forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.BasicMsa;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.msa.MsaMethods;
  62 import org.forester.pccx.TestPccx;
  63 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  68 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  72 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  81 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  83 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  86 import org.forester.protein.Protein;
  87 import org.forester.sdi.SDI;
  88 import org.forester.sdi.SDIR;
  89 import org.forester.sdi.SDIse;
  90 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  91 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  92 import org.forester.sequence.Sequence;
  93 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  94 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  95 import org.forester.tools.SupportCount;
  96 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  97 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  98 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.BasicTable;
 100 import org.forester.util.BasicTableParser;
 101 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 102 import org.forester.util.ForesterConstants;
 103 import org.forester.util.ForesterUtil;
 104 import org.forester.util.GeneralTable;
 105 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 106 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 107 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 108 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 113
 114 @SuppressWarnings( "unused")
 115 public final class Test {
 116
 117     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 118     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 121     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 124     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 125     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 128     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 131
 132     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 133         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 134         return p;
 135     }
 136
 137     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 138         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 139         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 140     }
 141
 142     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 143         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 144     }
 145
 146     public static void main( final String[] args ) {
 147         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 148         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 149                 + "]" );
 150         Locale.setDefault( Locale.US );
 151         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 152         int failed = 0;
 153         int succeeded = 0;
 154         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 155         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 156             System.out.println( "OK.]" );
 157         }
 158         else {
 159             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 160             System.out.println( "Testing aborted." );
 161             System.exit( -1 );
 162         }
 163         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 164         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 165             System.out.println( "OK.]" );
 166         }
 167         else {
 168             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 169             System.out.println( "Testing aborted." );
 170             System.exit( -1 );
 171         }
 172         final long start_time = new Date().getTime();
 173         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 174         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 175             System.out.println( "OK." );
 176             succeeded++;
 177         }
 178         else {
 179             System.out.println( "failed." );
 180             System.exit( -1 ); //TODO FIXME remove me!! ~
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 202         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "NH parsing: " );
 211         if ( Test.testNHParsing() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing: " );
 229         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 238         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 247         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 256         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 265         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 274         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 283         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 292         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 301         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 310         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 319         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 328         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Copying of node data: " );
 337         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 346         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 355         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 364         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 373         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Re-id methods: " );
 382         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 391         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 400         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 409         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 418         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 427         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Rerooting: " );
 436         if ( Test.testRerooting() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 445         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Support count: " );
 454         if ( Test.testSupportCount() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Support transfer: " );
 463         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 472         if ( Test.testGetLCA() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 481         if ( Test.testGetDistance() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "SDIse: " );
 490         if ( Test.testSDIse() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 499         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "GSDI: " );
 508         if ( TestGSDI.test() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 517         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 526         if ( Test.testDataObjects() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         System.out.print( "Properties map: " );
 535         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 536             System.out.println( "OK." );
 537             succeeded++;
 538         }
 539         else {
 540             System.out.println( "failed." );
 541             failed++;
 542         }
 543         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 544         System.out.println();
 545         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 546             System.out.println( "OK." );
 547             succeeded++;
 548         }
 549         else {
 550             System.out.println( "failed." );
 551             failed++;
 552         }
 553         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 554         System.out.println();
 555         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "GO: " );
 564         System.out.println();
 565         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "Modeling tools: " );
 574         if ( TestPccx.test() ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 583         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 584             System.out.println( "OK." );
 585             succeeded++;
 586         }
 587         else {
 588             System.out.println( "failed." );
 589             failed++;
 590         }
 591         System.out.print( "Split Matrix: " );
 592         if ( Test.testSplit() ) {
 593             System.out.println( "OK." );
 594             succeeded++;
 595         }
 596         else {
 597             System.out.println( "failed." );
 598             failed++;
 599         }
 600         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 601         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "Basic table: " );
 610         if ( Test.testBasicTable() ) {
 611             System.out.println( "OK." );
 612             succeeded++;
 613         }
 614         else {
 615             System.out.println( "failed." );
 616             failed++;
 617         }
 618         System.out.print( "General table: " );
 619         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 620             System.out.println( "OK." );
 621             succeeded++;
 622         }
 623         else {
 624             System.out.println( "failed." );
 625             failed++;
 626         }
 627         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 628         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "General MSA parser: " );
 637         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 646         if ( Test.testFastaParser() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 655         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 664         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 673         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 682         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 691             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 692             if ( Test.testMafft() ) {
 693                 System.out.println( "OK." );
 694                 succeeded++;
 695             }
 696             else {
 697                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 698             }
 699         }
 700         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 701         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 702             System.out.println( "OK." );
 703             succeeded++;
 704         }
 705         else {
 706             System.out.println( "failed." );
 707             failed++;
 708         }
 709         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 710         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 711             System.out.println( "OK." );
 712             succeeded++;
 713         }
 714         else {
 715             System.out.println( "failed." );
 716             failed++;
 717         }
 718         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 719         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 720         //            System.out.println( "OK." );
 721         //            succeeded++;
 722         //        }
 723         //        else {
 724         //            System.out
 725         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 726         //        }
 727         System.out.println();
 728         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 729         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 730         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 731         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 732                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 733         System.out.println();
 734         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 735         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 736         System.out.println();
 737         if ( failed < 1 ) {
 738             System.out.println( "OK." );
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "Not OK." );
 742         }
 743         // System.out.println();
 744         // Development.setTime( true );
 745         //try {
 746         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 747         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 748         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 749         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 750         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 751         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 752         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 753         // NHXParser() )[ 0 ];
 754         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 755         // }
 756         // catch ( final Exception e ) {
 757         //     e.printStackTrace();
 758         // }
 759         // t1.getRoot().preorderPrint();
 760         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 761         // .getInstance();
 762         // try {
 763         //
 764         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 765         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 766         // factory.create(
 767         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 768         // new NHXParser() );
 769         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 770         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 771         // factory.create(
 772         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 773         // new NHXParser() );
 774         //
 775         //
 776         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 777         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 778         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 779         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 780         // factory.create(
 781         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 782         // new NHXParser() );
 783         // factory.create(
 784         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 785         // new NHXParser() );
 786         //
 787         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 788         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 789         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 790         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 791         //
 792         // factory.create(
 793         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 794         // new NHXParser() );
 795         // factory.create(
 796         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 797         // new NHXParser() );
 798         //
 799         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 800         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 801         // factory.create(
 802         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 803         // new NHXParser() );
 804         //
 805         // }
 806         // catch ( IOException e ) {
 807         // // TODO Auto-generated catch block
 808         // e.printStackTrace();
 809         // }
 810     }
 811
 812     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 813         try {
 814             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 815                 return false;
 816             }
 817             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 818             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 819                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 820             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 821                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 822             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 823                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 824             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             if ( !n3.isExternal() ) {
 837                 return false;
 838             }
 839             if ( !n3.isRoot() ) {
 840                 return false;
 841             }
 842             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 843                 return false;
 844             }
 845         }
 846         catch ( final Exception e ) {
 847             e.printStackTrace( System.out );
 848             return false;
 849         }
 850         return true;
 851     }
 852
 853     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 854         try {
 855             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 856             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 857             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 858                                                               xml_parser );
 859             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 860                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 867             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 868             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 869             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 870             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( !t1.isRooted() ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( t1.isRerootable() ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 886                 return false;
 887             }
 888             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 889                 return false;
 890             }
 891             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 892                 return false;
 893             }
 894             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 895                 return false;
 896             }
 897             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 898                 return false;
 899             }
 900             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 901                 return false;
 902             }
 903             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 904                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 908                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 936                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 949                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 953                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 957                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 961                     .equals( "experimental" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 965                     .equals( "function" ) ) {
 966                 return false;
 967             }
 968             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 969                     .getValue() != 1 ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 973                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 977                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 978                 return false;
 979             }
 980             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 981                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 985                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 986                 return false;
 987             }
 988             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 989                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 993                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 997                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1001                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1005                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1009                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1010                 return false;
1011             }
1012             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1013                 return false;
1014             }
1015             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1016                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1023             //     return false;
1024             //}
1025             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1026             //                return false;
1027             //            }
1028             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1029             //                return false;
1030             //            }
1031             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1032             //                return false;
1033             //            }
1034             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1035             //                return false;
1036             //            }
1037             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1038             //                return false;
1039             //            }
1040             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1041             //                return false;
1042             //            }
1043             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1044             //                return false;
1045             //            }
1046             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1047             //                return false;
1048             //            }
1049             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1050             //                    .equals( "B" ) ) {
1051             //                return false;
1052             //            }
1053             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1054             //                return false;
1055             //            }
1056             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1057             //                return false;
1058             //            }
1059             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1060             //                return false;
1061             //            }
1062             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1063             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1064             //                return false;
1065             //            }
1066             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1067             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1068             //                return false;
1069             //            }
1070             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1071             //                return false;
1072             //            }
1073             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1074             //                return false;
1075             //            }
1076             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1077             //                return false;
1078             //            }
1079             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1080             //                return false;
1081             //            }
1082             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1083             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1084             //                ;
1085             //                return false;
1086             //            }
1087             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1088             //                return false;
1089             //            }
1090             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1091             //                return false;
1092             //            }
1093             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1094             //                return false;
1095             //            }
1096             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1097             //                return false;
1098             //            }
1099             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1100             //                return false;
1101             //            }
1102             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1103             //                return false;
1104             //            }
1105             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1106             //                return false;
1107             //            }
1108             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1109             //                                                              xml_parser );
1110             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1111             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1112             //                return false;
1113             //            }
1114             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1115             //                return false;
1116             //            }
1117             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1118             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1119             //                return false;
1120             //            }
1121             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1122             //                return false;
1123             //            }
1124             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1125             //                return false;
1126             //            }
1127             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1128             //                return false;
1129             //            }
1130         }
1131         catch ( final Exception e ) {
1132             e.printStackTrace( System.out );
1133             return false;
1134         }
1135         return true;
1136     }
1137
1138     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1139         try {
1140             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1141             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1142             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1143                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1144             }
1145             else {
1146                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1147             }
1148             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1149                                                               xml_parser );
1150             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1151                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1158             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1159             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1163             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1164                 return false;
1165             }
1166             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1176             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1177             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1178             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1188                 return false;
1189             }
1190             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1191                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1195                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1196                 return false;
1197             }
1198             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1199             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1200             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1201             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1202             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1206             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1219                 return false;
1220             }
1221             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1222                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1232                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1236                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1240                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1241                 return false;
1242             }
1243             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1244                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1245                 return false;
1246             }
1247             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1248                     .equals( "experimental" ) ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1252                     .equals( "function" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1256                     .getValue() != 1 ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1260                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1264                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1265                 return false;
1266             }
1267             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1268                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1272                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1276                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1280                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1281                 return false;
1282             }
1283             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1284                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1288                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1292                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1296                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1297                 return false;
1298             }
1299             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1300                 return false;
1301             }
1302             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1303                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1313                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1329                     .equals( "ncbi" ) ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1336                     .getName().equals( "B" ) ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1340                     .getFrom() != 21 ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1347                     .getLength() != 24 ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1351                     .getConfidence() != 2144 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1355                     .equals( "pfam" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1359                 return false;
1360             }
1361             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1371             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1390                 return false;
1391             }
1392             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1393                 return false;
1394             }
1395             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1396                 return false;
1397             }
1398             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1399                 return false;
1400             }
1401             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1402                 return false;
1403             }
1404             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1405                 return false;
1406             }
1407             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1408                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1409                 ;
1410                 return false;
1411             }
1412             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1416                 return false;
1417             }
1418             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1419                 return false;
1420             }
1421             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1422                 return false;
1423             }
1424             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1425                 return false;
1426             }
1427             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1428                 return false;
1429             }
1430             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1431                 return false;
1432             }
1433             //
1434             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1438                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1439                 return false;
1440             }
1441             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1442                 return false;
1443             }
1444             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1445                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1446                 return false;
1447             }
1448             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1455                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1456                 return false;
1457             }
1458         }
1459         catch ( final Exception e ) {
1460             e.printStackTrace( System.out );
1461             return false;
1462         }
1463         return true;
1464     }
1465
1466     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1467         try {
1468             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1469             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1470             try {
1471                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1472             }
1473             catch ( final Exception e ) {
1474                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1475             }
1476             if ( xml_parser == null ) {
1477                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1478                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1479                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1480                 }
1481                 else {
1482                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1483                 }
1484             }
1485             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1486                                                               xml_parser );
