forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.BasicMsa;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.msa.MsaMethods;
  62 import org.forester.pccx.TestPccx;
  63 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  68 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  72 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  81 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  83 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  86 import org.forester.protein.Protein;
  87 import org.forester.sdi.SDI;
  88 import org.forester.sdi.SDIR;
  89 import org.forester.sdi.SDIse;
  90 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  91 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  92 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  93 import org.forester.sequence.Sequence;
  94 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  95 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  96 import org.forester.tools.SupportCount;
  97 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  98 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  99 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 100 import org.forester.util.BasicTable;
 101 import org.forester.util.BasicTableParser;
 102 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 103 import org.forester.util.ForesterConstants;
 104 import org.forester.util.ForesterUtil;
 105 import org.forester.util.GeneralTable;
 106 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 107 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 108 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 109 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 114
 115 @SuppressWarnings( "unused")
 116 public final class Test {
 117
 118     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 119     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 122     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 125     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 126     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 129     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 132
 133     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 134         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 135         return p;
 136     }
 137
 138     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 139         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 140         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 141     }
 142
 143     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 144         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 149         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 150                 + "]" );
 151         Locale.setDefault( Locale.US );
 152         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 153         int failed = 0;
 154         int succeeded = 0;
 155         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 156         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 157             System.out.println( "OK.]" );
 158         }
 159         else {
 160             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 161             System.out.println( "Testing aborted." );
 162             System.exit( -1 );
 163         }
 164         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 165         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 166             System.out.println( "OK.]" );
 167         }
 168         else {
 169             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 170             System.out.println( "Testing aborted." );
 171             System.exit( -1 );
 172         }
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 175         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 176             System.out.println( "OK." );
 177             succeeded++;
 178         }
 179         else {
 180             System.out.println( "failed." );
 181             System.exit( -1 ); //TODO FIXME remove me!! ~
 182             failed++;
 183         }
 184         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 185         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 186             System.out.println( "OK." );
 187             succeeded++;
 188         }
 189         else {
 190             System.out.println( "failed." );
 191             failed++;
 192         }
 193         System.out.print( "Basic node methods: " );
 194         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 195             System.out.println( "OK." );
 196             succeeded++;
 197         }
 198         else {
 199             System.out.println( "failed." );
 200             failed++;
 201         }
 202         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 203         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 204             System.out.println( "OK." );
 205             succeeded++;
 206         }
 207         else {
 208             System.out.println( "failed." );
 209             failed++;
 210         }
 211         System.out.print( "NH parsing: " );
 212         if ( Test.testNHParsing() ) {
 213             System.out.println( "OK." );
 214             succeeded++;
 215         }
 216         else {
 217             System.out.println( "failed." );
 218             failed++;
 219         }
 220         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 221         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 222             System.out.println( "OK." );
 223             succeeded++;
 224         }
 225         else {
 226             System.out.println( "failed." );
 227             failed++;
 228         }
 229         System.out.print( "NHX parsing: " );
 230         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 231             System.out.println( "OK." );
 232             succeeded++;
 233         }
 234         else {
 235             System.out.println( "failed." );
 236             failed++;
 237         }
 238         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 239         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 240             System.out.println( "OK." );
 241             succeeded++;
 242         }
 243         else {
 244             System.out.println( "failed." );
 245             failed++;
 246         }
 247         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 248         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 249             System.out.println( "OK." );
 250             succeeded++;
 251         }
 252         else {
 253             System.out.println( "failed." );
 254             failed++;
 255         }
 256         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 257         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 258             System.out.println( "OK." );
 259             succeeded++;
 260         }
 261         else {
 262             System.out.println( "failed." );
 263             failed++;
 264         }
 265         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 266         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 267             System.out.println( "OK." );
 268             succeeded++;
 269         }
 270         else {
 271             System.out.println( "failed." );
 272             failed++;
 273         }
 274         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 275         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 276             System.out.println( "OK." );
 277             succeeded++;
 278         }
 279         else {
 280             System.out.println( "failed." );
 281             failed++;
 282         }
 283         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 284         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 285             System.out.println( "OK." );
 286             succeeded++;
 287         }
 288         else {
 289             System.out.println( "failed." );
 290             failed++;
 291         }
 292         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 293         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 294             System.out.println( "OK." );
 295             succeeded++;
 296         }
 297         else {
 298             System.out.println( "failed." );
 299             failed++;
 300         }
 301         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 302         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 303             System.out.println( "OK." );
 304             succeeded++;
 305         }
 306         else {
 307             System.out.println( "failed." );
 308             failed++;
 309         }
 310         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 311         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 312             System.out.println( "OK." );
 313             succeeded++;
 314         }
 315         else {
 316             System.out.println( "failed." );
 317             failed++;
 318         }
 319         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 320         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 321             System.out.println( "OK." );
 322             succeeded++;
 323         }
 324         else {
 325             System.out.println( "failed." );
 326             failed++;
 327         }
 328         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 329         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 330             System.out.println( "OK." );
 331             succeeded++;
 332         }
 333         else {
 334             System.out.println( "failed." );
 335             failed++;
 336         }
 337         System.out.print( "Copying of node data: " );
 338         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 339             System.out.println( "OK." );
 340             succeeded++;
 341         }
 342         else {
 343             System.out.println( "failed." );
 344             failed++;
 345         }
 346         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 347         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 348             System.out.println( "OK." );
 349             succeeded++;
 350         }
 351         else {
 352             System.out.println( "failed." );
 353             failed++;
 354         }
 355         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 356         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 357             System.out.println( "OK." );
 358             succeeded++;
 359         }
 360         else {
 361             System.out.println( "failed." );
 362             failed++;
 363         }
 364         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 365         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 366             System.out.println( "OK." );
 367             succeeded++;
 368         }
 369         else {
 370             System.out.println( "failed." );
 371             failed++;
 372         }
 373         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 374         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 375             System.out.println( "OK." );
 376             succeeded++;
 377         }
 378         else {
 379             System.out.println( "failed." );
 380             failed++;
 381         }
 382         System.out.print( "Re-id methods: " );
 383         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 384             System.out.println( "OK." );
 385             succeeded++;
 386         }
 387         else {
 388             System.out.println( "failed." );
 389             failed++;
 390         }
 391         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 392         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 393             System.out.println( "OK." );
 394             succeeded++;
 395         }
 396         else {
 397             System.out.println( "failed." );
 398             failed++;
 399         }
 400         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 401         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 402             System.out.println( "OK." );
 403             succeeded++;
 404         }
 405         else {
 406             System.out.println( "failed." );
 407             failed++;
 408         }
 409         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 410         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 411             System.out.println( "OK." );
 412             succeeded++;
 413         }
 414         else {
 415             System.out.println( "failed." );
 416             failed++;
 417         }
 418         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 419         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 420             System.out.println( "OK." );
 421             succeeded++;
 422         }
 423         else {
 424             System.out.println( "failed." );
 425             failed++;
 426         }
 427         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 428         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 429             System.out.println( "OK." );
 430             succeeded++;
 431         }
 432         else {
 433             System.out.println( "failed." );
 434             failed++;
 435         }
 436         System.out.print( "Rerooting: " );
 437         if ( Test.testRerooting() ) {
 438             System.out.println( "OK." );
 439             succeeded++;
 440         }
 441         else {
 442             System.out.println( "failed." );
 443             failed++;
 444         }
 445         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 446         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 447             System.out.println( "OK." );
 448             succeeded++;
 449         }
 450         else {
 451             System.out.println( "failed." );
 452             failed++;
 453         }
 454         System.out.print( "Support count: " );
 455         if ( Test.testSupportCount() ) {
 456             System.out.println( "OK." );
 457             succeeded++;
 458         }
 459         else {
 460             System.out.println( "failed." );
 461             failed++;
 462         }
 463         System.out.print( "Support transfer: " );
 464         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 465             System.out.println( "OK." );
 466             succeeded++;
 467         }
 468         else {
 469             System.out.println( "failed." );
 470             failed++;
 471         }
 472         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 473         if ( Test.testGetLCA() ) {
 474             System.out.println( "OK." );
 475             succeeded++;
 476         }
 477         else {
 478             System.out.println( "failed." );
 479             failed++;
 480         }
 481         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 482         if ( Test.testGetDistance() ) {
 483             System.out.println( "OK." );
 484             succeeded++;
 485         }
 486         else {
 487             System.out.println( "failed." );
 488             failed++;
 489         }
 490         System.out.print( "SDIse: " );
 491         if ( Test.testSDIse() ) {
 492             System.out.println( "OK." );
 493             succeeded++;
 494         }
 495         else {
 496             System.out.println( "failed." );
 497             failed++;
 498         }
 499         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 500         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 501             System.out.println( "OK." );
 502             succeeded++;
 503         }
 504         else {
 505             System.out.println( "failed." );
 506             failed++;
 507         }
 508         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 509         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 510             System.out.println( "OK." );
 511             succeeded++;
 512         }
 513         else {
 514             System.out.println( "failed." );
 515             failed++;
 516         }
 517         System.out.print( "GSDI: " );
 518         if ( TestGSDI.test() ) {
 519             System.out.println( "OK." );
 520             succeeded++;
 521         }
 522         else {
 523             System.out.println( "failed." );
 524             failed++;
 525         }
 526         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 527         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 528             System.out.println( "OK." );
 529             succeeded++;
 530         }
 531         else {
 532             System.out.println( "failed." );
 533             failed++;
 534         }
 535         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 536         if ( Test.testDataObjects() ) {
 537             System.out.println( "OK." );
 538             succeeded++;
 539         }
 540         else {
 541             System.out.println( "failed." );
 542             failed++;
 543         }
 544         System.out.print( "Properties map: " );
 545         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 546             System.out.println( "OK." );
 547             succeeded++;
 548         }
 549         else {
 550             System.out.println( "failed." );
 551             failed++;
 552         }
 553         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 554         System.out.println();
 555         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 564         System.out.println();
 565         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "GO: " );
 574         System.out.println();
 575         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 576             System.out.println( "OK." );
 577             succeeded++;
 578         }
 579         else {
 580             System.out.println( "failed." );
 581             failed++;
 582         }
 583         System.out.print( "Modeling tools: " );
 584         if ( TestPccx.test() ) {
 585             System.out.println( "OK." );
 586             succeeded++;
 587         }
 588         else {
 589             System.out.println( "failed." );
 590             failed++;
 591         }
 592         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 593         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 594             System.out.println( "OK." );
 595             succeeded++;
 596         }
 597         else {
 598             System.out.println( "failed." );
 599             failed++;
 600         }
 601         System.out.print( "Split Matrix: " );
 602         if ( Test.testSplit() ) {
 603             System.out.println( "OK." );
 604             succeeded++;
 605         }
 606         else {
 607             System.out.println( "failed." );
 608             failed++;
 609         }
 610         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 611         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 612             System.out.println( "OK." );
 613             succeeded++;
 614         }
 615         else {
 616             System.out.println( "failed." );
 617             failed++;
 618         }
 619         System.out.print( "Basic table: " );
 620         if ( Test.testBasicTable() ) {
 621             System.out.println( "OK." );
 622             succeeded++;
 623         }
 624         else {
 625             System.out.println( "failed." );
 626             failed++;
 627         }
 628         System.out.print( "General table: " );
 629         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 630             System.out.println( "OK." );
 631             succeeded++;
 632         }
 633         else {
 634             System.out.println( "failed." );
 635             failed++;
 636         }
 637         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 638         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 639             System.out.println( "OK." );
 640             succeeded++;
 641         }
 642         else {
 643             System.out.println( "failed." );
 644             failed++;
 645         }
 646         System.out.print( "General MSA parser: " );
 647         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 648             System.out.println( "OK." );
 649             succeeded++;
 650         }
 651         else {
 652             System.out.println( "failed." );
 653             failed++;
 654         }
 655         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 656         if ( Test.testFastaParser() ) {
 657             System.out.println( "OK." );
 658             succeeded++;
 659         }
 660         else {
 661             System.out.println( "failed." );
 662             failed++;
 663         }
 664         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 665         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 666             System.out.println( "OK." );
 667             succeeded++;
 668         }
 669         else {
 670             System.out.println( "failed." );
 671             failed++;
 672         }
 673         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 674         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 675             System.out.println( "OK." );
 676             succeeded++;
 677         }
 678         else {
 679             System.out.println( "failed." );
 680             failed++;
 681         }
 682         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 683         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 684             System.out.println( "OK." );
 685             succeeded++;
 686         }
 687         else {
 688             System.out.println( "failed." );
 689             failed++;
 690         }
 691         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 692         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 693             System.out.println( "OK." );
 694             succeeded++;
 695         }
 696         else {
 697             System.out.println( "failed." );
 698             failed++;
 699         }
 700         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 701             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 702             if ( Test.testMafft() ) {
 703                 System.out.println( "OK." );
 704                 succeeded++;
 705             }
 706             else {
 707                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 708             }
 709         }
 710         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 711         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 712             System.out.println( "OK." );
 713             succeeded++;
 714         }
 715         else {
 716             System.out.println( "failed." );
 717             failed++;
 718         }
 719         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 720         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 721             System.out.println( "OK." );
 722             succeeded++;
 723         }
 724         else {
 725             System.out.println( "failed." );
 726             failed++;
 727         }
 728         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 729         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 730         //            System.out.println( "OK." );
 731         //            succeeded++;
 732         //        }
 733         //        else {
 734         //            System.out
 735         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 736         //        }
 737         System.out.println();
 738         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 739         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 740         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 741         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 742                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 743         System.out.println();
 744         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 745         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 746         System.out.println();
 747         if ( failed < 1 ) {
 748             System.out.println( "OK." );
 749         }
 750         else {
 751             System.out.println( "Not OK." );
 752         }
 753         // System.out.println();
 754         // Development.setTime( true );
 755         //try {
 756         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 757         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 758         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 759         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 760         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 761         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 762         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 763         // NHXParser() )[ 0 ];
 764         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 765         // }
 766         // catch ( final Exception e ) {
 767         //     e.printStackTrace();
 768         // }
 769         // t1.getRoot().preorderPrint();
 770         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 771         // .getInstance();
 772         // try {
 773         //
 774         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 775         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 776         // factory.create(
 777         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 778         // new NHXParser() );
 779         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 780         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 781         // factory.create(
 782         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 783         // new NHXParser() );
 784         //
 785         //
 786         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 787         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 788         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 789         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 790         // factory.create(
 791         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 792         // new NHXParser() );
 793         // factory.create(
 794         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 795         // new NHXParser() );
 796         //
 797         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 798         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 799         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 800         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 801         //
 802         // factory.create(
 803         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 804         // new NHXParser() );
 805         // factory.create(
 806         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 807         // new NHXParser() );
 808         //
 809         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 810         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 811         // factory.create(
 812         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 813         // new NHXParser() );
 814         //
 815         // }
 816         // catch ( IOException e ) {
 817         // // TODO Auto-generated catch block
 818         // e.printStackTrace();
 819         // }
 820     }
 821
 822     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 823         try {
 824             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 828             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 829                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 830             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 831                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 832             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 833                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 834             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 841                 return false;
 842             }
 843             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( !n3.isExternal() ) {
 847                 return false;
 848             }
 849             if ( !n3.isRoot() ) {
 850                 return false;
 851             }
 852             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 853                 return false;
 854             }
 855         }
 856         catch ( final Exception e ) {
 857             e.printStackTrace( System.out );
 858             return false;
 859         }
 860         return true;
 861     }
 862
 863     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 864         try {
 865             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 866             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 867             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 868                                                               xml_parser );
 869             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 870                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 877             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 878             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 879             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 880             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !t1.isRooted() ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( t1.isRerootable() ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 914                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 918                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 925                 return false;
 926             }
 927             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 946                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 959                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 963                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 967                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 971                     .equals( "experimental" ) ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 975                     .equals( "function" ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 979                     .getValue() != 1 ) {
 980                 return false;
 981             }
 982             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 983                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 987                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 991                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 992                 return false;
 993             }
 994             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 995                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 999                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1000                 return false;
1001             }
1002             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1003                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1004                 return false;
1005             }
1006             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1007                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1011                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1012                 return false;
1013             }
1014             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1015                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1016                 return false;
1017             }
1018             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1019                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1026                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1027                 return false;
1028             }
1029             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1033             //     return false;
1034             //}
1035             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1036             //                return false;
1037             //            }
1038             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1039             //                return false;
1040             //            }
1041             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1042             //                return false;
1043             //            }
1044             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1045             //                return false;
1046             //            }
1047             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1048             //                return false;
1049             //            }
1050             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1051             //                return false;
1052             //            }
1053             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1054             //                return false;
1055             //            }
1056             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1057             //                return false;
1058             //            }
1059             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1060             //                    .equals( "B" ) ) {
1061             //                return false;
1062             //            }
1063             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1064             //                return false;
1065             //            }
1066             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1067             //                return false;
1068             //            }
1069             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1070             //                return false;
1071             //            }
1072             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1073             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1074             //                return false;
1075             //            }
1076             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1077             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1078             //                return false;
1079             //            }
1080             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1081             //                return false;
1082             //            }
1083             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1084             //                return false;
1085             //            }
1086             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1087             //                return false;
1088             //            }
1089             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1090             //                return false;
1091             //            }
1092             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1093             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1094             //                ;
1095             //                return false;
1096             //            }
1097             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1098             //                return false;
1099             //            }
1100             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1101             //                return false;
1102             //            }
1103             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1104             //                return false;
1105             //            }
1106             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1107             //                return false;
1108             //            }
1109             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1110             //                return false;
1111             //            }
1112             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1113             //                return false;
1114             //            }
1115             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1116             //                return false;
1117             //            }
1118             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1119             //                                                              xml_parser );
1120             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1121             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1122             //                return false;
1123             //            }
1124             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1125             //                return false;
1126             //            }
1127             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1128             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1129             //                return false;
1130             //            }
1131             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1132             //                return false;
1133             //            }
1134             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1135             //                return false;
1136             //            }
1137             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1138             //                return false;
1139             //            }
1140         }
1141         catch ( final Exception e ) {
1142             e.printStackTrace( System.out );
1143             return false;
1144         }
1145         return true;
1146     }
1147
1148     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1149         try {
1150             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1151             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1152             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1153                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1154             }
1155             else {
1156                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1157             }
1158             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1159                                                               xml_parser );
1160             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1161                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1168             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1169             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1173             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1186             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1187             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1188             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1201                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1205                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1209             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1210             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1211             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1212             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1216             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1232                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1239                 return false;
