forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  55 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser2;
  56 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  57 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  58 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  59 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  60 import org.forester.msa.BasicMsa;
  61 import org.forester.msa.Mafft;
  62 import org.forester.msa.Msa;
  63 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  64 import org.forester.msa.MsaMethods;
  65 import org.forester.pccx.TestPccx;
  66 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  72 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  75 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  79 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  81 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  83 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  84 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  85 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  88 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  89 import org.forester.protein.Protein;
  90 import org.forester.rio.TestRIO;
  91 import org.forester.sdi.SDI;
  92 import org.forester.sdi.SDIR;
  93 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  94 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  95 import org.forester.sequence.Sequence;
  96 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  97 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  98 import org.forester.tools.SupportCount;
  99 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 100 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 101 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 102 import org.forester.util.BasicTable;
 103 import org.forester.util.BasicTableParser;
 104 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 105 import org.forester.util.ForesterConstants;
 106 import org.forester.util.ForesterUtil;
 107 import org.forester.util.GeneralTable;
 108 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 110 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 111 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 115 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 116
 117 @SuppressWarnings( "unused")
 118 public final class Test {
 119
 120     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 121     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 124     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 126                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 127     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 128     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 131     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 133                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 134
 135     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 136         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 137         return p;
 138     }
 139
 140     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 141         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 142     }
 143
 144     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 145         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 146     }
 147
 148     public static void main( final String[] args ) {
 149         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 150         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 151                 + "]" );
 152         Locale.setDefault( Locale.US );
 153         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 154         int failed = 0;
 155         int succeeded = 0;
 156         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 157         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 158             System.out.println( "OK.]" );
 159         }
 160         else {
 161             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 162             System.out.println( "Testing aborted." );
 163             System.exit( -1 );
 164         }
 165         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 166         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 167             System.out.println( "OK.]" );
 168         }
 169         else {
 170             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 171             System.out.println( "Testing aborted." );
 172             System.exit( -1 );
 173         }
 174         final long start_time = new Date().getTime();
 175         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 176         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 177             System.out.println( "OK." );
 178             succeeded++;
 179         }
 180         else {
 181             System.out.println( "failed." );
 182             failed++;
 183         }
 184         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 185         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 186             System.out.println( "OK." );
 187             succeeded++;
 188         }
 189         else {
 190             System.out.println( "failed." );
 191             failed++;
 192         }
 193         System.out.print( "Basic node methods: " );
 194         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 195             System.out.println( "OK." );
 196             succeeded++;
 197         }
 198         else {
 199             System.out.println( "failed." );
 200             failed++;
 201         }
 202         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 203         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 204             System.out.println( "OK." );
 205             succeeded++;
 206         }
 207         else {
 208             System.out.println( "failed." );
 209             failed++;
 210         }
 211         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 212         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 213             System.out.println( "OK." );
 214             succeeded++;
 215         }
 216         else {
 217             System.out.println( "failed." );
 218             failed++;
 219         }
 220         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 221         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 222             System.out.println( "OK." );
 223             succeeded++;
 224         }
 225         else {
 226             System.out.println( "failed." );
 227             failed++;
 228         }
 229         System.out.print( "NH parsing: " );
 230         if ( Test.testNHParsing() ) {
 231             System.out.println( "OK." );
 232             succeeded++;
 233         }
 234         else {
 235             System.out.println( "failed." );
 236             failed++;
 237         }
 238         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 239         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 240             System.out.println( "OK." );
 241             succeeded++;
 242         }
 243         else {
 244             System.out.println( "failed." );
 245             failed++;
 246         }
 247         System.out.print( "NHX parsing: " );
 248         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 249             System.out.println( "OK." );
 250             succeeded++;
 251         }
 252         else {
 253             System.out.println( "failed." );
 254             failed++;
 255         }
 256         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 257         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 258             System.out.println( "OK." );
 259             succeeded++;
 260         }
 261         else {
 262             System.out.println( "failed." );
 263             failed++;
 264         }
 265         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 266         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 267             System.out.println( "OK." );
 268             succeeded++;
 269         }
 270         else {
 271             System.out.println( "failed." );
 272             failed++;
 273         }
 274         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 275         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 276             System.out.println( "OK." );
 277             succeeded++;
 278         }
 279         else {
 280             System.out.println( "failed." );
 281             failed++;
 282         }
 283         System.exit( 0 );
 284         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 285         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 286             System.out.println( "OK." );
 287             succeeded++;
 288         }
 289         else {
 290             System.out.println( "failed." );
 291             failed++;
 292         }
 293         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 294         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 295             System.out.println( "OK." );
 296             succeeded++;
 297         }
 298         else {
 299             System.out.println( "failed." );
 300             failed++;
 301         }
 302         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 303         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 304             System.out.println( "OK." );
 305             succeeded++;
 306         }
 307         else {
 308             System.out.println( "failed." );
 309             failed++;
 310         }
 311         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 312         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 313             System.out.println( "OK." );
 314             succeeded++;
 315         }
 316         else {
 317             System.out.println( "failed." );
 318             failed++;
 319         }
 320         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 321         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 322             System.out.println( "OK." );
 323             succeeded++;
 324         }
 325         else {
 326             System.out.println( "failed." );
 327             failed++;
 328         }
 329         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 330         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 331             System.out.println( "OK." );
 332             succeeded++;
 333         }
 334         else {
 335             System.out.println( "failed." );
 336             failed++;
 337         }
 338         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 339         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 340             System.out.println( "OK." );
 341             succeeded++;
 342         }
 343         else {
 344             System.out.println( "failed." );
 345             failed++;
 346         }
 347         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 348         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 349             System.out.println( "OK." );
 350             succeeded++;
 351         }
 352         else {
 353             System.out.println( "failed." );
 354             failed++;
 355         }
 356         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 357         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 358             System.out.println( "OK." );
 359             succeeded++;
 360         }
 361         else {
 362             System.out.println( "failed." );
 363             failed++;
 364         }
 365         System.out.print( "Copying of node data: " );
 366         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 367             System.out.println( "OK." );
 368             succeeded++;
 369         }
 370         else {
 371             System.out.println( "failed." );
 372             failed++;
 373         }
 374         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 375         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 376             System.out.println( "OK." );
 377             succeeded++;
 378         }
 379         else {
 380             System.out.println( "failed." );
 381             failed++;
 382         }
 383         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 384         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 385             System.out.println( "OK." );
 386             succeeded++;
 387         }
 388         else {
 389             System.out.println( "failed." );
 390             failed++;
 391         }
 392         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 393         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 394             System.out.println( "OK." );
 395             succeeded++;
 396         }
 397         else {
 398             System.out.println( "failed." );
 399             failed++;
 400         }
 401         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 402         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 403             System.out.println( "OK." );
 404             succeeded++;
 405         }
 406         else {
 407             System.out.println( "failed." );
 408             failed++;
 409         }
 410         System.out.print( "Re-id methods: " );
 411         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 412             System.out.println( "OK." );
 413             succeeded++;
 414         }
 415         else {
 416             System.out.println( "failed." );
 417             failed++;
 418         }
 419         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 420         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 421             System.out.println( "OK." );
 422             succeeded++;
 423         }
 424         else {
 425             System.out.println( "failed." );
 426             failed++;
 427         }
 428         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 429         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 430             System.out.println( "OK." );
 431             succeeded++;
 432         }
 433         else {
 434             System.out.println( "failed." );
 435             failed++;
 436         }
 437         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 438         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 439             System.out.println( "OK." );
 440             succeeded++;
 441         }
 442         else {
 443             System.out.println( "failed." );
 444             failed++;
 445         }
 446         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 447         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 448             System.out.println( "OK." );
 449             succeeded++;
 450         }
 451         else {
 452             System.out.println( "failed." );
 453             failed++;
 454         }
 455         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 456         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 457             System.out.println( "OK." );
 458             succeeded++;
 459         }
 460         else {
 461             System.out.println( "failed." );
 462             failed++;
 463         }
 464         System.out.print( "Rerooting: " );
 465         if ( Test.testRerooting() ) {
 466             System.out.println( "OK." );
 467             succeeded++;
 468         }
 469         else {
 470             System.out.println( "failed." );
 471             failed++;
 472         }
 473         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 474         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 475             System.out.println( "OK." );
 476             succeeded++;
 477         }
 478         else {
 479             System.out.println( "failed." );
 480             failed++;
 481         }
 482         System.out.print( "Node removal: " );
 483         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 484             System.out.println( "OK." );
 485             succeeded++;
 486         }
 487         else {
 488             System.out.println( "failed." );
 489             failed++;
 490         }
 491         System.out.print( "Support count: " );
 492         if ( Test.testSupportCount() ) {
 493             System.out.println( "OK." );
 494             succeeded++;
 495         }
 496         else {
 497             System.out.println( "failed." );
 498             failed++;
 499         }
 500         System.out.print( "Support transfer: " );
 501         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 502             System.out.println( "OK." );
 503             succeeded++;
 504         }
 505         else {
 506             System.out.println( "failed." );
 507             failed++;
 508         }
 509         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 510         if ( Test.testGetLCA() ) {
 511             System.out.println( "OK." );
 512             succeeded++;
 513         }
 514         else {
 515             System.out.println( "failed." );
 516             failed++;
 517         }
 518         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 519         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 520             System.out.println( "OK." );
 521             succeeded++;
 522         }
 523         else {
 524             System.out.println( "failed." );
 525             failed++;
 526         }
 527         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 528         if ( Test.testGetDistance() ) {
 529             System.out.println( "OK." );
 530             succeeded++;
 531         }
 532         else {
 533             System.out.println( "failed." );
 534             failed++;
 535         }
 536         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 537         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 538             System.out.println( "OK." );
 539             succeeded++;
 540         }
 541         else {
 542             System.out.println( "failed." );
 543             failed++;
 544         }
 545         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 546         if ( Test.testDataObjects() ) {
 547             System.out.println( "OK." );
 548             succeeded++;
 549         }
 550         else {
 551             System.out.println( "failed." );
 552             failed++;
 553         }
 554         System.out.print( "Properties map: " );
 555         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "SDIse: " );
 564         if ( Test.testSDIse() ) {
 565             System.out.println( "OK." );
 566             succeeded++;
 567         }
 568         else {
 569             System.out.println( "failed." );
 570             failed++;
 571         }
 572         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 573         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 574             System.out.println( "OK." );
 575             succeeded++;
 576         }
 577         else {
 578             System.out.println( "failed." );
 579             failed++;
 580         }
 581         System.out.print( "GSDI: " );
 582         if ( TestGSDI.test() ) {
 583             System.out.println( "OK." );
 584             succeeded++;
 585         }
 586         else {
 587             System.out.println( "failed." );
 588             failed++;
 589         }
 590         System.out.print( "RIO: " );
 591         if ( TestRIO.test() ) {
 592             System.out.println( "OK." );
 593             succeeded++;
 594         }
 595         else {
 596             System.out.println( "failed." );
 597             failed++;
 598         }
 599         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 600         System.out.println();
 601         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 610         System.out.println();
 611         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 612             System.out.println( "OK." );
 613             succeeded++;
 614         }
 615         else {
 616             System.out.println( "failed." );
 617             failed++;
 618         }
 619         System.out.print( "GO: " );
 620         System.out.println();
 621         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 622             System.out.println( "OK." );
 623             succeeded++;
 624         }
 625         else {
 626             System.out.println( "failed." );
 627             failed++;
 628         }
 629         System.out.print( "Modeling tools: " );
 630         if ( TestPccx.test() ) {
 631             System.out.println( "OK." );
 632             succeeded++;
 633         }
 634         else {
 635             System.out.println( "failed." );
 636             failed++;
 637         }
 638         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 639         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 640             System.out.println( "OK." );
 641             succeeded++;
 642         }
 643         else {
 644             System.out.println( "failed." );
 645             failed++;
 646         }
 647         System.out.print( "Split Matrix: " );
 648         if ( Test.testSplit() ) {
 649             System.out.println( "OK." );
 650             succeeded++;
 651         }
 652         else {
 653             System.out.println( "failed." );
 654             failed++;
 655         }
 656         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 657         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 658             System.out.println( "OK." );
 659             succeeded++;
 660         }
 661         else {
 662             System.out.println( "failed." );
 663             failed++;
 664         }
 665         System.out.print( "Basic table: " );
 666         if ( Test.testBasicTable() ) {
 667             System.out.println( "OK." );
 668             succeeded++;
 669         }
 670         else {
 671             System.out.println( "failed." );
 672             failed++;
 673         }
 674         System.out.print( "General table: " );
 675         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 676             System.out.println( "OK." );
 677             succeeded++;
 678         }
 679         else {
 680             System.out.println( "failed." );
 681             failed++;
 682         }
 683         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 684         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 685             System.out.println( "OK." );
 686             succeeded++;
 687         }
 688         else {
 689             System.out.println( "failed." );
 690             failed++;
 691         }
 692         System.out.print( "General MSA parser: " );
 693         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 694             System.out.println( "OK." );
 695             succeeded++;
 696         }
 697         else {
 698             System.out.println( "failed." );
 699             failed++;
 700         }
 701         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 702         if ( Test.testFastaParser() ) {
 703             System.out.println( "OK." );
 704             succeeded++;
 705         }
 706         else {
 707             System.out.println( "failed." );
 708             failed++;
 709         }
 710         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 711         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 712             System.out.println( "OK." );
 713             succeeded++;
 714         }
 715         else {
 716             System.out.println( "failed." );
 717             failed++;
 718         }
 719         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 720         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 721             System.out.println( "OK." );
 722             succeeded++;
 723         }
 724         else {
 725             System.out.println( "failed." );
 726             failed++;
 727         }
 728         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 729         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 730             System.out.println( "OK." );
 731             succeeded++;
 732         }
 733         else {
 734             System.out.println( "failed." );
 735             failed++;
 736         }
 737         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 738         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 739             System.out.println( "OK." );
 740             succeeded++;
 741         }
 742         else {
 743             System.out.println( "failed." );
 744             failed++;
 745         }
 746         //----
 747         String path = "";
 748         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 749         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 750             path = "/usr/local/bin/mafft";
 751         }
 752         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 753             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 754         }
 755         else {
 756             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 757         }
 758         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 759             path = "mafft";
 760         }
 761         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 762             path = "/usr/local/bin/mafft";
 763         }
 764         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 765             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 766             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 767                 System.out.println( "OK." );
 768                 succeeded++;
 769             }
 770             else {
 771                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 772             }
 773         }
 774         //----
 775         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 776         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 777             System.out.println( "OK." );
 778             succeeded++;
 779         }
 780         else {
 781             System.out.println( "failed." );
 782             failed++;
 783         }
 784         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 785         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 786             System.out.println( "OK." );
 787             succeeded++;
 788         }
 789         else {
 790             System.out.println( "failed." );
 791             failed++;
 792         }
 793         System.out.println();
 794         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 795         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 796         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 797         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 798                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 799         System.out.println();
 800         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 801         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 802         System.out.println();
 803         if ( failed < 1 ) {
 804             System.out.println( "OK." );
 805         }
 806         else {
 807             System.out.println( "Not OK." );
 808         }
 809     }
 810
 811     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 812         try {
 813             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "MOUSE" ) ) {
 814                 return false;
 815             }
 816             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 817                 return false;
 818             }
 819             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 820                 return false;
 821             }
 822             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 823                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 824                 return false;
 825             }
 826             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 827                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 831                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 832                 return false;
 833             }
 834             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 841                     .equals( "RAT" ) ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 845                     .equals( "RAT" ) ) {
 846                 return false;
 847             }
 848             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 849                     .equals( "RAT" ) ) {
 850                 return false;
 851             }
 852             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 856                 return false;
 857             }
 858             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 862                     .equals( "PIG" ) ) {
 863                 return false;
 864             }
 865             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 866                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 870                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 871                 return false;
 872             }
 873         }
 874         catch ( final Exception e ) {
 875             e.printStackTrace( System.out );
 876             return false;
 877         }
 878         return true;
 879     }
 880
 881     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 882         try {
 883             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 887             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 888                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 889             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 890                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 891             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 892                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 893             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 894                 return false;
 895             }
 896             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 897                 return false;
 898             }
 899             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 900                 return false;
 901             }
 902             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 903                 return false;
 904             }
 905             if ( !n3.isExternal() ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( !n3.isRoot() ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 912                 return false;
 913             }
 914         }
 915         catch ( final Exception e ) {
 916             e.printStackTrace( System.out );
 917             return false;
 918         }
 919         return true;
 920     }
 921
 922     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 923         try {
 924             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 925             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 926             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 927                                                               xml_parser );
 928             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 929                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 936             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 937             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 938             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 939             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !t1.isRooted() ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( t1.isRerootable() ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 952                 return false;
 953             }
 954             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 955                 return false;
 956             }
 957             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 961                 return false;
 962             }
 963             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 967                 return false;
 968             }
 969             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 973                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 977                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 978                 return false;
 979             }
 980             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 993                 return false;
 994             }
 995             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1005                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1009                 return false;
1010             }
1011             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1012                 return false;
1013             }
1014             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1015                 return false;
1016             }
1017             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1018                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1019                 return false;
1020             }
1021             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1022                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1026                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1027                 return false;
1028             }
1029             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1030                     .equals( "experimental" ) ) {
1031                 return false;
1032             }
1033             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1034                     .equals( "function" ) ) {
1035                 return false;
1036             }
1037             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1038                     .getValue() != 1 ) {
1039                 return false;
1040             }
1041             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1042                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1043                 return false;
1044             }
1045             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1046                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1050                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1051                 return false;
1052             }
1053             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1054                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1055                 return false;
1056             }
1057             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1058                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1059                 return false;
1060             }
1061             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1062                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1063                 return false;
1064             }
1065             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1066                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1067                 return false;
1068             }
1069             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1070                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1071                 return false;
1072             }
1073             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1074                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1075                 return false;
1076             }
1077             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1078                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1079                 return false;
1080             }
1081             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1082                 return false;
1083             }
1084             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1085                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1086                 return false;
1087             }
1088             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1089                 return false;
1090             }
1091         }
1092         catch ( final Exception e ) {
1093             e.printStackTrace( System.out );
1094             return false;
1095         }
1096         return true;
1097     }
1098
1099     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1100         try {
1101             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1102             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1103             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1104                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1105             }
1106             else {
1107                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1108             }
1109             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1110                                                               xml_parser );
1111             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1112                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1113                 return false;
1114             }
1115             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1116                 return false;
1117             }
1118             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1119             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1120             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1121                 return false;
1122             }
1123             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1124             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1125                 return false;
1126             }
1127             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1131                 return false;
1132             }
1133             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1134                 return false;
1135             }
1136             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1137             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1138             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1139             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1140                 return false;
1141             }
1142             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1152                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1156                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1157                 return false;
1158             }
1159             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1160             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1161             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1162             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1163             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1164                 return false;
1165             }
1166             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1167             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1168                 return false;
1169             }
1170             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1171                 return false;
1172             }
1173             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1183                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1184                 return false;
1185             }
1186             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1187                 return false;
1188             }
1189             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1190                 return false;
1191             }
1192             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1193                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1194                 return false;
1195             }
1196             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1197                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1201                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1205                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1209                     .equals( "experimental" ) ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1213                     .equals( "function" ) ) {
1214                 return false;
1215             }
1216             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1217                     .getValue() != 1 ) {
1218                 return false;
1219             }
1220             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1221                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1222                 return false;
1223             }
1224             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1225                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1229                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1230                 return false;
1231             }
1232             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1233                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1237                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1238                 return false;
1239             }
1240             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1241                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1242                 return false;
1243             }