1487             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1488                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1495             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1496             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1497             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1498             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1508                 return false;
1509             }
1510             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1511                 return false;
1512             }
1513             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1514                 return false;
1515             }
1516             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1520             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1521             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1522                 System.out.println( "errors:" );
1523                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1530                                                               xml_parser );
1531             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1532                 System.out.println( "errors:" );
1533                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1543                                                               xml_parser );
1544             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1545                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1546                 return false;
1547             }
1548             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1549                 return false;
1550             }
1551             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1552             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1553                 return false;
1554             }
1555             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1562                 return false;
1563             }
1564             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1565                                                               xml_parser );
1566             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1567                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1568                 return false;
1569             }
1570             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1571                 return false;
1572             }
1573             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1574             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1575                 return false;
1576             }
1577             s.getNode( "first" );
1578             s.getNode( "<>" );
1579             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1580             s.getNode( "'''\"" );
1581             s.getNode( "\"\"\"" );
1582             s.getNode( "dick & doof" );
1583         }
1584         catch ( final Exception e ) {
1585             e.printStackTrace( System.out );
1586             return false;
1587         }
1588         return true;
1589     }
1590
1591     private static boolean testBasicTable() {
1592         try {
1593             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1594             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1595                 return false;
1596             }
1597             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1601             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1602             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1603             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1604             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1605             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1606             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1607             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1608             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1639             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1640             source.append( "" + l );
1641             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1642             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1643             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1644             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1645             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1646             source.append( "40 41 42 43" + l );
1647             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1648             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1649             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1650             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1660                 return false;
1661             }
1662             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1663                 return false;
1664             }
1665             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1666                 return false;
1667             }
1668             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1669             source1.append( "" + l );
1670             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1671             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1672             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1673             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1674             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1675             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1676             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1677             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1678             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1679             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1683                 return false;
1684             }
1685             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1686                 return false;
1687             }
1688             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1689                 return false;
1690             }
1691             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1695                 return false;
1696             }
1697             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1698                 return false;
1699             }
1700             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1701                 return false;
1702             }
1703             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1704             source2.append( "" + l );
1705             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1706             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1707             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1708             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1709             source2.append( "                     " + l );
1710             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1711             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1712             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1713             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1714             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1715                                                                         ";",
1716                                                                         false,
1717                                                                         "comment:",
1718                                                                         false );
1719             if ( tl.size() != 2 ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1723             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1724             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1725                 return false;
1726             }
1727             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1731                 return false;
1732             }
1733             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1734                 return false;
1735             }
1736             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1737                 return false;
1738             }
1739             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1740                 return false;
1741             }
1742         }
1743         catch ( final Exception e ) {
1744             e.printStackTrace( System.out );
1745             return false;
1746         }
1747         return true;
1748     }
1749
1750     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1751         try {
1752             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1753             final TolParser parser = new TolParser();
1754             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1755             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1756                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1757                 return false;
1758             }
1759             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1763             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1764                 return false;
1765             }
1766             if ( !t1.isRooted() ) {
1767                 return false;
1768             }
1769             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1770                 return false;
1771             }
1772             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1773                 return false;
1774             }
1775             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1782             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1783                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1790             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             if ( !t2.isRooted() ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1812                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1816             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1817                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1818                 return false;
1819             }
1820             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1824             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1837             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1838                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1839                 return false;
1840             }
1841             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1845             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1846                 return false;
1847             }
1848             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1849                 return false;
1850             }
1851             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1855                 return false;
1856             }
1857             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1858             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1859                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1860                 return false;
1861             }
1862             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1863                 return false;
1864             }
1865             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1866             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1876                 return false;
1877             }
1878         }
1879         catch ( final Exception e ) {
1880             e.printStackTrace( System.out );
1881             return false;
1882         }
1883         return true;
1884     }
1885
1886     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1887         try {
1888             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1889             final Phylogeny t1 = factory.create();
1890             if ( !t1.isEmpty() ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1894             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1898                 return false;
1899             }
1900             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1901                 return false;
1902             }
1903             if ( t2.isEmpty() ) {
1904                 return false;
1905             }
1906             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1907             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1917             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1918             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1922                 return false;
1923             }
1924             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1925                 return false;
1926             }
1927             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1928             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1929             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1930                 return false;
1931             }
1932             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1933                 return false;
1934             }
1935             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1936             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1937             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1938                 return false;
1939             }
1940             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1941             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1942             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1946             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1947             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1948                 return false;
1949             }
1950             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1951                 return false;
1952             }
1953             final char[] a9 = new char[] {};
1954             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1955             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1956                 return false;
1957             }
1958             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1959             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1960             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1961                 return false;
1962             }
1963         }
1964         catch ( final Exception e ) {
1965             e.printStackTrace( System.out );
1966             return false;
1967         }
1968         return true;
1969     }
1970
1971     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1972         try {
1973             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1974             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1975             final Phylogeny[] ev0 = factory
1976                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1977                              new NHXParser() );
1978             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1979             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1980                 return false;
1981             }
1982             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1983                 return false;
1984             }
1985             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1986             final Phylogeny[] ev1 = factory
1987                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1988                              new NHXParser() );
1989             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1990             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1991                 return false;
1992             }
1993             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1994                 return false;
1995             }
1996             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1997             final Phylogeny[] ev_b = factory
1998                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1999                              new NHXParser() );
2000             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2001             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2002             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2003                 return false;
2004             }
2005             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2006                 return false;
2007             }
2008             //
2009             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2010             final Phylogeny[] ev1x = factory
2011                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2012                              new NHXParser() );
2013             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2014             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2015                 return false;
2016             }
2017             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2018                 return false;
2019             }
2020             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2021             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2022                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2023                              new NHXParser() );
2024             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2025             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2026                 return false;
2027             }
2028             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2029                 return false;
2030             }
2031             //
2032             final Phylogeny[] t2 = factory
2033                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2034                              new NHXParser() );
2035             final Phylogeny[] ev2 = factory
2036                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2037                              new NHXParser() );
2038             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2039                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2040             }
2041             //
2042             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2043                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2044             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2045             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2046             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2047                 return false;
2048             }
2049             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2050                 return false;
2051             }
2052             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2053                 return false;
2054             }
2055         }
2056         catch ( final Exception e ) {
2057             e.printStackTrace();
2058             return false;
2059         }
2060         return true;
2061     }
2062
2063     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2064         try {
2065             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2066                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2067             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2068             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2069                 return false;
2070             }
2071         }
2072         catch ( final Exception e ) {
2073             e.printStackTrace();
2074             return false;
2075         }
2076         return true;
2077     }
2078
2079     private static boolean testDataObjects() {
2080         try {
2081             final Confidence s0 = new Confidence();
2082             final Confidence s1 = new Confidence();
2083             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2084                 return false;
2085             }
2086             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2087             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2088             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2089                 return false;
2090             }
2091             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2092                 return false;
2093             }
2094             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2095             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2096                 return false;
2097             }
2098             s3.asSimpleText();
2099             s3.asText();
2100             // Taxonomy
2101             // ----------
2102             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2103             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2104             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2105             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2106             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2107             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2108             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2109             t1.setScientificName( "E. coli" );
2110             t1.setCommonName( "coli" );
2111             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2112             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2113                 return false;
2114             }
2115             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2116             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2117             t2.setScientificName( "what" );
2118             t2.setCommonName( "something" );
2119             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2120                 return false;
2121             }
2122             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2123             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2124                 return false;
2125             }
2126             t1.setIdentifier( null );
2127             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2128             t3.setScientificName( "what" );
2129             t3.setCommonName( "something" );
2130             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2131                 return false;
2132             }
2133             t1.setIdentifier( null );
2134             t1.setTaxonomyCode( "" );
2135             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2136             t4.setCommonName( "something" );
2137             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2138                 return false;
2139             }
2140             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2141             t4.setCommonName( "something" );
2142             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2143                 return false;
2144             }
2145             t1.setIdentifier( null );
2146             t1.setTaxonomyCode( "" );
2147             t1.setScientificName( "" );
2148             t5.setCommonName( "COLI" );
2149             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             t5.setCommonName( "vibrio" );
2153             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             // Identifier
2157             // ----------
2158             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2159             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2160             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2161                 return false;
2162             }
2163             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2164                 return false;
2165             }
2166             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2167                 return false;
2168             }
2169             id1.asSimpleText();
2170             id1.asText();
2171             // ProteinDomain
2172             // ---------------
2173             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2174             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2175             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2179                 return false;
2180             }
2181             pd1.asSimpleText();
2182             pd1.asText();
2183             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2184             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2185             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2186                 return false;
2187             }
2188             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2192                 return false;
2193             }
2194             pd3.asSimpleText();
2195             pd3.asText();
2196             // DomainArchitecture
2197             // ------------------
2198             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2199             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2200             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2201             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2202             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2203             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2204             domains0.add( d2 );
2205             domains0.add( d0 );
2206             domains0.add( d3 );
2207             domains0.add( d1 );
2208             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2209             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2210                 return false;
2211             }
2212             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2213             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2214                 return false;
2215             }
2216             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2223             domains1.add( d1 );
2224             domains1.add( d2 );
2225             domains1.add( d4 );
2226             domains1.add( d0 );
2227             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2228             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2229                 return false;
2230             }
2231             ds1.asSimpleText();
2232             ds1.asText();
2233             ds1.toNHX();
2234             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2235             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2236                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2237                 return false;
2238             }
2239             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2240                 return false;
2241             }
2242             // Event
2243             // -----
2244             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2245             if ( e1.isDuplication() ) {
2246                 return false;
2247             }
2248             if ( !e1.isFusion() ) {
2249                 return false;
2250             }
2251             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2252                 return false;
2253             }
2254             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2255                 return false;
2256             }
2257             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2258             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2265             if ( e2.isDuplication() ) {
2266                 return false;
2267             }
2268             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2272                 return false;
2273             }
2274             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2275                 return false;
2276             }
2277             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2278                 return false;
2279             }
2280             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2284             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2288             if ( e3.isDuplication() ) {
2289                 return false;
2290             }
2291             if ( e3.isSpeciation() ) {
2292                 return false;
2293             }
2294             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2295                 return false;
2296             }
2297             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2301             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2302             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             e3 = null;
2306             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2307                 return false;
2308             }
2309             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2310             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2311                 return false;
2312             }
2313             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2314                 return false;
2315             }
2316             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2317             e4 = null;
2318             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2319             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             final Event e5 = new Event();
2326             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2327                 return false;
2328             }
2329             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2330                 return false;
2331             }
2332             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2333                 return false;
2334             }
2335             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2336             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2337                 return false;
2338             }
2339             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2343             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2344                 return false;
2345             }
2346             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2347                 return false;
2348             }
2349             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2350             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2351                 return false;
2352             }
2353             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2354                 return false;
2355             }
2356         }
2357         catch ( final Exception e ) {
2358             e.printStackTrace( System.out );
2359             return false;
2360         }
2361         return true;
2362     }
2363
2364     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2365         try {
2366             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2367             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2368             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2369             if ( t0.isEmpty() ) {
2370                 return false;
2371             }
2372             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2373                 return false;
2374             }
2375             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2376             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2377                 return false;
2378             }
2379             if ( !t0.isEmpty() ) {
2380                 return false;
2381             }
2382             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2383             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2387             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2391                 return false;
2392             }
2393             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2394             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2395                 return false;
2396             }
2397             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2398             if ( !t1.isEmpty() ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2402             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2403                 return false;
2404             }
2405             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2406             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             t2.toNewHampshireX();
2410             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2411             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2412                 return false;
2413             }
2414             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2415             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2416                 return false;
2417             }
2418             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2419             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2420                 return false;
2421             }
2422             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2423             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2424                 return false;
2425             }
2426             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2427             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2428                 return false;
2429             }
2430             n = t3.getNode( "A" );
2431             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2432                 return false;
2433             }
2434             n = n.getNextExternalNode();
2435             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2439             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2440                 return false;
2441             }
2442             n = t3.getNode( "C" );
2443             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2444                 return false;
2445             }
2446             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2447             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2448                 return false;
2449             }
2450             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2451             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2452                 return false;
2453             }
2454             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2455             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2456                 return false;
2457             }
2458             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2459             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2463             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2467             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2468                 return false;