1240             }
1241             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1242                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1246                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1250                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1254                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1258                     .equals( "experimental" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1262                     .equals( "function" ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1266                     .getValue() != 1 ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1270                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1274                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1278                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1282                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1283                 return false;
1284             }
1285             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1286                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1290                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1291                 return false;
1292             }
1293             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1294                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1298                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1302                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1303                 return false;
1304             }
1305             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1306                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1313                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1323                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1339                     .equals( "ncbi" ) ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1346                     .getName().equals( "B" ) ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1350                     .getFrom() != 21 ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1357                     .getLength() != 24 ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1361                     .getConfidence() != 2144 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1365                     .equals( "pfam" ) ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1381             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1415                 return false;
1416             }
1417             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1418                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1419                 ;
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             //
1444             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1445                 return false;
1446             }
1447             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1448                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1455                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1456                 return false;
1457             }
1458             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1459                 return false;
1460             }
1461             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1462                 return false;
1463             }
1464             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1465                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1466                 return false;
1467             }
1468         }
1469         catch ( final Exception e ) {
1470             e.printStackTrace( System.out );
1471             return false;
1472         }
1473         return true;
1474     }
1475
1476     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1477         try {
1478             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1479             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1480             try {
1481                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1482             }
1483             catch ( final Exception e ) {
1484                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1485             }
1486             if ( xml_parser == null ) {
1487                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1488                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1489                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1490                 }
1491                 else {
1492                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1493                 }
1494             }
1495             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1496                                                               xml_parser );
1497             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1498                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1505             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1506             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1507             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1508             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1509                 return false;
1510             }
1511             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1530             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1531             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1532                 System.out.println( "errors:" );
1533                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1540                                                               xml_parser );
1541             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1542                 System.out.println( "errors:" );
1543                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1544                 return false;
1545             }
1546             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1550                 return false;
1551             }
1552             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1553                                                               xml_parser );
1554             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1555                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1562             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1575                                                               xml_parser );
1576             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1577                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1581                 return false;
1582             }
1583             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1584             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1585                 return false;
1586             }
1587             s.getNode( "first" );
1588             s.getNode( "<>" );
1589             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1590             s.getNode( "'''\"" );
1591             s.getNode( "\"\"\"" );
1592             s.getNode( "dick & doof" );
1593         }
1594         catch ( final Exception e ) {
1595             e.printStackTrace( System.out );
1596             return false;
1597         }
1598         return true;
1599     }
1600
1601     private static boolean testBasicTable() {
1602         try {
1603             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1604             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1605                 return false;
1606             }
1607             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1608                 return false;
1609             }
1610             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1611             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1612             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1613             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1614             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1615             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1616             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1617             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1618             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1640                 return false;
1641             }
1642             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1646                 return false;
1647             }
1648             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1649             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1650             source.append( "" + l );
1651             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1652             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1653             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1654             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1655             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1656             source.append( "40 41 42 43" + l );
1657             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1658             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1659             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1660             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1679             source1.append( "" + l );
1680             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1681             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1682             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1683             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1684             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1685             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1686             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1687             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1688             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1689             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1690                 return false;
1691             }
1692             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1711                 return false;
1712             }
1713             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1714             source2.append( "" + l );
1715             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1716             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1717             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1718             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1719             source2.append( "                     " + l );
1720             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1721             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1722             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1723             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1724             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1725                                                                         ";",
1726                                                                         false,
1727                                                                         "comment:",
1728                                                                         false );
1729             if ( tl.size() != 2 ) {
1730                 return false;
1731             }
1732             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1733             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1734             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1741                 return false;
1742             }
1743             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752         }
1753         catch ( final Exception e ) {
1754             e.printStackTrace( System.out );
1755             return false;
1756         }
1757         return true;
1758     }
1759
1760     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1761         try {
1762             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1763             final TolParser parser = new TolParser();
1764             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1765             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1766                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1767                 return false;
1768             }
1769             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1770                 return false;
1771             }
1772             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1773             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( !t1.isRooted() ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1792             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1793                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1800             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( !t2.isRooted() ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1822                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1826             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1827                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1834             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1847             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1848                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1849                 return false;
1850             }
1851             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1855             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1868             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1869                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1876             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1886                 return false;
1887             }
1888         }
1889         catch ( final Exception e ) {
1890             e.printStackTrace( System.out );
1891             return false;
1892         }
1893         return true;
1894     }
1895
1896     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1897         try {
1898             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1899             final Phylogeny t1 = factory.create();
1900             if ( !t1.isEmpty() ) {
1901                 return false;
1902             }
1903             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1904             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1905                 return false;
1906             }
1907             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( t2.isEmpty() ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1917             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1921                 return false;
1922             }
1923             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1924                 return false;
1925             }
1926             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1927             PhylogenyNodeIterator it;
1928             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1929                 it.next();
1930             }
1931             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1932                 it.next();
1933             }
1934             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1935             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1936                 return false;
1937             }
1938             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1942                 return false;
1943             }
1944             if ( it2.hasNext() ) {
1945                 return false;
1946             }
1947             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1948             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1955                 return false;
1956             }
1957             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1958             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1959             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1966             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1967             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1968                 return false;
1969             }
1970             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1971             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1972             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1973                 return false;
1974             }
1975             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1976             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1977             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1978                 return false;
1979             }
1980             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1981                 return false;
1982             }
1983             final char[] a9 = new char[] {};
1984             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1985             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1986                 return false;
1987             }
1988             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1989             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1990             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1991                 return false;
1992             }
1993         }
1994         catch ( final Exception e ) {
1995             e.printStackTrace( System.out );
1996             return false;
1997         }
1998         return true;
1999     }
2000
2001     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2002         try {
2003             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2004             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2005             final Phylogeny[] ev0 = factory
2006                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2007                              new NHXParser() );
2008             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2009             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2010                 return false;
2011             }
2012             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2013                 return false;
2014             }
2015             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2016             final Phylogeny[] ev1 = factory
2017                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2018                              new NHXParser() );
2019             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2020             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2021                 return false;
2022             }
2023             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2024                 return false;
2025             }
2026             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2027             final Phylogeny[] ev_b = factory
2028                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2029                              new NHXParser() );
2030             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2031             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2032             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2033                 return false;
2034             }
2035             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2036                 return false;
2037             }
2038             //
2039             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2040             final Phylogeny[] ev1x = factory
2041                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2042                              new NHXParser() );
2043             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2044             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2051             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2052                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2053                              new NHXParser() );
2054             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2055             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2056                 return false;
2057             }
2058             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2059                 return false;
2060             }
2061             //
2062             final Phylogeny[] t2 = factory
2063                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2064                              new NHXParser() );
2065             final Phylogeny[] ev2 = factory
2066                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2067                              new NHXParser() );
2068             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2069                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2070             }
2071             //
2072             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2073                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2074             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2075             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2076             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2077                 return false;
2078             }
2079             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2080                 return false;
2081             }
2082             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2083                 return false;
2084             }
2085         }
2086         catch ( final Exception e ) {
2087             e.printStackTrace();
2088             return false;
2089         }
2090         return true;
2091     }
2092
2093     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2094         try {
2095             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2096                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2097             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2098             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101         }
2102         catch ( final Exception e ) {
2103             e.printStackTrace();
2104             return false;
2105         }
2106         return true;
2107     }
2108
2109     private static boolean testDataObjects() {
2110         try {
2111             final Confidence s0 = new Confidence();
2112             final Confidence s1 = new Confidence();
2113             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2114                 return false;
2115             }
2116             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2117             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2118             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2119                 return false;
2120             }
2121             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2125             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2126                 return false;
2127             }
2128             s3.asSimpleText();
2129             s3.asText();
2130             // Taxonomy
2131             // ----------
2132             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2133             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2134             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2135             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2136             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2137             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2138             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2139             t1.setScientificName( "E. coli" );
2140             t1.setCommonName( "coli" );
2141             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2142             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2143                 return false;
2144             }
2145             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2146             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2147             t2.setScientificName( "what" );
2148             t2.setCommonName( "something" );
2149             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2153             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             t1.setIdentifier( null );
2157             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2158             t3.setScientificName( "what" );
2159             t3.setCommonName( "something" );
2160             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2161                 return false;
2162             }
2163             t1.setIdentifier( null );
2164             t1.setTaxonomyCode( "" );
2165             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2166             t4.setCommonName( "something" );
2167             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2168                 return false;
2169             }
2170             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2171             t4.setCommonName( "something" );
2172             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             t1.setIdentifier( null );
2176             t1.setTaxonomyCode( "" );
2177             t1.setScientificName( "" );
2178             t5.setCommonName( "COLI" );
2179             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2180                 return false;
2181             }
2182             t5.setCommonName( "vibrio" );
2183             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2184                 return false;
2185             }
2186             // Identifier
2187             // ----------
2188             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2189             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2190             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2191                 return false;
2192             }
2193             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2194                 return false;
2195             }
2196             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2197                 return false;
2198             }
2199             id1.asSimpleText();
2200             id1.asText();
2201             // ProteinDomain
2202             // ---------------
2203             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2204             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2205             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2206                 return false;
2207             }
2208             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2209                 return false;
2210             }
2211             pd1.asSimpleText();
2212             pd1.asText();
2213             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2214             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2215             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2216                 return false;
2217             }
2218             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2219                 return false;
2220             }
2221             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2222                 return false;
2223             }
2224             pd3.asSimpleText();
2225             pd3.asText();
2226             // DomainArchitecture
2227             // ------------------
2228             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2229             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2230             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2231             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2232             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2233             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2234             domains0.add( d2 );
2235             domains0.add( d0 );
2236             domains0.add( d3 );
2237             domains0.add( d1 );
2238             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2239             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2240                 return false;
2241             }
2242             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2243             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2244                 return false;
2245             }
2246             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2253             domains1.add( d1 );
2254             domains1.add( d2 );
2255             domains1.add( d4 );
2256             domains1.add( d0 );
2257             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2258             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             ds1.asSimpleText();
2262             ds1.asText();
2263             ds1.toNHX();
2264             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2265             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2266                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2267                 return false;
2268             }
2269             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2270                 return false;
2271             }
2272             // Event
2273             // -----
2274             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2275             if ( e1.isDuplication() ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( !e1.isFusion() ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2288             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2289                 return false;
2290             }
2291             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2292                 return false;
2293             }
2294             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2295             if ( e2.isDuplication() ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2299                 return false;
2300             }
2301             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2311                 return false;
2312             }
2313             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2314             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2315                 return false;
2316             }
2317             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2318             if ( e3.isDuplication() ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             if ( e3.isSpeciation() ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2325                 return false;
2326             }
2327             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2328                 return false;
2329             }
2330             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2331             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2332             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2333                 return false;
2334             }
2335             e3 = null;
2336             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2337                 return false;
2338             }
2339             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2340             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2341                 return false;
2342             }
2343             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2344                 return false;
2345             }
2346             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2347             e4 = null;
2348             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2349             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2353                 return false;
2354             }
2355             final Event e5 = new Event();
2356             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2357                 return false;
2358             }
2359             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2363                 return false;
2364             }
2365             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2366             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2367                 return false;
2368             }
2369             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2370                 return false;
2371             }
2372             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2373             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2374                 return false;
2375             }
2376             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2377                 return false;
2378             }
2379             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2380             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2384                 return false;
2385             }
2386         }
2387         catch ( final Exception e ) {
2388             e.printStackTrace( System.out );
2389             return false;
2390         }
2391         return true;
2392     }
2393
2394     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2395         try {
2396             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2397             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2398             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2399             if ( t0.isEmpty() ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2403                 return false;
2404             }
2405             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2406             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             if ( !t0.isEmpty() ) {
2410                 return false;
2411             }
2412             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2413             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2417             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2418                 return false;
2419             }
2420             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2424             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2425                 return false;
2426             }
2427             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2428             if ( !t1.isEmpty() ) {
2429                 return false;
2430             }
2431             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2432             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2436             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2437                 return false;
2438             }
2439             t2.toNewHampshireX();
2440             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2441             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2445             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2446                 return false;
2447             }
2448             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2449             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2453             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2454                 return false;
2455             }
2456             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2457             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2458                 return false;
2459             }
2460             n = t3.getNode( "A" );
2461             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             n = n.getNextExternalNode();
2465             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2469             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2470                 return false;
2471             }
2472             n = t3.getNode( "C" );
2473             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2474                 return false;
2475             }
2476             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2477             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2481             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2485             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2489             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2493             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2494                 return false;
2495             }
2496             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2497             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2498                 return false;
2499             }
2500             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2501             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2502                 return false;
2503             }
2504             n = t4.getNode( "A" );
2505             n = n.getNextExternalNode();
2506             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2507                 return false;
2508             }
2509             n = n.getNextExternalNode();
2510             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2511                 return false;
2512             }
2513             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2514             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2518             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2519             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2523             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2527             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2528             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2529                 return false;
2530             }
2531             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2532             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2536             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2537             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2538                 return false;
2539             }
2540             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2541             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2545             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2546             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2547                 return false;
2548             }
2549             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2550             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2551                 return false;
2552             }
2553             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2554             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2555             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2556                 return false;
2557             }
2558             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2559             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2563             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2564             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2565                 return false;
