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 238                 return false;
 239             }
 240             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
 241                 return false;
 242             }
 243             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
 244             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 245                 return false;
 246             }
 247             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 248                 return false;
 249             }
 250             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 251             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 252             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 253             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 254             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 255             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 256             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 257             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
 258             jklm.addProteinDomain( j );
 259             jklm.addProteinDomain( k );
 260             jklm.addProteinDomain( l );
 261             jklm.addProteinDomain( m );
 262             jklm.addProteinDomain( m0 );
 263             jklm.addProteinDomain( m1 );
 264             jklm.addProteinDomain( m2 );
 265             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
 266             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 267                 return false;
 268             }
 269             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 270                 return false;
 271             }
 272             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
 273                 return false;
 274             }
 275             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
 276             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 277                 return false;
 278             }
 279             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 280                 return false;
 281             }
 282             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 283             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
 284             od.addProteinDomain( only );
 285             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
 286             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 287                 return false;
 288             }
 289             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 290                 return false;
 291             }
 292         }
 293         catch ( final Exception e ) {
 294             e.printStackTrace( System.out );
 295             return false;
 296         }
 297         return true;
 298     }
 299
 300     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
 301         try {
 302             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 303             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 304             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 305             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 306             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 307             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 308             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 309             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 310             covered.add( true ); // 0
 311             covered.add( false ); // 1
 312             covered.add( true ); // 2
 313             covered.add( false ); // 3
 314             covered.add( true ); // 4
 315             covered.add( true ); // 5
 316             covered.add( false ); // 6
 317             covered.add( true ); // 7
 318             covered.add( true ); // 8
 319             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
 320                 return false;
 321             }
 322             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
 323                 return false;
 324             }
 325             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
 326                 return false;
 327             }
 328             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
 329                 return false;
 330             }
 331             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
 332                 return false;
 333             }
 334             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
 335                 return false;
 336             }
 337             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
 338                 return false;
 339             }
 340             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 341             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 342             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 343             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
 344             abc.addProteinDomain( a );
 345             abc.addProteinDomain( b );
 346             abc.addProteinDomain( c );
 347             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
 348             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
 349             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 350                 return false;
 351             }
 352             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 353                 return false;
 354             }
 355             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 356                 return false;
 357             }
 358             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 359                 return false;
 360             }
 361             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 362                 return false;
 363             }
 364             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 365             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 366             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 367             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
 368             def.addProteinDomain( d );
 369             def.addProteinDomain( e );
 370             def.addProteinDomain( f );
 371             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
 372             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
 373             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 374                 return false;
 375             }
 376             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 377                 return false;
 378             }
 379             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 380                 return false;
 381             }
 382             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
 383                 return false;
 384             }
 385             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
 386                 return false;
 387             }
 388             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
 389                 return false;
 390             }
 391         }
 392         catch ( final Exception e ) {
 393             e.printStackTrace( System.out );
 394             return false;
 395         }
 396         return true;
 397     }
 398
 399     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 400         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 401     }
 402
 403     public static void main( final String[] args ) {
 404         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 405         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 406                 + "]" );
 407         Locale.setDefault( Locale.US );
 408         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 409         int failed = 0;
 410         int succeeded = 0;
 411         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 412         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 413             System.out.println( "OK.]" );
 414         }
 415         else {
 416             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 417             System.out.println( "Testing aborted." );
 418             System.exit( -1 );
 419         }
 420         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 421         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 422             System.out.println( "OK.]" );
 423         }
 424         else {
 425             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 426             System.out.println( "Testing aborted." );
 427             System.exit( -1 );
 428         }
 429         final long start_time = new Date().getTime();
 430         System.out.print( "Basic node methods: " );
 431         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Protein id: " );
 440         if ( !testProteinId() ) {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         else {
 445             succeeded++;
 446         }
 447         System.out.println( "OK." );
 448         System.out.print( "Species: " );
 449         if ( !testSpecies() ) {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         else {
 454             succeeded++;
 455         }
 456         System.out.println( "OK." );
 457         System.out.print( "Basic domain: " );
 458         if ( !testBasicDomain() ) {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         else {
 463             succeeded++;
 464         }
 465         System.out.println( "OK." );
 466         System.out.print( "Basic protein: " );
 467         if ( !testBasicProtein() ) {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         else {
 472             succeeded++;
 473         }
 474         System.out.println( "OK." );
 475         System.out.print( "Sequence writer: " );
 476         if ( testSequenceWriter() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 485         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 494         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 495             System.out.println( "OK." );
 496             succeeded++;
 497         }
 498         else {
 499             System.out.println( "failed." );
 500             failed++;
 501         }
 502         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 503         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 504             System.out.println( "OK." );
 505             succeeded++;
 506         }
 507         else {
 508             System.out.println( "failed." );
 509             failed++;
 510         }
 511         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 512             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 513             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 514                 System.out.println( "OK." );
 515                 succeeded++;
 516             }
 517             else {
 518                 System.out.println( "failed." );
 519                 failed++;
 520             }
 521         }
 522         // System.exit( 0 );
 523         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 524             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 525             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 526                 System.out.println( "OK." );
 527                 succeeded++;
 528             }
 529             else {
 530                 System.out.println( "failed." );
 531                 failed++;
 532                 System.exit( -1 );
 533             }
 534         }
 535         // System.exit( 0 );
 536         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 537         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 538             System.out.println( "OK." );
 539             succeeded++;
 540         }
 541         else {
 542             System.out.println( "failed." );
 543             failed++;
 544         }
 545         //
 546         System.out.print( "Overlap removal: " );
 547         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 548             System.out.println( "failed." );
 549             failed++;
 550         }
 551         else {
 552             succeeded++;
 553         }
 554         System.out.println( "OK." );
 555         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 556         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 557             System.out.println( "failed." );
 558             failed++;
 559         }
 560         else {
 561             succeeded++;
 562         }
 563         System.out.println( "OK." );
 564         //
 565         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 566         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 567             System.out.println( "OK." );
 568             succeeded++;
 569         }
 570         else {
 571             System.out.println( "failed." );
 572             failed++;
 573         }
 574         System.out.print( "SN extraction: " );
 575         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 576             System.out.println( "OK." );
 577             succeeded++;
 578         }
 579         else {
 580             System.out.println( "failed." );
 581             failed++;
 582         }
 583         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 584         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 585             System.out.println( "OK." );
 586             succeeded++;
 587         }
 588         else {
 589             System.out.println( "failed." );
 590             failed++;
 591         }
 592         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 593         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 594             System.out.println( "OK." );
 595             succeeded++;
 596         }
 597         else {
 598             System.out.println( "failed." );
 599             failed++;
 600         }
 601         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 602         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 603             System.out.println( "OK." );
 604             succeeded++;
 605         }
 606         else {
 607             System.out.println( "failed." );
 608             failed++;
 609         }
 610         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 611         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 612             System.out.println( "OK." );
 613             succeeded++;
 614         }
 615         else {
 616             System.out.println( "failed." );
 617             failed++;
 618         }
 619         System.out.print( "NH parsing: " );
 620         if ( Test.testNHParsing() ) {
 621             System.out.println( "OK." );
 622             succeeded++;
 623         }
 624         else {
 625             System.out.println( "failed." );
 626             failed++;
 627         }
 628         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 629         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 630             System.out.println( "OK." );
 631             succeeded++;
 632         }
 633         else {
 634             System.out.println( "failed." );
 635             failed++;
 636         }
 637         System.out.print( "NHX parsing: " );
 638         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 639             System.out.println( "OK." );
 640             succeeded++;
 641         }
 642         else {
 643             System.out.println( "failed." );
 644             failed++;
 645         }
 646         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 647         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 648             System.out.println( "OK." );
 649             succeeded++;
 650         }
 651         else {
 652             System.out.println( "failed." );
 653             failed++;
 654         }
 655         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 656         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 657             System.out.println( "OK." );
 658             succeeded++;
 659         }
 660         else {
 661             System.out.println( "failed." );
 662             failed++;
 663         }
 664         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 665         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 666             System.out.println( "OK." );
 667             succeeded++;
 668         }
 669         else {
 670             System.out.println( "failed." );
 671             failed++;
 672         }
 673         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 674         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 675             System.out.println( "OK." );
 676             succeeded++;
 677         }
 678         else {
 679             System.out.println( "failed." );
 680             failed++;
 681         }
 682         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 683         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 684             System.out.println( "OK." );
 685             succeeded++;
 686         }
 687         else {
 688             System.out.println( "failed." );
 689             failed++;
 690         }
 691         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 692         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 693             System.out.println( "OK." );
 694             succeeded++;
 695         }
 696         else {
 697             System.out.println( "failed." );
 698             failed++;
 699         }
 700         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 701         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 702             System.out.println( "OK." );
 703             succeeded++;
 704         }
 705         else {
 706             System.out.println( "failed." );
 707             failed++;
 708         }
 709         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 710         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 711             System.out.println( "OK." );
 712             succeeded++;
 713         }
 714         else {
 715             System.out.println( "failed." );
 716             failed++;
 717         }
 718         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 719         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 720             System.out.println( "OK." );
 721             succeeded++;
 722         }
 723         else {
 724             System.out.println( "failed." );
 725             failed++;
 726         }
 727         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 728         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 729             System.out.println( "OK." );
 730             succeeded++;
 731         }
 732         else {
 733             System.out.println( "failed." );
 734             failed++;
 735         }
 736         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 737         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 738             System.out.println( "OK." );
 739             succeeded++;
 740         }
 741         else {
 742             System.out.println( "failed." );
 743             failed++;
 744         }
 745         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 746         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 747             System.out.println( "OK." );
 748             succeeded++;
 749         }
 750         else {
 751             System.out.println( "failed." );
 752             failed++;
 753         }
 754         System.out.print( "Copying of node data: " );
 755         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 756             System.out.println( "OK." );
 757             succeeded++;
 758         }
 759         else {
 760             System.out.println( "failed." );
 761             failed++;
 762         }
 763         System.out.print( "Tree copy: " );
 764         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 765             System.out.println( "OK." );
 766             succeeded++;
 767         }
 768         else {
 769             System.out.println( "failed." );
 770             failed++;
 771         }
 772         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 773         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 774             System.out.println( "OK." );
 775             succeeded++;
 776         }
 777         else {
 778             System.out.println( "failed." );
 779             failed++;
 780         }
 781         System.out.print( "Tree methods: " );
 782         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 783             System.out.println( "OK." );
 784             succeeded++;
 785         }
 786         else {
 787             System.out.println( "failed." );
 788             failed++;
 789         }
 790         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 791         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 792             System.out.println( "OK." );
 793             succeeded++;
 794         }
 795         else {
 796             System.out.println( "failed." );
 797             failed++;
 798         }
 799         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 800         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 801             System.out.println( "OK." );
 802             succeeded++;
 803         }
 804         else {
 805             System.out.println( "failed." );
 806             failed++;
 807         }
 808         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 809         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 810             System.out.println( "OK." );
 811             succeeded++;
 812         }
 813         else {
 814             System.out.println( "failed." );
 815             failed++;
 816         }
 817         System.out.print( "Re-id methods: " );
 818         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 819             System.out.println( "OK." );
 820             succeeded++;
 821         }
 822         else {
 823             System.out.println( "failed." );
 824             failed++;
 825         }
 826         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 827         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 828             System.out.println( "OK." );
 829             succeeded++;
 830         }
 831         else {
 832             System.out.println( "failed." );
 833             failed++;
 834         }
 835         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 836         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 837             System.out.println( "OK." );
 838             succeeded++;
 839         }
 840         else {
 841             System.out.println( "failed." );
 842             failed++;
 843         }
 844         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 845         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 846             System.out.println( "OK." );
 847             succeeded++;
 848         }
 849         else {
 850             System.out.println( "failed." );
 851             failed++;
 852         }
 853         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 854         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 855             System.out.println( "OK." );
 856             succeeded++;
 857         }
 858         else {
 859             System.out.println( "failed." );
 860             failed++;
 861         }
 862         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 863         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 864             System.out.println( "OK." );
 865             succeeded++;
 866         }
 867         else {
 868             System.out.println( "failed." );
 869             failed++;
 870         }
 871         System.out.print( "Rerooting: " );
 872         if ( Test.testRerooting() ) {
 873             System.out.println( "OK." );
 874             succeeded++;
 875         }
 876         else {
 877             System.out.println( "failed." );
 878             failed++;
 879         }
 880         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 881         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 882             System.out.println( "OK." );
 883             succeeded++;
 884         }
 885         else {
 886             System.out.println( "failed." );
 887             failed++;
 888         }
 889         System.out.print( "Node removal: " );
 890         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 891             System.out.println( "OK." );
 892             succeeded++;
 893         }
 894         else {
 895             System.out.println( "failed." );
 896             failed++;
 897         }
 898         System.out.print( "Support count: " );
 899         if ( Test.testSupportCount() ) {
 900             System.out.println( "OK." );
 901             succeeded++;
 902         }
 903         else {
 904             System.out.println( "failed." );
 905             failed++;
 906         }
 907         System.out.print( "Support transfer: " );
 908         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 909             System.out.println( "OK." );
 910             succeeded++;
 911         }
 912         else {
 913             System.out.println( "failed." );
 914             failed++;
 915         }
 916         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 917         if ( Test.testGetLCA() ) {
 918             System.out.println( "OK." );
 919             succeeded++;
 920         }
 921         else {
 922             System.out.println( "failed." );
 923             failed++;
 924         }
 925         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 926         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 927             System.out.println( "OK." );
 928             succeeded++;
 929         }
 930         else {
 931             System.out.println( "failed." );
 932             failed++;
 933         }
 934         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 935         if ( Test.testGetDistance() ) {
 936             System.out.println( "OK." );
 937             succeeded++;
 938         }
 939         else {
 940             System.out.println( "failed." );
 941             failed++;
 942         }
 943         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 944         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 945             System.out.println( "OK." );
 946             succeeded++;
 947         }
 948         else {
 949             System.out.println( "failed." );
 950             failed++;
 951         }
 952         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 953         if ( Test.testDataObjects() ) {
 954             System.out.println( "OK." );
 955             succeeded++;
 956         }
 957         else {
 958             System.out.println( "failed." );
 959             failed++;
 960         }
 961         System.out.print( "Properties map: " );
 962         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 963             System.out.println( "OK." );
 964             succeeded++;
 965         }
 966         else {
 967             System.out.println( "failed." );
 968             failed++;
 969         }
 970         System.out.print( "SDIse: " );
 971         if ( Test.testSDIse() ) {
 972             System.out.println( "OK." );
 973             succeeded++;
 974         }
 975         else {
 976             System.out.println( "failed." );
 977             failed++;
 978         }
 979         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 980         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 981             System.out.println( "OK." );
 982             succeeded++;
 983         }
 984         else {
 985             System.out.println( "failed." );
 986             failed++;
 987         }
 988         System.out.print( "GSDI: " );
 989         if ( TestGSDI.test() ) {
 990             System.out.println( "OK." );
 991             succeeded++;
 992         }
 993         else {
 994             System.out.println( "failed." );
 995             failed++;
 996         }
 997         System.out.print( "RIO: " );
 998         if ( TestRIO.test() ) {
 999             System.out.println( "OK." );
1000             succeeded++;
1001         }
1002         else {
1003             System.out.println( "failed." );
1004             failed++;
1005         }
1006         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
1007         System.out.println();
1008         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1009             System.out.println( "OK." );
1010             succeeded++;
1011         }
1012         else {
1013             System.out.println( "failed." );
1014             failed++;
1015         }
1016         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
1017         System.out.println();
1018         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1019             System.out.println( "OK." );
1020             succeeded++;
1021         }
1022         else {
1023             System.out.println( "failed." );
1024             failed++;
1025         }
1026         System.out.print( "GO: " );
1027         System.out.println();
1028         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1029             System.out.println( "OK." );
1030             succeeded++;
1031         }
1032         else {
1033             System.out.println( "failed." );
1034             failed++;
1035         }
1036         System.out.print( "Modeling tools: " );
1037         if ( TestPccx.test() ) {
1038             System.out.println( "OK." );
1039             succeeded++;
1040         }
1041         else {
1042             System.out.println( "failed." );
1043             failed++;
1044         }
1045         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
1046         if ( Test.testSplitStrict() ) {
1047             System.out.println( "OK." );
1048             succeeded++;
1049         }
1050         else {
1051             System.out.println( "failed." );
1052             failed++;
1053         }
1054         System.out.print( "Split Matrix: " );
1055         if ( Test.testSplit() ) {
1056             System.out.println( "OK." );
1057             succeeded++;
1058         }
1059         else {
1060             System.out.println( "failed." );
1061             failed++;
1062         }
1063         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
1064         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
1065             System.out.println( "OK." );
1066             succeeded++;
1067         }
1068         else {
1069             System.out.println( "failed." );
1070             failed++;
1071         }
1072         System.out.print( "Basic table: " );
1073         if ( Test.testBasicTable() ) {
1074             System.out.println( "OK." );
1075             succeeded++;
1076         }
1077         else {
1078             System.out.println( "failed." );
1079             failed++;
1080         }
1081         System.out.print( "General table: " );
1082         if ( Test.testGeneralTable() ) {
1083             System.out.println( "OK." );
1084             succeeded++;
1085         }
1086         else {
1087             System.out.println( "failed." );
1088             failed++;
1089         }
1090         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
1091         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
1092             System.out.println( "OK." );
1093             succeeded++;
1094         }
1095         else {
1096             System.out.println( "failed." );
1097             failed++;
1098         }
1099         System.out.print( "General MSA parser: " );
1100         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
1101             System.out.println( "OK." );
1102             succeeded++;
1103         }
1104         else {
1105             System.out.println( "failed." );
1106             failed++;
1107         }
1108         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
1109         if ( Test.testFastaParser() ) {
1110             System.out.println( "OK." );
1111             succeeded++;
1112         }
1113         else {
1114             System.out.println( "failed." );
1115             failed++;
1116         }
1117         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
1118         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
1119             System.out.println( "OK." );
1120             succeeded++;
1121         }
1122         else {
1123             System.out.println( "failed." );
1124             failed++;
1125         }
1126         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
1127         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
1128             System.out.println( "OK." );
1129             succeeded++;
1130         }
1131         else {
1132             System.out.println( "failed." );
1133             failed++;
1134         }
1135         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1136             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
1137             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
1138                 System.out.println( "OK." );
1139                 succeeded++;
1140             }
1141             else {
1142                 System.out.println( "failed." );
1143                 failed++;
1144             }
1145         }
1146         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1147             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
1148             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
1149                 System.out.println( "OK." );
1150                 succeeded++;
1151             }
1152             else {
1153                 System.out.println( "failed." );
1154                 failed++;
1155             }
1156         }
1157         //----
1158         String path = "";
1159         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
1160         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
1161             path = "/usr/local/bin/mafft";
1162         }
1163         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
1164             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
1165         }
1166         else {
1167             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
1168         }
1169         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1170             path = "mafft";
1171         }
1172         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1173             path = "/usr/local/bin/mafft";
1174         }
1175         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1176             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
1177             if ( Test.testMafft( path ) ) {
1178                 System.out.println( "OK." );
1179                 succeeded++;
1180             }
1181             else {
1182                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
1183             }
1184         }
1185         //----
1186         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
1187         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
1188             System.out.println( "OK." );
1189             succeeded++;
1190         }
1191         else {
1192             System.out.println( "failed." );
1193             failed++;
1194         }
1195         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
1196         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
1197             System.out.println( "OK." );
1198             succeeded++;
1199         }
1200         else {
1201             System.out.println( "failed." );
1202             failed++;
1203         }
1204         System.out.println();
1205         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1206         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1207         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1208         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1209                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1210         System.out.println();
1211         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1212         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1213         System.out.println();
1214         if ( failed < 1 ) {
1215             System.out.println( "OK." );
1216         }
1217         else {
1218             System.out.println( "Not OK." );
1219         }
1220     }
1221
1222     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1223         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1224         return p;
1225     }
1226
1227     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1228         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1229     }
1230
1231     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1232         try {
1233             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1234             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1235                 return false;
1236             }
1237             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1238                 return false;
1239             }
1240             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1241                 return false;
1242             }
1243             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1244                 return false;
1245             }
1246             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1247             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1248                 return false;
1249             }
1250             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1251             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1255             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258         }
1259         catch ( final Exception e ) {
1260             e.printStackTrace();
1261             return false;
1262         }
1263         return true;
1264     }
1265
1266     private static boolean testBasicDomain() {
1267         try {
1268             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1269             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1270                 return false;
1271             }
1272             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1282             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1283             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1284             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1285             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1286             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1290                 return false;
1291             }
1292             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1314                 return false;
1315             }
1316         }
1317         catch ( final Exception e ) {
1318             e.printStackTrace( System.out );
1319             return false;
1320         }
1321         return true;
1322     }
1323
1324     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1325         try {
1326             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1330             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1331                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1332             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1333                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1334             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1335                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1336             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( !n3.isExternal() ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( !n3.isRoot() ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1355                 return false;
1356             }
1357         }
1358         catch ( final Exception e ) {
1359             e.printStackTrace( System.out );
1360             return false;
1361         }
1362         return true;
1363     }
1364
1365     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1366         try {
1367             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1368             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1369             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1370                                                               xml_parser );
1371             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1372                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1379             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1380             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1381             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1382             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1383                 return false;
1384             }
1385             if ( !t1.isRooted() ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( t1.isRerootable() ) {
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1392                 return false;
1393             }
1394             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1395                 return false;
1396             }
1397             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1401                 return false;
1402             }
1403             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1404                 return false;
1405             }
1406             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1410                 return false;
1411             }
1412             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1416                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1420                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1421                 return false;
1422             }
1423             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1424                 return false;
1425             }
1426             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1427                 return false;
1428             }
1429             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1430                 return false;
1431             }
1432             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1433                 return false;
1434             }
1435             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1436                 return false;
1437             }
1438             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1439                 return false;
1440             }
1441             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1442                 return false;
1443             }
1444             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1445                 return false;
1446             }
1447             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1448                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1455                 return false;
1456             }
1457             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1458                 return false;
1459             }
1460             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1461                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1462                 return false;
1463             }
1464             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1465                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1466                 return false;
1467             }
1468             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1469                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1473                     .equals( "experimental" ) ) {
1474                 return false;
1475             }
1476             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1477                     .equals( "function" ) ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1481                     .getValue() != 1 ) {
1482                 return false;
1483             }
1484             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1485                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1486                 return false;
1487             }
1488             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1489                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1490                 return false;
1491             }
1492             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1493                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1494                 return false;
1495             }
1496             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1497                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1498                 return false;
1499             }
1500             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1501                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1505                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1506                 return false;
1507             }
1508             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1509                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1510                 return false;
1511             }
1512             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1513                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1514                 return false;
1515             }
1516             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1517                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1521                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1522                 return false;
1523             }
1524             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1528                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1529                 return false;
1530             }
1531             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1532                 return false;
1533             }
1534             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1535             if ( x.size() != 4 ) {
1536                 return false;
1537             }
1538             int c = 0;
1539             for( final Accession acc : x ) {
1540                 if ( c == 0 ) {
1541                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1542                         return false;
1543                     }
1544                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1545                         return false;
1546                     }
1547                 }
1548                 c++;
1549             }
1550         }
1551         catch ( final Exception e ) {
1552             e.printStackTrace( System.out );
1553             return false;
1554         }
1555         return true;
1556     }
1557
1558     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1559         try {
1560             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1561             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1562             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1563                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1564             }
1565             else {
1566                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1567             }
1568             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1569                                                               xml_parser );
1570             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1571                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1572                 return false;
1573             }
1574             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1575                 return false;
1576             }
1577             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1578             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1579             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1580                 return false;
1581             }
1582             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1583             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1584                 return false;
1585             }
1586             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1587                 return false;
1588             }
1589             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1593                 return false;
1594             }
1595             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1596             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1597             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1598             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1605                 return false;
1606             }
1607             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1608                 return false;
1609             }
1610             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1611                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1615                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1619             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1620             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1621             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1622             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1623                 return false;
1624             }
1625             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1626             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1642                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1646                 return false;
1647             }
1648             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1649                 return false;
1650             }
1651             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1652                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1653                 return false;
1654             }
1655             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1656                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1660                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1664                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1668                     .equals( "experimental" ) ) {
1669                 return false;
1670             }
1671             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1672                     .equals( "function" ) ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1676                     .getValue() != 1 ) {
1677                 return false;
1678             }
1679             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1680                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1681                 return false;
1682             }
1683             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1684                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1685                 return false;
1686             }
1687             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1688                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1689                 return false;
1690             }
1691             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1692                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1696                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1697                 return false;
1698             }
1699             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1700                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1701                 return false;
1702             }
1703             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1704                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1708                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1709                 return false;
1710             }
1711             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1712                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1713                 return false;
1714             }
1715             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1716                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1723                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1727                 return false;
1728             }
1729             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1730                 return false;
1731             }
1732             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1733                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1734                 return false;
1735             }
1736             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1737                 return false;
1738             }
1739             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1749                     .equals( "ncbi" ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1756                     .getName().equals( "B" ) ) {
1757                 return false;
1758             }
1759             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1760                     .getFrom() != 21 ) {
1761                 return false;
1762             }
1763             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1764                 return false;
1765             }
1766             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1767                     .getLength() != 24 ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1771                     .getConfidence() != 2144 ) {
1772                 return false;
1773             }
1774             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1775                     .equals( "pfam" ) ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1782                 return false;