2469             }
2470             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2471             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             n = t4.getNode( "A" );
2475             n = n.getNextExternalNode();
2476             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2477                 return false;
2478             }
2479             n = n.getNextExternalNode();
2480             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2481                 return false;
2482             }
2483             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2484             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2485                 return false;
2486             }
2487             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2488             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2489             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2493             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2494                 return false;
2495             }
2496             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2497             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2498             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2502             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2506             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2507             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2508                 return false;
2509             }
2510             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2511             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2512                 return false;
2513             }
2514             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2515             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2516             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2520             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2524             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2525             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2526                 return false;
2527             }
2528             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2529             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2530                 return false;
2531             }
2532             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2533             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2534             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2535                 return false;
2536             }
2537             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2538             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2539                 return false;
2540             }
2541             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2542             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2543             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2544                 return false;
2545             }
2546             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2547             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2551             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2555             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2556                 return false;
2557             }
2558             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2559             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2560             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2561                 return false;
2562             }
2563             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2564             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2565                 return false;
2566             }
2567             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2568             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2572             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2573                 return false;
2574             }
2575             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2576             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2577                 return false;
2578             }
2579             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2580             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2581                 return false;
2582             }
2583             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2584             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2585                 return false;
2586             }
2587             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2588             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2589                 return false;
2590             }
2591             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2592             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2593                 return false;
2594             }
2595             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2596             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2600             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2604             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2605                 return false;
2606             }
2607             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2608             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2612             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2616             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2617             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2618                 return false;
2619             }
2620             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2621             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2622                 return false;
2623             }
2624             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2625             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2626             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2630             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2631                 return false;
2632             }
2633             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2634             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2635             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2636                 return false;
2637             }
2638             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2639             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2640                 return false;
2641             }
2642             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2643             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2644                 return false;
2645             }
2646             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2647             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2651             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2655             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2656                 return false;
2657             }
2658         }
2659         catch ( final Exception e ) {
2660             e.printStackTrace( System.out );
2661             return false;
2662         }
2663         return true;
2664     }
2665
2666     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2667         try {
2668             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2669             dss1.addValue( 82 );
2670             dss1.addValue( 78 );
2671             dss1.addValue( 70 );
2672             dss1.addValue( 58 );
2673             dss1.addValue( 42 );
2674             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2675                 return false;
2676             }
2677             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2678                 return false;
2679             }
2680             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2681                 return false;
2682             }
2683             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2684                 return false;
2685             }
2686             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2687                 return false;
2688             }
2689             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2690                 return false;
2691             }
2692             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2693                 return false;
2694             }
2695             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2696                 return false;
2697             }
2698             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2708                 return false;
2709             }
2710             dss1.addValue( 123 );
2711             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2721             dss2.addValue( -1.85 );
2722             dss2.addValue( 57.5 );
2723             dss2.addValue( 92.78 );
2724             dss2.addValue( 57.78 );
2725             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2726                 return false;
2727             }
2728             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2729                 return false;
2730             }
2731             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2732             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             dss2.addValue( -100 );
2736             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2737                 return false;
2738             }
2739             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2740                 return false;
2741             }
2742             final double[] ds = new double[ 14 ];
2743             ds[ 0 ] = 34;
2744             ds[ 1 ] = 23;
2745             ds[ 2 ] = 1;
2746             ds[ 3 ] = 32;
2747             ds[ 4 ] = 11;
2748             ds[ 5 ] = 2;
2749             ds[ 6 ] = 12;
2750             ds[ 7 ] = 33;
2751             ds[ 8 ] = 13;
2752             ds[ 9 ] = 22;
2753             ds[ 10 ] = 21;
2754             ds[ 11 ] = 35;
2755             ds[ 12 ] = 24;
2756             ds[ 13 ] = 31;
2757             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2758             if ( bins.length != 4 ) {
2759                 return false;
2760             }
2761             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2762                 return false;
2763             }
2764             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2765                 return false;
2766             }
2767             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2768                 return false;
2769             }
2770             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2771                 return false;
2772             }
2773             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2774             ds1[ 0 ] = 10.0;
2775             ds1[ 1 ] = 19.0;
2776             ds1[ 2 ] = 9.999;
2777             ds1[ 3 ] = 0.0;
2778             ds1[ 4 ] = 39.9;
2779             ds1[ 5 ] = 39.999;
2780             ds1[ 6 ] = 30.0;
2781             ds1[ 7 ] = 19.999;
2782             ds1[ 8 ] = 30.1;
2783             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2784             if ( bins1.length != 4 ) {
2785                 return false;
2786             }
2787             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2788                 return false;
2789             }
2790             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2791                 return false;
2792             }
2793             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2794                 return false;
2795             }
2796             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2797                 return false;
2798             }
2799             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2800             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2801                 return false;
2802             }
2803             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2804                 return false;
2805             }
2806             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2807                 return false;
2808             }
2809             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2810                 return false;
2811             }
2812             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2813             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2814                 return false;
2815             }
2816             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2826             dss3.addValue( 1 );
2827             dss3.addValue( 1 );
2828             dss3.addValue( 1 );
2829             dss3.addValue( 2 );
2830             dss3.addValue( 3 );
2831             dss3.addValue( 4 );
2832             dss3.addValue( 5 );
2833             dss3.addValue( 5 );
2834             dss3.addValue( 5 );
2835             dss3.addValue( 6 );
2836             dss3.addValue( 7 );
2837             dss3.addValue( 8 );
2838             dss3.addValue( 9 );
2839             dss3.addValue( 10 );
2840             dss3.addValue( 10 );
2841             dss3.addValue( 10 );
2842             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2843             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2844             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2845         }
2846         catch ( final Exception e ) {
2847             e.printStackTrace( System.out );
2848             return false;
2849         }
2850         return true;
2851     }
2852
2853     private static boolean testDir( final String file ) {
2854         try {
2855             final File f = new File( file );
2856             if ( !f.exists() ) {
2857                 return false;
2858             }
2859             if ( !f.isDirectory() ) {
2860                 return false;
2861             }
2862             if ( !f.canRead() ) {
2863                 return false;
2864             }
2865         }
2866         catch ( final Exception e ) {
2867             return false;
2868         }
2869         return true;
2870     }
2871
2872     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2873         try {
2874             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2875             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2876             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2877             n = n.getNextExternalNode();
2878             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2879                 return false;
2880             }
2881             n = n.getNextExternalNode();
2882             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2883                 return false;
2884             }
2885             n = n.getNextExternalNode();
2886             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2887                 return false;
2888             }
2889             n = t1.getNode( "B" );
2890             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2891                 n = n.getNextExternalNode();
2892             }
2893             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2894             n = t2.getNode( "A" );
2895             n = n.getNextExternalNode();
2896             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2897                 return false;
2898             }
2899             n = n.getNextExternalNode();
2900             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2901                 return false;
2902             }
2903             n = n.getNextExternalNode();
2904             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2905                 return false;
2906             }
2907             n = t2.getNode( "B" );
2908             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2909                 n = n.getNextExternalNode();
2910             }
2911             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2912             n = t3.getNode( "A" );
2913             n = n.getNextExternalNode();
2914             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2915                 return false;
2916             }
2917             n = n.getNextExternalNode();
2918             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2919                 return false;
2920             }
2921             n = n.getNextExternalNode();
2922             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2923                 return false;
2924             }
2925             n = n.getNextExternalNode();
2926             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             n = n.getNextExternalNode();
2930             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2931                 return false;
2932             }
2933             n = n.getNextExternalNode();
2934             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2935                 return false;
2936             }
2937             n = n.getNextExternalNode();
2938             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2939                 return false;
2940             }
2941             n = t3.getNode( "B" );
2942             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2943                 n = n.getNextExternalNode();
2944             }
2945             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2946             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2947                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2948             }
2949             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2950             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2951                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2952             }
2953         }
2954         catch ( final Exception e ) {
2955             e.printStackTrace( System.out );
2956             return false;
2957         }
2958         return true;
2959     }
2960
2961     private static boolean testGeneralTable() {
2962         try {
2963             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2964             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2965             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2966             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2967             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2968             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2969             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2970             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2971             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2972             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2973                 return false;
2974             }
2975             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2976                 return false;
2977             }
2978             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2979                 return false;
2980             }
2981             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2982                 return false;
2983             }
2984             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2985                 return false;
2986             }
2987             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2988                 return false;
2989             }
2990             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2991                 return false;
2992             }
2993             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2994                 return false;
2995             }
2996             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2997                 return false;
2998             }
2999             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3000             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3001             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3002             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3003             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3004             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3005             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3006             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3007             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3008             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3009             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3013                 return false;
3014             }
3015             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3016                 return false;
3017             }
3018             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3019                 return false;
3020             }
3021             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3022                 return false;
3023             }
3024             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3025                 return false;
3026             }
3027             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3028                 return false;
3029             }
3030             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3031                 return false;
3032             }
3033             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3034                 return false;
3035             }
3036             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3037                 return false;
3038             }
3039         }
3040         catch ( final Exception e ) {
3041             e.printStackTrace( System.out );
3042             return false;
3043         }
3044         return true;
3045     }
3046
3047     private static boolean testGetDistance() {
3048         try {
3049             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3050             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3051                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3052             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3053             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3054                 return false;
3055             }
3056             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3057                 return false;
3058             }
3059             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3060                 return false;
3061             }
3062             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3063                 return false;
3064             }
3065             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3066                 return false;
3067             }
3068             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3069                 return false;
3070             }
3071             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3072                 return false;
3073             }
3074             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3075                 return false;
3076             }
3077             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3078                 return false;
3079             }
3080             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3081                 return false;
3082             }
3083             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3084                 return false;
3085             }
3086             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3087                 return false;
3088             }
3089             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3090                 return false;
3091             }
3092             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3096                 return false;
3097             }
3098             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3099                 return false;
3100             }
3101             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3102                 return false;
3103             }
3104             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3105                 return false;
3106             }
3107             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3108                 return false;
3109             }
3110             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3111                 return false;
3112             }
3113             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3114                 return false;
3115             }
3116             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3117                 return false;
3118             }
3119             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3120                 return false;
3121             }
3122             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3123                 return false;
3124             }
3125             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3126                 return false;
3127             }
3128             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3135                 return false;
3136             }
3137             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3138                 return false;
3139             }
3140             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3141                 return false;
3142             }
3143             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3147                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3148             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3149                 return false;
3150             }
3151             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3155                 return false;
3156             }
3157             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3158                 return false;
3159             }
3160             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3161                 return false;
3162             }
3163             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3167                 return false;
3168             }
3169             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3173                 return false;
3174             }
3175             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3179                 return false;
3180             }
3181         }
3182         catch ( final Exception e ) {
3183             e.printStackTrace( System.out );
3184             return false;
3185         }
3186         return true;
3187     }
3188
3189     private static boolean testGetLCA() {
3190         try {
3191             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3192             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3193                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3194             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3195             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3196             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3197                 return false;
3198             }
3199             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3200             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3201                 return false;
3202             }
3203             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3204             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3208             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3209                 return false;
3210             }
3211             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3212             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3213                 return false;
3214             }
3215             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3216             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3220             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3224             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3228             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3232             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3236             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3240             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3244             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3248             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3252             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3256             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3260             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3264             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3265                 return false;
3266             }
3267             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3268             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3269                 return false;
3270             }
3271             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3272             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3273                 return false;
3274             }
3275             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3276             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3277                 return false;
3278             }
3279             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3280             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3284             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3288             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3289             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3293             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3297             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3301             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3302                 return false;
3303             }
3304             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3305             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3306                 return false;
3307             }
3308             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3309             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3310                 return false;
3311             }
3312             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3313             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3314                 return false;
3315             }
3316             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3317             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3318                 return false;
3319             }
3320             final Phylogeny p3 = factory
3321                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3322                              new NHXParser() )[ 0 ];
3323             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3324             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3325                 return false;
3326             }
3327             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3328             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3329                 return false;
3330             }
3331             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3332             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3336             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3337                 return false;
3338             }
3339             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3340             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3341                 return false;
3342             }
3343             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3347             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3348                 return false;
3349             }
3350             if ( !al_3.isRoot() ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3354             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3355                 return false;
3356             }
3357             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3361             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3365                 return false;
3366             }
3367             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3368             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3369                 return false;
3370             }
3371             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3372             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3373             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3377             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3378             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3382             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3383             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3387             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3388             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391         }
3392         catch ( final Exception e ) {
3393             e.printStackTrace( System.out );
3394             return false;
3395         }
3396         return true;
3397     }
3398
3399     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3400         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3401         try {
3402             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3403                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3404             parser1.parse();
3405             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3406                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3407             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3408             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3409                 return false;
3410             }
3411             if ( proteins.size() != 4 ) {
3412                 return false;
3413             }
3414             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3415                 return false;
3416             }