2566             }
2567             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2568             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2572             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2573             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2574                 return false;
2575             }
2576             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2577             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2581             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2585             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2586                 return false;
2587             }
2588             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2589             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2590             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2594             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2598             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2599                 return false;
2600             }
2601             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2602             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2606             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2610             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2614             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2615                 return false;
2616             }
2617             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2618             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2622             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2626             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2630             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2631                 return false;
2632             }
2633             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2634             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2638             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2639                 return false;
2640             }
2641             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2642             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2646             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2647             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2651             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2655             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2656             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2657                 return false;
2658             }
2659             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2660             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2661                 return false;
2662             }
2663             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2664             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2665             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2666                 return false;
2667             }
2668             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2669             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2670                 return false;
2671             }
2672             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2673             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2674                 return false;
2675             }
2676             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2677             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2678                 return false;
2679             }
2680             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2681             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2685             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2686                 return false;
2687             }
2688         }
2689         catch ( final Exception e ) {
2690             e.printStackTrace( System.out );
2691             return false;
2692         }
2693         return true;
2694     }
2695
2696     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2697         try {
2698             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2699             dss1.addValue( 82 );
2700             dss1.addValue( 78 );
2701             dss1.addValue( 70 );
2702             dss1.addValue( 58 );
2703             dss1.addValue( 42 );
2704             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2708                 return false;
2709             }
2710             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2711                 return false;
2712             }
2713             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2714                 return false;
2715             }
2716             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2717                 return false;
2718             }
2719             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2720                 return false;
2721             }
2722             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2723                 return false;
2724             }
2725             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2726                 return false;
2727             }
2728             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2729                 return false;
2730             }
2731             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2732                 return false;
2733             }
2734             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2738                 return false;
2739             }
2740             dss1.addValue( 123 );
2741             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2742                 return false;
2743             }
2744             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2745                 return false;
2746             }
2747             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2748                 return false;
2749             }
2750             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2751             dss2.addValue( -1.85 );
2752             dss2.addValue( 57.5 );
2753             dss2.addValue( 92.78 );
2754             dss2.addValue( 57.78 );
2755             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2759                 return false;
2760             }
2761             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2762             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2763                 return false;
2764             }
2765             dss2.addValue( -100 );
2766             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2767                 return false;
2768             }
2769             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2770                 return false;
2771             }
2772             final double[] ds = new double[ 14 ];
2773             ds[ 0 ] = 34;
2774             ds[ 1 ] = 23;
2775             ds[ 2 ] = 1;
2776             ds[ 3 ] = 32;
2777             ds[ 4 ] = 11;
2778             ds[ 5 ] = 2;
2779             ds[ 6 ] = 12;
2780             ds[ 7 ] = 33;
2781             ds[ 8 ] = 13;
2782             ds[ 9 ] = 22;
2783             ds[ 10 ] = 21;
2784             ds[ 11 ] = 35;
2785             ds[ 12 ] = 24;
2786             ds[ 13 ] = 31;
2787             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2788             if ( bins.length != 4 ) {
2789                 return false;
2790             }
2791             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2792                 return false;
2793             }
2794             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2795                 return false;
2796             }
2797             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2798                 return false;
2799             }
2800             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2801                 return false;
2802             }
2803             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2804             ds1[ 0 ] = 10.0;
2805             ds1[ 1 ] = 19.0;
2806             ds1[ 2 ] = 9.999;
2807             ds1[ 3 ] = 0.0;
2808             ds1[ 4 ] = 39.9;
2809             ds1[ 5 ] = 39.999;
2810             ds1[ 6 ] = 30.0;
2811             ds1[ 7 ] = 19.999;
2812             ds1[ 8 ] = 30.1;
2813             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2814             if ( bins1.length != 4 ) {
2815                 return false;
2816             }
2817             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2818                 return false;
2819             }
2820             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2824                 return false;
2825             }
2826             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2827                 return false;
2828             }
2829             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2830             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2831                 return false;
2832             }
2833             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2834                 return false;
2835             }
2836             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2837                 return false;
2838             }
2839             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2840                 return false;
2841             }
2842             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2843             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2844                 return false;
2845             }
2846             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2847                 return false;
2848             }
2849             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2850                 return false;
2851             }
2852             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2853                 return false;
2854             }
2855             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2856             dss3.addValue( 1 );
2857             dss3.addValue( 1 );
2858             dss3.addValue( 1 );
2859             dss3.addValue( 2 );
2860             dss3.addValue( 3 );
2861             dss3.addValue( 4 );
2862             dss3.addValue( 5 );
2863             dss3.addValue( 5 );
2864             dss3.addValue( 5 );
2865             dss3.addValue( 6 );
2866             dss3.addValue( 7 );
2867             dss3.addValue( 8 );
2868             dss3.addValue( 9 );
2869             dss3.addValue( 10 );
2870             dss3.addValue( 10 );
2871             dss3.addValue( 10 );
2872             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2873             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2874             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2875         }
2876         catch ( final Exception e ) {
2877             e.printStackTrace( System.out );
2878             return false;
2879         }
2880         return true;
2881     }
2882
2883     private static boolean testDir( final String file ) {
2884         try {
2885             final File f = new File( file );
2886             if ( !f.exists() ) {
2887                 return false;
2888             }
2889             if ( !f.isDirectory() ) {
2890                 return false;
2891             }
2892             if ( !f.canRead() ) {
2893                 return false;
2894             }
2895         }
2896         catch ( final Exception e ) {
2897             return false;
2898         }
2899         return true;
2900     }
2901
2902     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2903         try {
2904             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2905             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2906             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2907             n = n.getNextExternalNode();
2908             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2909                 return false;
2910             }
2911             n = n.getNextExternalNode();
2912             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             n = n.getNextExternalNode();
2916             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2917                 return false;
2918             }
2919             n = t1.getNode( "B" );
2920             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2921                 n = n.getNextExternalNode();
2922             }
2923             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2924             n = t2.getNode( "A" );
2925             n = n.getNextExternalNode();
2926             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             n = n.getNextExternalNode();
2930             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2931                 return false;
2932             }
2933             n = n.getNextExternalNode();
2934             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2935                 return false;
2936             }
2937             n = t2.getNode( "B" );
2938             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2939                 n = n.getNextExternalNode();
2940             }
2941             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2942             n = t3.getNode( "A" );
2943             n = n.getNextExternalNode();
2944             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2945                 return false;
2946             }
2947             n = n.getNextExternalNode();
2948             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2949                 return false;
2950             }
2951             n = n.getNextExternalNode();
2952             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2953                 return false;
2954             }
2955             n = n.getNextExternalNode();
2956             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2957                 return false;
2958             }
2959             n = n.getNextExternalNode();
2960             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2961                 return false;
2962             }
2963             n = n.getNextExternalNode();
2964             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2965                 return false;
2966             }
2967             n = n.getNextExternalNode();
2968             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2969                 return false;
2970             }
2971             n = t3.getNode( "B" );
2972             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2973                 n = n.getNextExternalNode();
2974             }
2975             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2976             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2977                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2978             }
2979             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2980             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2981                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2982             }
2983         }
2984         catch ( final Exception e ) {
2985             e.printStackTrace( System.out );
2986             return false;
2987         }
2988         return true;
2989     }
2990
2991     private static boolean testGeneralTable() {
2992         try {
2993             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2994             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2995             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2996             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2997             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2998             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2999             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
3000             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
3001             t0.setValue( 0, 0, "00" );
3002             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
3003                 return false;
3004             }
3005             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
3006                 return false;
3007             }
3008             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
3009                 return false;
3010             }
3011             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
3012                 return false;
3013             }
3014             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
3015                 return false;
3016             }
3017             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
3018                 return false;
3019             }
3020             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3024                 return false;
3025             }
3026             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3027                 return false;
3028             }
3029             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3030             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3031             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3032             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3033             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3034             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3035             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3036             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3037             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3038             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3039             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3040                 return false;
3041             }
3042             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3043                 return false;
3044             }
3045             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3046                 return false;
3047             }
3048             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3067                 return false;
3068             }
3069         }
3070         catch ( final Exception e ) {
3071             e.printStackTrace( System.out );
3072             return false;
3073         }
3074         return true;
3075     }
3076
3077     private static boolean testGetDistance() {
3078         try {
3079             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3080             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3081                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3082             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3083             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3084                 return false;
3085             }
3086             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3087                 return false;
3088             }
3089             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3090                 return false;
3091             }
3092             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3096                 return false;
3097             }
3098             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3099                 return false;
3100             }
3101             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3102                 return false;
3103             }
3104             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3105                 return false;
3106             }
3107             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3108                 return false;
3109             }
3110             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3111                 return false;
3112             }
3113             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3114                 return false;
3115             }
3116             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3117                 return false;
3118             }
3119             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3120                 return false;
3121             }
3122             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3123                 return false;
3124             }
3125             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3126                 return false;
3127             }
3128             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3135                 return false;
3136             }
3137             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3138                 return false;
3139             }
3140             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3141                 return false;
3142             }
3143             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3153                 return false;
3154             }
3155             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3177                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3178             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3179                 return false;
3180             }
3181             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3182                 return false;
3183             }
3184             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3185                 return false;
3186             }
3187             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3191                 return false;
3192             }
3193             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3194                 return false;
3195             }
3196             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3197                 return false;
3198             }
3199             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3203                 return false;
3204             }
3205             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3206                 return false;
3207             }
3208             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3209                 return false;
3210             }
3211         }
3212         catch ( final Exception e ) {
3213             e.printStackTrace( System.out );
3214             return false;
3215         }
3216         return true;
3217     }
3218
3219     private static boolean testGetLCA() {
3220         try {
3221             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3222             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3223                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3224             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3225             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3226             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3227                 return false;
3228             }
3229             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3230             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3234             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3238             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3242             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3246             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3250             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3254             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3258             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3259                 return false;
3260             }
3261             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3262             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3266             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3270             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3274             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3278             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3282             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3286             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3290             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3294             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3298             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3302             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3306             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3310             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3311                 return false;
3312             }
3313             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3314             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3315                 return false;
3316             }
3317             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3318             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3319             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3323             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3327             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3328                 return false;
3329             }
3330             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3331             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3332                 return false;
3333             }
3334             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3335             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3336                 return false;
3337             }
3338             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3339             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3343             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3347             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3348                 return false;
3349             }
3350             final Phylogeny p3 = factory
3351                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3352                              new NHXParser() )[ 0 ];
3353             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3354             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3355                 return false;
3356             }
3357             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3358             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3359                 return false;
3360             }
3361             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3362             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3366             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3367                 return false;
3368             }
3369             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3370             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3371                 return false;
3372             }
3373             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3377             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             if ( !al_3.isRoot() ) {
3381                 return false;
3382             }
3383             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3384             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3385                 return false;
3386             }
3387             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3388                 return false;
3389             }
3390             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3391             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3392                 return false;
3393             }
3394             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3395                 return false;
3396             }
3397             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3398             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3399                 return false;
3400             }
3401             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3402             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3403             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3407             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3408             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3409                 return false;
3410             }
3411             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3412             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3413             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3414                 return false;
3415             }
3416             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3417             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3418             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3419                 return false;
3420             }
3421         }
3422         catch ( final Exception e ) {
3423             e.printStackTrace( System.out );
3424             return false;
3425         }
3426         return true;
3427     }
3428
3429     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3430         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3431         try {
3432             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3433                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3434             parser1.parse();
3435             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3436                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3437             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3438             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3439                 return false;
3440             }
3441             if ( proteins.size() != 4 ) {
3442                 return false;
3443             }
3444             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3451                 return false;
3452             }
3453             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3454             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3455                 return false;
3456             }
3457             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3458                 return false;
3459             }
3460             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3461             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3468             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3469                 return false;
3470             }
3471             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3472             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3479                 return false;
3480             }
3481             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3482                 return false;
3483             }
3484             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3485                 return false;
3486             }
3487             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3488                 return false;
3489             }
3490             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3491                 return false;
3492             }
3493             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3494                 return false;
3495             }
3496             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3497                 return false;
3498             }
3499             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3500                 return false;
3501             }
3502         }
3503         catch ( final Exception e ) {
3504             e.printStackTrace( System.out );
3505             return false;
3506         }
3507         return true;
3508     }
3509
3510     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3511         try {
3512             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3513             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3514             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3515             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3516             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3517                 return false;
3518             }
3519             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3520             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3524             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3525                 return false;
3526             }
3527             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3528             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3529                 return false;
3530             }
3531         }
3532         catch ( final Exception e ) {
3533             e.printStackTrace( System.out );
3534             return false;
3535         }
3536         return true;
3537     }
3538
3539     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3540         try {
3541             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3542             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3543             PhylogenyNodeIterator it0;
3544             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3545                 it0.next();
3546             }
3547             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3548                 it0.next();
3549             }
3550             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3551             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3552                 return false;
3553             }
3554             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3555                 return false;
3556             }
3557             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3564                 return false;
3565             }
3566             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3567                 return false;
3568             }
3569             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             if ( it.hasNext() ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3576                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3577             PhylogenyNodeIterator it2;
3578             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3579                 it2.next();
3580             }
3581             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3582                 it2.next();
3583             }
3584             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3585             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3595                 return false;
3596             }
3597             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3601                 return false;
3602             }
3603             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3619                 return false;
3620             }
3621             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3634                 return false;
3635             }
3636             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3637                 return false;
3638             }
3639             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3643                 return false;
3644             }
3645             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3646                 return false;
3647             }
3648             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3649                 return false;
3650             }
3651             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3652                 return false;
3653             }
3654             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3655                 return false;
3656             }
3657             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3658                 return false;
3659             }
3660             if ( it3.hasNext() ) {
3661                 return false;
3662             }
3663             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3664             PhylogenyNodeIterator it4;
3665             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3666                 it4.next();
3667             }
3668             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3669                 it4.next();
3670             }
3671             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3672             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3673                 return false;
3674             }
3675             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3676                 return false;
3677             }
3678             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3679                 return false;
3680             }
3681             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3682                 return false;
3683             }
3684             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3685                 return false;
3686             }
3687             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3688             PhylogenyNodeIterator it6;
3689             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3690                 it6.next();
3691             }
3692             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3693                 it6.next();
3694             }
3695             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3696             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3697                 return false;
3698             }
3699             if ( it.hasNext() ) {
3700                 return false;
3701             }
3702         }
3703         catch ( final Exception e ) {
3704             e.printStackTrace( System.out );
3705             return false;
3706         }
3707         return true;
3708     }
3709
3710     private static boolean testMidpointrooting() {
3711         try {
3712             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3713             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3714                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3715             if ( !t1.isRooted() ) {
3716                 return false;
3717             }
3718             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3719             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3726                 return false;
3727             }
3728             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3738             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3739             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3740                 return false;
3741             }
3742             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3743                 return false;
3744             }
3745             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3746                 return false;
3747             }
3748             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3752                 return false;
3753             }
3754             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3755                 return false;
