forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Date;
  35 import java.util.HashSet;
  36 import java.util.Iterator;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Locale;
  39 import java.util.Set;
  40 import java.util.SortedSet;
  41
  42 import org.forester.application.support_transfer;
  43 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  44 import org.forester.archaeopteryx.webservices.WebserviceUtil;
  45 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  46 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  47 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  48 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  49 import org.forester.go.TestGo;
  50 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  51 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  52 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  53 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  57 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  58 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  59 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  60 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  61 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  62 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  63 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  64 import org.forester.msa.BasicMsa;
  65 import org.forester.msa.Mafft;
  66 import org.forester.msa.Msa;
  67 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  68 import org.forester.msa.MsaMethods;
  69 import org.forester.pccx.TestPccx;
  70 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  74 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  77 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  78 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  81 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  83 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  84 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  85 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  86 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  87 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  88 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  89 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  90 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  91 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  92 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  93 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  94 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  95 import org.forester.protein.BasicDomain;
  96 import org.forester.protein.BasicProtein;
  97 import org.forester.protein.Domain;
  98 import org.forester.protein.Protein;
  99 import org.forester.protein.ProteinId;
 100 import org.forester.rio.TestRIO;
 101 import org.forester.sdi.SDI;
 102 import org.forester.sdi.SDIR;
 103 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 104 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 105 import org.forester.sequence.Sequence;
 106 import org.forester.species.BasicSpecies;
 107 import org.forester.species.Species;
 108 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 109 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 110 import org.forester.tools.SupportCount;
 111 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 112 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 113 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 114 import org.forester.util.BasicTable;
 115 import org.forester.util.BasicTableParser;
 116 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 117 import org.forester.util.ForesterConstants;
 118 import org.forester.util.ForesterUtil;
 119 import org.forester.util.GeneralTable;
 120 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 121 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 122 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 123 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 126 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 127 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 128
 129 @SuppressWarnings( "unused")
 130 public final class Test {
 131
 132     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 133                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 134                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 135     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 137                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 138     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 139     private static final boolean PERFORM_WEB_TREE_ACCESS   = true;
 140     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 141                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 142                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 143     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 144                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 145                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 146     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 147     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 148
 149     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 150         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 151     }
 152
 153     public static void main( final String[] args ) {
 154         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 155         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 156                 + "]" );
 157         Locale.setDefault( Locale.US );
 158         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 159         int failed = 0;
 160         int succeeded = 0;
 161         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 162         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 163             System.out.println( "OK.]" );
 164         }
 165         else {
 166             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 167             System.out.println( "Testing aborted." );
 168             System.exit( -1 );
 169         }
 170         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 171         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 172             System.out.println( "OK.]" );
 173         }
 174         else {
 175             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 176             System.out.println( "Testing aborted." );
 177             System.exit( -1 );
 178         }
 179         final long start_time = new Date().getTime();
 180         System.out.print( "Basic node methods: " );
 181         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 182             System.out.println( "OK." );
 183             succeeded++;
 184         }
 185         else {
 186             System.out.println( "failed." );
 187             failed++;
 188         }
 189         System.out.print( "Protein id: " );
 190         if ( !testProteinId() ) {
 191             System.out.println( "failed." );
 192             failed++;
 193         }
 194         else {
 195             succeeded++;
 196         }
 197         System.out.println( "OK." );
 198         System.out.print( "Species: " );
 199         if ( !testSpecies() ) {
 200             System.out.println( "failed." );
 201             failed++;
 202         }
 203         else {
 204             succeeded++;
 205         }
 206         System.out.println( "OK." );
 207         System.out.print( "Basic domain: " );
 208         if ( !testBasicDomain() ) {
 209             System.out.println( "failed." );
 210             failed++;
 211         }
 212         else {
 213             succeeded++;
 214         }
 215         System.out.println( "OK." );
 216         System.out.print( "Basic protein: " );
 217         if ( !testBasicProtein() ) {
 218             System.out.println( "failed." );
 219             failed++;
 220         }
 221         else {
 222             succeeded++;
 223         }
 224         System.out.println( "OK." );
 225         System.out.print( "Sequence writer: " );
 226         if ( testSequenceWriter() ) {
 227             System.out.println( "OK." );
 228             succeeded++;
 229         }
 230         else {
 231             System.out.println( "failed." );
 232             failed++;
 233         }
 234         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 235         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 236             System.out.println( "OK." );
 237             succeeded++;
 238         }
 239         else {
 240             System.out.println( "failed." );
 241             failed++;
 242         }
 243         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 244         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 245             System.out.println( "OK." );
 246             succeeded++;
 247         }
 248         else {
 249             System.out.println( "failed." );
 250             failed++;
 251         }
 252         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 253         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 254             System.out.println( "OK." );
 255             succeeded++;
 256         }
 257         else {
 258             System.out.println( "failed." );
 259             failed++;
 260         }
 261         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 262         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 263             System.out.println( "OK." );
 264             succeeded++;
 265         }
 266         else {
 267             System.out.println( "failed." );
 268             failed++;
 269         }
 270         System.out.print( "Overlap removal: " );
 271         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 272             System.out.println( "failed." );
 273             failed++;
 274         }
 275         else {
 276             succeeded++;
 277         }
 278         System.out.println( "OK." );
 279         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 280         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 281             System.out.println( "failed." );
 282             failed++;
 283         }
 284         else {
 285             succeeded++;
 286         }
 287         System.out.println( "OK." );
 288         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 289         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 290             System.out.println( "OK." );
 291             succeeded++;
 292         }
 293         else {
 294             System.out.println( "failed." );
 295             failed++;
 296         }
 297         System.out.print( "SN extraction: " );
 298         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 299             System.out.println( "OK." );
 300             succeeded++;
 301         }
 302         else {
 303             System.out.println( "failed." );
 304             failed++;
 305         }
 306         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 307         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 308             System.out.println( "OK." );
 309             succeeded++;
 310         }
 311         else {
 312             System.out.println( "failed." );
 313             failed++;
 314         }
 315         System.exit( -1 );
 316         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 317         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 318             System.out.println( "OK." );
 319             succeeded++;
 320         }
 321         else {
 322             System.out.println( "failed." );
 323             failed++;
 324         }
 325         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 326         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 327             System.out.println( "OK." );
 328             succeeded++;
 329         }
 330         else {
 331             System.out.println( "failed." );
 332             failed++;
 333         }
 334         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 335         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 336             System.out.println( "OK." );
 337             succeeded++;
 338         }
 339         else {
 340             System.out.println( "failed." );
 341             failed++;
 342         }
 343         System.out.print( "NH parsing: " );
 344         if ( Test.testNHParsing() ) {
 345             System.out.println( "OK." );
 346             succeeded++;
 347         }
 348         else {
 349             System.out.println( "failed." );
 350             failed++;
 351         }
 352         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 353         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 354             System.out.println( "OK." );
 355             succeeded++;
 356         }
 357         else {
 358             System.out.println( "failed." );
 359             failed++;
 360         }
 361         System.out.print( "NHX parsing: " );
 362         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 363             System.out.println( "OK." );
 364             succeeded++;
 365         }
 366         else {
 367             System.out.println( "failed." );
 368             failed++;
 369         }
 370         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 371         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 372             System.out.println( "OK." );
 373             succeeded++;
 374         }
 375         else {
 376             System.out.println( "failed." );
 377             failed++;
 378         }
 379         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 380         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 381             System.out.println( "OK." );
 382             succeeded++;
 383         }
 384         else {
 385             System.out.println( "failed." );
 386             failed++;
 387         }
 388         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 389         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 390             System.out.println( "OK." );
 391             succeeded++;
 392         }
 393         else {
 394             System.out.println( "failed." );
 395             failed++;
 396         }
 397         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 398         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 399             System.out.println( "OK." );
 400             succeeded++;
 401         }
 402         else {
 403             System.out.println( "failed." );
 404             failed++;
 405         }
 406         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 407         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 408             System.out.println( "OK." );
 409             succeeded++;
 410         }
 411         else {
 412             System.out.println( "failed." );
 413             failed++;
 414         }
 415         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 416         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 417             System.out.println( "OK." );
 418             succeeded++;
 419         }
 420         else {
 421             System.out.println( "failed." );
 422             failed++;
 423         }
 424         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 425         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 426             System.out.println( "OK." );
 427             succeeded++;
 428         }
 429         else {
 430             System.out.println( "failed." );
 431             failed++;
 432         }
 433         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 434         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 435             System.out.println( "OK." );
 436             succeeded++;
 437         }
 438         else {
 439             System.out.println( "failed." );
 440             failed++;
 441         }
 442         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 443         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 444             System.out.println( "OK." );
 445             succeeded++;
 446         }
 447         else {
 448             System.out.println( "failed." );
 449             failed++;
 450         }
 451         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 452         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 453             System.out.println( "OK." );
 454             succeeded++;
 455         }
 456         else {
 457             System.out.println( "failed." );
 458             failed++;
 459         }
 460         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 461         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 462             System.out.println( "OK." );
 463             succeeded++;
 464         }
 465         else {
 466             System.out.println( "failed." );
 467             failed++;
 468         }
 469         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 470         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 471             System.out.println( "OK." );
 472             succeeded++;
 473         }
 474         else {
 475             System.out.println( "failed." );
 476             failed++;
 477         }
 478         System.out.print( "Copying of node data: " );
 479         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 480             System.out.println( "OK." );
 481             succeeded++;
 482         }
 483         else {
 484             System.out.println( "failed." );
 485             failed++;
 486         }
 487         System.out.print( "Tree copy: " );
 488         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 489             System.out.println( "OK." );
 490             succeeded++;
 491         }
 492         else {
 493             System.out.println( "failed." );
 494             failed++;
 495         }
 496         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 497         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 498             System.out.println( "OK." );
 499             succeeded++;
 500         }
 501         else {
 502             System.out.println( "failed." );
 503             failed++;
 504         }
 505         System.out.print( "Tree methods: " );
 506         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 507             System.out.println( "OK." );
 508             succeeded++;
 509         }
 510         else {
 511             System.out.println( "failed." );
 512             failed++;
 513         }
 514         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 515         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 516             System.out.println( "OK." );
 517             succeeded++;
 518         }
 519         else {
 520             System.out.println( "failed." );
 521             failed++;
 522         }
 523         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 524         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 525             System.out.println( "OK." );
 526             succeeded++;
 527         }
 528         else {
 529             System.out.println( "failed." );
 530             failed++;
 531         }
 532         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 533         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 534             System.out.println( "OK." );
 535             succeeded++;
 536         }
 537         else {
 538             System.out.println( "failed." );
 539             failed++;
 540         }
 541         System.out.print( "Re-id methods: " );
 542         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 543             System.out.println( "OK." );
 544             succeeded++;
 545         }
 546         else {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 551         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 552             System.out.println( "OK." );
 553             succeeded++;
 554         }
 555         else {
 556             System.out.println( "failed." );
 557             failed++;
 558         }
 559         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 560         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 561             System.out.println( "OK." );
 562             succeeded++;
 563         }
 564         else {
 565             System.out.println( "failed." );
 566             failed++;
 567         }
 568         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 569         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 570             System.out.println( "OK." );
 571             succeeded++;
 572         }
 573         else {
 574             System.out.println( "failed." );
 575             failed++;
 576         }
 577         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 578         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 579             System.out.println( "OK." );
 580             succeeded++;
 581         }
 582         else {
 583             System.out.println( "failed." );
 584             failed++;
 585         }
 586         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 587         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 588             System.out.println( "OK." );
 589             succeeded++;
 590         }
 591         else {
 592             System.out.println( "failed." );
 593             failed++;
 594         }
 595         System.out.print( "Rerooting: " );
 596         if ( Test.testRerooting() ) {
 597             System.out.println( "OK." );
 598             succeeded++;
 599         }
 600         else {
 601             System.out.println( "failed." );
 602             failed++;
 603         }
 604         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 605         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 606             System.out.println( "OK." );
 607             succeeded++;
 608         }
 609         else {
 610             System.out.println( "failed." );
 611             failed++;
 612         }
 613         System.out.print( "Node removal: " );
 614         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 615             System.out.println( "OK." );
 616             succeeded++;
 617         }
 618         else {
 619             System.out.println( "failed." );
 620             failed++;
 621         }
 622         System.out.print( "Support count: " );
 623         if ( Test.testSupportCount() ) {
 624             System.out.println( "OK." );
 625             succeeded++;
 626         }
 627         else {
 628             System.out.println( "failed." );
 629             failed++;
 630         }
 631         System.out.print( "Support transfer: " );
 632         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 633             System.out.println( "OK." );
 634             succeeded++;
 635         }
 636         else {
 637             System.out.println( "failed." );
 638             failed++;
 639         }
 640         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 641         if ( Test.testGetLCA() ) {
 642             System.out.println( "OK." );
 643             succeeded++;
 644         }
 645         else {
 646             System.out.println( "failed." );
 647             failed++;
 648         }
 649         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 650         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 651             System.out.println( "OK." );
 652             succeeded++;
 653         }
 654         else {
 655             System.out.println( "failed." );
 656             failed++;
 657         }
 658         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 659         if ( Test.testGetDistance() ) {
 660             System.out.println( "OK." );
 661             succeeded++;
 662         }
 663         else {
 664             System.out.println( "failed." );
 665             failed++;
 666         }
 667         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 668         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 669             System.out.println( "OK." );
 670             succeeded++;
 671         }
 672         else {
 673             System.out.println( "failed." );
 674             failed++;
 675         }
 676         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 677         if ( Test.testDataObjects() ) {
 678             System.out.println( "OK." );
 679             succeeded++;
 680         }
 681         else {
 682             System.out.println( "failed." );
 683             failed++;
 684         }
 685         System.out.print( "Properties map: " );
 686         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 687             System.out.println( "OK." );
 688             succeeded++;
 689         }
 690         else {
 691             System.out.println( "failed." );
 692             failed++;
 693         }
 694         System.out.print( "SDIse: " );
 695         if ( Test.testSDIse() ) {
 696             System.out.println( "OK." );
 697             succeeded++;
 698         }
 699         else {
 700             System.out.println( "failed." );
 701             failed++;
 702         }
 703         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 704         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 705             System.out.println( "OK." );
 706             succeeded++;
 707         }
 708         else {
 709             System.out.println( "failed." );
 710             failed++;
 711         }
 712         System.out.print( "GSDI: " );
 713         if ( TestGSDI.test() ) {
 714             System.out.println( "OK." );
 715             succeeded++;
 716         }
 717         else {
 718             System.out.println( "failed." );
 719             failed++;
 720         }
 721         System.out.print( "RIO: " );
 722         if ( TestRIO.test() ) {
 723             System.out.println( "OK." );
 724             succeeded++;
 725         }
 726         else {
 727             System.out.println( "failed." );
 728             failed++;
 729         }
 730         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 731         System.out.println();
 732         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 733             System.out.println( "OK." );
 734             succeeded++;
 735         }
 736         else {
 737             System.out.println( "failed." );
 738             failed++;
 739         }
 740         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 741         System.out.println();
 742         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 743             System.out.println( "OK." );
 744             succeeded++;
 745         }
 746         else {
 747             System.out.println( "failed." );
 748             failed++;
 749         }
 750         System.out.print( "GO: " );
 751         System.out.println();
 752         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 753             System.out.println( "OK." );
 754             succeeded++;
 755         }
 756         else {
 757             System.out.println( "failed." );
 758             failed++;
 759         }
 760         System.out.print( "Modeling tools: " );
 761         if ( TestPccx.test() ) {
 762             System.out.println( "OK." );
 763             succeeded++;
 764         }
 765         else {
 766             System.out.println( "failed." );
 767             failed++;
 768         }
 769         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 770         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 771             System.out.println( "OK." );
 772             succeeded++;
 773         }
 774         else {
 775             System.out.println( "failed." );
 776             failed++;
 777         }
 778         System.out.print( "Split Matrix: " );
 779         if ( Test.testSplit() ) {
 780             System.out.println( "OK." );
 781             succeeded++;
 782         }
 783         else {
 784             System.out.println( "failed." );
 785             failed++;
 786         }
 787         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 788         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 789             System.out.println( "OK." );
 790             succeeded++;
 791         }
 792         else {
 793             System.out.println( "failed." );
 794             failed++;
 795         }
 796         System.out.print( "Basic table: " );
 797         if ( Test.testBasicTable() ) {
 798             System.out.println( "OK." );
 799             succeeded++;
 800         }
 801         else {
 802             System.out.println( "failed." );
 803             failed++;
 804         }
 805         System.out.print( "General table: " );
 806         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 807             System.out.println( "OK." );
 808             succeeded++;
 809         }
 810         else {
 811             System.out.println( "failed." );
 812             failed++;
 813         }
 814         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 815         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 816             System.out.println( "OK." );
 817             succeeded++;
 818         }
 819         else {
 820             System.out.println( "failed." );
 821             failed++;
 822         }
 823         System.out.print( "General MSA parser: " );
 824         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 825             System.out.println( "OK." );
 826             succeeded++;
 827         }
 828         else {
 829             System.out.println( "failed." );
 830             failed++;
 831         }
 832         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 833         if ( Test.testFastaParser() ) {
 834             System.out.println( "OK." );
 835             succeeded++;
 836         }
 837         else {
 838             System.out.println( "failed." );
 839             failed++;
 840         }
 841         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 842         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 843             System.out.println( "OK." );
 844             succeeded++;
 845         }
 846         else {
 847             System.out.println( "failed." );
 848             failed++;
 849         }
 850         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
 851         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
 852             System.out.println( "OK." );
 853             succeeded++;
 854         }
 855         else {
 856             System.out.println( "failed." );
 857             failed++;
 858         }
 859         String path = "";
 860         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 861         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 862             path = "/usr/local/bin/mafft";
 863         }
 864         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 865             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 866         }
 867         else {
 868             path = "mafft";
 869             if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 870                 path = "/usr/bin/mafft";
 871             }
 872             if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 873                 path = "/usr/local/bin/mafft";
 874             }
 875         }
 876         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 877             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 878             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 879                 System.out.println( "OK." );
 880                 succeeded++;
 881             }
 882             else {
 883                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 884             }
 885         }
 886         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 887         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 888             System.out.println( "OK." );
 889             succeeded++;
 890         }
 891         else {
 892             System.out.println( "failed." );
 893             failed++;
 894         }
 895         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 896         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 897             System.out.println( "OK." );
 898             succeeded++;
 899         }
 900         else {
 901             System.out.println( "failed." );
 902             failed++;
 903         }
 904         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 905             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 906             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 907                 System.out.println( "OK." );
 908                 succeeded++;
 909             }
 910             else {
 911                 System.out.println( "failed." );
 912                 failed++;
 913             }
 914             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 915             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 916                 System.out.println( "OK." );
 917                 succeeded++;
 918             }
 919             else {
 920                 System.out.println( "failed." );
 921                 failed++;
 922             }
 923             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 924             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 925                 System.out.println( "OK." );
 926                 succeeded++;
 927             }
 928             else {
 929                 System.out.println( "failed." );
 930                 failed++;
 931                 System.exit( -1 );
 932             }
 933             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 934             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 935                 System.out.println( "OK." );
 936                 succeeded++;
 937             }
 938             else {
 939                 System.out.println( "failed." );
 940                 failed++;
 941             }
 942         }
 943         if ( PERFORM_WEB_TREE_ACCESS ) {
 944             System.out.print( "NHX parsing from URL: " );
 945             if ( Test.testNHXparsingFromURL() ) {
 946                 System.out.println( "OK." );
 947                 succeeded++;
 948             }
 949             else {
 950                 System.out.println( "failed." );
 951                 failed++;
 952             }
 953             System.out.print( "phyloXML parsing from URL: " );
 954             if ( Test.testPhyloXMLparsingFromURL() ) {
 955                 System.out.println( "OK." );
 956                 succeeded++;
 957             }
 958             else {
 959                 System.out.println( "failed." );
 960                 failed++;
 961             }
 962             System.out.print( "TreeBase acccess: " );
 963             if ( Test.testTreeBaseReading() ) {
 964                 System.out.println( "OK." );
 965                 succeeded++;
 966             }
 967             else {
 968                 System.out.println( "failed." );
 969                 failed++;
 970             }
 971             //
 972             System.out.print( "ToL access: " );
 973             if ( Test.testToLReading() ) {
 974                 System.out.println( "OK." );
 975                 succeeded++;
 976             }
 977             else {
 978                 System.out.println( "failed." );
 979                 failed++;
 980             }
 981             //
 982             System.out.print( "TreeFam access: " );
 983             if ( Test.testTreeFamReading() ) {
 984                 System.out.println( "OK." );
 985                 succeeded++;
 986             }
 987             else {
 988                 System.out.println( "failed." );
 989                 failed++;
 990             }
 991             //
 992             //
 993             System.out.print( "Pfam tree access: " );
 994             if ( Test.testPfamTreeReading() ) {
 995                 System.out.println( "OK." );
 996                 succeeded++;
 997             }
 998             else {
 999                 System.out.println( "failed." );
1000                 failed++;
1001             }
1002         }
1003         System.out.println();
1004         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1005         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1006         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1007         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1008                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1009         System.out.println();
1010         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1011         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1012         System.out.println();
1013         if ( failed < 1 ) {
1014             System.out.println( "OK." );
1015         }
1016         else {
1017             System.out.println( "Not OK." );
1018         }
1019     }
1020
1021     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
1022         try {
1023             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1024             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1025             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1026             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1027             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1028             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1029             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1030             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
1031             covered.add( true ); // 0
1032             covered.add( false ); // 1
1033             covered.add( true ); // 2
1034             covered.add( false ); // 3
1035             covered.add( true ); // 4
1036             covered.add( true ); // 5
1037             covered.add( false ); // 6
1038             covered.add( true ); // 7
1039             covered.add( true ); // 8
1040             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
1053                 return false;
1054             }
1055             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
1056                 return false;
1057             }
1058             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
1059                 return false;
1060             }
1061             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1062             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
1063             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
1064             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
1065             abc.addProteinDomain( a );
1066             abc.addProteinDomain( b );
1067             abc.addProteinDomain( c );
1068             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
1069             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
1070             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1071                 return false;
1072             }
1073             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1074                 return false;
1075             }
1076             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1077                 return false;
1078             }
1079             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
1080                 return false;
1081             }
1082             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
1083                 return false;
1084             }
1085             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1086             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
1087             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
1088             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
1089             def.addProteinDomain( d );
1090             def.addProteinDomain( e );
1091             def.addProteinDomain( f );
1092             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
1093             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
1094             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1095                 return false;
1096             }
1097             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1098                 return false;
1099             }
1100             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1101                 return false;
1102             }
1103             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
1104                 return false;
1105             }
1106             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
1107                 return false;
1108             }
1109             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
1110                 return false;
1111             }
1112         }
1113         catch ( final Exception e ) {
1114             e.printStackTrace( System.out );
1115             return false;
1116         }
1117         return true;
1118     }
1119
1120     public static final boolean testNHXparsingFromURL() {
1121         try {
1122             final String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/simple/simple_1.nh";
1123             final URL u = new URL( s );
1124             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1125             final Phylogeny[] phys = factory.create( u, new NHXParser() );
1126             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 5 ) ) {
1127                 return false;
1128             }
1129             if ( !phys[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1130                 System.out.println( phys[ 0 ].toNewHampshire() );
1131                 return false;
1132             }
1133             if ( !phys[ 1 ].toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1134                 System.out.println( phys[ 1 ].toNewHampshire() );
1135                 return false;
1136             }
1137             final Phylogeny[] phys2 = factory.create( u.openStream(), new NHXParser() );
1138             if ( ( phys2 == null ) || ( phys2.length != 5 ) ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             if ( !phys2[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1142                 System.out.println( phys2[ 0 ].toNewHampshire() );
1143                 return false;
1144             }
1145             final PhylogenyFactory factory2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1146             final NHXParser p = new NHXParser();
1147             final URL u2 = new URL( s );
1148             p.setSource( u2 );
1149             if ( !p.hasNext() ) {
1150                 return false;
1151             }
1152             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( !p.hasNext() ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             p.reset();
1159             if ( !p.hasNext() ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             p.reset();
1169             if ( !p.hasNext() ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1176                 return false;
1177             }
1178         }
1179         catch ( final Exception e ) {
1180             e.printStackTrace();
1181         }
1182         return true;
1183     }
1184
1185     public static boolean testOverlapRemoval() {
1186         try {
1187             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1188             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1189             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1190             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1191             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1192             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
1193             covered.add( true ); // 0
1194             covered.add( false ); // 1
1195             covered.add( true ); // 2
1196             covered.add( false ); // 3
1197             covered.add( true ); // 4
1198             covered.add( true ); // 5
1199             covered.add( false ); // 6
1200             covered.add( true ); // 7
1201             covered.add( true ); // 8
1202             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
1212                 return false;
1213             }
1214             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 1, -1 );
1218             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, -1 );
1219             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
1220             ab.addProteinDomain( a );
1221             ab.addProteinDomain( b );
1222             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
1223             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1224                 return false;
1225             }
1226             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1227                 return false;
1228             }
1229             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
1230                 return false;
1231             }
1232             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
1233             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1240             final Domain d = new BasicDomain( "d",
1241                                               ( short ) 10000,
1242                                               ( short ) 10500,
1243                                               ( short ) 1,
1244                                               ( short ) 1,
1245                                               0.0000001,
1246                                               1 );
1247             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1248             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
1249             cde.addProteinDomain( c );
1250             cde.addProteinDomain( d );
1251             cde.addProteinDomain( e );
1252             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
1253             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1254                 return false;
1255             }
1256             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1260             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
1261             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1262             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
1263             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
1264             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
1265             fghi.addProteinDomain( f );
1266             fghi.addProteinDomain( g );
1267             fghi.addProteinDomain( h );
1268             fghi.addProteinDomain( i );
1269             fghi.addProteinDomain( i );
1270             fghi.addProteinDomain( i );
1271             fghi.addProteinDomain( i2 );
1272             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
1273             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
1283             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1290             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
1291             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1292             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1293             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1294             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1295             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
1296             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
1297             jklm.addProteinDomain( j );
1298             jklm.addProteinDomain( k );
1299             jklm.addProteinDomain( l );
1300             jklm.addProteinDomain( m );
1301             jklm.addProteinDomain( m0 );
1302             jklm.addProteinDomain( m1 );
1303             jklm.addProteinDomain( m2 );
1304             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
1305             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1306                 return false;
1307             }
1308             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
1315             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
1322             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
1323             od.addProteinDomain( only );
1324             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
1325             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1329                 return false;
1330             }
1331         }
1332         catch ( final Exception e ) {
1333             e.printStackTrace( System.out );
1334             return false;
1335         }
1336         return true;
1337     }
1338
1339     public static final boolean testPfamTreeReading() {
1340         try {
1341             final URL u = new URL( WebserviceUtil.PFAM_SERVER + "/family/PF" + "01849" + "/tree/download" );
1342             final NHXParser parser = new NHXParser();
1343             parser.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1344             parser.setReplaceUnderscores( false );
1345             parser.setGuessRootedness( true );
1346             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1347             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
1348             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() < 10 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354         }
1355         catch ( final Exception e ) {
1356             e.printStackTrace();
1357         }
1358         return true;
1359     }
1360
1361     public static final boolean testPhyloXMLparsingFromURL() {
1362         try {
1363             final String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/archaeopteryx_a/apaf_bcl2.xml";
1364             final URL u = new URL( s );
1365             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1366             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser() );
1367             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 2 ) ) {
1368                 return false;
1369             }
1370         }
1371         catch ( final Exception e ) {
1372             e.printStackTrace();
1373         }
1374         return true;
1375     }
1376
1377     public static final boolean testToLReading() {
1378         try {
1379             final URL u = new URL( WebserviceUtil.TOL_URL_BASE + "15079" );
1380             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1381             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), new TolParser() );
1382             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1383                 return false;
1384             }
1385             if ( !phys[ 0 ].getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "15079" ) ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( !phys[ 0 ].getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Protacanthopterygii" ) ) {
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() < 5 ) {
1392                 return false;
1393             }
1394         }
1395         catch ( final Exception e ) {
1396             e.printStackTrace();
1397         }
1398         return true;
1399     }
1400
1401     public static final boolean testTreeBaseReading() {
1402         try {
1403             final URL u = new URL( WebserviceUtil.TREEBASE_PHYLOWS_TREE_URL_BASE + "825?format=nexus" );
1404             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
1405             parser.setReplaceUnderscores( true );
1406             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1407             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
1408             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             final URL u2 = new URL( WebserviceUtil.TREEBASE_PHYLOWS_STUDY_URL_BASE + "15613?format=nexus" );
1412             final NexusPhylogeniesParser parser2 = new NexusPhylogeniesParser();
1413             parser2.setReplaceUnderscores( true );
1414             final PhylogenyFactory factory2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1415             final Phylogeny[] phys2 = factory2.create( u2.openStream(), parser2 );
1416             if ( ( phys2 == null ) || ( phys2.length != 9 ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419         }
1420         catch ( final Exception e ) {
1421             e.printStackTrace();
1422         }
1423         return true;
1424     }
1425
1426     public static final boolean testTreeFamReading() {
1427         try {
1428             final URL u = new URL( WebserviceUtil.TREE_FAM_URL_BASE + "101004" + "/tree/newick" );
1429             final NHXParser parser = new NHXParser();
1430             parser.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1431             parser.setReplaceUnderscores( false );
1432             parser.setGuessRootedness( true );
1433             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1434             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