3417             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3424             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3431             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3432                 return false;
3433             }
3434             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3435                 return false;
3436             }
3437             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3438             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3439                 return false;
3440             }
3441             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3442             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3443                 return false;
3444             }
3445             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3455                 return false;
3456             }
3457             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3458                 return false;
3459             }
3460             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3464                 return false;
3465             }
3466             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3467                 return false;
3468             }
3469             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3470                 return false;
3471             }
3472         }
3473         catch ( final Exception e ) {
3474             e.printStackTrace( System.out );
3475             return false;
3476         }
3477         return true;
3478     }
3479
3480     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3481         try {
3482             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3483             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3484             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3485             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3486             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3487                 return false;
3488             }
3489             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3490             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3491                 return false;
3492             }
3493             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3494             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3495                 return false;
3496             }
3497             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3498             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3499                 return false;
3500             }
3501         }
3502         catch ( final Exception e ) {
3503             e.printStackTrace( System.out );
3504             return false;
3505         }
3506         return true;
3507     }
3508
3509     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3510         try {
3511             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3512             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3513             PhylogenyNodeIterator it0;
3514             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3515                 it0.next();
3516             }
3517             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3518                 it0.next();
3519             }
3520             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3521             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3522                 return false;
3523             }
3524             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3525                 return false;
3526             }
3527             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3534                 return false;
3535             }
3536             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3537                 return false;
3538             }
3539             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             if ( it.hasNext() ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3546                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3547             PhylogenyNodeIterator it2;
3548             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3549                 it2.next();
3550             }
3551             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3552                 it2.next();
3553             }
3554             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3555             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3571                 return false;
3572             }
3573             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3580                 return false;
3581             }
3582             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3595                 return false;
3596             }
3597             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3601                 return false;
3602             }
3603             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3619                 return false;
3620             }
3621             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( it3.hasNext() ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3634             PhylogenyNodeIterator it4;
3635             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3636                 it4.next();
3637             }
3638             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3639                 it4.next();
3640             }
3641             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3642             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3643                 return false;
3644             }
3645             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3646                 return false;
3647             }
3648             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3649                 return false;
3650             }
3651             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3652                 return false;
3653             }
3654             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3655                 return false;
3656             }
3657             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3658             PhylogenyNodeIterator it6;
3659             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3660                 it6.next();
3661             }
3662             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3663                 it6.next();
3664             }
3665             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3666             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3667                 return false;
3668             }
3669             if ( it.hasNext() ) {
3670                 return false;
3671             }
3672         }
3673         catch ( final Exception e ) {
3674             e.printStackTrace( System.out );
3675             return false;
3676         }
3677         return true;
3678     }
3679
3680     private static boolean testMidpointrooting() {
3681         try {
3682             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3683             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3684                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3685             if ( !t1.isRooted() ) {
3686                 return false;
3687             }
3688             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3689             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3690                 return false;
3691             }
3692             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3693                 return false;
3694             }
3695             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3699                 return false;
3700             }
3701             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3702                 return false;
3703             }
3704             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3705                 return false;
3706             }
3707             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3708             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3709             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3710                 return false;
3711             }
3712             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3713                 return false;
3714             }
3715             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3716                 return false;
3717             }
3718             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3719                 return false;
3720             }
3721             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3722                 return false;
3723             }
3724             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3725                 return false;
3726             }
3727         }
3728         catch ( final Exception e ) {
3729             e.printStackTrace( System.out );
3730             return false;
3731         }
3732         return true;
3733     }
3734
3735     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3736         try {
3737             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3738             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3739             parser.parse();
3740             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3741             if ( labels.length != 7 ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3745                 return false;
3746             }
3747             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3748                 return false;
3749             }
3750             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3751                 return false;
3752             }
3753             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3757                 return false;
3758             }
3759             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3760                 return false;
3761             }
3762             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3763                 return false;
3764             }
3765             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3766             parser.parse();
3767             labels = parser.getCharStateLabels();
3768             if ( labels.length != 7 ) {
3769                 return false;
3770             }
3771             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3772                 return false;
3773             }
3774             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3775                 return false;
3776             }
3777             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3778                 return false;
3779             }
3780             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3781                 return false;
3782             }
3783             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3784                 return false;
3785             }
3786             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3787                 return false;
3788             }
3789             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3790                 return false;
3791             }
3792         }
3793         catch ( final Exception e ) {
3794             e.printStackTrace( System.out );
3795             return false;
3796         }
3797         return true;
3798     }
3799
3800     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3801         try {
3802             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3803             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3804             parser.parse();
3805             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3806             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3807                 return false;
3808             }
3809             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3810                 return false;
3811             }
3812             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3813                 return false;
3814             }
3815             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3816                 return false;
3817             }
3818             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3819                 return false;
3820             }
3821             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3822                 return false;
3823             }
3824             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3825                 return false;
3826             }
3827             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3828                 return false;
3829             }
3830             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3831                 return false;
3832             }
3833             //            if ( labels.length != 7 ) {
3834             //                return false;
3835             //            }
3836             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3837             //                return false;
3838             //            }
3839             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3840             //                return false;
3841             //            }
3842             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3843             //                return false;
3844             //            }
3845             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3846             //                return false;
3847             //            }
3848             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3849             //                return false;
3850             //            }
3851             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3852             //                return false;
3853             //            }
3854             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3855             //                return false;
3856             //            }
3857             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3858             //            parser.parse();
3859             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3860             //            if ( labels.length != 7 ) {
3861             //                return false;
3862             //            }
3863             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3864             //                return false;
3865             //            }
3866             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3867             //                return false;
3868             //            }
3869             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3870             //                return false;
3871             //            }
3872             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3873             //                return false;
3874             //            }
3875             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3876             //                return false;
3877             //            }
3878             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3879             //                return false;
3880             //            }
3881             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3882             //                return false;
3883             //            }
3884         }
3885         catch ( final Exception e ) {
3886             e.printStackTrace( System.out );
3887             return false;
3888         }
3889         return true;
3890     }
3891
3892     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3893         try {
3894             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3895             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3896             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3897             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3898                 return false;
3899             }
3900             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3901                 return false;
3902             }
3903             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3904                 return false;
3905             }
3906             phylogenies = null;
3907             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3908             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             phylogenies = null;
3918             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3919             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3920                 return false;
3921             }
3922             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3926                 return false;
3927             }
3928             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             phylogenies = null;
3932             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3933             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3934                 return false;
3935             }
3936             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3937                 return false;
3938             }
3939             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3940                 return false;
3941             }
3942             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3943                 return false;
3944             }
3945             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3949                 return false;
3950             }
3951             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3952                 return false;
3953             }
3954             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3955                 return false;
3956             }
3957             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3958                 return false;
3959             }
3960             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3982                 return false;
3983             }
3984             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4006                 return false;
4007             }
4008             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4009                 return false;
4010             }
4011             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4018                 return false;
4019             }
4020             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4042                 return false;
4043             }
4044             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4054                 return false;
4055             }
4056         }
4057         catch ( final Exception e ) {
4058             e.printStackTrace( System.out );
4059             return false;
4060         }
4061         return true;
4062     }
4063
4064     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4065         try {
4066             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4067             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4068             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4069             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4073                 return false;
4074             }
4075             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4079                 return false;
4080             }
4081             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4082                 return false;
4083             }
4084             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4085                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             phylogenies = null;
4089             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4090             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4091                 return false;
4092             }
4093             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4094                 return false;
4095             }
4096             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4097                 return false;
4098             }
4099             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4103                 return false;
4104             }
4105             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4109                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4128                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4138                 return false;
4139             }
4140             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4141                 return false;
4142             }
4143             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4144                 return false;
4145             }
4146             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4147                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             phylogenies = null;
4151             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4152             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4165                 return false;
4166             }
4167             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4168                 return false;
4169             }
4170             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4171                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4190                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4191                 return false;
4192             }
4193             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4194                 return false;
4195             }
4196             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4197                 return false;
4198             }
4199             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4203                 return false;
4204             }
4205             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4206                 return false;
4207             }
4208             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4209                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4210                 return false;
4211             }
4212         }
4213         catch ( final Exception e ) {
4214             e.printStackTrace( System.out );
4215             return false;
4216         }
4217         return true;
4218     }
4219
4220     private static boolean testNHParsing() {
4221         try {
4222             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4223             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4224             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4225                 return false;
4226             }
4227             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4228             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4229             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4230             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4231             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4232                 return false;
4233             }
4234             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4235                 return false;
4236             }
4237             final Phylogeny p1b = factory
4238                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4239                              new NHXParser() )[ 0 ];
4240             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4241                 return false;
4242             }
4243             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4244                 return false;
4245             }
4246             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4247             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4248             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4249             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4250             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4251             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4252             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4253             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4254             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4255             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4256             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4257                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4258                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4259                                                     new NHXParser() );
4260             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4261                 return false;
4262             }
4263             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4264                 return false;
4265             }
4266             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4270                 return false;
4271             }
4272             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4273             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4274             final String p16_S = "((A,B),C)";
4275             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4276             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4277                 return false;
4278             }
4279             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4280             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4281             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4285             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4286             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4290             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4291             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4292                 return false;
4293             }
4294             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4295             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4296             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4300             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4301             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4305             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4306             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4310             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4311             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4312                 return false;
4313             }
4314             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4315             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4316             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4320             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4321             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4322             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4323                 return false;
4324             }
4325             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4329                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4330                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4331                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4332                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4333                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4334                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4335                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4336             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4337             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4338                 return false;
4339             }
4340             final String p26_S = "(A,B)ab";
4341             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4342             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4346             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4347                                                     new NHXParser() );
4348             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4352             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4353             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4354             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4355             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4356                                                     new NHXParser() );
4357             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4370             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4371             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4372                 return false;
4373             }
4374             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4375             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4376             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4380             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4381             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             final String p33_S = "A";
4385             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4386             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4387                 return false;
4388             }
4389             final String p34_S = "B;";
4390             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4391             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             final String p35_S = "B:0.2";
4395             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4396             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             final String p36_S = "(A)";
4400             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4401             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             final String p37_S = "((A))";
4405             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4406             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4410             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4411             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4415             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4416             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             final String p40_S = "(A,B,C)";
4420             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4421             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4425             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4426             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4427                 return false;
4428             }
4429             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4430             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4431             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4435             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4436             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4440             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4441             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4445             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4446             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             final String p46_S = "";
4450             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4451             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4455             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4456                 return false;
4457             }
4458             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4459             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             final Phylogeny p49 = factory
4463                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4464                              new NHXParser() )[ 0 ];
4465             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4469             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4473                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4474                 return false;
4475             }
4476             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4477                 return false;
4478             }
4479             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4480                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4481                 return false;
4482             }
4483             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4484             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4485                 return false;
4486             }
4487             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4488             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4489                 return false;
4490             }
4491             final Phylogeny p53 = factory
4492                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4493                              new NHXParser() )[ 0 ];
4494             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             //
4498             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4499             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4503                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4504                 return false;
4505             }
4506         }
4507         catch ( final Exception e ) {
4508             e.printStackTrace( System.out );
4509             return false;
4510         }
4511         return true;
4512     }
4513
4514     private static boolean testNHXconversion() {
4515         try {
4516             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4517             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4518             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4519             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4520             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4521                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4522             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4523                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4524             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4525                 return false;
4526             }
4527             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( !n5.toNewHampshireX()