1783             }
1784             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1785                 return false;
1786             }
1787             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1788                 return false;
1789             }
1790             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1791             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1822                 return false;
1823             }
1824             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1828                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1829                 return false;
1830             }
1831             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             //
1853             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1854                 return false;
1855             }
1856             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1857                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1858                 return false;
1859             }
1860             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1861                 return false;
1862             }
1863             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1864                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1868                 return false;
1869             }
1870             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1871                 return false;
1872             }
1873             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1874                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1875                 return false;
1876             }
1877             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
1878                     .getCrossReferences();
1879             if ( x.size() != 4 ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             int c = 0;
1883             for( final Accession acc : x ) {
1884                 if ( c == 0 ) {
1885                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1886                         return false;
1887                     }
1888                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1889                         return false;
1890                     }
1891                 }
1892                 c++;
1893             }
1894         }
1895         catch ( final Exception e ) {
1896             e.printStackTrace( System.out );
1897             return false;
1898         }
1899         return true;
1900     }
1901
1902     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1903         try {
1904             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1905             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1906             try {
1907                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1908             }
1909             catch ( final Exception e ) {
1910                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1911             }
1912             if ( xml_parser == null ) {
1913                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1914                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1915                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1916                 }
1917                 else {
1918                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1919                 }
1920             }
1921             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1922                                                               xml_parser );
1923             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1924                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1925                 return false;
1926             }
1927             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1931             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1932             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1933             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1934             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1938                 return false;
1939             }
1940             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1941                 return false;
1942             }
1943             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1944                 return false;
1945             }
1946             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1947                 return false;
1948             }
1949             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1950                 return false;
1951             }
1952             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1953                 return false;
1954             }
1955             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1956             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1957             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1958                 System.out.println( "errors:" );
1959                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1960                 return false;
1961             }
1962             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1966                                                               xml_parser );
1967             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1968                 System.out.println( "errors:" );
1969                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1970                 return false;
1971             }
1972             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1973                 return false;
1974             }
1975             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1976                 return false;
1977             }
1978             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1979                                                               xml_parser );
1980             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1981                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1982                 return false;
1983             }
1984             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1985                 return false;
1986             }
1987             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1988             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1989                 return false;
1990             }
1991             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1992                 return false;
1993             }
1994             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1995                 return false;
1996             }
1997             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1998                 return false;
1999             }
2000             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2001                                                               xml_parser );
2002             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2003                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2004                 return false;
2005             }
2006             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2007                 return false;
2008             }
2009             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2010             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2011                 return false;
2012             }
2013             s.getNode( "first" );
2014             s.getNode( "<>" );
2015             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2016             s.getNode( "'''\"" );
2017             s.getNode( "\"\"\"" );
2018             s.getNode( "dick & doof" );
2019         }
2020         catch ( final Exception e ) {
2021             e.printStackTrace( System.out );
2022             return false;
2023         }
2024         return true;
2025     }
2026
2027     private static boolean testBasicProtein() {
2028         try {
2029             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2030             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2031             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2032             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2033             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2034             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2035             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2036             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2037             p0.addProteinDomain( y );
2038             p0.addProteinDomain( e );
2039             p0.addProteinDomain( b );
2040             p0.addProteinDomain( c );
2041             p0.addProteinDomain( d );
2042             p0.addProteinDomain( a );
2043             p0.addProteinDomain( x );
2044             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             //
2051             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2052             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2053             aa0.addProteinDomain( a1 );
2054             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2055                 return false;
2056             }
2057             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2058                 return false;
2059             }
2060             //
2061             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2062             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2063             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2064             aa1.addProteinDomain( a11 );
2065             aa1.addProteinDomain( a12 );
2066             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2070                 return false;
2071             }
2072             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2073             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2074                 return false;
2075             }
2076             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2077                 return false;
2078             }
2079             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2080                 return false;
2081             }
2082             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2083             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2084                 return false;
2085             }
2086             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2087                 return false;
2088             }
2089             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2093                 return false;
2094             }
2095             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2096             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2106                 return false;
2107             }
2108             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2109             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2110                 return false;
2111             }
2112             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2113                 return false;
2114             }
2115             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2116                 return false;
2117             }
2118             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2119                 return false;
2120             }
2121             //
2122             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2123             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2124             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2125             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2126             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2127             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2128             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2129             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2130             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2131             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2132             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2133             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2134             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2135             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2136             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2137             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2138             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2139             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2140             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2141             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2142             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2143             p00.addProteinDomain( y0 );
2144             p00.addProteinDomain( e0 );
2145             p00.addProteinDomain( b0 );
2146             p00.addProteinDomain( c0 );
2147             p00.addProteinDomain( d0 );
2148             p00.addProteinDomain( a0 );
2149             p00.addProteinDomain( x0 );
2150             p00.addProteinDomain( y1 );
2151             p00.addProteinDomain( y2 );
2152             p00.addProteinDomain( y3 );
2153             p00.addProteinDomain( e1 );
2154             p00.addProteinDomain( e2 );
2155             p00.addProteinDomain( e3 );
2156             p00.addProteinDomain( e4 );
2157             p00.addProteinDomain( e5 );
2158             p00.addProteinDomain( z0 );
2159             p00.addProteinDomain( z1 );
2160             p00.addProteinDomain( z2 );
2161             p00.addProteinDomain( zz0 );
2162             p00.addProteinDomain( zz1 );
2163             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2164                 return false;
2165             }
2166             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2167                 return false;
2168             }
2169             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2170                 return false;
2171             }
2172             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2179             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2180             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2181             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2182             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2183             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2184             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2185             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2186             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2187             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2188             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2189             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2190             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2191             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2192             p.addProteinDomain( B15 );
2193             p.addProteinDomain( C50 );
2194             p.addProteinDomain( A60 );
2195             p.addProteinDomain( A30 );
2196             p.addProteinDomain( C70 );
2197             p.addProteinDomain( B35 );
2198             p.addProteinDomain( B40 );
2199             p.addProteinDomain( A0 );
2200             p.addProteinDomain( A10 );
2201             p.addProteinDomain( A20 );
2202             p.addProteinDomain( B25 );
2203             p.addProteinDomain( D80 );
2204             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2205             domains_ids.add( "A" );
2206             domains_ids.add( "B" );
2207             domains_ids.add( "C" );
2208             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2209                 return false;
2210             }
2211             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2212                 return false;
2213             }
2214             domains_ids.add( "X" );
2215             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2216                 return false;
2217             }
2218             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2219                 return false;
2220             }
2221             domains_ids = new ArrayList<String>();
2222             domains_ids.add( "A" );
2223             domains_ids.add( "C" );
2224             domains_ids.add( "D" );
2225             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2226                 return false;
2227             }
2228             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2229                 return false;
2230             }
2231             domains_ids = new ArrayList<String>();
2232             domains_ids.add( "A" );
2233             domains_ids.add( "D" );
2234             domains_ids.add( "C" );
2235             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             domains_ids = new ArrayList<String>();
2242             domains_ids.add( "A" );
2243             domains_ids.add( "A" );
2244             domains_ids.add( "B" );
2245             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2246                 return false;
2247             }
2248             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2249                 return false;
2250             }
2251             domains_ids = new ArrayList<String>();
2252             domains_ids.add( "A" );
2253             domains_ids.add( "A" );
2254             domains_ids.add( "A" );
2255             domains_ids.add( "B" );
2256             domains_ids.add( "B" );
2257             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2258                 return false;
2259             }
2260             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2261                 return false;
2262             }
2263             domains_ids = new ArrayList<String>();
2264             domains_ids.add( "A" );
2265             domains_ids.add( "A" );
2266             domains_ids.add( "B" );
2267             domains_ids.add( "A" );
2268             domains_ids.add( "B" );
2269             domains_ids.add( "B" );
2270             domains_ids.add( "A" );
2271             domains_ids.add( "B" );
2272             domains_ids.add( "C" );
2273             domains_ids.add( "A" );
2274             domains_ids.add( "C" );
2275             domains_ids.add( "D" );
2276             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2277                 return false;
2278             }
2279             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2280                 return false;
2281             }
2282         }
2283         catch ( final Exception e ) {
2284             e.printStackTrace( System.out );
2285             return false;
2286         }
2287         return true;
2288     }
2289
2290     private static boolean testBasicTable() {
2291         try {
2292             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2293             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2294                 return false;
2295             }
2296             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2297                 return false;
2298             }
2299             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2300             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2301             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2302             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2303             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2304             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2305             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2306             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2307             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2311                 return false;
2312             }
2313             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2314                 return false;
2315             }
2316             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2317                 return false;
2318             }
2319             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2332                 return false;
2333             }
2334             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2335                 return false;
2336             }
2337             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2338             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2339             source.append( "" + l );
2340             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2341             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2342             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2343             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2344             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2345             source.append( "40 41 42 43" + l );
2346             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2347             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2348             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2349             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2353                 return false;
2354             }
2355             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2359                 return false;
2360             }
2361             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2362                 return false;
2363             }
2364             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2365                 return false;
2366             }
2367             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2368             source1.append( "" + l );
2369             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2370             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2371             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2372             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2373             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2374             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2375             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2376             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2377             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2378             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2379                 return false;
2380             }
2381             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2385                 return false;
2386             }
2387             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2391                 return false;
2392             }
2393             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2394                 return false;
2395             }
2396             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2397                 return false;
2398             }
2399             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2403             source2.append( "" + l );
2404             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2405             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2406             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2407             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2408             source2.append( "                     " + l );
2409             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2410             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2411             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2412             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2413             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2414                                                                         ';',
2415                                                                         false,
2416                                                                         false,
2417                                                                         "comment:",
2418                                                                         false );
2419             if ( tl.size() != 2 ) {
2420                 return false;
2421             }
2422             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2423             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2424             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2425                 return false;
2426             }
2427             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2428                 return false;
2429             }
2430             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2434                 return false;
2435             }
2436             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2437                 return false;
2438             }
2439             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2440                 return false;
2441             }
2442         }
2443         catch ( final Exception e ) {
2444             e.printStackTrace( System.out );
2445             return false;
2446         }
2447         return true;
2448     }
2449
2450     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2451         try {
2452             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2453             final TolParser parser = new TolParser();
2454             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2455             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2456                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2457                 return false;
2458             }
2459             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2463             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             if ( !t1.isRooted() ) {
2467                 return false;
2468             }
2469             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2470                 return false;
2471             }
2472             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2473                 return false;
2474             }
2475             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2476                 return false;
2477             }
2478             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2479                 return false;
2480             }
2481             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2482             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2483                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2484                 return false;
2485             }
2486             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2490             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             if ( !t2.isRooted() ) {
2494                 return false;
2495             }
2496             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2506                 return false;
2507             }
2508             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2512                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2516             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2517                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2518                 return false;
2519             }
2520             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2524             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2537             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2538                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2539                 return false;
2540             }
2541             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2545             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2558             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2559                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2560                 return false;
2561             }
2562             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2566             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2567                 return false;
2568             }
2569             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2570                 return false;
2571             }
2572             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2573                 return false;
2574             }
2575             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578         }
2579         catch ( final Exception e ) {
2580             e.printStackTrace( System.out );
2581             return false;
2582         }
2583         return true;
2584     }
2585
2586     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2587         try {
2588             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2589             final Phylogeny t1 = factory.create();
2590             if ( !t1.isEmpty() ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2594             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2598                 return false;
2599             }
2600             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             if ( t2.isEmpty() ) {
2604                 return false;
2605             }
2606             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2607             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2617             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2618             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2622                 return false;
2623             }
2624             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2625                 return false;
2626             }
2627             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2628             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2629             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2630                 return false;
2631             }
2632             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2633                 return false;
2634             }
2635             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2636             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2637             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2641             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2642             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2646             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2647             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2654             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2655             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2656                 return false;
2657             }
2658             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2659             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2660             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2661                 return false;
2662             }
2663         }
2664         catch ( final Exception e ) {
2665             e.printStackTrace( System.out );
2666             return false;
2667         }
2668         return true;
2669     }
2670
2671     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2672         try {
2673             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2674             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2675             final Phylogeny[] ev0 = factory
2676                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2677                              new NHXParser() );
2678             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2679             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2680                 return false;
2681             }
2682             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2683                 return false;
2684             }
2685             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2686             final Phylogeny[] ev1 = factory
2687                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2688                              new NHXParser() );
2689             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2690             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2697             final Phylogeny[] ev_b = factory
2698                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2699                              new NHXParser() );
2700             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2701             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             //
2708             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2709             final Phylogeny[] ev1x = factory
2710                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2711                              new NHXParser() );
2712             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2713             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2714                 return false;
2715             }
2716             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2717                 return false;
2718             }
2719             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2720             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2721                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2722                              new NHXParser() );
2723             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2724             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2725                 return false;
2726             }
2727             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2728                 return false;
2729             }
2730             //
2731             final Phylogeny[] t2 = factory
2732                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2733                              new NHXParser() );
2734             final Phylogeny[] ev2 = factory
2735                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2736                              new NHXParser() );
2737             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2738                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2739             }
2740             //
2741             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2742                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2743             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2744             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2745             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2749                 return false;
2750             }
2751             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2752                 return false;
2753             }
2754         }
2755         catch ( final Exception e ) {
2756             e.printStackTrace();
2757             return false;
2758         }
2759         return true;
2760     }
2761
2762     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2763         try {
2764             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2765                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2766             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2767             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2768                 return false;
2769             }
2770         }
2771         catch ( final Exception e ) {
2772             e.printStackTrace();
2773             return false;
2774         }
2775         return true;
2776     }
2777
2778     private static boolean testTreeCopy() {
2779         try {
2780             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=animals]";
2781             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
2782             final Phylogeny t1 = t0.copy();
2783             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
2784                 return false;
2785             }
2786             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2787                 return false;
2788             }
2789             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
2790             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
2791             t0.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( "metazoa" );
2792             t0.getNode( "b" ).setName( "Bee" );
2793             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((Bee,d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=metazoa]" ) ) {
2794                 return false;
2795             }
2796             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2797                 return false;
2798             }
2799             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
2800             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "Bee" ), true );
2801             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
2802             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2803                 return false;
2804             }
2805         }
2806         catch ( final Exception e ) {
2807             e.printStackTrace();
2808             return false;
2809         }
2810         return true;
2811     }
2812
2813     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
2814         try {
2815             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
2816             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
2823             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
2824                 return false;
2825             }
2826             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
2827                 return false;
2828             }
2829         }
2830         catch ( final Exception e ) {
2831             e.printStackTrace();
2832             return false;
2833         }
2834         return true;
2835     }
2836
2837     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
2838         try {
2839             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
2840             n.setName( "tr|B3RJ64" );
2841             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
2842                 return false;
2843             }
2844             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
2845             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
2846                 return false;
2847             }
2848             n.setName( "NP_001025424" );
2849             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
2850                 return false;
2851             }
2852             n.setName( "_NM_001030253-" );
2853             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
2854                 return false;
2855             }
2856             n.setName( "XM_002122186" );
2857             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
2858                 return false;
2859             }
2860             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
2861             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2862                 return false;
2863             }
2864             n.setName( "AAA34956" );
2865             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2866                 return false;
2867             }
2868             n.setName( "GI:394892" );
2869             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2870                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2871                 return false;
2872             }
2873             n.setName( "gi_394892" );
2874             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2875                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2876                 return false;
2877             }
2878             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
2879             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2880                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2881                 return false;
2882             }
2883             n.setName( "P12345" );
2884             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2885                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2886                 return false;
2887             }
2888             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
2889             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2890                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2891                 return false;
2892             }
2893         }
2894         catch ( final Exception e ) {
2895             e.printStackTrace( System.out );
2896             return false;
2897         }
2898         return true;
2899     }
2900
2901     private static boolean testDataObjects() {
2902         try {
2903             final Confidence s0 = new Confidence();
2904             final Confidence s1 = new Confidence();
2905             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2906                 return false;
2907             }
2908             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2909             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2910             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2911                 return false;
2912             }
2913             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2914                 return false;
2915             }
2916             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2917             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2918                 return false;
2919             }
2920             s3.asSimpleText();
2921             s3.asText();
2922             // Taxonomy
2923             // ----------
2924             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2925             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2926             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2927             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2928             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2929             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2930             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2931             t1.setScientificName( "E. coli" );
2932             t1.setCommonName( "coli" );
2933             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2934             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2935                 return false;
2936             }
2937             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2938             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2939             t2.setScientificName( "what" );
2940             t2.setCommonName( "something" );
2941             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2942                 return false;
2943             }
2944             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2945             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2946                 return false;
2947             }
2948             t1.setIdentifier( null );
2949             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2950             t3.setScientificName( "what" );
2951             t3.setCommonName( "something" );
2952             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2953                 return false;
2954             }
2955             t1.setIdentifier( null );
2956             t1.setTaxonomyCode( "" );
2957             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2958             t4.setCommonName( "something" );
2959             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2960                 return false;
2961             }
2962             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2963             t4.setCommonName( "something" );
2964             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2965                 return false;
2966             }
2967             t1.setIdentifier( null );
2968             t1.setTaxonomyCode( "" );
2969             t1.setScientificName( "" );
2970             t5.setCommonName( "COLI" );
2971             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2972                 return false;
2973             }
2974             t5.setCommonName( "vibrio" );
2975             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2976                 return false;
2977             }
2978             // Identifier
2979             // ----------
2980             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2981             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2982             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2983                 return false;
2984             }
2985             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2989                 return false;
2990             }
2991             id1.asSimpleText();
2992             id1.asText();
2993             // ProteinDomain
2994             // ---------------
2995             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2996             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2997             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             pd1.asSimpleText();
3004             pd1.asText();
3005             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3006             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3007             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3014                 return false;
3015             }
3016             pd3.asSimpleText();
3017             pd3.asText();
3018             // DomainArchitecture
3019             // ------------------
3020             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3021             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3022             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3023             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3024             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3025             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3026             domains0.add( d2 );
3027             domains0.add( d0 );
3028             domains0.add( d3 );
3029             domains0.add( d1 );
3030             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3031             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3035             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3036                 return false;
3037             }
3038             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3039                 return false;
3040             }
3041             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3042                 return false;
3043             }
3044             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3045             domains1.add( d1 );
3046             domains1.add( d2 );
3047             domains1.add( d4 );
3048             domains1.add( d0 );
3049             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3050             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3051                 return false;
3052             }
3053             ds1.asSimpleText();
3054             ds1.asText();
3055             ds1.toNHX();
3056             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3057             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3058                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             // Event
3065             // -----
3066             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3067             if ( e1.isDuplication() ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( !e1.isFusion() ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3080             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3081                 return false;
3082             }
3083             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3084                 return false;
3085             }
3086             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3087             if ( e2.isDuplication() ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3106             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3110             if ( e3.isDuplication() ) {
3111                 return false;
3112             }
3113             if ( e3.isSpeciation() ) {
3114                 return false;
3115             }
3116             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3117                 return false;
3118             }
3119             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3120                 return false;
3121             }
3122             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3123             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3124             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             e3 = null;
3128             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3132             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3139             e4 = null;
3140             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3141             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             final Event e5 = new Event();
3148             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3149                 return false;
3150             }
3151             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3155                 return false;
3156             }
3157             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3158             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3165             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3166                 return false;
3167             }
3168             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3169                 return false;
3170             }
3171             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3172             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3173                 return false;
3174             }
3175             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178         }
3179         catch ( final Exception e ) {
3180             e.printStackTrace( System.out );
3181             return false;
3182         }
3183         return true;
3184     }
3185
3186     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3187         try {
3188             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3189             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3190             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3191             if ( t0.isEmpty() ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3198             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3199                 return false;
3200             }
3201             if ( !t0.isEmpty() ) {
3202                 return false;
3203             }
3204             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3205             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3206                 return false;
3207             }
3208             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3209             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3213                 return false;
3214             }
3215             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3216             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3220             if ( !t1.isEmpty() ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3224             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3228             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             t2.toNewHampshireX();
3232             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3233             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3234                 return false;
3235             }
3236             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3237             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3241             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3242                 return false;
3243             }
3244             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3245             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3246                 return false;
3247             }
3248             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3249             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3250                 return false;
3251             }
3252             n = t3.getNode( "A" );
3253             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3254                 return false;
3255             }
3256             n = n.getNextExternalNode();
3257             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3261             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             n = t3.getNode( "C" );
3265             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3266                 return false;
3267             }
3268             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3269             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3273             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3277             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3281             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3282                 return false;
3283             }
3284             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3285             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3289             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3293             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             n = t4.getNode( "A" );