1244             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1245                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1249                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1250                 return false;
1251             }
1252             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1253                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1254                 return false;
1255             }
1256             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1257                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1258                 return false;
1259             }
1260             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1264                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1265                 return false;
1266             }
1267             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1268                 return false;
1269             }
1270             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1274                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1281                 return false;
1282             }
1283             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1290                     .equals( "ncbi" ) ) {
1291                 return false;
1292             }
1293             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1294                 return false;
1295             }
1296             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1297                     .getName().equals( "B" ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1301                     .getFrom() != 21 ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1308                     .getLength() != 24 ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1312                     .getConfidence() != 2144 ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1316                     .equals( "pfam" ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1332             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1369                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1370                 ;
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1374                 return false;
1375             }
1376             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1377                 return false;
1378             }
1379             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1380                 return false;
1381             }
1382             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1383                 return false;
1384             }
1385             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1392                 return false;
1393             }
1394             //
1395             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1396                 return false;
1397             }
1398             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1399                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1406                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1410                 return false;
1411             }
1412             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1416                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419         }
1420         catch ( final Exception e ) {
1421             e.printStackTrace( System.out );
1422             return false;
1423         }
1424         return true;
1425     }
1426
1427     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1428         try {
1429             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1430             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1431             try {
1432                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1433             }
1434             catch ( final Exception e ) {
1435                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1436             }
1437             if ( xml_parser == null ) {
1438                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1439                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1440                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1441                 }
1442                 else {
1443                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1444                 }
1445             }
1446             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1447                                                               xml_parser );
1448             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1449                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1450                 return false;
1451             }
1452             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1453                 return false;
1454             }
1455             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1456             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1457             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1458             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1459             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1460                 return false;
1461             }
1462             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1463                 return false;
1464             }
1465             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1466                 return false;
1467             }
1468             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1469                 return false;
1470             }
1471             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1472                 return false;
1473             }
1474             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1475                 return false;
1476             }
1477             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1481             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1482             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1483                 System.out.println( "errors:" );
1484                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1485                 return false;
1486             }
1487             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1488                 return false;
1489             }
1490             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1491                                                               xml_parser );
1492             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1493                 System.out.println( "errors:" );
1494                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1495                 return false;
1496             }
1497             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1498                 return false;
1499             }
1500             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1501                 return false;
1502             }
1503             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1504                                                               xml_parser );
1505             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1506                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1507                 return false;
1508             }
1509             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1510                 return false;
1511             }
1512             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1513             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1514                 return false;
1515             }
1516             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1520                 return false;
1521             }
1522             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1523                 return false;
1524             }
1525             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1526                                                               xml_parser );
1527             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1528                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1529                 return false;
1530             }
1531             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1532                 return false;
1533             }
1534             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1535             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1536                 return false;
1537             }
1538             s.getNode( "first" );
1539             s.getNode( "<>" );
1540             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1541             s.getNode( "'''\"" );
1542             s.getNode( "\"\"\"" );
1543             s.getNode( "dick & doof" );
1544         }
1545         catch ( final Exception e ) {
1546             e.printStackTrace( System.out );
1547             return false;
1548         }
1549         return true;
1550     }
1551
1552     private static boolean testBasicTable() {
1553         try {
1554             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1555             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1562             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1563             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1564             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1565             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1566             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1567             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1568             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1569             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1570                 return false;
1571             }
1572             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1573                 return false;
1574             }
1575             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1576                 return false;
1577             }
1578             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1579                 return false;
1580             }
1581             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1582                 return false;
1583             }
1584             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1585                 return false;
1586             }
1587             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1588                 return false;
1589             }
1590             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1591                 return false;
1592             }
1593             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1594                 return false;
1595             }
1596             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1597                 return false;
1598             }
1599             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1600             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1601             source.append( "" + l );
1602             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1603             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1604             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1605             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1606             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1607             source.append( "40 41 42 43" + l );
1608             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1609             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1610             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1611             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1630             source1.append( "" + l );
1631             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1632             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1633             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1634             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1635             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1636             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1637             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1638             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1639             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1640             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1641                 return false;
1642             }
1643             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1644                 return false;
1645             }
1646             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1647                 return false;
1648             }
1649             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1650                 return false;
1651             }
1652             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1653                 return false;
1654             }
1655             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1656                 return false;
1657             }
1658             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1665             source2.append( "" + l );
1666             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1667             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1668             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1669             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1670             source2.append( "                     " + l );
1671             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1672             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1673             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1674             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1675             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1676                                                                         ";",
1677                                                                         false,
1678                                                                         false,
1679                                                                         "comment:",
1680                                                                         false );
1681             if ( tl.size() != 2 ) {
1682                 return false;
1683             }
1684             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1685             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1686             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1687                 return false;
1688             }
1689             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1690                 return false;
1691             }
1692             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1702                 return false;
1703             }
1704         }
1705         catch ( final Exception e ) {
1706             e.printStackTrace( System.out );
1707             return false;
1708         }
1709         return true;
1710     }
1711
1712     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1713         try {
1714             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1715             final TolParser parser = new TolParser();
1716             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1717             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1718                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1719                 return false;
1720             }
1721             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1722                 return false;
1723             }
1724             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1725             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( !t1.isRooted() ) {
1729                 return false;
1730             }
1731             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1741                 return false;
1742             }
1743             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1744             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1745                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1749                 return false;
1750             }
1751             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1752             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( !t2.isRooted() ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1759                 return false;
1760             }
1761             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1774                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1778             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1779                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1786             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1790                 return false;
1791             }
1792             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1793                 return false;
1794             }
1795             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1796                 return false;
1797             }
1798             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1799             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1800                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1807             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1808                 return false;
1809             }
1810             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1811                 return false;
1812             }
1813             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1814                 return false;
1815             }
1816             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1817                 return false;
1818             }
1819             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1820             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1821                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1822                 return false;
1823             }
1824             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1828             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1829                 return false;
1830             }
1831             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1838                 return false;
1839             }
1840         }
1841         catch ( final Exception e ) {
1842             e.printStackTrace( System.out );
1843             return false;
1844         }
1845         return true;
1846     }
1847
1848     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1849         try {
1850             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1851             final Phylogeny t1 = factory.create();
1852             if ( !t1.isEmpty() ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1856             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1857                 return false;
1858             }
1859             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1863                 return false;
1864             }
1865             if ( t2.isEmpty() ) {
1866                 return false;
1867             }
1868             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1869             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1876                 return false;
1877             }
1878             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1879             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1880             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1881                 return false;
1882             }
1883             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1884                 return false;
1885             }
1886             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1887                 return false;
1888             }
1889             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1890             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1891             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1892                 return false;
1893             }
1894             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1898             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1899             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1900                 return false;
1901             }
1902             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1903             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1904             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1905                 return false;
1906             }
1907             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1908             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1909             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1910                 return false;
1911             }
1912             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1913                 return false;
1914             }
1915             final char[] a9 = new char[] {};
1916             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1917             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1921             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1922             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1923                 return false;
1924             }
1925         }
1926         catch ( final Exception e ) {
1927             e.printStackTrace( System.out );
1928             return false;
1929         }
1930         return true;
1931     }
1932
1933     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1934         try {
1935             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1936             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1937             final Phylogeny[] ev0 = factory
1938                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1939                              new NHXParser() );
1940             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1941             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1942                 return false;
1943             }
1944             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1945                 return false;
1946             }
1947             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1948             final Phylogeny[] ev1 = factory
1949                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1950                              new NHXParser() );
1951             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1952             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1953                 return false;
1954             }
1955             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1956                 return false;
1957             }
1958             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1959             final Phylogeny[] ev_b = factory
1960                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1961                              new NHXParser() );
1962             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1963             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1964                 return false;
1965             }
1966             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1967                 return false;
1968             }
1969             //
1970             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1971             final Phylogeny[] ev1x = factory
1972                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1973                              new NHXParser() );
1974             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1975             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1976                 return false;
1977             }
1978             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1979                 return false;
1980             }
1981             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1982             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1983                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1984                              new NHXParser() );
1985             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1986             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1987                 return false;
1988             }
1989             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             //
1993             final Phylogeny[] t2 = factory
1994                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
1995                              new NHXParser() );
1996             final Phylogeny[] ev2 = factory
1997                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
1998                              new NHXParser() );
1999             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2000                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2001             }
2002             //
2003             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2004                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2005             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2006             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2007             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2008                 return false;
2009             }
2010             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2011                 return false;
2012             }
2013             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2014                 return false;
2015             }
2016         }
2017         catch ( final Exception e ) {
2018             e.printStackTrace();
2019             return false;
2020         }
2021         return true;
2022     }
2023
2024     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2025         try {
2026             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2027                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2028             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2029             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2030                 return false;
2031             }
2032         }
2033         catch ( final Exception e ) {
2034             e.printStackTrace();
2035             return false;
2036         }
2037         return true;
2038     }
2039
2040     private static boolean testDataObjects() {
2041         try {
2042             final Confidence s0 = new Confidence();
2043             final Confidence s1 = new Confidence();
2044             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2048             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2049             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2050                 return false;
2051             }
2052             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2053                 return false;
2054             }
2055             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2056             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             s3.asSimpleText();
2060             s3.asText();
2061             // Taxonomy
2062             // ----------
2063             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2064             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2065             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2066             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2067             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2068             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2069             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2070             t1.setScientificName( "E. coli" );
2071             t1.setCommonName( "coli" );
2072             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2073             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2074                 return false;
2075             }
2076             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2077             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2078             t2.setScientificName( "what" );
2079             t2.setCommonName( "something" );
2080             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2081                 return false;
2082             }
2083             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2084             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2085                 return false;
2086             }
2087             t1.setIdentifier( null );
2088             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2089             t3.setScientificName( "what" );
2090             t3.setCommonName( "something" );
2091             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2092                 return false;
2093             }
2094             t1.setIdentifier( null );
2095             t1.setTaxonomyCode( "" );
2096             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2097             t4.setCommonName( "something" );
2098             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2102             t4.setCommonName( "something" );
2103             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2104                 return false;
2105             }
2106             t1.setIdentifier( null );
2107             t1.setTaxonomyCode( "" );
2108             t1.setScientificName( "" );
2109             t5.setCommonName( "COLI" );
2110             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2111                 return false;
2112             }
2113             t5.setCommonName( "vibrio" );
2114             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             // Identifier
2118             // ----------
2119             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2120             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2121             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2125                 return false;
2126             }
2127             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2128                 return false;
2129             }
2130             id1.asSimpleText();
2131             id1.asText();
2132             // ProteinDomain
2133             // ---------------
2134             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2135             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2136             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2137                 return false;
2138             }
2139             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2140                 return false;
2141             }
2142             pd1.asSimpleText();
2143             pd1.asText();
2144             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2145             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2146             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2147                 return false;
2148             }
2149             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2153                 return false;
2154             }
2155             pd3.asSimpleText();
2156             pd3.asText();
2157             // DomainArchitecture
2158             // ------------------
2159             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2160             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2161             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2162             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2163             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2164             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2165             domains0.add( d2 );
2166             domains0.add( d0 );
2167             domains0.add( d3 );
2168             domains0.add( d1 );
2169             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2170             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2171                 return false;
2172             }
2173             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2174             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2175                 return false;
2176             }
2177             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2178                 return false;
2179             }
2180             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2181                 return false;
2182             }
2183             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2184             domains1.add( d1 );
2185             domains1.add( d2 );
2186             domains1.add( d4 );
2187             domains1.add( d0 );
2188             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2189             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2190                 return false;
2191             }
2192             ds1.asSimpleText();
2193             ds1.asText();
2194             ds1.toNHX();
2195             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2196             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2197                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2198                 return false;
2199             }
2200             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2201                 return false;
2202             }
2203             // Event
2204             // -----
2205             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2206             if ( e1.isDuplication() ) {
2207                 return false;
2208             }
2209             if ( !e1.isFusion() ) {
2210                 return false;
2211             }
2212             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2213                 return false;
2214             }
2215             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2216                 return false;
2217             }
2218             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2219             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2223                 return false;
2224             }
2225             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2226             if ( e2.isDuplication() ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2233                 return false;
2234             }
2235             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2242                 return false;
2243             }
2244             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2245             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2246                 return false;
2247             }
2248             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2249             if ( e3.isDuplication() ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             if ( e3.isSpeciation() ) {
2253                 return false;
2254             }
2255             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2262             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2263             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2264                 return false;
2265             }
2266             e3 = null;
2267             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2271             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2272                 return false;
2273             }
2274             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2275                 return false;
2276             }
2277             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2278             e4 = null;
2279             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2280             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             final Event e5 = new Event();
2287             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2294                 return false;
2295             }
2296             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2297             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2301                 return false;
2302             }
2303             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2304             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2311             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2315                 return false;
2316             }
2317         }
2318         catch ( final Exception e ) {
2319             e.printStackTrace( System.out );
2320             return false;
2321         }
2322         return true;
2323     }
2324
2325     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2326         try {
2327             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2328             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2329             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2330             if ( t0.isEmpty() ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2334                 return false;
2335             }
2336             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2337             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2338                 return false;
2339             }
2340             if ( !t0.isEmpty() ) {
2341                 return false;
2342             }
2343             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2344             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2348             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2355             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2359             if ( !t1.isEmpty() ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2363             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2367             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2368                 return false;
2369             }
2370             t2.toNewHampshireX();
2371             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2372             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2373                 return false;
2374             }
2375             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2376             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2377                 return false;
2378             }
2379             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2380             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2384             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2385                 return false;
2386             }
2387             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2388             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2389                 return false;
2390             }
2391             n = t3.getNode( "A" );
2392             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             n = n.getNextExternalNode();
2396             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2397                 return false;
2398             }
2399             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2400             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             n = t3.getNode( "C" );
2404             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2408             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2409                 return false;
2410             }
2411             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2412             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2416             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2420             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2424             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2425                 return false;
2426             }
2427             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2428             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2429                 return false;
2430             }
2431             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2432             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             n = t4.getNode( "A" );
2436             n = n.getNextExternalNode();
2437             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             n = n.getNextExternalNode();
2441             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2445             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2446                 return false;
2447             }
2448             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2449             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2450             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2454             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2458             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2459             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2463             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2467             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2468             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2472             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2473                 return false;