4537                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4538                 return false;
4539             }
4540             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543         }
4544         catch ( final Exception e ) {
4545             e.printStackTrace( System.out );
4546             return false;
4547         }
4548         return true;
4549     }
4550
4551     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4552         try {
4553             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4554             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4555             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4556             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4557             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4558                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4559             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4560                 return false;
4561             }
4562             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4563                 return false;
4564             }
4565             if ( n3.isDuplication() ) {
4566                 return false;
4567             }
4568             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4569                 return false;
4570             }
4571             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4572                 return false;
4573             }
4574             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4575                 return false;
4576             }
4577             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4584                 return false;
4585             }
4586             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             if ( !n5.isDuplication() ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4599                 return false;
4600             }
4601             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4602                 return false;
4603             }
4604             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4605                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4606                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4607             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4608                 return false;
4609             }
4610             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4614                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4615                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4616             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4617                 return false;
4618             }
4619             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4620                 return false;
4621             }
4622             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4623                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4624             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4625                 return false;
4626             }
4627             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4628                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4629             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4633                 return false;
4634             }
4635             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4636                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4637             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4644                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4645             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4646                 return false;
4647             }
4648             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4649                 return false;
4650             }
4651             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4652                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4653             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4654                 return false;
4655             }
4656             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4660                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4661             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4668                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4669             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4673                 return false;
4674             }
4675             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4676                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4677             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4678                 return false;
4679             }
4680             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4681                 return false;
4682             }
4683             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4684                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4685             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4689                 return false;
4690             }
4691             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4692                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4693             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4694                 return false;
4695             }
4696             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4700                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4701             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4708                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4709                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4710             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4714                 return false;
4715             }
4716             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4717                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4718                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4719             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4723                 return false;
4724             }
4725             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4726                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4727                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4728             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4729                 return false;
4730             }
4731             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4735                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4736                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4737             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4738                 return false;
4739             }
4740             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4744                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4745             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4749                 return false;
4750             }
4751             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4752                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4753             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4754                 return false;
4755             }
4756             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4757                 return false;
4758             }
4759             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode
4760                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4761             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4762                 return false;
4763             }
4764             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
4765                 return false;
4766             }
4767             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
4768                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4769             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
4770                 return false;
4771             }
4772             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
4773                 return false;
4774             }
4775             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4776                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4777                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4778             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4779                 return false;
4780             }
4781             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4785                 return false;
4786             }
4787             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4788                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4789                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4790             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4794                 return false;
4795             }
4796             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode
4800                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4801             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
4805                 return false;
4806             }
4807             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
4808                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4809             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4816             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4817             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4818                 return false;
4819             }
4820             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4821                 return false;
4822             }
4823             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4827                 return false;
4828             }
4829             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4833                 return false;
4834             }
4835             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4836                 return false;
4837             }
4838             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4842                 return false;
4843             }
4844             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4845                 return false;
4846             }
4847             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4848                 return false;
4849             }
4850             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4860                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4861             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4862                 return false;
4863             }
4864             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4865                 return false;
4866             }
4867             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4868                 return false;
4869             }
4870             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4871                 return false;
4872             }
4873             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4877                 return false;
4878             }
4879             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4880                 return false;
4881             }
4882             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4886             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4890             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4894                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4895                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4896             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4903                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4904                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4905             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4906                 return false;
4907             }
4908             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4909                 return false;
4910             }
4911             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4912                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4913                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4914             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4918                 return false;
4919             }
4920             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4921                 return false;
4922             }
4923             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4924                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4925                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4926             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4936                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4937                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4938             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4942                 return false;
4943             }
4944             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4945                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4946             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4947                 return false;
4948             }
4949             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4950                 return false;
4951             }
4952             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4953                 return false;
4954             }
4955         }
4956         catch ( final Exception e ) {
4957             e.printStackTrace( System.out );
4958             return false;
4959         }
4960         return true;
4961     }
4962
4963     private static boolean testNHXParsing() {
4964         try {
4965             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4966             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4967             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4968                 return false;
4969             }
4970             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4971             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4972             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4973                 return false;
4974             }
4975             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4976             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4977             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4978                 return false;
4979             }
4980             final Phylogeny[] p3 = factory
4981                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4982                              new NHXParser() );
4983             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4984                 return false;
4985             }
4986             final Phylogeny[] p4 = factory
4987                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4988                              new NHXParser() );
4989             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             final Phylogeny[] p5 = factory
4993                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4994                              new NHXParser() );
4995             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4999             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5000             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5001             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5005             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5006             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5007             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5008                 return false;
5009             }
5010             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5011             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5012             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5013             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5017             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5018                 return false;
5019             }
5020             final Phylogeny p10 = factory
5021                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5022                              new NHXParser() )[ 0 ];
5023             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5024                 return false;
5025             }
5026         }
5027         catch ( final Exception e ) {
5028             e.printStackTrace( System.out );
5029             return false;
5030         }
5031         return true;
5032     }
5033
5034     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5035         try {
5036             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5037             final NHXParser p = new NHXParser();
5038             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5039             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5040                 return false;
5041             }
5042             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5043             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5044                 return false;
5045             }
5046             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5047                 return false;
5048             }
5049             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5053                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5054                 return false;
5055             }
5056             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5057                 return false;
5058             }
5059             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5066                 return false;
5067             }
5068             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5069                 return false;
5070             }
5071             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5072             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5073             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5074             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5078             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5079             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5080             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5081                 return false;
5082             }
5083             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5084             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5085             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5086             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5090             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5091             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5092             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             final Phylogeny p10 = factory
5096                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5097                              new NHXParser() )[ 0 ];
5098             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5099             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5103             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             //
5107             final Phylogeny p12 = factory
5108                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5109                              new NHXParser() )[ 0 ];
5110             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5111             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5115             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5116                 return false;
5117             }
5118             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5119             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5123             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5124                 return false;
5125             }
5126         }
5127         catch ( final Exception e ) {
5128             e.printStackTrace( System.out );
5129             return false;
5130         }
5131         return true;
5132     }
5133
5134     private static boolean testNHXParsingMB() {
5135         try {
5136             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5137             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5138                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5139                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5140                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5141                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5142                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5143                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5144                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5145                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5146             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5147                 return false;
5148             }
5149             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5150                 return false;
5151             }
5152             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5153                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5154                 return false;
5155             }
5156             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5157                 return false;
5158             }
5159             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             final Phylogeny p2 = factory
5163                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5164                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5165                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5166                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5167                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5168                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5169                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5170                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5171                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5172                              new NHXParser() )[ 0 ];
5173             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5174                 return false;
5175             }
5176             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5177                 return false;
5178             }
5179         }
5180         catch ( final Exception e ) {
5181             e.printStackTrace( System.out );
5182             System.exit( -1 );
5183             return false;
5184         }
5185         return true;
5186     }
5187
5188     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5189         try {
5190             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5191             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5192             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5193             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5194             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5195                 return false;
5196             }
5197             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5198                 return false;
5199             }
5200             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5201                 return false;
5202             }
5203             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5204             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5205             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5206             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5207                 return false;
5208             }
5209             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5210                 return false;
5211             }
5212             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5213             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5214                 return false;
5215             }
5216             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5217                 return false;
5218             }
5219             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5220                 return false;
5221             }
5222         }
5223         catch ( final Exception e ) {
5224             e.printStackTrace( System.out );
5225             return false;
5226         }
5227         return true;
5228     }
5229
5230     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5231         try {
5232             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5233             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5234             try {
5235                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5236             }
5237             catch ( final Exception e ) {
5238                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5239             }
5240             if ( xml_parser == null ) {
5241                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5242                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5243                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5244                 }
5245                 else {
5246                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5247                 }
5248             }
5249             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5250                                                               xml_parser );
5251             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5252                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5253                 return false;
5254             }
5255             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5259             PhylogenyNode n = null;
5260             Distribution d = null;
5261             n = t1.getNode( "root node" );
5262             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             d = n.getNodeData().getDistribution();
5269             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5270                 return false;
5271             }
5272             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5273                 return false;
5274             }
5275             if ( d.getPolygons() != null ) {
5276                 return false;
5277             }
5278             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5282                 return false;
5283             }
5284             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5285                 return false;
5286             }
5287             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5288                 return false;
5289             }
5290             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5291                 return false;
5292             }
5293             n = t1.getNode( "node a" );
5294             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5295                 return false;
5296             }
5297             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5298                 return false;
5299             }
5300             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5301             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5305                 return false;
5306             }
5307             if ( d.getPolygons() != null ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5323                 return false;
5324             }
5325             n = t1.getNode( "node bb" );
5326             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5327                 return false;
5328             }
5329             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5333             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5337                 return false;
5338             }
5339             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5340                 return false;
5341             }
5342             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5343                 return false;
5344             }
5345             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5346                 return false;
5347             }
5348             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5349                 return false;
5350             }
5351             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5352                 return false;
5353             }
5354             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5355                 return false;
5356             }
5357             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5358             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5362                 return false;
5363             }
5364             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5365                 return false;
5366             }
5367             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5368                 return false;
5369             }
5370             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5371                 return false;
5372             }
5373             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5374                 return false;
5375             }
5376             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5377                 return false;
5378             }
5379             p = d.getPolygons().get( 1 );
5380             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5381                 return false;
5382             }
5383             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5384                 return false;
5385             }
5386             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5390                 return false;
5391             }
5392             // Roundtrip:
5393             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5394             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5395             if ( rt.length != 1 ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5399             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5400             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             d = n.getNodeData().getDistribution();
5407             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             if ( d.getPolygons() != null ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5429                 return false;
5430             }
5431             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5432             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5439             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             if ( d.getPolygons() != null ) {
5446                 return false;
5447             }
5448             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5464             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5465                 return false;
5466             }
5467             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5471             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5472                 return false;
5473             }
5474             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5475                 return false;
5476             }
5477             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5478                 return false;
5479             }
5480             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5481                 return false;
5482             }
5483             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5484                 return false;
5485             }
5486             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             p = d.getPolygons().get( 0 );
5496             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5497                 return false;
5498             }
5499             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5500                 return false;
5501             }
5502             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5503                 return false;
5504             }
5505             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5506                 return false;
5507             }
5508             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5509                 return false;
5510             }
5511             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5512                 return false;
5513             }
5514             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5515                 return false;
5516             }
5517             p = d.getPolygons().get( 1 );
5518             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5522                 return false;
5523             }
5524             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5528                 return false;
5529             }
5530         }
5531         catch ( final Exception e ) {
5532             e.printStackTrace( System.out );
5533             return false;
5534         }
5535         return true;
5536     }
5537
5538     private static boolean testPostOrderIterator() {
5539         try {
5540             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5541             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5542             PhylogenyNodeIterator it0;
5543             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5544                 it0.next();
5545             }
5546             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5547                 it0.next();
5548             }
5549             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5550             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5551             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5555                 return false;
5556             }
5557             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5558                 return false;