3297             n = n.getNextExternalNode();
3298             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             n = n.getNextExternalNode();
3302             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3306             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3310             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3311             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3315             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3319             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3320             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3321                 return false;
3322             }
3323             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3324             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3325                 return false;
3326             }
3327             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3328             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3329             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3333             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3334                 return false;
3335             }
3336             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3337             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3338             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3342             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3343                 return false;
3344             }
3345             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3346             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3347             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3348                 return false;
3349             }
3350             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3351             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3352                 return false;
3353             }
3354             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3355             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3356             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3357                 return false;
3358             }
3359             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3360             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3364             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3365             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3369             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3373             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3377             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3381             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3382             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3383                 return false;
3384             }
3385             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3386             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3387                 return false;
3388             }
3389             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3390             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3391                 return false;
3392             }
3393             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3394             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3395                 return false;
3396             }
3397             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3398             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3399                 return false;
3400             }
3401             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3402             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3403                 return false;
3404             }
3405             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3406             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3407                 return false;
3408             }
3409             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3410             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3411                 return false;
3412             }
3413             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3414             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3415                 return false;
3416             }
3417             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3418             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3422             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3423                 return false;
3424             }
3425             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3426             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3427                 return false;
3428             }
3429             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3430             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3434             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3435                 return false;
3436             }
3437             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3438             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3439             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3440                 return false;
3441             }
3442             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3443             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3444                 return false;
3445             }
3446             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3447             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3448             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3452             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3456             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3457             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3458                 return false;
3459             }
3460             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3461             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3465             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3469             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3470                 return false;
3471             }
3472             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3473             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3474                 return false;
3475             }
3476             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3477             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3478                 return false;
3479             }
3480         }
3481         catch ( final Exception e ) {
3482             e.printStackTrace( System.out );
3483             return false;
3484         }
3485         return true;
3486     }
3487
3488     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3489         try {
3490             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3491             dss1.addValue( 82 );
3492             dss1.addValue( 78 );
3493             dss1.addValue( 70 );
3494             dss1.addValue( 58 );
3495             dss1.addValue( 42 );
3496             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3497                 return false;
3498             }
3499             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3500                 return false;
3501             }
3502             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3506                 return false;
3507             }
3508             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3509                 return false;
3510             }
3511             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3512                 return false;
3513             }
3514             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3515                 return false;
3516             }
3517             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3518                 return false;
3519             }
3520             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3524                 return false;
3525             }
3526             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3527                 return false;
3528             }
3529             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3530                 return false;
3531             }
3532             dss1.addValue( 123 );
3533             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3534                 return false;
3535             }
3536             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3537                 return false;
3538             }
3539             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3543             dss2.addValue( -1.85 );
3544             dss2.addValue( 57.5 );
3545             dss2.addValue( 92.78 );
3546             dss2.addValue( 57.78 );
3547             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3551                 return false;
3552             }
3553             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3554             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3555                 return false;
3556             }
3557             dss2.addValue( -100 );
3558             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             final double[] ds = new double[ 14 ];
3565             ds[ 0 ] = 34;
3566             ds[ 1 ] = 23;
3567             ds[ 2 ] = 1;
3568             ds[ 3 ] = 32;
3569             ds[ 4 ] = 11;
3570             ds[ 5 ] = 2;
3571             ds[ 6 ] = 12;
3572             ds[ 7 ] = 33;
3573             ds[ 8 ] = 13;
3574             ds[ 9 ] = 22;
3575             ds[ 10 ] = 21;
3576             ds[ 11 ] = 35;
3577             ds[ 12 ] = 24;
3578             ds[ 13 ] = 31;
3579             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3580             if ( bins.length != 4 ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3596             ds1[ 0 ] = 10.0;
3597             ds1[ 1 ] = 19.0;
3598             ds1[ 2 ] = 9.999;
3599             ds1[ 3 ] = 0.0;
3600             ds1[ 4 ] = 39.9;
3601             ds1[ 5 ] = 39.999;
3602             ds1[ 6 ] = 30.0;
3603             ds1[ 7 ] = 19.999;
3604             ds1[ 8 ] = 30.1;
3605             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3606             if ( bins1.length != 4 ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3619                 return false;
3620             }
3621             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3622             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3635             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3639                 return false;
3640             }
3641             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3642                 return false;
3643             }
3644             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3648             dss3.addValue( 1 );
3649             dss3.addValue( 1 );
3650             dss3.addValue( 1 );
3651             dss3.addValue( 2 );
3652             dss3.addValue( 3 );
3653             dss3.addValue( 4 );
3654             dss3.addValue( 5 );
3655             dss3.addValue( 5 );
3656             dss3.addValue( 5 );
3657             dss3.addValue( 6 );
3658             dss3.addValue( 7 );
3659             dss3.addValue( 8 );
3660             dss3.addValue( 9 );
3661             dss3.addValue( 10 );
3662             dss3.addValue( 10 );
3663             dss3.addValue( 10 );
3664             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3665             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3666             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3667         }
3668         catch ( final Exception e ) {
3669             e.printStackTrace( System.out );
3670             return false;
3671         }
3672         return true;
3673     }
3674
3675     private static boolean testDir( final String file ) {
3676         try {
3677             final File f = new File( file );
3678             if ( !f.exists() ) {
3679                 return false;
3680             }
3681             if ( !f.isDirectory() ) {
3682                 return false;
3683             }
3684             if ( !f.canRead() ) {
3685                 return false;
3686             }
3687         }
3688         catch ( final Exception e ) {
3689             return false;
3690         }
3691         return true;
3692     }
3693
3694     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
3695         //The format for GenBank Accession numbers are:
3696         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
3697         //Protein:    3 letters + 5 numerals
3698         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
3699         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
3700             return false;
3701         }
3702         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
3703             return false;
3704         }
3705         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
3706             return false;
3707         }
3708         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
3709             return false;
3710         }
3711         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
3712             return false;
3713         }
3714         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
3715             return false;
3716         }
3717         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
3718             return false;
3719         }
3720         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
3721             return false;
3722         }
3723         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
3724             return false;
3725         }
3726         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
3727             return false;
3728         }
3729         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
3730             return false;
3731         }
3732         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3733             return false;
3734         }
3735         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3736             return false;
3737         }
3738         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
3739             return false;
3740         }
3741         return true;
3742     }
3743
3744     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
3745         try {
3746             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3747             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3748             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
3749             n = n.getNextExternalNode();
3750             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3751                 return false;
3752             }
3753             n = n.getNextExternalNode();
3754             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3755                 return false;
3756             }
3757             n = n.getNextExternalNode();
3758             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3759                 return false;
3760             }
3761             n = t1.getNode( "B" );
3762             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3763                 n = n.getNextExternalNode();
3764             }
3765             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
3766             n = t2.getNode( "A" );
3767             n = n.getNextExternalNode();
3768             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3769                 return false;
3770             }
3771             n = n.getNextExternalNode();
3772             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3773                 return false;
3774             }
3775             n = n.getNextExternalNode();
3776             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             n = t2.getNode( "B" );
3780             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3781                 n = n.getNextExternalNode();
3782             }
3783             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3784             n = t3.getNode( "A" );
3785             n = n.getNextExternalNode();
3786             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3787                 return false;
3788             }
3789             n = n.getNextExternalNode();
3790             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             n = n.getNextExternalNode();
3794             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             n = n.getNextExternalNode();
3798             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
3799                 return false;
3800             }
3801             n = n.getNextExternalNode();
3802             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             n = n.getNextExternalNode();
3806             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
3807                 return false;
3808             }
3809             n = n.getNextExternalNode();
3810             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
3811                 return false;
3812             }
3813             n = t3.getNode( "B" );
3814             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3815                 n = n.getNextExternalNode();
3816             }
3817             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3818             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3819                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3820             }
3821             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3822             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3823                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3824             }
3825             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3826             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
3827             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
3828                 return false;
3829             }
3830             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
3831                 return false;
3832             }
3833             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
3834                 return false;
3835             }
3836             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
3837                 return false;
3838             }
3839             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
3840                 return false;
3841             }
3842             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
3843                 return false;
3844             }
3845             if ( iter.hasNext() ) {
3846                 return false;
3847             }
3848         }
3849         catch ( final Exception e ) {
3850             e.printStackTrace( System.out );
3851             return false;
3852         }
3853         return true;
3854     }
3855
3856     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
3857         try {
3858             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3859                 return false;
3860             }
3861             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
3862                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3863                 return false;
3864             }
3865             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
3866                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3867                 return false;
3868             }
3869             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3870                 return false;
3871             }
3872             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
3873                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
3874                 return false;
3875             }
3876         }
3877         catch ( final Exception e ) {
3878             e.printStackTrace( System.out );
3879             return false;
3880         }
3881         return true;
3882     }
3883
3884     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
3885         try {
3886             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3887                 return false;
3888             }
3889             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3890                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3891                 return false;
3892             }
3893             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3894                     .equals( "ARATH" ) ) {
3895                 return false;
3896             }
3897             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3898                     .equals( "ARATH" ) ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3911                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3915                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3916                 return false;
3917             }
3918             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3919                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3920                 return false;
3921             }
3922             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3923                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3927                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3928                 return false;
3929             }
3930             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3931                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3935                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3939                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3940                 return false;
3941             }
3942             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
3943                 return false;
3944             }
3945             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3946                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
3950                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3954                     .equals( "9YX45" ) ) {
3955                 return false;
3956             }
3957             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
3958                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3959                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
3963                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3964                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
3968                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3969                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
3973                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
3977                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3978                 return false;
3979             }
3980             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3981                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3982                 return false;
3983             }
3984             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3985                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
3989                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
3990                 return false;
3991             }
3992             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
3993                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
3997                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3998                 return false;
3999             }
4000             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4001                     .equals( "RAT" ) ) {
4002                 return false;
4003             }
4004             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4005                     .equals( "PIG" ) ) {
4006                 return false;
4007             }
4008             if ( !ParserUtils
4009                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4010                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4011                 return false;
4012             }
4013             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4014                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4018                 return false;
4019             }
4020         }
4021         catch ( final Exception e ) {
4022             e.printStackTrace( System.out );
4023             return false;
4024         }
4025         return true;
4026     }
4027
4028     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4029         try {
4030             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4031             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4032             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4036             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4040             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4041                 return false;
4042             }
4043             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4044             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4048             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4049                 return false;
4050             }
4051             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4052             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4053                 return false;
4054             }
4055             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4056             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4057                 return false;
4058             }
4059             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4060             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4064             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4065                 return false;
4066             }
4067             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4068             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4069                 return false;
4070             }
4071             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4072             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4073                 return false;
4074             }
4075             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4076             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4077                 return false;
4078             }
4079             n.setName( "B3RJ64" );
4080             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4081                 return false;
4082             }
4083             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4084             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4085                 return false;
4086             }
4087             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4088             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             n.setName( "sp B3RJ64" );
4092             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4093                 return false;
4094             }
4095             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4096             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4097                 return false;
4098             }
4099             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4100             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4104             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4105                 return false;
4106             }
4107             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4108             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4109                 return false;
4110             }
4111             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4112             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4116             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4120             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4124             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4128             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4132             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4136             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4137                 return false;
4138             }
4139             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4140             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4141                 return false;
4142             }
4143             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4144             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             n = new PhylogenyNode();
4148             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4149             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4150             n.getNodeData().addSequence( seq );
4151             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4152                 return false;
4153             }
4154             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4155             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             n = new PhylogenyNode();
4159             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4160             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4161             n.getNodeData().addSequence( seq );
4162             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4166             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             n = new PhylogenyNode();
4170             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4171             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4172             n.getNodeData().addSequence( seq );
4173             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4174                 return false;
4175             }
4176             n = new PhylogenyNode();
4177             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4178             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4179             n.getNodeData().addSequence( seq );
4180             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             //
4184             n = new PhylogenyNode();
4185             n.setName( "ACP19736" );
4186             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             n = new PhylogenyNode();
4190             n.setName( "|ACP19736|" );
4191             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4192                 return false;
4193             }
4194         }
4195         catch ( final Exception e ) {
4196             e.printStackTrace( System.out );
4197             return false;
4198         }
4199         return true;
4200     }
4201
4202     private static boolean testFastaParser() {
4203         try {
4204             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4205                 return false;
4206             }
4207             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4208                 return false;
4209             }
4210             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4211             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4212                 return false;
4213             }
4214             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4215                 return false;
4216             }
4217             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4218                 return false;
4219             }
4220             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4221                 return false;
4222             }
4223             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4224                 return false;
4225             }
4226             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4227                 return false;
4228             }
4229         }
4230         catch ( final Exception e ) {
4231             e.printStackTrace();
4232             return false;
4233         }
4234         return true;
4235     }
4236
4237     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4238         try {
4239             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4240             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4241             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4242             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4243             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4244             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4245             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4246             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4247             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4248                 return false;
4249             }
4250             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4251                 return false;
4252             }
4253             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4257                 return false;
4258             }
4259             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4260                 return false;
4261             }
4262             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4263                 return false;
4264             }
4265             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4269                 return false;
4270             }
4271             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4272                 return false;
4273             }
4274             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4275                 return false;
4276             }
4277             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4281                 return false;
4282             }
4283             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4284             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4294             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4304             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4308                 return false;
4309             }
4310             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4311                 return false;
4312             }
4313         }
4314         catch ( final Exception e ) {
4315             e.printStackTrace();
4316             return false;
4317         }
4318         return true;
4319     }
4320
4321     private static boolean testGeneralTable() {
4322         try {
4323             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4324             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4325             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4326             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4327             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4328             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4329             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4330             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4331             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4332             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4348                 return false;
4349             }
4350             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4354                 return false;
4355             }
4356             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4357                 return false;
4358             }
4359             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4360             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4361             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4362             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4363             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4364             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4365             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4366             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4367             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4368             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4369             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4370                 return false;
4371             }
4372             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4376                 return false;
4377             }
4378             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4394                 return false;
4395             }
4396             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399         }
4400         catch ( final Exception e ) {
4401             e.printStackTrace( System.out );
4402             return false;
4403         }
4404         return true;
4405     }
4406
4407     private static boolean testGetDistance() {
4408         try {
4409             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4410             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4411                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4412             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4413                 return false;
4414             }
4415             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4419                 return false;
4420             }
4421             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4428                 return false;
4429             }
4430             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4443                 return false;
4444             }
4445             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4473                 return false;
4474             }
4475             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4485                 return false;
4486             }
4487             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4506                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4507             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4511                 return false;
4512             }
4513             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4520                 return false;
4521             }
4522             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4523                 return false;
4524             }
4525             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4529                 return false;
4530             }
4531             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4532                 return false;
4533             }
4534             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4535                 return false;
4536             }
4537             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4538                 return false;
4539             }
4540         }
4541         catch ( final Exception e ) {
4542             e.printStackTrace( System.out );
4543             return false;
4544         }
4545         return true;
4546     }
4547
4548     private static boolean testGetLCA() {
4549         try {
4550             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4551             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4552                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4553             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4554             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4555                 return false;
4556             }
4557             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4558             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4559                 return false;
4560             }
4561             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
4562             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4563                 return false;
4564             }
4565             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
4566             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4567                 return false;
4568             }
4569             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
4570             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
4574             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4575                 return false;
4576             }
4577             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
4578             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
4582             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4583                 return false;
4584             }
4585             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
4586             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
4590             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
4594             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4595                 return false;
4596             }
4597             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
4598             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4599                 return false;
4600             }
4601             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
4602             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
4606             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4607                 return false;
4608             }
4609             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
4610             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
4614             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4615                 return false;
4616             }
4617             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4618             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
4622             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4623                 return false;
4624             }
4625             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
4626             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
4630             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
4634             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4635                 return false;
4636             }
4637             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
4638             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4639                 return false;
4640             }
4641             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
4642             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4646             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
4647             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
4651             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4652                 return false;
4653             }
4654             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
4655             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
4659             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4660                 return false;
4661             }
4662             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
4663             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4664                 return false;
4665             }
4666             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
4667             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
4671             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
4675             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             final Phylogeny p3 = factory
4679                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4680                              new NHXParser() )[ 0 ];
4681             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
4682             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
4686             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4687                 return false;
4688             }
4689             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
4690             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
4694             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4695                 return false;
4696             }
4697             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
4698             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
4705             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             if ( !al_3.isRoot() ) {
4709                 return false;
4710             }
4711             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
4712             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
4719             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             if ( !fl_3.isRoot() ) {
4723                 return false;
4724             }
4725             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
4726             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4730             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
4731             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
4735             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
4736             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
4740             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
4741             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
4745             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
4746             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749         }
4750         catch ( final Exception e ) {
4751             e.printStackTrace( System.out );
4752             return false;
4753         }
4754         return true;
4755     }
4756
4757     private static boolean testGetLCA2() {
4758         try {
4759             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4760             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
4761             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
4762             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
4763                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
4764             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
4765                 return false;
4766             }
4767             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4768             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
4769             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
4770                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
4771             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
4775                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
4776             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
4777                 return false;
4778             }
4779             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4780             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
4781             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
4782                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4783             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
4784                 return false;
4785             }
4786             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4787                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
4788             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
4789                 System.out.println( p_c_2.getName() );
4790                 System.exit( -1 );
4791                 return false;
4792             }
4793             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4794                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
4795             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
4796                 return false;
4797             }
4798             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
4799                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4800             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4804                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4805             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
4806             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4807                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
4808             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
4812                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
4813             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4814                 return false;
4815             }
4816             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4817                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
4818             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4822                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4823             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4827                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
4828             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
4832                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
4833             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
4837                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4838             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4842                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
4843             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4844                 return false;
4845             }
4846             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4847                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
4848             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
4852                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
4853             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4857                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
4858             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4859                 return false;
4860             }
4861             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4862                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
4863             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4867                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
4868             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4872                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
4873             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4877                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
4878             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4882                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
4883             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
4887                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4888             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4892                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
4893             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4894                 return false;
4895             }
4896             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4897                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
4898             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4902                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
4903             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4904                 return false;
4905             }
4906             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
4907                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
4908             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4909                 return false;
4910             }
4911             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4912                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
4913             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4914                 return false;
4915             }
4916             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4917                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
4918             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4922             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
4923             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4924                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
4925             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4926                 return false;
4927             }
4928             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4929                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
4930             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4931                 return false;
4932             }
4933             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4934                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
4935             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
4939                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
4940             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4941                 return false;
4942             }
4943             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4944                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