1435             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1436                 return false;
1437             }
1438             if ( phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() < 10 ) {
1439                 return false;
1440             }
1441         }
1442         catch ( final Exception e ) {
1443             e.printStackTrace();
1444         }
1445         return true;
1446     }
1447
1448     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1449         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1450         return p;
1451     }
1452
1453     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1454         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1455     }
1456
1457     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1458         try {
1459             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1460             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1464                 return false;
1465             }
1466             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1473             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1474                 return false;
1475             }
1476             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1477             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1481             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1482                 return false;
1483             }
1484         }
1485         catch ( final Exception e ) {
1486             e.printStackTrace();
1487             return false;
1488         }
1489         return true;
1490     }
1491
1492     private static boolean testBasicDomain() {
1493         try {
1494             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1495             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1508             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1509             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1510             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1511             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1512             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1516                 return false;
1517             }
1518             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1519                 return false;
1520             }
1521             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1522                 return false;
1523             }
1524             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1540                 return false;
1541             }
1542         }
1543         catch ( final Exception e ) {
1544             e.printStackTrace( System.out );
1545             return false;
1546         }
1547         return true;
1548     }
1549
1550     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1551         try {
1552             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1553                 return false;
1554             }
1555             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1556             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1557                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1558             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1559                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1560             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1561                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1562             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             if ( !n3.isExternal() ) {
1575                 return false;
1576             }
1577             if ( !n3.isRoot() ) {
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1581                 return false;
1582             }
1583         }
1584         catch ( final Exception e ) {
1585             e.printStackTrace( System.out );
1586             return false;
1587         }
1588         return true;
1589     }
1590
1591     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1592         try {
1593             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1594             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1595             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1596                                                               xml_parser );
1597             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1598                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1605             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1606             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1607             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1608             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( !t1.isRooted() ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( t1.isRerootable() ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1642                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1646                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1647                 return false;
1648             }
1649             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1650                 return false;
1651             }
1652             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1653                 return false;
1654             }
1655             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1656                 return false;
1657             }
1658             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1674                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1675                 return false;
1676             }
1677             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1678                 return false;
1679             }
1680             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1681                 return false;
1682             }
1683             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1684                 return false;
1685             }
1686             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1687                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1688                 return false;
1689             }
1690             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1691                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1695                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1699                     .equals( "experimental" ) ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1703                     .equals( "function" ) ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1707                     .getValue() != 1 ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1711                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1715                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1719                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1723                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1727                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1731                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1735                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1739                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1743                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1747                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1754                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1761             if ( x.size() != 4 ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             int c = 0;
1765             for( final Accession acc : x ) {
1766                 if ( c == 0 ) {
1767                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1768                         return false;
1769                     }
1770                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1771                         return false;
1772                     }
1773                 }
1774                 c++;
1775             }
1776         }
1777         catch ( final Exception e ) {
1778             e.printStackTrace( System.out );
1779             return false;
1780         }
1781         return true;
1782     }
1783
1784     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1785         try {
1786             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1787             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1788             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1789                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1790             }
1791             else {
1792                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1793             }
1794             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1795                                                               xml_parser );
1796             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1797                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1804             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1805             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1809             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1822             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1823             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1824             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1837                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1841                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1845             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1846             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1847             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1848             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1849                 return false;
1850             }
1851             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1852             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1868                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1869                 return false;
1870             }
1871             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1872                 return false;
1873             }
1874             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1875                 return false;
1876             }
1877             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1878                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1882                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1886                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1887                 return false;
1888             }
1889             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1890                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1894                     .equals( "experimental" ) ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1898                     .equals( "function" ) ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1902                     .getValue() != 1 ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1906                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1907                 return false;
1908             }
1909             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1910                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1914                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1915                 return false;
1916             }
1917             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1918                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1922                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1926                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1930                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1934                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1938                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1942                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1949                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1950                 return false;
1951             }
1952             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1953                 return false;
1954             }
1955             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1956                 return false;
1957             }
1958             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1959                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1966                 return false;
1967             }
1968             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1969                 return false;
1970             }
1971             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1972                 return false;
1973             }
1974             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1975                     .equals( "ncbi" ) ) {
1976                 return false;
1977             }
1978             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1979                 return false;
1980             }
1981             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1982                     .getName().equals( "B" ) ) {
1983                 return false;
1984             }
1985             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1986                     .getFrom() != 21 ) {
1987                 return false;
1988             }
1989             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1993                     .getLength() != 24 ) {
1994                 return false;
1995             }
1996             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1997                     .getConfidence() != 2144 ) {
1998                 return false;
1999             }
2000             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
2001                     .equals( "pfam" ) ) {
2002                 return false;
2003             }
2004             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
2005                 return false;
2006             }
2007             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
2008                 return false;
2009             }
2010             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
2011                 return false;
2012             }
2013             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
2014                 return false;
2015             }
2016             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
2017             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
2018                 return false;
2019             }
2020             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
2021                 return false;
2022             }
2023             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
2024                 return false;
2025             }
2026             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
2027                 return false;
2028             }
2029             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
2030                 return false;
2031             }
2032             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
2033                 return false;
2034             }
2035             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
2036                 return false;
2037             }
2038             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
2039                 return false;
2040             }
2041             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
2042                 return false;
2043             }
2044             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
2051                 return false;
2052             }
2053             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
2054                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
2055                 return false;
2056             }
2057             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
2058                 return false;
2059             }
2060             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
2061                 return false;
2062             }
2063             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
2064                 return false;
2065             }
2066             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
2070                 return false;
2071             }
2072             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
2073                 return false;
2074             }
2075             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
2076                 return false;
2077             }
2078             //
2079             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
2080                 return false;
2081             }
2082             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
2083                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
2084                 return false;
2085             }
2086             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
2087                 return false;
2088             }
2089             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
2090                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
2091                 return false;
2092             }
2093             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
2100                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
2101                 return false;
2102             }
2103             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
2104                     .getCrossReferences();
2105             if ( x.size() != 4 ) {
2106                 return false;
2107             }
2108             int c = 0;
2109             for( final Accession acc : x ) {
2110                 if ( c == 0 ) {
2111                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
2112                         return false;
2113                     }
2114                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
2115                         return false;
2116                     }
2117                 }
2118                 c++;
2119             }
2120         }
2121         catch ( final Exception e ) {
2122             e.printStackTrace( System.out );
2123             return false;
2124         }
2125         return true;
2126     }
2127
2128     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
2129         try {
2130             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2131             PhyloXmlParser xml_parser = null;
2132             try {
2133                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
2134             }
2135             catch ( final Exception e ) {
2136                 // Do nothing -- means were not running from jar.
2137             }
2138             if ( xml_parser == null ) {
2139                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
2140                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
2141                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
2142                 }
2143                 else {
2144                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
2145                 }
2146             }
2147             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
2148                                                               xml_parser );
2149             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2150                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2151                 return false;
2152             }
2153             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2157             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
2158             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
2159             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
2160             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
2161                 return false;
2162             }
2163             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
2164                 return false;
2165             }
2166             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
2167                 return false;
2168             }
2169             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
2170                 return false;
2171             }
2172             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2179                 return false;
2180             }
2181             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
2182             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
2183             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2184                 System.out.println( "errors:" );
2185                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2186                 return false;
2187             }
2188             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
2192                                                               xml_parser );
2193             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2194                 System.out.println( "errors:" );
2195                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2196                 return false;
2197             }
2198             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
2205                                                               xml_parser );
2206             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2207                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
2214             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
2215                 return false;
2216             }
2217             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2227                                                               xml_parser );
2228             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2229                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2230                 return false;
2231             }
2232             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2233                 return false;
2234             }
2235             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2236             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             s.getNode( "first" );
2240             s.getNode( "<>" );
2241             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2242             s.getNode( "'''\"" );
2243             s.getNode( "\"\"\"" );
2244             s.getNode( "dick & doof" );
2245         }
2246         catch ( final Exception e ) {
2247             e.printStackTrace( System.out );
2248             return false;
2249         }
2250         return true;
2251     }
2252
2253     private static boolean testBasicProtein() {
2254         try {
2255             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2256             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2257             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2258             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2259             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2260             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2261             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2262             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2263             p0.addProteinDomain( y );
2264             p0.addProteinDomain( e );
2265             p0.addProteinDomain( b );
2266             p0.addProteinDomain( c );
2267             p0.addProteinDomain( d );
2268             p0.addProteinDomain( a );
2269             p0.addProteinDomain( x );
2270             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             //
2277             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2278             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2279             aa0.addProteinDomain( a1 );
2280             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             //
2287             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2288             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2289             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2290             aa1.addProteinDomain( a11 );
2291             aa1.addProteinDomain( a12 );
2292             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2299             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2309             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2322             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2332                 return false;
2333             }
2334             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2335             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             //
2348             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2349             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2350             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2351             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2352             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2353             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2354             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2355             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2356             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2357             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2358             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2359             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2360             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2361             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2362             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2363             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2364             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2365             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2366             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2367             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2368             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2369             p00.addProteinDomain( y0 );
2370             p00.addProteinDomain( e0 );
2371             p00.addProteinDomain( b0 );
2372             p00.addProteinDomain( c0 );
2373             p00.addProteinDomain( d0 );
2374             p00.addProteinDomain( a0 );
2375             p00.addProteinDomain( x0 );
2376             p00.addProteinDomain( y1 );
2377             p00.addProteinDomain( y2 );
2378             p00.addProteinDomain( y3 );
2379             p00.addProteinDomain( e1 );
2380             p00.addProteinDomain( e2 );
2381             p00.addProteinDomain( e3 );
2382             p00.addProteinDomain( e4 );
2383             p00.addProteinDomain( e5 );
2384             p00.addProteinDomain( z0 );
2385             p00.addProteinDomain( z1 );
2386             p00.addProteinDomain( z2 );
2387             p00.addProteinDomain( zz0 );
2388             p00.addProteinDomain( zz1 );
2389             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2402                 return false;
2403             }
2404             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2405             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2406             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2407             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2408             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2409             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2410             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2411             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2412             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2413             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2414             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2415             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2416             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2417             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2418             p.addProteinDomain( B15 );
2419             p.addProteinDomain( C50 );
2420             p.addProteinDomain( A60 );
2421             p.addProteinDomain( A30 );
2422             p.addProteinDomain( C70 );
2423             p.addProteinDomain( B35 );
2424             p.addProteinDomain( B40 );
2425             p.addProteinDomain( A0 );
2426             p.addProteinDomain( A10 );
2427             p.addProteinDomain( A20 );
2428             p.addProteinDomain( B25 );
2429             p.addProteinDomain( D80 );
2430             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2431             domains_ids.add( "A" );
2432             domains_ids.add( "B" );
2433             domains_ids.add( "C" );
2434             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             domains_ids.add( "X" );
2441             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             domains_ids = new ArrayList<String>();
2448             domains_ids.add( "A" );
2449             domains_ids.add( "C" );
2450             domains_ids.add( "D" );
2451             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2452                 return false;
2453             }
2454             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             domains_ids = new ArrayList<String>();
2458             domains_ids.add( "A" );
2459             domains_ids.add( "D" );
2460             domains_ids.add( "C" );
2461             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2465                 return false;
2466             }
2467             domains_ids = new ArrayList<String>();
2468             domains_ids.add( "A" );
2469             domains_ids.add( "A" );
2470             domains_ids.add( "B" );
2471             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             domains_ids = new ArrayList<String>();
2478             domains_ids.add( "A" );
2479             domains_ids.add( "A" );
2480             domains_ids.add( "A" );
2481             domains_ids.add( "B" );
2482             domains_ids.add( "B" );
2483             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             domains_ids = new ArrayList<String>();
2490             domains_ids.add( "A" );
2491             domains_ids.add( "A" );
2492             domains_ids.add( "B" );
2493             domains_ids.add( "A" );
2494             domains_ids.add( "B" );
2495             domains_ids.add( "B" );
2496             domains_ids.add( "A" );
2497             domains_ids.add( "B" );
2498             domains_ids.add( "C" );
2499             domains_ids.add( "A" );
2500             domains_ids.add( "C" );
2501             domains_ids.add( "D" );
2502             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2506                 return false;
2507             }
2508         }
2509         catch ( final Exception e ) {
2510             e.printStackTrace( System.out );
2511             return false;
2512         }
2513         return true;
2514     }
2515
2516     private static boolean testBasicTable() {
2517         try {
2518             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2519             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2523                 return false;
2524             }
2525             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2526             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2527             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2528             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2529             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2530             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2531             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2532             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2533             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2561                 return false;
2562             }
2563             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2564             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2565             source.append( "" + l );
2566             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2567             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2568             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2569             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2570             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2571             source.append( "40 41 42 43" + l );
2572             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2573             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2574             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2575             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2585                 return false;
2586             }
2587             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2594             source1.append( "" + l );
2595             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2596             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2597             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2598             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2599             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2600             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2601             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2602             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2603             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2604             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2605                 return false;
2606             }
2607             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2629             source2.append( "" + l );
2630             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2631             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2632             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2633             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2634             source2.append( "                     " + l );
2635             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2636             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2637             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2638             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2639             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2640                                                                         ';',
2641                                                                         false,
2642                                                                         false,
2643                                                                         "comment:",
2644                                                                         false );
2645             if ( tl.size() != 2 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2649             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2650             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2657                 return false;
2658             }
2659             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2660                 return false;
2661             }
2662             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2666                 return false;
2667             }
2668         }
2669         catch ( final Exception e ) {
2670             e.printStackTrace( System.out );
2671             return false;
2672         }
2673         return true;
2674     }
2675
2676     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2677         try {
2678             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2679             final TolParser parser = new TolParser();
2680             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2681             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2682                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2683                 return false;
2684             }
2685             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2686                 return false;
2687             }
2688             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2689             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2690                 return false;
2691             }
2692             if ( !t1.isRooted() ) {
2693                 return false;
2694             }
2695             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2696                 return false;
2697             }
2698             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2708             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2709                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2710                 return false;
2711             }
2712             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2716             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2717                 return false;
2718             }
2719             if ( !t2.isRooted() ) {
2720                 return false;
2721             }
2722             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2723                 return false;
2724             }
2725             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2726                 return false;
2727             }
2728             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2729                 return false;
2730             }
2731             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2732                 return false;
2733             }
2734             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2738                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2742             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2743                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2744                 return false;
2745             }
2746             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2750             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2751                 return false;
2752             }
2753             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2754                 return false;
2755             }
2756             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2757                 return false;
2758             }
2759             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2763             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2764                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2765                 return false;
2766             }
2767             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2768                 return false;
2769             }
2770             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2771             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2784             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2785                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2786                 return false;
2787             }
2788             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2789                 return false;
2790             }
2791             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2792             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2799                 return false;
2800             }
2801             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2802                 return false;
2803             }
2804         }
2805         catch ( final Exception e ) {
2806             e.printStackTrace( System.out );
2807             return false;
2808         }
2809         return true;
2810     }
2811
2812     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2813         try {
2814             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2815             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2816             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             if ( t2.isEmpty() ) {
2826                 return false;
2827             }
2828             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2829             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2836                 return false;
2837             }
2838             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2839             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2840             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2841                 return false;
2842             }
2843             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2844                 return false;
2845             }
2846             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2847                 return false;
2848             }
2849             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2850             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2851             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2852                 return false;
2853             }
2854             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2858             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2859             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2860                 return false;
2861             }
2862             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2863             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2864             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2865                 return false;
2866             }
2867             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2868             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2869             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2870                 return false;
2871             }
2872             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2873                 return false;
2874             }
2875             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2876             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2877             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2878                 return false;
2879             }
2880             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2881             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2882             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2883                 return false;
2884             }
2885         }
2886         catch ( final Exception e ) {
2887             e.printStackTrace( System.out );
2888             return false;
2889         }
2890         return true;
2891     }
2892
2893     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2894         try {
2895             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2896             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2897             final Phylogeny[] ev0 = factory
2898                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2899                              new NHXParser() );
2900             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2901             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2902                 return false;
2903             }
2904             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2905                 return false;
2906             }
2907             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2908             final Phylogeny[] ev1 = factory
2909                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2910                              new NHXParser() );
2911             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2912             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2916                 return false;
2917             }
2918             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2919             final Phylogeny[] ev_b = factory
2920                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2921                              new NHXParser() );
2922             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2923             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             //
2930             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2931             final Phylogeny[] ev1x = factory
2932                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2933                              new NHXParser() );
2934             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2935             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2936                 return false;
2937             }
2938             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2939                 return false;
2940             }
2941             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2942             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2943                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2944                              new NHXParser() );
2945             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2946             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             //
2953             final Phylogeny[] t2 = factory
2954                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2955                              new NHXParser() );
2956             final Phylogeny[] ev2 = factory
2957                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2958                              new NHXParser() );
2959             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2960                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2961             }
2962             //
2963             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2964                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2965             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2966             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2967             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2968                 return false;
2969             }
2970             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2971                 return false;
2972             }
2973             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2974                 return false;
2975             }
2976         }
2977         catch ( final Exception e ) {
2978             e.printStackTrace();
2979             return false;
2980         }
2981         return true;
2982     }
2983
2984     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2985         try {
2986             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2987                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2988             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2989             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992         }
2993         catch ( final Exception e ) {
2994             e.printStackTrace();
2995             return false;
2996         }
2997         return true;
2998     }
2999
3000     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
3001         try {
3002             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
3003             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
3010             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
3014                 return false;
3015             }
3016         }
3017         catch ( final Exception e ) {
3018             e.printStackTrace();
3019             return false;
3020         }
3021         return true;
3022     }
3023
3024     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
3025         try {
3026             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
3027             n.setName( "tr|B3RJ64" );
3028             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
3032             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             n.setName( "NP_001025424" );
3036             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
3037                 return false;
3038             }
3039             n.setName( "_NM_001030253-" );
3040             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             n.setName( "XM_002122186" );
3044             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
3045                 return false;
3046             }
3047             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
3048             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             n.setName( "AAA34956" );
3052             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             n.setName( "GI:394892" );
3056             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
3057                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3058                 return false;
3059             }
3060             n.setName( "gi_394892" );
3061             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
3062                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3063                 return false;
3064             }
3065             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
3066             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
3067                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3068                 return false;
3069             }
3070             n.setName( "P12345" );
3071             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
3072                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3073                 return false;
3074             }
3075             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
3076             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
3077                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3078                 return false;
3079             }
3080         }
3081         catch ( final Exception e ) {
3082             e.printStackTrace( System.out );
3083             return false;
3084         }
3085         return true;
3086     }
3087
3088     private static boolean testDataObjects() {
3089         try {
3090             final Confidence s0 = new Confidence();
3091             final Confidence s1 = new Confidence();
3092             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
3096             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
3097             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
3104             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
3105                 return false;
3106             }
3107             s3.asSimpleText();
3108             s3.asText();
3109             // Taxonomy
3110             // ----------
3111             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
3112             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
3113             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
3114             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
3115             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
3116             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
3117             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
3118             t1.setScientificName( "E. coli" );
3119             t1.setCommonName( "coli" );
3120             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
3121             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
3125             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
3126             t2.setScientificName( "what" );
3127             t2.setCommonName( "something" );
3128             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
3132             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             t1.setIdentifier( null );
3136             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
3137             t3.setScientificName( "what" );
3138             t3.setCommonName( "something" );
3139             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             t1.setIdentifier( null );
3143             t1.setTaxonomyCode( "" );
3144             t4.setScientificName( "E. ColI" );