2474             }
2475             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2476             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2477             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2481             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2485             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2486             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2490             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2494             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2495             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2496                 return false;
2497             }
2498             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2499             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2503             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2504             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2508             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2512             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2516             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2520             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2521             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2525             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2526                 return false;
2527             }
2528             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2529             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2530                 return false;
2531             }
2532             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2533             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2537             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2538                 return false;
2539             }
2540             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2541             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2545             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2549             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2550                 return false;
2551             }
2552             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2553             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2557             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2561             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2562                 return false;
2563             }
2564             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2565             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2566                 return false;
2567             }
2568             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2569             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2570                 return false;
2571             }
2572             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2573             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2574                 return false;
2575             }
2576             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2577             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2578             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2582             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2583                 return false;
2584             }
2585             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2586             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2587             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2591             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2595             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2596             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2600             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2604             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2605                 return false;
2606             }
2607             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2608             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2612             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2616             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2617                 return false;
2618             }
2619         }
2620         catch ( final Exception e ) {
2621             e.printStackTrace( System.out );
2622             return false;
2623         }
2624         return true;
2625     }
2626
2627     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2628         try {
2629             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2630             dss1.addValue( 82 );
2631             dss1.addValue( 78 );
2632             dss1.addValue( 70 );
2633             dss1.addValue( 58 );
2634             dss1.addValue( 42 );
2635             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2636                 return false;
2637             }
2638             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2639                 return false;
2640             }
2641             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2642                 return false;
2643             }
2644             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2645                 return false;
2646             }
2647             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2657                 return false;
2658             }
2659             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2660                 return false;
2661             }
2662             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2666                 return false;
2667             }
2668             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2669                 return false;
2670             }
2671             dss1.addValue( 123 );
2672             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2676                 return false;
2677             }
2678             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2679                 return false;
2680             }
2681             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2682             dss2.addValue( -1.85 );
2683             dss2.addValue( 57.5 );
2684             dss2.addValue( 92.78 );
2685             dss2.addValue( 57.78 );
2686             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2687                 return false;
2688             }
2689             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2690                 return false;
2691             }
2692             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2693             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             dss2.addValue( -100 );
2697             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2698                 return false;
2699             }
2700             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             final double[] ds = new double[ 14 ];
2704             ds[ 0 ] = 34;
2705             ds[ 1 ] = 23;
2706             ds[ 2 ] = 1;
2707             ds[ 3 ] = 32;
2708             ds[ 4 ] = 11;
2709             ds[ 5 ] = 2;
2710             ds[ 6 ] = 12;
2711             ds[ 7 ] = 33;
2712             ds[ 8 ] = 13;
2713             ds[ 9 ] = 22;
2714             ds[ 10 ] = 21;
2715             ds[ 11 ] = 35;
2716             ds[ 12 ] = 24;
2717             ds[ 13 ] = 31;
2718             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2719             if ( bins.length != 4 ) {
2720                 return false;
2721             }
2722             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2723                 return false;
2724             }
2725             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2726                 return false;
2727             }
2728             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2729                 return false;
2730             }
2731             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2732                 return false;
2733             }
2734             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2735             ds1[ 0 ] = 10.0;
2736             ds1[ 1 ] = 19.0;
2737             ds1[ 2 ] = 9.999;
2738             ds1[ 3 ] = 0.0;
2739             ds1[ 4 ] = 39.9;
2740             ds1[ 5 ] = 39.999;
2741             ds1[ 6 ] = 30.0;
2742             ds1[ 7 ] = 19.999;
2743             ds1[ 8 ] = 30.1;
2744             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2745             if ( bins1.length != 4 ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2749                 return false;
2750             }
2751             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2752                 return false;
2753             }
2754             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2755                 return false;
2756             }
2757             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2758                 return false;
2759             }
2760             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2761             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2762                 return false;
2763             }
2764             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2765                 return false;
2766             }
2767             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2768                 return false;
2769             }
2770             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2771                 return false;
2772             }
2773             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2774             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2784                 return false;
2785             }
2786             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2787             dss3.addValue( 1 );
2788             dss3.addValue( 1 );
2789             dss3.addValue( 1 );
2790             dss3.addValue( 2 );
2791             dss3.addValue( 3 );
2792             dss3.addValue( 4 );
2793             dss3.addValue( 5 );
2794             dss3.addValue( 5 );
2795             dss3.addValue( 5 );
2796             dss3.addValue( 6 );
2797             dss3.addValue( 7 );
2798             dss3.addValue( 8 );
2799             dss3.addValue( 9 );
2800             dss3.addValue( 10 );
2801             dss3.addValue( 10 );
2802             dss3.addValue( 10 );
2803             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2804             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2805             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2806         }
2807         catch ( final Exception e ) {
2808             e.printStackTrace( System.out );
2809             return false;
2810         }
2811         return true;
2812     }
2813
2814     private static boolean testDir( final String file ) {
2815         try {
2816             final File f = new File( file );
2817             if ( !f.exists() ) {
2818                 return false;
2819             }
2820             if ( !f.isDirectory() ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             if ( !f.canRead() ) {
2824                 return false;
2825             }
2826         }
2827         catch ( final Exception e ) {
2828             return false;
2829         }
2830         return true;
2831     }
2832
2833     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2834         try {
2835             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2836             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2837             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2838             n = n.getNextExternalNode();
2839             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2840                 return false;
2841             }
2842             n = n.getNextExternalNode();
2843             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2844                 return false;
2845             }
2846             n = n.getNextExternalNode();
2847             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2848                 return false;
2849             }
2850             n = t1.getNode( "B" );
2851             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2852                 n = n.getNextExternalNode();
2853             }
2854             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2855             n = t2.getNode( "A" );
2856             n = n.getNextExternalNode();
2857             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2858                 return false;
2859             }
2860             n = n.getNextExternalNode();
2861             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2862                 return false;
2863             }
2864             n = n.getNextExternalNode();
2865             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2866                 return false;
2867             }
2868             n = t2.getNode( "B" );
2869             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2870                 n = n.getNextExternalNode();
2871             }
2872             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2873             n = t3.getNode( "A" );
2874             n = n.getNextExternalNode();
2875             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2876                 return false;
2877             }
2878             n = n.getNextExternalNode();
2879             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2880                 return false;
2881             }
2882             n = n.getNextExternalNode();
2883             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2884                 return false;
2885             }
2886             n = n.getNextExternalNode();
2887             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2888                 return false;
2889             }
2890             n = n.getNextExternalNode();
2891             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2892                 return false;
2893             }
2894             n = n.getNextExternalNode();
2895             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2896                 return false;
2897             }
2898             n = n.getNextExternalNode();
2899             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2900                 return false;
2901             }
2902             n = t3.getNode( "B" );
2903             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2904                 n = n.getNextExternalNode();
2905             }
2906             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2907             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2908                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2909             }
2910             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2911             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2912                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2913             }
2914             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2915             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
2916             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
2917                 return false;
2918             }
2919             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
2920                 return false;
2921             }
2922             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
2923                 return false;
2924             }
2925             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
2926                 return false;
2927             }
2928             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
2929                 return false;
2930             }
2931             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
2932                 return false;
2933             }
2934             if ( iter.hasNext() ) {
2935                 return false;
2936             }
2937         }
2938         catch ( final Exception e ) {
2939             e.printStackTrace( System.out );
2940             return false;
2941         }
2942         return true;
2943     }
2944
2945     private static boolean testGeneralTable() {
2946         try {
2947             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2948             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2949             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2950             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2951             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2952             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2953             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2954             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2955             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2956             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2957                 return false;
2958             }
2959             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2960                 return false;
2961             }
2962             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2963                 return false;
2964             }
2965             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2966                 return false;
2967             }
2968             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2969                 return false;
2970             }
2971             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2972                 return false;
2973             }
2974             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2978                 return false;
2979             }
2980             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2981                 return false;
2982             }
2983             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2984             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2985             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2986             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2987             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2988             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2989             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2990             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2991             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2992             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2993             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2994                 return false;
2995             }
2996             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2997                 return false;
2998             }
2999             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3000                 return false;
3001             }
3002             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3003                 return false;
3004             }
3005             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3006                 return false;
3007             }
3008             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3009                 return false;
3010             }
3011             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3012                 return false;
3013             }
3014             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3015                 return false;
3016             }
3017             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3018                 return false;
3019             }
3020             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023         }
3024         catch ( final Exception e ) {
3025             e.printStackTrace( System.out );
3026             return false;
3027         }
3028         return true;
3029     }
3030
3031     private static boolean testGetDistance() {
3032         try {
3033             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3034             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3035                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3036             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3037                 return false;
3038             }
3039             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3040                 return false;
3041             }
3042             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3043                 return false;
3044             }
3045             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3046                 return false;
3047             }
3048             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3130                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3131             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3135                 return false;
3136             }
3137             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3138                 return false;
3139             }
3140             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3141                 return false;
3142             }
3143             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3153                 return false;
3154             }
3155             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164         }
3165         catch ( final Exception e ) {
3166             e.printStackTrace( System.out );
3167             return false;
3168         }
3169         return true;
3170     }
3171
3172     private static boolean testGetLCA() {
3173         try {
3174             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3175             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3176                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3177             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3178             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3179                 return false;
3180             }
3181             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3182             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3183                 return false;
3184             }
3185             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3186             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3187                 return false;
3188             }
3189             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3190             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3191                 return false;
3192             }
3193             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3194             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3198             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3199                 return false;
3200             }
3201             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3202             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3203                 return false;
3204             }
3205             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3206             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3207                 return false;
3208             }
3209             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3210             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3211                 return false;
3212             }
3213             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3214             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3215                 return false;
3216             }
3217             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3218             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3219                 return false;
3220             }
3221             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3222             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3226             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3227                 return false;
3228             }
3229             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3230             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3234             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3238             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3242             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3246             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3250             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3254             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3258             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3259                 return false;
3260             }
3261             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3262             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3266             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3270             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3271             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3275             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3279             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3280                 return false;
3281             }
3282             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3283             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3287             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3288                 return false;
3289             }
3290             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3291             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3292                 return false;
3293             }
3294             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3295             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3296                 return false;
3297             }
3298             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3299             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final Phylogeny p3 = factory
3303                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3304                              new NHXParser() )[ 0 ];
3305             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3306             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3310             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3311                 return false;
3312             }
3313             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3314             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3315                 return false;
3316             }
3317             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3318             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3322             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3326                 return false;
3327             }
3328             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3329             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             if ( !al_3.isRoot() ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3336             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3337                 return false;
3338             }
3339             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3343             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3350             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3354             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3355             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3359             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3360             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3364             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3365             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3369             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3370             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3371                 return false;
3372             }
3373         }
3374         catch ( final Exception e ) {
3375             e.printStackTrace( System.out );
3376             return false;
3377         }
3378         return true;
3379     }
3380
3381     private static boolean testGetLCA2() {
3382         try {
3383             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3384             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3385             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3386             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3387                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3388             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3392             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3393             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3394                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3395             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3396                 return false;
3397             }
3398             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3399                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3400             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3401                 return false;
3402             }
3403             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3404             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3405             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3406                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3407             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3411                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3412             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3413                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3414                 System.exit( -1 );
3415                 return false;
3416             }
3417             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3418                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3419             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3420                 return false;
3421             }
3422             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3423                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3424             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3428                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3429             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3430             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3431                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3432             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3436                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3437             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3441                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3442             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3443                 return false;
3444             }
3445             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3446                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3447             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3451                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3452             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3456                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3457             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3458                 return false;
3459             }
3460             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3461                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3462             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3463                 return false;
3464             }
3465             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3466                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3467             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3471                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3472             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3476                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3477             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3478                 return false;
3479             }
3480             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3481                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3482             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3483                 return false;
3484             }
3485             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3486                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3487             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3488                 return false;
3489             }
3490             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3491                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3492             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3493                 return false;
3494             }
3495             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3496                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3497             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3498                 return false;
3499             }
3500             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3501                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3502             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3506                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3507             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3508                 return false;
3509             }
3510             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3511                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3512             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3513                 return false;
3514             }
3515             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3516                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3517             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3518                 return false;
3519             }
3520             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3521                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3522             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3526                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3527             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3531                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3532             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3533                 return false;
3534             }
3535             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3536                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3537             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3541                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3542             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3546             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3547             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3548                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3549             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3553                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3554             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3555                 return false;
3556             }
3557             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3558                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3559             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3560                 return false;
3561             }
3562             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3563                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3564             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3568                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3569             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3573                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3574             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3578                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3579             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3580                 return false;
3581             }
3582             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3583                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3584             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3585                 return false;
3586             }
3587             final Phylogeny p3 = factory
3588                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3589                              new NHXParser() )[ 0 ];
3590             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3591             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3592                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3593             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3597                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3598             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3602                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3603             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3607                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3608             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3609                 return false;
3610             }
3611             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3612                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3613             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3620                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3621             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             if ( !al_3.isRoot() ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3628                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3629             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3630                 return false;
3631             }
3632             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3633                 return false;
3634             }
3635             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3636                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3637             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3644                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3645             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3646                 return false;
3647             }
3648             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3649             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3650             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3651                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3652             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3656             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3657             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3658                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3659             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3660                 return false;
3661             }
3662             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3663             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3664             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3665                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3666             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3667                 return false;
3668             }
3669             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3670             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3671             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3672                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3673             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3677                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3678             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3679                 return false;
3680             }
3681             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3682                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3683             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3687                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3688             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3689                 return false;
3690             }