4945             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4946                 return false;
4947             }
4948             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4949                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
4950             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
4954                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
4955             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4956                 return false;
4957             }
4958             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4959                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
4960             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             final Phylogeny p3 = factory
4964                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4965                              new NHXParser() )[ 0 ];
4966             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
4967             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
4968                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4969             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4973                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4974             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4975                 return false;
4976             }
4977             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4978                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
4979             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4980                 return false;
4981             }
4982             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4983                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
4984             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4985                 return false;
4986             }
4987             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4988                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
4989             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4993                 return false;
4994             }
4995             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4996                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
4997             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             if ( !al_3.isRoot() ) {
5001                 return false;
5002             }
5003             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5004                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5005             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5006                 return false;
5007             }
5008             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5012                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5013             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5017                 return false;
5018             }
5019             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5020                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5021             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5022                 return false;
5023             }
5024             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5025             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5026             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5027                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5028             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5029                 return false;
5030             }
5031             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5032             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5033             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5034                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5035             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5039             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5040             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5041                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5042             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5043                 return false;
5044             }
5045             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5046             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5047             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5048                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5049             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5053                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5054             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5058                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5059             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5063                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5064             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5068                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5069             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5073                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5074             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5075                 return false;
5076             }
5077         }
5078         catch ( final Exception e ) {
5079             e.printStackTrace( System.out );
5080             return false;
5081         }
5082         return true;
5083     }
5084
5085     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5086         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5087         try {
5088             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5089                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5090             parser1.parse();
5091             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5092                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5093             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5094             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             if ( proteins.size() != 4 ) {
5098                 return false;
5099             }
5100             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5101                 return false;
5102             }
5103             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
5107                 return false;
5108             }
5109             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5110             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5111                 return false;
5112             }
5113             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5117             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5118                 return false;
5119             }
5120             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5121                 return false;
5122             }
5123             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5124             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5128             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5135                 return false;
5136             }
5137             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5138                 return false;
5139             }
5140             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5141                 return false;
5142             }
5143             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5144                 return false;
5145             }
5146             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
5147                 return false;
5148             }
5149             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
5150                 return false;
5151             }
5152             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5153                 return false;
5154             }
5155             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5156                 return false;
5157             }
5158         }
5159         catch ( final Exception e ) {
5160             e.printStackTrace( System.out );
5161             return false;
5162         }
5163         return true;
5164     }
5165
5166     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5167         try {
5168             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5169             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5170             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5171             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5172             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5173                 return false;
5174             }
5175             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5176             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5177                 return false;
5178             }
5179             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5180             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5184             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5185                 return false;
5186             }
5187         }
5188         catch ( final Exception e ) {
5189             e.printStackTrace( System.out );
5190             return false;
5191         }
5192         return true;
5193     }
5194
5195     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5196         try {
5197             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5198             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5199             PhylogenyNodeIterator it0;
5200             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5201                 it0.next();
5202             }
5203             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5204                 it0.next();
5205             }
5206             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5207             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5214                 return false;
5215             }
5216             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5217                 return false;
5218             }
5219             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5220                 return false;
5221             }
5222             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5226                 return false;
5227             }
5228             if ( it.hasNext() ) {
5229                 return false;
5230             }
5231             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5232                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5233             PhylogenyNodeIterator it2;
5234             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5235                 it2.next();
5236             }
5237             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5238                 it2.next();
5239             }
5240             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5241             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5251                 return false;
5252             }
5253             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5254                 return false;
5255             }
5256             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5257                 return false;
5258             }
5259             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5281                 return false;
5282             }
5283             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5305                 return false;
5306             }
5307             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             if ( it3.hasNext() ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5320             PhylogenyNodeIterator it4;
5321             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5322                 it4.next();
5323             }
5324             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5325                 it4.next();
5326             }
5327             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5328             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5332                 return false;
5333             }
5334             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5335                 return false;
5336             }
5337             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5344             PhylogenyNodeIterator it6;
5345             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5346                 it6.next();
5347             }
5348             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5349                 it6.next();
5350             }
5351             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5352             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( it.hasNext() ) {
5356                 return false;
5357             }
5358         }
5359         catch ( final Exception e ) {
5360             e.printStackTrace( System.out );
5361             return false;
5362         }
5363         return true;
5364     }
5365
5366     private static boolean testMafft( final String path ) {
5367         try {
5368             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5369             opts.add( "--maxiterate" );
5370             opts.add( "1000" );
5371             opts.add( "--localpair" );
5372             opts.add( "--quiet" );
5373             Msa msa = null;
5374             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5375             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5376             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5377                 return false;
5378             }
5379             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5380                 return false;
5381             }
5382         }
5383         catch ( final Exception e ) {
5384             e.printStackTrace( System.out );
5385             return false;
5386         }
5387         return true;
5388     }
5389
5390     private static boolean testMidpointrooting() {
5391         try {
5392             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5393             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5394             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5395             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5399                 return false;
5400             }
5401             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5402                            1 ) ) {
5403                 return false;
5404             }
5405             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5406                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5407             if ( !t1.isRooted() ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5411             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5412                 return false;
5413             }
5414             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5424                 return false;
5425             }
5426             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5430             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5431             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5432                 return false;
5433             }
5434             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5438                 return false;
5439             }
5440             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5441                 return false;
5442             }
5443             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5444                 System.exit( -1 );
5445                 return false;
5446             }
5447             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5448                 return false;
5449             }
5450         }
5451         catch ( final Exception e ) {
5452             e.printStackTrace( System.out );
5453             return false;
5454         }
5455         return true;
5456     }
5457
5458     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5459         try {
5460             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
5461             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
5462             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
5463             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
5464             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5465             l.add( s0 );
5466             l.add( s1 );
5467             l.add( s2 );
5468             l.add( s3 );
5469             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5470             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5480                 return false;
5481             }
5482         }
5483         catch ( final Exception e ) {
5484             e.printStackTrace( System.out );
5485             return false;
5486         }
5487         return true;
5488     }
5489
5490     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5491         try {
5492             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5493             PhylogenyNode n;
5494             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5495             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5496             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5497             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5498             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5499             n = t0.getFirstExternalNode();
5500             while ( n != null ) {
5501                 ext.add( n );
5502                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5503             }
5504             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5505                 return false;
5506             }
5507             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5514                 return false;
5515             }
5516             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5517                 return false;
5518             }
5519             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             ext.clear();
5523             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5524             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5525             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5526             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5527             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5528             n = t1.getNode( "ab" );
5529             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5530             while ( n != null ) {
5531                 ext.add( n );
5532                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5533             }
5534             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5538                 return false;
5539             }
5540             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5541                 return false;
5542             }
5543             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5544                 return false;
5545             }
5546             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5547                 return false;
5548             }
5549             //
5550             //
5551             ext.clear();
5552             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5553             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
5554             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5555             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5556             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5557             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5558             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5559             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5560             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5561             n = t2.getNode( "ab" );
5562             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5563             while ( n != null ) {
5564                 ext.add( n );
5565                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5566             }
5567             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             //
5580             //
5581             ext.clear();
5582             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5583             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
5584             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5585             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5586             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5587             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5588             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5589             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5590             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5591             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5592             n = t3.getNode( "ab" );
5593             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5594             while ( n != null ) {
5595                 ext.add( n );
5596                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5597             }
5598             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5599                 return false;
5600             }
5601             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5602                 return false;
5603             }
5604             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5605                 return false;
5606             }
5607             //
5608             //
5609             ext.clear();
5610             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5611             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
5612             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5613             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5614             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5615             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5616             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5617             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5618             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5619             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5620             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
5621             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
5622             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
5623                 return false;
5624             }
5625             //
5626             //
5627             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5628             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
5629             ext.clear();
5630             n = t5.getFirstExternalNode();
5631             while ( n != null ) {
5632                 ext.add( n );
5633                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5634             }
5635             if ( ext.size() != 8 ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
5660                 return false;
5661             }
5662             //
5663             //
5664             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5665             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
5666             ext.clear();
5667             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5668             n = t6.getNode( "ab" );
5669             while ( n != null ) {
5670                 ext.add( n );
5671                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5672             }
5673             if ( ext.size() != 7 ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5683                 return false;
5684             }
5685             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5692                 return false;
5693             }
5694             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5695                 return false;
5696             }
5697             //
5698             //
5699             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5700             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
5701             ext.clear();
5702             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5703             n = t7.getNode( "a" );
5704             while ( n != null ) {
5705                 ext.add( n );
5706                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5707             }
5708             if ( ext.size() != 7 ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             //
5733             //
5734             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5735             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
5736             ext.clear();
5737             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5738             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5739             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5740             n = t8.getNode( "a" );
5741             while ( n != null ) {
5742                 ext.add( n );
5743                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5744             }
5745             if ( ext.size() != 7 ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5755                 System.out.println( "2 fail" );
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5765                 return false;
5766             }
5767             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5768                 return false;
5769             }
5770             //
5771             //
5772             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5773             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
5774             ext.clear();
5775             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5776             n = t9.getNode( "a" );
5777             while ( n != null ) {
5778                 ext.add( n );
5779                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5780             }
5781             if ( ext.size() != 7 ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             //
5806             //
5807             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5808             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
5809             ext.clear();
5810             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5811             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5812             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5813             n = t10.getNode( "a" );
5814             while ( n != null ) {
5815                 ext.add( n );
5816                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5817             }
5818             if ( ext.size() != 7 ) {
5819                 return false;
5820             }
5821             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5822                 return false;
5823             }
5824             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5825                 return false;
5826             }
5827             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5828                 return false;
5829             }
5830             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5831                 return false;
5832             }
5833             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5837                 return false;
5838             }
5839             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5840                 return false;
5841             }
5842             //
5843             //
5844             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5845             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
5846             ext.clear();
5847             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5848             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5849             n = t11.getNode( "a" );
5850             while ( n != null ) {
5851                 ext.add( n );
5852                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5853             }
5854             if ( ext.size() != 6 ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5867                 return false;
5868             }
5869             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5873                 return false;
5874             }
5875             //
5876             //
5877             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5878             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
5879             ext.clear();
5880             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5881             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5882             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5883             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5884             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
5885             n = t12.getNode( "a" );
5886             while ( n != null ) {
5887                 ext.add( n );
5888                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5889             }
5890             if ( ext.size() != 6 ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5894                 return false;
5895             }
5896             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5909                 return false;
5910             }
5911             //
5912             //
5913             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5914             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
5915             ext.clear();
5916             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5917             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
5918             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5919             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5920             n = t13.getNode( "ab" );
5921             while ( n != null ) {
5922                 ext.add( n );
5923                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5924             }
5925             if ( ext.size() != 5 ) {
5926                 return false;
5927             }
5928             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5935                 return false;
5936             }
5937             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5938                 return false;
5939             }
5940             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             //
5944             //
5945             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5946             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
5947             ext.clear();
5948             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5949             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5950             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5951             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5952             n = t14.getNode( "ab" );
5953             while ( n != null ) {
5954                 ext.add( n );
5955                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5956             }
5957             if ( ext.size() != 5 ) {
5958                 return false;
5959             }
5960             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             //
5976             //
5977             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5978             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
5979             ext.clear();
5980             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5981             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5982             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5983             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5984             n = t15.getNode( "ab" );
5985             while ( n != null ) {
5986                 ext.add( n );
5987                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5988             }
5989             if ( ext.size() != 6 ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5996                 return false;
5997             }
5998             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5999                 return false;
6000             }
6001             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6002                 return false;
6003             }
6004             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6005                 return false;
6006             }
6007             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6008                 return false;
6009             }
6010             //
6011             //
6012             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6013             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6014             ext.clear();
6015             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6016             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6017             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6018             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6019             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6020             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6021             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6022             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6023             n = t16.getNode( "ab" );
6024             while ( n != null ) {
6025                 ext.add( n );
6026                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6027             }
6028             if ( ext.size() != 4 ) {
6029                 return false;
6030             }
6031             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6032                 return false;
6033             }
6034             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6038                 return false;
6039             }
6040             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6041                 return false;
6042             }
6043         }
6044         catch ( final Exception e ) {
6045             e.printStackTrace( System.out );
6046             return false;
6047         }
6048         return true;
6049     }
6050
6051     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6052         try {
6053             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6054             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6055             parser.parse();
6056             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6057             if ( labels.length != 7 ) {
6058                 return false;
6059             }
6060             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6061                 return false;
6062             }
6063             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6064                 return false;
6065             }
6066             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6067                 return false;
6068             }
6069             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6070                 return false;
6071             }
6072             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6079                 return false;
6080             }
6081             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6082             parser.parse();
6083             labels = parser.getCharStateLabels();
6084             if ( labels.length != 7 ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6106                 return false;
6107             }
6108         }
6109         catch ( final Exception e ) {
6110             e.printStackTrace( System.out );
6111             return false;
6112         }
6113         return true;
6114     }
6115
6116     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6117         try {
6118             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6119             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6120             parser.parse();
6121             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6122             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6123                 return false;
6124             }
6125             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6129                 return false;
6130             }
6131             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             //            if ( labels.length != 7 ) {
6150             //                return false;
6151             //            }
6152             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6153             //                return false;
6154             //            }
6155             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6156             //                return false;
6157             //            }
6158             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6159             //                return false;
6160             //            }
6161             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6162             //                return false;
6163             //            }
6164             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6165             //                return false;
6166             //            }
6167             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6168             //                return false;
6169             //            }
6170             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6171             //                return false;
6172             //            }
6173             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6174             //            parser.parse();
6175             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6176             //            if ( labels.length != 7 ) {
6177             //                return false;
6178             //            }
6179             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6180             //                return false;
6181             //            }
6182             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6183             //                return false;
6184             //            }
6185             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6186             //                return false;
6187             //            }
6188             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6189             //                return false;
6190             //            }
6191             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6192             //                return false;
6193             //            }
6194             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6195             //                return false;
6196             //            }
6197             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6198             //                return false;
6199             //            }
6200         }
6201         catch ( final Exception e ) {
6202             e.printStackTrace( System.out );
6203             return false;
6204         }
6205         return true;
6206     }
6207
6208     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6209         try {
6210             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6211             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6212             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6213             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             phylogenies = null;
6223             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6224             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             phylogenies = null;
6234             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6235             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6236                 return false;
6237             }
6238             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6239                 return false;
6240             }
6241             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6242                 return false;
6243             }
6244             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6245                 return false;
6246             }
6247             phylogenies = null;
6248             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6249             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6250                 return false;
6251             }
6252             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6253                 return false;
6254             }
6255             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6256                 return false;
6257             }
6258             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6259                 return false;
6260             }
6261             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6262                 return false;
6263             }
6264             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6370                 return false;
6371             }
6372         }
6373         catch ( final Exception e ) {
6374             e.printStackTrace( System.out );
6375             return false;
6376         }
6377         return true;
6378     }
6379
6380     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6381         try {
6382             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6383             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6384             if ( !p.hasNext() ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             Phylogeny phy = p.next();
6388             if ( phy == null ) {
6389                 return false;
6390             }
6391             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             if ( p.hasNext() ) {
6398                 return false;
6399             }
6400             phy = p.next();
6401             if ( phy != null ) {
6402                 return false;
6403             }
6404             //
6405             p.reset();
6406             if ( !p.hasNext() ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             phy = p.next();
6410             if ( phy == null ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             if ( p.hasNext() ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             phy = p.next();
6423             if ( phy != null ) {
6424                 return false;
6425             }
6426             ////
6427             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6428             if ( !p.hasNext() ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             phy = p.next();
6432             if ( phy == null ) {
6433                 return false;
6434             }
6435             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6436                 return false;
6437             }
6438             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6439                 return false;
6440             }
6441             if ( p.hasNext() ) {
6442                 return false;
6443             }
6444             phy = p.next();
6445             if ( phy != null ) {
6446                 return false;
6447             }
6448             //
6449             p.reset();
6450             if ( !p.hasNext() ) {
6451                 return false;
6452             }
6453             phy = p.next();
6454             if ( phy == null ) {
6455                 return false;
6456             }
6457             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( p.hasNext() ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             phy = p.next();
6467             if ( phy != null ) {
6468                 return false;
6469             }
6470             ////
6471             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6472             if ( !p.hasNext() ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             phy = p.next();
6476             if ( phy == null ) {
6477                 return false;
6478             }
6479             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6480                 return false;
6481             }
6482             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             if ( phy.isRooted() ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             if ( p.hasNext() ) {
6489                 return false;
6490             }
6491             phy = p.next();
6492             if ( phy != null ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             //
6496             p.reset();
6497             if ( !p.hasNext() ) {
6498                 return false;
6499             }
6500             phy = p.next();
6501             if ( phy == null ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6508                 return false;
6509             }
6510             if ( p.hasNext() ) {
6511                 return false;
6512             }
6513             phy = p.next();
6514             if ( phy != null ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             ////
6518             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6519             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
6520             //                return false;
6521             //            }
6522             //0
6523             if ( !p.hasNext() ) {
6524                 return false;
6525             }
6526             phy = p.next();
6527             if ( phy == null ) {
6528                 return false;
6529             }
6530             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             //1
6537             if ( !p.hasNext() ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             phy = p.next();
6541             if ( phy == null ) {
6542                 return false;
6543             }
6544             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6545                 return false;
6546             }
6547             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6548                 return false;
6549             }
6550             //2
6551             if ( !p.hasNext() ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             phy = p.next();
6555             if ( phy == null ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             if ( phy.isRooted() ) {
6565                 return false;
6566             }
6567             //3
6568             if ( !p.hasNext() ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             phy = p.next();
6572             if ( phy == null ) {
6573                 return false;
6574             }
6575             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             if ( !phy.isRooted() ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             //4
6585             if ( !p.hasNext() ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             phy = p.next();
6589             if ( phy == null ) {
6590                 return false;
6591             }
6592             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6593                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6594                 return false;
6595             }
6596             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             if ( !phy.isRooted() ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             //5
6603             if ( !p.hasNext() ) {
6604                 return false;
6605             }
6606             phy = p.next();
6607             if ( phy == null ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6611                 return false;
6612             }
6613             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6614                 return false;
6615             }
6616             if ( phy.isRooted() ) {
6617                 return false;
6618             }
6619             //6
6620             if ( !p.hasNext() ) {
6621                 return false;
6622             }
6623             phy = p.next();
6624             if ( phy == null ) {
6625                 return false;
6626             }
6627             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
6628                 return false;
6629             }
6630             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6631                 return false;
6632             }
6633             if ( !phy.isRooted() ) {
6634                 return false;
6635             }
6636             //7
6637             if ( !p.hasNext() ) {
6638                 return false;
6639             }
6640             phy = p.next();
6641             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6642                 return false;
6643             }
6644             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6645                 return false;
6646             }
6647             if ( !phy.isRooted() ) {
6648                 return false;
6649             }
6650             //8
6651             if ( !p.hasNext() ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             phy = p.next();
6655             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6656                 return false;
6657             }
6658             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
6659                 return false;
6660             }
6661             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
6662                 return false;
6663             }
6664             //9
6665             if ( !p.hasNext() ) {
6666                 return false;
6667             }
6668             phy = p.next();
6669             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6670                 return false;
6671             }
6672             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
6673                 return false;
6674             }
6675             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
6676                 return false;
6677             }
6678             //10
6679             if ( !p.hasNext() ) {
6680                 return false;
6681             }
6682             phy = p.next();
6683             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6684                 return false;
6685             }
6686             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6687                 return false;
6688             }
6689             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             if ( !phy.isRooted() ) {
6693                 return false;
6694             }
6695             //11
6696             if ( !p.hasNext() ) {
6697                 return false;
6698             }
6699             phy = p.next();
6700             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
6704                 return false;
6705             }
6706             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             if ( phy.isRooted() ) {
6710                 return false;
6711             }
6712             //12
6713             if ( !p.hasNext() ) {
6714                 return false;
6715             }
6716             phy = p.next();
6717             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6718                 return false;
6719             }
6720             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
6721                 return false;
6722             }
6723             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
6724                 return false;
6725             }
6726             if ( !phy.isRooted() ) {
6727                 return false;
6728             }
6729             //13
6730             if ( !p.hasNext() ) {
6731                 return false;
6732             }
6733             phy = p.next();
6734             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6735                 return false;
6736             }
6737             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6738                 return false;
6739             }
6740             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             if ( !phy.isRooted() ) {
6744                 return false;
6745             }
6746             //14
6747             if ( !p.hasNext() ) {
6748                 return false;
6749             }
6750             phy = p.next();
6751             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6752                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6753                 return false;
6754             }
6755             if ( !phy
6756                     .toNewHampshire()
6757                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6758                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6759                 return false;
6760             }
6761             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             if ( !phy.isRooted() ) {
6765                 return false;
6766             }
6767             //15
6768             if ( !p.hasNext() ) {
6769                 return false;
6770             }
6771             phy = p.next();
6772             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6773                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6774                 return false;
6775             }
6776             if ( !phy
6777                     .toNewHampshire()
6778                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6779                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6780                 return false;
6781             }
6782             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             if ( phy.isRooted() ) {