3756             }
3757         }
3758         catch ( final Exception e ) {
3759             e.printStackTrace( System.out );
3760             return false;
3761         }
3762         return true;
3763     }
3764
3765     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3766         try {
3767             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3768             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3769             parser.parse();
3770             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3771             if ( labels.length != 7 ) {
3772                 return false;
3773             }
3774             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3775                 return false;
3776             }
3777             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3778                 return false;
3779             }
3780             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3781                 return false;
3782             }
3783             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3784                 return false;
3785             }
3786             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3787                 return false;
3788             }
3789             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3790                 return false;
3791             }
3792             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3793                 return false;
3794             }
3795             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3796             parser.parse();
3797             labels = parser.getCharStateLabels();
3798             if ( labels.length != 7 ) {
3799                 return false;
3800             }
3801             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3802                 return false;
3803             }
3804             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3805                 return false;
3806             }
3807             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3808                 return false;
3809             }
3810             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3811                 return false;
3812             }
3813             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3820                 return false;
3821             }
3822         }
3823         catch ( final Exception e ) {
3824             e.printStackTrace( System.out );
3825             return false;
3826         }
3827         return true;
3828     }
3829
3830     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3831         try {
3832             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3833             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3834             parser.parse();
3835             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3836             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3837                 return false;
3838             }
3839             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3840                 return false;
3841             }
3842             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3843                 return false;
3844             }
3845             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3846                 return false;
3847             }
3848             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3849                 return false;
3850             }
3851             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3852                 return false;
3853             }
3854             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3855                 return false;
3856             }
3857             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3858                 return false;
3859             }
3860             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3861                 return false;
3862             }
3863             //            if ( labels.length != 7 ) {
3864             //                return false;
3865             //            }
3866             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3867             //                return false;
3868             //            }
3869             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3870             //                return false;
3871             //            }
3872             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3873             //                return false;
3874             //            }
3875             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3876             //                return false;
3877             //            }
3878             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3879             //                return false;
3880             //            }
3881             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3882             //                return false;
3883             //            }
3884             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3885             //                return false;
3886             //            }
3887             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3888             //            parser.parse();
3889             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3890             //            if ( labels.length != 7 ) {
3891             //                return false;
3892             //            }
3893             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3894             //                return false;
3895             //            }
3896             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3897             //                return false;
3898             //            }
3899             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3900             //                return false;
3901             //            }
3902             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3903             //                return false;
3904             //            }
3905             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3906             //                return false;
3907             //            }
3908             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3909             //                return false;
3910             //            }
3911             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3912             //                return false;
3913             //            }
3914         }
3915         catch ( final Exception e ) {
3916             e.printStackTrace( System.out );
3917             return false;
3918         }
3919         return true;
3920     }
3921
3922     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3923         try {
3924             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3925             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3926             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3927             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3928                 return false;
3929             }
3930             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3934                 return false;
3935             }
3936             phylogenies = null;
3937             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3938             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3945                 return false;
3946             }
3947             phylogenies = null;
3948             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3949             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             phylogenies = null;
3962             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3963             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3982                 return false;
3983             }
3984             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4006                 return false;
4007             }
4008             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4009                 return false;
4010             }
4011             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4018                 return false;
4019             }
4020             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4042                 return false;
4043             }
4044             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4054                 return false;
4055             }
4056             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4057                 return false;
4058             }
4059             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4060                 return false;
4061             }
4062             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4063                 return false;
4064             }
4065             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4066                 return false;
4067             }
4068             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4069                 return false;
4070             }
4071             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4072                 return false;
4073             }
4074             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4075                 return false;
4076             }
4077             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4078                 return false;
4079             }
4080             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4081                 return false;
4082             }
4083             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4084                 return false;
4085             }
4086         }
4087         catch ( final Exception e ) {
4088             e.printStackTrace( System.out );
4089             return false;
4090         }
4091         return true;
4092     }
4093
4094     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4095         try {
4096             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4097             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4098             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4099             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4103                 return false;
4104             }
4105             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4109                 return false;
4110             }
4111             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4112                 return false;
4113             }
4114             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4115                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             phylogenies = null;
4119             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4120             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4124                 return false;
4125             }
4126             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4127                 return false;
4128             }
4129             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4139                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4143                 return false;
4144             }
4145             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4146                 return false;
4147             }
4148             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4149                 return false;
4150             }
4151             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4152                 return false;
4153             }
4154             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4155                 return false;
4156             }
4157             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4158                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4165                 return false;
4166             }
4167             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4168                 return false;
4169             }
4170             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4171                 return false;
4172             }
4173             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4174                 return false;
4175             }
4176             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4177                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             phylogenies = null;
4181             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4182             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4183                 return false;
4184             }
4185             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4189                 return false;
4190             }
4191             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4201                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4202                 return false;
4203             }
4204             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4205                 return false;
4206             }
4207             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4208                 return false;
4209             }
4210             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4211                 return false;
4212             }
4213             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4214                 return false;
4215             }
4216             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4217                 return false;
4218             }
4219             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4220                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4221                 return false;
4222             }
4223             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4224                 return false;
4225             }
4226             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4227                 return false;
4228             }
4229             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4230                 return false;
4231             }
4232             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4233                 return false;
4234             }
4235             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4236                 return false;
4237             }
4238             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4239                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4240                 return false;
4241             }
4242         }
4243         catch ( final Exception e ) {
4244             e.printStackTrace( System.out );
4245             return false;
4246         }
4247         return true;
4248     }
4249
4250     private static boolean testNHParsing() {
4251         try {
4252             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4253             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4254             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4255                 return false;
4256             }
4257             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4258             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4259             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4260             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4261             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4265                 return false;
4266             }
4267             final Phylogeny p1b = factory
4268                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4269                              new NHXParser() )[ 0 ];
4270             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4274                 return false;
4275             }
4276             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4277             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4278             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4279             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4280             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4281             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4282             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4283             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4284             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4285             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4286             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4287                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4288                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4289                                                     new NHXParser() );
4290             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4303             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4304             final String p16_S = "((A,B),C)";
4305             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4306             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4310             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4311             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4312                 return false;
4313             }
4314             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4315             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4316             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4320             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4321             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4325             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4326             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4330             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4331             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4332                 return false;
4333             }
4334             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4335             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4336             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4337                 return false;
4338             }
4339             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4340             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4341             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4345             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4346             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4347                 return false;
4348             }
4349             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4350             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4351             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4352             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4359                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4360                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4361                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4362                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4363                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4364                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4365                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4366             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4367             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             final String p26_S = "(A,B)ab";
4371             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4372             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4376             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4377                                                     new NHXParser() );
4378             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4382             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4383             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4384             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4385             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4386                                                     new NHXParser() );
4387             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4394                 return false;
4395             }
4396             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4400             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4401             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4405             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4406             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4410             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4411             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             final String p33_S = "A";
4415             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4416             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             final String p34_S = "B;";
4420             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4421             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             final String p35_S = "B:0.2";
4425             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4426             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4427                 return false;
4428             }
4429             final String p36_S = "(A)";
4430             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4431             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             final String p37_S = "((A))";
4435             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4436             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4440             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4441             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4445             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4446             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             final String p40_S = "(A,B,C)";
4450             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4451             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4455             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4456             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4460             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4461             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4465             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4466             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4470             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4471             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4472                 return false;
4473             }
4474             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4475             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4476             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4477                 return false;
4478             }
4479             final String p46_S = "";
4480             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4481             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4485             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4489             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             final Phylogeny p49 = factory
4493                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4494                              new NHXParser() )[ 0 ];
4495             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4496                 return false;
4497             }
4498             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4499             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4503                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4510                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4511                 return false;
4512             }
4513             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4514             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4518             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             final Phylogeny p53 = factory
4522                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4523                              new NHXParser() )[ 0 ];
4524             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4525                 return false;
4526             }
4527             //
4528             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4529             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4533                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536         }
4537         catch ( final Exception e ) {
4538             e.printStackTrace( System.out );
4539             return false;
4540         }
4541         return true;
4542     }
4543
4544     private static boolean testNHXconversion() {
4545         try {
4546             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4547             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4548             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4549             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4550             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4551                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4552             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4553                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4554             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4555                 return false;
4556             }
4557             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4564                 return false;
4565             }
4566             if ( !n5.toNewHampshireX()
4567                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4568                 return false;
4569             }
4570             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4571                 return false;
4572             }
4573         }
4574         catch ( final Exception e ) {
4575             e.printStackTrace( System.out );
4576             return false;
4577         }
4578         return true;
4579     }
4580
4581     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4582         try {
4583             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4584             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4585             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4586             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4587             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4588                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4589             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             if ( n3.isDuplication() ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4599                 return false;
4600             }
4601             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4602                 return false;
4603             }
4604             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4605                 return false;
4606             }
4607             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4608                 return false;
4609             }
4610             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4614                 return false;
4615             }
4616             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4617                 return false;
4618             }
4619             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4620                 return false;
4621             }
4622             if ( !n5.isDuplication() ) {
4623                 return false;
4624             }
4625             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4629                 return false;
4630             }
4631             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4632                 return false;
4633             }
4634             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4635                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4636                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4637             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4644                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4645                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4646             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4647                 return false;
4648             }
4649             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4650                 return false;
4651             }
4652             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4653                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4654             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4655                 return false;
4656             }
4657             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4658                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4659             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4660                 return false;
4661             }
4662             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4663                 return false;
4664             }
4665             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4666                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4667             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4671                 return false;
4672             }
4673             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4674                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4675             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4679                 return false;
4680             }
4681             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4682                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4683             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4684                 return false;
4685             }
4686             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4687                 return false;
4688             }
4689             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4690                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4691             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4692                 return false;
4693             }
4694             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4695                 return false;
4696             }
4697             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4698                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4699             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4700                 return false;
4701             }
4702             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4706                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4707             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4708                 return false;
4709             }
4710             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4714                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4715             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4719                 return false;
4720             }
4721             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4722                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4723             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4730                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4731                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2",
4732                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4733                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4734                     return false;
4735                 }
4736                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4737                     return false;
4738                 }
4739                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4740                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4741                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4742                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4743                     return false;
4744                 }
4745                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "" ) ) {
4746                     return false;
4747                 }
4748                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4749                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4750                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4751                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4752                     return false;
4753                 }
4754                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "" ) ) {
4755                     return false;
4756                 }
4757                 final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4758                         .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4759                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4760                 if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4761                     return false;
4762                 }
4763                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4764                     return false;
4765                 }
4766                 final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4767                         .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4768                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4769                 if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4770                     return false;
4771                 }
4772                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4773                     return false;
4774                 }
4775                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4776                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2",
4777                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4778                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4779                     return false;
4780                 }
4781                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4782                     return false;
4783                 }
4784                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4785                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4786                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4787                     return false;
4788                 }
4789                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4790                     return false;
4791                 }
4792             }
4793             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4794                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4795                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4796             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4803                 return false;
4804             }
4805             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4806                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4807                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4808             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4818             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4819             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4820                 return false;
4821             }
4822             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4832                 return false;
4833             }
4834             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4835                 return false;
4836             }
4837             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4838                 return false;
4839             }
4840             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4841                 return false;
4842             }
4843             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4844                 return false;
4845             }
4846             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4850                 return false;
4851             }
4852             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4853                 return false;
4854             }
4855             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4856                 return false;
4857             }
4858             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4859                 return false;
4860             }
4861             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4862                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4863             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4882                 return false;
4883             }
4884             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4885                 return false;
4886             }
4887             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4888             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4892             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4896                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4897                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4898             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4902                 return false;
4903             }
4904             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4905                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4906                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4907             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4908                 return false;
4909             }
4910             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4914                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4915                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4916             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4917                 return false;
4918             }
4919             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4920                 return false;
4921             }
4922             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4923                 return false;
4924             }
4925             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4926                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4927                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4928             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4929                 return false;
4930             }