3691             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3692                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3693             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3694                 return false;
3695             }
3696             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3697                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3698             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3699                 return false;
3700             }
3701         }
3702         catch ( final Exception e ) {
3703             e.printStackTrace( System.out );
3704             return false;
3705         }
3706         return true;
3707     }
3708
3709     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3710         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3711         try {
3712             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3713                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3714             parser1.parse();
3715             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3716                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3717             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3718             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3719                 return false;
3720             }
3721             if ( proteins.size() != 4 ) {
3722                 return false;
3723             }
3724             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3725                 return false;
3726             }
3727             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3728                 return false;
3729             }
3730             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3731                 return false;
3732             }
3733             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3734             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3741             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3745                 return false;
3746             }
3747             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3748             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3752             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3753                 return false;
3754             }
3755             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3756                 return false;
3757             }
3758             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3759                 return false;
3760             }
3761             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3762                 return false;
3763             }
3764             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3765                 return false;
3766             }
3767             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3768                 return false;
3769             }
3770             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3771                 return false;
3772             }
3773             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3780                 return false;
3781             }
3782         }
3783         catch ( final Exception e ) {
3784             e.printStackTrace( System.out );
3785             return false;
3786         }
3787         return true;
3788     }
3789
3790     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3791         try {
3792             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3793             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3794             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3795             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3796             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3800             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3801                 return false;
3802             }
3803             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3804             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3805                 return false;
3806             }
3807             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3808             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3809                 return false;
3810             }
3811         }
3812         catch ( final Exception e ) {
3813             e.printStackTrace( System.out );
3814             return false;
3815         }
3816         return true;
3817     }
3818
3819     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3820         try {
3821             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3822             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3823             PhylogenyNodeIterator it0;
3824             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3825                 it0.next();
3826             }
3827             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3828                 it0.next();
3829             }
3830             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3831             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3835                 return false;
3836             }
3837             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3847                 return false;
3848             }
3849             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3850                 return false;
3851             }
3852             if ( it.hasNext() ) {
3853                 return false;
3854             }
3855             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3856                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3857             PhylogenyNodeIterator it2;
3858             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3859                 it2.next();
3860             }
3861             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3862                 it2.next();
3863             }
3864             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3865             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3866                 return false;
3867             }
3868             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3869                 return false;
3870             }
3871             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3872                 return false;
3873             }
3874             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3875                 return false;
3876             }
3877             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3878                 return false;
3879             }
3880             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3881                 return false;
3882             }
3883             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3884                 return false;
3885             }
3886             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3887                 return false;
3888             }
3889             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3890                 return false;
3891             }
3892             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3893                 return false;
3894             }
3895             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3896                 return false;
3897             }
3898             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3917                 return false;
3918             }
3919             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3920                 return false;
3921             }
3922             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3926                 return false;
3927             }
3928             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             if ( it3.hasNext() ) {
3941                 return false;
3942             }
3943             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3944             PhylogenyNodeIterator it4;
3945             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3946                 it4.next();
3947             }
3948             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3949                 it4.next();
3950             }
3951             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3952             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3968             PhylogenyNodeIterator it6;
3969             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3970                 it6.next();
3971             }
3972             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3973                 it6.next();
3974             }
3975             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3976             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( it.hasNext() ) {
3980                 return false;
3981             }
3982         }
3983         catch ( final Exception e ) {
3984             e.printStackTrace( System.out );
3985             return false;
3986         }
3987         return true;
3988     }
3989
3990     private static boolean testNodeRemoval() {
3991         try {
3992             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3993             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3994             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
3995             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
3999             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
4000             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4004             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
4005             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
4006                 return false;
4007             }
4008         }
4009         catch ( final Exception e ) {
4010             e.printStackTrace( System.out );
4011             return false;
4012         }
4013         return true;
4014     }
4015
4016     private static boolean testMidpointrooting() {
4017         try {
4018             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4019             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4020             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
4021             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
4022                 return false;
4023             }
4024             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
4028                            1 ) ) {
4029                 return false;
4030             }
4031             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
4032                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4033             if ( !t1.isRooted() ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4037             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4038                 return false;
4039             }
4040             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4041                 return false;
4042             }
4043             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4044                 return false;
4045             }
4046             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4050                 return false;
4051             }
4052             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4053                 return false;
4054             }
4055             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
4056             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4057             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4058                 return false;
4059             }
4060             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4070                 System.exit( -1 );
4071                 return false;
4072             }
4073             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4074                 return false;
4075             }
4076         }
4077         catch ( final Exception e ) {
4078             e.printStackTrace( System.out );
4079             return false;
4080         }
4081         return true;
4082     }
4083
4084     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
4085         try {
4086             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4087             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4088             parser.parse();
4089             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4090             if ( labels.length != 7 ) {
4091                 return false;
4092             }
4093             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4094                 return false;
4095             }
4096             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4097                 return false;
4098             }
4099             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4103                 return false;
4104             }
4105             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4109                 return false;
4110             }
4111             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4112                 return false;
4113             }
4114             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4115             parser.parse();
4116             labels = parser.getCharStateLabels();
4117             if ( labels.length != 7 ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4124                 return false;
4125             }
4126             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4127                 return false;
4128             }
4129             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4139                 return false;
4140             }
4141         }
4142         catch ( final Exception e ) {
4143             e.printStackTrace( System.out );
4144             return false;
4145         }
4146         return true;
4147     }
4148
4149     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4150         try {
4151             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4152             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4153             parser.parse();
4154             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4155             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4165                 return false;
4166             }
4167             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4168                 return false;
4169             }
4170             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4171                 return false;
4172             }
4173             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4174                 return false;
4175             }
4176             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4177                 return false;
4178             }
4179             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4180                 return false;
4181             }
4182             //            if ( labels.length != 7 ) {
4183             //                return false;
4184             //            }
4185             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4186             //                return false;
4187             //            }
4188             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4189             //                return false;
4190             //            }
4191             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4192             //                return false;
4193             //            }
4194             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4195             //                return false;
4196             //            }
4197             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4198             //                return false;
4199             //            }
4200             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4201             //                return false;
4202             //            }
4203             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4204             //                return false;
4205             //            }
4206             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4207             //            parser.parse();
4208             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4209             //            if ( labels.length != 7 ) {
4210             //                return false;
4211             //            }
4212             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4213             //                return false;
4214             //            }
4215             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4216             //                return false;
4217             //            }
4218             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4219             //                return false;
4220             //            }
4221             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4222             //                return false;
4223             //            }
4224             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4225             //                return false;
4226             //            }
4227             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4228             //                return false;
4229             //            }
4230             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4231             //                return false;
4232             //            }
4233         }
4234         catch ( final Exception e ) {
4235             e.printStackTrace( System.out );
4236             return false;
4237         }
4238         return true;
4239     }
4240
4241     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4242         try {
4243             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4244             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4245             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4246             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4247                 return false;
4248             }
4249             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4253                 return false;
4254             }
4255             phylogenies = null;
4256             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4257             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4258                 return false;
4259             }
4260             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4261                 return false;
4262             }
4263             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4264                 return false;
4265             }
4266             phylogenies = null;
4267             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4268             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4269                 return false;
4270             }
4271             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4272                 return false;
4273             }
4274             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4275                 return false;
4276             }
4277             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             phylogenies = null;
4281             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4282             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4283                 return false;
4284             }
4285             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4286                 return false;
4287             }
4288             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4289                 return false;
4290             }
4291             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4292                 return false;
4293             }
4294             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4298                 return false;
4299             }
4300             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4304                 return false;
4305             }
4306             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4325                 return false;
4326             }
4327             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4328                 return false;
4329             }
4330             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4337                 return false;
4338             }
4339             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4340                 return false;
4341             }
4342             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4352                 return false;
4353             }
4354             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4370                 return false;
4371             }
4372             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4376                 return false;
4377             }
4378             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4394                 return false;
4395             }
4396             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4403                 return false;
4404             }
4405         }
4406         catch ( final Exception e ) {
4407             e.printStackTrace( System.out );
4408             return false;
4409         }
4410         return true;
4411     }
4412
4413     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4414         try {
4415             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4416             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4417             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4418             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4419                 return false;
4420             }
4421             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4428                 return false;
4429             }
4430             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4434                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             phylogenies = null;
4438             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4439             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4443                 return false;
4444             }
4445             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4458                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4459                 return false;
4460             }
4461             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4465                 return false;
4466             }
4467             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4468                 return false;
4469             }
4470             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4474                 return false;
4475             }
4476             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4477                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4478                 return false;
4479             }
4480             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4481                 return false;
4482             }
4483             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4493                 return false;
4494             }
4495             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4496                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             phylogenies = null;
4500             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4501             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4502                 return false;
4503             }
4504             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4511                 return false;
4512             }
4513             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4520                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4521                 return false;
4522             }
4523             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4533                 return false;
4534             }
4535             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4536                 return false;
4537             }
4538             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4539                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4540                 return false;
4541             }
4542             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4546                 return false;
4547             }
4548             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4555                 return false;
4556             }
4557             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4558                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4559                 return false;
4560             }
4561         }
4562         catch ( final Exception e ) {
4563             e.printStackTrace( System.out );
4564             return false;
4565         }
4566         return true;
4567     }
4568
4569     private static boolean testNHParsing() {
4570         try {
4571             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4572             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4573             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4577             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4578             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4579             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4580             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4584                 return false;
4585             }
4586             final Phylogeny p1b = factory
4587                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4588                              new NHXParser() )[ 0 ];
4589             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4596             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4597             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4598             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4599             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4600             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4601             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4602             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4603             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4604             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4605             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4606                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4607                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4608                                                     new NHXParser() );
4609             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4610                 return false;
4611             }
4612             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4616                 return false;
4617             }
4618             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4622             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4623             final String p16_S = "((A,B),C)";
4624             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4625             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4629             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4630             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4634             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4635             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4636                 return false;
4637             }
4638             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4639             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4640             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4644             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4645             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4646                 return false;
4647             }
4648             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4649             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4650             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4654             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4655             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4659             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4660             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4661                 return false;
4662             }
4663             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4664             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4665             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4666                 return false;
4667             }
4668             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4669             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4670             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4671             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4678                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4679                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4680                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4681                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4682                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4683                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4684                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4685             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4686             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4687                 return false;
4688             }
4689             final String p26_S = "(A,B)ab";
4690             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4691             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4692                 return false;
4693             }
4694             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4695             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4696                                                     new NHXParser() );
4697             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4698                 return false;
4699             }
4700             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4701             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4702             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4703             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4704             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4705                                                     new NHXParser() );
4706             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4707                 return false;
4708             }
4709             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4710                 return false;
4711             }
4712             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4719             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4720             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4724             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4725             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4729             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4730             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             final String p33_S = "A";
4734             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4735             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4736                 return false;
4737             }
4738             final String p34_S = "B;";
4739             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4740             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             final String p35_S = "B:0.2";
4744             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4745             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             final String p36_S = "(A)";
4749             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4750             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             final String p37_S = "((A))";
4754             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4755             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4759             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4760             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4764             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4765             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4766                 return false;
4767             }
4768             final String p40_S = "(A,B,C)";
4769             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4770             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4771                 return false;
4772             }
4773             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4774             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4775             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4776                 return false;
4777             }
4778             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4779             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4780             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4781                 return false;
4782             }
4783             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4784             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4785             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4789             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4790             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4794             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4795             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4796                 return false;
4797             }
4798             final String p46_S = "";
4799             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4800             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4804             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4805                 return false;
4806             }
4807             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4808             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             final Phylogeny p49 = factory
4812                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4813                              new NHXParser() )[ 0 ];
4814             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4818             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4822                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4829                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4833             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4837             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4838                 return false;
4839             }
4840             final Phylogeny p53 = factory
4841                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4842                              new NHXParser() )[ 0 ];
4843             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4844                 return false;
4845             }
4846             //
4847             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4848             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4852                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4853                 return false;
4854             }
4855         }
4856         catch ( final Exception e ) {
4857             e.printStackTrace( System.out );
4858             return false;
4859         }
4860         return true;
4861     }
4862
4863     private static boolean testNHParsingIter() {
4864         try {
4865             String p0_str = "(A,B);";
4866             NHXParser2 p = new NHXParser2();
4867             p.setSource( p0_str );
4868             Phylogeny p0 = p.getNext();
4869             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
4870                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
4871                 return false;
4872             }
4873             //if ( p.getNext() != null ) {
4874             //    return false;
4875             //}
4876             //
4877             String p00_str = "(A,B)root;";
4878             //p = new NHXParser2();
4879             p.setSource( p00_str );
4880             Phylogeny p00 = p.getNext();
4881             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
4882                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
4883                 return false;
4884             }
4885             //
4886             String p000_str = "A;";
4887             p.setSource( p000_str );
4888             Phylogeny p000 = p.getNext();
4889             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
4890                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
4891                 return false;
4892             }
4893             //
4894             String p0000_str = "A";
4895             p.setSource( p0000_str );
4896             Phylogeny p0000 = p.getNext();
4897             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
4898                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
4899                 return false;
4900             }
4901             //
4902             p.setSource( "(A)" );
4903             Phylogeny p00000 = p.getNext();
4904             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
4905                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
4906                 return false;
4907             }
4908             //
4909             //            p.setSource( " " );
4910             //            Phylogeny p000000 = p.getNext();
4911             //            if ( !p000000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
4912             //                System.out.println( p000000.toNewHampshire() );
4913             //                return false;
4914             //            }
4915             //
4916             String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
4917             p.setSource( p1_str );
4918             Phylogeny p1_0 = p.getNext();
4919             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
4920                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
4921                 return false;
4922             }
4923             Phylogeny p1_1 = p.getNext();
4924             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
4925                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
4926                 return false;
4927             }
4928             Phylogeny p1_2 = p.getNext();
4929             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
4930                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
4931                 return false;
4932             }
4933             Phylogeny p1_3 = p.getNext();
4934             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
4935                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
4936                 return false;
4937             }
4938             //
4939             String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
4940             p.setSource( p2_str );
4941             Phylogeny p2_0 = p.getNext();
4942             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
4943                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
4944                 return false;
4945             }
4946             Phylogeny p2_1 = p.getNext();
4947             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
4948                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
4949                 return false;
4950             }
4951             Phylogeny p2_2 = p.getNext();
4952             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
4953                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
4954                 return false;
4955             }
4956             Phylogeny p2_3 = p.getNext();
4957             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
4958                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
4959                 return false;
4960             }
4961             Phylogeny p2_4 = p.getNext();
4962             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
4963                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
4964                 return false;
4965             }
4966         }
4967         catch ( final Exception e ) {
4968             e.printStackTrace( System.out );
4969             return false;
4970         }
4971         return true;
4972     }
4973
4974     private static boolean testNHXconversion() {
4975         try {
4976             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4977             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4978             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4979             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4980             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4981                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4982             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4983                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4984             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4985                 return false;