6786                 return false;
6787             }
6788             //16
6789             if ( !p.hasNext() ) {
6790                 return false;
6791             }
6792             phy = p.next();
6793             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6794                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6795                 return false;
6796             }
6797             if ( !phy
6798                     .toNewHampshire()
6799                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6800                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6801                 return false;
6802             }
6803             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
6804                 return false;
6805             }
6806             if ( !phy.isRooted() ) {
6807                 return false;
6808             }
6809             //17
6810             if ( !p.hasNext() ) {
6811                 return false;
6812             }
6813             phy = p.next();
6814             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6815                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6816                 return false;
6817             }
6818             if ( !phy
6819                     .toNewHampshire()
6820                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6821                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6822                 return false;
6823             }
6824             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             if ( phy.isRooted() ) {
6828                 return false;
6829             }
6830             //
6831             if ( p.hasNext() ) {
6832                 return false;
6833             }
6834             phy = p.next();
6835             if ( phy != null ) {
6836                 return false;
6837             }
6838             p.reset();
6839             //0
6840             if ( !p.hasNext() ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             phy = p.next();
6844             if ( phy == null ) {
6845                 return false;
6846             }
6847             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6848                 return false;
6849             }
6850             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             //1
6854             if ( !p.hasNext() ) {
6855                 return false;
6856             }
6857             phy = p.next();
6858             if ( phy == null ) {
6859                 return false;
6860             }
6861             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6862                 return false;
6863             }
6864             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6865                 return false;
6866             }
6867             //2
6868             if ( !p.hasNext() ) {
6869                 return false;
6870             }
6871             phy = p.next();
6872             if ( phy == null ) {
6873                 return false;
6874             }
6875             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             if ( phy.isRooted() ) {
6882                 return false;
6883             }
6884             //3
6885             if ( !p.hasNext() ) {
6886                 return false;
6887             }
6888             phy = p.next();
6889             if ( phy == null ) {
6890                 return false;
6891             }
6892             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6893                 return false;
6894             }
6895             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6896                 return false;
6897             }
6898             if ( !phy.isRooted() ) {
6899                 return false;
6900             }
6901             //4
6902             if ( !p.hasNext() ) {
6903                 return false;
6904             }
6905             phy = p.next();
6906             if ( phy == null ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6910                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6911                 return false;
6912             }
6913             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6914                 return false;
6915             }
6916             if ( !phy.isRooted() ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             //5
6920             if ( !p.hasNext() ) {
6921                 return false;
6922             }
6923             phy = p.next();
6924             if ( phy == null ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6931                 return false;
6932             }
6933             if ( phy.isRooted() ) {
6934                 return false;
6935             }
6936         }
6937         catch ( final Exception e ) {
6938             e.printStackTrace( System.out );
6939             return false;
6940         }
6941         return true;
6942     }
6943
6944     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
6945         try {
6946             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6947             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6948             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
6949             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6950                 return false;
6951             }
6952             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6956                 return false;
6957             }
6958             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6959                 return false;
6960             }
6961             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6962                 return false;
6963             }
6964             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6965                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6966                 return false;
6967             }
6968             phylogenies = null;
6969             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
6970             if ( phylogenies.length != 3 ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6974                 return false;
6975             }
6976             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6977                 return false;
6978             }
6979             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6980                 return false;
6981             }
6982             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6983                 return false;
6984             }
6985             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6986                 return false;
6987             }
6988             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6989                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6990                 return false;
6991             }
6992             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6993                 return false;
6994             }
6995             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
6996                 return false;
6997             }
6998             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
6999                 return false;
7000             }
7001             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7002                 return false;
7003             }
7004             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7005                 return false;
7006             }
7007             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7008                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7009                 return false;
7010             }
7011             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7012                 return false;
7013             }
7014             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7015                 return false;
7016             }
7017             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7018                 return false;
7019             }
7020             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7021                 return false;
7022             }
7023             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7024                 return false;
7025             }
7026             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7027                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             phylogenies = null;
7031             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7032             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7033                 return false;
7034             }
7035             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7036                 return false;
7037             }
7038             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7039                 return false;
7040             }
7041             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7042                 return false;
7043             }
7044             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7045                 return false;
7046             }
7047             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7048                 return false;
7049             }
7050             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7051                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7052                 return false;
7053             }
7054             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7055                 return false;
7056             }
7057             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7058                 return false;
7059             }
7060             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7061                 return false;
7062             }
7063             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7064                 return false;
7065             }
7066             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7067                 return false;
7068             }
7069             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7070                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7077                 return false;
7078             }
7079             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7080                 return false;
7081             }
7082             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7083                 return false;
7084             }
7085             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7086                 return false;
7087             }
7088             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7089                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7090                 return false;
7091             }
7092         }
7093         catch ( final Exception e ) {
7094             e.printStackTrace( System.out );
7095             return false;
7096         }
7097         return true;
7098     }
7099
7100     private static boolean testNHParsing() {
7101         try {
7102             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7103             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7104             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7105                 return false;
7106             }
7107             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7108             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7109             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7110             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7111             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7115                 return false;
7116             }
7117             final Phylogeny p1b = factory
7118                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7119                              new NHXParser() )[ 0 ];
7120             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7121                 return false;
7122             }
7123             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7124                 return false;
7125             }
7126             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7127             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7128             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7129             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7130             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7131             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7132             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7133             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7134             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7135             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7136             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7137                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7138                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7139                                                     new NHXParser() );
7140             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7141                 return false;
7142             }
7143             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7144                 return false;
7145             }
7146             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7147                 return false;
7148             }
7149             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7153             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7154             final String p16_S = "((A,B),C)";
7155             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7156             if ( p16.length != 1 ) {
7157                 return false;
7158             }
7159             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7163             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7164             if ( p17.length != 1 ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7168                 return false;
7169             }
7170             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7171             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7172             if ( p18.length != 1 ) {
7173                 return false;
7174             }
7175             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7176                 return false;
7177             }
7178             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7179             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7180             if ( p19.length != 1 ) {
7181                 return false;
7182             }
7183             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7187             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7188             if ( p20.length != 1 ) {
7189                 return false;
7190             }
7191             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7192                 return false;
7193             }
7194             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7195             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7196             if ( p21.length != 1 ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7203             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7204             if ( p22.length != 1 ) {
7205                 return false;
7206             }
7207             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7208                 return false;
7209             }
7210             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7211             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7212             if ( p23.length != 1 ) {
7213                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7214                 System.exit( -1 );
7215                 return false;
7216             }
7217             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7221             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7222             if ( p24.length != 1 ) {
7223                 return false;
7224             }
7225             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7229             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7230             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7231             if ( p241.length != 2 ) {
7232                 return false;
7233             }
7234             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7235                 return false;
7236             }
7237             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7238                 return false;
7239             }
7240             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7241                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7242                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7243                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7244                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7245                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7246                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7247                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7248             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7249             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7250                 return false;
7251             }
7252             final String p26_S = "(A,B)ab";
7253             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7254             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7255                 return false;
7256             }
7257             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7258             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7259             if ( p27s.length != 1 ) {
7260                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7261                 System.exit( -1 );
7262                 return false;
7263             }
7264             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7265                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7266                 System.exit( -1 );
7267                 return false;
7268             }
7269             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7270                                                     new NHXParser() );
7271             if ( p27.length != 1 ) {
7272                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7273                 System.exit( -1 );
7274                 return false;
7275             }
7276             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7277                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7278                 System.exit( -1 );
7279                 return false;
7280             }
7281             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7282             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7283             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7284             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7285             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7286                                                     new NHXParser() );
7287             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7288                 return false;
7289             }
7290             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7294                 return false;
7295             }
7296             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7297                 return false;
7298             }
7299             if ( p28.length != 4 ) {
7300                 return false;
7301             }
7302             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7303             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7304             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7308             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7309             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7310                 return false;
7311             }
7312             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7313             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7314             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7315                 return false;
7316             }
7317             final String p33_S = "A";
7318             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7319             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7320                 return false;
7321             }
7322             final String p34_S = "B;";
7323             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7324             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7325                 return false;
7326             }
7327             final String p35_S = "B:0.2";
7328             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7329             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7330                 return false;
7331             }
7332             final String p36_S = "(A)";
7333             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7334             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             final String p37_S = "((A))";
7338             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7339             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7340                 return false;
7341             }
7342             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7343             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7344             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7345                 return false;
7346             }
7347             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7348             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7349             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7350                 return false;
7351             }
7352             final String p40_S = "(A,B,C)";
7353             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7354             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7355                 return false;
7356             }
7357             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7358             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7359             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7363             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7364             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7368             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7369             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7373             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7374             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7378             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7379             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             final String p46_S = "";
7383             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7384             if ( p46.length != 0 ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7388             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7389                 return false;
7390             }
7391             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7392             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7393                 return false;
7394             }
7395             final Phylogeny p49 = factory
7396                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7397                              new NHXParser() )[ 0 ];
7398             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7399                 return false;
7400             }
7401             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7402             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7406                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7410                 return false;
7411             }
7412             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7413                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7414                 return false;
7415             }
7416             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7417             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7418                 return false;
7419             }
7420             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7421             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             final Phylogeny p53 = factory
7425                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7426                              new NHXParser() )[ 0 ];
7427             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             //
7431             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7432             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7433                 return false;
7434             }
7435             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7436                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7437                 return false;
7438             }
7439         }
7440         catch ( final Exception e ) {
7441             e.printStackTrace( System.out );
7442             return false;
7443         }
7444         return true;
7445     }
7446
7447     private static boolean testNHParsingIter() {
7448         try {
7449             final String p0_str = "(A,B);";
7450             final NHXParser p = new NHXParser();
7451             p.setSource( p0_str );
7452             if ( !p.hasNext() ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             final Phylogeny p0 = p.next();
7456             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
7457                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
7458                 return false;
7459             }
7460             if ( p.hasNext() ) {
7461                 return false;
7462             }
7463             if ( p.next() != null ) {
7464                 return false;
7465             }
7466             //
7467             final String p00_str = "(A,B)root;";
7468             p.setSource( p00_str );
7469             final Phylogeny p00 = p.next();
7470             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
7471                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
7472                 return false;
7473             }
7474             //
7475             final String p000_str = "A;";
7476             p.setSource( p000_str );
7477             final Phylogeny p000 = p.next();
7478             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
7479                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
7480                 return false;
7481             }
7482             //
7483             final String p0000_str = "A";
7484             p.setSource( p0000_str );
7485             final Phylogeny p0000 = p.next();
7486             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
7487                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
7488                 return false;
7489             }
7490             //
7491             p.setSource( "(A)" );
7492             final Phylogeny p00000 = p.next();
7493             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
7494                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
7495                 return false;
7496             }
7497             //
7498             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
7499             p.setSource( p1_str );
7500             if ( !p.hasNext() ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             final Phylogeny p1_0 = p.next();
7504             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
7505                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
7506                 return false;
7507             }
7508             if ( !p.hasNext() ) {
7509                 return false;
7510             }
7511             final Phylogeny p1_1 = p.next();
7512             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7513                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
7514                 return false;
7515             }
7516             if ( !p.hasNext() ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             final Phylogeny p1_2 = p.next();
7520             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
7521                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
7522                 return false;
7523             }
7524             if ( !p.hasNext() ) {
7525                 return false;
7526             }
7527             final Phylogeny p1_3 = p.next();
7528             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7529                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
7530                 return false;
7531             }
7532             if ( p.hasNext() ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             if ( p.next() != null ) {
7536                 return false;
7537             }
7538             //
7539             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
7540             p.setSource( p2_str );
7541             if ( !p.hasNext() ) {
7542                 return false;
7543             }
7544             Phylogeny p2_0 = p.next();
7545             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7546                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7547                 return false;
7548             }
7549             if ( !p.hasNext() ) {
7550                 return false;
7551             }
7552             Phylogeny p2_1 = p.next();
7553             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7554                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7555                 return false;
7556             }
7557             if ( !p.hasNext() ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             Phylogeny p2_2 = p.next();
7561             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7562                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7563                 return false;
7564             }
7565             if ( !p.hasNext() ) {
7566                 return false;
7567             }
7568             Phylogeny p2_3 = p.next();
7569             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7570                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7571                 return false;
7572             }
7573             if ( !p.hasNext() ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             Phylogeny p2_4 = p.next();
7577             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7578                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( p.hasNext() ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( p.next() != null ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             ////
7588             p.reset();
7589             if ( !p.hasNext() ) {
7590                 return false;
7591             }
7592             p2_0 = p.next();
7593             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7594                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7595                 return false;
7596             }
7597             if ( !p.hasNext() ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             p2_1 = p.next();
7601             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7602                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7603                 return false;
7604             }
7605             if ( !p.hasNext() ) {
7606                 return false;
7607             }
7608             p2_2 = p.next();
7609             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7610                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7611                 return false;
7612             }
7613             if ( !p.hasNext() ) {
7614                 return false;
7615             }
7616             p2_3 = p.next();
7617             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7618                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7619                 return false;
7620             }
7621             if ( !p.hasNext() ) {
7622                 return false;
7623             }
7624             p2_4 = p.next();
7625             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7626                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7627                 return false;
7628             }
7629             if ( p.hasNext() ) {
7630                 return false;
7631             }
7632             if ( p.next() != null ) {
7633                 return false;
7634             }
7635             //
7636             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
7637             p.setSource( p3_str );
7638             if ( !p.hasNext() ) {
7639                 return false;
7640             }
7641             final Phylogeny p3_0 = p.next();
7642             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
7643                 return false;
7644             }
7645             if ( p.hasNext() ) {
7646                 return false;
7647             }
7648             if ( p.next() != null ) {
7649                 return false;
7650             }
7651             //
7652             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
7653             p.setSource( p4_str );
7654             if ( !p.hasNext() ) {
7655                 return false;
7656             }
7657             final Phylogeny p4_0 = p.next();
7658             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
7659                 return false;
7660             }
7661             if ( p.hasNext() ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             if ( p.next() != null ) {
7665                 return false;
7666             }
7667             //
7668             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
7669             p.setSource( p5_str );
7670             if ( !p.hasNext() ) {
7671                 return false;
7672             }
7673             final Phylogeny p5_0 = p.next();
7674             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             if ( p.hasNext() ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             if ( p.next() != null ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             //
7684             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7685             p.setSource( p6_str );
7686             if ( !p.hasNext() ) {
7687                 return false;
7688             }
7689             Phylogeny p6_0 = p.next();
7690             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             if ( p.hasNext() ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             if ( p.next() != null ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             p.reset();
7700             if ( !p.hasNext() ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             p6_0 = p.next();
7704             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             if ( p.hasNext() ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             if ( p.next() != null ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             //
7714             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7715             p.setSource( p7_str );
7716             if ( !p.hasNext() ) {
7717                 return false;
7718             }
7719             Phylogeny p7_0 = p.next();
7720             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7721                 return false;
7722             }
7723             if ( p.hasNext() ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             if ( p.next() != null ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             p.reset();
7730             if ( !p.hasNext() ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             p7_0 = p.next();
7734             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             if ( p.hasNext() ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             if ( p.next() != null ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             //
7744             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
7745             p.setSource( p8_str );
7746             if ( !p.hasNext() ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             Phylogeny p8_0 = p.next();
7750             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7751                 return false;
7752             }
7753             if ( !p.hasNext() ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             if ( !p.hasNext() ) {
7757                 return false;
7758             }
7759             Phylogeny p8_1 = p.next();
7760             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             if ( p.hasNext() ) {
7764                 return false;
7765             }
7766             if ( p.next() != null ) {
7767                 return false;
7768             }
7769             p.reset();
7770             if ( !p.hasNext() ) {
7771                 return false;
7772             }
7773             p8_0 = p.next();
7774             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             if ( !p.hasNext() ) {
7778                 return false;
7779             }
7780             p8_1 = p.next();
7781             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             if ( p.hasNext() ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             if ( p.next() != null ) {
7788                 return false;
7789             }
7790             p.reset();
7791             //
7792             p.setSource( "" );
7793             if ( p.hasNext() ) {
7794                 return false;
7795             }
7796             //
7797             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
7798             if ( !p.hasNext() ) {
7799                 return false;
7800             }
7801             Phylogeny p_27 = p.next();
7802             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7803                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7804                 System.exit( -1 );
7805                 return false;
7806             }
7807             if ( p.hasNext() ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             if ( p.next() != null ) {
7811                 return false;
7812             }
7813             p.reset();
7814             if ( !p.hasNext() ) {
7815                 return false;
7816             }
7817             p_27 = p.next();
7818             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7819                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7820                 System.exit( -1 );
7821                 return false;
7822             }
7823             if ( p.hasNext() ) {
7824                 return false;
7825             }
7826             if ( p.next() != null ) {
7827                 return false;
7828             }
7829         }
7830         catch ( final Exception e ) {
7831             e.printStackTrace( System.out );
7832             return false;
7833         }
7834         return true;
7835     }
7836
7837     private static boolean testNHXconversion() {
7838         try {
7839             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7840             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7841             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7842             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7843             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7844                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
7845             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
7846                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
7847             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7851                 return false;
7852             }
7853             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
7854                 return false;
7855             }
7856             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
7857                 return false;
7858             }
7859             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
7860                 return false;
7861             }
7862             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
7863                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
7864                 return false;
7865             }
7866         }
7867         catch ( final Exception e ) {
7868             e.printStackTrace( System.out );
7869             return false;
7870         }
7871         return true;
7872     }
7873
7874     private static boolean testNHXNodeParsing() {
7875         try {
7876             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7877             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7878             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7879             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7880             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7881                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
7882             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
7883                 return false;
7884             }
7885             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
7886                 return false;
7887             }
7888             if ( n3.isDuplication() ) {
7889                 return false;
7890             }
7891             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
7898                 return false;
7899             }
7900             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
7910                 return false;
7911             }
7912             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
7913                 return false;
7914             }
7915             if ( !n5.isDuplication() ) {
7916                 return false;
7917             }
7918             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
7919                 return false;
7920             }
7921             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
7922                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
7923                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7924             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7925                 return false;
7926             }
7927             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7928                 return false;
7929             }
7930             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
7931                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
7932                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7933             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
7940                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7941             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
7945                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7946             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7947                 return false;
7948             }
7949             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7950                 return false;
7951             }
7952             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
7953                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7954             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
7955                 return false;
7956             }
7957             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
7961                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7962             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
7963                 return false;
7964             }
7965             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
7966                 return false;
7967             }
7968             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
7969                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7970             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
7971                 return false;
7972             }
7973             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
7974                 return false;
7975             }
7976             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
7977                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7978             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
7979                 return false;
7980             }
7981             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
7982                 return false;
7983             }
7984             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
7985                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7986             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
7987                 return false;
7988             }
7989             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
7990                 return false;
7991             }
7992             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
7993                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7994             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
7998                 return false;
7999             }
8000             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8001                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8002             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8003                 return false;
8004             }
8005             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8006                 return false;
8007             }
8008             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8009                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8010             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8011                 return false;
8012             }
8013             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8014                 return false;
8015             }
8016             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8017                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8018             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8025                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8026                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8027             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8028                 return false;
8029             }
8030             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8031                 return false;
8032             }
8033             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8034                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8035                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8036             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8037                 return false;
8038             }
8039             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8043                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8044             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8045                 return false;
8046             }
8047             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8048                 return false;
8049             }
8050             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8051                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8052                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8053             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8054                 return false;
8055             }
8056             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8057                 return false;
8058             }
8059             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8060                 return false;
8061             }
8062             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8063                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8064                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8065             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8066                 return false;
8067             }
8068             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8069                 return false;
8070             }
8071             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8072                 return false;
8073             }
8074             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8075                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8076             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8077                 return false;
8078             }
8079             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8080                 return false;
8081             }
8082             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8083                 return false;
8084             }
8085             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8086                 return false;
8087             }
8088             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8089                 return false;
8090             }
8091             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8092                 return false;
8093             }
8094             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8095                 return false;
8096             }
8097             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8098                 return false;
8099             }
8100             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8101                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8102             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8103                 return false;
8104             }
8105             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8106                 return false;
8107             }
8108             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8109             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8110                 return false;
8111             }
8112             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8113                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8114             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
8115                 return false;
8116             }
8117             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8118                 return false;
8119             }
8120             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8121                 return false;
8122             }
8123             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8124                 return false;
8125             }
8126             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8127                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8128             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8132                 return false;
8133             }
8134             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8135                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8136                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8137             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8138                 return false;
8139             }
8140             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8144                 return false;
8145             }
8146             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8147                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8148                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8149             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8150                 return false;
8151             }
8152             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8159                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8160                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8161             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8168                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8169             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8170                 return false;
8171             }
8172             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8173                 return false;
8174             }
8175             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8179                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8180             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8181                 return false;
8182             }
8183             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8184                 return false;
8185             }
8186             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8187                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
8188                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8189             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8190                 return false;
8191             }
8192             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8193                 return false;
8194             }
8195             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8196                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