3145             t4.setCommonName( "something" );
3146             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
3150             t4.setCommonName( "something" );
3151             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             t1.setIdentifier( null );
3155             t1.setTaxonomyCode( "" );
3156             t1.setScientificName( "" );
3157             t5.setCommonName( "COLI" );
3158             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             t5.setCommonName( "vibrio" );
3162             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             // Identifier
3166             // ----------
3167             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
3168             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
3169             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
3173                 return false;
3174             }
3175             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             id1.asSimpleText();
3179             id1.asText();
3180             // ProteinDomain
3181             // ---------------
3182             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
3183             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
3184             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
3185                 return false;
3186             }
3187             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             pd1.asSimpleText();
3191             pd1.asText();
3192             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3193             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3194             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3198                 return false;
3199             }
3200             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3201                 return false;
3202             }
3203             pd3.asSimpleText();
3204             pd3.asText();
3205             // DomainArchitecture
3206             // ------------------
3207             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3208             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3209             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3210             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3211             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3212             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3213             domains0.add( d2 );
3214             domains0.add( d0 );
3215             domains0.add( d3 );
3216             domains0.add( d1 );
3217             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3218             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3219                 return false;
3220             }
3221             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3222             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3232             domains1.add( d1 );
3233             domains1.add( d2 );
3234             domains1.add( d4 );
3235             domains1.add( d0 );
3236             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3237             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             ds1.asSimpleText();
3241             ds1.asText();
3242             ds1.toNHX();
3243             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3244             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3245                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3246                 return false;
3247             }
3248             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             // Event
3252             // -----
3253             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3254             if ( e1.isDuplication() ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             if ( !e1.isFusion() ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3267             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3274             if ( e2.isDuplication() ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3293             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3297             if ( e3.isDuplication() ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             if ( e3.isSpeciation() ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3310             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3311             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             e3 = null;
3315             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3319             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3326             e4 = null;
3327             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3328             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3329                 return false;
3330             }
3331             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3332                 return false;
3333             }
3334             final Event e5 = new Event();
3335             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3336                 return false;
3337             }
3338             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3345             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3352             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3359             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3360                 return false;
3361             }
3362             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3363                 return false;
3364             }
3365         }
3366         catch ( final Exception e ) {
3367             e.printStackTrace( System.out );
3368             return false;
3369         }
3370         return true;
3371     }
3372
3373     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3374         try {
3375             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3376             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3377             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3378             if ( t0.isEmpty() ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3385             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3386                 return false;
3387             }
3388             if ( !t0.isEmpty() ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3392             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3396             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3397                 return false;
3398             }
3399             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3400                 return false;
3401             }
3402             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3403             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3407             if ( !t1.isEmpty() ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3411             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3412                 return false;
3413             }
3414             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3415             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             t2.toNewHampshireX();
3419             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3420             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3424             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3428             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3432             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3436             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             n = t3.getNode( "A" );
3440             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             n = n.getNextExternalNode();
3444             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3448             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             n = t3.getNode( "C" );
3452             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3456             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3457                 return false;
3458             }
3459             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3460             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3464             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3468             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3469                 return false;
3470             }
3471             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3472             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3476             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3480             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3481                 return false;
3482             }
3483             n = t4.getNode( "A" );
3484             n = n.getNextExternalNode();
3485             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             n = n.getNextExternalNode();
3489             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3490                 return false;
3491             }
3492             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3493             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3494                 return false;
3495             }
3496             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3497             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3498             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3499                 return false;
3500             }
3501             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3502             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3506             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3507             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3508                 return false;
3509             }
3510             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3511             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3512                 return false;
3513             }
3514             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3515             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3516             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3517                 return false;
3518             }
3519             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3520             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3524             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3525             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3529             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3530                 return false;
3531             }
3532             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3533             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3534             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3538             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3539                 return false;
3540             }
3541             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3542             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3543             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3547             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3551             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3552             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3556             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3557                 return false;
3558             }
3559             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3560             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3564             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3568             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3569             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3573             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3577             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3581             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3585             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3589             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3593             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3597             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3601             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3605             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3609             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3613             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3617             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3621             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3625             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3626             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3627                 return false;
3628             }
3629             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3630             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3634             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3635             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3639             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3643             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3644             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3648             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3649                 return false;
3650             }
3651             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3652             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3656             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3657                 return false;
3658             }
3659             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3660             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3661                 return false;
3662             }
3663             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3664             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3665                 return false;
3666             }
3667         }
3668         catch ( final Exception e ) {
3669             e.printStackTrace( System.out );
3670             return false;
3671         }
3672         return true;
3673     }
3674
3675     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3676         try {
3677             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3678             dss1.addValue( 82 );
3679             dss1.addValue( 78 );
3680             dss1.addValue( 70 );
3681             dss1.addValue( 58 );
3682             dss1.addValue( 42 );
3683             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3690                 return false;
3691             }
3692             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3693                 return false;
3694             }
3695             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3699                 return false;
3700             }
3701             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3702                 return false;
3703             }
3704             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3705                 return false;
3706             }
3707             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3708                 return false;
3709             }
3710             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3714                 return false;
3715             }
3716             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3717                 return false;
3718             }
3719             dss1.addValue( 123 );
3720             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3721                 return false;
3722             }
3723             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3727                 return false;
3728             }
3729             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3730             dss2.addValue( -1.85 );
3731             dss2.addValue( 57.5 );
3732             dss2.addValue( 92.78 );
3733             dss2.addValue( 57.78 );
3734             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3741             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             dss2.addValue( -100 );
3745             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3746                 return false;
3747             }
3748             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             final double[] ds = new double[ 14 ];
3752             ds[ 0 ] = 34;
3753             ds[ 1 ] = 23;
3754             ds[ 2 ] = 1;
3755             ds[ 3 ] = 32;
3756             ds[ 4 ] = 11;
3757             ds[ 5 ] = 2;
3758             ds[ 6 ] = 12;
3759             ds[ 7 ] = 33;
3760             ds[ 8 ] = 13;
3761             ds[ 9 ] = 22;
3762             ds[ 10 ] = 21;
3763             ds[ 11 ] = 35;
3764             ds[ 12 ] = 24;
3765             ds[ 13 ] = 31;
3766             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3767             if ( bins.length != 4 ) {
3768                 return false;
3769             }
3770             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3771                 return false;
3772             }
3773             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3780                 return false;
3781             }
3782             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3783             ds1[ 0 ] = 10.0;
3784             ds1[ 1 ] = 19.0;
3785             ds1[ 2 ] = 9.999;
3786             ds1[ 3 ] = 0.0;
3787             ds1[ 4 ] = 39.9;
3788             ds1[ 5 ] = 39.999;
3789             ds1[ 6 ] = 30.0;
3790             ds1[ 7 ] = 19.999;
3791             ds1[ 8 ] = 30.1;
3792             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3793             if ( bins1.length != 4 ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3809             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3810                 return false;
3811             }
3812             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3813                 return false;
3814             }
3815             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3816                 return false;
3817             }
3818             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3819                 return false;
3820             }
3821             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3822             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3835             dss3.addValue( 1 );
3836             dss3.addValue( 1 );
3837             dss3.addValue( 1 );
3838             dss3.addValue( 2 );
3839             dss3.addValue( 3 );
3840             dss3.addValue( 4 );
3841             dss3.addValue( 5 );
3842             dss3.addValue( 5 );
3843             dss3.addValue( 5 );
3844             dss3.addValue( 6 );
3845             dss3.addValue( 7 );
3846             dss3.addValue( 8 );
3847             dss3.addValue( 9 );
3848             dss3.addValue( 10 );
3849             dss3.addValue( 10 );
3850             dss3.addValue( 10 );
3851             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3852             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3853             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3854         }
3855         catch ( final Exception e ) {
3856             e.printStackTrace( System.out );
3857             return false;
3858         }
3859         return true;
3860     }
3861
3862     private static boolean testDir( final String file ) {
3863         try {
3864             final File f = new File( file );
3865             if ( !f.exists() ) {
3866                 return false;
3867             }
3868             if ( !f.isDirectory() ) {
3869                 return false;
3870             }
3871             if ( !f.canRead() ) {
3872                 return false;
3873             }
3874         }
3875         catch ( final Exception e ) {
3876             return false;
3877         }
3878         return true;
3879     }
3880
3881     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
3882         try {
3883             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
3884             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
3885                 System.out.println( entry.getAccession() );
3886                 return false;
3887             }
3888             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
3889                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
3890                 return false;
3891             }
3892             if ( !entry.getSequenceName()
3893                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
3894                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
3895                 return false;
3896             }
3897             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
3898             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
3899             //     return false;
3900             // }
3901             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
3902                 System.out.println( entry.getGeneName() );
3903                 return false;
3904             }
3905             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
3906                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
3907                 return false;
3908             }
3909             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
3910                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
3914                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             //
3921             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
3922             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
3926                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
3930                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
3934                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
3938                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             //
3945             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
3946             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
3950                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !entry2.getSequenceName()
3954                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
3955                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
3959                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
3963                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             //
3970             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
3971             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
3975                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
3979                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
3983                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
3987                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             //
3997             //
3998             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
3999             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
4003                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
4007                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
4011                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
4015                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
4016                 return false;
4017             }
4018             //   if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
4019             //     System.out.println( entry4.getChromosome() );
4020             //     return false;
4021             // }
4022             // if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
4023             //     System.out.println( entry4.getMap() );
4024             //     return false;
4025             // }
4026             //TODO FIXME gi...
4027             //
4028             //TODO fails:
4029             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
4030             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
4031             //                return false;
4032             //            }
4033             final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAZ45343.1" );
4034             if ( !entry5.getAccession().equals( "AAZ45343" ) ) {
4035                 return false;
4036             }
4037             if ( !entry5.getTaxonomyScientificName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB" ) ) {
4038                 System.out.println( entry5.getTaxonomyScientificName() );
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( !entry5.getSequenceName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB 1,4-alpha-glucan branching enzyme" ) ) {
4042                 System.out.println( entry5.getSequenceName() );
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( !entry5.getTaxonomyIdentifier().equals( "159087" ) ) {
4046                 System.out.println( entry5.getTaxonomyIdentifier() );
4047                 return false;
4048             }
4049         }
4050         catch ( final IOException e ) {
4051             System.out.println();
4052             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
4053             e.printStackTrace( System.out );
4054             return true;
4055         }
4056         catch ( final Exception e ) {
4057             e.printStackTrace();
4058             return false;
4059         }
4060         return true;
4061     }
4062
4063     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
4064         try {
4065             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4066             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
4067             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
4068             n = n.getNextExternalNode();
4069             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             n = n.getNextExternalNode();
4073             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             n = n.getNextExternalNode();
4077             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
4078                 return false;
4079             }
4080             n = t1.getNode( "B" );
4081             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4082                 n = n.getNextExternalNode();
4083             }
4084             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
4085             n = t2.getNode( "A" );
4086             n = n.getNextExternalNode();
4087             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             n = n.getNextExternalNode();
4091             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             n = n.getNextExternalNode();
4095             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             n = t2.getNode( "B" );
4099             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4100                 n = n.getNextExternalNode();
4101             }
4102             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4103             n = t3.getNode( "A" );
4104             n = n.getNextExternalNode();
4105             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             n = n.getNextExternalNode();
4109             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             n = n.getNextExternalNode();
4113             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             n = n.getNextExternalNode();
4117             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             n = n.getNextExternalNode();
4121             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             n = n.getNextExternalNode();
4125             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             n = n.getNextExternalNode();
4129             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             n = t3.getNode( "B" );
4133             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4134                 n = n.getNextExternalNode();
4135             }
4136             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
4137             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
4138                 final PhylogenyNode node = iter.next();
4139             }
4140             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4141             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
4142                 final PhylogenyNode node = iter.next();
4143             }
4144             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4145             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
4146             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
4147                 return false;
4148             }
4149             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( iter.hasNext() ) {
4165                 return false;
4166             }
4167         }
4168         catch ( final Exception e ) {
4169             e.printStackTrace( System.out );
4170             return false;
4171         }
4172         return true;
4173     }
4174
4175     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
4176         try {
4177             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
4181                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
4185                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4189                 return false;
4190             }
4191             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
4192                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
4193                 return false;
4194             }
4195             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4196                 return false;
4197             }
4198             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_musculus" )
4199                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_musculus_bcl2" )
4203                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_123" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Pilostyles mexicana Mexico Breedlove 27233" ).equals( "Pilostyles mexicana" ) ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia_coli_strain_K12/DH10B" )
4213                     .equals( "Escherichia coli strain K12/DH10B" ) ) {
4214                 return false;
4215             }
4216             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia_coli_str_K12/DH10B" )
4217                     .equals( "Escherichia coli str K12/DH10B" ) ) {
4218                 return false;
4219             }
4220             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli str. K12/DH10B" )
4221                     .equals( "Escherichia coli str. K12/DH10B" ) ) {
4222                 return false;
4223             }
4224             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis_lyrata_subsp_lyrata" )
4225                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp lyrata" ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" )
4229                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" ) ) {
4230                 return false;
4231             }
4232             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata 395" )
4233                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" ) ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata bcl2" )
4237                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" ) ) {
4238                 return false;
4239             }
4240             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp lyrata bcl2" )
4241                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp lyrata" ) ) {
4242                 return false;
4243             }
4244             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subspecies lyrata bcl2" )
4245                     .equals( "Arabidopsis lyrata subspecies lyrata" ) ) {
4246                 return false;
4247             }
4248             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Verbascum sinuatum var. adenosepalum bcl2" )
4249                     .equals( "Verbascum sinuatum var. adenosepalum" ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (strain K12)" )
4253                     .equals( "Escherichia coli (strain K12)" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (strain K12) bcl2" )
4257                     .equals( "Escherichia coli (strain K12)" ) ) {
4258                 return false;
4259             }
4260             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (str. K12)" )
4261                     .equals( "Escherichia coli (str. K12)" ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (str. K12) bcl2" )
4265                     .equals( "Escherichia coli (str. K12)" ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Macrocera sp." )
4269                     .equals( "Macrocera sp." ) ) {
4270
4271                  return false;
4272             }
4273             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Macrocera sp. 123" )
4274                     .equals( "Macrocera sp." ) ) {
4275
4276                 return false;
4277             }
4278             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Macrocera sp. K12" )
4279                     .equals( "Macrocera sp." ) ) {
4280
4281
4282                 return false;
4283             }
4284             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "something Macrocera sp. K12" )
4285                     .equals( "Macrocera sp." ) ) {
4286
4287
4288                 return false;
4289             } if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Macrocera sp" )
4290                     .equals( "Macrocera sp" ) ) {
4291
4292
4293                 return false;
4294             }
4295         }
4296         catch ( final Exception e ) {
4297             e.printStackTrace( System.out );
4298             return false;
4299         }
4300         return true;
4301     }
4302
4303     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
4304         try {
4305             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4306                 return false;
4307             }
4308             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4309                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4313                     .equals( "ARATH" ) ) {
4314                 return false;
4315             }
4316             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4317                     .equals( "ARATH" ) ) {
4318                 return false;
4319             }
4320             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
4321                 return false;
4322             }
4323             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
4324                 return false;
4325             }
4326             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4330                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4334                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4335                 return false;
4336             }
4337             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4338                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4342                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4346                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4347                 return false;
4348             }
4349             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4350                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4354                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4358                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4365                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4366                 return false;
4367             }
4368             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
4369                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
4370                 return false;
4371             }
4372             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4373                     .equals( "9YX45" ) ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
4377                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4378                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
4382                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4383                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4384                 return false;
4385             }
4386             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
4387                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4388                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
4392                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
4396                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4400                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4404                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4405                 return false;
4406             }
4407             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
4408                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4409                 return false;
4410             }
4411             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
4412                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4413                 return false;
4414             }
4415             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
4416                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4420                     .equals( "RAT" ) ) {
4421                 return false;
4422             }
4423             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4424                     .equals( "PIG" ) ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             if ( !ParserUtils
4428                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4429                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4430                 return false;
4431             }
4432             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4433                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4437                 return false;
4438             }
4439         }
4440         catch ( final Exception e ) {
4441             e.printStackTrace( System.out );
4442             return false;
4443         }
4444         return true;
4445     }
4446
4447     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4448         try {
4449             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4450             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4451             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4455             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4456                 return false;
4457             }
4458             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4459             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4463             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4467             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4468                 return false;
4469             }
4470             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4471             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4472                 return false;
4473             }
4474             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4475             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4479             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4483             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4487             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4491             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4492                 return false;
4493             }
4494             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4495             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4496                 return false;
4497             }
4498             n.setName( "B3RJ64" );
4499             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4503             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4507             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             n.setName( "sp B3RJ64" );
4511             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4515             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4516                 return false;
4517             }
4518             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4519             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4520                 return false;
4521             }
4522             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4523             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4527             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4531             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4532                 return false;
4533             }
4534             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4535             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4536                 return false;
4537             }
4538             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4539             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4540                 return false;
4541             }
4542             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4543             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4547             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4548                 return false;
4549             }
4550             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4551             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4555             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4556                 return false;
4557             }
4558             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4559             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4560                 return false;
4561             }
4562             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4563             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4564                 return false;
4565             }
4566             n = new PhylogenyNode();
4567             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4568             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4569             n.getNodeData().addSequence( seq );
4570             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4574             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4575                 return false;
4576             }
4577             n = new PhylogenyNode();
4578             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4579             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4580             n.getNodeData().addSequence( seq );
4581             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4585             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             n = new PhylogenyNode();
4589             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4590             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4591             n.getNodeData().addSequence( seq );
4592             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             n = new PhylogenyNode();
4596             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4597             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4598             n.getNodeData().addSequence( seq );
4599             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             //
4603             n = new PhylogenyNode();
4604             n.setName( "ACP19736" );
4605             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             n = new PhylogenyNode();
4609             n.setName( "|ACP19736|" );
4610             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4611                 return false;
4612             }
4613         }
4614         catch ( final Exception e ) {
4615             e.printStackTrace( System.out );
4616             return false;
4617         }
4618         return true;
4619     }
4620
4621     private static boolean testFastaParser() {
4622         try {
4623             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4624                 return false;
4625             }
4626             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4630             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4634                 return false;
4635             }
4636             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4637                 return false;
4638             }
4639             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4640                 return false;
4641             }
4642             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4646                 return false;
4647             }
4648         }
4649         catch ( final Exception e ) {
4650             e.printStackTrace();
4651             return false;
4652         }
4653         return true;
4654     }
4655
4656     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
4657         //The format for GenBank Accession numbers are:
4658         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
4659         //Protein:    3 letters + 5 numerals
4660         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
4661         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
4662             return false;
4663         }
4664         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
4665             return false;
4666         }
4667         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
4668             return false;
4669         }
4670         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
4671             return false;
4672         }
4673         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
4674             return false;
4675         }
4676         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
4677             return false;
4678         }
4679         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
4680             return false;
4681         }
4682         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
4683             return false;
4684         }
4685         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
4686             return false;
4687         }
4688         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
4689             return false;
4690         }
4691         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
4692             return false;
4693         }
4694         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
4695             return false;
4696         }
4697         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
4698             return false;
4699         }
4700         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
4701             return false;
4702         }
4703         return true;
4704     }
4705
4706     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4707         try {
4708             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4709             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4710             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4711             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4712             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4713             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4714             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4715             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4716             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4723                 return false;
4724             }
4725             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4729                 return false;
4730             }
4731             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4735                 return false;
4736             }
4737             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4738                 return false;
4739             }
4740             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4753             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4754                 return false;
4755             }
4756             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4757                 return false;
4758             }
4759             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4760                 return false;
4761             }
4762             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4763             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4767                 return false;
4768             }
4769             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4770                 return false;
4771             }
4772             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4773             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4774                 return false;
4775             }
4776             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4777                 return false;
4778             }
4779             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4780                 return false;
4781             }
4782         }
4783         catch ( final Exception e ) {
4784             e.printStackTrace();
4785             return false;
4786         }
4787         return true;
4788     }
4789
4790     private static boolean testGeneralTable() {
4791         try {
4792             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4793             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4794             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4795             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4796             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4797             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4798             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4799             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4800             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4801             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4805                 return false;
4806             }
4807             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4808                 return false;
4809             }
4810             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4811                 return false;
4812             }
4813             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4814                 return false;
4815             }
4816             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4817                 return false;
4818             }
4819             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4820                 return false;
4821             }
4822             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4829             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4830             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4831             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4832             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4833             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4834             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4835             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4836             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4837             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4838             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4842                 return false;
4843             }
4844             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4845                 return false;
4846             }
4847             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4848                 return false;
4849             }
4850             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4860                 return false;
4861             }
4862             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4866                 return false;