5559             }
5560             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5561                 return false;
5562             }
5563             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5564                 return false;
5565             }
5566             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5567                 return false;
5568             }
5569             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5570                 return false;
5571             }
5572             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5573                 return false;
5574             }
5575             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5579                 return false;
5580             }
5581             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5582                 return false;
5583             }
5584             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5585                 return false;
5586             }
5587             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5588                 return false;
5589             }
5590             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5591                 return false;
5592             }
5593             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( it.hasNext() ) {
5597                 return false;
5598             }
5599         }
5600         catch ( final Exception e ) {
5601             e.printStackTrace( System.out );
5602             return false;
5603         }
5604         return true;
5605     }
5606
5607     private static boolean testPreOrderIterator() {
5608         try {
5609             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5610             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5611             PhylogenyNodeIterator it0;
5612             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5613                 it0.next();
5614             }
5615             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5616                 it0.next();
5617             }
5618             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5619             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5620                 return false;
5621             }
5622             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5623                 return false;
5624             }
5625             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5626                 return false;
5627             }
5628             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5629                 return false;
5630             }
5631             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5632                 return false;
5633             }
5634             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5635                 return false;
5636             }
5637             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             if ( it.hasNext() ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5644             it = t1.iteratorPreorder();
5645             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5649                 return false;
5650             }
5651             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5652                 return false;
5653             }
5654             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5655                 return false;
5656             }
5657             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5661                 return false;
5662             }
5663             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             if ( it.hasNext() ) {
5691                 return false;
5692             }
5693         }
5694         catch ( final Exception e ) {
5695             e.printStackTrace( System.out );
5696             return false;
5697         }
5698         return true;
5699     }
5700
5701     private static boolean testPropertiesMap() {
5702         try {
5703             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5704             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5705             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5706             final Property p2 = new Property( "something:else",
5707                                               "?",
5708                                               "improbable:research",
5709                                               "xsd:decimal",
5710                                               AppliesTo.NODE );
5711             pm.addProperty( p0 );
5712             pm.addProperty( p1 );
5713             pm.addProperty( p2 );
5714             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5733             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5740                 return false;
5741             }
5742         }
5743         catch ( final Exception e ) {
5744             e.printStackTrace( System.out );
5745             return false;
5746         }
5747         return true;
5748     }
5749
5750     private static boolean testReIdMethods() {
5751         try {
5752             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5753             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5754             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5755             p.levelOrderReID();
5756             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5757                 return false;
5758             }
5759             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5760                 return false;
5761             }
5762             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5772                 return false;
5773             }
5774             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5784                 return false;
5785             }
5786             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5787                 return false;
5788             }
5789             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5799                 return false;
5800             }
5801         }
5802         catch ( final Exception e ) {
5803             e.printStackTrace( System.out );
5804             return false;
5805         }
5806         return true;
5807     }
5808
5809     private static boolean testRerooting() {
5810         try {
5811             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5812             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5813                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5814             if ( !t1.isRooted() ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5818             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5819             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5820             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5821             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5822             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5823             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5824             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5825             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5826             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5827             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5828             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5829             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5830             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5831             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5832             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5833             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5834             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5835             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5836             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5837             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5838             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5839             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5840             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5841             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5842             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5843             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5844             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5845             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5846                 return false;
5847             }
5848             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5849                 return false;
5850             }
5851             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5852                 return false;
5853             }
5854             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5864                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5865             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5866             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5867             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5868             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5869             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5870             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5871             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5872             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5873             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5874             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5875             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5876             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5877             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5878             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5879             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5880             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5881             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5882             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5883             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5885             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5887             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5888             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5889             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5890             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5892             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5893             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5894             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5895             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5896             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5897             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5899             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5900             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5901             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5902             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5903             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5904             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5905             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5906             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5907             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5908             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5909             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5910             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5911                 return false;
5912             }
5913             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5914                 return false;
5915             }
5916             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5917             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5918                 return false;
5919             }
5920             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5921                 return false;
5922             }
5923             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5924             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5925                 return false;
5926             }
5927             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5928                 return false;
5929             }
5930             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5931                 return false;
5932             }
5933             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5934             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5935                 return false;
5936             }
5937             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5938                 return false;
5939             }
5940             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5944             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5951             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5952                 return false;
5953             }
5954             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5955                 return false;
5956             }
5957             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5958                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5959             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5960             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5970             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5971                 return false;
5972             }
5973             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5974                 return false;
5975             }
5976             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5977                 return false;
5978             }
5979             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5980             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5981                 return false;
5982             }
5983             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5987                 return false;
5988             }
5989         }
5990         catch ( final Exception e ) {
5991             e.printStackTrace( System.out );
5992             return false;
5993         }
5994         return true;
5995     }
5996
5997     private static boolean testSDIse() {
5998         try {
5999             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6000             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6001             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6002             gene1.setRooted( true );
6003             species1.setRooted( true );
6004             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6005             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             final Phylogeny species2 = factory
6009                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6010                              new NHXParser() )[ 0 ];
6011             final Phylogeny gene2 = factory
6012                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6013                              new NHXParser() )[ 0 ];
6014             species2.setRooted( true );
6015             gene2.setRooted( true );
6016             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6017             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6018                 return false;
6019             }
6020             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6021                 return false;
6022             }
6023             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6024                 return false;
6025             }
6026             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6027                 return false;
6028             }
6029             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6030                 return false;
6031             }
6032             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6033                 return false;
6034             }
6035             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6036                 return false;
6037             }
6038             final Phylogeny species3 = factory
6039                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6040                              new NHXParser() )[ 0 ];
6041             final Phylogeny gene3 = factory
6042                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6043                              new NHXParser() )[ 0 ];
6044             species3.setRooted( true );
6045             gene3.setRooted( true );
6046             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6047             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             final Phylogeny species4 = factory
6057                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6058                              new NHXParser() )[ 0 ];
6059             final Phylogeny gene4 = factory
6060                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6061                              new NHXParser() )[ 0 ];
6062             species4.setRooted( true );
6063             gene4.setRooted( true );
6064             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6065             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6066                 return false;
6067             }
6068             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6081                 return false;
6082             }
6083             final Phylogeny species5 = factory
6084                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6085                              new NHXParser() )[ 0 ];
6086             final Phylogeny gene5 = factory
6087                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6088                              new NHXParser() )[ 0 ];
6089             species5.setRooted( true );
6090             gene5.setRooted( true );
6091             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6092             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6093                 return false;
6094             }
6095             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6096                 return false;
6097             }
6098             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6099                 return false;
6100             }
6101             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6102                 return false;
6103             }
6104             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6105                 return false;
6106             }
6107             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6108                 return false;
6109             }
6110             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6111             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6112             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6113             final Phylogeny species6 = factory
6114                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6115                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6116                              new NHXParser() )[ 0 ];
6117             final Phylogeny gene6 = factory
6118                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6119                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6120                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6121                              new NHXParser() )[ 0 ];
6122             species6.setRooted( true );
6123             gene6.setRooted( true );
6124             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6125             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6129                 return false;
6130             }
6131             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             sdi6.computeMappingCostL();
6153             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6163                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6164                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6165                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6166                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6167             species7.setRooted( true );
6168             final Phylogeny gene7_1 = Test
6169                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6170             gene7_1.setRooted( true );
6171             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6172             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6182                 return false;
6183             }
6184             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6185                 return false;
6186             }
6187             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6188                 return false;
6189             }
6190             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             final Phylogeny gene7_2 = Test
6200                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6201             gene7_2.setRooted( true );
6202             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6203             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6210                 return false;
6211             }
6212             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6213                 return false;
6214             }
6215             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6216                 return false;
6217             }
6218             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6219                 return false;
6220             }
6221             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6231                 return false;
6232             }
6233         }
6234         catch ( final Exception e ) {
6235             return false;
6236         }
6237         return true;
6238     }
6239
6240     private static boolean testSDIunrooted() {
6241         try {
6242             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6243             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6244             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6245             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6246             PhylogenyBranch br = iter.next();
6247             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6248                 return false;
6249             }
6250             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6251                 return false;
6252             }
6253             br = iter.next();
6254             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6255                 return false;
6256             }
6257             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             br = iter.next();
6261             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6262                 return false;
6263             }
6264             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             br = iter.next();
6268             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6269                 return false;
6270             }
6271             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             br = iter.next();
6275             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6276                 return false;
6277             }
6278             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             br = iter.next();
6282             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             br = iter.next();
6289             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6293                 return false;
6294             }
6295             br = iter.next();
6296             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6297                 return false;
6298             }
6299             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             br = iter.next();
6303             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             br = iter.next();
6310             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6314                 return false;
6315             }
6316             br = iter.next();
6317             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6318                 return false;
6319             }
6320             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             br = iter.next();
6324             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             br = iter.next();
6331             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             br = iter.next();
6338             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6339                 return false;
6340             }
6341             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6342                 return false;
6343             }
6344             br = iter.next();
6345             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( iter.hasNext() ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6355             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6356             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6357             br = iter1.next();
6358             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             br = iter1.next();
6365             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6366                 return false;
6367             }
6368             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6369                 return false;
6370             }
6371             br = iter1.next();
6372             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6373                 return false;
6374             }
6375             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( iter1.hasNext() ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6382             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6383             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6384             br = iter2.next();
6385             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6389                 return false;
6390             }
6391             br = iter2.next();
6392             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6393                 return false;
6394             }
6395             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6396                 return false;
6397             }
6398             br = iter2.next();
6399             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6403                 return false;
6404             }
6405             if ( iter2.hasNext() ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             final Phylogeny species0 = factory
6409                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6410                              new NHXParser() )[ 0 ];
6411             final Phylogeny gene1 = factory
6412                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6413                              new NHXParser() )[ 0 ];
6414             species0.setRooted( true );
6415             gene1.setRooted( true );
6416             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6417             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6418             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6422                 return false;
6423             }
6424             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6425                 return false;
6426             }
6427             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             final Phylogeny gene2 = factory
6434                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6435                              new NHXParser() )[ 0 ];
6436             gene2.setRooted( true );
6437             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6438             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6439                 return false;
6440             }
6441             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6442                 return false;
6443             }
6444             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6445                 return false;
6446             }
6447             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6448                 return false;
6449             }
6450             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6451                 return false;
6452             }
6453             final Phylogeny species6 = factory
6454                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6455                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6456                              new NHXParser() )[ 0 ];
6457             final Phylogeny gene6 = factory
6458                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6459                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6460                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6461                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6462                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6463                              new NHXParser() )[ 0 ];
6464             species6.setRooted( true );
6465             gene6.setRooted( true );
6466             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6467             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6468                 return false;
6469             }
6470             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6471                 return false;
6472             }
6473             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6474                 return false;
6475             }
6476             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6477                 return false;
6478             }
6479             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6480                 return false;
6481             }
6482             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6489                 return false;
6490             }
6491             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6495                 return false;
6496             }
6497             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6498                 return false;
6499             }
6500             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6501                 return false;
6502             }
6503             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             p6 = null;
6507             final Phylogeny species7 = factory
6508                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6509                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6510                              new NHXParser() )[ 0 ];
6511             final Phylogeny gene7 = factory
6512                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6513                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6514                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6515                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6516                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6517                              new NHXParser() )[ 0 ];
6518             species7.setRooted( true );
6519             gene7.setRooted( true );
6520             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6521             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6522                 return false;
6523             }
6524             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6528                 return false;
6529             }
6530             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6546                 return false;
6547             }
6548             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             p7 = null;
6561             final Phylogeny species8 = factory
6562                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6563                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6564                              new NHXParser() )[ 0 ];
6565             final Phylogeny gene8 = factory
6566                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6567                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6568                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6569                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6570                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6571                              new NHXParser() )[ 0 ];
6572             species8.setRooted( true );
6573             gene8.setRooted( true );
6574             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6575             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6585                 return false;
6586             }
6587             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6588                 return false;
6589             }
6590             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6591                 return false;
6592             }
6593             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6603                 return false;
6604             }
6605             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6612                 return false;
6613             }
6614             p8 = null;
6615         }
6616         catch ( final Exception e ) {
6617             e.printStackTrace( System.out );
6618             return false;
6619         }
6620         return true;
6621     }
6622
6623     private static boolean testSplit() {
6624         try {