8197                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8198             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8199                 return false;
8200             }
8201             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8202                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8203             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8204                 return false;
8205             }
8206             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8207                     .createInstanceFromNhxString( "bcl2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8208             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8209                 return false;
8210             }
8211             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8212                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8213             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8214                 return false;
8215             }
8216             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8217                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8218             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8219                 return false;
8220             }
8221             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8222                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8223             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8224                 return false;
8225             }
8226             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8227                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8228             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8229                 return false;
8230             }
8231         }
8232         catch ( final Exception e ) {
8233             e.printStackTrace( System.out );
8234             return false;
8235         }
8236         return true;
8237     }
8238
8239     private static boolean testNHXParsing() {
8240         try {
8241             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8242             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8243             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8244                 return false;
8245             }
8246             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8247             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8248             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8249                 return false;
8250             }
8251             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8252             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8253             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             final Phylogeny[] p3 = factory
8257                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8258                              new NHXParser() );
8259             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8260                 return false;
8261             }
8262             final Phylogeny[] p4 = factory
8263                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8264                              new NHXParser() );
8265             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8266                 return false;
8267             }
8268             final Phylogeny[] p5 = factory
8269                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8270                              new NHXParser() );
8271             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8272                 return false;
8273             }
8274             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8275             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8276             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8277             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8281             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8282             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8283             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8287             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8288             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8289             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8290                 return false;
8291             }
8292             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8293             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8294                 return false;
8295             }
8296             final Phylogeny p10 = factory
8297                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8298                              new NHXParser() )[ 0 ];
8299             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8300                 return false;
8301             }
8302         }
8303         catch ( final Exception e ) {
8304             e.printStackTrace( System.out );
8305             return false;
8306         }
8307         return true;
8308     }
8309
8310     private static boolean testNHXParsingMB() {
8311         try {
8312             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8313             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8314                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8315                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8316                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8317                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8318                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8319                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8320                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8321                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8322             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8323                 return false;
8324             }
8325             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8326                 return false;
8327             }
8328             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8329                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             final Phylogeny p2 = factory
8339                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8340                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8341                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8342                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8343                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8344                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8345                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8346                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8347                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8348                              new NHXParser() )[ 0 ];
8349             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8350                 return false;
8351             }
8352             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8353                 return false;
8354             }
8355         }
8356         catch ( final Exception e ) {
8357             e.printStackTrace( System.out );
8358             System.exit( -1 );
8359             return false;
8360         }
8361         return true;
8362     }
8363
8364     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8365         try {
8366             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8367             final NHXParser p = new NHXParser();
8368             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8369             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8370                 return false;
8371             }
8372             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8373             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8374                 return false;
8375             }
8376             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8377                 return false;
8378             }
8379             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8380                 return false;
8381             }
8382             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
8383                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
8387                 return false;
8388             }
8389             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
8396                 return false;
8397             }
8398             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
8399                 return false;
8400             }
8401             final NHXParser p1p = new NHXParser();
8402             p1p.setIgnoreQuotes( true );
8403             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
8404             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8405                 return false;
8406             }
8407             final NHXParser p2p = new NHXParser();
8408             p1p.setIgnoreQuotes( false );
8409             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
8410             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8411                 return false;
8412             }
8413             final NHXParser p3p = new NHXParser();
8414             p3p.setIgnoreQuotes( false );
8415             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
8416             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
8417                 return false;
8418             }
8419             final NHXParser p4p = new NHXParser();
8420             p4p.setIgnoreQuotes( false );
8421             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
8422             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
8423                 return false;
8424             }
8425             final Phylogeny p10 = factory
8426                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
8427                              new NHXParser() )[ 0 ];
8428             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8429             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8430                 return false;
8431             }
8432             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8433             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8434                 return false;
8435             }
8436             //
8437             final Phylogeny p12 = factory
8438                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
8439                              new NHXParser() )[ 0 ];
8440             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8441             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8442                 return false;
8443             }
8444             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8445             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
8449             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8450                 return false;
8451             }
8452             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
8453             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8454                 return false;
8455             }
8456         }
8457         catch ( final Exception e ) {
8458             e.printStackTrace( System.out );
8459             return false;
8460         }
8461         return true;
8462     }
8463
8464     private static boolean testNodeRemoval() {
8465         try {
8466             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8467             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
8468             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
8469             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
8470                 return false;
8471             }
8472             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
8473             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
8474             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
8478             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
8479             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
8480                 return false;
8481             }
8482         }
8483         catch ( final Exception e ) {
8484             e.printStackTrace( System.out );
8485             return false;
8486         }
8487         return true;
8488     }
8489
8490     private static boolean testPhylogenyBranch() {
8491         try {
8492             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
8493             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
8494             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
8495             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
8496             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
8497                 return false;
8498             }
8499             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
8500                 return false;
8501             }
8502             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
8503                 return false;
8504             }
8505             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
8506             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
8507             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
8508             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
8509                 return false;
8510             }
8511             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
8512                 return false;
8513             }
8514             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
8515             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524         }
8525         catch ( final Exception e ) {
8526             e.printStackTrace( System.out );
8527             return false;
8528         }
8529         return true;
8530     }
8531
8532     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
8533         try {
8534             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8535             PhyloXmlParser xml_parser = null;
8536             try {
8537                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
8538             }
8539             catch ( final Exception e ) {
8540                 // Do nothing -- means were not running from jar.
8541             }
8542             if ( xml_parser == null ) {
8543                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
8544                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
8545                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
8546                 }
8547                 else {
8548                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
8549                 }
8550             }
8551             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
8552                                                               xml_parser );
8553             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
8554                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
8555                 return false;
8556             }
8557             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
8558                 return false;
8559             }
8560             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
8561             PhylogenyNode n = null;
8562             Distribution d = null;
8563             n = t1.getNode( "root node" );
8564             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8565                 return false;
8566             }
8567             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8568                 return false;
8569             }
8570             d = n.getNodeData().getDistribution();
8571             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8572                 return false;
8573             }
8574             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8575                 return false;
8576             }
8577             if ( d.getPolygons() != null ) {
8578                 return false;
8579             }
8580             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8581                 return false;
8582             }
8583             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8584                 return false;
8585             }
8586             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8587                 return false;
8588             }
8589             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8590                 return false;
8591             }
8592             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8593                 return false;
8594             }
8595             n = t1.getNode( "node a" );
8596             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8603             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8604                 return false;
8605             }
8606             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8607                 return false;
8608             }
8609             if ( d.getPolygons() != null ) {
8610                 return false;
8611             }
8612             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8613                 return false;
8614             }
8615             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8619                 return false;
8620             }
8621             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8622                 return false;
8623             }
8624             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8625                 return false;
8626             }
8627             n = t1.getNode( "node bb" );
8628             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8635             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8636                 return false;
8637             }
8638             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8639                 return false;
8640             }
8641             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8642                 return false;
8643             }
8644             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8645                 return false;
8646             }
8647             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8648                 return false;
8649             }
8650             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8651                 return false;
8652             }
8653             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8654                 return false;
8655             }
8656             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8657                 return false;
8658             }
8659             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
8660             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8661                 return false;
8662             }
8663             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8664                 return false;
8665             }
8666             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8670                 return false;
8671             }
8672             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8673                 return false;
8674             }
8675             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8679                 return false;
8680             }
8681             p = d.getPolygons().get( 1 );
8682             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8683                 return false;
8684             }
8685             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8689                 return false;
8690             }
8691             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8692                 return false;
8693             }
8694             // Roundtrip:
8695             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
8696             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
8697             if ( rt.length != 1 ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
8701             n = t1_rt.getNode( "root node" );
8702             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8703                 return false;
8704             }
8705             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8706                 return false;
8707             }
8708             d = n.getNodeData().getDistribution();
8709             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8710                 return false;
8711             }
8712             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8713                 return false;
8714             }
8715             if ( d.getPolygons() != null ) {
8716                 return false;
8717             }
8718             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8719                 return false;
8720             }
8721             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8722                 return false;
8723             }
8724             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8725                 return false;
8726             }
8727             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8728                 return false;
8729             }
8730             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8731                 return false;
8732             }
8733             n = t1_rt.getNode( "node a" );
8734             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8735                 return false;
8736             }
8737             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8738                 return false;
8739             }
8740             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8741             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8742                 return false;
8743             }
8744             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             if ( d.getPolygons() != null ) {
8748                 return false;
8749             }
8750             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8751                 return false;
8752             }
8753             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8754                 return false;
8755             }
8756             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8757                 return false;
8758             }
8759             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8760                 return false;
8761             }
8762             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8763                 return false;
8764             }
8765             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
8766             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8767                 return false;
8768             }
8769             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8770                 return false;
8771             }
8772             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8773             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8774                 return false;
8775             }
8776             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8777                 return false;
8778             }
8779             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8780                 return false;
8781             }
8782             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8783                 return false;
8784             }
8785             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8786                 return false;
8787             }
8788             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8789                 return false;
8790             }
8791             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8792                 return false;
8793             }
8794             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8795                 return false;
8796             }
8797             p = d.getPolygons().get( 0 );
8798             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8802                 return false;
8803             }
8804             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8805                 return false;
8806             }
8807             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8808                 return false;
8809             }
8810             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8814                 return false;
8815             }
8816             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8817                 return false;
8818             }
8819             p = d.getPolygons().get( 1 );
8820             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8827                 return false;
8828             }
8829             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8830                 return false;
8831             }
8832         }
8833         catch ( final Exception e ) {
8834             e.printStackTrace( System.out );
8835             return false;
8836         }
8837         return true;
8838     }
8839
8840     private static boolean testPostOrderIterator() {
8841         try {
8842             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8843             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8844             PhylogenyNodeIterator it0;
8845             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
8846                 it0.next();
8847             }
8848             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8849                 it0.next();
8850             }
8851             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8852             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
8853             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8854                 return false;
8855             }
8856             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8857                 return false;
8858             }
8859             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8860                 return false;
8861             }
8862             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8863                 return false;
8864             }
8865             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8866                 return false;
8867             }
8868             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8869                 return false;
8870             }
8871             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8872                 return false;
8873             }
8874             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8875                 return false;
8876             }
8877             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8878                 return false;
8879             }
8880             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8881                 return false;
8882             }
8883             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8884                 return false;
8885             }
8886             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8887                 return false;
8888             }
8889             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8890                 return false;
8891             }
8892             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8893                 return false;
8894             }
8895             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8896                 return false;
8897             }
8898             if ( it.hasNext() ) {
8899                 return false;
8900             }
8901         }
8902         catch ( final Exception e ) {
8903             e.printStackTrace( System.out );
8904             return false;
8905         }
8906         return true;
8907     }
8908
8909     private static boolean testPreOrderIterator() {
8910         try {
8911             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8912             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8913             PhylogenyNodeIterator it0;
8914             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
8915                 it0.next();
8916             }
8917             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8918                 it0.next();
8919             }
8920             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
8921             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8922                 return false;
8923             }
8924             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8925                 return false;
8926             }
8927             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8928                 return false;
8929             }
8930             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8931                 return false;
8932             }
8933             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8934                 return false;
8935             }
8936             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8937                 return false;
8938             }
8939             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8940                 return false;
8941             }
8942             if ( it.hasNext() ) {
8943                 return false;
8944             }
8945             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8946             it = t1.iteratorPreorder();
8947             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8948                 return false;
8949             }
8950             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8951                 return false;
8952             }
8953             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8954                 return false;
8955             }
8956             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8957                 return false;
8958             }
8959             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8960                 return false;
8961             }
8962             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8963                 return false;
8964             }
8965             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8966                 return false;
8967             }
8968             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8969                 return false;
8970             }
8971             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8972                 return false;
8973             }
8974             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8975                 return false;
8976             }
8977             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8978                 return false;
8979             }
8980             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8981                 return false;
8982             }
8983             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8984                 return false;
8985             }
8986             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8987                 return false;
8988             }
8989             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8990                 return false;
8991             }
8992             if ( it.hasNext() ) {
8993                 return false;
8994             }
8995         }
8996         catch ( final Exception e ) {
8997             e.printStackTrace( System.out );
8998             return false;
8999         }
9000         return true;
9001     }
9002
9003     private static boolean testPropertiesMap() {
9004         try {
9005             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9006             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9007             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9008             final Property p2 = new Property( "something:else",
9009                                               "?",
9010                                               "improbable:research",
9011                                               "xsd:decimal",
9012                                               AppliesTo.NODE );
9013             pm.addProperty( p0 );
9014             pm.addProperty( p1 );
9015             pm.addProperty( p2 );
9016             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9017                 return false;
9018             }
9019             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9020                 return false;
9021             }
9022             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9023                 return false;
9024             }
9025             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9026                 return false;
9027             }
9028             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9029                 return false;
9030             }
9031             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9032                 return false;
9033             }
9034             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9035             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9036                 return false;
9037             }
9038             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9039                 return false;
9040             }
9041             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9042                 return false;
9043             }
9044         }
9045         catch ( final Exception e ) {
9046             e.printStackTrace( System.out );
9047             return false;
9048         }
9049         return true;
9050     }
9051
9052     private static boolean testProteinId() {
9053         try {
9054             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9055             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9056             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9057             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9058             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9059                 return false;
9060             }
9061             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9062                 return false;
9063             }
9064             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9065                 return false;
9066             }
9067             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9068                 return false;
9069             }
9070             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9071                 return false;
9072             }
9073             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9074                 return false;
9075             }
9076             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9077                 return false;
9078             }
9079             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9080                 return false;
9081             }
9082             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9083                 return false;
9084             }
9085             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9086                 return false;
9087             }
9088             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9089                 return false;
9090             }
9091             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9092                 return false;
9093             }
9094             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9095                 return false;
9096             }
9097             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9098                 return false;
9099             }
9100             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9101             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9102                 return false;
9103             }
9104             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9105                 return false;
9106             }
9107         }
9108         catch ( final Exception e ) {
9109             e.printStackTrace( System.out );
9110             return false;
9111         }
9112         return true;
9113     }
9114
9115     private static boolean testReIdMethods() {
9116         try {
9117             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9118             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9119             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9120             p.levelOrderReID();
9121             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9122                 return false;
9123             }
9124             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9125                 return false;
9126             }
9127             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9128                 return false;
9129             }
9130             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9131                 return false;
9132             }
9133             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9134                 return false;
9135             }
9136             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9137                 return false;
9138             }
9139             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9140                 return false;
9141             }
9142             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9143                 return false;
9144             }
9145             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9146                 return false;
9147             }
9148             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9149                 return false;
9150             }
9151             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9152                 return false;
9153             }
9154             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9155                 return false;
9156             }
9157             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9158                 return false;
9159             }
9160             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9161                 return false;
9162             }
9163             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9164                 return false;
9165             }
9166         }
9167         catch ( final Exception e ) {
9168             e.printStackTrace( System.out );
9169             return false;
9170         }
9171         return true;
9172     }
9173
9174     private static boolean testRerooting() {
9175         try {
9176             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9177             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9178                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9179             if ( !t1.isRooted() ) {
9180                 return false;
9181             }
9182             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9183             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9184             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9185             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9186             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9187             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9188             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9189             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9190             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9191             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9192             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9193             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9194             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9195             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9196             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9197             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9198             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9199             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9200             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9201             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9202             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9203             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9204             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9205             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9206             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9207             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9208             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9209             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9210             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9211                 return false;
9212             }
9213             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9214                 return false;
9215             }
9216             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9217                 return false;
9218             }
9219             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9220                 return false;
9221             }
9222             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9223                 return false;
9224             }
9225             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9226                 return false;
9227             }
9228             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9229                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9230             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9231             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9232             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9233             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9234             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9235             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9236             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9237             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9238             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9239             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9240             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9241             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9242             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9243             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9244             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9245             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9246             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9247             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9248             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9249             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9250             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9251             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9252             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9253             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9254             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9255             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9256             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9257             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9258             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9259             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9260             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9261             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9262             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9263             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9264             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9265             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9266             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9267             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9268             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9269             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9270             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9271             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9272             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9273             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9274             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9275             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9276                 return false;
9277             }
9278             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9279                 return false;
9280             }
9281             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9282             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9283                 return false;
9284             }
9285             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9286                 return false;
9287             }
9288             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9289             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9290                 return false;
9291             }
9292             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9293                 return false;
9294             }
9295             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9296                 return false;
9297             }
9298             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9299             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9300                 return false;
9301             }
9302             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9303                 return false;
9304             }
9305             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9306                 return false;
9307             }
9308             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9309             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9310                 return false;
9311             }
9312             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9313                 return false;
9314             }
9315             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9316             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9317                 return false;
9318             }
9319             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9320                 return false;
9321             }
9322             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9323                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9324             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9325             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9326                 return false;
9327             }
9328             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9329                 return false;
9330             }
9331             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9332                 return false;
9333             }
9334             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9335             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9336                 return false;
9337             }
9338             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9339                 return false;
9340             }
9341             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9342                 return false;
9343             }
9344             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9345             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9346                 return false;
9347             }
9348             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9349                 return false;
9350             }
9351             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9352                 return false;
9353             }
9354         }
9355         catch ( final Exception e ) {
9356             e.printStackTrace( System.out );
9357             return false;
9358         }
9359         return true;
9360     }
9361
9362     private static boolean testSDIse() {
9363         try {
9364             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9365             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9366             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9367             gene1.setRooted( true );
9368             species1.setRooted( true );
9369             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9370             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9371                 return false;
9372             }
9373             final Phylogeny species2 = factory
9374                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9375                              new NHXParser() )[ 0 ];
9376             final Phylogeny gene2 = factory
9377                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9378                              new NHXParser() )[ 0 ];
9379             species2.setRooted( true );
9380             gene2.setRooted( true );
9381             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
9382             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9383                 return false;
9384             }
9385             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
9386                 return false;
9387             }
9388             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
9389                 return false;
9390             }
9391             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
9392                 return false;
9393             }
9394             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
9395                 return false;
9396             }
9397             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
9398                 return false;
9399             }
9400             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
9401                 return false;
9402             }
9403             final Phylogeny species3 = factory
9404                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9405                              new NHXParser() )[ 0 ];
9406             final Phylogeny gene3 = factory
9407                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9408                              new NHXParser() )[ 0 ];
9409             species3.setRooted( true );
9410             gene3.setRooted( true );
9411             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
9412             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9413                 return false;
9414             }
9415             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
9416                 return false;
9417             }
9418             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
9419                 return false;
9420             }
9421             final Phylogeny species4 = factory
9422                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9423                              new NHXParser() )[ 0 ];
9424             final Phylogeny gene4 = factory
9425                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9426                              new NHXParser() )[ 0 ];
9427             species4.setRooted( true );
9428             gene4.setRooted( true );
9429             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
9430             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9431                 return false;
9432             }
9433             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
9434                 return false;
9435             }
9436             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
9437                 return false;
9438             }
9439             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9440                 return false;
9441             }
9442             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9443                 return false;
9444             }
9445             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9446                 return false;
9447             }
9448             final Phylogeny species5 = factory
9449                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9450                              new NHXParser() )[ 0 ];
9451             final Phylogeny gene5 = factory
9452                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9453                              new NHXParser() )[ 0 ];
9454             species5.setRooted( true );
9455             gene5.setRooted( true );
9456             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
9457             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
9458                 return false;
9459             }
9460             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
9461                 return false;
9462             }
9463             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
9464                 return false;
9465             }
9466             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9467                 return false;
9468             }