4867             }
4868         }
4869         catch ( final Exception e ) {
4870             e.printStackTrace( System.out );
4871             return false;
4872         }
4873         return true;
4874     }
4875
4876     private static boolean testGetDistance() {
4877         try {
4878             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4879             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4880                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4881             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4882                 return false;
4883             }
4884             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4885                 return false;
4886             }
4887             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4888                 return false;
4889             }
4890             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4894                 return false;
4895             }
4896             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4906                 return false;
4907             }
4908             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4909                 return false;
4910             }
4911             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4912                 return false;
4913             }
4914             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4918                 return false;
4919             }
4920             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4921                 return false;
4922             }
4923             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4942                 return false;
4943             }
4944             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4954                 return false;
4955             }
4956             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4957                 return false;
4958             }
4959             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4960                 return false;
4961             }
4962             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4963                 return false;
4964             }
4965             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4966                 return false;
4967             }
4968             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4969                 return false;
4970             }
4971             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4972                 return false;
4973             }
4974             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4975                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4976             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4977                 return false;
4978             }
4979             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4980                 return false;
4981             }
4982             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4983                 return false;
4984             }
4985             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4989                 return false;
4990             }
4991             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
5001                 return false;
5002             }
5003             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
5004                 return false;
5005             }
5006             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
5007                 return false;
5008             }
5009         }
5010         catch ( final Exception e ) {
5011             e.printStackTrace( System.out );
5012             return false;
5013         }
5014         return true;
5015     }
5016
5017     private static boolean testGetLCA() {
5018         try {
5019             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5020             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
5021                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5022             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
5023             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
5024                 return false;
5025             }
5026             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
5027             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
5028                 return false;
5029             }
5030             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
5031             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
5032                 return false;
5033             }
5034             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
5035             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
5039             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
5040                 return false;
5041             }
5042             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
5043             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
5044                 return false;
5045             }
5046             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
5047             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
5048                 return false;
5049             }
5050             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
5051             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
5052                 return false;
5053             }
5054             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
5055             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
5056                 return false;
5057             }
5058             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
5059             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
5063             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5064                 return false;
5065             }
5066             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
5067             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5068                 return false;
5069             }
5070             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
5071             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5072                 return false;
5073             }
5074             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
5075             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5076                 return false;
5077             }
5078             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
5079             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
5080                 return false;
5081             }
5082             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
5083             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
5084                 return false;
5085             }
5086             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
5087             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
5091             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5092                 return false;
5093             }
5094             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
5095             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5096                 return false;
5097             }
5098             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
5099             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
5103             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
5107             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
5111             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5115             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
5116             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
5120             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
5121                 return false;
5122             }
5123             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
5124             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
5128             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
5132             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
5133                 return false;
5134             }
5135             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
5136             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
5140             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
5141                 return false;
5142             }
5143             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
5144             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             final Phylogeny p3 = factory
5148                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
5149                              new NHXParser() )[ 0 ];
5150             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
5151             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
5155             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
5159             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
5163             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5164                 return false;
5165             }
5166             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
5167             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5171                 return false;
5172             }
5173             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
5174             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             if ( !al_3.isRoot() ) {
5178                 return false;
5179             }
5180             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
5181             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5182                 return false;
5183             }
5184             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5185                 return false;
5186             }
5187             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
5188             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5189                 return false;
5190             }
5191             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5192                 return false;
5193             }
5194             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
5195             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5199             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
5200             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5201                 return false;
5202             }
5203             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5204             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
5205             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5206                 return false;
5207             }
5208             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5209             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
5210             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5214             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
5215             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5216                 return false;
5217             }
5218         }
5219         catch ( final Exception e ) {
5220             e.printStackTrace( System.out );
5221             return false;
5222         }
5223         return true;
5224     }
5225
5226     private static boolean testGetLCA2() {
5227         try {
5228             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5229             // final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
5230             final Phylogeny p_a = NHXParser.parse( "(a)" )[ 0 ];
5231             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
5232             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
5233                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
5234             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
5235                 return false;
5236             }
5237             final Phylogeny p_b = NHXParser.parse( "((a)b)" )[ 0 ];
5238             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
5239             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
5240                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
5241             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
5245                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
5246             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
5247                 return false;
5248             }
5249             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
5250             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
5251             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
5252                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
5253             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
5254                 return false;
5255             }
5256             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
5257                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
5258             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
5259                 System.out.println( p_c_2.getName() );
5260                 System.exit( -1 );
5261                 return false;
5262             }
5263             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
5264                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
5265             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
5269                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
5270             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
5271                 return false;
5272             }
5273             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
5274                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5275             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
5276             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5277                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
5278             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
5282                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
5283             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5287                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
5288             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
5292                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
5293             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
5297                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
5298             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
5302                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
5303             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
5307                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
5308             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5312                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
5313             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5317                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
5318             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
5322                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
5323             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5327                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
5328             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
5332                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
5333             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
5337                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
5338             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
5342                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
5343             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5347                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
5348             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
5349                 return false;
5350             }
5351             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
5352                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
5353             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
5357                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
5358             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5362                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
5363             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5364                 return false;
5365             }
5366             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
5367                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
5368             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
5372                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
5373             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5374                 return false;
5375             }
5376             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
5377                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
5378             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
5382                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
5383             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
5384                 return false;
5385             }
5386             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
5387                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
5388             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
5389                 return false;
5390             }
5391             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5392             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
5393             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5394                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
5395             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
5399                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
5400             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5404                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
5405             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
5406                 return false;
5407             }
5408             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
5409                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
5410             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5414                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
5415             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
5416                 return false;
5417             }
5418             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
5419                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
5420             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
5424                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
5425             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5429                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
5430             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             final Phylogeny p3 = factory
5434                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
5435                              new NHXParser() )[ 0 ];
5436             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
5437             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
5438                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5439             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5443                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5444             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
5445                 return false;
5446             }
5447             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5448                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
5449             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5453                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
5454             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5458                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
5459             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5460                 return false;
5461             }
5462             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5466                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5467             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             if ( !al_3.isRoot() ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5474                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5475             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5476                 return false;
5477             }
5478             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5482                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5483             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5484                 return false;
5485             }
5486             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5490                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5491             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5495             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5496             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5497                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5498             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5502             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5503             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5504                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5505             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5506                 return false;
5507             }
5508             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5509             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5510             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5511                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5512             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5516             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5517             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5518                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5519             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5523                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5524             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5528                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5529             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5530                 return false;
5531             }
5532             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5533                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5534             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5538                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5539             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5540                 return false;
5541             }
5542             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5543                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5544             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5545                 return false;
5546             }
5547         }
5548         catch ( final Exception e ) {
5549             e.printStackTrace( System.out );
5550             return false;
5551         }
5552         return true;
5553     }
5554
5555     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5556         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5557         try {
5558             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5559                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5560             parser1.parse();
5561             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5562                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5563             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5564             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( proteins.size() != 4 ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToFsEval() != 0 ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToIEval() != 0 ) {
5580                 return false;
5581             }
5582             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5583             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5590             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5591                 return false;
5592             }
5593             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5597             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5598                 return false;
5599             }
5600             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5601             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5602                 return false;
5603             }
5604             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5605                 return false;
5606             }
5607             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5608                 return false;
5609             }
5610             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5611                 return false;
5612             }
5613             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5614                 return false;
5615             }
5616             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5617                 return false;
5618             }
5619             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5620                 return false;
5621             }
5622             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5623                 return false;
5624             }
5625         }
5626         catch ( final Exception e ) {
5627             e.printStackTrace( System.out );
5628             return false;
5629         }
5630         return true;
5631     }
5632
5633     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5634         try {
5635             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5636             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5637             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5638             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5639             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5640                 return false;
5641             }
5642             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5643             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5647             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5651             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5652                 return false;
5653             }
5654         }
5655         catch ( final Exception e ) {
5656             e.printStackTrace( System.out );
5657             return false;
5658         }
5659         return true;
5660     }
5661
5662     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5663         try {
5664             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5665             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5666             PhylogenyNodeIterator it0;
5667             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5668                 it0.next();
5669             }
5670             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5671                 it0.next();
5672             }
5673             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5674             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5675                 return false;
5676             }
5677             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5678                 return false;
5679             }
5680             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5681                 return false;
5682             }
5683             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5684                 return false;
5685             }
5686             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5687                 return false;
5688             }
5689             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             if ( it.hasNext() ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5699                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5700             PhylogenyNodeIterator it2;
5701             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5702                 it2.next();
5703             }
5704             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5705                 it2.next();
5706             }
5707             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5708             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5739                 return false;
5740             }
5741             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5748                 return false;
5749             }
5750             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5751                 return false;
5752             }
5753             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5754                 return false;
5755             }
5756             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5757                 return false;
5758             }
5759             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5760                 return false;
5761             }
5762             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5772                 return false;
5773             }
5774             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             if ( it3.hasNext() ) {
5784                 return false;
5785             }
5786             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5787             PhylogenyNodeIterator it4;
5788             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5789                 it4.next();
5790             }
5791             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5792                 it4.next();
5793             }
5794             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5795             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5799                 return false;
5800             }
5801             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5802                 return false;
5803             }
5804             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5805                 return false;
5806             }
5807             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5808                 return false;
5809             }
5810             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5811             PhylogenyNodeIterator it6;
5812             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5813                 it6.next();
5814             }
5815             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5816                 it6.next();
5817             }
5818             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5819             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5820                 return false;
5821             }
5822             if ( it.hasNext() ) {
5823                 return false;
5824             }
5825         }
5826         catch ( final Exception e ) {
5827             e.printStackTrace( System.out );
5828             return false;
5829         }
5830         return true;
5831     }
5832
5833     private static boolean testMafft( final String path ) {
5834         try {
5835             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5836             opts.add( "--maxiterate" );
5837             opts.add( "1000" );
5838             opts.add( "--localpair" );
5839             opts.add( "--quiet" );
5840             Msa msa = null;
5841             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5842             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5843             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5844                 return false;
5845             }
5846             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5847                 return false;
5848             }
5849         }
5850         catch ( final Exception e ) {
5851             e.printStackTrace( System.out );
5852             return false;
5853         }
5854         return true;
5855     }
5856
5857     private static boolean testMidpointrooting() {
5858         try {
5859             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5860             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5861             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5862             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5863                 return false;
5864             }
5865             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5866                 return false;
5867             }
5868             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5869                            1 ) ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5873                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5874             if ( !t1.isRooted() ) {
5875                 return false;
5876             }
5877             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5878             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5879                 return false;
5880             }
5881             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5882                 return false;
5883             }
5884             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5885                 return false;
5886             }
5887             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5888                 return false;
5889             }
5890             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5894                 return false;
5895             }
5896             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5897             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5898             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5899                 return false;
5900             }
5901             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5902                 return false;
5903             }
5904             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5905                 return false;
5906             }
5907             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5908                 return false;
5909             }
5910             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5911                 System.exit( -1 );
5912                 return false;
5913             }
5914             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5915                 return false;
5916             }
5917         }
5918         catch ( final Exception e ) {
5919             e.printStackTrace( System.out );
5920             return false;
5921         }
5922         return true;
5923     }
5924
5925     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5926         try {
5927             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJJE-" );
5928             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJJBB" );
5929             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJJ--" );
5930             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ---" );
5931             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5932             l.add( s0 );
5933             l.add( s1 );
5934             l.add( s2 );
5935             l.add( s3 );
5936             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5937             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5938                 return false;
5939             }
5940             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5944                 return false;
5945             }
5946             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5947                 return false;
5948             }
5949             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 10 ) ) ) {
5950                 return false;
5951             }
5952             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 11 ) ) ) {
5953                 return false;
5954             }
5955             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 12 ) ) ) {
5956                 return false;
5957             }
5958         }
5959         catch ( final Exception e ) {
5960             e.printStackTrace( System.out );
5961             return false;
5962         }
5963         return true;
5964     }
5965
5966     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5967         try {
5968             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5969             PhylogenyNode n;
5970             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5971             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5972             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5973             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5974             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5975             n = t0.getFirstExternalNode();
5976             while ( n != null ) {
5977                 ext.add( n );
5978                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5979             }
5980             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5981                 return false;
5982             }
5983             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5996                 return false;
5997             }
5998             ext.clear();
5999             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6000             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
6001             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6002             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6003             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6004             n = t1.getNode( "ab" );
6005             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
6006             while ( n != null ) {
6007                 ext.add( n );
6008                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6009             }
6010             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6011                 return false;
6012             }
6013             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6014                 return false;
6015             }
6016             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
6017                 return false;
6018             }
6019             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
6020                 return false;
6021             }
6022             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             //
6026             //
6027             ext.clear();
6028             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6029             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
6030             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6031             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6032             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6033             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6034             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6035             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
6036             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6037             n = t2.getNode( "ab" );
6038             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
6039             while ( n != null ) {
6040                 ext.add( n );
6041                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6042             }
6043             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6053                 return false;
6054             }
6055             //
6056             //
6057             ext.clear();
6058             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6059             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
6060             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6061             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6062             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6063             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6064             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6065             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
6066             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6067             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6068             n = t3.getNode( "ab" );
6069             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
6070             while ( n != null ) {
6071                 ext.add( n );
6072                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6073             }
6074             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6081                 return false;
6082             }
6083             //
6084             //
6085             ext.clear();
6086             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6087             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
6088             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6089             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6090             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6091             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6092             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6093             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
6094             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6095             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6096             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
6097             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
6098             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
6099                 return false;
6100             }
6101             //
6102             //
6103             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6104             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
6105             ext.clear();
6106             n = t5.getFirstExternalNode();
6107             while ( n != null ) {
6108                 ext.add( n );
6109                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6110             }
6111             if ( ext.size() != 8 ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6121                 return false;
6122             }
6123             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6124                 return false;
6125             }
6126             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6130                 return false;
6131             }
6132             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
6133                 return false;
6134             }
6135             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             //
6139             //
6140             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6141             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
6142             ext.clear();
6143             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6144             n = t6.getNode( "ab" );
6145             while ( n != null ) {
6146                 ext.add( n );
6147                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6148             }
6149             if ( ext.size() != 7 ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6153                 return false;
6154             }
6155             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             //
6174             //
6175             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6176             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
6177             ext.clear();
6178             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6179             n = t7.getNode( "a" );
6180             while ( n != null ) {
6181                 ext.add( n );
6182                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6183             }
6184             if ( ext.size() != 7 ) {
6185                 return false;
6186             }
6187             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6188                 return false;
6189             }
6190             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6203                 return false;
6204             }
6205             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6206                 return false;
6207             }
6208             //
6209             //
6210             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6211             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
6212             ext.clear();
6213             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6214             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6215             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6216             n = t8.getNode( "a" );
6217             while ( n != null ) {
6218                 ext.add( n );
6219                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6220             }
6221             if ( ext.size() != 7 ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
6231                 System.out.println( "2 fail" );
6232                 return false;
6233             }
6234             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6244                 return false;
6245             }
6246             //
6247             //
6248             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6249             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
6250             ext.clear();
6251             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6252             n = t9.getNode( "a" );
6253             while ( n != null ) {
6254                 ext.add( n );
6255                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6256             }
6257             if ( ext.size() != 7 ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6270                 return false;
6271             }
6272             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6273                 return false;
6274             }
6275             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6276                 return false;
6277             }
6278             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             //
6282             //
6283             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6284             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
6285             ext.clear();
6286             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6287             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
6288             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
6289             n = t10.getNode( "a" );
6290             while ( n != null ) {
6291                 ext.add( n );
6292                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6293             }
6294             if ( ext.size() != 7 ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             //
6319             //
6320             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6321             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
6322             ext.clear();
6323             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6324             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6325             n = t11.getNode( "a" );
6326             while ( n != null ) {
6327                 ext.add( n );
6328                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6329             }
6330             if ( ext.size() != 6 ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             //
6352             //
6353             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6354             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
6355             ext.clear();
6356             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6357             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6358             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
6359             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
6360             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
6361             n = t12.getNode( "a" );
6362             while ( n != null ) {
6363                 ext.add( n );
6364                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6365             }
6366             if ( ext.size() != 6 ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6373                 return false;
6374             }
6375             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             //
6388             //
6389             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6390             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
6391             ext.clear();
6392             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6393             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
6394             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6395             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6396             n = t13.getNode( "ab" );
6397             while ( n != null ) {
6398                 ext.add( n );
6399                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6400             }
6401             if ( ext.size() != 5 ) {
6402                 return false;
6403             }
6404             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6405                 return false;
6406             }
6407             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             //
6420             //
6421             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6422             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
6423             ext.clear();
6424             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6425             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6426             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6427             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6428             n = t14.getNode( "ab" );
6429             while ( n != null ) {
6430                 ext.add( n );
6431                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6432             }
6433             if ( ext.size() != 5 ) {
6434                 return false;
6435             }
6436             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6437                 return false;
6438             }
6439             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6440                 return false;
6441             }
6442             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6443                 return false;
6444             }
6445             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6446                 return false;
6447             }
6448             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             //
6452             //
6453             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6454             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
6455             ext.clear();
6456             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6457             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6458             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6459             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6460             n = t15.getNode( "ab" );
6461             while ( n != null ) {
6462                 ext.add( n );
6463                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6464             }