4986             }
4987             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4988                 return false;
4989             }
4990             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4991                 return false;
4992             }
4993             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4994                 return false;
4995             }
4996             if ( !n5.toNewHampshireX()
4997                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
5001                 return false;
5002             }
5003         }
5004         catch ( final Exception e ) {
5005             e.printStackTrace( System.out );
5006             return false;
5007         }
5008         return true;
5009     }
5010
5011     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
5012         try {
5013             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345678",
5014                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5015             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5016                 return false;
5017             }
5018             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345x",
5019                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5020             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5021                 System.out.println( n1.toString() );
5022                 return false;
5023             }
5024             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
5025                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5026             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5027                 System.out.println( n2.toString() );
5028                 return false;
5029             }
5030             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345",
5031                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5032             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5033                 System.out.println( n3.toString() );
5034                 return false;
5035             }
5036             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345",
5037                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5038             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5039                 System.out.println( n4.toString() );
5040                 return false;
5041             }
5042             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345-blag",
5043                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5044             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5045                 System.out.println( n5.toString() );
5046                 return false;
5047             }
5048             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag",
5049                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5050             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5051                 System.out.println( n6.toString() );
5052                 return false;
5053             }
5054             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag",
5055                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5056             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5057                 System.out.println( n7.toString() );
5058                 return false;
5059             }
5060             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag",
5061                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5062             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5063                 System.out.println( n8.toString() );
5064                 return false;
5065             }
5066             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345_blag",
5067                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5068             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5069                 System.out.println( n9.toString() );
5070                 return false;
5071             }
5072             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag",
5073                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5074             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "12X45" ) ) {
5075                 System.out.println( n10.toString() );
5076                 return false;
5077             }
5078             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus",
5079                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5080             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
5081                 System.out.println( n11.toString() );
5082                 return false;
5083             }
5084             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_musculus",
5085                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5086             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
5087                 System.out.println( n12.toString() );
5088                 return false;
5089             }
5090             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus1",
5091                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5092             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5093                 System.out.println( n13.toString() );
5094                 return false;
5095             }
5096             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_11",
5097                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5098             if ( n14.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5099                 System.out.println( n14.toString() );
5100                 return false;
5101             }
5102             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v11",
5103                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5104             if ( !n15.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus v11" ) ) {
5105                 System.out.println( n15.toString() );
5106                 return false;
5107             }
5108             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_/11",
5109                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5110             if ( n16.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5111                 System.out.println( n16.toString() );
5112                 return false;
5113             }
5114             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v",
5115                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5116             if ( n17.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5117                 System.out.println( n17.toString() );
5118                 return false;
5119             }
5120         }
5121         catch ( final Exception e ) {
5122             e.printStackTrace( System.out );
5123             return false;
5124         }
5125         return true;
5126     }
5127
5128     private static boolean testNHXNodeParsing() {
5129         try {
5130             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
5131             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
5132             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
5133             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
5134             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
5135                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
5136             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( n3.isDuplication() ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
5158                 return false;
5159             }
5160             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
5161                 return false;
5162             }
5163             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
5164                 return false;
5165             }
5166             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
5167                 return false;
5168             }
5169             if ( !n5.isDuplication() ) {
5170                 return false;
5171             }
5172             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
5173                 return false;
5174             }
5175             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
5176                 return false;
5177             }
5178             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
5179                 return false;
5180             }
5181             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
5182                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5183             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
5190                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5191             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
5192                 return false;
5193             }
5194             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5195                 return false;
5196             }
5197             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
5198                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5199             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
5200                 return false;
5201             }
5202             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
5203                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5204             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
5211                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5212             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
5213                 return false;
5214             }
5215             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
5219                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5220             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
5221                 return false;
5222             }
5223             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
5227                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5228             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
5229                 return false;
5230             }
5231             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
5232                 return false;
5233             }
5234             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
5235                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5236             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
5237                 return false;
5238             }
5239             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
5240                 return false;
5241             }
5242             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
5243                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5244             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
5251                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5252             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
5259                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5260             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
5264                 return false;
5265             }
5266             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
5267                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5268             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
5275                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5276             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
5283                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5284             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
5285                 return false;
5286             }
5287             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
5288                 return false;
5289             }
5290             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
5291                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
5292                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5293             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
5300                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
5301                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5302             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
5309                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
5310                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5311             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
5318                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5319             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
5323                 return false;
5324             }
5325             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
5326                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5327             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5328                 return false;
5329             }
5330             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
5334                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5335             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5336                 return false;
5337             }
5338             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
5342                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5343             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
5350                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
5351                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5352             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
5362                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
5363                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5364             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
5365                 return false;
5366             }
5367             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5368                 return false;
5369             }
5370             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
5371                 return false;
5372             }
5373             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
5374                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5375             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
5382                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5383             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
5384                 return false;
5385             }
5386             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
5390             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
5391             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
5392                 return false;
5393             }
5394             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5407                 return false;
5408             }
5409             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
5410                 return false;
5411             }
5412             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
5413                 return false;
5414             }
5415             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5416                 return false;
5417             }
5418             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5419                 return false;
5420             }
5421             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5422                 return false;
5423             }
5424             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5425                 return false;
5426             }
5427             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5428                 return false;
5429             }
5430             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
5434                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
5435             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
5439                 return false;
5440             }
5441             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
5442                 return false;
5443             }
5444             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
5445                 return false;
5446             }
5447             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
5448                 return false;
5449             }
5450             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
5451                 return false;
5452             }
5453             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
5457             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
5461                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5462             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
5466                 return false;
5467             }
5468             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5469                 return false;
5470             }
5471             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
5472                 return false;
5473             }
5474             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
5475                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5476             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
5480                 return false;
5481             }
5482             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
5483                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
5484                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5485             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5489                 return false;
5490             }
5491             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
5495                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5496             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
5497                 return false;
5498             }
5499             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5500                 return false;
5501             }
5502             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
5503                 return false;
5504             }
5505             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
5506                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5507             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
5514                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5515             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
5522                 return false;
5523             }
5524             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej",
5525                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5526             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
5527                 return false;
5528             }
5529             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
5530                 return false;
5531             }
5532             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
5533                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5534             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
5538                 return false;
5539             }
5540             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
5541                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5542             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345678",
5546                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5547             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5548                 return false;
5549             }
5550         }
5551         catch ( final Exception e ) {
5552             e.printStackTrace( System.out );
5553             return false;
5554         }
5555         return true;
5556     }
5557
5558     private static boolean testNHXParsing() {
5559         try {
5560             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5561             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
5562             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
5563                 return false;
5564             }
5565             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
5566             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
5567             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
5571             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
5572             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
5573                 return false;
5574             }
5575             final Phylogeny[] p3 = factory
5576                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5577                              new NHXParser() );
5578             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5579                 return false;
5580             }
5581             final Phylogeny[] p4 = factory
5582                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5583                              new NHXParser() );
5584             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5585                 return false;
5586             }
5587             final Phylogeny[] p5 = factory
5588                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5589                              new NHXParser() );
5590             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5591                 return false;
5592             }
5593             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5594             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5595             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5596             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5600             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5601             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5602             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5606             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5607             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5608             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5612             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             final Phylogeny p10 = factory
5616                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5617                              new NHXParser() )[ 0 ];
5618             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5619                 return false;
5620             }
5621         }
5622         catch ( final Exception e ) {
5623             e.printStackTrace( System.out );
5624             return false;
5625         }
5626         return true;
5627     }
5628
5629     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5630         try {
5631             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5632             final NHXParser p = new NHXParser();
5633             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5634             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5635                 return false;
5636             }
5637             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5638             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5648                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5649                 return false;
5650             }
5651             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5652                 return false;
5653             }
5654             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5655                 return false;
5656             }
5657             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5661                 return false;
5662             }
5663             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5667             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5668             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5669             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5673             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5674             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5675             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5679             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5680             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5681             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5685             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5686             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5687             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             final Phylogeny p10 = factory
5691                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5692                              new NHXParser() )[ 0 ];
5693             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5694             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5695                 return false;
5696             }
5697             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5698             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             //
5702             final Phylogeny p12 = factory
5703                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5704                              new NHXParser() )[ 0 ];
5705             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5706             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5707                 return false;
5708             }
5709             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5710             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5711                 return false;
5712             }
5713             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5714             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5718             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5719                 return false;
5720             }
5721         }
5722         catch ( final Exception e ) {
5723             e.printStackTrace( System.out );
5724             return false;
5725         }
5726         return true;
5727     }
5728
5729     private static boolean testNHXParsingMB() {
5730         try {
5731             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5732             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5733                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5734                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5735                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5736                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5737                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5738                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5739                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5740                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5741             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5748                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5755                 return false;
5756             }
5757             final Phylogeny p2 = factory
5758                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5759                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5760                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5761                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5762                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5763                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5764                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5765                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5766                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5767                              new NHXParser() )[ 0 ];
5768             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5772                 return false;
5773             }
5774         }
5775         catch ( final Exception e ) {
5776             e.printStackTrace( System.out );
5777             System.exit( -1 );
5778             return false;
5779         }
5780         return true;
5781     }
5782
5783     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5784         try {
5785             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5786             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5787             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5788             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5789             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5799             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5800             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5801             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5802                 return false;
5803             }
5804             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5805                 return false;
5806             }
5807             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5808             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5815                 return false;
5816             }
5817         }
5818         catch ( final Exception e ) {
5819             e.printStackTrace( System.out );
5820             return false;
5821         }
5822         return true;
5823     }
5824
5825     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5826         try {
5827             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5828             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5829             try {
5830                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5831             }
5832             catch ( final Exception e ) {
5833                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5834             }
5835             if ( xml_parser == null ) {
5836                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5837                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5838                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5839                 }
5840                 else {
5841                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5842                 }
5843             }
5844             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5845                                                               xml_parser );
5846             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5847                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5848                 return false;
5849             }
5850             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5851                 return false;
5852             }
5853             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5854             PhylogenyNode n = null;
5855             Distribution d = null;
5856             n = t1.getNode( "root node" );
5857             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             d = n.getNodeData().getDistribution();
5864             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5865                 return false;
5866             }
5867             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5868                 return false;
5869             }
5870             if ( d.getPolygons() != null ) {
5871                 return false;
5872             }
5873             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5883                 return false;
5884             }
5885             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5886                 return false;
5887             }
5888             n = t1.getNode( "node a" );
5889             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5890                 return false;
5891             }
5892             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5893                 return false;
5894             }
5895             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5896             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( d.getPolygons() != null ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5909                 return false;
5910             }
5911             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5912                 return false;
5913             }
5914             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5915                 return false;
5916             }
5917             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5918                 return false;
5919             }
5920             n = t1.getNode( "node bb" );
5921             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5922                 return false;
5923             }
5924             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5925                 return false;
5926             }
5927             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5928             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5935                 return false;
5936             }
5937             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5938                 return false;
5939             }
5940             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5944                 return false;
5945             }
5946             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5947                 return false;
5948             }
5949             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5950                 return false;
5951             }
5952             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5953             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5960                 return false;
5961             }
5962             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5969                 return false;
5970             }
5971             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5972                 return false;
5973             }
5974             p = d.getPolygons().get( 1 );
5975             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5985                 return false;
5986             }
5987             // Roundtrip:
5988             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5989             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5990             if ( rt.length != 1 ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5994             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5995             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5996                 return false;
5997             }
5998             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5999                 return false;
6000             }
6001             d = n.getNodeData().getDistribution();
6002             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6003                 return false;
6004             }
6005             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             if ( d.getPolygons() != null ) {
6009                 return false;
6010             }
6011             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6012                 return false;
6013             }
6014             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6015                 return false;
6016             }
6017             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6018                 return false;
6019             }
6020             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6021                 return false;
6022             }
6023             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6024                 return false;
6025             }
6026             n = t1_rt.getNode( "node a" );
6027             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6028                 return false;
6029             }
6030             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6031                 return false;
6032             }
6033             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6034             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6038                 return false;
6039             }
6040             if ( d.getPolygons() != null ) {
6041                 return false;
6042             }
6043             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6053                 return false;
6054             }
6055             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6056                 return false;
6057             }
6058             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
6059             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6060                 return false;
6061             }
6062             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6063                 return false;
6064             }
6065             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6066             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6067                 return false;
6068             }
6069             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6070                 return false;
6071             }
6072             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6079                 return false;
6080             }
6081             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             p = d.getPolygons().get( 0 );
6091             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6092                 return false;
6093             }
6094             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6095                 return false;
6096             }
6097             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6098                 return false;
6099             }
6100             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6101                 return false;
6102             }
6103             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6104                 return false;
6105             }
6106             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
6107                 return false;
6108             }
6109             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
6110                 return false;
6111             }
6112             p = d.getPolygons().get( 1 );
6113             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
6117                 return false;
6118             }
6119             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
6120                 return false;
6121             }
6122             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6123                 return false;
6124             }
6125         }
6126         catch ( final Exception e ) {
6127             e.printStackTrace( System.out );
6128             return false;
6129         }
6130         return true;
6131     }
6132
6133     private static boolean testPostOrderIterator() {
6134         try {
6135             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6136             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6137             PhylogenyNodeIterator it0;
6138             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
6139                 it0.next();
6140             }
6141             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
6142                 it0.next();
6143             }
6144             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6145             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
6146             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
6153                 return false;
6154             }
6155             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
6174                 return false;
6175             }
6176             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
6177                 return false;
6178             }
6179             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
6180                 return false;
6181             }
6182             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
6189                 return false;
6190             }
6191             if ( it.hasNext() ) {
6192                 return false;
6193             }
6194         }
6195         catch ( final Exception e ) {
6196             e.printStackTrace( System.out );
6197             return false;
6198         }
6199         return true;
6200     }
6201
6202     private static boolean testPreOrderIterator() {
6203         try {
6204             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6205             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6206             PhylogenyNodeIterator it0;
6207             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
6208                 it0.next();
6209             }
6210             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
6211                 it0.next();