9469             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9470                 return false;
9471             }
9472             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9473                 return false;
9474             }
9475             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
9476             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
9477             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
9478             final Phylogeny species6 = factory
9479                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9480                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9481                              new NHXParser() )[ 0 ];
9482             final Phylogeny gene6 = factory
9483                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
9484                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
9485                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
9486                              new NHXParser() )[ 0 ];
9487             species6.setRooted( true );
9488             gene6.setRooted( true );
9489             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
9490             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
9491                 return false;
9492             }
9493             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
9494                 return false;
9495             }
9496             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9497                 return false;
9498             }
9499             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9500                 return false;
9501             }
9502             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
9503                 return false;
9504             }
9505             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
9506                 return false;
9507             }
9508             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
9509                 return false;
9510             }
9511             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
9512                 return false;
9513             }
9514             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
9515                 return false;
9516             }
9517             sdi6.computeMappingCostL();
9518             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
9519                 return false;
9520             }
9521             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9522                 return false;
9523             }
9524             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9525                 return false;
9526             }
9527             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
9528                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
9529                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
9530                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
9531                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
9532             species7.setRooted( true );
9533             final Phylogeny gene7_1 = Test
9534                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9535             gene7_1.setRooted( true );
9536             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
9537             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9538                 return false;
9539             }
9540             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9541                 return false;
9542             }
9543             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9544                 return false;
9545             }
9546             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9547                 return false;
9548             }
9549             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9550                 return false;
9551             }
9552             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9553                 return false;
9554             }
9555             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9556                 return false;
9557             }
9558             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9559                 return false;
9560             }
9561             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9562                 return false;
9563             }
9564             final Phylogeny gene7_2 = Test
9565                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9566             gene7_2.setRooted( true );
9567             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
9568             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9569                 return false;
9570             }
9571             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9572                 return false;
9573             }
9574             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9575                 return false;
9576             }
9577             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9578                 return false;
9579             }
9580             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9581                 return false;
9582             }
9583             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9584                 return false;
9585             }
9586             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
9587                 return false;
9588             }
9589             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9590                 return false;
9591             }
9592             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9593                 return false;
9594             }
9595             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9596                 return false;
9597             }
9598         }
9599         catch ( final Exception e ) {
9600             return false;
9601         }
9602         return true;
9603     }
9604
9605     private static boolean testSDIunrooted() {
9606         try {
9607             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9608             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
9609             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
9610             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
9611             PhylogenyBranch br = iter.next();
9612             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9613                 return false;
9614             }
9615             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9616                 return false;
9617             }
9618             br = iter.next();
9619             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9620                 return false;
9621             }
9622             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9623                 return false;
9624             }
9625             br = iter.next();
9626             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9627                 return false;
9628             }
9629             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9630                 return false;
9631             }
9632             br = iter.next();
9633             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9634                 return false;
9635             }
9636             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9637                 return false;
9638             }
9639             br = iter.next();
9640             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9641                 return false;
9642             }
9643             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9644                 return false;
9645             }
9646             br = iter.next();
9647             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9648                 return false;
9649             }
9650             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9651                 return false;
9652             }
9653             br = iter.next();
9654             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9655                 return false;
9656             }
9657             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9658                 return false;
9659             }
9660             br = iter.next();
9661             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9662                 return false;
9663             }
9664             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9665                 return false;
9666             }
9667             br = iter.next();
9668             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9669                 return false;
9670             }
9671             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9672                 return false;
9673             }
9674             br = iter.next();
9675             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9676                 return false;
9677             }
9678             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9679                 return false;
9680             }
9681             br = iter.next();
9682             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9683                 return false;
9684             }
9685             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9686                 return false;
9687             }
9688             br = iter.next();
9689             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
9690                 return false;
9691             }
9692             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
9693                 return false;
9694             }
9695             br = iter.next();
9696             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9697                 return false;
9698             }
9699             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9700                 return false;
9701             }
9702             br = iter.next();
9703             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
9704                 return false;
9705             }
9706             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
9707                 return false;
9708             }
9709             br = iter.next();
9710             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
9711                 return false;
9712             }
9713             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
9714                 return false;
9715             }
9716             if ( iter.hasNext() ) {
9717                 return false;
9718             }
9719             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9720             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
9721             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
9722             br = iter1.next();
9723             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9724                 return false;
9725             }
9726             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9727                 return false;
9728             }
9729             br = iter1.next();
9730             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9731                 return false;
9732             }
9733             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9734                 return false;
9735             }
9736             br = iter1.next();
9737             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9738                 return false;
9739             }
9740             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9741                 return false;
9742             }
9743             if ( iter1.hasNext() ) {
9744                 return false;
9745             }
9746             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9747             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
9748             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
9749             br = iter2.next();
9750             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9751                 return false;
9752             }
9753             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9754                 return false;
9755             }
9756             br = iter2.next();
9757             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9758                 return false;
9759             }
9760             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9761                 return false;
9762             }
9763             br = iter2.next();
9764             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9765                 return false;
9766             }
9767             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9768                 return false;
9769             }
9770             if ( iter2.hasNext() ) {
9771                 return false;
9772             }
9773             final Phylogeny species0 = factory
9774                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9775                              new NHXParser() )[ 0 ];
9776             final Phylogeny gene1 = factory
9777                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9778                              new NHXParser() )[ 0 ];
9779             species0.setRooted( true );
9780             gene1.setRooted( true );
9781             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
9782             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
9783             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9784                 return false;
9785             }
9786             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
9787                 return false;
9788             }
9789             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
9790                 return false;
9791             }
9792             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
9793                 return false;
9794             }
9795             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9796                 return false;
9797             }
9798             final Phylogeny gene2 = factory
9799                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9800                              new NHXParser() )[ 0 ];
9801             gene2.setRooted( true );
9802             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
9803             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9804                 return false;
9805             }
9806             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9807                 return false;
9808             }
9809             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9810                 return false;
9811             }
9812             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
9813                 return false;
9814             }
9815             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9816                 return false;
9817             }
9818             final Phylogeny species6 = factory
9819                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9820                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9821                              new NHXParser() )[ 0 ];
9822             final Phylogeny gene6 = factory
9823                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9824                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9825                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9826                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9827                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9828                              new NHXParser() )[ 0 ];
9829             species6.setRooted( true );
9830             gene6.setRooted( true );
9831             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
9832             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9833                 return false;
9834             }
9835             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9836                 return false;
9837             }
9838             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9839                 return false;
9840             }
9841             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9842                 return false;
9843             }
9844             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9845                 return false;
9846             }
9847             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9848                 return false;
9849             }
9850             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9851                 return false;
9852             }
9853             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9854                 return false;
9855             }
9856             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9857                 return false;
9858             }
9859             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9860                 return false;
9861             }
9862             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9863                 return false;
9864             }
9865             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9866                 return false;
9867             }
9868             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9869                 return false;
9870             }
9871             p6 = null;
9872             final Phylogeny species7 = factory
9873                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9874                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9875                              new NHXParser() )[ 0 ];
9876             final Phylogeny gene7 = factory
9877                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9878                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9879                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9880                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9881                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9882                              new NHXParser() )[ 0 ];
9883             species7.setRooted( true );
9884             gene7.setRooted( true );
9885             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
9886             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9887                 return false;
9888             }
9889             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9890                 return false;
9891             }
9892             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9893                 return false;
9894             }
9895             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9896                 return false;
9897             }
9898             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
9899                 return false;
9900             }
9901             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9902                 return false;
9903             }
9904             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9905                 return false;
9906             }
9907             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9908                 return false;
9909             }
9910             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9911                 return false;
9912             }
9913             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9914                 return false;
9915             }
9916             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9917                 return false;
9918             }
9919             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9920                 return false;
9921             }
9922             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9923                 return false;
9924             }
9925             p7 = null;
9926             final Phylogeny species8 = factory
9927                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9928                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9929                              new NHXParser() )[ 0 ];
9930             final Phylogeny gene8 = factory
9931                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9932                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9933                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9934                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9935                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9936                              new NHXParser() )[ 0 ];
9937             species8.setRooted( true );
9938             gene8.setRooted( true );
9939             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
9940             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9941                 return false;
9942             }
9943             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9944                 return false;
9945             }
9946             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9947                 return false;
9948             }
9949             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9950                 return false;
9951             }
9952             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9953                 return false;
9954             }
9955             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9956                 return false;
9957             }
9958             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9959                 return false;
9960             }
9961             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9962                 return false;
9963             }
9964             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9965                 return false;
9966             }
9967             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9968                 return false;
9969             }
9970             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9971                 return false;
9972             }
9973             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9974                 return false;
9975             }
9976             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9977                 return false;
9978             }
9979             p8 = null;
9980         }
9981         catch ( final Exception e ) {
9982             e.printStackTrace( System.out );
9983             return false;
9984         }
9985         return true;
9986     }
9987
9988     private static boolean testSequenceIdParsing() {
9989         try {
9990             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
9991             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
9992                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
9993                 if ( id != null ) {
9994                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9995                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
9996                 }
9997                 return false;
9998             }
9999             //
10000             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10001             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10002                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10003                 if ( id != null ) {
10004                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10005                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10006                 }
10007                 return false;
10008             }
10009             //
10010             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10011             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10012                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10013                 if ( id != null ) {
10014                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10015                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10016                 }
10017                 return false;
10018             }
10019             //
10020             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10021             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10022                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10023                 if ( id != null ) {
10024                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10025                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10026                 }
10027                 return false;
10028             }
10029             //
10030             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10031             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10032                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10033                 if ( id != null ) {
10034                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10035                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10036                 }
10037                 return false;
10038             }
10039             //
10040             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10041             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10042                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10043                 if ( id != null ) {
10044                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10045                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10046                 }
10047                 return false;
10048             }
10049             //
10050             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10051             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10052                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10053                 if ( id != null ) {
10054                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10055                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10056                 }
10057                 return false;
10058             }
10059             //
10060             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10061             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10062                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10063                 if ( id != null ) {
10064                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10065                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10066                 }
10067                 return false;
10068             }
10069             //
10070             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10071             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10072                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10073                 if ( id != null ) {
10074                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10075                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10076                 }
10077                 return false;
10078             }
10079             //
10080             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10081             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10082                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10083                 if ( id != null ) {
10084                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10085                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10086                 }
10087                 return false;
10088             }
10089             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10090             if ( id != null ) {
10091                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10092                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10093                 return false;
10094             }
10095         }
10096         catch ( final Exception e ) {
10097             e.printStackTrace( System.out );
10098             return false;
10099         }
10100         return true;
10101     }
10102
10103     private static boolean testSequenceWriter() {
10104         try {
10105             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10106             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10107                 return false;
10108             }
10109             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10110                 return false;
10111             }
10112             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10113                 return false;
10114             }
10115             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10116                 return false;
10117             }
10118             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10119                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10120                 return false;
10121             }
10122             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10123                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10124                 return false;
10125             }
10126         }
10127         catch ( final Exception e ) {
10128             e.printStackTrace();
10129             return false;
10130         }
10131         return true;
10132     }
10133
10134     private static boolean testSpecies() {
10135         try {
10136             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10137             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10138             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10139             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10140             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10141                 return false;
10142             }
10143             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10144                 return false;
10145             }
10146             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10147                 return false;
10148             }
10149             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10150                 return false;
10151             }
10152             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10153                 return false;
10154             }
10155             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10156                 return false;
10157             }
10158             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10159                 return false;
10160             }
10161             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10162                 return false;
10163             }
10164             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10165                 return false;
10166             }
10167             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10168                 return false;
10169             }
10170             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10171                 return false;
10172             }
10173             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10174                 return false;
10175             }
10176             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10177                 return false;
10178             }
10179             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10180                 return false;
10181             }
10182             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10183             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10184                 return false;
10185             }
10186             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10187                 return false;
10188             }
10189         }
10190         catch ( final Exception e ) {
10191             e.printStackTrace( System.out );
10192             return false;
10193         }
10194         return true;
10195     }
10196
10197     private static boolean testSplit() {
10198         try {
10199             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10200             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10201             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
10202             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10203             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10204             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10205             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10206             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10207             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10208             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10209             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10210             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10211             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10212             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
10213             // System.out.println( s0.toString() );
10214             //
10215             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10217             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10218             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10219                 return false;
10220             }
10221             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10225             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10229             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10230                 return false;
10231             }
10232             //
10233             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10234             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10237             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10238                 return false;
10239             }
10240             //
10241             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10242             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10245             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10246             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10247                 return false;
10248             }
10249             //
10250             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10252             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10253             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10254             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10255             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10256                 return false;
10257             }
10258             //
10259             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10260             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10261             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10262             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10263             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10264                 return false;
10265             }
10266             //
10267             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10268             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10269             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10270             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10271                 return false;
10272             }
10273             //
10274             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10276             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10277             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10278             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10279             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10280             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10281                 return false;
10282             }
10283             //
10284             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10285             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10286             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10287             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10288             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10289                 return false;
10290             }
10291             //
10292             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10293             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10294             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10295             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10296             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10297             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10298                 return false;
10299             }
10300             //
10301             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10302             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10303             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10304             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10305                 return false;
10306             }
10307             //
10308             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10309             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10310             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10312             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10313             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10314                 return false;
10315             }
10316             //
10317             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10320             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10321             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10322             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10323             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10324                 return false;
10325             }
10326             //
10327             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10328             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10329             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10330             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10331             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10332                 return false;
10333             }
10334             //
10335             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10336             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10337             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10338             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10339                 return false;
10340             }
10341             //
10342             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10343             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10344             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10345             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10346                 return false;
10347             }
10348             //
10349             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10352             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10353                 return false;
10354             }
10355             //
10356             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10357             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10359             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10360                 return false;
10361             }
10362             //
10363             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10365             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10366             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10367                 return false;
10368             }
10369             //
10370             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10373             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10374                 return false;
10375             }
10376             //
10377             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10378             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10380             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10381             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10382                 return false;
10383             }
10384             //
10385             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10386             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10387             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10388             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10389             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10390                 return false;
10391             }
10392             //
10393             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10394             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10395             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10396             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10397             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10398                 return false;
10399             }
10400             //
10401             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10402             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10403             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10404             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10405             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10406             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10407                 return false;
10408             }
10409             /////////
10410             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10411             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10412             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10413             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10414             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10415             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10416             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10417             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10418             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10419             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10420             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10421             //                return false;
10422             //            }
10423             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10424             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10425             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10426             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10427             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10428             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10429             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10430             //                return false;
10431             //            }
10432             //            //
10433             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10434             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10435             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10436             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10437             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10438             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10439             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10440             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10441             //                return false;
10442             //            }
10443             //            //
10444             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10445             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10446             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10447             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10448             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10449             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10450             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10451             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10452             //                return false;
10453             //            }
10454             //            //
10455             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10456             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10457             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10458             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10459             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10460             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10461             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10462             //                return false;
10463             //            }
10464             //            //
10465             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10466             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10467             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10468             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10469             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10470             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10471             //                return false;
10472             //            }
10473             //
10474             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10475             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10476             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10477             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10478             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10479             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10480                 return false;
10481             }
10482             //
10483             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10484             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10485             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10486             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10487             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10488             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10489                 return false;
10490             }
10491             ///////////////////////////
10492             //
10493             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10495             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10498             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10499                 return false;
10500             }
10501             //
10502             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10503             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10504             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10505             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10506             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10507             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10508                 return false;
10509             }
10510             //
10511             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10514             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10515             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10516             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10517                 return false;
10518             }
10519             //
10520             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10524             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10525             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10526                 return false;
10527             }
10528             //
10529             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10533             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10534             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10535                 return false;
10536             }
10537             //
10538             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10540             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10541             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10542             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10543                 return false;
10544             }
10545             //
10546             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10550             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10551             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10552             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10553                 return false;
10554             }
10555             //
10556             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10558             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10559             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10560             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10561             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10562             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10563                 return false;
10564             }
10565             //
10566             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10568             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10569             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10570             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10571             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10572             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10573                 return false;
10574             }
10575             //
10576             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10578             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10580             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10583             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10584                 return false;
10585             }
10586         }
10587         catch ( final Exception e ) {
10588             e.printStackTrace();
10589             return false;
10590         }
10591         return true;
10592     }
10593
10594     private static boolean testSplitStrict() {
10595         try {
10596             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10597             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10598             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10599             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10600             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10601             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10602             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10603             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10604             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10605             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10606             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
10607             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10608             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10609             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10610             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10611                 return false;
10612             }
10613             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10615             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10616             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10617             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10618             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10619             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10620             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10621             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10622                 return false;
10623             }
10624             //
10625             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10626             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10627             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10628             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10629             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10630                 return false;
10631             }
10632             //
10633             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10636             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10637             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10638             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10639                 return false;
10640             }
10641             //
10642             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10645             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10646             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10647             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10648                 return false;