6465             if ( ext.size() != 6 ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6469                 return false;
6470             }
6471             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6472                 return false;
6473             }
6474             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6478                 return false;
6479             }
6480             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6481                 return false;
6482             }
6483             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             //
6487             //
6488             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6489             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6490             ext.clear();
6491             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6492             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6493             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6494             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6495             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6496             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6497             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6498             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6499             n = t16.getNode( "ab" );
6500             while ( n != null ) {
6501                 ext.add( n );
6502                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6503             }
6504             if ( ext.size() != 4 ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6508                 return false;
6509             }
6510             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6511                 return false;
6512             }
6513             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6517                 return false;
6518             }
6519         }
6520         catch ( final Exception e ) {
6521             e.printStackTrace( System.out );
6522             return false;
6523         }
6524         return true;
6525     }
6526
6527     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6528         try {
6529             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6530             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6531             parser.parse();
6532             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6533             if ( labels.length != 7 ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6546                 return false;
6547             }
6548             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6558             parser.parse();
6559             labels = parser.getCharStateLabels();
6560             if ( labels.length != 7 ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6567                 return false;
6568             }
6569             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6570                 return false;
6571             }
6572             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6573                 return false;
6574             }
6575             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6582                 return false;
6583             }
6584         }
6585         catch ( final Exception e ) {
6586             e.printStackTrace( System.out );
6587             return false;
6588         }
6589         return true;
6590     }
6591
6592     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6593         try {
6594             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6595             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6596             parser.parse();
6597             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6598             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6602                 return false;
6603             }
6604             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6611                 return false;
6612             }
6613             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6614                 return false;
6615             }
6616             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6617                 return false;
6618             }
6619             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6620                 return false;
6621             }
6622             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6623                 return false;
6624             }
6625             //            if ( labels.length != 7 ) {
6626             //                return false;
6627             //            }
6628             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6629             //                return false;
6630             //            }
6631             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6632             //                return false;
6633             //            }
6634             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6635             //                return false;
6636             //            }
6637             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6638             //                return false;
6639             //            }
6640             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6641             //                return false;
6642             //            }
6643             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6644             //                return false;
6645             //            }
6646             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6647             //                return false;
6648             //            }
6649             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6650             //            parser.parse();
6651             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6652             //            if ( labels.length != 7 ) {
6653             //                return false;
6654             //            }
6655             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6656             //                return false;
6657             //            }
6658             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6659             //                return false;
6660             //            }
6661             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6662             //                return false;
6663             //            }
6664             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6665             //                return false;
6666             //            }
6667             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6668             //                return false;
6669             //            }
6670             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6671             //                return false;
6672             //            }
6673             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6674             //                return false;
6675             //            }
6676         }
6677         catch ( final Exception e ) {
6678             e.printStackTrace( System.out );
6679             return false;
6680         }
6681         return true;
6682     }
6683
6684     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6685         try {
6686             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6687             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6688             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6689             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6693                 return false;
6694             }
6695             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             phylogenies = null;
6699             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6700             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6704                 return false;
6705             }
6706             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             phylogenies = null;
6710             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6711             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6712                 return false;
6713             }
6714             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6715                 return false;
6716             }
6717             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6718                 return false;
6719             }
6720             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6721                 return false;
6722             }
6723             phylogenies = null;
6724             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6725             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6726                 return false;
6727             }
6728             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6729                 return false;
6730             }
6731             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6732                 return false;
6733             }
6734             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6735                 return false;
6736             }
6737             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6738                 return false;
6739             }
6740             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6744                 return false;
6745             }
6746             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6747                 return false;
6748             }
6749             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6753                 return false;
6754             }
6755             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6756                 return false;
6757             }
6758             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6765                 return false;
6766             }
6767             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6774                 return false;
6775             }
6776             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6786                 return false;
6787             }
6788             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6789                 return false;
6790             }
6791             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6792                 return false;
6793             }
6794             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6795                 return false;
6796             }
6797             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6801                 return false;
6802             }
6803             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6804                 return false;
6805             }
6806             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6807                 return false;
6808             }
6809             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6810                 return false;
6811             }
6812             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6813                 return false;
6814             }
6815             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6816                 return false;
6817             }
6818             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6819                 return false;
6820             }
6821             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6828                 return false;
6829             }
6830             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6831                 return false;
6832             }
6833             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6834                 return false;
6835             }
6836             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6837                 return false;
6838             }
6839             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6840                 return false;
6841             }
6842             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6843                 return false;
6844             }
6845             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6846                 return false;
6847             }
6848             final NexusPhylogeniesParser p2 = new NexusPhylogeniesParser();
6849             phylogenies = null;
6850             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S15613.nex", p2 );
6851             if ( phylogenies.length != 9 ) {
6852                 return false;
6853             }
6854             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phylogenies[ 0 ].getNode( "Diadocidia_spinosula" )
6855                     .getDistanceToParent() ) ) {
6856                 return false;
6857             }
6858             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phylogenies[ 0 ].getNode( "Diadocidia_stanfordensis" )
6859                     .getDistanceToParent() ) ) {
6860                 return false;
6861             }
6862             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae MLT (Imported_tree_0)" ) ) {
6863                 return false;
6864             }
6865             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae BAT (con_50_majrule)" ) ) {
6866                 return false;
6867             }
6868             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae BAT (con_50_majrule)" ) ) {
6869                 return false;
6870             }
6871             if ( !isEqual( 0.065284, phylogenies[ 7 ].getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
6872                 return false;
6873             }
6874             if ( !isEqual( 0.065284, phylogenies[ 8 ].getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
6875                 return false;
6876             }
6877         }
6878         catch ( final Exception e ) {
6879             e.printStackTrace( System.out );
6880             return false;
6881         }
6882         return true;
6883     }
6884
6885     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6886         try {
6887             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6888             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6889             if ( !p.hasNext() ) {
6890                 return false;
6891             }
6892             Phylogeny phy = p.next();
6893             if ( phy == null ) {
6894                 return false;
6895             }
6896             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6897                 return false;
6898             }
6899             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6900                 return false;
6901             }
6902             if ( p.hasNext() ) {
6903                 return false;
6904             }
6905             phy = p.next();
6906             if ( phy != null ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             //
6910             p.reset();
6911             if ( !p.hasNext() ) {
6912                 return false;
6913             }
6914             phy = p.next();
6915             if ( phy == null ) {
6916                 return false;
6917             }
6918             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6919                 return false;
6920             }
6921             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6922                 return false;
6923             }
6924             if ( p.hasNext() ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             phy = p.next();
6928             if ( phy != null ) {
6929                 return false;
6930             }
6931             ////
6932             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6933             if ( !p.hasNext() ) {
6934                 return false;
6935             }
6936             phy = p.next();
6937             if ( phy == null ) {
6938                 return false;
6939             }
6940             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6941                 return false;
6942             }
6943             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             if ( p.hasNext() ) {
6947                 return false;
6948             }
6949             phy = p.next();
6950             if ( phy != null ) {
6951                 return false;
6952             }
6953             //
6954             p.reset();
6955             if ( !p.hasNext() ) {
6956                 return false;
6957             }
6958             phy = p.next();
6959             if ( phy == null ) {
6960                 return false;
6961             }
6962             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6963                 return false;
6964             }
6965             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6966                 return false;
6967             }
6968             if ( p.hasNext() ) {
6969                 return false;
6970             }
6971             phy = p.next();
6972             if ( phy != null ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             //
6976             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6977             if ( !p.hasNext() ) {
6978                 return false;
6979             }
6980             phy = p.next();
6981             if ( phy == null ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6988                 return false;
6989             }
6990             if ( phy.isRooted() ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             if ( p.hasNext() ) {
6994                 return false;
6995             }
6996             phy = p.next();
6997             if ( phy != null ) {
6998                 return false;
6999             }
7000             //
7001             p.reset();
7002             if ( !p.hasNext() ) {
7003                 return false;
7004             }
7005             phy = p.next();
7006             if ( phy == null ) {
7007                 return false;
7008             }
7009             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7010                 return false;
7011             }
7012             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7013                 return false;
7014             }
7015             if ( p.hasNext() ) {
7016                 return false;
7017             }
7018             phy = p.next();
7019             if ( phy != null ) {
7020                 return false;
7021             }
7022             //
7023             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
7024             if ( !p.hasNext() ) {
7025                 return false;
7026             }
7027             //0
7028             phy = p.next();
7029             if ( phy == null ) {
7030                 return false;
7031             }
7032             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7033                 return false;
7034             }
7035             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
7036                 return false;
7037             }
7038             //1
7039             if ( !p.hasNext() ) {
7040                 return false;
7041             }
7042             phy = p.next();
7043             if ( phy == null ) {
7044                 return false;
7045             }
7046             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7047                 return false;
7048             }
7049             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
7050                 return false;
7051             }
7052             //2
7053             if ( !p.hasNext() ) {
7054                 return false;
7055             }
7056             phy = p.next();
7057             if ( phy == null ) {
7058                 return false;
7059             }
7060             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7061                 System.out.println( phy.toString() );
7062                 return false;
7063             }
7064             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7065                 return false;
7066             }
7067             if ( phy.isRooted() ) {
7068                 return false;
7069             }
7070             //3
7071             if ( !p.hasNext() ) {
7072                 return false;
7073             }
7074             phy = p.next();
7075             if ( phy == null ) {
7076                 return false;
7077             }
7078             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7079                 return false;
7080             }
7081             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7082                 return false;
7083             }
7084             if ( !phy.isRooted() ) {
7085                 return false;
7086             }
7087             //4
7088             if ( !p.hasNext() ) {
7089                 return false;
7090             }
7091             phy = p.next();
7092             if ( phy == null ) {
7093                 return false;
7094             }
7095             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7096                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7097                 return false;
7098             }
7099             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             if ( !phy.isRooted() ) {
7103                 return false;
7104             }
7105             //5
7106             if ( !p.hasNext() ) {
7107                 return false;
7108             }
7109             phy = p.next();
7110             if ( phy == null ) {
7111                 return false;
7112             }
7113             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7114                 return false;
7115             }
7116             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7117                 return false;
7118             }
7119             if ( phy.isRooted() ) {
7120                 return false;
7121             }
7122             //6
7123             if ( !p.hasNext() ) {
7124                 return false;
7125             }
7126             phy = p.next();
7127             if ( phy == null ) {
7128                 return false;
7129             }
7130             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7131                 return false;
7132             }
7133             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7134                 return false;
7135             }
7136             if ( !phy.isRooted() ) {
7137                 return false;
7138             }
7139             //7
7140             if ( !p.hasNext() ) {
7141                 return false;
7142             }
7143             phy = p.next();
7144             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7145                 return false;
7146             }
7147             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7148                 return false;
7149             }
7150             if ( !phy.isRooted() ) {
7151                 return false;
7152             }
7153             //8
7154             if ( !p.hasNext() ) {
7155                 return false;
7156             }
7157             phy = p.next();
7158             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7159                 return false;
7160             }
7161             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
7162                 return false;
7163             }
7164             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             //9
7168             if ( !p.hasNext() ) {
7169                 return false;
7170             }
7171             phy = p.next();
7172             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7173                 return false;
7174             }
7175             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
7176                 return false;
7177             }
7178             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
7179                 return false;
7180             }
7181             //10
7182             if ( !p.hasNext() ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             phy = p.next();
7186             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7187                 return false;
7188             }
7189             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7190                 return false;
7191             }
7192             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
7193                 return false;
7194             }
7195             if ( !phy.isRooted() ) {
7196                 return false;
7197             }
7198             //11
7199             if ( !p.hasNext() ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             phy = p.next();
7203             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             if ( phy.isRooted() ) {
7213                 return false;
7214             }
7215             //12
7216             if ( !p.hasNext() ) {
7217                 return false;
7218             }
7219             phy = p.next();
7220             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7221                 return false;
7222             }
7223             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
7224                 return false;
7225             }
7226             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
7227                 return false;
7228             }
7229             if ( !phy.isRooted() ) {
7230                 return false;
7231             }
7232             //13
7233             if ( !p.hasNext() ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             phy = p.next();
7237             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7238                 return false;
7239             }
7240             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7241                 return false;
7242             }
7243             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
7244                 return false;
7245             }
7246             if ( !phy.isRooted() ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             //14
7250             if ( !p.hasNext() ) {
7251                 return false;
7252             }
7253             phy = p.next();
7254             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7255                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7256                 return false;
7257             }
7258             if ( !phy
7259                     .toNewHampshire()
7260                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7261                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7262                 return false;
7263             }
7264             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             if ( !phy.isRooted() ) {
7268                 return false;
7269             }
7270             //15
7271             if ( !p.hasNext() ) {
7272                 return false;
7273             }
7274             phy = p.next();
7275             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7276                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7277                 return false;
7278             }
7279             if ( !phy
7280                     .toNewHampshire()
7281                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7282                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7283                 return false;
7284             }
7285             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
7286                 return false;
7287             }
7288             if ( phy.isRooted() ) {
7289                 return false;
7290             }
7291             //16
7292             if ( !p.hasNext() ) {
7293                 return false;
7294             }
7295             phy = p.next();
7296             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7297                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7298                 return false;
7299             }
7300             if ( !phy
7301                     .toNewHampshire()
7302                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7303                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7304                 return false;
7305             }
7306             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
7307                 return false;
7308             }
7309             if ( !phy.isRooted() ) {
7310                 return false;
7311             }
7312             //17
7313             if ( !p.hasNext() ) {
7314                 return false;
7315             }
7316             phy = p.next();
7317             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7318                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7319                 return false;
7320             }
7321             if ( !phy
7322                     .toNewHampshire()
7323                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7324                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7325                 return false;
7326             }
7327             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
7328                 return false;
7329             }
7330             if ( phy.isRooted() ) {
7331                 return false;
7332             }
7333             //
7334             if ( p.hasNext() ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             phy = p.next();
7338             if ( phy != null ) {
7339                 return false;
7340             }
7341             p.reset();
7342             //0
7343             if ( !p.hasNext() ) {
7344                 return false;
7345             }
7346             phy = p.next();
7347             if ( phy == null ) {
7348                 return false;
7349             }
7350             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7351                 return false;
7352             }
7353             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
7354                 return false;
7355             }
7356             //1
7357             if ( !p.hasNext() ) {
7358                 return false;
7359             }
7360             phy = p.next();
7361             if ( phy == null ) {
7362                 return false;
7363             }
7364             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
7368                 return false;
7369             }
7370             //2
7371             if ( !p.hasNext() ) {
7372                 return false;
7373             }
7374             phy = p.next();
7375             if ( phy == null ) {
7376                 return false;
7377             }
7378             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7379                 return false;
7380             }
7381             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7382                 return false;
7383             }
7384             if ( phy.isRooted() ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             //3
7388             if ( !p.hasNext() ) {
7389                 return false;
7390             }
7391             phy = p.next();
7392             if ( phy == null ) {
7393                 return false;
7394             }
7395             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7396                 return false;
7397             }
7398             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7399                 return false;
7400             }
7401             if ( !phy.isRooted() ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             //4
7405             if ( !p.hasNext() ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             phy = p.next();
7409             if ( phy == null ) {
7410                 return false;
7411             }
7412             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7413                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7414                 return false;
7415             }
7416             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7417                 return false;
7418             }
7419             if ( !phy.isRooted() ) {
7420                 return false;
7421             }
7422             //5
7423             if ( !p.hasNext() ) {
7424                 return false;
7425             }
7426             phy = p.next();
7427             if ( phy == null ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7431                 return false;
7432             }
7433             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7434                 return false;
7435             }
7436             if ( phy.isRooted() ) {
7437                 return false;
7438             }
7439             //
7440             final NexusPhylogeniesParser p2 = new NexusPhylogeniesParser();
7441             p2.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S15613.nex" );
7442             // 0
7443             if ( !p2.hasNext() ) {
7444                 return false;
7445             }
7446             phy = p2.next();
7447             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phy.getNode( "Diadocidia_spinosula" ).getDistanceToParent() ) ) {
7448                 return false;
7449             }
7450             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phy.getNode( "Diadocidia_stanfordensis" ).getDistanceToParent() ) ) {
7451                 return false;
7452             }
7453             // 1
7454             if ( !p2.hasNext() ) {
7455                 return false;
7456             }
7457             phy = p2.next();
7458             // 2
7459             if ( !p2.hasNext() ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             phy = p2.next();
7463             // 3
7464             if ( !p2.hasNext() ) {
7465                 return false;
7466             }
7467             phy = p2.next();
7468             // 4
7469             if ( !p2.hasNext() ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             phy = p2.next();
7473             // 5
7474             if ( !p2.hasNext() ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             phy = p2.next();
7478             // 6
7479             if ( !p2.hasNext() ) {
7480                 return false;
7481             }
7482             phy = p2.next();
7483             // 7
7484             if ( !p2.hasNext() ) {
7485                 return false;
7486             }
7487             phy = p2.next();
7488             // 8
7489             if ( !p2.hasNext() ) {
7490                 return false;
7491             }
7492             phy = p2.next();
7493             if ( !isEqual( 0.065284, phy.getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
7494                 return false;
7495             }
7496             if ( p2.hasNext() ) {
7497                 return false;
7498             }
7499             phy = p2.next();
7500             if ( phy != null ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             // 0
7504             p2.reset();
7505             if ( !p2.hasNext() ) {
7506                 return false;
7507             }
7508             phy = p2.next();
7509             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phy.getNode( "Diadocidia_spinosula" ).getDistanceToParent() ) ) {
7510                 return false;
7511             }
7512             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phy.getNode( "Diadocidia_stanfordensis" ).getDistanceToParent() ) ) {
7513                 return false;
7514             }
7515         }
7516         catch ( final Exception e ) {
7517             e.printStackTrace( System.out );
7518             return false;
7519         }
7520         return true;
7521     }
7522
7523     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
7524         try {
7525             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7526             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
7527             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
7528             if ( phylogenies.length != 1 ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7532                 return false;
7533             }
7534             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7538                 return false;
7539             }
7540             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7541                 return false;
7542             }
7543             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7544                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             phylogenies = null;
7548             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
7549             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7550                 return false;
7551             }
7552             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7553                 return false;
7554             }
7555             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7556                 return false;
7557             }
7558             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7559                 return false;
7560             }
7561             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7562                 return false;
7563             }
7564             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7565                 return false;
7566             }
7567             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7568                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7569                 return false;
7570             }
7571             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7572                 return false;
7573             }
7574             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7575                 return false;
7576             }
7577             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7578                 return false;
7579             }
7580             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7581                 return false;
7582             }
7583             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7584                 return false;
7585             }
7586             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7587                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7591                 return false;
7592             }
7593             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7594                 return false;
7595             }
7596             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7597                 return false;
7598             }
7599             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7600                 return false;
7601             }
7602             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7603                 return false;
7604             }
7605             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7606                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7607                 return false;
7608             }
7609             phylogenies = null;
7610             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7611             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7612                 return false;
7613             }
7614             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7615                 return false;
7616             }
7617             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7618                 return false;
7619             }
7620             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7621                 return false;
7622             }
7623             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7624                 return false;
7625             }
7626             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7627                 return false;
7628             }
7629             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7630                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7631                 return false;
7632             }
7633             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7634                 return false;
7635             }
7636             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7637                 return false;
7638             }
7639             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7643                 return false;
7644             }
7645             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7646                 return false;
7647             }
7648             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7649                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7650                 return false;
7651             }
7652             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7653                 return false;
7654             }
7655             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7659                 return false;
7660             }
7661             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7665                 return false;
7666             }
7667             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7668                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7669                 return false;
7670             }
7671             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S14117.nex", parser );
7672             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7673                 return false;
7674             }
7675             if ( !isEqual( phylogenies[ 2 ].getNode( "Aloysia lycioides 251-76-02169" ).getDistanceToParent(),
7676                            0.00100049 ) ) {
7677                 return false;
7678             }
7679         }
7680         catch ( final Exception e ) {
7681             e.printStackTrace( System.out );
7682             return false;
7683         }
7684         return true;
7685     }
7686
7687     private static boolean testNHParsing() {
7688         try {
7689             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7690             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7691             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7692                 return false;
7693             }
7694             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7695             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7696             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7697             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7698             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7699                 return false;
7700             }
7701             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             final Phylogeny p1b = factory
7705                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7706                              new NHXParser() )[ 0 ];
7707             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7714             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7715             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7716             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7717             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7718             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7719             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7720             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7721             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7722             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7723             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7724                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7725                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7726                                                     new NHXParser() );
7727             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7728                 return false;
7729             }
7730             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7734                 return false;
7735             }
7736             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7740             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7741             final String p16_S = "((A,B),C)";
7742             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7743             if ( p16.length != 1 ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7750             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7751             if ( p17.length != 1 ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7758             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7759             if ( p18.length != 1 ) {
7760                 return false;
7761             }
7762             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7763                 return false;
7764             }
7765             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7766             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7767             if ( p19.length != 1 ) {
7768                 return false;
7769             }
7770             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7771                 return false;
7772             }
7773             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7774             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7775             if ( p20.length != 1 ) {
7776                 return false;
7777             }
7778             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7782             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7783             if ( p21.length != 1 ) {
7784                 return false;
7785             }
7786             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7787                 return false;
7788             }
7789             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7790             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7791             if ( p22.length != 1 ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7798             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7799             if ( p23.length != 1 ) {
7800                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7801                 System.exit( -1 );
7802                 return false;
7803             }
7804             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7805                 return false;
7806             }
7807             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7808             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7809             if ( p24.length != 1 ) {
7810                 return false;
7811             }
7812             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7813                 return false;
7814             }
7815             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7816             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7817             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7818             if ( p241.length != 2 ) {
7819                 return false;
7820             }
7821             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7822                 return false;
7823             }
7824             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7825                 return false;
7826             }
7827             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7828                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7829                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7830                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7831                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7832                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7833                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7834                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7835             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7836             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7837                 return false;
7838             }
7839             final String p26_S = "(A,B)ab";
7840             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7841             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7842                 return false;
7843             }
7844             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7845             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7846             if ( p27s.length != 1 ) {
7847                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7848                 System.exit( -1 );
7849                 return false;
7850             }
7851             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7852                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7853                 System.exit( -1 );
7854                 return false;
7855             }
7856             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7857                                                     new NHXParser() );
7858             if ( p27.length != 1 ) {
7859                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7860                 System.exit( -1 );
7861                 return false;
7862             }
7863             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7864                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7865                 System.exit( -1 );
7866                 return false;
7867             }
7868             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7869             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7870             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7871             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7872             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7873                                                     new NHXParser() );
7874             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7875                 return false;
7876             }
7877             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7878                 return false;
7879             }
7880             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7881                 return false;
7882             }
7883             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7884                 return false;
7885             }
7886             if ( p28.length != 4 ) {
7887                 return false;
7888             }
7889             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7890             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7891             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7895             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7896             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7897                 return false;
7898             }
7899             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7900             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7901             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             final String p33_S = "A";
7905             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7906             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             final String p34_S = "B;";
7910             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7911             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7912                 return false;
7913             }
7914             final String p35_S = "B:0.2";
7915             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7916             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             final String p36_S = "(A)";
7920             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7921             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7922                 return false;
7923             }
7924             final String p37_S = "((A))";
7925             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7926             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7930             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7931             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7932                 return false;
7933             }
7934             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7935             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7936             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             final String p40_S = "(A,B,C)";