4931             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4932                 return false;
4933             }
4934             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4935                 return false;
4936             }
4937             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4938                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4939                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4940             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4941                 return false;
4942             }
4943             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4944                 return false;
4945             }
4946             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4947                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4948             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4952                 return false;
4953             }
4954             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4955                 return false;
4956             }
4957         }
4958         catch ( final Exception e ) {
4959             e.printStackTrace( System.out );
4960             return false;
4961         }
4962         return true;
4963     }
4964
4965     private static boolean testNHXParsing() {
4966         try {
4967             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4968             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4969             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4973             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4974             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4975                 return false;
4976             }
4977             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4978             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4979             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4980                 return false;
4981             }
4982             final Phylogeny[] p3 = factory
4983                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4984                              new NHXParser() );
4985             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             final Phylogeny[] p4 = factory
4989                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4990                              new NHXParser() );
4991             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             final Phylogeny[] p5 = factory
4995                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4996                              new NHXParser() );
4997             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5001             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5002             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5003             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5004                 return false;
5005             }
5006             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5007             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5008             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5009             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5010                 return false;
5011             }
5012             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5013             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5014             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5015             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5016                 return false;
5017             }
5018             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5019             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             final Phylogeny p10 = factory
5023                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5024                              new NHXParser() )[ 0 ];
5025             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5026                 return false;
5027             }
5028         }
5029         catch ( final Exception e ) {
5030             e.printStackTrace( System.out );
5031             return false;
5032         }
5033         return true;
5034     }
5035
5036     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5037         try {
5038             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5039             final NHXParser p = new NHXParser();
5040             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5041             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5045             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5046                 return false;
5047             }
5048             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5049                 return false;
5050             }
5051             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5052                 return false;
5053             }
5054             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5055                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5056                 return false;
5057             }
5058             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5068                 return false;
5069             }
5070             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5071                 return false;
5072             }
5073             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5074             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5075             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5076             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5077                 return false;
5078             }
5079             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5080             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5081             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5082             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5083                 return false;
5084             }
5085             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5086             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5087             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5088             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5089                 return false;
5090             }
5091             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5092             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5093             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5094             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             final Phylogeny p10 = factory
5098                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5099                              new NHXParser() )[ 0 ];
5100             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5101             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5102                 return false;
5103             }
5104             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5105             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             //
5109             final Phylogeny p12 = factory
5110                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5111                              new NHXParser() )[ 0 ];
5112             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5113             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5117             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5118                 return false;
5119             }
5120             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5121             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5125             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5126                 return false;
5127             }
5128         }
5129         catch ( final Exception e ) {
5130             e.printStackTrace( System.out );
5131             return false;
5132         }
5133         return true;
5134     }
5135
5136     private static boolean testNHXParsingMB() {
5137         try {
5138             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5139             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5140                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5141                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5142                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5143                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5144                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5145                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5146                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5147                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5148             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5155                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             final Phylogeny p2 = factory
5165                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5166                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5167                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5168                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5169                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5170                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5171                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5172                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5173                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5174                              new NHXParser() )[ 0 ];
5175             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5176                 return false;
5177             }
5178             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5179                 return false;
5180             }
5181         }
5182         catch ( final Exception e ) {
5183             e.printStackTrace( System.out );
5184             System.exit( -1 );
5185             return false;
5186         }
5187         return true;
5188     }
5189
5190     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5191         try {
5192             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5193             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5194             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5195             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5196             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5197                 return false;
5198             }
5199             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5200                 return false;
5201             }
5202             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5203                 return false;
5204             }
5205             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5206             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5207             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5208             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5209                 return false;
5210             }
5211             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5212                 return false;
5213             }
5214             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5215             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5219                 return false;
5220             }
5221             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5222                 return false;
5223             }
5224         }
5225         catch ( final Exception e ) {
5226             e.printStackTrace( System.out );
5227             return false;
5228         }
5229         return true;
5230     }
5231
5232     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5233         try {
5234             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5235             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5236             try {
5237                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5238             }
5239             catch ( final Exception e ) {
5240                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5241             }
5242             if ( xml_parser == null ) {
5243                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5244                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5245                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5246                 }
5247                 else {
5248                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5249                 }
5250             }
5251             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5252                                                               xml_parser );
5253             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5254                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5255                 return false;
5256             }
5257             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5261             PhylogenyNode n = null;
5262             Distribution d = null;
5263             n = t1.getNode( "root node" );
5264             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             d = n.getNodeData().getDistribution();
5271             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( d.getPolygons() != null ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5281                 return false;
5282             }
5283             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             n = t1.getNode( "node a" );
5296             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5303             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5307                 return false;
5308             }
5309             if ( d.getPolygons() != null ) {
5310                 return false;
5311             }
5312             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5313                 return false;
5314             }
5315             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5322                 return false;
5323             }
5324             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5325                 return false;
5326             }
5327             n = t1.getNode( "node bb" );
5328             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5332                 return false;
5333             }
5334             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5335             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5336                 return false;
5337             }
5338             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5342                 return false;
5343             }
5344             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5345                 return false;
5346             }
5347             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5348                 return false;
5349             }
5350             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5357                 return false;
5358             }
5359             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5360             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5361                 return false;
5362             }
5363             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5364                 return false;
5365             }
5366             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5367                 return false;
5368             }
5369             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5370                 return false;
5371             }
5372             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5373                 return false;
5374             }
5375             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             p = d.getPolygons().get( 1 );
5382             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5383                 return false;
5384             }
5385             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5386                 return false;
5387             }
5388             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5389                 return false;
5390             }
5391             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5392                 return false;
5393             }
5394             // Roundtrip:
5395             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5396             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5397             if ( rt.length != 1 ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5401             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5402             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5403                 return false;
5404             }
5405             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5406                 return false;
5407             }
5408             d = n.getNodeData().getDistribution();
5409             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5410                 return false;
5411             }
5412             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5413                 return false;
5414             }
5415             if ( d.getPolygons() != null ) {
5416                 return false;
5417             }
5418             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5419                 return false;
5420             }
5421             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5422                 return false;
5423             }
5424             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5425                 return false;
5426             }
5427             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5428                 return false;
5429             }
5430             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5434             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5438                 return false;
5439             }
5440             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5441             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5442                 return false;
5443             }
5444             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5445                 return false;
5446             }
5447             if ( d.getPolygons() != null ) {
5448                 return false;
5449             }
5450             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5451                 return false;
5452             }
5453             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5460                 return false;
5461             }
5462             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5466             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5473             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5477                 return false;
5478             }
5479             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5480                 return false;
5481             }
5482             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5489                 return false;
5490             }
5491             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             p = d.getPolygons().get( 0 );
5498             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5505                 return false;
5506             }
5507             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5514                 return false;
5515             }
5516             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5517                 return false;
5518             }
5519             p = d.getPolygons().get( 1 );
5520             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5521                 return false;
5522             }
5523             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5524                 return false;
5525             }
5526             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5527                 return false;
5528             }
5529             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5530                 return false;
5531             }
5532         }
5533         catch ( final Exception e ) {
5534             e.printStackTrace( System.out );
5535             return false;
5536         }
5537         return true;
5538     }
5539
5540     private static boolean testPostOrderIterator() {
5541         try {
5542             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5543             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5544             PhylogenyNodeIterator it0;
5545             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5546                 it0.next();
5547             }
5548             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5549                 it0.next();
5550             }
5551             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5552             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5553             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5554                 return false;
5555             }
5556             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5557                 return false;
5558             }
5559             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5560                 return false;
5561             }
5562             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5563                 return false;
5564             }
5565             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5566                 return false;
5567             }
5568             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5569                 return false;
5570             }
5571             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5572                 return false;
5573             }
5574             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5575                 return false;
5576             }
5577             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5581                 return false;
5582             }
5583             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5590                 return false;
5591             }
5592             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5593                 return false;
5594             }
5595             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5596                 return false;
5597             }
5598             if ( it.hasNext() ) {
5599                 return false;
5600             }
5601         }
5602         catch ( final Exception e ) {
5603             e.printStackTrace( System.out );
5604             return false;
5605         }
5606         return true;
5607     }
5608
5609     private static boolean testPreOrderIterator() {
5610         try {
5611             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5612             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5613             PhylogenyNodeIterator it0;
5614             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5615                 it0.next();
5616             }
5617             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5618                 it0.next();
5619             }
5620             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5621             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5622                 return false;
5623             }
5624             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5625                 return false;
5626             }
5627             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5628                 return false;
5629             }
5630             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5631                 return false;
5632             }
5633             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5634                 return false;
5635             }
5636             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5637                 return false;
5638             }
5639             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5640                 return false;
5641             }
5642             if ( it.hasNext() ) {
5643                 return false;
5644             }
5645             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5646             it = t1.iteratorPreorder();
5647             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5660                 return false;
5661             }
5662             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5663                 return false;
5664             }
5665             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5666                 return false;
5667             }
5668             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5669                 return false;
5670             }
5671             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5672                 return false;
5673             }
5674             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5675                 return false;
5676             }
5677             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5678                 return false;
5679             }
5680             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5681                 return false;
5682             }
5683             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5684                 return false;
5685             }
5686             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5687                 return false;
5688             }
5689             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( it.hasNext() ) {
5693                 return false;
5694             }
5695         }
5696         catch ( final Exception e ) {
5697             e.printStackTrace( System.out );
5698             return false;
5699         }
5700         return true;
5701     }
5702
5703     private static boolean testPropertiesMap() {
5704         try {
5705             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5706             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5707             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5708             final Property p2 = new Property( "something:else",
5709                                               "?",
5710                                               "improbable:research",
5711                                               "xsd:decimal",
5712                                               AppliesTo.NODE );
5713             pm.addProperty( p0 );
5714             pm.addProperty( p1 );
5715             pm.addProperty( p2 );
5716             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5717                 return false;
5718             }
5719             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5720                 return false;
5721             }
5722             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5723                 return false;
5724             }
5725             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5726                 return false;
5727             }
5728             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5729                 return false;
5730             }
5731             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5732                 return false;
5733             }
5734             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5735             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5739                 return false;
5740             }
5741             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5742                 return false;
5743             }
5744         }
5745         catch ( final Exception e ) {
5746             e.printStackTrace( System.out );
5747             return false;
5748         }
5749         return true;
5750     }
5751
5752     private static boolean testReIdMethods() {
5753         try {
5754             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5755             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5756             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5757             p.levelOrderReID();
5758             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5765                 return false;
5766             }
5767             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5768                 return false;
5769             }
5770             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5771                 return false;
5772             }
5773             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5774                 return false;
5775             }
5776             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5777                 return false;
5778             }
5779             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5780                 return false;
5781             }
5782             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5783                 return false;
5784             }
5785             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5786                 return false;
5787             }
5788             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5789                 return false;
5790             }
5791             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5792                 return false;
5793             }
5794             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5795                 return false;
5796             }
5797             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5798                 return false;
5799             }
5800             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5801                 return false;
5802             }
5803         }
5804         catch ( final Exception e ) {
5805             e.printStackTrace( System.out );
5806             return false;
5807         }
5808         return true;
5809     }
5810
5811     private static boolean testRerooting() {
5812         try {
5813             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5814             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5815                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5816             if ( !t1.isRooted() ) {
5817                 return false;
5818             }
5819             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5820             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5821             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5822             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5823             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5824             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5825             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5826             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5827             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5828             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5829             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5830             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5831             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5832             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5833             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5834             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5835             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5836             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5837             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5838             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5839             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5840             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5841             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5842             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5843             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5844             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5845             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5846             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5847             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5848                 return false;
5849             }
5850             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5851                 return false;
5852             }
5853             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5854                 return false;
5855             }
5856             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5857                 return false;
5858             }
5859             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5860                 return false;
5861             }
5862             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5863                 return false;
5864             }
5865             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5866                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5867             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5868             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5869             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5870             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5871             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5872             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5873             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5874             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5875             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5876             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5877             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5878             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5879             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5880             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5881             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5882             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5883             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5885             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5887             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5888             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5889             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5890             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5892             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5893             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5894             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5895             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5896             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5897             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5899             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5900             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5901             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5902             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5903             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5904             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5905             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5906             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5907             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5908             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5909             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5910             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5911             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5912             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5913                 return false;
5914             }
5915             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5916                 return false;
5917             }
5918             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5919             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5926             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5936             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5940                 return false;
5941             }
5942             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5943                 return false;
5944             }
5945             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5946             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5947                 return false;
5948             }
5949             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5950                 return false;
5951             }
5952             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5953             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5960                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5961             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5962             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5969                 return false;
5970             }
5971             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5972             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5982             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5983                 return false;
5984             }
5985             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5986                 return false;
5987             }
5988             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5989                 return false;
5990             }
5991         }
5992         catch ( final Exception e ) {
5993             e.printStackTrace( System.out );
5994             return false;
5995         }
5996         return true;
5997     }
5998
5999     private static boolean testSDIse() {
6000         try {
6001             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6002             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6003             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6004             gene1.setRooted( true );
6005             species1.setRooted( true );
6006             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6007             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6008                 return false;
6009             }
6010             final Phylogeny species2 = factory
6011                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6012                              new NHXParser() )[ 0 ];
6013             final Phylogeny gene2 = factory
6014                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6015                              new NHXParser() )[ 0 ];