6625             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6626             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6627             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6628             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6629             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6630             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6631             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6632             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6633             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6634             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6635             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6636             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6637             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6638             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6639             // System.out.println( s0.toString() );
6640             //
6641             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6644             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6645                 return false;
6646             }
6647             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6648             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6655             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6656                 return false;
6657             }
6658             //
6659             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6663             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6664                 return false;
6665             }
6666             //
6667             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6672             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6673                 return false;
6674             }
6675             //
6676             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6681             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6682                 return false;
6683             }
6684             //
6685             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6689             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             //
6693             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6696             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6697                 return false;
6698             }
6699             //
6700             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6702             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6706             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             //
6710             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6714             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6715                 return false;
6716             }
6717             //
6718             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6723             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6724                 return false;
6725             }
6726             //
6727             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6728             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6730             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6731                 return false;
6732             }
6733             //
6734             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6735             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6736             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6737             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6739             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             //
6743             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6744             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6745             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6746             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6749             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             //
6753             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6754             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6757             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6758                 return false;
6759             }
6760             //
6761             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6762             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6764             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6765                 return false;
6766             }
6767             //
6768             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6769             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6770             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6771             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6772                 return false;
6773             }
6774             //
6775             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6776             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6777             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6778             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6779                 return false;
6780             }
6781             //
6782             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6783             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6784             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6785             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6786                 return false;
6787             }
6788             //
6789             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6790             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6791             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6792             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6793                 return false;
6794             }
6795             //
6796             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6797             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6798             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6799             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6800                 return false;
6801             }
6802             //
6803             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6805             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6807             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             //
6811             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6812             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6813             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6814             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6815             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6816                 return false;
6817             }
6818             //
6819             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6820             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6821             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6822             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6823             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6824                 return false;
6825             }
6826             //
6827             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6828             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6829             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6830             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6831             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6832             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6833                 return false;
6834             }
6835             /////////
6836             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6837             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6838             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6839             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6840             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6841             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6842             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6843             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6844             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6845             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6846             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6847             //                return false;
6848             //            }
6849             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6850             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6851             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6852             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6853             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6854             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6855             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6856             //                return false;
6857             //            }
6858             //            //
6859             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6860             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6861             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6862             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6863             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6864             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6865             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6866             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6867             //                return false;
6868             //            }
6869             //            //
6870             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6871             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6872             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6873             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6874             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6875             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6876             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6877             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6878             //                return false;
6879             //            }
6880             //            //
6881             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6882             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6883             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6884             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6885             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6886             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6887             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6888             //                return false;
6889             //            }
6890             //            //
6891             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6892             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6893             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6894             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6895             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6896             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6897             //                return false;
6898             //            }
6899             //
6900             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6901             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6902             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6903             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6904             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6905             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6906                 return false;
6907             }
6908             //
6909             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6910             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6911             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6914             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6915                 return false;
6916             }
6917             ///////////////////////////
6918             //
6919             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6920             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6924             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             //
6928             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6933             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6934                 return false;
6935             }
6936             //
6937             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6942             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6943                 return false;
6944             }
6945             //
6946             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6951             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6952                 return false;
6953             }
6954             //
6955             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6960             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             //
6964             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6968             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6969                 return false;
6970             }
6971             //
6972             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6974             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6978             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             //
6982             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6984             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6985             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6988             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6989                 return false;
6990             }
6991             //
6992             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6993             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6994             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6998             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6999                 return false;
7000             }
7001             //
7002             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7003             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7006             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7009             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7010                 return false;
7011             }
7012         }
7013         catch ( final Exception e ) {
7014             e.printStackTrace();
7015             return false;
7016         }
7017         return true;
7018     }
7019
7020     private static boolean testSplitStrict() {
7021         try {
7022             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7023             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7024             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7025             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7026             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7027             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7028             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7029             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7030             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7031             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7032             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7033             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7034             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7035             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7036             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7037                 return false;
7038             }
7039             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7040             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7042             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7043             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7047             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7048                 return false;
7049             }
7050             //
7051             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7055             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7056                 return false;
7057             }
7058             //
7059             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7060             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7064             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7065                 return false;
7066             }
7067             //
7068             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7069             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7070             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7073             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             //
7077             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7078             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7081             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7082                 return false;
7083             }
7084             //
7085             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7086             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7087             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7088             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7089                 return false;
7090             }
7091             //
7092             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7093             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7094             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7095             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7098             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7099                 return false;
7100             }
7101             //
7102             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7103             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7106             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7107                 return false;
7108             }
7109             //
7110             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7111             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7115             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7116                 return false;
7117             }
7118             //
7119             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7120             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7122             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7123                 return false;
7124             }
7125             //
7126             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7127             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7128             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7129             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7131             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7132                 return false;
7133             }
7134             //
7135             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7136             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7137             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7141             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7142                 return false;
7143             }
7144             //
7145             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7146             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7149             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             //
7153             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7154             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7156             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7157                 return false;
7158             }
7159             //
7160             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7161             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7162             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7163             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7164                 return false;
7165             }
7166             //
7167             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7168             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7169             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7170             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7171                 return false;
7172             }
7173             //
7174             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7176             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7177             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7178                 return false;
7179             }
7180             //
7181             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7182             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7184             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7185                 return false;
7186             }
7187             //
7188             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7191             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7192                 return false;
7193             }
7194             //
7195             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7199             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             //
7203             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7207             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7208                 return false;
7209             }
7210             //
7211             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7212             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7213             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7215             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7216                 return false;
7217             }
7218             //
7219             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7220             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7221             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7224             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7225                 return false;
7226             }
7227         }
7228         catch ( final Exception e ) {
7229             e.printStackTrace();
7230             return false;
7231         }
7232         return true;
7233     }
7234
7235     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7236         try {
7237             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7238             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7239             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7240             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7241                 return false;
7242             }
7243             t1.toNewHampshireX();
7244             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7245             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7246                 return false;
7247             }
7248             t1.toNewHampshireX();
7249             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7250             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7251                 return false;
7252             }
7253             t1.toNewHampshireX();
7254             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7255             t1.toNewHampshireX();
7256             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7257                 return false;
7258             }
7259             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7260             t1.toNewHampshireX();
7261             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7262                 return false;
7263             }
7264             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7265             t1.toNewHampshireX();
7266             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7267                 return false;
7268             }
7269             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7270             t1.toNewHampshireX();
7271             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7272                 return false;
7273             }
7274             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7275             t1.toNewHampshireX();
7276             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7277                 return false;
7278             }
7279             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7280             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7281                 return false;
7282             }
7283             if ( !t1.isEmpty() ) {
7284                 return false;
7285             }
7286             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7287             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7288             t2.toNewHampshireX();
7289             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7290                 return false;
7291             }
7292             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7293             t2.toNewHampshireX();
7294             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7295                 return false;
7296             }
7297             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7298             t2.toNewHampshireX();
7299             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7300                 return false;
7301             }
7302         }
7303         catch ( final Exception e ) {
7304             e.printStackTrace( System.out );
7305             return false;
7306         }
7307         return true;
7308     }
7309
7310     private static boolean testSupportCount() {
7311         try {
7312             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7313             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7314             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7315                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7316                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7317                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7318                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7319                                                               new NHXParser() );
7320             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7321             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7322             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7323                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7324                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7325                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7326                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7327                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7328                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7329                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7330                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7331                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7332                                                               new NHXParser() );
7333             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7334             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7335             while ( it.hasNext() ) {
7336                 final PhylogenyNode n = it.next();
7337                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7338                     return false;
7339                 }
7340             }
7341             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7342             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7343                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7344             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7345             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7346             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7347                 return false;
7348             }
7349             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7350                 return false;
7351             }
7352             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7356                 return false;
7357             }
7358             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7359                 return false;
7360             }
7361             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7362                 return false;
7363             }
7364             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7368                 return false;
7369             }
7370             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7371                 return false;
7372             }
7373             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7374                 return false;
7375             }
7376             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7377             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7378                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7379             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7380             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7381             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7382                 return false;
7383             }
7384             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7391                 return false;
7392             }
7393             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7394                 return false;
7395             }
7396             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7412             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7413             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7414             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7415                 return false;
7416             }
7417             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7418             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7419             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7420             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7421                 return false;
7422             }
7423             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7424             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7425             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7426             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7427                 return false;
7428             }
7429             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7430             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7431             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7432             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7433                 return false;
7434             }
7435         }
7436         catch ( final Exception e ) {
7437             e.printStackTrace( System.out );
7438             return false;
7439         }
7440         return true;
7441     }
7442
7443     private static boolean testSupportTransfer() {
7444         try {
7445             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7446             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7447                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7448             final Phylogeny p2 = factory
7449                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7450             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7451                 return false;
7452             }
7453             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7454                 return false;
7455             }
7456             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7457             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7458             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7459                 return false;
7460             }
7461             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7462                 return false;
7463             }
7464             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7465                 return false;
7466             }
7467             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7468                 return false;
7469             }
7470             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7471                 return false;
7472             }
7473             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7474                 return false;
7475             }
7476             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7477                 return false;
7478             }
7479             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7480                 return false;
7481             }
7482         }
7483         catch ( final Exception e ) {
7484             e.printStackTrace( System.out );
7485             return false;
7486         }
7487         return true;
7488     }
7489
7490     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7491         try {
7492             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7493                                                                                                  10 );
7494             if ( results.size() != 1 ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7504                 return false;
7505             }
7506             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7507                 return false;
7508             }
7509             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7510                 return false;