7940             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7941             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7945             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7946             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7947                 return false;
7948             }
7949             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7950             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7951             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7952                 return false;
7953             }
7954             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7955             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7956             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7957                 return false;
7958             }
7959             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7960             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7961             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7962                 return false;
7963             }
7964             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7965             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7966             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7967                 return false;
7968             }
7969             final String p46_S = "";
7970             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7971             if ( p46.length != 0 ) {
7972                 return false;
7973             }
7974             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7975             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7976                 return false;
7977             }
7978             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7979             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7980                 return false;
7981             }
7982             final Phylogeny p49 = factory
7983                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7984                              new NHXParser() )[ 0 ];
7985             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7986                 return false;
7987             }
7988             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7989             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7990                 return false;
7991             }
7992             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7993                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7994                 return false;
7995             }
7996             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7997                 return false;
7998             }
7999             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
8000                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
8001                 return false;
8002             }
8003             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
8004             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
8005                 return false;
8006             }
8007             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
8008             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
8009                 return false;
8010             }
8011             final Phylogeny p53 = factory
8012                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
8013                              new NHXParser() )[ 0 ];
8014             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
8015                 return false;
8016             }
8017             //
8018             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
8019             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
8020                 return false;
8021             }
8022             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
8023                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
8024                 return false;
8025             }
8026         }
8027         catch ( final Exception e ) {
8028             e.printStackTrace( System.out );
8029             return false;
8030         }
8031         return true;
8032     }
8033
8034     private static boolean testNHParsingIter() {
8035         try {
8036             final String p0_str = "(A,B);";
8037             final NHXParser p = new NHXParser();
8038             p.setSource( p0_str );
8039             if ( !p.hasNext() ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             final Phylogeny p0 = p.next();
8043             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
8044                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
8045                 return false;
8046             }
8047             if ( p.hasNext() ) {
8048                 return false;
8049             }
8050             if ( p.next() != null ) {
8051                 return false;
8052             }
8053             //
8054             final String p00_str = "(A,B)root;";
8055             p.setSource( p00_str );
8056             final Phylogeny p00 = p.next();
8057             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
8058                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
8059                 return false;
8060             }
8061             //
8062             final String p000_str = "A;";
8063             p.setSource( p000_str );
8064             final Phylogeny p000 = p.next();
8065             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
8066                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
8067                 return false;
8068             }
8069             //
8070             final String p0000_str = "A";
8071             p.setSource( p0000_str );
8072             final Phylogeny p0000 = p.next();
8073             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
8074                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
8075                 return false;
8076             }
8077             //
8078             p.setSource( "(A)" );
8079             final Phylogeny p00000 = p.next();
8080             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
8081                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
8082                 return false;
8083             }
8084             //
8085             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
8086             p.setSource( p1_str );
8087             if ( !p.hasNext() ) {
8088                 return false;
8089             }
8090             final Phylogeny p1_0 = p.next();
8091             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8092                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
8093                 return false;
8094             }
8095             if ( !p.hasNext() ) {
8096                 return false;
8097             }
8098             final Phylogeny p1_1 = p.next();
8099             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8100                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
8101                 return false;
8102             }
8103             if ( !p.hasNext() ) {
8104                 return false;
8105             }
8106             final Phylogeny p1_2 = p.next();
8107             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
8108                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
8109                 return false;
8110             }
8111             if ( !p.hasNext() ) {
8112                 return false;
8113             }
8114             final Phylogeny p1_3 = p.next();
8115             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
8116                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
8117                 return false;
8118             }
8119             if ( p.hasNext() ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             if ( p.next() != null ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             //
8126             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
8127             p.setSource( p2_str );
8128             if ( !p.hasNext() ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             Phylogeny p2_0 = p.next();
8132             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
8133                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
8134                 return false;
8135             }
8136             if ( !p.hasNext() ) {
8137                 return false;
8138             }
8139             Phylogeny p2_1 = p.next();
8140             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8141                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
8142                 return false;
8143             }
8144             if ( !p.hasNext() ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             Phylogeny p2_2 = p.next();
8148             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
8149                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
8150                 return false;
8151             }
8152             if ( !p.hasNext() ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             Phylogeny p2_3 = p.next();
8156             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
8157                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
8158                 return false;
8159             }
8160             if ( !p.hasNext() ) {
8161                 return false;
8162             }
8163             Phylogeny p2_4 = p.next();
8164             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
8165                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
8166                 return false;
8167             }
8168             if ( p.hasNext() ) {
8169                 return false;
8170             }
8171             if ( p.next() != null ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             ////
8175             p.reset();
8176             if ( !p.hasNext() ) {
8177                 return false;
8178             }
8179             p2_0 = p.next();
8180             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
8181                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
8182                 return false;
8183             }
8184             if ( !p.hasNext() ) {
8185                 return false;
8186             }
8187             p2_1 = p.next();
8188             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8189                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
8190                 return false;
8191             }
8192             if ( !p.hasNext() ) {
8193                 return false;
8194             }
8195             p2_2 = p.next();
8196             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
8197                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
8198                 return false;
8199             }
8200             if ( !p.hasNext() ) {
8201                 return false;
8202             }
8203             p2_3 = p.next();
8204             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
8205                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
8206                 return false;
8207             }
8208             if ( !p.hasNext() ) {
8209                 return false;
8210             }
8211             p2_4 = p.next();
8212             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
8213                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
8214                 return false;
8215             }
8216             if ( p.hasNext() ) {
8217                 return false;
8218             }
8219             if ( p.next() != null ) {
8220                 return false;
8221             }
8222             //
8223             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
8224             p.setSource( p3_str );
8225             if ( !p.hasNext() ) {
8226                 return false;
8227             }
8228             final Phylogeny p3_0 = p.next();
8229             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
8230                 return false;
8231             }
8232             if ( p.hasNext() ) {
8233                 return false;
8234             }
8235             if ( p.next() != null ) {
8236                 return false;
8237             }
8238             //
8239             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
8240             p.setSource( p4_str );
8241             if ( !p.hasNext() ) {
8242                 return false;
8243             }
8244             final Phylogeny p4_0 = p.next();
8245             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
8246                 return false;
8247             }
8248             if ( p.hasNext() ) {
8249                 return false;
8250             }
8251             if ( p.next() != null ) {
8252                 return false;
8253             }
8254             //
8255             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
8256             p.setSource( p5_str );
8257             if ( !p.hasNext() ) {
8258                 return false;
8259             }
8260             final Phylogeny p5_0 = p.next();
8261             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
8262                 return false;
8263             }
8264             if ( p.hasNext() ) {
8265                 return false;
8266             }
8267             if ( p.next() != null ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             //
8271             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
8272             p.setSource( p6_str );
8273             if ( !p.hasNext() ) {
8274                 return false;
8275             }
8276             Phylogeny p6_0 = p.next();
8277             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             if ( p.hasNext() ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( p.next() != null ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             p.reset();
8287             if ( !p.hasNext() ) {
8288                 return false;
8289             }
8290             p6_0 = p.next();
8291             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             if ( p.hasNext() ) {
8295                 return false;
8296             }
8297             if ( p.next() != null ) {
8298                 return false;
8299             }
8300             //
8301             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
8302             p.setSource( p7_str );
8303             if ( !p.hasNext() ) {
8304                 return false;
8305             }
8306             Phylogeny p7_0 = p.next();
8307             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8308                 return false;
8309             }
8310             if ( p.hasNext() ) {
8311                 return false;
8312             }
8313             if ( p.next() != null ) {
8314                 return false;
8315             }
8316             p.reset();
8317             if ( !p.hasNext() ) {
8318                 return false;
8319             }
8320             p7_0 = p.next();
8321             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8322                 return false;
8323             }
8324             if ( p.hasNext() ) {
8325                 return false;
8326             }
8327             if ( p.next() != null ) {
8328                 return false;
8329             }
8330             //
8331             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
8332             p.setSource( p8_str );
8333             if ( !p.hasNext() ) {
8334                 return false;
8335             }
8336             Phylogeny p8_0 = p.next();
8337             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8338                 return false;
8339             }
8340             if ( !p.hasNext() ) {
8341                 return false;
8342             }
8343             if ( !p.hasNext() ) {
8344                 return false;
8345             }
8346             Phylogeny p8_1 = p.next();
8347             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
8348                 return false;
8349             }
8350             if ( p.hasNext() ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             if ( p.next() != null ) {
8354                 return false;
8355             }
8356             p.reset();
8357             if ( !p.hasNext() ) {
8358                 return false;
8359             }
8360             p8_0 = p.next();
8361             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8362                 return false;
8363             }
8364             if ( !p.hasNext() ) {
8365                 return false;
8366             }
8367             p8_1 = p.next();
8368             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
8369                 return false;
8370             }
8371             if ( p.hasNext() ) {
8372                 return false;
8373             }
8374             if ( p.next() != null ) {
8375                 return false;
8376             }
8377             p.reset();
8378             //
8379             p.setSource( "" );
8380             if ( p.hasNext() ) {
8381                 return false;
8382             }
8383             //
8384             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
8385             if ( !p.hasNext() ) {
8386                 return false;
8387             }
8388             Phylogeny p_27 = p.next();
8389             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
8390                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
8391                 System.exit( -1 );
8392                 return false;
8393             }
8394             if ( p.hasNext() ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             if ( p.next() != null ) {
8398                 return false;
8399             }
8400             p.reset();
8401             if ( !p.hasNext() ) {
8402                 return false;
8403             }
8404             p_27 = p.next();
8405             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
8406                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
8407                 System.exit( -1 );
8408                 return false;
8409             }
8410             if ( p.hasNext() ) {
8411                 return false;
8412             }
8413             if ( p.next() != null ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             //
8417             final String p30_str = "(A,B);(C,D)";
8418             final NHXParser p30 = new NHXParser();
8419             p30.setSource( p30_str );
8420             if ( !p30.hasNext() ) {
8421                 return false;
8422             }
8423             Phylogeny phy30 = p30.next();
8424             if ( !phy30.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8425                 System.out.println( phy30.toNewHampshire() );
8426                 return false;
8427             }
8428             if ( !p30.hasNext() ) {
8429                 return false;
8430             }
8431             Phylogeny phy301 = p30.next();
8432             if ( !phy301.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8433                 System.out.println( phy301.toNewHampshire() );
8434                 return false;
8435             }
8436             if ( p30.hasNext() ) {
8437                 return false;
8438             }
8439             if ( p30.hasNext() ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             if ( p30.next() != null ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             if ( p30.next() != null ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             p30.reset();
8449             if ( !p30.hasNext() ) {
8450                 return false;
8451             }
8452             phy30 = p30.next();
8453             if ( !phy30.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8454                 System.out.println( phy30.toNewHampshire() );
8455                 return false;
8456             }
8457             if ( !p30.hasNext() ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             phy301 = p30.next();
8461             if ( !phy301.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8462                 System.out.println( phy301.toNewHampshire() );
8463                 return false;
8464             }
8465             if ( p30.hasNext() ) {
8466                 return false;
8467             }
8468             if ( p30.hasNext() ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( p30.next() != null ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( p30.next() != null ) {
8475                 return false;
8476             }
8477         }
8478         catch ( final Exception e ) {
8479             e.printStackTrace( System.out );
8480             return false;
8481         }
8482         return true;
8483     }
8484
8485     private static boolean testNHXconversion() {
8486         try {
8487             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
8488             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
8489             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
8490             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
8491             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
8492                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
8493             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
8494                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8495             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
8496                 return false;
8497             }
8498             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
8499                 return false;
8500             }
8501             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
8502                 return false;
8503             }
8504             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
8505                 return false;
8506             }
8507             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
8508                 return false;
8509             }
8510             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
8511                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
8512                 return false;
8513             }
8514         }
8515         catch ( final Exception e ) {
8516             e.printStackTrace( System.out );
8517             return false;
8518         }
8519         return true;
8520     }
8521
8522     private static boolean testNHXNodeParsing() {
8523         try {
8524             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
8525             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
8526             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
8527             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
8528             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
8529                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
8530             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( n3.isDuplication() ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
8540                 return false;
8541             }
8542             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
8543                 return false;
8544             }
8545             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
8546                 return false;
8547             }
8548             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
8549                 return false;
8550             }
8551             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
8552                 return false;
8553             }
8554             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
8555                 return false;
8556             }
8557             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
8558                 return false;
8559             }
8560             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
8561                 return false;
8562             }
8563             if ( !n5.isDuplication() ) {
8564                 return false;
8565             }
8566             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
8567                 return false;
8568             }
8569             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
8570                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
8571                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8572             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8573                 return false;
8574             }
8575             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8576                 return false;
8577             }
8578             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
8579                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
8580                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8581             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
8582                 return false;
8583             }
8584             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8585                 return false;
8586             }
8587             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
8588                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8589             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
8590                 return false;
8591             }
8592             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
8593                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8594             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8595                 return false;
8596             }
8597             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8598                 return false;
8599             }
8600             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
8601                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8602             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
8603                 return false;
8604             }
8605             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
8606                 return false;
8607             }
8608             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
8609                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8610             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
8611                 return false;
8612             }
8613             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
8617                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8618             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
8619                 return false;
8620             }
8621             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
8622                 return false;
8623             }
8624             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
8625                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8626             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
8627                 return false;
8628             }
8629             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
8630                 return false;
8631             }
8632             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
8633                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8634             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
8638                 return false;
8639             }
8640             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
8641                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8642             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
8643                 return false;
8644             }
8645             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8649                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8650             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8651                 return false;
8652             }
8653             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8654                 return false;
8655             }
8656             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8657                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8658             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8659                 return false;
8660             }
8661             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8662                 return false;
8663             }
8664             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8665                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8666             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8670                 return false;
8671             }
8672             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8673                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8674                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8675             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8679                 return false;
8680             }
8681             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8682                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8683                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8684             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8685                 return false;
8686             }
8687             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8688                 return false;
8689             }
8690             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8691                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8692             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8693                 return false;
8694             }
8695             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8696                 return false;
8697             }
8698             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8699                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8700                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8701             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8702                 return false;
8703             }
8704             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8708                 return false;
8709             }
8710             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8711                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8712                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8713             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8714                 return false;
8715             }
8716             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8717                 return false;
8718             }
8719             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8720                 return false;
8721             }
8722             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8723                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8724             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8725                 return false;
8726             }
8727             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8728                 return false;
8729             }
8730             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8731                 return false;
8732             }
8733             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8734                 return false;
8735             }
8736             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8737                 return false;
8738             }
8739             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8740                 return false;
8741             }
8742             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8743                 return false;
8744             }
8745             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8746                 return false;
8747             }
8748             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8749                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8750             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8751                 return false;
8752             }
8753             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8754                 return false;
8755             }
8756             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8757             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8758                 return false;
8759             }
8760             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8761                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8762             if ( !n13.getName().equals( "BLAH_12345/1-2" ) ) {
8763                 return false;
8764             }
8765             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8766                 return false;
8767             }
8768             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8769                 return false;
8770             }
8771             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8772                 return false;
8773             }
8774             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8775                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8776             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8777                 return false;
8778             }
8779             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8780                 return false;
8781             }
8782             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8783                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8784                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8785             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8786                 return false;
8787             }
8788             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8789                 return false;
8790             }
8791             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8792                 return false;
8793             }
8794             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8795                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8796                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8797             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8798                 return false;
8799             }
8800             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8801                 return false;
8802             }
8803             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8804                 return false;
8805             }
8806             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8807                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8808                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8809             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8810                 return false;
8811             }
8812             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8813                 return false;
8814             }
8815             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8816                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8817             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8818                 return false;
8819             }
8820             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8827                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8828             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8829                 return false;
8830             }
8831             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8832                 return false;
8833             }
8834             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8835                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_1234567-roejojoej",
8836                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8837             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8838                 return false;
8839             }
8840             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8841                 return false;
8842             }
8843             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8844                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_12345678-roejojoej",
8845                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8846             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8847                 return false;
8848             }
8849             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8850                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8851             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8852                 return false;
8853             }
8854             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8855                     .createInstanceFromNhxString( "BCL2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8856             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8857                 return false;
8858             }
8859             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8860                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8861             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8862                 return false;
8863             }
8864             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8865                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8866             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8867                 return false;
8868             }
8869             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8870                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8871             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8872                 return false;
8873             }
8874             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8875                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8876             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8877                 return false;
8878             }
8879         }
8880         catch ( final Exception e ) {
8881             e.printStackTrace( System.out );
8882             return false;
8883         }
8884         return true;
8885     }
8886
8887     private static boolean testNHXParsing() {
8888         try {
8889             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8890             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8891             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8892                 return false;
8893             }
8894             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8895             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8896             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8897                 return false;
8898             }
8899             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8900             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8901             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8902                 return false;
8903             }
8904             final Phylogeny[] p3 = factory
8905                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8906                              new NHXParser() );
8907             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8908                 return false;
8909             }
8910             final Phylogeny[] p4 = factory
8911                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8912                              new NHXParser() );
8913             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8914                 return false;
8915             }
8916             final Phylogeny[] p5 = factory
8917                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8918                              new NHXParser() );
8919             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8920                 return false;
8921             }
8922             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8923             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8924             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8925             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8926                 return false;
8927             }
8928             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8929             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8930             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8931             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8932                 return false;
8933             }
8934             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8935             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8936             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8937             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8938                 return false;
8939             }
8940             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8941             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8942                 return false;
8943             }
8944             final Phylogeny p10 = factory
8945                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8946                              new NHXParser() )[ 0 ];
8947             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8948                 return false;
8949             }
8950         }
8951         catch ( final Exception e ) {
8952             e.printStackTrace( System.out );
8953             return false;
8954         }
8955         return true;
8956     }
8957
8958     private static boolean testNHXParsingMB() {
8959         try {
8960             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8961             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8962                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8963                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8964                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8965                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8966                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8967                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8968                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8969                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8970             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8971                 return false;
8972             }
8973             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8974                 return false;
8975             }
8976             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8977                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8978                 return false;
8979             }
8980             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8981                 return false;
8982             }
8983             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8984                 return false;
8985             }
8986             final Phylogeny p2 = factory
8987                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8988                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8989                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8990                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8991                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8992                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8993                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8994                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8995                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8996                              new NHXParser() )[ 0 ];
8997             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8998                 return false;
8999             }
9000             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
9001                 return false;
9002             }
9003         }
9004         catch ( final Exception e ) {
9005             e.printStackTrace( System.out );
9006             System.exit( -1 );
9007             return false;
9008         }
9009         return true;
9010     }
9011
9012     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
9013         try {
9014             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9015             final NHXParser p = new NHXParser();
9016             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
9017             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
9018                 return false;
9019             }
9020             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
9021             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
9022                 return false;
9023             }
9024             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
9025                 return false;
9026             }
9027             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
9028                 return false;
9029             }
9030             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
9031                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
9032                 return false;
9033             }
9034             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
9035                 return false;
9036             }
9037             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
9038                 return false;
9039             }
9040             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
9041                 return false;
9042             }
9043             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
9044                 return false;
9045             }
9046             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
9047                 return false;
9048             }
9049             final NHXParser p1p = new NHXParser();
9050             p1p.setIgnoreQuotes( true );
9051             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
9052             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
9053                 return false;
9054             }
9055             final NHXParser p2p = new NHXParser();
9056             p1p.setIgnoreQuotes( false );
9057             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
9058             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
9059                 return false;
9060             }
9061             final NHXParser p3p = new NHXParser();
9062             p3p.setIgnoreQuotes( false );
9063             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
9064             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
9065                 return false;
9066             }
9067             final NHXParser p4p = new NHXParser();
9068             p4p.setIgnoreQuotes( false );
9069             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
9070             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
9071                 return false;
9072             }
9073             final Phylogeny p10 = factory
9074                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
9075                              new NHXParser() )[ 0 ];
9076             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
9077             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
9078                 return false;
9079             }
9080             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
9081             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
9082                 return false;
9083             }
9084             //
9085             final Phylogeny p12 = factory
9086                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
9087                              new NHXParser() )[ 0 ];
9088             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
9089             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
9090                 return false;
9091             }
9092             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
9093             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
9094                 return false;
9095             }
9096             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
9097             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
9098                 return false;
9099             }
9100             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
9101             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
9102                 return false;
9103             }
9104         }
9105         catch ( final Exception e ) {
9106             e.printStackTrace( System.out );
9107             return false;
9108         }
9109         return true;
9110     }
9111
9112     private static boolean testNodeRemoval() {
9113         try {
9114             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9115             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
9116             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
9117             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
9118                 return false;
9119             }
9120             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
9121             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
9122             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
9123                 return false;
9124             }
9125             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
9126             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
9127             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
9128                 return false;
9129             }
9130         }
9131         catch ( final Exception e ) {
9132             e.printStackTrace( System.out );
9133             return false;
9134         }
9135         return true;
9136     }
9137
9138     private static boolean testPhylogenyBranch() {
9139         try {
9140             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
9141             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
9142             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
9143             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
9144             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
9145                 return false;
9146             }
9147             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
9148                 return false;
9149             }
9150             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
9151                 return false;
9152             }
9153             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
9154             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
9155             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
9156             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
9157                 return false;
9158             }
9159             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
9160                 return false;
9161             }
9162             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
9163             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
9164                 return false;
9165             }
9166             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
9167                 return false;
9168             }
9169             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
9170                 return false;
9171             }
9172         }
9173         catch ( final Exception e ) {
9174             e.printStackTrace( System.out );
9175             return false;
9176         }
9177         return true;
9178     }
9179
9180     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
9181         try {
9182             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9183             PhyloXmlParser xml_parser = null;
9184             try {
9185                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
9186             }
9187             catch ( final Exception e ) {
9188                 // Do nothing -- means were not running from jar.