6016             species2.setRooted( true );
6017             gene2.setRooted( true );
6018             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6019             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6020                 return false;
6021             }
6022             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6029                 return false;
6030             }
6031             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6032                 return false;
6033             }
6034             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6038                 return false;
6039             }
6040             final Phylogeny species3 = factory
6041                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6042                              new NHXParser() )[ 0 ];
6043             final Phylogeny gene3 = factory
6044                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6045                              new NHXParser() )[ 0 ];
6046             species3.setRooted( true );
6047             gene3.setRooted( true );
6048             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6049             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6053                 return false;
6054             }
6055             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6056                 return false;
6057             }
6058             final Phylogeny species4 = factory
6059                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6060                              new NHXParser() )[ 0 ];
6061             final Phylogeny gene4 = factory
6062                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6063                              new NHXParser() )[ 0 ];
6064             species4.setRooted( true );
6065             gene4.setRooted( true );
6066             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6067             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6068                 return false;
6069             }
6070             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6071                 return false;
6072             }
6073             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6074                 return false;
6075             }
6076             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6077                 return false;
6078             }
6079             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6080                 return false;
6081             }
6082             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6083                 return false;
6084             }
6085             final Phylogeny species5 = factory
6086                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6087                              new NHXParser() )[ 0 ];
6088             final Phylogeny gene5 = factory
6089                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6090                              new NHXParser() )[ 0 ];
6091             species5.setRooted( true );
6092             gene5.setRooted( true );
6093             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6094             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6095                 return false;
6096             }
6097             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6098                 return false;
6099             }
6100             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6101                 return false;
6102             }
6103             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6104                 return false;
6105             }
6106             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6107                 return false;
6108             }
6109             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6110                 return false;
6111             }
6112             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6113             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6114             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6115             final Phylogeny species6 = factory
6116                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6117                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6118                              new NHXParser() )[ 0 ];
6119             final Phylogeny gene6 = factory
6120                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6121                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6122                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6123                              new NHXParser() )[ 0 ];
6124             species6.setRooted( true );
6125             gene6.setRooted( true );
6126             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6127             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6128                 return false;
6129             }
6130             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6131                 return false;
6132             }
6133             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6134                 return false;
6135             }
6136             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6137                 return false;
6138             }
6139             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6140                 return false;
6141             }
6142             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6143                 return false;
6144             }
6145             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6146                 return false;
6147             }
6148             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6149                 return false;
6150             }
6151             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6152                 return false;
6153             }
6154             sdi6.computeMappingCostL();
6155             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6165                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6166                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6167                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6168                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6169             species7.setRooted( true );
6170             final Phylogeny gene7_1 = Test
6171                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6172             gene7_1.setRooted( true );
6173             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6174             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6175                 return false;
6176             }
6177             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6178                 return false;
6179             }
6180             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6181                 return false;
6182             }
6183             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6184                 return false;
6185             }
6186             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6187                 return false;
6188             }
6189             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6193                 return false;
6194             }
6195             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6196                 return false;
6197             }
6198             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6199                 return false;
6200             }
6201             final Phylogeny gene7_2 = Test
6202                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6203             gene7_2.setRooted( true );
6204             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6205             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6206                 return false;
6207             }
6208             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6209                 return false;
6210             }
6211             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6212                 return false;
6213             }
6214             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6215                 return false;
6216             }
6217             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6218                 return false;
6219             }
6220             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6221                 return false;
6222             }
6223             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6224                 return false;
6225             }
6226             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6227                 return false;
6228             }
6229             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6233                 return false;
6234             }
6235         }
6236         catch ( final Exception e ) {
6237             return false;
6238         }
6239         return true;
6240     }
6241
6242     private static boolean testSDIunrooted() {
6243         try {
6244             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6245             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6246             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6247             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6248             PhylogenyBranch br = iter.next();
6249             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6250                 return false;
6251             }
6252             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6253                 return false;
6254             }
6255             br = iter.next();
6256             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6260                 return false;
6261             }
6262             br = iter.next();
6263             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             br = iter.next();
6270             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             br = iter.next();
6277             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             br = iter.next();
6284             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6288                 return false;
6289             }
6290             br = iter.next();
6291             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             br = iter.next();
6298             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             br = iter.next();
6305             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6309                 return false;
6310             }
6311             br = iter.next();
6312             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             br = iter.next();
6319             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             br = iter.next();
6326             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6330                 return false;
6331             }
6332             br = iter.next();
6333             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             br = iter.next();
6340             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             br = iter.next();
6347             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             if ( iter.hasNext() ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6357             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6358             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6359             br = iter1.next();
6360             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             br = iter1.next();
6367             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             br = iter1.next();
6374             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             if ( iter1.hasNext() ) {
6381                 return false;
6382             }
6383             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6384             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6385             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6386             br = iter2.next();
6387             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             br = iter2.next();
6394             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6398                 return false;
6399             }
6400             br = iter2.next();
6401             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6402                 return false;
6403             }
6404             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6405                 return false;
6406             }
6407             if ( iter2.hasNext() ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             final Phylogeny species0 = factory
6411                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6412                              new NHXParser() )[ 0 ];
6413             final Phylogeny gene1 = factory
6414                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6415                              new NHXParser() )[ 0 ];
6416             species0.setRooted( true );
6417             gene1.setRooted( true );
6418             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6419             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6420             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6421                 return false;
6422             }
6423             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6424                 return false;
6425             }
6426             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6427                 return false;
6428             }
6429             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6430                 return false;
6431             }
6432             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6433                 return false;
6434             }
6435             final Phylogeny gene2 = factory
6436                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6437                              new NHXParser() )[ 0 ];
6438             gene2.setRooted( true );
6439             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6440             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6447                 return false;
6448             }
6449             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6450                 return false;
6451             }
6452             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6453                 return false;
6454             }
6455             final Phylogeny species6 = factory
6456                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6457                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6458                              new NHXParser() )[ 0 ];
6459             final Phylogeny gene6 = factory
6460                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6461                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6462                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6463                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6464                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6465                              new NHXParser() )[ 0 ];
6466             species6.setRooted( true );
6467             gene6.setRooted( true );
6468             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6469             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6476                 return false;
6477             }
6478             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6482                 return false;
6483             }
6484             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6485                 return false;
6486             }
6487             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6488                 return false;
6489             }
6490             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6491                 return false;
6492             }
6493             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6494                 return false;
6495             }
6496             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6497                 return false;
6498             }
6499             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6500                 return false;
6501             }
6502             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6503                 return false;
6504             }
6505             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             p6 = null;
6509             final Phylogeny species7 = factory
6510                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6511                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6512                              new NHXParser() )[ 0 ];
6513             final Phylogeny gene7 = factory
6514                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6515                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6516                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6517                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6518                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6519                              new NHXParser() )[ 0 ];
6520             species7.setRooted( true );
6521             gene7.setRooted( true );
6522             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6523             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6524                 return false;
6525             }
6526             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6527                 return false;
6528             }
6529             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6530                 return false;
6531             }
6532             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6533                 return false;
6534             }
6535             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6536                 return false;
6537             }
6538             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6539                 return false;
6540             }
6541             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6542                 return false;
6543             }
6544             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6545                 return false;
6546             }
6547             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6548                 return false;
6549             }
6550             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6551                 return false;
6552             }
6553             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6554                 return false;
6555             }
6556             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6557                 return false;
6558             }
6559             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6560                 return false;
6561             }
6562             p7 = null;
6563             final Phylogeny species8 = factory
6564                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6565                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6566                              new NHXParser() )[ 0 ];
6567             final Phylogeny gene8 = factory
6568                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6569                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6570                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6571                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6572                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6573                              new NHXParser() )[ 0 ];
6574             species8.setRooted( true );
6575             gene8.setRooted( true );
6576             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6577             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6578                 return false;
6579             }
6580             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6581                 return false;
6582             }
6583             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6584                 return false;
6585             }
6586             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6587                 return false;
6588             }
6589             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6590                 return false;
6591             }
6592             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6593                 return false;
6594             }
6595             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6596                 return false;
6597             }
6598             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6602                 return false;
6603             }
6604             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6611                 return false;
6612             }
6613             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6614                 return false;
6615             }
6616             p8 = null;
6617         }
6618         catch ( final Exception e ) {
6619             e.printStackTrace( System.out );
6620             return false;
6621         }
6622         return true;
6623     }
6624
6625     private static boolean testSplit() {
6626         try {
6627             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6628             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6629             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6630             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6631             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6632             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6633             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6634             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6635             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6636             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6637             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6638             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6639             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6640             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6641             // System.out.println( s0.toString() );
6642             //
6643             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6645             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6646             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6647                 return false;
6648             }
6649             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6657             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             //
6661             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6665             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6666                 return false;
6667             }
6668             //
6669             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6673             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6674             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6675                 return false;
6676             }
6677             //
6678             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6682             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6683             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6684                 return false;
6685             }
6686             //
6687             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6690             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6691             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6692                 return false;
6693             }
6694             //
6695             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6698             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             //
6702             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6706             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6707             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6708             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6709                 return false;
6710             }
6711             //
6712             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6714             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6715             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6716             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6717                 return false;
6718             }
6719             //
6720             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6724             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6725             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6726                 return false;
6727             }
6728             //
6729             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6732             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6733                 return false;
6734             }
6735             //
6736             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6737             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6741             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6742                 return false;
6743             }
6744             //
6745             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6746             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6751             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             //
6755             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6758             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6759             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6760                 return false;
6761             }
6762             //
6763             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6766             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6767                 return false;
6768             }
6769             //
6770             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6771             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6773             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6774                 return false;
6775             }
6776             //
6777             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6780             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6781                 return false;
6782             }
6783             //
6784             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6785             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6786             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6787             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6788                 return false;
6789             }
6790             //
6791             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6792             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6793             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6794             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6795                 return false;
6796             }
6797             //
6798             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6799             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6800             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6801             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6802                 return false;
6803             }
6804             //
6805             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6807             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6808             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6809             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6810                 return false;
6811             }
6812             //
6813             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6814             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6816             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6817             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             //
6821             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6822             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6823             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6824             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6825             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6826                 return false;
6827             }
6828             //
6829             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6830             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6831             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6832             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6833             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6834             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6835                 return false;
6836             }
6837             /////////
6838             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6839             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6840             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6841             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6842             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6843             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6844             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6845             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6846             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6847             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6848             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6849             //                return false;
6850             //            }
6851             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6852             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6853             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6854             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6855             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6856             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6857             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6858             //                return false;
6859             //            }
6860             //            //
6861             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6862             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6863             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6864             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6865             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6866             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6867             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6868             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6869             //                return false;
6870             //            }
6871             //            //
6872             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6873             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6874             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6875             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6876             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6877             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6878             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6879             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6880             //                return false;
6881             //            }
6882             //            //
6883             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6884             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6885             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6886             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6887             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6888             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6889             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6890             //                return false;
6891             //            }
6892             //            //
6893             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6894             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6895             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6896             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6897             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6898             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6899             //                return false;
6900             //            }
6901             //
6902             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6903             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6904             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6905             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6906             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6907             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6908                 return false;
6909             }
6910             //
6911             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6915             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6916             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             ///////////////////////////
6920             //
6921             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6925             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6926             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6927                 return false;
6928             }
6929             //
6930             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6934             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6935             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6936                 return false;
6937             }
6938             //
6939             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6943             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6944             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6945                 return false;
6946             }
6947             //
6948             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6951             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6952             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6953             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6954                 return false;
6955             }
6956             //
6957             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6960             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6961             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6962             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6963                 return false;
6964             }
6965             //
6966             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6969             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6970             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             //
6974             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6980             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6981                 return false;
6982             }
6983             //
6984             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6985             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6988             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6990             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             //
6994             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6999             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7000             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7001                 return false;
7002             }
7003             //
7004             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7006             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7009             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7010             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7011             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7012                 return false;
7013             }
7014         }
7015         catch ( final Exception e ) {
7016             e.printStackTrace();
7017             return false;
7018         }
7019         return true;
7020     }
7021
7022     private static boolean testSplitStrict() {
7023         try {
7024             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7025             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7026             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7027             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7028             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7029             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7030             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7031             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7032             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7033             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7034             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7035             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7036             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7037             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7038             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7039                 return false;
7040             }
7041             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7042             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7043             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7049             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7050                 return false;
7051             }
7052             //
7053             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7056             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7057             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7058                 return false;
7059             }
7060             //
7061             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7065             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7066             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7067                 return false;