6212             }
6213             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
6214             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
6215                 return false;
6216             }
6217             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
6218                 return false;
6219             }
6220             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
6221                 return false;
6222             }
6223             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
6224                 return false;
6225             }
6226             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
6227                 return false;
6228             }
6229             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             if ( it.hasNext() ) {
6236                 return false;
6237             }
6238             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6239             it = t1.iteratorPreorder();
6240             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
6244                 return false;
6245             }
6246             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
6250                 return false;
6251             }
6252             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
6253                 return false;
6254             }
6255             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
6256                 return false;
6257             }
6258             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
6259                 return false;
6260             }
6261             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
6262                 return false;
6263             }
6264             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( it.hasNext() ) {
6286                 return false;
6287             }
6288         }
6289         catch ( final Exception e ) {
6290             e.printStackTrace( System.out );
6291             return false;
6292         }
6293         return true;
6294     }
6295
6296     private static boolean testPropertiesMap() {
6297         try {
6298             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
6299             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
6300             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
6301             final Property p2 = new Property( "something:else",
6302                                               "?",
6303                                               "improbable:research",
6304                                               "xsd:decimal",
6305                                               AppliesTo.NODE );
6306             pm.addProperty( p0 );
6307             pm.addProperty( p1 );
6308             pm.addProperty( p2 );
6309             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
6328             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
6335                 return false;
6336             }
6337         }
6338         catch ( final Exception e ) {
6339             e.printStackTrace( System.out );
6340             return false;
6341         }
6342         return true;
6343     }
6344
6345     private static boolean testReIdMethods() {
6346         try {
6347             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6348             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6349             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
6350             p.levelOrderReID();
6351             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6373                 return false;
6374             }
6375             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6394                 return false;
6395             }
6396         }
6397         catch ( final Exception e ) {
6398             e.printStackTrace( System.out );
6399             return false;
6400         }
6401         return true;
6402     }
6403
6404     private static boolean testRerooting() {
6405         try {
6406             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6407             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
6408                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6409             if ( !t1.isRooted() ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6413             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6414             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6415             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6416             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6417             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6418             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6419             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6420             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6421             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6422             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6423             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6424             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6425             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6426             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6427             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6428             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6429             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6430             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6431             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6432             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6433             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6434             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6435             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6436             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6437             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6438             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6439             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6440             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
6447                 return false;
6448             }
6449             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6450                 return false;
6451             }
6452             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6453                 return false;
6454             }
6455             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
6456                 return false;
6457             }
6458             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
6459                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6460             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6461             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6462             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6463             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6464             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6465             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6466             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6467             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6468             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6469             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6470             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6471             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6472             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6473             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6474             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6475             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6476             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6477             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6478             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6479             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6480             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6481             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6482             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6483             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6484             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6485             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6486             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6487             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6488             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6489             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6490             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6491             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6492             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6493             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6494             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6495             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6496             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6497             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6498             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6499             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6500             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6501             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6502             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6503             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6504             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6505             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6512             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6513                 return false;
6514             }
6515             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6516                 return false;
6517             }
6518             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6519             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6520                 return false;
6521             }
6522             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6529             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6530                 return false;
6531             }
6532             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6533                 return false;
6534             }
6535             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6536                 return false;
6537             }
6538             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6539             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6546             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
6553                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6554             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6555             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6565             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6566                 return false;
6567             }
6568             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             t3.reRoot( t3.getRoot() );
6575             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6582                 return false;
6583             }
6584         }
6585         catch ( final Exception e ) {
6586             e.printStackTrace( System.out );
6587             return false;
6588         }
6589         return true;
6590     }
6591
6592     private static boolean testSDIse() {
6593         try {
6594             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6595             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6596             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6597             gene1.setRooted( true );
6598             species1.setRooted( true );
6599             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
6600             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             final Phylogeny species2 = factory
6604                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6605                              new NHXParser() )[ 0 ];
6606             final Phylogeny gene2 = factory
6607                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6608                              new NHXParser() )[ 0 ];
6609             species2.setRooted( true );
6610             gene2.setRooted( true );
6611             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
6612             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6616                 return false;
6617             }
6618             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6619                 return false;
6620             }
6621             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6622                 return false;
6623             }
6624             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6625                 return false;
6626             }
6627             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6628                 return false;
6629             }
6630             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6631                 return false;
6632             }
6633             final Phylogeny species3 = factory
6634                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6635                              new NHXParser() )[ 0 ];
6636             final Phylogeny gene3 = factory
6637                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6638                              new NHXParser() )[ 0 ];
6639             species3.setRooted( true );
6640             gene3.setRooted( true );
6641             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
6642             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6643                 return false;
6644             }
6645             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6646                 return false;
6647             }
6648             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6649                 return false;
6650             }
6651             final Phylogeny species4 = factory
6652                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6653                              new NHXParser() )[ 0 ];
6654             final Phylogeny gene4 = factory
6655                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6656                              new NHXParser() )[ 0 ];
6657             species4.setRooted( true );
6658             gene4.setRooted( true );
6659             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
6660             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6661                 return false;
6662             }
6663             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6664                 return false;
6665             }
6666             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6667                 return false;
6668             }
6669             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6670                 return false;
6671             }
6672             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6673                 return false;
6674             }
6675             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6676                 return false;
6677             }
6678             final Phylogeny species5 = factory
6679                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6680                              new NHXParser() )[ 0 ];
6681             final Phylogeny gene5 = factory
6682                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6683                              new NHXParser() )[ 0 ];
6684             species5.setRooted( true );
6685             gene5.setRooted( true );
6686             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
6687             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6688                 return false;
6689             }
6690             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6691                 return false;
6692             }
6693             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6694                 return false;
6695             }
6696             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6697                 return false;
6698             }
6699             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6700                 return false;
6701             }
6702             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6703                 return false;
6704             }
6705             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6706             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6707             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6708             final Phylogeny species6 = factory
6709                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6710                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6711                              new NHXParser() )[ 0 ];
6712             final Phylogeny gene6 = factory
6713                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6714                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6715                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6716                              new NHXParser() )[ 0 ];
6717             species6.setRooted( true );
6718             gene6.setRooted( true );
6719             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
6720             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6721                 return false;
6722             }
6723             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6724                 return false;
6725             }
6726             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6727                 return false;
6728             }
6729             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6730                 return false;
6731             }
6732             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6733                 return false;
6734             }
6735             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6736                 return false;
6737             }
6738             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6739                 return false;
6740             }
6741             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6742                 return false;
6743             }
6744             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6745                 return false;
6746             }
6747             sdi6.computeMappingCostL();
6748             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6749                 return false;
6750             }
6751             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6755                 return false;
6756             }
6757             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6758                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6759                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6760                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6761                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6762             species7.setRooted( true );
6763             final Phylogeny gene7_1 = Test
6764                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6765             gene7_1.setRooted( true );
6766             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
6767             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6774                 return false;
6775             }
6776             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6786                 return false;
6787             }
6788             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6789                 return false;
6790             }
6791             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6792                 return false;
6793             }
6794             final Phylogeny gene7_2 = Test
6795                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6796             gene7_2.setRooted( true );
6797             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
6798             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6799                 return false;
6800             }
6801             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6802                 return false;
6803             }
6804             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6805                 return false;
6806             }
6807             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6811                 return false;
6812             }
6813             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6814                 return false;
6815             }
6816             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6817                 return false;
6818             }
6819             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6820                 return false;
6821             }
6822             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6823                 return false;
6824             }
6825             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6826                 return false;
6827             }
6828         }
6829         catch ( final Exception e ) {
6830             return false;
6831         }
6832         return true;
6833     }
6834
6835     private static boolean testSDIunrooted() {
6836         try {
6837             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6838             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6839             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6840             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6841             PhylogenyBranch br = iter.next();
6842             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6843                 return false;
6844             }
6845             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6846                 return false;
6847             }
6848             br = iter.next();
6849             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6850                 return false;
6851             }
6852             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6853                 return false;
6854             }
6855             br = iter.next();
6856             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6857                 return false;
6858             }
6859             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6860                 return false;
6861             }
6862             br = iter.next();
6863             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6864                 return false;
6865             }
6866             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             br = iter.next();
6870             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6871                 return false;
6872             }
6873             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6874                 return false;
6875             }
6876             br = iter.next();
6877             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6878                 return false;
6879             }
6880             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6881                 return false;
6882             }
6883             br = iter.next();
6884             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6885                 return false;
6886             }
6887             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6888                 return false;
6889             }
6890             br = iter.next();
6891             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6892                 return false;
6893             }
6894             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6895                 return false;
6896             }
6897             br = iter.next();
6898             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6899                 return false;
6900             }
6901             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6902                 return false;
6903             }
6904             br = iter.next();
6905             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6906                 return false;
6907             }
6908             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6909                 return false;
6910             }
6911             br = iter.next();
6912             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6913                 return false;
6914             }
6915             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6916                 return false;
6917             }
6918             br = iter.next();
6919             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6920                 return false;
6921             }
6922             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6923                 return false;
6924             }
6925             br = iter.next();
6926             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6927                 return false;
6928             }
6929             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6930                 return false;
6931             }
6932             br = iter.next();
6933             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6934                 return false;
6935             }
6936             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6937                 return false;
6938             }
6939             br = iter.next();
6940             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6941                 return false;
6942             }
6943             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             if ( iter.hasNext() ) {
6947                 return false;
6948             }
6949             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6950             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6951             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6952             br = iter1.next();
6953             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6954                 return false;
6955             }
6956             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6957                 return false;
6958             }
6959             br = iter1.next();
6960             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6964                 return false;
6965             }
6966             br = iter1.next();
6967             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6968                 return false;
6969             }
6970             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             if ( iter1.hasNext() ) {
6974                 return false;
6975             }
6976             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6977             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6978             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6979             br = iter2.next();
6980             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6981                 return false;
6982             }
6983             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6984                 return false;
6985             }
6986             br = iter2.next();
6987             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6988                 return false;
6989             }
6990             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             br = iter2.next();
6994             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6995                 return false;
6996             }
6997             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6998                 return false;
6999             }
7000             if ( iter2.hasNext() ) {
7001                 return false;
7002             }
7003             final Phylogeny species0 = factory
7004                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7005                              new NHXParser() )[ 0 ];
7006             final Phylogeny gene1 = factory
7007                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7008                              new NHXParser() )[ 0 ];
7009             species0.setRooted( true );
7010             gene1.setRooted( true );
7011             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
7012             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
7013             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7014                 return false;
7015             }
7016             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
7017                 return false;
7018             }
7019             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
7020                 return false;
7021             }
7022             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
7023                 return false;
7024             }
7025             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7026                 return false;
7027             }
7028             final Phylogeny gene2 = factory
7029                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7030                              new NHXParser() )[ 0 ];
7031             gene2.setRooted( true );
7032             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
7033             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7034                 return false;
7035             }
7036             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7037                 return false;
7038             }
7039             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7040                 return false;
7041             }
7042             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
7043                 return false;
7044             }
7045             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7046                 return false;
7047             }
7048             final Phylogeny species6 = factory
7049                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7050                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7051                              new NHXParser() )[ 0 ];
7052             final Phylogeny gene6 = factory
7053                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7054                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7055                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7056                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7057                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7058                              new NHXParser() )[ 0 ];
7059             species6.setRooted( true );
7060             gene6.setRooted( true );
7061             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
7062             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7063                 return false;
7064             }
7065             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7066                 return false;
7067             }
7068             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7069                 return false;
7070             }
7071             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7072                 return false;
7073             }
7074             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7075                 return false;
7076             }
7077             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7078                 return false;
7079             }
7080             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7081                 return false;
7082             }
7083             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7090                 return false;
7091             }
7092             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
7093                 return false;
7094             }
7095             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
7096                 return false;
7097             }
7098             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
7099                 return false;
7100             }
7101             p6 = null;
7102             final Phylogeny species7 = factory
7103                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7104                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7105                              new NHXParser() )[ 0 ];
7106             final Phylogeny gene7 = factory
7107                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7108                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7109                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7110                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7111                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7112                              new NHXParser() )[ 0 ];
7113             species7.setRooted( true );
7114             gene7.setRooted( true );
7115             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
7116             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7117                 return false;
7118             }
7119             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7120                 return false;
7121             }
7122             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7123                 return false;
7124             }
7125             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7126                 return false;
7127             }
7128             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
7129                 return false;
7130             }
7131             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7132                 return false;
7133             }
7134             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7135                 return false;
7136             }
7137             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7138                 return false;
7139             }
7140             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7141                 return false;
7142             }
7143             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7144                 return false;
7145             }
7146             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
7147                 return false;
7148             }
7149             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
7153                 return false;
7154             }
7155             p7 = null;
7156             final Phylogeny species8 = factory
7157                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7158                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7159                              new NHXParser() )[ 0 ];
7160             final Phylogeny gene8 = factory
7161                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7162                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7163                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7164                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7165                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7166                              new NHXParser() )[ 0 ];
7167             species8.setRooted( true );
7168             gene8.setRooted( true );
7169             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
7170             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7171                 return false;
7172             }
7173             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7177                 return false;
7178             }
7179             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7180                 return false;
7181             }
7182             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7186                 return false;
7187             }
7188             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7189                 return false;
7190             }
7191             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7192                 return false;
7193             }
7194             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7195                 return false;
7196             }
7197             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7198                 return false;
7199             }
7200             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
7201                 return false;
7202             }
7203             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             p8 = null;
7210         }
7211         catch ( final Exception e ) {
7212             e.printStackTrace( System.out );
7213             return false;
7214         }
7215         return true;
7216     }
7217
7218     private static boolean testSplit() {
7219         try {
7220             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7221             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7222             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
7223             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7224             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7225             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7226             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7227             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7228             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7229             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7230             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7231             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7232             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7233             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
7234             // System.out.println( s0.toString() );
7235             //
7236             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7239             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7240                 return false;
7241             }
7242             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7245             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7246             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7247             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7248             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7249             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7250             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7251                 return false;
7252             }
7253             //
7254             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7255             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7256             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7257             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7258             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             //
7262             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7263             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7266             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7267             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7268                 return false;
7269             }
7270             //
7271             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7274             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7276             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7277                 return false;
7278             }
7279             //
7280             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7281             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7282             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7284             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7285                 return false;
7286             }
7287             //
7288             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7289             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7290             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7291             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7292                 return false;
7293             }
7294             //
7295             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7296             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7297             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7298             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7299             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7300             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7301             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             //