9189             }
9190             if ( xml_parser == null ) {
9191                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
9192                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
9193                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
9194                 }
9195                 else {
9196                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
9197                 }
9198             }
9199             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
9200                                                               xml_parser );
9201             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
9202                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
9203                 return false;
9204             }
9205             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
9206                 return false;
9207             }
9208             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
9209             PhylogenyNode n = null;
9210             Distribution d = null;
9211             n = t1.getNode( "root node" );
9212             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9213                 return false;
9214             }
9215             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9216                 return false;
9217             }
9218             d = n.getNodeData().getDistribution();
9219             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
9220                 return false;
9221             }
9222             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9223                 return false;
9224             }
9225             if ( d.getPolygons() != null ) {
9226                 return false;
9227             }
9228             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
9229                 return false;
9230             }
9231             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9232                 return false;
9233             }
9234             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9235                 return false;
9236             }
9237             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
9238                 return false;
9239             }
9240             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
9241                 return false;
9242             }
9243             n = t1.getNode( "node a" );
9244             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9245                 return false;
9246             }
9247             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
9248                 return false;
9249             }
9250             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
9251             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
9252                 return false;
9253             }
9254             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9255                 return false;
9256             }
9257             if ( d.getPolygons() != null ) {
9258                 return false;
9259             }
9260             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
9261                 return false;
9262             }
9263             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9264                 return false;
9265             }
9266             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9267                 return false;
9268             }
9269             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
9270                 return false;
9271             }
9272             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
9273                 return false;
9274             }
9275             n = t1.getNode( "node bb" );
9276             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9277                 return false;
9278             }
9279             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9280                 return false;
9281             }
9282             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
9283             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
9284                 return false;
9285             }
9286             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
9287                 return false;
9288             }
9289             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
9290                 return false;
9291             }
9292             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
9293                 return false;
9294             }
9295             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
9296                 return false;
9297             }
9298             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
9299                 return false;
9300             }
9301             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
9302                 return false;
9303             }
9304             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
9305                 return false;
9306             }
9307             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
9308             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9309                 return false;
9310             }
9311             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
9312                 return false;
9313             }
9314             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
9315                 return false;
9316             }
9317             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9318                 return false;
9319             }
9320             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
9321                 return false;
9322             }
9323             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
9324                 return false;
9325             }
9326             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
9327                 return false;
9328             }
9329             p = d.getPolygons().get( 1 );
9330             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9331                 return false;
9332             }
9333             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
9334                 return false;
9335             }
9336             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
9337                 return false;
9338             }
9339             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9340                 return false;
9341             }
9342             // Roundtrip:
9343             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
9344             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
9345             if ( rt.length != 1 ) {
9346                 return false;
9347             }
9348             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
9349             n = t1_rt.getNode( "root node" );
9350             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9351                 return false;
9352             }
9353             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9354                 return false;
9355             }
9356             d = n.getNodeData().getDistribution();
9357             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
9358                 return false;
9359             }
9360             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9361                 return false;
9362             }
9363             if ( d.getPolygons() != null ) {
9364                 return false;
9365             }
9366             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
9367                 return false;
9368             }
9369             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9370                 return false;
9371             }
9372             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9373                 return false;
9374             }
9375             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
9376                 return false;
9377             }
9378             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
9379                 return false;
9380             }
9381             n = t1_rt.getNode( "node a" );
9382             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9383                 return false;
9384             }
9385             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
9386                 return false;
9387             }
9388             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
9389             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
9390                 return false;
9391             }
9392             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9393                 return false;
9394             }
9395             if ( d.getPolygons() != null ) {
9396                 return false;
9397             }
9398             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
9399                 return false;
9400             }
9401             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9402                 return false;
9403             }
9404             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9405                 return false;
9406             }
9407             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
9408                 return false;
9409             }
9410             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
9411                 return false;
9412             }
9413             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
9414             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9415                 return false;
9416             }
9417             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9418                 return false;
9419             }
9420             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
9421             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
9422                 return false;
9423             }
9424             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
9425                 return false;
9426             }
9427             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
9428                 return false;
9429             }
9430             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
9431                 return false;
9432             }
9433             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
9434                 return false;
9435             }
9436             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
9437                 return false;
9438             }
9439             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
9440                 return false;
9441             }
9442             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
9443                 return false;
9444             }
9445             p = d.getPolygons().get( 0 );
9446             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9447                 return false;
9448             }
9449             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
9450                 return false;
9451             }
9452             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
9453                 return false;
9454             }
9455             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9456                 return false;
9457             }
9458             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
9459                 return false;
9460             }
9461             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
9462                 return false;
9463             }
9464             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
9465                 return false;
9466             }
9467             p = d.getPolygons().get( 1 );
9468             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9469                 return false;
9470             }
9471             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
9472                 return false;
9473             }
9474             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
9475                 return false;
9476             }
9477             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9478                 return false;
9479             }
9480         }
9481         catch ( final Exception e ) {
9482             e.printStackTrace( System.out );
9483             return false;
9484         }
9485         return true;
9486     }
9487
9488     private static boolean testPostOrderIterator() {
9489         try {
9490             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9491             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9492             PhylogenyNodeIterator it0;
9493             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
9494                 it0.next();
9495             }
9496             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
9497                 it0.next();
9498             }
9499             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9500             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
9501             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9502                 return false;
9503             }
9504             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9505                 return false;
9506             }
9507             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9508                 return false;
9509             }
9510             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9511                 return false;
9512             }
9513             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9514                 return false;
9515             }
9516             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9517                 return false;
9518             }
9519             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
9520                 return false;
9521             }
9522             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9523                 return false;
9524             }
9525             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9526                 return false;
9527             }
9528             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9529                 return false;
9530             }
9531             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9532                 return false;
9533             }
9534             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9535                 return false;
9536             }
9537             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9538                 return false;
9539             }
9540             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9541                 return false;
9542             }
9543             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9544                 return false;
9545             }
9546             if ( it.hasNext() ) {
9547                 return false;
9548             }
9549         }
9550         catch ( final Exception e ) {
9551             e.printStackTrace( System.out );
9552             return false;
9553         }
9554         return true;
9555     }
9556
9557     private static boolean testPreOrderIterator() {
9558         try {
9559             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9560             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9561             PhylogenyNodeIterator it0;
9562             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
9563                 it0.next();
9564             }
9565             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
9566                 it0.next();
9567             }
9568             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
9569             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9570                 return false;
9571             }
9572             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9573                 return false;
9574             }
9575             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9576                 return false;
9577             }
9578             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9579                 return false;
9580             }
9581             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9582                 return false;
9583             }
9584             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9585                 return false;
9586             }
9587             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9588                 return false;
9589             }
9590             if ( it.hasNext() ) {
9591                 return false;
9592             }
9593             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9594             it = t1.iteratorPreorder();
9595             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9596                 return false;
9597             }
9598             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
9599                 return false;
9600             }
9601             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9602                 return false;
9603             }
9604             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9605                 return false;
9606             }
9607             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9608                 return false;
9609             }
9610             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9611                 return false;
9612             }
9613             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9614                 return false;
9615             }
9616             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9617                 return false;
9618             }
9619             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9620                 return false;
9621             }
9622             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9623                 return false;
9624             }
9625             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9626                 return false;
9627             }
9628             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9629                 return false;
9630             }
9631             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9632                 return false;
9633             }
9634             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9635                 return false;
9636             }
9637             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9638                 return false;
9639             }
9640             if ( it.hasNext() ) {
9641                 return false;
9642             }
9643         }
9644         catch ( final Exception e ) {
9645             e.printStackTrace( System.out );
9646             return false;
9647         }
9648         return true;
9649     }
9650
9651     private static boolean testPropertiesMap() {
9652         try {
9653             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9654             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9655             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9656             final Property p2 = new Property( "something:else",
9657                                               "?",
9658                                               "improbable:research",
9659                                               "xsd:decimal",
9660                                               AppliesTo.NODE );
9661             pm.addProperty( p0 );
9662             pm.addProperty( p1 );
9663             pm.addProperty( p2 );
9664             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9665                 return false;
9666             }
9667             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9668                 return false;
9669             }
9670             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9671                 return false;
9672             }
9673             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9674                 return false;
9675             }
9676             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9677                 return false;
9678             }
9679             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9680                 return false;
9681             }
9682             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9683             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9684                 return false;
9685             }
9686             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9687                 return false;
9688             }
9689             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9690                 return false;
9691             }
9692         }
9693         catch ( final Exception e ) {
9694             e.printStackTrace( System.out );
9695             return false;
9696         }
9697         return true;
9698     }
9699
9700     private static boolean testProteinId() {
9701         try {
9702             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9703             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9704             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9705             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9706             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9707                 return false;
9708             }
9709             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9710                 return false;
9711             }
9712             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9713                 return false;
9714             }
9715             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9716                 return false;
9717             }
9718             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9719                 return false;
9720             }
9721             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9722                 return false;
9723             }
9724             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9725                 return false;
9726             }
9727             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9728                 return false;
9729             }
9730             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9731                 return false;
9732             }
9733             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9734                 return false;
9735             }
9736             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9737                 return false;
9738             }
9739             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9740                 return false;
9741             }
9742             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9743                 return false;
9744             }
9745             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9746                 return false;
9747             }
9748             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9749             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9750                 return false;
9751             }
9752             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9753                 return false;
9754             }
9755         }
9756         catch ( final Exception e ) {
9757             e.printStackTrace( System.out );
9758             return false;
9759         }
9760         return true;
9761     }
9762
9763     private static boolean testReIdMethods() {
9764         try {
9765             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9766             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9767             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9768             p.levelOrderReID();
9769             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9770                 return false;
9771             }
9772             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9773                 return false;
9774             }
9775             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9776                 return false;
9777             }
9778             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9779                 return false;
9780             }
9781             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9782                 return false;
9783             }
9784             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9785                 return false;
9786             }
9787             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9788                 return false;
9789             }
9790             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9791                 return false;
9792             }
9793             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9794                 return false;
9795             }
9796             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9797                 return false;
9798             }
9799             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9800                 return false;
9801             }
9802             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9803                 return false;
9804             }
9805             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9806                 return false;
9807             }
9808             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9809                 return false;
9810             }
9811             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9812                 return false;
9813             }
9814         }
9815         catch ( final Exception e ) {
9816             e.printStackTrace( System.out );
9817             return false;
9818         }
9819         return true;
9820     }
9821
9822     private static boolean testRerooting() {
9823         try {
9824             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9825             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9826                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9827             if ( !t1.isRooted() ) {
9828                 return false;
9829             }
9830             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9831             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9832             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9833             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9834             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9835             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9836             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9837             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9838             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9839             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9840             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9841             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9842             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9843             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9844             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9845             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9846             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9847             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9848             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9849             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9850             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9851             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9852             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9853             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9854             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9855             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9856             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9857             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9858             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9859                 return false;
9860             }
9861             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9862                 return false;
9863             }
9864             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9865                 return false;
9866             }
9867             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9868                 return false;
9869             }
9870             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9871                 return false;
9872             }
9873             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9874                 return false;
9875             }
9876             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9877                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9878             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9879             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9880             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9881             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9882             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9883             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9884             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9885             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9886             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9887             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9888             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9889             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9890             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9891             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9892             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9893             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9894             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9895             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9896             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9897             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9898             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9899             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9900             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9901             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9902             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9903             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9904             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9905             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9906             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9907             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9908             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9909             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9910             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9911             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9912             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9913             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9914             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9915             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9916             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9917             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9918             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9919             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9920             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9921             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9922             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9923             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9924                 return false;
9925             }
9926             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9927                 return false;
9928             }
9929             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9930             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9931                 return false;
9932             }
9933             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9934                 return false;
9935             }
9936             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9937             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9938                 return false;
9939             }
9940             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9941                 return false;
9942             }
9943             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9944                 return false;
9945             }
9946             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9947             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9948                 return false;
9949             }
9950             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9951                 return false;
9952             }
9953             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9954                 return false;
9955             }
9956             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9957             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9958                 return false;
9959             }
9960             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9961                 return false;
9962             }
9963             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9964             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9965                 return false;
9966             }
9967             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9968                 return false;
9969             }
9970             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9971                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9972             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9973             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9974                 return false;
9975             }
9976             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9977                 return false;
9978             }
9979             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9980                 return false;
9981             }
9982             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9983             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9984                 return false;
9985             }
9986             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9987                 return false;
9988             }
9989             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9990                 return false;
9991             }
9992             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9993             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9994                 return false;
9995             }
9996             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9997                 return false;
9998             }
9999             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
10000                 return false;
10001             }
10002         }
10003         catch ( final Exception e ) {
10004             e.printStackTrace( System.out );
10005             return false;
10006         }
10007         return true;
10008     }
10009
10010     private static boolean testSDIse() {
10011         try {
10012             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10013             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
10014             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
10015             gene1.setRooted( true );
10016             species1.setRooted( true );
10017             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
10018             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
10019                 return false;
10020             }
10021             final Phylogeny species2 = factory
10022                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10023                              new NHXParser() )[ 0 ];
10024             final Phylogeny gene2 = factory
10025                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10026                              new NHXParser() )[ 0 ];
10027             species2.setRooted( true );
10028             gene2.setRooted( true );
10029             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
10030             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
10031                 return false;
10032             }
10033             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
10034                 return false;
10035             }
10036             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
10037                 return false;
10038             }
10039             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
10040                 return false;
10041             }
10042             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
10043                 return false;
10044             }
10045             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
10046                 return false;
10047             }
10048             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
10049                 return false;
10050             }
10051             final Phylogeny species3 = factory
10052                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10053                              new NHXParser() )[ 0 ];
10054             final Phylogeny gene3 = factory
10055                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10056                              new NHXParser() )[ 0 ];
10057             species3.setRooted( true );
10058             gene3.setRooted( true );
10059             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
10060             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
10061                 return false;
10062             }
10063             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
10064                 return false;
10065             }
10066             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
10067                 return false;
10068             }
10069             final Phylogeny species4 = factory
10070                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10071                              new NHXParser() )[ 0 ];
10072             final Phylogeny gene4 = factory
10073                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10074                              new NHXParser() )[ 0 ];
10075             species4.setRooted( true );
10076             gene4.setRooted( true );
10077             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
10078             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
10079                 return false;
10080             }
10081             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
10082                 return false;
10083             }
10084             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
10085                 return false;
10086             }
10087             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
10088                 return false;
10089             }
10090             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10091                 return false;
10092             }
10093             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10094                 return false;
10095             }
10096             final Phylogeny species5 = factory
10097                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10098                              new NHXParser() )[ 0 ];
10099             final Phylogeny gene5 = factory
10100                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10101                              new NHXParser() )[ 0 ];
10102             species5.setRooted( true );
10103             gene5.setRooted( true );
10104             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
10105             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
10106                 return false;
10107             }
10108             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
10109                 return false;
10110             }
10111             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
10112                 return false;
10113             }
10114             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
10115                 return false;
10116             }
10117             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10118                 return false;
10119             }
10120             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10121                 return false;
10122             }
10123             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
10124             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
10125             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
10126             final Phylogeny species6 = factory
10127                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10128                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10129                              new NHXParser() )[ 0 ];
10130             final Phylogeny gene6 = factory
10131                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
10132                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
10133                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
10134                              new NHXParser() )[ 0 ];
10135             species6.setRooted( true );
10136             gene6.setRooted( true );
10137             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
10138             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
10139                 return false;
10140             }
10141             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
10142                 return false;
10143             }
10144             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10145                 return false;
10146             }
10147             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10148                 return false;
10149             }
10150             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
10151                 return false;
10152             }
10153             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
10154                 return false;
10155             }
10156             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
10157                 return false;
10158             }
10159             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
10160                 return false;
10161             }
10162             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
10163                 return false;
10164             }
10165             sdi6.computeMappingCostL();
10166             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
10167                 return false;
10168             }
10169             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
10170                 return false;
10171             }
10172             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
10173                 return false;
10174             }
10175             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
10176                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
10177                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
10178                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
10179                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
10180             species7.setRooted( true );
10181             final Phylogeny gene7_1 = Test
10182                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
10183             gene7_1.setRooted( true );
10184             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
10185             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
10186                 return false;
10187             }
10188             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
10189                 return false;
10190             }
10191             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
10192                 return false;
10193             }
10194             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
10195                 return false;
10196             }
10197             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
10198                 return false;
10199             }
10200             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
10201                 return false;
10202             }
10203             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
10204                 return false;
10205             }
10206             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
10207                 return false;
10208             }
10209             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
10210                 return false;
10211             }
10212             final Phylogeny gene7_2 = Test
10213                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
10214             gene7_2.setRooted( true );
10215             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
10216             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
10217                 return false;
10218             }
10219             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
10220                 return false;
10221             }
10222             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
10223                 return false;
10224             }
10225             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
10226                 return false;
10227             }
10228             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
10229                 return false;
10230             }
10231             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
10232                 return false;
10233             }
10234             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
10235                 return false;
10236             }
10237             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
10238                 return false;
10239             }
10240             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
10241                 return false;
10242             }
10243             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
10244                 return false;
10245             }
10246         }
10247         catch ( final Exception e ) {
10248             return false;
10249         }
10250         return true;
10251     }
10252
10253     private static boolean testSDIunrooted() {
10254         try {
10255             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10256             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
10257             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
10258             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
10259             PhylogenyBranch br = iter.next();
10260             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
10261                 return false;
10262             }
10263             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
10264                 return false;
10265             }
10266             br = iter.next();
10267             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10268                 return false;
10269             }
10270             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10271                 return false;
10272             }
10273             br = iter.next();
10274             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
10275                 return false;
10276             }
10277             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
10278                 return false;
10279             }
10280             br = iter.next();
10281             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10282                 return false;
10283             }
10284             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10285                 return false;
10286             }
10287             br = iter.next();
10288             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10289                 return false;
10290             }
10291             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10292                 return false;
10293             }
10294             br = iter.next();
10295             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10296                 return false;
10297             }
10298             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10299                 return false;
10300             }
10301             br = iter.next();
10302             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10303                 return false;
10304             }
10305             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10306                 return false;
10307             }
10308             br = iter.next();
10309             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10310                 return false;
10311             }
10312             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10313                 return false;
10314             }
10315             br = iter.next();
10316             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10317                 return false;
10318             }
10319             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10320                 return false;
10321             }
10322             br = iter.next();
10323             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10324                 return false;
10325             }
10326             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10327                 return false;
10328             }
10329             br = iter.next();
10330             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10331                 return false;
10332             }
10333             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10334                 return false;
10335             }
10336             br = iter.next();
10337             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
10338                 return false;
10339             }
10340             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
10341                 return false;
10342             }
10343             br = iter.next();
10344             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10345                 return false;
10346             }
10347             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10348                 return false;
10349             }
10350             br = iter.next();
10351             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
10352                 return false;
10353             }
10354             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
10355                 return false;
10356             }
10357             br = iter.next();
10358             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
10359                 return false;
10360             }
10361             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
10362                 return false;
10363             }
10364             if ( iter.hasNext() ) {
10365                 return false;
10366             }
10367             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
10368             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
10369             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
10370             br = iter1.next();
10371             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
10372                 return false;
10373             }
10374             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
10375                 return false;
10376             }
10377             br = iter1.next();
10378             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10379                 return false;
10380             }
10381             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10382                 return false;
10383             }
10384             br = iter1.next();
10385             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10386                 return false;
10387             }
10388             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10389                 return false;
10390             }
10391             if ( iter1.hasNext() ) {
10392                 return false;
10393             }
10394             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
10395             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
10396             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
10397             br = iter2.next();
10398             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
10399                 return false;
10400             }
10401             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
10402                 return false;
10403             }
10404             br = iter2.next();
10405             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10406                 return false;
10407             }
10408             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10409                 return false;
10410             }
10411             br = iter2.next();
10412             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10413                 return false;
10414             }
10415             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10416                 return false;
10417             }
10418             if ( iter2.hasNext() ) {
10419                 return false;
10420             }
10421             final Phylogeny species0 = factory
10422                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10423                              new NHXParser() )[ 0 ];
10424             final Phylogeny gene1 = factory
10425                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
10426                              new NHXParser() )[ 0 ];
10427             species0.setRooted( true );
10428             gene1.setRooted( true );
10429             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
10430             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
10431             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10432                 return false;
10433             }
10434             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
10435                 return false;
10436             }
10437             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
10438                 return false;
10439             }
10440             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
10441                 return false;
10442             }
10443             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10444                 return false;
10445             }
10446             final Phylogeny gene2 = factory
10447                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
10448                              new NHXParser() )[ 0 ];
10449             gene2.setRooted( true );
10450             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
10451             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10452                 return false;
10453             }
10454             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10455                 return false;
10456             }
10457             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10458                 return false;
10459             }
10460             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
10461                 return false;
10462             }
10463             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10464                 return false;
10465             }
10466             final Phylogeny species6 = factory
10467                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10468                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10469                              new NHXParser() )[ 0 ];
10470             final Phylogeny gene6 = factory
10471                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10472                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10473                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10474                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10475                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10476                              new NHXParser() )[ 0 ];
10477             species6.setRooted( true );
10478             gene6.setRooted( true );
10479             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
10480             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10481                 return false;
10482             }
10483             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10484                 return false;
10485             }
10486             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10487                 return false;
10488             }
10489             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10490                 return false;
10491             }
10492             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10493                 return false;
10494             }
10495             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10496                 return false;
10497             }
10498             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10499                 return false;
10500             }
10501             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10502                 return false;
10503             }
10504             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10505                 return false;
10506             }
10507             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10508                 return false;
10509             }
10510             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10511                 return false;
10512             }
10513             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10514                 return false;
10515             }
10516             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10517                 return false;
10518             }
10519             p6 = null;
10520             final Phylogeny species7 = factory
10521                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10522                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10523                              new NHXParser() )[ 0 ];
10524             final Phylogeny gene7 = factory
10525                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10526                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10527                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10528                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10529                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10530                              new NHXParser() )[ 0 ];
10531             species7.setRooted( true );
10532             gene7.setRooted( true );
10533             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
10534             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10535                 return false;
10536             }
10537             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10538                 return false;
10539             }
10540             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10541                 return false;
10542             }
10543             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10544                 return false;
10545             }
10546             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
10547                 return false;
10548             }
10549             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10550                 return false;
10551             }
10552             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10553                 return false;
10554             }
10555             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10556                 return false;
10557             }
10558             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10559                 return false;
10560             }
10561             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10562                 return false;
10563             }
10564             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10565                 return false;
10566             }
10567             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10568                 return false;
10569             }
10570             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10571                 return false;
10572             }
10573             p7 = null;
10574             final Phylogeny species8 = factory
10575                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10576                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10577                              new NHXParser() )[ 0 ];
10578             final Phylogeny gene8 = factory
10579                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10580                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10581                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10582                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10583                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10584                              new NHXParser() )[ 0 ];
10585             species8.setRooted( true );
10586             gene8.setRooted( true );
10587             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
10588             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10589                 return false;
10590             }
10591             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10592                 return false;
10593             }
10594             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10595                 return false;
10596             }
10597             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10598                 return false;
10599             }
10600             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10601                 return false;
10602             }
10603             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10604                 return false;
10605             }
10606             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10607                 return false;
10608             }
10609             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10610                 return false;
10611             }
10612             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10613                 return false;
10614             }
10615             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10616                 return false;
10617             }
10618             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10619                 return false;
10620             }
10621             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10622                 return false;
10623             }
10624             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10625                 return false;
10626             }
10627             p8 = null;
10628         }
10629         catch ( final Exception e ) {
10630             e.printStackTrace( System.out );
10631             return false;
10632         }
10633         return true;
10634     }
10635
10636     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
10637         try {
10638             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
10639             n.setName( "NP_001025424" );
10640             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10641             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10642                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10643                 return false;
10644             }
10645             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
10646             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10647             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10648                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10649                 return false;
10650             }
10651             n.setName( "NP_001025424.1" );
10652             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10653             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10654                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10655                 return false;
10656             }
10657             n.setName( "NM_001030253" );
10658             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10659             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10660                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
10661                 return false;
10662             }
10663             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
10664             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10665             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10666                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
10667                 System.out.println( acc.toString() );
10668                 return false;
10669             }
10670             n.setName( "P10415" );
10671             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10672             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10673                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10674                 System.out.println( acc.toString() );
10675                 return false;
10676             }
10677             n.setName( " P10415 " );
10678             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10679             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10680                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10681                 System.out.println( acc.toString() );
10682                 return false;
10683             }
10684             n.setName( "_P10415|" );
10685             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10686             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10687                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10688                 System.out.println( acc.toString() );
10689                 return false;
10690             }
10691             n.setName( "AY695820" );
10692             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10693             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10694                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
10695                 System.out.println( acc.toString() );
10696                 return false;
10697             }
10698             n.setName( "_AY695820_" );
10699             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10700             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10701                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
10702                 System.out.println( acc.toString() );
10703                 return false;
10704             }
10705             n.setName( "AAA59452" );
10706             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10707             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10708                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
10709                 System.out.println( acc.toString() );
10710                 return false;
10711             }
10712             n.setName( "_AAA59452_" );
10713             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10714             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10715                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
10716                 System.out.println( acc.toString() );
10717                 return false;
10718             }
10719             n.setName( "AAA59452.1" );
10720             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10721             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10722                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
10723                 System.out.println( acc.toString() );
10724                 return false;
10725             }
10726             n.setName( "_AAA59452.1_" );
10727             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10728             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10729                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
10730                 System.out.println( acc.toString() );
10731                 return false;
10732             }
10733             n.setName( "GI:94894583" );
10734             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10735             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
10736                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
10737                 System.out.println( acc.toString() );
10738                 return false;
10739             }
10740             n.setName( "gi|71845847|1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
10741             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10742             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
10743                     || !acc.getValue().equals( "71845847" ) ) {
10744                 System.out.println( acc.toString() );
10745                 return false;
10746             }
10747             n.setName( "gi|71845847|gb|AAZ45343.1| 1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
10748             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10749             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10750                     || !acc.getValue().equals( "AAZ45343.1" ) ) {
10751                 System.out.println( acc.toString() );
10752                 return false;
10753             }
10754         }
10755         catch ( final Exception e ) {
10756             return false;
10757         }
10758         return true;
10759     }
10760
10761     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
10762         try {
10763             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
10764             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
10765             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
10766                 return false;
10767             }
10768             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
10769                 return false;
10770             }
10771             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10772                 return false;
10773             }
10774             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10775                 return false;
10776             }
10777             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
10778             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
10779             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
10780                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
10781                 return false;
10782             }
10783             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
10784                 return false;
10785             }
10786             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10787                 return false;
10788             }
10789             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
10790                 return false;
10791             }
10792             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
10793             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
10794             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
10795                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
10796                 return false;
10797             }
10798             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
10799                 return false;
10800             }
10801             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10802                 return false;
10803             }
10804             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
10805                 return false;
10806             }
10807         }
10808         catch ( final IOException e ) {
10809             System.out.println();
10810             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
10811             e.printStackTrace( System.out );
10812             return true;
10813         }
10814         catch ( final Exception e ) {
10815             e.printStackTrace();
10816             return false;
10817         }
10818         return true;
10819     }
10820
10821     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10822         try {
10823             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10824             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10825                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10826                 if ( id != null ) {
10827                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10828                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10829                 }
10830                 return false;
10831             }
10832             //
10833             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10834             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10835                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10836                 if ( id != null ) {
10837                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10838                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10839                 }