7068             }
7069             //
7070             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7073             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7074             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7075             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7076                 return false;
7077             }
7078             //
7079             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7083             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             //
7087             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7090             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7091                 return false;
7092             }
7093             //
7094             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7095             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7098             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7100             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7101                 return false;
7102             }
7103             //
7104             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7107             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7108             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             //
7112             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7115             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7116             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7117             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7118                 return false;
7119             }
7120             //
7121             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7123             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7124             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             //
7128             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7129             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7133             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7134                 return false;
7135             }
7136             //
7137             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7141             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7142             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7143             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7144                 return false;
7145             }
7146             //
7147             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7149             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7150             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7151             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7152                 return false;
7153             }
7154             //
7155             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7158             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7159                 return false;
7160             }
7161             //
7162             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7163             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7165             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7166                 return false;
7167             }
7168             //
7169             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7170             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7171             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7172             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7173                 return false;
7174             }
7175             //
7176             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7177             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7178             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7179             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7180                 return false;
7181             }
7182             //
7183             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7184             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7185             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7186             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7187                 return false;
7188             }
7189             //
7190             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7192             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7193             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             //
7197             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7201             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7202                 return false;
7203             }
7204             //
7205             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7209             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             //
7213             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7217             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             //
7221             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7225             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7226             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7227                 return false;
7228             }
7229         }
7230         catch ( final Exception e ) {
7231             e.printStackTrace();
7232             return false;
7233         }
7234         return true;
7235     }
7236
7237     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7238         try {
7239             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7240             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7241             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7242             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7243                 return false;
7244             }
7245             t1.toNewHampshireX();
7246             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7247             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7248                 return false;
7249             }
7250             t1.toNewHampshireX();
7251             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7252             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7253                 return false;
7254             }
7255             t1.toNewHampshireX();
7256             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7257             t1.toNewHampshireX();
7258             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7262             t1.toNewHampshireX();
7263             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7264                 return false;
7265             }
7266             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7267             t1.toNewHampshireX();
7268             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7269                 return false;
7270             }
7271             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7272             t1.toNewHampshireX();
7273             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7274                 return false;
7275             }
7276             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7277             t1.toNewHampshireX();
7278             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7279                 return false;
7280             }
7281             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7282             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7283                 return false;
7284             }
7285             if ( !t1.isEmpty() ) {
7286                 return false;
7287             }
7288             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7289             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7290             t2.toNewHampshireX();
7291             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7292                 return false;
7293             }
7294             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7295             t2.toNewHampshireX();
7296             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7297                 return false;
7298             }
7299             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7300             t2.toNewHampshireX();
7301             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7302                 return false;
7303             }
7304         }
7305         catch ( final Exception e ) {
7306             e.printStackTrace( System.out );
7307             return false;
7308         }
7309         return true;
7310     }
7311
7312     private static boolean testSupportCount() {
7313         try {
7314             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7315             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7316             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7317                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7318                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7319                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7320                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7321                                                               new NHXParser() );
7322             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7323             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7324             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7325                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7326                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7327                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7328                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7329                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7330                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7331                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7332                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7333                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7334                                                               new NHXParser() );
7335             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7336             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7337             while ( it.hasNext() ) {
7338                 final PhylogenyNode n = it.next();
7339                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7340                     return false;
7341                 }
7342             }
7343             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7344             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7345                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7346             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7347             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7348             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7349                 return false;
7350             }
7351             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7352                 return false;
7353             }
7354             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7355                 return false;
7356             }
7357             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7358                 return false;
7359             }
7360             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7361                 return false;
7362             }
7363             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7364                 return false;
7365             }
7366             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7373                 return false;
7374             }
7375             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7376                 return false;
7377             }
7378             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7379             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7380                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7381             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7382             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7383             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7384                 return false;
7385             }
7386             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7387                 return false;
7388             }
7389             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7390                 return false;
7391             }
7392             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7393                 return false;
7394             }
7395             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7396                 return false;
7397             }
7398             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7399                 return false;
7400             }
7401             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7405                 return false;
7406             }
7407             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7408                 return false;
7409             }
7410             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7411                 return false;
7412             }
7413             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7414             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7415             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7416             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7417                 return false;
7418             }
7419             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7420             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7421             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7422             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7423                 return false;
7424             }
7425             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7426             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7427             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7428             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7429                 return false;
7430             }
7431             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7432             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7433             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7434             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7435                 return false;
7436             }
7437         }
7438         catch ( final Exception e ) {
7439             e.printStackTrace( System.out );
7440             return false;
7441         }
7442         return true;
7443     }
7444
7445     private static boolean testSupportTransfer() {
7446         try {
7447             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7448             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7449                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7450             final Phylogeny p2 = factory
7451                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7452             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7459             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7460             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7461                 return false;
7462             }
7463             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7464                 return false;
7465             }
7466             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7467                 return false;
7468             }
7469             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7473                 return false;
7474             }
7475             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7479                 return false;
7480             }
7481             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7482                 return false;
7483             }
7484         }
7485         catch ( final Exception e ) {
7486             e.printStackTrace( System.out );
7487             return false;
7488         }
7489         return true;
7490     }
7491
7492     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7493         try {
7494             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7495             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7496             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7497             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7498             s0.setRooted( true );
7499             g0.setRooted( true );
7500             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7501             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7502                 return false;
7503             }
7504             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7505                 return false;
7506             }
7507             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7508                 return false;
7509             }
7510             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7511             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7512             g0.setRooted( true );
7513             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7514             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7515                 return false;
7516             }
7517             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7518                 return false;
7519             }
7520             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7524             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7525             g0.setRooted( true );
7526             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7527             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7528                 return false;
7529             }
7530             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7531                 return false;
7532             }
7533             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7534                 return false;
7535             }
7536             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7537             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7538             g0.setRooted( true );
7539             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7540             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7541                 return false;
7542             }
7543             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7544                 return false;
7545             }
7546             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7547                 return false;
7548             }
7549             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7550             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7551             g0.setRooted( true );
7552             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7553             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7563             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7564             g0.setRooted( true );
7565             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7566             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7576             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7577             g0.setRooted( true );
7578             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7579             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7580                 return false;
7581             }
7582             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7583                 return false;
7584             }
7585             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7586                 return false;
7587             }
7588             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7589                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7590                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7591                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7592             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7593             s0.setRooted( true );
7594             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7595                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7596                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7597                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7598             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7599             g0.setRooted( true );
7600             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7601             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7602                 return false;
7603             }
7604             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7605                 return false;
7606             }
7607             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7608                 return false;
7609             }
7610             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7611                 return false;
7612             }
7613             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7614                 return false;
7615             }
7616             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7617                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7618                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7619                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7620             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7621             g0.setRooted( true );
7622             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7623             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7624                 return false;
7625             }
7626             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7627                 return false;
7628             }
7629             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7630                 return false;
7631             }
7632             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7633                 return false;
7634             }
7635             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7636                 return false;
7637             }
7638             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7639                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7640                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7641                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7642             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7643             g0.setRooted( true );
7644             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7645             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7646                 return false;
7647             }
7648             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7649                 return false;
7650             }
7651             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7652                 return false;
7653             }
7654             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7655                 return false;
7656             }
7657             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7658                 return false;
7659             }
7660             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7661                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7662                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7663                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7664             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7665             g0.setRooted( true );
7666             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7667             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7668                 return false;
7669             }
7670             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7671                 return false;
7672             }
7673             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7674                 return false;
7675             }
7676             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7683             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7684             g0.setRooted( true );
7685             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7686             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7687                 return false;
7688             }
7689             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7696             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7697             g0.setRooted( true );
7698             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7699             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7700                 return false;
7701             }
7702             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7703                 return false;
7704             }
7705             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7709                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7710                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7711                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7712             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7713             g0.setRooted( true );
7714             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7715             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7716                 return false;
7717             }
7718             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7719                 return false;
7720             }
7721             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7722                 return false;
7723             }
7724             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7725                 return false;
7726             }
7727             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7728                 return false;
7729             }
7730             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7734                 return false;
7735             }
7736             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7737                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7738                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7739                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7740             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7741             g0.setRooted( true );
7742             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7743             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7753                 return false;
7754             }
7755             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7756                 return false;
7757             }
7758             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7759                 return false;
7760             }
7761             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7762                 return false;
7763             }
7764             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7765                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7766                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7767                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7768             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7769             g0.setRooted( true );
7770             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7771             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7772                 return false;
7773             }
7774             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7778                 return false;
7779             }
7780             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7781                 return false;
7782             }
7783             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7784                 return false;
7785             }
7786             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7787                 return false;
7788             }
7789             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7790                 return false;
7791             }
7792             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7793                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7794                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7795                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7796             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7797             g0.setRooted( true );
7798             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7799             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7800                 return false;
7801             }
7802             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7803                 return false;
7804             }
7805             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7806                 return false;
7807             }
7808             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7809                 return false;
7810             }
7811             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7812                 return false;
7813             }
7814             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7815                 return false;
7816             }
7817             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7818                 return false;
7819             }
7820             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7821                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7822                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7823                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7824             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7825             s0.setRooted( true );
7826             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7827                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7828                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7829                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7830             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7831             g0.setRooted( true );
7832             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7833             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7834                 return false;
7835             }
7836             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7837                 return false;
7838             }
7839         }
7840         catch ( final Exception e ) {
7841             e.printStackTrace( System.out );
7842             return false;
7843         }
7844         return true;
7845     }
7846
7847     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7848         try {
7849             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7850                                                                                                  10 );
7851             if ( results.size() != 1 ) {
7852                 return false;
7853             }
7854             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7855                 return false;
7856             }
7857             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7858                 return false;
7859             }
7860             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7861                 return false;
7862             }
7863             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7864                 return false;
7865             }
7866             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7867                 return false;
7868             }
7869             results = null;
7870             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7871             if ( results.size() != 1 ) {
7872                 return false;
7873             }
7874             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7875                 return false;
7876             }
7877             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7878                 return false;
7879             }
7880             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7881                 return false;
7882             }
7883             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7884                 return false;
7885             }
7886             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7887                 return false;
7888             }
7889             results = null;
7890             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7891             if ( results.size() != 1 ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7898                 return false;
7899             }
7900             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             results = null;
7910             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7911             if ( results.size() != 1 ) {
7912                 return false;
7913             }
7914             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7915                 return false;
7916             }
7917             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7918                 return false;
7919             }
7920             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7921                 return false;
7922             }
7923             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7924                 return false;
7925             }
7926             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7930                 return false;
7931             }
7932             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7933                 return false;
7934             }
7935             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7936                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7937                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7938                 return false;
7939             }
7940         }
7941         catch ( final IOException e ) {
7942             System.out.println();
7943             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7944             e.printStackTrace( System.out );
7945             return true;
7946         }
7947         catch ( final Exception e ) {
7948             return false;
7949         }
7950         return true;
7951     }
7952
7953     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7954         //The format for GenBank Accession numbers are:
7955         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7956         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7957         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7958         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7959             return false;
7960         }
7961         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7962             return false;
7963         }
7964         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7965             return false;
7966         }
7967         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7968             return false;
7969         }
7970         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7971             return false;
7972         }
7973         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7974             return false;
7975         }
7976         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7977             return false;
7978         }
7979         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7980             return false;
7981         }
7982         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7983             return false;
7984         }
7985         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7986             return false;
7987         }
7988         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7989             return false;
7990         }
7991         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7992             return false;
7993         }
7994         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7995             return false;
7996         }
7997         return true;
7998     }
7999
8000     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
8001         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8002             return false;
8003         }
8004         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
8005             return false;
8006         }
8007         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
8008             return false;
8009         }
8010         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
8011             return false;
8012         }
8013         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
8014             return false;
8015         }
8016         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
8017             return false;
8018         }
8019         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
8020             return false;
8021         }
8022         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
8023             return false;
8024         }
8025         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
8026             return false;
8027         }
8028         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8029             return false;
8030         }
8031         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8032             return false;
8033         }
8034         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8035             return false;
8036         }
8037         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8038             return false;
8039         }
8040         try {
8041             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
8042             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
8043                 return false;
8044             }
8045             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
8055                 return false;
8056             }
8057         }
8058         catch ( final IOException e ) {
8059             System.out.println();
8060             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8061             e.printStackTrace( System.out );
8062             return true;
8063         }
8064         catch ( final Exception e ) {
8065             return false;
8066         }
8067         return true;
8068     }
8069