7305             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7306             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7307             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7308             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7309             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7310                 return false;
7311             }
7312             //
7313             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7314             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7315             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7316             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7318             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7319                 return false;
7320             }
7321             //
7322             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7323             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7324             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7325             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7326                 return false;
7327             }
7328             //
7329             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7330             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7331             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7332             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7333             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7334             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             //
7338             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7339             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7341             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7342             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7343             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7344             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7345                 return false;
7346             }
7347             //
7348             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7352             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             //
7356             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7357             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7359             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             //
7363             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7365             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7366             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             //
7370             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7373             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7374                 return false;
7375             }
7376             //
7377             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7378             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7380             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             //
7384             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7385             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7386             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7387             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             //
7391             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7394             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             //
7398             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7401             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7402             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             //
7406             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7407             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7408             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7409             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7410             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7411                 return false;
7412             }
7413             //
7414             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7415             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7416             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7417             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7418             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             //
7422             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7423             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7424             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7425             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7426             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7427             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             /////////
7431             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7432             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7433             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7434             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7435             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7436             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7437             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7438             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7439             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7440             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7441             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7442             //                return false;
7443             //            }
7444             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7445             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7446             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7447             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7448             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7449             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7450             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7451             //                return false;
7452             //            }
7453             //            //
7454             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7455             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7456             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7457             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7458             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7459             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7460             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7461             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7462             //                return false;
7463             //            }
7464             //            //
7465             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7466             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7467             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7468             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7469             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7470             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7471             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7472             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7473             //                return false;
7474             //            }
7475             //            //
7476             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7477             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7478             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7479             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7480             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7481             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7482             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7483             //                return false;
7484             //            }
7485             //            //
7486             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7487             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7488             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7489             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7490             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7491             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7492             //                return false;
7493             //            }
7494             //
7495             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7498             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7500             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             //
7504             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7505             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7506             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7507             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7508             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7509             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7510                 return false;
7511             }
7512             ///////////////////////////
7513             //
7514             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7515             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7516             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7517             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7518             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7519             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7520                 return false;
7521             }
7522             //
7523             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7524             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7525             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7526             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7527             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7528             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             //
7532             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7533             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7534             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7535             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7536             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7537             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7538                 return false;
7539             }
7540             //
7541             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7542             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7543             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7544             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7546             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7547                 return false;
7548             }
7549             //
7550             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7551             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7552             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7553             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7554             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7555             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7556                 return false;
7557             }
7558             //
7559             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7560             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7561             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7562             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7563             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             //
7567             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7568             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7569             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7570             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7571             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7572             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7573             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             //
7577             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7578             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7580             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7583             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7584                 return false;
7585             }
7586             //
7587             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7588             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7593             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7594                 return false;
7595             }
7596             //
7597             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7599             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7600             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7601             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7602             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7603             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7604             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7605                 return false;
7606             }
7607         }
7608         catch ( final Exception e ) {
7609             e.printStackTrace();
7610             return false;
7611         }
7612         return true;
7613     }
7614
7615     private static boolean testSplitStrict() {
7616         try {
7617             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7618             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7619             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7620             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7621             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7622             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7623             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7624             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7625             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7626             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7627             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7628             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7629             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7630             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7631             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7636             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7637             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7638             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7639             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7640             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7642             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7643                 return false;
7644             }
7645             //
7646             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7647             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7648             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7650             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7651                 return false;
7652             }
7653             //
7654             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7657             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7659             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             //
7663             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7665             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7666             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7668             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7669                 return false;
7670             }
7671             //
7672             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7673             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7674             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7675             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7676             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             //
7680             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7682             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7683             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7684                 return false;
7685             }
7686             //
7687             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7690             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7691             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7692             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7693             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             //
7697             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7698             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7699             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7700             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7701             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             //
7705             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7706             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7707             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7708             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7709             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7710             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             //
7714             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7715             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7716             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7717             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7718                 return false;
7719             }
7720             //
7721             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7724             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7725             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7726             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             //
7730             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7733             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7734             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7735             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7736             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             //
7740             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7742             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7743             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7744             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7745                 return false;
7746             }
7747             //
7748             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7751             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             //
7755             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7758             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7759                 return false;
7760             }
7761             //
7762             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7765             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             //
7769             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7770             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7771             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7772             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7773                 return false;
7774             }
7775             //
7776             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7777             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7779             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7780                 return false;
7781             }
7782             //
7783             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7784             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7785             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7786             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7787                 return false;
7788             }
7789             //
7790             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7791             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7792             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7793             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7794             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             //
7798             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7799             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7800             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7801             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7802             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7803                 return false;
7804             }
7805             //
7806             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7807             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7808             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7809             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7810             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7811                 return false;
7812             }
7813             //
7814             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7816             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7817             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7818             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7819             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7820                 return false;
7821             }
7822         }
7823         catch ( final Exception e ) {
7824             e.printStackTrace();
7825             return false;
7826         }
7827         return true;
7828     }
7829
7830     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7831         try {
7832             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7833             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7834             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7835             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7836                 return false;
7837             }
7838             t1.toNewHampshireX();
7839             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7840             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7841                 return false;
7842             }
7843             t1.toNewHampshireX();
7844             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7845             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7846                 return false;
7847             }
7848             t1.toNewHampshireX();
7849             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7850             t1.toNewHampshireX();
7851             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7852                 return false;
7853             }
7854             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7855             t1.toNewHampshireX();
7856             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7857                 return false;
7858             }
7859             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7860             t1.toNewHampshireX();
7861             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7862                 return false;
7863             }
7864             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7865             t1.toNewHampshireX();
7866             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7867                 return false;
7868             }
7869             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7870             t1.toNewHampshireX();
7871             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7872                 return false;
7873             }
7874             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7875             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7876                 return false;
7877             }
7878             if ( !t1.isEmpty() ) {
7879                 return false;
7880             }
7881             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7882             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7883             t2.toNewHampshireX();
7884             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7885                 return false;
7886             }
7887             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7888             t2.toNewHampshireX();
7889             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7890                 return false;
7891             }
7892             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7893             t2.toNewHampshireX();
7894             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7895                 return false;
7896             }
7897         }
7898         catch ( final Exception e ) {
7899             e.printStackTrace( System.out );
7900             return false;
7901         }
7902         return true;
7903     }
7904
7905     private static boolean testSupportCount() {
7906         try {
7907             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7908             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7909             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7910                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7911                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7912                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7913                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7914                                                               new NHXParser() );
7915             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7916             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7917             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7918                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7919                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7920                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7921                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7922                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7923                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7924                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7925                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7926                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7927                                                               new NHXParser() );
7928             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7929             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7930             while ( it.hasNext() ) {
7931                 final PhylogenyNode n = it.next();
7932                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7933                     return false;
7934                 }
7935             }
7936             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7937             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7938                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7939             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7940             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7941             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7945                 return false;
7946             }
7947             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7948                 return false;
7949             }
7950             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7951                 return false;
7952             }
7953             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7954                 return false;
7955             }
7956             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7957                 return false;
7958             }
7959             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7960                 return false;
7961             }
7962             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7963                 return false;
7964             }
7965             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7966                 return false;
7967             }
7968             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7969                 return false;
7970             }
7971             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7972             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7973                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7974             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7975             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7976             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7977                 return false;
7978             }
7979             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7980                 return false;
7981             }
7982             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7983                 return false;
7984             }
7985             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7986                 return false;
7987             }
7988             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7992                 return false;
7993             }
7994             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7998                 return false;
7999             }
8000             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
8001                 return false;
8002             }
8003             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
8004                 return false;
8005             }
8006             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8007             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8008             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
8009             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8013             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8014             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
8015             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8019             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
8020             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
8021             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8025             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8026             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
8027             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
8028                 return false;
8029             }
8030         }
8031         catch ( final Exception e ) {
8032             e.printStackTrace( System.out );
8033             return false;
8034         }
8035         return true;
8036     }
8037
8038     private static boolean testSupportTransfer() {
8039         try {
8040             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8041             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
8042                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
8043             final Phylogeny p2 = factory
8044                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
8045             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
8052             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
8053             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8054                 return false;
8055             }
8056             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
8057                 return false;
8058             }
8059             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
8060                 return false;
8061             }
8062             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
8063                 return false;
8064             }
8065             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
8066                 return false;
8067             }
8068             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
8069                 return false;
8070             }
8071             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
8072                 return false;
8073             }
8074             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
8075                 return false;
8076             }
8077         }
8078         catch ( final Exception e ) {
8079             e.printStackTrace( System.out );
8080             return false;
8081         }
8082         return true;
8083     }
8084
8085     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
8086         try {
8087             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
8088                                                                                                  10 );
8089             if ( results.size() != 1 ) {
8090                 return false;
8091             }
8092             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8093                 return false;
8094             }
8095             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8096                 return false;
8097             }
8098             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8099                 return false;
8100             }
8101             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8102                 return false;
8103             }
8104             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8105                 return false;
8106             }
8107             results = null;
8108             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
8109             if ( results.size() != 1 ) {
8110                 return false;
8111             }
8112             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8113                 return false;
8114             }
8115             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8116                 return false;
8117             }
8118             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8119                 return false;
8120             }
8121             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8122                 return false;
8123             }
8124             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             results = null;
8128             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
8129             if ( results.size() != 1 ) {
8130                 return false;
8131             }
8132             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8133                 return false;
8134             }
8135             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8136                 return false;
8137             }
8138             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8142                 return false;
8143             }
8144             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             results = null;
8148             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
8149             if ( results.size() != 1 ) {
8150                 return false;
8151             }
8152             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
8168                 return false;
8169             }
8170             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
8174                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8175                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
8176                 return false;
8177             }
8178         }
8179         catch ( final IOException e ) {
8180             System.out.println();
8181             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8182             e.printStackTrace( System.out );
8183             return true;
8184         }
8185         catch ( final Exception e ) {
8186             return false;
8187         }
8188         return true;
8189     }
8190
8191     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
8192         //The format for GenBank Accession numbers are:
8193         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
8194         //Protein:    3 letters + 5 numerals
8195         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
8196         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
8197             return false;
8198         }
8199         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
8200             return false;
8201         }
8202         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
8203             return false;
8204         }
8205         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
8206             return false;
8207         }
8208         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
8209             return false;
8210         }
8211         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
8212             return false;
8213         }
8214         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
8215             return false;
8216         }
8217         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
8218             return false;
8219         }
8220         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
8221             return false;
8222         }
8223         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
8224             return false;
8225         }
8226         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
8227             return false;
8228         }
8229         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
8230             return false;
8231         }
8232         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
8233             return false;
8234         }
8235         return true;
8236     }
8237
8238     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
8239         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8240             return false;
8241         }
8242         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
8243             return false;
8244         }
8245         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
8246             return false;
8247         }
8248         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
8249             return false;
8250         }
8251         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
8252             return false;
8253         }
8254         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
8255             return false;
8256         }
8257         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
8258             return false;
8259         }
8260         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
8261             return false;
8262         }
8263         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
8264             return false;
8265         }
8266         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8267             return false;
8268         }
8269         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8270             return false;
8271         }
8272         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8273             return false;
8274         }
8275         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8276             return false;
8277         }
8278         try {
8279             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
8280             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
8287                 return false;
8288             }
8289             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
8290                 return false;
8291             }
8292             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
8293                 return false;
8294             }
8295         }
8296         catch ( final IOException e ) {
8297             System.out.println();
8298             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8299             e.printStackTrace( System.out );