10840                 return false;
10841             }
10842             //
10843             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10844             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10845                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10846                 if ( id != null ) {
10847                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10848                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10849                 }
10850                 return false;
10851             }
10852             //
10853             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10854             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10855                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10856                 if ( id != null ) {
10857                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10858                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10859                 }
10860                 return false;
10861             }
10862             //
10863             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10864             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10865                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10866                 if ( id != null ) {
10867                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10868                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10869                 }
10870                 return false;
10871             }
10872             //
10873             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10874             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10875                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10876                 if ( id != null ) {
10877                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10878                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10879                 }
10880                 return false;
10881             }
10882             //
10883             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10884             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10885                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10886                 if ( id != null ) {
10887                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10888                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10889                 }
10890                 return false;
10891             }
10892             //
10893             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10894             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10895                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10896                 if ( id != null ) {
10897                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10898                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10899                 }
10900                 return false;
10901             }
10902             //
10903             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10904             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10905                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10906                 if ( id != null ) {
10907                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10908                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10909                 }
10910                 return false;
10911             }
10912             //
10913             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10914             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10915                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10916                 if ( id != null ) {
10917                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10918                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10919                 }
10920                 return false;
10921             }
10922             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10923             if ( id != null ) {
10924                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10925                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10926                 return false;
10927             }
10928         }
10929         catch ( final Exception e ) {
10930             e.printStackTrace( System.out );
10931             return false;
10932         }
10933         return true;
10934     }
10935
10936     private static boolean testSequenceWriter() {
10937         try {
10938             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10939             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10940                 return false;
10941             }
10942             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10943                 return false;
10944             }
10945             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10946                 return false;
10947             }
10948             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10949                 return false;
10950             }
10951             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10952                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10953                 return false;
10954             }
10955             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10956                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10957                 return false;
10958             }
10959         }
10960         catch ( final Exception e ) {
10961             e.printStackTrace();
10962             return false;
10963         }
10964         return true;
10965     }
10966
10967     private static boolean testSpecies() {
10968         try {
10969             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10970             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10971             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10972             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10973             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10974                 return false;
10975             }
10976             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10977                 return false;
10978             }
10979             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10980                 return false;
10981             }
10982             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10983                 return false;
10984             }
10985             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10986                 return false;
10987             }
10988             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10989                 return false;
10990             }
10991             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10992                 return false;
10993             }
10994             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10995                 return false;
10996             }
10997             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10998                 return false;
10999             }
11000             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
11001                 return false;
11002             }
11003             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
11004                 return false;
11005             }
11006             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
11007                 return false;
11008             }
11009             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
11010                 return false;
11011             }
11012             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
11013                 return false;
11014             }
11015             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
11016             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
11017                 return false;
11018             }
11019             if ( s5.equals( s1 ) ) {
11020                 return false;
11021             }
11022         }
11023         catch ( final Exception e ) {
11024             e.printStackTrace( System.out );
11025             return false;
11026         }
11027         return true;
11028     }
11029
11030     private static boolean testSplit() {
11031         try {
11032             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11033             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
11034             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
11035             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
11036             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11037             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11038             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11039             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11040             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11041             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11042             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11043             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11044             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11045             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
11046             // System.out.println( s0.toString() );
11047             //
11048             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11049             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11050             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11051             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11052                 return false;
11053             }
11054             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11056             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11057             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11058             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11059             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11060             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11062             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11063                 return false;
11064             }
11065             //
11066             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11067             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11068             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11069             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11070             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11071                 return false;
11072             }
11073             //
11074             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11075             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11076             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11077             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11078             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11079             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11080                 return false;
11081             }
11082             //
11083             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11084             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11085             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11086             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11087             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11088             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11089                 return false;
11090             }
11091             //
11092             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11093             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11094             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11095             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11096             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11097                 return false;
11098             }
11099             //
11100             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11101             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11102             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11103             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11104                 return false;
11105             }
11106             //
11107             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11108             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11109             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11110             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11111             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11113             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11114                 return false;
11115             }
11116             //
11117             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11118             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11119             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11120             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11121             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11122                 return false;
11123             }
11124             //
11125             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11126             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11127             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11128             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11129             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11130             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11131                 return false;
11132             }
11133             //
11134             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11135             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11136             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11137             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11138                 return false;
11139             }
11140             //
11141             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11142             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11143             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11144             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11145             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11146             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11147                 return false;
11148             }
11149             //
11150             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11151             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11152             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11153             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11154             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11156             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11157                 return false;
11158             }
11159             //
11160             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11161             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11162             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11163             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11164             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11165                 return false;
11166             }
11167             //
11168             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11169             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11170             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11171             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11172                 return false;
11173             }
11174             //
11175             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11176             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11177             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11178             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11179                 return false;
11180             }
11181             //
11182             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11184             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11185             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11186                 return false;
11187             }
11188             //
11189             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11192             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11193                 return false;
11194             }
11195             //
11196             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11199             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11200                 return false;
11201             }
11202             //
11203             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11206             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11207                 return false;
11208             }
11209             //
11210             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11211             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11212             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11213             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11214             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11215                 return false;
11216             }
11217             //
11218             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11219             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11220             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11221             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11222             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11223                 return false;
11224             }
11225             //
11226             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11229             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11230             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11231                 return false;
11232             }
11233             //
11234             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11239             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11240                 return false;
11241             }
11242             /////////
11243             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11244             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11245             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11246             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11247             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11248             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11249             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11250             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11251             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11252             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11253             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11254             //                return false;
11255             //            }
11256             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11257             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11258             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11259             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11260             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11261             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11262             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11263             //                return false;
11264             //            }
11265             //            //
11266             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11267             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11268             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11269             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11270             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11271             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11272             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11273             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11274             //                return false;
11275             //            }
11276             //            //
11277             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11278             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11279             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11280             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11281             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11282             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11283             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11284             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11285             //                return false;
11286             //            }
11287             //            //
11288             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11289             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11290             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11291             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11292             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11293             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11294             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11295             //                return false;
11296             //            }
11297             //            //
11298             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11299             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11300             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11301             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11302             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11303             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11304             //                return false;
11305             //            }
11306             //
11307             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11308             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11309             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11310             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11312             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11313                 return false;
11314             }
11315             //
11316             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11320             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11321             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11322                 return false;
11323             }
11324             ///////////////////////////
11325             //
11326             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11327             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11328             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11329             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11330             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11331             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11332                 return false;
11333             }
11334             //
11335             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11336             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11337             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11338             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11339             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11340             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11341                 return false;
11342             }
11343             //
11344             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11345             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11346             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11347             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11348             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11349             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11350                 return false;
11351             }
11352             //
11353             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11354             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11355             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11356             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11357             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11358             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11359                 return false;
11360             }
11361             //
11362             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11363             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11365             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11366             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11367             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11368                 return false;
11369             }
11370             //
11371             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11374             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11375             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11376                 return false;
11377             }
11378             //
11379             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11380             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11381             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11382             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11383             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11384             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11385             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11386                 return false;
11387             }
11388             //
11389             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11390             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11391             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11394             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11395             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11396                 return false;
11397             }
11398             //
11399             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11401             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11402             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11403             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11404             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11405             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11406                 return false;
11407             }
11408             //
11409             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11410             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11411             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11412             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11413             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11414             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11415             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11416             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11417                 return false;
11418             }
11419         }
11420         catch ( final Exception e ) {
11421             e.printStackTrace();
11422             return false;
11423         }
11424         return true;
11425     }
11426
11427     private static boolean testSplitStrict() {
11428         try {
11429             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11430             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
11431             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
11432             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11433             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11434             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11435             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11436             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11437             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11438             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11439             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
11440             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11441             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11442             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11443             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11444                 return false;
11445             }
11446             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11448             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11449             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11450             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11451             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11452             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11453             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11454             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11455                 return false;
11456             }
11457             //
11458             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11459             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11460             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11461             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11462             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11463                 return false;
11464             }
11465             //
11466             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11467             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11468             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11469             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11470             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11471             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11472                 return false;
11473             }
11474             //
11475             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11476             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11477             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11478             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11479             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11480             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11481                 return false;
11482             }
11483             //
11484             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11485             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11486             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11487             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11488             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11489                 return false;
11490             }
11491             //
11492             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11495             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11496                 return false;
11497             }
11498             //
11499             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11500             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11501             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11503             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11504             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11505             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11506                 return false;
11507             }
11508             //
11509             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11510             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11511             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11513             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11514                 return false;
11515             }
11516             //
11517             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11518             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11519             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11522             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11523                 return false;
11524             }
11525             //
11526             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11527             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11528             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11529             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11530                 return false;
11531             }
11532             //
11533             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11534             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11535             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11536             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11537             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11538             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11539                 return false;
11540             }
11541             //
11542             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11543             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11544             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11548             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11549                 return false;
11550             }
11551             //
11552             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11553             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11554             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11555             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11556             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11557                 return false;
11558             }
11559             //
11560             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11561             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11562             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11563             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11564                 return false;
11565             }
11566             //
11567             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11568             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11569             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11570             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11571                 return false;
11572             }
11573             //
11574             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11577             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11578                 return false;
11579             }
11580             //
11581             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11584             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11585                 return false;
11586             }
11587             //
11588             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11591             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11592                 return false;
11593             }
11594             //
11595             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11596             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11597             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11598             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11599                 return false;
11600             }
11601             //
11602             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11603             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11604             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11605             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11606             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11607                 return false;
11608             }
11609             //
11610             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11611             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11612             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11613             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11614             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11615                 return false;
11616             }
11617             //
11618             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11619             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11620             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11621             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11622             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11623                 return false;
11624             }
11625             //
11626             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11627             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11628             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11629             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11630             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11631             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11632                 return false;
11633             }
11634         }
11635         catch ( final Exception e ) {
11636             e.printStackTrace();
11637             return false;
11638         }
11639         return true;
11640     }
11641
11642     private static boolean testSubtreeDeletion() {
11643         try {
11644             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11645             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11646             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
11647             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
11648                 return false;
11649             }
11650             t1.toNewHampshireX();
11651             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
11652             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
11653                 return false;
11654             }
11655             t1.toNewHampshireX();
11656             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
11657             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11658                 return false;
11659             }
11660             t1.toNewHampshireX();
11661             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
11662             t1.toNewHampshireX();
11663             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11664                 return false;
11665             }
11666             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
11667             t1.toNewHampshireX();
11668             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
11669                 return false;
11670             }
11671             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
11672             t1.toNewHampshireX();
11673             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11674                 return false;
11675             }
11676             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
11677             t1.toNewHampshireX();
11678             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11679                 return false;
11680             }
11681             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
11682             t1.toNewHampshireX();
11683             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11684                 return false;
11685             }
11686             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
11687             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
11688                 return false;
11689             }
11690             if ( !t1.isEmpty() ) {
11691                 return false;
11692             }
11693             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11694             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
11695             t2.toNewHampshireX();
11696             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
11697                 return false;
11698             }
11699             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
11700             t2.toNewHampshireX();
11701             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11702                 return false;
11703             }
11704             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
11705             t2.toNewHampshireX();
11706             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11707                 return false;
11708             }
11709         }
11710         catch ( final Exception e ) {
11711             e.printStackTrace( System.out );
11712             return false;
11713         }
11714         return true;
11715     }
11716
11717     private static boolean testSupportCount() {
11718         try {
11719             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11720             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
11721             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
11722                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
11723                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
11724                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
11725                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
11726                                                               new NHXParser() );
11727             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
11728             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
11729             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11730                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
11731                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
11732                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11733                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11734                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11735                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
11736                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11737                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
11738                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
11739                                                               new NHXParser() );
11740             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
11741             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
11742             while ( it.hasNext() ) {
11743                 final PhylogenyNode n = it.next();
11744                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
11745                     return false;
11746                 }
11747             }
11748             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
11749             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
11750                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
11751             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
11752             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
11753             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
11754                 return false;
11755             }
11756             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
11757                 return false;
11758             }
11759             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
11760                 return false;
11761             }
11762             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
11763                 return false;
11764             }
11765             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
11766                 return false;
11767             }
11768             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
11769                 return false;
11770             }
11771             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
11772                 return false;
11773             }
11774             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
11775                 return false;
11776             }
11777             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
11778                 return false;
11779             }
11780             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
11781                 return false;
11782             }
11783             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11784             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
11785                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
11786             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
11787             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
11788             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
11789                 return false;
11790             }
11791             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
11792                 return false;
11793             }
11794             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
11795                 return false;
11796             }
11797             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
11798                 return false;
11799             }
11800             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
11801                 return false;
11802             }
11803             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
11804                 return false;
11805             }
11806             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
11807                 return false;
11808             }
11809             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
11810                 return false;
11811             }
11812             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
11813                 return false;
11814             }
11815             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
11816                 return false;
11817             }
11818             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11819             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11820             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
11821             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
11822                 return false;
11823             }
11824             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11825             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11826             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
11827             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
11828                 return false;
11829             }
11830             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11831             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11832             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
11833             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11834                 return false;
11835             }
11836             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11837             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11838             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11839             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11840                 return false;
11841             }
11842         }
11843         catch ( final Exception e ) {
11844             e.printStackTrace( System.out );
11845             return false;
11846         }
11847         return true;
11848     }
11849
11850     private static boolean testSupportTransfer() {
11851         try {
11852             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11853             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11854                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11855             final Phylogeny p2 = factory
11856                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11857             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11858                 return false;
11859             }
11860             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11861                 return false;
11862             }
11863             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11864             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11865             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11866                 return false;
11867             }
11868             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11869                 return false;
11870             }
11871             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11872                 return false;
11873             }
11874             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11875                 return false;
11876             }
11877             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11878                 return false;
11879             }
11880             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11881                 return false;
11882             }
11883             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11884                 return false;
11885             }
11886             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11887                 return false;
11888             }
11889         }
11890         catch ( final Exception e ) {
11891             e.printStackTrace( System.out );
11892             return false;
11893         }
11894         return true;
11895     }
11896
11897     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11898         try {
11899             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11900                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11901             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11902                 return false;
11903             }
11904             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11905                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11906             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11907                 System.out.println( n1.toString() );
11908                 return false;
11909             }
11910             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11911                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11912             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11913                 return false;
11914             }
11915             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11916                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11917             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11918                 System.out.println( n3.toString() );
11919                 return false;
11920             }
11921             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11922                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11923             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11924                 System.out.println( n4.toString() );
11925                 return false;
11926             }
11927             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11928                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11929             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11930                 System.out.println( n5.toString() );
11931                 return false;
11932             }
11933             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11934                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11935             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11936                 System.out.println( n6.toString() );
11937                 return false;
11938             }
11939             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11940                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11941             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11942                 System.out.println( n7.toString() );
11943                 return false;
11944             }
11945             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11946                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11947             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11948                 System.out.println( n8.toString() );
11949                 return false;
11950             }
11951             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11952                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11953             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11954                 System.out.println( n9.toString() );
11955                 return false;
11956             }
11957             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11958                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11959             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11960                 System.out.println( n10x.toString() );
11961                 return false;
11962             }
11963             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11964                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11965             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11966                 System.out.println( n10xx.toString() );
11967                 return false;
11968             }
11969             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11970                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11971             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11972                 System.out.println( n10.toString() );
11973                 return false;
11974             }
11975             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11976                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11977             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11978                 System.out.println( n11.toString() );
11979                 return false;
11980             }
11981             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11982                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11983                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11984             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11985                 System.out.println( n12.toString() );
11986                 return false;
11987             }
11988             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11989                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11990             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11991                 System.out.println( n13.toString() );
11992                 return false;
11993             }
11994             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
11995                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11996             if ( !n14.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11997                 System.out.println( n14.toString() );
11998                 return false;
11999             }
12000             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
12001                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_K392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12002             if ( !n15.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
12003                 System.out.println( n15.toString() );
12004                 return false;
12005             }
12006             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
12007                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus 392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12008             if ( !n16.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
12009                 System.out.println( n16.toString() );
12010                 return false;
12011             }
12012             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
12013                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus K392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12014             if ( !n17.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
12015                 System.out.println( n17.toString() );
12016                 return false;
12017             }
12018             //
12019             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
12020                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_musculus_392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12021             if ( !n18.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
12022                 System.out.println( n18.toString() );
12023                 return false;
12024             }
12025             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
12026                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_musculus_K392",
12027                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12028             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
12029                 System.out.println( n19.toString() );
12030                 return false;
12031             }
12032             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
12033                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus musculus 392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12034             if ( !n20.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
12035                 System.out.println( n20.toString() );
12036                 return false;
12037             }
12038             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
12039                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus musculus K392",
12040                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12041             if ( !n21.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
12042                 System.out.println( n21.toString() );
12043                 return false;
12044             }
12045         }
12046         catch ( final Exception e ) {
12047             e.printStackTrace( System.out );
12048             return false;
12049         }
12050         return true;
12051     }
12052
12053     private static boolean testTreeCopy() {
12054         try {
12055             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=animals]";
12056             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
12057             final Phylogeny t1 = t0.copy();
12058             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
12059                 return false;
12060             }
12061             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
12062                 return false;
12063             }
12064             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
12065             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
12066             t0.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( "metazoa" );
12067             t0.getNode( "b" ).setName( "Bee" );
12068             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((Bee,d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=metazoa]" ) ) {
12069                 return false;
12070             }
12071             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
12072                 return false;
12073             }
12074             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
12075             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "Bee" ), true );
12076             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
12077             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
12078                 return false;
12079             }
12080         }
12081         catch ( final Exception e ) {
12082             e.printStackTrace();
12083             return false;
12084         }
12085         return true;
12086     }
12087
12088     private static boolean testTreeMethods() {
12089         try {
12090             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
12091             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
12092             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
12093             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
12094                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
12095                 return false;
12096             }
12097             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
12098             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
12099             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
12100                 return false;
12101             }
12102             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
12103                 return false;
12104             }
12105             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
12106                 return false;
12107             }
12108         }
12109         catch ( final Exception e ) {
12110             e.printStackTrace( System.out );
12111             return false;
12112         }
12113         return true;
12114     }
12115
12116     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
12117         try {
12118             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
12119             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
12120                 return false;
12121             }
12122             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
12123                 return false;
12124             }
12125             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
12126                 return false;
12127             }
12128             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
12129                 return false;
12130             }
12131             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
12132                 return false;
12133             }
12134             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
12135                 return false;
12136             }
12137         }
12138         catch ( final IOException e ) {
12139             System.out.println();
12140             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12141             e.printStackTrace( System.out );
12142             return true;
12143         }
12144         catch ( final Exception e ) {
12145             return false;
12146         }
12147         return true;
12148     }
12149
12150     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
12151         try {
12152             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
12153                                                                                                  10 );
12154             if ( results.size() != 1 ) {
12155                 return false;
12156             }
12157             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12158                 return false;
12159             }
12160             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12161                 return false;
12162             }
12163             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12164                 return false;
12165             }
12166             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12167                 return false;
12168             }
12169             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12170                 return false;
12171             }
12172             results = null;
12173             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
12174             if ( results.size() != 1 ) {
12175                 return false;
12176             }
12177             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12178                 return false;
12179             }
12180             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12181                 return false;
12182             }
12183             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12184                 return false;
12185             }
12186             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12187                 return false;
12188             }
12189             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12190                 return false;
12191             }
12192             results = null;
12193             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
12194             if ( results.size() != 1 ) {
12195                 return false;
12196             }
12197             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12198                 return false;
12199             }
12200             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12201                 return false;
12202             }
12203             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12204                 return false;
12205             }
12206             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12207                 return false;
12208             }
12209             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12210                 return false;
12211             }
12212             results = null;
12213             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
12214             if ( results.size() != 1 ) {
12215                 return false;
12216             }
12217             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12218                 return false;
12219             }
12220             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12221                 return false;
12222             }
12223             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12224                 return false;
12225             }
12226             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12227                 return false;
12228             }
12229             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12230                 return false;
12231             }
12232             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
12233                 return false;
12234             }
12235             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
12236                 return false;
12237             }
12238             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12239                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12240                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12241                 return false;
12242             }
12243             //
12244             results = null;
12245             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
12246             if ( results.size() != 1 ) {
12247                 return false;
12248             }
12249             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12250                 return false;
12251             }
12252             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12253                 return false;
12254             }
12255             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12256                 return false;
12257             }
12258             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12259                 return false;
12260             }
12261             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12262                 return false;
12263             }
12264             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12265                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12266                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12267                 return false;
12268             }
12269             //
12270             results = null;
12271             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
12272             if ( results.size() != 1 ) {
12273                 return false;
12274             }
12275             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12276                 return false;
12277             }
12278             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12279                 return false;
12280             }
12281             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12282                 return false;
12283             }
12284             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12285                 return false;
12286             }
12287             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12288                 return false;
12289             }
12290             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12291                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12292                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12293                 return false;
12294             }
12295             //
12296             results = null;
12297             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
12298             if ( results.size() != 1 ) {
12299                 return false;
12300             }
12301             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12302                 return false;
12303             }
12304             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12305                 return false;
12306             }
12307             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12308                 return false;
12309             }
12310             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12311                 return false;
12312             }
12313             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12314                 return false;
12315             }
12316             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12317                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12318                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12319                 return false;
12320             }
12321         }
12322         catch ( final IOException e ) {
12323             System.out.println();
12324             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12325             e.printStackTrace( System.out );
12326             return true;
12327         }
12328         catch ( final Exception e ) {
12329             return false;
12330         }
12331         return true;
12332     }
12333
12334     private static boolean testWabiTxSearch() {
12335         try {
12336             String result = "";
12337             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
12338             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
12339             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
12340                 return false;
12341             }
12342             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
12343             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
12344                 return false;
12345             }
12346             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
12347             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
12348                 return false;
12349             }
12350             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
12351             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12352                 return false;
12353             }
12354             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
12355             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
12356                 return false;
12357             }
12358             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
12359             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
12360                 return false;
12361             }
12362             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
12363             queries.add( "Campylobacter coli" );
12364             queries.add( "Escherichia coli" );
12365             queries.add( "Arabidopsis" );
12366             queries.add( "Trichoplax" );
12367             queries.add( "Samanea saman" );
12368             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
12369             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
12370             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
12371             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
12372             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
12373             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
12374             ranks.add( RANKS.FAMILY );
12375             ranks.add( RANKS.GENUS );
12376             ranks.add( RANKS.TRIBE );
12377             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
12378             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
12379             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
12380         }
12381         catch ( final Exception e ) {
12382             System.out.println();
12383             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12384             e.printStackTrace( System.out );
12385             return false;
12386         }
12387         return true;
12388     }
12389 }