8070     private static boolean testWabiTxSearch() {
8071         try {
8072             String result = "";
8073             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
8074             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
8075             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8079             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8080                 return false;
8081             }
8082             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8083             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8084                 return false;
8085             }
8086             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8087             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8088                 return false;
8089             }
8090             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8091             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8092                 return false;
8093             }
8094             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8095             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8096                 return false;
8097             }
8098             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8099             queries.add( "Campylobacter coli" );
8100             queries.add( "Escherichia coli" );
8101             queries.add( "Arabidopsis" );
8102             queries.add( "Trichoplax" );
8103             queries.add( "Samanea saman" );
8104             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8105             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8106             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8107             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8108             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8109             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8110             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8111             ranks.add( RANKS.GENUS );
8112             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8113             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8114             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8115             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8116         }
8117         catch ( final Exception e ) {
8118             System.out.println();
8119             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8120             e.printStackTrace( System.out );
8121             return false;
8122         }
8123         return true;
8124     }
8125
8126     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8127         try {
8128             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8129             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8130                 return false;
8131             }
8132             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8133                 return false;
8134             }
8135             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8136                 return false;
8137             }
8138             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8142             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8143                 return false;
8144             }
8145             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8146             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8150             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8151                 return false;
8152             }
8153         }
8154         catch ( final Exception e ) {
8155             e.printStackTrace();
8156             return false;
8157         }
8158         return true;
8159     }
8160
8161     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8162         try {
8163             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8164             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8168                 return false;
8169             }
8170             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8171             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8175                 return false;
8176             }
8177         }
8178         catch ( final Exception e ) {
8179             e.printStackTrace();
8180             return false;
8181         }
8182         return true;
8183     }
8184
8185     private static boolean testFastaParser() {
8186         try {
8187             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8188                 return false;
8189             }
8190             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8191                 return false;
8192             }
8193             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8194             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8195                 return false;
8196             }
8197             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8198                 return false;
8199             }
8200             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8201                 return false;
8202             }
8203             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8204                 return false;
8205             }
8206             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8207                 return false;
8208             }
8209             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8210                 return false;
8211             }
8212         }
8213         catch ( final Exception e ) {
8214             e.printStackTrace();
8215             return false;
8216         }
8217         return true;
8218     }
8219
8220     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8221         try {
8222             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8223             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8224             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8225             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8226             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8227             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8228             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8229             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8230             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8231                 return false;
8232             }
8233             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8234                 return false;
8235             }
8236             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8237                 return false;
8238             }
8239             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8240                 return false;
8241             }
8242             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8243                 return false;
8244             }
8245             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8246                 return false;
8247             }
8248             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8249                 return false;
8250             }
8251             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8252                 return false;
8253             }
8254             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8255                 return false;
8256             }
8257             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8258                 return false;
8259             }
8260             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8261                 return false;
8262             }
8263             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8264                 return false;
8265             }
8266             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8267             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8271                 return false;
8272             }
8273             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8274                 return false;
8275             }
8276             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8277             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8287             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8288                 return false;
8289             }
8290             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8291                 return false;
8292             }
8293             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8294                 return false;
8295             }
8296         }
8297         catch ( final Exception e ) {
8298             e.printStackTrace();
8299             return false;
8300         }
8301         return true;
8302     }
8303
8304     private static boolean testMafft() {
8305         try {
8306             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8307             opts.add( "--maxiterate" );
8308             opts.add( "1000" );
8309             opts.add( "--localpair" );
8310             opts.add( "--quiet" );
8311             Msa msa = null;
8312             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8313             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8314             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8315                 return false;
8316             }
8317             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8318                 return false;
8319             }
8320         }
8321         catch ( final Exception e ) {
8322             e.printStackTrace( System.out );
8323             return false;
8324         }
8325         return true;
8326     }
8327
8328     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8329         try {
8330             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8331             PhylogenyNode n;
8332             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8333             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8334             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8335             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8336             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8337             n = t0.getFirstExternalNode();
8338             while ( n != null ) {
8339                 ext.add( n );
8340                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8341             }
8342             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8343                 return false;
8344             }
8345             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8346                 return false;
8347             }
8348             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8349                 return false;
8350             }
8351             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8352                 return false;
8353             }
8354             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8355                 return false;
8356             }
8357             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8358                 return false;
8359             }
8360             ext.clear();
8361             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8362             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8363             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8364             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8365             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8366             n = t1.getNode( "ab" );
8367             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8368             while ( n != null ) {
8369                 ext.add( n );
8370                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8371             }
8372             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8373                 return false;
8374             }
8375             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8376                 return false;
8377             }
8378             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8379                 return false;
8380             }
8381             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8382                 return false;
8383             }
8384             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8385                 return false;
8386             }
8387             //
8388             //
8389             ext.clear();
8390             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8391             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8392             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8393             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8394             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8395             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8396             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8397             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8398             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8399             n = t2.getNode( "ab" );
8400             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8401             while ( n != null ) {
8402                 ext.add( n );
8403                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8404             }
8405             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8406                 return false;
8407             }
8408             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8409                 return false;
8410             }
8411             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8412                 return false;
8413             }
8414             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8415                 return false;
8416             }
8417             //
8418             //
8419             ext.clear();
8420             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8421             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8422             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8423             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8424             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8425             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8426             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8427             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8428             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8429             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8430             n = t3.getNode( "ab" );
8431             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8432             while ( n != null ) {
8433                 ext.add( n );
8434                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8435             }
8436             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8437                 return false;
8438             }
8439             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             //
8446             //
8447             ext.clear();
8448             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8449             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8450             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8451             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8452             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8453             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8454             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8455             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8456             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8457             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8458             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8459             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8460             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8461                 return false;
8462             }
8463             //
8464             //
8465             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8466             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8467             ext.clear();
8468             n = t5.getFirstExternalNode();
8469             while ( n != null ) {
8470                 ext.add( n );
8471                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8472             }
8473             if ( ext.size() != 8 ) {
8474                 return false;
8475             }
8476             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8477                 return false;
8478             }
8479             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8480                 return false;
8481             }
8482             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8483                 return false;
8484             }
8485             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8486                 return false;
8487             }
8488             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8489                 return false;
8490             }
8491             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8492                 return false;
8493             }
8494             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8495                 return false;
8496             }
8497             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8498                 return false;
8499             }
8500             //
8501             //
8502             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8503             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8504             ext.clear();
8505             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8506             n = t6.getNode( "ab" );
8507             while ( n != null ) {
8508                 ext.add( n );
8509                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8510             }
8511             if ( ext.size() != 7 ) {
8512                 return false;
8513             }
8514             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8515                 return false;
8516             }
8517             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8518                 return false;
8519             }
8520             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8521                 return false;
8522             }
8523             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8524                 return false;
8525             }
8526             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8527                 return false;
8528             }
8529             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8530                 return false;
8531             }
8532             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8533                 return false;
8534             }
8535             //
8536             //
8537             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8538             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8539             ext.clear();
8540             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8541             n = t7.getNode( "a" );
8542             while ( n != null ) {
8543                 ext.add( n );
8544                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8545             }
8546             if ( ext.size() != 7 ) {
8547                 return false;
8548             }
8549             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8550                 return false;
8551             }
8552             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8553                 return false;
8554             }
8555             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8556                 return false;
8557             }
8558             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8559                 return false;
8560             }
8561             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8562                 return false;
8563             }
8564             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8565                 return false;
8566             }
8567             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8568                 return false;
8569             }
8570             //
8571             //
8572             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8573             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8574             ext.clear();
8575             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8576             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8577             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8578             n = t8.getNode( "a" );
8579             while ( n != null ) {
8580                 ext.add( n );
8581                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8582             }
8583             if ( ext.size() != 7 ) {
8584                 return false;
8585             }
8586             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8587                 return false;
8588             }
8589             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8590                 return false;
8591             }
8592             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8593                 System.out.println( "2 fail" );
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8603                 return false;
8604             }
8605             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8606                 return false;
8607             }
8608             //
8609             //
8610             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8611             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8612             ext.clear();
8613             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8614             n = t9.getNode( "a" );
8615             while ( n != null ) {
8616                 ext.add( n );
8617                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8618             }
8619             if ( ext.size() != 7 ) {
8620                 return false;
8621             }
8622             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8623                 return false;
8624             }
8625             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8626                 return false;
8627             }
8628             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8638                 return false;
8639             }
8640             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8641                 return false;
8642             }
8643             //
8644             //
8645             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8646             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8647             ext.clear();
8648             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8649             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8650             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8651             n = t10.getNode( "a" );
8652             while ( n != null ) {
8653                 ext.add( n );
8654                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8655             }
8656             if ( ext.size() != 7 ) {
8657                 return false;
8658             }
8659             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8660                 return false;
8661             }
8662             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8663                 return false;
8664             }
8665             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8669                 return false;
8670             }
8671             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8672                 return false;
8673             }
8674             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8675                 return false;
8676             }
8677             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8678                 return false;
8679             }
8680             //
8681             //
8682             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8683             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8684             ext.clear();
8685             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8686             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8687             n = t11.getNode( "a" );
8688             while ( n != null ) {
8689                 ext.add( n );
8690                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8691             }
8692             if ( ext.size() != 6 ) {
8693                 return false;
8694             }
8695             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8696                 return false;
8697             }
8698             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8699                 return false;
8700             }
8701             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8702                 return false;
8703             }
8704             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8708                 return false;
8709             }
8710             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8711                 return false;
8712             }
8713             //
8714             //
8715             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8716             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8717             ext.clear();
8718             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8719             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8720             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8721             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8722             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8723             n = t12.getNode( "a" );
8724             while ( n != null ) {
8725                 ext.add( n );
8726                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8727             }
8728             if ( ext.size() != 6 ) {
8729                 return false;
8730             }
8731             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8732                 return false;
8733             }
8734             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8735                 return false;
8736             }
8737             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8738                 return false;
8739             }
8740             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8741                 return false;
8742             }
8743             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8744                 return false;
8745             }
8746             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8747                 return false;
8748             }
8749             //
8750             //
8751             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8752             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8753             ext.clear();
8754             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8755             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8756             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8757             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8758             n = t13.getNode( "ab" );
8759             while ( n != null ) {
8760                 ext.add( n );
8761                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8762             }
8763             if ( ext.size() != 5 ) {
8764                 return false;
8765             }
8766             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8767                 return false;
8768             }
8769             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8770                 return false;
8771             }
8772             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8773                 return false;
8774             }
8775             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8776                 return false;
8777             }
8778             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8779                 return false;
8780             }
8781             //
8782             //
8783             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8784             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8785             ext.clear();
8786             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8787             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8788             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8789             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8790             n = t14.getNode( "ab" );
8791             while ( n != null ) {
8792                 ext.add( n );
8793                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8794             }
8795             if ( ext.size() != 5 ) {
8796                 return false;
8797             }
8798             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8802                 return false;
8803             }
8804             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8805                 return false;
8806             }
8807             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8808                 return false;
8809             }
8810             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             //
8814             //
8815             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8816             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8817             ext.clear();
8818             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8819             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8820             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8821             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8822             n = t15.getNode( "ab" );
8823             while ( n != null ) {
8824                 ext.add( n );
8825                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8826             }
8827             if ( ext.size() != 6 ) {
8828                 return false;
8829             }
8830             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8831                 return false;
8832             }
8833             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8834                 return false;
8835             }
8836             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8837                 return false;
8838             }
8839             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8840                 return false;
8841             }
8842             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8843                 return false;
8844             }
8845             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8846                 return false;
8847             }
8848             //
8849             //
8850             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8851             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8852             ext.clear();
8853             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8854             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8855             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8856             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8857             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8858             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8859             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8860             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8861             n = t16.getNode( "ab" );
8862             while ( n != null ) {
8863                 ext.add( n );
8864                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8865             }
8866             if ( ext.size() != 4 ) {
8867                 return false;
8868             }
8869             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8870                 return false;
8871             }
8872             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8873                 return false;
8874             }
8875             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8876                 return false;
8877             }
8878             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8879                 return false;
8880             }
8881         }
8882         catch ( final Exception e ) {
8883             e.printStackTrace( System.out );
8884             return false;
8885         }
8886         return true;
8887     }
8888
8889     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8890         try {
8891             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8892             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABBXEFGHIJ" );
8893             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXCXEFGHIJ" );
8894             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXDDEFGHIJ" );
8895             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8896             l.add( s0 );
8897             l.add( s1 );
8898             l.add( s2 );
8899             l.add( s3 );
8900             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8901             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8902                 return false;
8903             }
8904             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8905                 return false;
8906             }
8907             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8908                 return false;
8909             }
8910             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8911                 return false;
8912             }
8913         }
8914         catch ( final Exception e ) {
8915             e.printStackTrace( System.out );
8916             return false;
8917         }
8918         return true;
8919     }
8920
8921     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8922         try {
8923             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8924             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8925                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8926                 if ( id != null ) {
8927                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8928                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8929                 }
8930                 return false;
8931             }
8932             //
8933             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8934             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8935                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8936                 if ( id != null ) {
8937                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8938                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8939                 }
8940                 return false;
8941             }
8942             //
8943             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8944             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8945                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8946                 if ( id != null ) {
8947                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8948                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8949                 }
8950                 return false;
8951             }
8952             //
8953             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8954             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8955                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8956                 if ( id != null ) {
8957                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8958                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8959                 }
8960                 return false;
8961             }
8962             //
8963             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8964             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8965                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8966                 if ( id != null ) {
8967                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8968                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8969                 }
8970                 return false;
8971             }
8972             //
8973             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8974             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8975                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8976                 if ( id != null ) {
8977                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8978                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8979                 }
8980                 return false;
8981             }
8982             //
8983             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8984             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8985                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8986                 if ( id != null ) {
8987                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8988                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8989                 }
8990                 return false;
8991             }
8992             //
8993             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8994             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8995                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8996                 if ( id != null ) {
8997                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8998                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8999                 }
9000                 return false;
9001             }
9002             //
9003             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
9004             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9005                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
9006                 if ( id != null ) {
9007                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9008                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9009                 }
9010                 return false;
9011             }
9012             //
9013             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
9014             if ( id != null ) {
9015                 return false;
9016             }
9017             // lcl_91970_unknown_
9018         }
9019         catch ( final Exception e ) {
9020             e.printStackTrace( System.out );
9021             return false;
9022         }
9023         return true;
9024     }
9025 }