8300             return true;
8301         }
8302         catch ( final Exception e ) {
8303             return false;
8304         }
8305         return true;
8306     }
8307
8308     private static boolean testWabiTxSearch() {
8309         try {
8310             String result = "";
8311             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
8312             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
8313             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
8314                 return false;
8315             }
8316             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8317             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8318                 return false;
8319             }
8320             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8321             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8322                 return false;
8323             }
8324             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8325             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8326                 return false;
8327             }
8328             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8329             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8333             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8334                 return false;
8335             }
8336             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8337             queries.add( "Campylobacter coli" );
8338             queries.add( "Escherichia coli" );
8339             queries.add( "Arabidopsis" );
8340             queries.add( "Trichoplax" );
8341             queries.add( "Samanea saman" );
8342             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8343             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8344             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8345             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8346             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8347             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8348             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8349             ranks.add( RANKS.GENUS );
8350             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8351             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8352             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8353             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8354         }
8355         catch ( final Exception e ) {
8356             System.out.println();
8357             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8358             e.printStackTrace( System.out );
8359             return false;
8360         }
8361         return true;
8362     }
8363
8364     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8365         try {
8366             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8367             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8368                 return false;
8369             }
8370             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8371                 return false;
8372             }
8373             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8374                 return false;
8375             }
8376             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8377                 return false;
8378             }
8379             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8380             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8381                 return false;
8382             }
8383             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8384             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8385                 return false;
8386             }
8387             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8388             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8389                 return false;
8390             }
8391         }
8392         catch ( final Exception e ) {
8393             e.printStackTrace();
8394             return false;
8395         }
8396         return true;
8397     }
8398
8399     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8400         try {
8401             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8402             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8403                 return false;
8404             }
8405             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8406                 return false;
8407             }
8408             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8409             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8410                 return false;
8411             }
8412             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8413                 return false;
8414             }
8415         }
8416         catch ( final Exception e ) {
8417             e.printStackTrace();
8418             return false;
8419         }
8420         return true;
8421     }
8422
8423     private static boolean testFastaParser() {
8424         try {
8425             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8426                 return false;
8427             }
8428             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8429                 return false;
8430             }
8431             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8432             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8433                 return false;
8434             }
8435             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8436                 return false;
8437             }
8438             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8439                 return false;
8440             }
8441             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8442                 return false;
8443             }
8444             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8445                 return false;
8446             }
8447             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8448                 return false;
8449             }
8450         }
8451         catch ( final Exception e ) {
8452             e.printStackTrace();
8453             return false;
8454         }
8455         return true;
8456     }
8457
8458     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8459         try {
8460             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8461             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8462             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8463             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8464             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8465             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8466             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8467             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8468             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8481                 return false;
8482             }
8483             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8484                 return false;
8485             }
8486             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8487                 return false;
8488             }
8489             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8490                 return false;
8491             }
8492             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8493                 return false;
8494             }
8495             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8496                 return false;
8497             }
8498             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8499                 return false;
8500             }
8501             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8502                 return false;
8503             }
8504             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8505             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8506                 return false;
8507             }
8508             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8509                 return false;
8510             }
8511             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8512                 return false;
8513             }
8514             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8515             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8525             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8526                 return false;
8527             }
8528             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8529                 return false;
8530             }
8531             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8532                 return false;
8533             }
8534         }
8535         catch ( final Exception e ) {
8536             e.printStackTrace();
8537             return false;
8538         }
8539         return true;
8540     }
8541
8542     private static boolean testMafft( final String path ) {
8543         try {
8544             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8545             opts.add( "--maxiterate" );
8546             opts.add( "1000" );
8547             opts.add( "--localpair" );
8548             opts.add( "--quiet" );
8549             Msa msa = null;
8550             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
8551             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8552             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8553                 return false;
8554             }
8555             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8556                 return false;
8557             }
8558         }
8559         catch ( final Exception e ) {
8560             e.printStackTrace( System.out );
8561             return false;
8562         }
8563         return true;
8564     }
8565
8566     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8567         try {
8568             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8569             PhylogenyNode n;
8570             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8571             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8572             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8573             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8574             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8575             n = t0.getFirstExternalNode();
8576             while ( n != null ) {
8577                 ext.add( n );
8578                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8579             }
8580             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8581                 return false;
8582             }
8583             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8584                 return false;
8585             }
8586             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8587                 return false;
8588             }
8589             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8590                 return false;
8591             }
8592             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8593                 return false;
8594             }
8595             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8596                 return false;
8597             }
8598             ext.clear();
8599             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8600             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8601             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8602             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8603             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8604             n = t1.getNode( "ab" );
8605             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8606             while ( n != null ) {
8607                 ext.add( n );
8608                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8609             }
8610             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8611                 return false;
8612             }
8613             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8617                 return false;
8618             }
8619             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8620                 return false;
8621             }
8622             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8623                 return false;
8624             }
8625             //
8626             //
8627             ext.clear();
8628             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8629             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8630             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8631             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8632             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8633             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8634             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8635             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8636             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8637             n = t2.getNode( "ab" );
8638             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8639             while ( n != null ) {
8640                 ext.add( n );
8641                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8642             }
8643             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8644                 return false;
8645             }
8646             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8647                 return false;
8648             }
8649             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8650                 return false;
8651             }
8652             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8653                 return false;
8654             }
8655             //
8656             //
8657             ext.clear();
8658             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8659             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8660             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8661             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8662             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8663             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8664             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8665             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8666             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8667             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8668             n = t3.getNode( "ab" );
8669             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8670             while ( n != null ) {
8671                 ext.add( n );
8672                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8673             }
8674             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8675                 return false;
8676             }
8677             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8678                 return false;
8679             }
8680             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8681                 return false;
8682             }
8683             //
8684             //
8685             ext.clear();
8686             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8687             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8688             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8689             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8690             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8691             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8692             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8693             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8694             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8695             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8696             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8697             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8698             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8699                 return false;
8700             }
8701             //
8702             //
8703             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8704             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8705             ext.clear();
8706             n = t5.getFirstExternalNode();
8707             while ( n != null ) {
8708                 ext.add( n );
8709                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8710             }
8711             if ( ext.size() != 8 ) {
8712                 return false;
8713             }
8714             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8724                 return false;
8725             }
8726             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8727                 return false;
8728             }
8729             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8730                 return false;
8731             }
8732             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8733                 return false;
8734             }
8735             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8736                 return false;
8737             }
8738             //
8739             //
8740             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8741             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8742             ext.clear();
8743             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8744             n = t6.getNode( "ab" );
8745             while ( n != null ) {
8746                 ext.add( n );
8747                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8748             }
8749             if ( ext.size() != 7 ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8753                 return false;
8754             }
8755             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8756                 return false;
8757             }
8758             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8759                 return false;
8760             }
8761             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8762                 return false;
8763             }
8764             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8765                 return false;
8766             }
8767             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8768                 return false;
8769             }
8770             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8771                 return false;
8772             }
8773             //
8774             //
8775             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8776             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8777             ext.clear();
8778             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8779             n = t7.getNode( "a" );
8780             while ( n != null ) {
8781                 ext.add( n );
8782                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8783             }
8784             if ( ext.size() != 7 ) {
8785                 return false;
8786             }
8787             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8788                 return false;
8789             }
8790             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8791                 return false;
8792             }
8793             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8794                 return false;
8795             }
8796             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8797                 return false;
8798             }
8799             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8800                 return false;
8801             }
8802             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8803                 return false;
8804             }
8805             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8806                 return false;
8807             }
8808             //
8809             //
8810             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8811             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8812             ext.clear();
8813             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8814             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8815             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8816             n = t8.getNode( "a" );
8817             while ( n != null ) {
8818                 ext.add( n );
8819                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8820             }
8821             if ( ext.size() != 7 ) {
8822                 return false;
8823             }
8824             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8825                 return false;
8826             }
8827             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8828                 return false;
8829             }
8830             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8831                 System.out.println( "2 fail" );
8832                 return false;
8833             }
8834             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8835                 return false;
8836             }
8837             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8838                 return false;
8839             }
8840             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8841                 return false;
8842             }
8843             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8844                 return false;
8845             }
8846             //
8847             //
8848             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8849             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8850             ext.clear();
8851             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8852             n = t9.getNode( "a" );
8853             while ( n != null ) {
8854                 ext.add( n );
8855                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8856             }
8857             if ( ext.size() != 7 ) {
8858                 return false;
8859             }
8860             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8861                 return false;
8862             }
8863             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8864                 return false;
8865             }
8866             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8867                 return false;
8868             }
8869             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8870                 return false;
8871             }
8872             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8873                 return false;
8874             }
8875             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8876                 return false;
8877             }
8878             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8879                 return false;
8880             }
8881             //
8882             //
8883             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8884             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8885             ext.clear();
8886             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8887             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8888             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8889             n = t10.getNode( "a" );
8890             while ( n != null ) {
8891                 ext.add( n );
8892                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8893             }
8894             if ( ext.size() != 7 ) {
8895                 return false;
8896             }
8897             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8898                 return false;
8899             }
8900             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8901                 return false;
8902             }
8903             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8904                 return false;
8905             }
8906             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8907                 return false;
8908             }
8909             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8910                 return false;
8911             }
8912             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8913                 return false;
8914             }
8915             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8916                 return false;
8917             }
8918             //
8919             //
8920             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8921             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8922             ext.clear();
8923             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8924             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8925             n = t11.getNode( "a" );
8926             while ( n != null ) {
8927                 ext.add( n );
8928                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8929             }
8930             if ( ext.size() != 6 ) {
8931                 return false;
8932             }
8933             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8934                 return false;
8935             }
8936             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8937                 return false;
8938             }
8939             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8940                 return false;
8941             }
8942             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8943                 return false;
8944             }
8945             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8946                 return false;
8947             }
8948             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8949                 return false;
8950             }
8951             //
8952             //
8953             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8954             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8955             ext.clear();
8956             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8957             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8958             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8959             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8960             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8961             n = t12.getNode( "a" );
8962             while ( n != null ) {
8963                 ext.add( n );
8964                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8965             }
8966             if ( ext.size() != 6 ) {
8967                 return false;
8968             }
8969             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8970                 return false;
8971             }
8972             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8973                 return false;
8974             }
8975             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8976                 return false;
8977             }
8978             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8979                 return false;
8980             }
8981             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8982                 return false;
8983             }
8984             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8985                 return false;
8986             }
8987             //
8988             //
8989             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8990             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8991             ext.clear();
8992             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8993             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8994             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8995             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8996             n = t13.getNode( "ab" );
8997             while ( n != null ) {
8998                 ext.add( n );
8999                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9000             }
9001             if ( ext.size() != 5 ) {
9002                 return false;
9003             }
9004             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9005                 return false;
9006             }
9007             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9008                 return false;
9009             }
9010             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9011                 return false;
9012             }
9013             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9014                 return false;
9015             }
9016             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9017                 return false;
9018             }
9019             //
9020             //
9021             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9022             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
9023             ext.clear();
9024             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9025             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9026             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9027             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9028             n = t14.getNode( "ab" );
9029             while ( n != null ) {
9030                 ext.add( n );
9031                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9032             }
9033             if ( ext.size() != 5 ) {
9034                 return false;
9035             }
9036             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9037                 return false;
9038             }
9039             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9040                 return false;
9041             }
9042             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9043                 return false;
9044             }
9045             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9046                 return false;
9047             }
9048             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9049                 return false;
9050             }
9051             //
9052             //
9053             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9054             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
9055             ext.clear();
9056             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9057             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9058             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9059             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9060             n = t15.getNode( "ab" );
9061             while ( n != null ) {
9062                 ext.add( n );
9063                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9064             }
9065             if ( ext.size() != 6 ) {
9066                 return false;
9067             }
9068             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9069                 return false;
9070             }
9071             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9072                 return false;
9073             }
9074             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9075                 return false;
9076             }
9077             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9078                 return false;
9079             }
9080             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
9081                 return false;
9082             }
9083             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9084                 return false;
9085             }
9086             //
9087             //
9088             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9089             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
9090             ext.clear();
9091             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9092             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9093             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9094             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9095             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9096             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9097             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9098             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
9099             n = t16.getNode( "ab" );
9100             while ( n != null ) {
9101                 ext.add( n );
9102                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9103             }
9104             if ( ext.size() != 4 ) {
9105                 return false;
9106             }
9107             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9108                 return false;
9109             }
9110             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9111                 return false;
9112             }
9113             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
9114                 return false;
9115             }
9116             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9117                 return false;
9118             }
9119         }
9120         catch ( final Exception e ) {
9121             e.printStackTrace( System.out );
9122             return false;
9123         }
9124         return true;
9125     }
9126
9127     private static boolean testMsaQualityMethod() {
9128         try {
9129             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
9130             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
9131             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
9132             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
9133             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
9134             l.add( s0 );
9135             l.add( s1 );
9136             l.add( s2 );
9137             l.add( s3 );
9138             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
9139             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
9140                 return false;
9141             }
9142             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
9143                 return false;
9144             }
9145             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
9146                 return false;
9147             }
9148             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
9149                 return false;
9150             }
9151         }
9152         catch ( final Exception e ) {
9153             e.printStackTrace( System.out );
9154             return false;
9155         }
9156         return true;
9157     }
9158
9159     private static boolean testSequenceIdParsing() {
9160         try {
9161             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
9162             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9163                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9164                 if ( id != null ) {
9165                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9166                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9167                 }
9168                 return false;
9169             }
9170             //
9171             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
9172             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9173                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9174                 if ( id != null ) {
9175                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9176                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9177                 }
9178                 return false;
9179             }
9180             //
9181             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
9182             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9183                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9184                 if ( id != null ) {
9185                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9186                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9187                 }
9188                 return false;
9189             }
9190             //
9191             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
9192             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9193                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9194                 if ( id != null ) {
9195                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9196                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9197                 }
9198                 return false;
9199             }
9200             //
9201             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
9202             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9203                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9204                 if ( id != null ) {
9205                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9206                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9207                 }
9208                 return false;
9209             }
9210             //
9211             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
9212             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9213                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9214                 if ( id != null ) {
9215                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9216                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9217                 }
9218                 return false;
9219             }
9220             //
9221             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
9222             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9223                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9224                 if ( id != null ) {
9225                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9226                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9227                 }
9228                 return false;
9229             }
9230             //
9231             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
9232             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9233                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
9234                 if ( id != null ) {
9235                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9236                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9237                 }
9238                 return false;
9239             }
9240             //
9241             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
9242             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9243                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
9244                 if ( id != null ) {
9245                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9246                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9247                 }
9248                 return false;
9249             }
9250             //
9251             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
9252             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9253                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
9254                 if ( id != null ) {
9255                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9256                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9257                 }
9258                 return false;
9259             }
9260             //
9261             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
9262             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9263                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
9264                 if ( id != null ) {
9265                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9266                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9267                 }
9268                 return false;
9269             }
9270             //
9271             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
9272             if ( id != null ) {
9273                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9274                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9275                 return false;
9276             }
9277             // lcl_91970_unknown_
9278         }
9279         catch ( final Exception e ) {
9280             e.printStackTrace( System.out );
9281             return false;
9282         }
9283         return true;
9284     }
9285 }