10649             }
10650             //
10651             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10655             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10656                 return false;
10657             }
10658             //
10659             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10662             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10663                 return false;
10664             }
10665             //
10666             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10672             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10673                 return false;
10674             }
10675             //
10676             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10680             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10681                 return false;
10682             }
10683             //
10684             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10685             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10689             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10690                 return false;
10691             }
10692             //
10693             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10696             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10697                 return false;
10698             }
10699             //
10700             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10702             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10705             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10706                 return false;
10707             }
10708             //
10709             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10714             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10715             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10716                 return false;
10717             }
10718             //
10719             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10723             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10724                 return false;
10725             }
10726             //
10727             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10728             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10730             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10731                 return false;
10732             }
10733             //
10734             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10735             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10736             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10737             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10738                 return false;
10739             }
10740             //
10741             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10742             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10743             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10744             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10745                 return false;
10746             }
10747             //
10748             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10751             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10752                 return false;
10753             }
10754             //
10755             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10758             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10759                 return false;
10760             }
10761             //
10762             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10765             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10766                 return false;
10767             }
10768             //
10769             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10770             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10771             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10773             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10774                 return false;
10775             }
10776             //
10777             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10781             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10782                 return false;
10783             }
10784             //
10785             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10786             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10788             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10789             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10790                 return false;
10791             }
10792             //
10793             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10797             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10798             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10799                 return false;
10800             }
10801         }
10802         catch ( final Exception e ) {
10803             e.printStackTrace();
10804             return false;
10805         }
10806         return true;
10807     }
10808
10809     private static boolean testSubtreeDeletion() {
10810         try {
10811             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10812             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10813             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
10814             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10815                 return false;
10816             }
10817             t1.toNewHampshireX();
10818             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
10819             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
10820                 return false;
10821             }
10822             t1.toNewHampshireX();
10823             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
10824             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10825                 return false;
10826             }
10827             t1.toNewHampshireX();
10828             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
10829             t1.toNewHampshireX();
10830             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10831                 return false;
10832             }
10833             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
10834             t1.toNewHampshireX();
10835             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
10836                 return false;
10837             }
10838             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
10839             t1.toNewHampshireX();
10840             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10841                 return false;
10842             }
10843             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
10844             t1.toNewHampshireX();
10845             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10846                 return false;
10847             }
10848             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
10849             t1.toNewHampshireX();
10850             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10851                 return false;
10852             }
10853             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
10854             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
10855                 return false;
10856             }
10857             if ( !t1.isEmpty() ) {
10858                 return false;
10859             }
10860             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10861             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
10862             t2.toNewHampshireX();
10863             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10864                 return false;
10865             }
10866             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
10867             t2.toNewHampshireX();
10868             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10869                 return false;
10870             }
10871             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
10872             t2.toNewHampshireX();
10873             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10874                 return false;
10875             }
10876         }
10877         catch ( final Exception e ) {
10878             e.printStackTrace( System.out );
10879             return false;
10880         }
10881         return true;
10882     }
10883
10884     private static boolean testSupportCount() {
10885         try {
10886             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10887             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
10888             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
10889                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
10890                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10891                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10892                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
10893                                                               new NHXParser() );
10894             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
10895             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
10896             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10897                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
10898                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
10899                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10900                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10901                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10902                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
10903                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10904                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
10905                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
10906                                                               new NHXParser() );
10907             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
10908             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
10909             while ( it.hasNext() ) {
10910                 final PhylogenyNode n = it.next();
10911                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
10912                     return false;
10913                 }
10914             }
10915             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
10916             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
10917                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
10918             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
10919             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
10920             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
10921                 return false;
10922             }
10923             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
10924                 return false;
10925             }
10926             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
10927                 return false;
10928             }
10929             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
10930                 return false;
10931             }
10932             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
10933                 return false;
10934             }
10935             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
10936                 return false;
10937             }
10938             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
10939                 return false;
10940             }
10941             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
10942                 return false;
10943             }
10944             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
10945                 return false;
10946             }
10947             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
10948                 return false;
10949             }
10950             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10951             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
10952                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
10953             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
10954             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
10955             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
10956                 return false;
10957             }
10958             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
10959                 return false;
10960             }
10961             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
10962                 return false;
10963             }
10964             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
10965                 return false;
10966             }
10967             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
10968                 return false;
10969             }
10970             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
10971                 return false;
10972             }
10973             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
10974                 return false;
10975             }
10976             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
10977                 return false;
10978             }
10979             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
10980                 return false;
10981             }
10982             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
10983                 return false;
10984             }
10985             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10986             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10987             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
10988             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
10989                 return false;
10990             }
10991             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10992             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10993             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
10994             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
10995                 return false;
10996             }
10997             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10998             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
10999             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
11000             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11001                 return false;
11002             }
11003             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11004             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11005             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11006             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11007                 return false;
11008             }
11009         }
11010         catch ( final Exception e ) {
11011             e.printStackTrace( System.out );
11012             return false;
11013         }
11014         return true;
11015     }
11016
11017     private static boolean testSupportTransfer() {
11018         try {
11019             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11020             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11021                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11022             final Phylogeny p2 = factory
11023                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11024             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11025                 return false;
11026             }
11027             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11028                 return false;
11029             }
11030             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11031             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11032             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11033                 return false;
11034             }
11035             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11036                 return false;
11037             }
11038             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11039                 return false;
11040             }
11041             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11042                 return false;
11043             }
11044             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11045                 return false;
11046             }
11047             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11048                 return false;
11049             }
11050             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11051                 return false;
11052             }
11053             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11054                 return false;
11055             }
11056         }
11057         catch ( final Exception e ) {
11058             e.printStackTrace( System.out );
11059             return false;
11060         }
11061         return true;
11062     }
11063
11064     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11065         try {
11066             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11067                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11068             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11069                 return false;
11070             }
11071             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11072                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11073             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11074                 System.out.println( n1.toString() );
11075                 return false;
11076             }
11077             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11078                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11079             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11080                 return false;
11081             }
11082             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11083                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11084             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11085                 System.out.println( n3.toString() );
11086                 return false;
11087             }
11088             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11089                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11090             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11091                 System.out.println( n4.toString() );
11092                 return false;
11093             }
11094             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11095                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11096             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11097                 System.out.println( n5.toString() );
11098                 return false;
11099             }
11100             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11101                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11102             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11103                 System.out.println( n6.toString() );
11104                 return false;
11105             }
11106             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11107                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11108             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11109                 System.out.println( n7.toString() );
11110                 return false;
11111             }
11112             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11113                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11114             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11115                 System.out.println( n8.toString() );
11116                 return false;
11117             }
11118             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11119                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11120             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11121                 System.out.println( n9.toString() );
11122                 return false;
11123             }
11124             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11125                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11126             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11127                 System.out.println( n10x.toString() );
11128                 return false;
11129             }
11130             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11131                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11132             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11133                 System.out.println( n10xx.toString() );
11134                 return false;
11135             }
11136             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11137                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11138             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11139                 System.out.println( n10.toString() );
11140                 return false;
11141             }
11142             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11143                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11144             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11145                 System.out.println( n11.toString() );
11146                 return false;
11147             }
11148             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11149                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11150                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11151             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11152                 System.out.println( n12.toString() );
11153                 return false;
11154             }
11155             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11156                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11157             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11158                 System.out.println( n13.toString() );
11159                 return false;
11160             }
11161         }
11162         catch ( final Exception e ) {
11163             e.printStackTrace( System.out );
11164             return false;
11165         }
11166         return true;
11167     }
11168
11169     private static boolean testTreeMethods() {
11170         try {
11171             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11172             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11173             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
11174             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
11175                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
11176                 return false;
11177             }
11178             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11179             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
11180             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
11181                 return false;
11182             }
11183             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
11184                 return false;
11185             }
11186             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
11187                 return false;
11188             }
11189         }
11190         catch ( final Exception e ) {
11191             e.printStackTrace( System.out );
11192             return false;
11193         }
11194         return true;
11195     }
11196
11197     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
11198         try {
11199             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
11200             n.setName( "NP_001025424" );
11201             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11202             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11203                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11204                 return false;
11205             }
11206             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
11207             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11208             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11209                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11210                 return false;
11211             }
11212             n.setName( "NP_001025424.1" );
11213             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11214             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11215                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11216                 return false;
11217             }
11218             n.setName( "NM_001030253" );
11219             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11220             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11221                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11222                 return false;
11223             }
11224             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
11225             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11226             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11227                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
11228                 System.out.println( acc.toString() );
11229                 return false;
11230             }
11231             n.setName( "P10415" );
11232             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11233             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11234                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11235                 System.out.println( acc.toString() );
11236                 return false;
11237             }
11238             n.setName( " P10415 " );
11239             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11240             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11241                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11242                 System.out.println( acc.toString() );
11243                 return false;
11244             }
11245             n.setName( "_P10415|" );
11246             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11247             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11248                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11249                 System.out.println( acc.toString() );
11250                 return false;
11251             }
11252             n.setName( "AY695820" );
11253             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11254             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11255                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11256                 System.out.println( acc.toString() );
11257                 return false;
11258             }
11259             n.setName( "_AY695820_" );
11260             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11261             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11262                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11263                 System.out.println( acc.toString() );
11264                 return false;
11265             }
11266             n.setName( "AAA59452" );
11267             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11268             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11269                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11270                 System.out.println( acc.toString() );
11271                 return false;
11272             }
11273             n.setName( "_AAA59452_" );
11274             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11275             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11276                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11277                 System.out.println( acc.toString() );
11278                 return false;
11279             }
11280             n.setName( "AAA59452.1" );
11281             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11282             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11283                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11284                 System.out.println( acc.toString() );
11285                 return false;
11286             }
11287             n.setName( "_AAA59452.1_" );
11288             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11289             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11290                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11291                 System.out.println( acc.toString() );
11292                 return false;
11293             }
11294             n.setName( "GI:94894583" );
11295             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11296             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11297                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
11298                 System.out.println( acc.toString() );
11299                 return false;
11300             }
11301             n.setName( "gi|71845847|1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
11302             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11303             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11304                     || !acc.getValue().equals( "71845847" ) ) {
11305                 System.out.println( acc.toString() );
11306                 return false;
11307             }
11308             n.setName( "gi|71845847|gb|AAZ45343.1| 1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
11309             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11310             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11311                     || !acc.getValue().equals( "AAZ45343.1" ) ) {
11312                 System.out.println( acc.toString() );
11313                 return false;
11314             }
11315         }
11316         catch ( final Exception e ) {
11317             return false;
11318         }
11319         return true;
11320     }
11321
11322     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
11323         try {
11324             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
11325             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
11326             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
11327                 return false;
11328             }
11329             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11330                 return false;
11331             }
11332             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11333                 return false;
11334             }
11335             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11336                 return false;
11337             }
11338             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
11339             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
11340             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
11341                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
11342                 return false;
11343             }
11344             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11345                 return false;
11346             }
11347             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11348                 return false;
11349             }
11350             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11351                 return false;
11352             }
11353             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
11354             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
11355             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
11356                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11357                 return false;
11358             }
11359             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11360                 return false;
11361             }
11362             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11363                 return false;
11364             }
11365             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
11366                 return false;
11367             }
11368         }
11369         catch ( final IOException e ) {
11370             System.out.println();
11371             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11372             e.printStackTrace( System.out );
11373             return true;
11374         }
11375         catch ( final Exception e ) {
11376             e.printStackTrace();
11377             return false;
11378         }
11379         return true;
11380     }
11381
11382     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
11383         try {
11384             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
11385             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
11386                 System.out.println( entry.getAccession() );
11387                 return false;
11388             }
11389             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
11390                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
11391                 return false;
11392             }
11393             if ( !entry.getSequenceName()
11394                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
11395                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
11396                 return false;
11397             }
11398             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
11399             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
11400             //     return false;
11401             // }
11402             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
11403                 System.out.println( entry.getGeneName() );
11404                 return false;
11405             }
11406             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
11407                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
11408                 return false;
11409             }
11410             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
11411                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
11412                 return false;
11413             }
11414             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
11415                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
11416                 return false;
11417             }
11418             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
11419                 return false;
11420             }
11421             //
11422             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
11423             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
11424                 return false;
11425             }
11426             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
11427                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
11428                 return false;
11429             }
11430             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
11431                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
11432                 return false;
11433             }
11434             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
11435                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
11436                 return false;
11437             }
11438             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
11439                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
11440                 return false;
11441             }
11442             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
11443                 return false;
11444             }
11445             //
11446             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
11447             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
11448                 return false;
11449             }
11450             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11451                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
11452                 return false;
11453             }
11454             if ( !entry2.getSequenceName()
11455                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11456                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
11457                 return false;
11458             }
11459             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11460                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
11461                 return false;
11462             }
11463             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
11464                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
11465                 return false;
11466             }
11467             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
11468                 return false;
11469             }
11470             //
11471             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
11472             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11473                 return false;
11474             }
11475             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
11476                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
11477                 return false;
11478             }
11479             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
11480                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
11481                 return false;
11482             }
11483             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
11484                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
11485                 return false;
11486             }
11487             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
11488                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
11489                 return false;
11490             }
11491             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
11492                 return false;
11493             }
11494             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
11495                 return false;
11496             }
11497             //
11498             //
11499             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
11500             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
11501                 return false;
11502             }
11503             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11504                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
11505                 return false;
11506             }
11507             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
11508                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
11509                 return false;
11510             }
11511             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11512                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
11513                 return false;
11514             }
11515             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
11516                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
11517                 return false;
11518             }
11519             //   if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
11520             //     System.out.println( entry4.getChromosome() );
11521             //     return false;
11522             // }
11523             // if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
11524             //     System.out.println( entry4.getMap() );
11525             //     return false;
11526             // }
11527             //TODO FIXME gi...
11528             //
11529             //TODO fails:
11530             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
11531             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11532             //                return false;
11533             //            }
11534             final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAZ45343.1" );
11535             if ( !entry5.getAccession().equals( "AAZ45343" ) ) {
11536                 return false;
11537             }
11538             if ( !entry5.getTaxonomyScientificName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB" ) ) {
11539                 System.out.println( entry5.getTaxonomyScientificName() );
11540                 return false;
11541             }
11542             if ( !entry5.getSequenceName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB 1,4-alpha-glucan branching enzyme" ) ) {
11543                 System.out.println( entry5.getSequenceName() );
11544                 return false;
11545             }
11546             if ( !entry5.getTaxonomyIdentifier().equals( "159087" ) ) {
11547                 System.out.println( entry5.getTaxonomyIdentifier() );
11548                 return false;
11549             }
11550         }
11551         catch ( final IOException e ) {
11552             System.out.println();
11553             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11554             e.printStackTrace( System.out );
11555             return true;
11556         }
11557         catch ( final Exception e ) {
11558             e.printStackTrace();
11559             return false;
11560         }
11561         return true;
11562     }
11563
11564     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
11565         try {
11566             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
11567             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
11568                 return false;
11569             }
11570             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
11571                 return false;
11572             }
11573             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
11574                 return false;
11575             }
11576             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
11577                 return false;
11578             }
11579             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
11580                 return false;
11581             }
11582             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
11583                 return false;
11584             }
11585         }
11586         catch ( final IOException e ) {
11587             System.out.println();
11588             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11589             e.printStackTrace( System.out );
11590             return true;
11591         }
11592         catch ( final Exception e ) {
11593             return false;
11594         }
11595         return true;
11596     }
11597
11598     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
11599         try {
11600             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
11601                                                                                                  10 );
11602             if ( results.size() != 1 ) {
11603                 return false;
11604             }
11605             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11606                 return false;
11607             }
11608             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11609                 return false;
11610             }
11611             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11612                 return false;
11613             }
11614             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11615                 return false;
11616             }
11617             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11618                 return false;
11619             }
11620             results = null;
11621             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
11622             if ( results.size() != 1 ) {
11623                 return false;
11624             }
11625             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11626                 return false;
11627             }
11628             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11629                 return false;
11630             }
11631             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11632                 return false;
11633             }
11634             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11635                 return false;
11636             }
11637             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11638                 return false;
11639             }
11640             results = null;
11641             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
11642             if ( results.size() != 1 ) {
11643                 return false;
11644             }
11645             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11646                 return false;
11647             }
11648             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11649                 return false;
11650             }
11651             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11652                 return false;
11653             }
11654             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11655                 return false;
11656             }
11657             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11658                 return false;
11659             }
11660             results = null;
11661             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
11662             if ( results.size() != 1 ) {
11663                 return false;
11664             }
11665             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11666                 return false;
11667             }
11668             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11669                 return false;
11670             }
11671             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11672                 return false;
11673             }
11674             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11675                 return false;
11676             }
11677             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11678                 return false;
11679             }
11680             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
11681                 return false;
11682             }
11683             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
11684                 return false;
11685             }
11686             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11687                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11688                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11689                 return false;
11690             }
11691             //
11692             results = null;
11693             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
11694             if ( results.size() != 1 ) {
11695                 return false;
11696             }
11697             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11698                 return false;
11699             }
11700             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11701                 return false;
11702             }
11703             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11704                 return false;
11705             }
11706             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11707                 return false;
11708             }
11709             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11710                 return false;
11711             }
11712             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11713                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11714                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11715                 return false;
11716             }
11717             //
11718             results = null;
11719             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
11720             if ( results.size() != 1 ) {
11721                 return false;
11722             }
11723             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11724                 return false;
11725             }
11726             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11727                 return false;
11728             }
11729             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11730                 return false;
11731             }
11732             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11733                 return false;
11734             }
11735             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11736                 return false;
11737             }
11738             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11739                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11740                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11741                 return false;
11742             }
11743             //
11744             results = null;
11745             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
11746             if ( results.size() != 1 ) {
11747                 return false;
11748             }
11749             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11750                 return false;
11751             }
11752             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11753                 return false;
11754             }
11755             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11756                 return false;
11757             }
11758             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11759                 return false;
11760             }
11761             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11762                 return false;
11763             }
11764             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11765                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11766                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11767                 return false;
11768             }
11769         }
11770         catch ( final IOException e ) {
11771             System.out.println();
11772             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11773             e.printStackTrace( System.out );
11774             return true;
11775         }
11776         catch ( final Exception e ) {
11777             return false;
11778         }
11779         return true;
11780     }
11781
11782     private static boolean testWabiTxSearch() {
11783         try {
11784             String result = "";
11785             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
11786             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
11787             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
11788                 return false;
11789             }
11790             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
11791             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
11792                 return false;
11793             }
11794             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
11795             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
11796                 return false;
11797             }
11798             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
11799             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11800                 return false;
11801             }
11802             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11803             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
11804                 return false;
11805             }
11806             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
11807             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
11808                 return false;
11809             }
11810             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
11811             queries.add( "Campylobacter coli" );
11812             queries.add( "Escherichia coli" );
11813             queries.add( "Arabidopsis" );
11814             queries.add( "Trichoplax" );
11815             queries.add( "Samanea saman" );
11816             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
11817             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11818             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
11819             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
11820             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
11821             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
11822             ranks.add( RANKS.FAMILY );
11823             ranks.add( RANKS.GENUS );
11824             ranks.add( RANKS.TRIBE );
11825             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
11826             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
11827             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
11828         }
11829         catch ( final Exception e ) {
11830             System.out.println();
11831             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11832             e.printStackTrace( System.out );
11833             return false;
11834         }
11835         return true;
11836     }
11837 }