7511             }
7512             results = null;
7513             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7514             if ( results.size() != 1 ) {
7515                 return false;
7516             }
7517             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7518                 return false;
7519             }
7520             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7524                 return false;
7525             }
7526             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7530                 return false;
7531             }
7532             results = null;
7533             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7534             if ( results.size() != 1 ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7538                 return false;
7539             }
7540             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7541                 return false;
7542             }
7543             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7544                 return false;
7545             }
7546             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7547                 return false;
7548             }
7549             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7550                 return false;
7551             }
7552             results = null;
7553             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7554             if ( results.size() != 1 ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7579                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7580                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7581                 return false;
7582             }
7583         }
7584         catch ( final IOException e ) {
7585             System.out.println();
7586             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7587             e.printStackTrace( System.out );
7588             return true;
7589         }
7590         catch ( final Exception e ) {
7591             return false;
7592         }
7593         return true;
7594     }
7595
7596     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7597         //The format for GenBank Accession numbers are:
7598         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7599         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7600         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7601         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7602             return false;
7603         }
7604         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7605             return false;
7606         }
7607         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7608             return false;
7609         }
7610         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7611             return false;
7612         }
7613         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7614             return false;
7615         }
7616         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7617             return false;
7618         }
7619         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7620             return false;
7621         }
7622         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7623             return false;
7624         }
7625         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7626             return false;
7627         }
7628         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7629             return false;
7630         }
7631         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7632             return false;
7633         }
7634         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7635             return false;
7636         }
7637         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7638             return false;
7639         }
7640         return true;
7641     }
7642
7643     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7644         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7645             return false;
7646         }
7647         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7648             return false;
7649         }
7650         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7651             return false;
7652         }
7653         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7654             return false;
7655         }
7656         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7657             return false;
7658         }
7659         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7660             return false;
7661         }
7662         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7663             return false;
7664         }
7665         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7666             return false;
7667         }
7668         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7669             return false;
7670         }
7671         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7672             return false;
7673         }
7674         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7675             return false;
7676         }
7677         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7678             return false;
7679         }
7680         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7681             return false;
7682         }
7683         try {
7684             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7685             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7686                 return false;
7687             }
7688             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7689                 return false;
7690             }
7691             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7692                 return false;
7693             }
7694             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7695                 return false;
7696             }
7697             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7698                 return false;
7699             }
7700         }
7701         catch ( final IOException e ) {
7702             System.out.println();
7703             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7704             e.printStackTrace( System.out );
7705             return true;
7706         }
7707         catch ( final Exception e ) {
7708             return false;
7709         }
7710         return true;
7711     }
7712
7713     private static boolean testWabiTxSearch() {
7714         try {
7715             String result = "";
7716             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7717             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7718             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7719                 return false;
7720             }
7721             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7722             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7723                 return false;
7724             }
7725             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7726             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7730             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7734             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7738             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7739                 return false;
7740             }
7741             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7742             queries.add( "Campylobacter coli" );
7743             queries.add( "Escherichia coli" );
7744             queries.add( "Arabidopsis" );
7745             queries.add( "Trichoplax" );
7746             queries.add( "Samanea saman" );
7747             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7748             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7749             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7750             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7751             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7752             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7753             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7754             ranks.add( RANKS.GENUS );
7755             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7756             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7757             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7758             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7759         }
7760         catch ( final Exception e ) {
7761             System.out.println();
7762             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7763             e.printStackTrace( System.out );
7764             return false;
7765         }
7766         return true;
7767     }
7768
7769     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7770         try {
7771             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7772             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7773                 return false;
7774             }
7775             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7776                 return false;
7777             }
7778             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7785             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7786                 return false;
7787             }
7788             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7789             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7790                 return false;
7791             }
7792             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7793             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7794                 return false;
7795             }
7796         }
7797         catch ( final Exception e ) {
7798             e.printStackTrace();
7799             return false;
7800         }
7801         return true;
7802     }
7803
7804     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7805         try {
7806             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7807             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7811                 return false;
7812             }
7813             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7814             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7815                 return false;
7816             }
7817             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
7818                 return false;
7819             }
7820         }
7821         catch ( final Exception e ) {
7822             e.printStackTrace();
7823             return false;
7824         }
7825         return true;
7826     }
7827
7828     private static boolean testFastaParser() {
7829         try {
7830             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
7831                 return false;
7832             }
7833             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
7834                 return false;
7835             }
7836             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
7837             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
7838                 return false;
7839             }
7840             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
7841                 return false;
7842             }
7843             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
7844                 return false;
7845             }
7846             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
7847                 return false;
7848             }
7849             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
7850                 return false;
7851             }
7852             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
7853                 return false;
7854             }
7855         }
7856         catch ( final Exception e ) {
7857             e.printStackTrace();
7858             return false;
7859         }
7860         return true;
7861     }
7862
7863     private static boolean testGeneralMsaParser() {
7864         try {
7865             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
7866             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
7867             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
7868             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
7869             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
7870             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
7871             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
7872             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
7873             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7874                 return false;
7875             }
7876             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7877                 return false;
7878             }
7879             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7880                 return false;
7881             }
7882             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7883                 return false;
7884             }
7885             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7886                 return false;
7887             }
7888             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7889                 return false;
7890             }
7891             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7898                 return false;
7899             }
7900             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
7910             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
7920             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
7921                 return false;
7922             }
7923             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
7924                 return false;
7925             }
7926             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
7930             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7931                 return false;
7932             }
7933             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939         }
7940         catch ( final Exception e ) {
7941             e.printStackTrace();
7942             return false;
7943         }
7944         return true;
7945     }
7946
7947     private static boolean testMafft() {
7948         try {
7949             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
7950             opts.add( "--maxiterate" );
7951             opts.add( "1000" );
7952             opts.add( "--localpair" );
7953             opts.add( "--quiet" );
7954             Msa msa = null;
7955             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
7956             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
7957             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
7961                 return false;
7962             }
7963         }
7964         catch ( final Exception e ) {
7965             e.printStackTrace( System.out );
7966             return false;
7967         }
7968         return true;
7969     }
7970
7971     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
7972         try {
7973             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7974             PhylogenyNode n;
7975             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
7976             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
7977             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
7978             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
7979             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
7980             n = t0.getFirstExternalNode();
7981             while ( n != null ) {
7982                 ext.add( n );
7983                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
7984             }
7985             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
7986                 return false;
7987             }
7988             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
7992                 return false;
7993             }
7994             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
7998                 return false;
7999             }
8000             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8001                 return false;
8002             }
8003             ext.clear();
8004             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8005             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8006             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8007             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8008             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8009             n = t1.getNode( "ab" );
8010             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8011             while ( n != null ) {
8012                 ext.add( n );
8013                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8014             }
8015             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8025                 return false;
8026             }
8027             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8028                 return false;
8029             }
8030             //
8031             //
8032             ext.clear();
8033             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8034             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8035             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8036             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8037             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8038             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8039             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8040             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8041             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8042             n = t2.getNode( "ab" );
8043             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8044             while ( n != null ) {
8045                 ext.add( n );
8046                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8047             }
8048             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8055                 return false;
8056             }
8057             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8058                 return false;
8059             }
8060             //
8061             //
8062             ext.clear();
8063             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8064             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8065             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8066             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8067             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8068             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8069             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8070             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8071             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8072             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8073             n = t3.getNode( "ab" );
8074             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8075             while ( n != null ) {
8076                 ext.add( n );
8077                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8078             }
8079             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8080                 return false;
8081             }
8082             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8083                 return false;
8084             }
8085             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8086                 return false;
8087             }
8088             //
8089             //
8090             ext.clear();
8091             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8092             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8093             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8094             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8095             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8096             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8097             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8098             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8099             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8100             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8101             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8102             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8103             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8104                 return false;
8105             }
8106             //
8107             //
8108             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8109             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8110             ext.clear();
8111             n = t5.getFirstExternalNode();
8112             while ( n != null ) {
8113                 ext.add( n );
8114                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8115             }
8116             if ( ext.size() != 8 ) {
8117                 return false;
8118             }
8119             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8126                 return false;
8127             }
8128             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8132                 return false;
8133             }
8134             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8135                 return false;
8136             }
8137             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8138                 return false;
8139             }
8140             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             //
8144             //
8145             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8146             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8147             ext.clear();
8148             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8149             n = t6.getNode( "ab" );
8150             while ( n != null ) {
8151                 ext.add( n );
8152                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8153             }
8154             if ( ext.size() != 7 ) {
8155                 return false;
8156             }
8157             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8158                 return false;
8159             }
8160             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8161                 return false;
8162             }
8163             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8164                 return false;
8165             }
8166             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8167                 return false;
8168             }
8169             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8170                 return false;
8171             }
8172             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8173                 return false;
8174             }
8175             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             //
8179             //
8180             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8181             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8182             ext.clear();
8183             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8184             n = t7.getNode( "a" );
8185             while ( n != null ) {
8186                 ext.add( n );
8187                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8188             }
8189             if ( ext.size() != 7 ) {
8190                 return false;
8191             }
8192             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8193                 return false;
8194             }
8195             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8199                 return false;
8200             }
8201             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8202                 return false;
8203             }
8204             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8205                 return false;
8206             }
8207             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8208                 return false;
8209             }
8210             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8211                 return false;
8212             }
8213             //
8214             //
8215             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8216             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8217             ext.clear();
8218             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8219             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8220             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8221             n = t8.getNode( "a" );
8222             while ( n != null ) {
8223                 ext.add( n );
8224                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8225             }
8226             if ( ext.size() != 7 ) {
8227                 return false;
8228             }
8229             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8230                 return false;
8231             }
8232             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8233                 return false;
8234             }
8235             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8236                 System.out.println( "2 fail" );
8237                 return false;
8238             }
8239             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8240                 return false;
8241             }
8242             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8243                 return false;
8244             }
8245             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8246                 return false;
8247             }
8248             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8249                 return false;
8250             }
8251             //
8252             //
8253             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8254             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8255             ext.clear();
8256             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8257             n = t9.getNode( "a" );
8258             while ( n != null ) {
8259                 ext.add( n );
8260                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8261             }
8262             if ( ext.size() != 7 ) {
8263                 return false;
8264             }
8265             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8266                 return false;
8267             }
8268             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8269                 return false;
8270             }
8271             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8272                 return false;
8273             }
8274             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8275                 return false;
8276             }
8277             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             //
8287             //
8288             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8289             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8290             ext.clear();
8291             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8292             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8293             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8294             n = t10.getNode( "a" );
8295             while ( n != null ) {
8296                 ext.add( n );
8297                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8298             }
8299             if ( ext.size() != 7 ) {
8300                 return false;
8301             }
8302             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8303                 return false;
8304             }
8305             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8306                 return false;
8307             }
8308             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8309                 return false;
8310             }
8311             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8312                 return false;
8313             }
8314             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8315                 return false;
8316             }
8317             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8318                 return false;
8319             }
8320             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8321                 return false;
8322             }
8323             //
8324             //
8325             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8326             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8327             ext.clear();
8328             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8329             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8330             n = t11.getNode( "a" );
8331             while ( n != null ) {
8332                 ext.add( n );
8333                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8334             }
8335             if ( ext.size() != 6 ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8345                 return false;
8346             }
8347             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8348                 return false;
8349             }
8350             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8354                 return false;
8355             }
8356             //
8357             //
8358             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8359             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8360             ext.clear();
8361             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8362             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8363             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8364             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8365             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8366             n = t12.getNode( "a" );
8367             while ( n != null ) {
8368                 ext.add( n );
8369                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8370             }
8371             if ( ext.size() != 6 ) {
8372                 return false;
8373             }
8374             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8375                 return false;
8376             }
8377             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8378                 return false;
8379             }
8380             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8381                 return false;
8382             }
8383             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8387                 return false;
8388             }
8389             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             //
8393             //
8394             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8395             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8396             ext.clear();
8397             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8398             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8399             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8400             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8401             n = t13.getNode( "ab" );
8402             while ( n != null ) {
8403                 ext.add( n );
8404                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8405             }
8406             if ( ext.size() != 5 ) {
8407                 return false;
8408             }
8409             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8410                 return false;
8411             }
8412             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8413                 return false;
8414             }
8415             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8416                 return false;
8417             }
8418             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8419                 return false;
8420             }
8421             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8422                 return false;
8423             }
8424             //
8425             //
8426             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8427             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8428             ext.clear();
8429             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8430             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8431             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8432             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8433             n = t14.getNode( "ab" );
8434             while ( n != null ) {
8435                 ext.add( n );
8436                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8437             }
8438             if ( ext.size() != 5 ) {
8439                 return false;
8440             }
8441             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8442                 return false;
8443             }
8444             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8445                 return false;
8446             }
8447             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8448                 return false;
8449             }
8450             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8451                 return false;
8452             }
8453             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8454                 return false;
8455             }
8456             //
8457             //
8458             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8459             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8460             ext.clear();
8461             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8462             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8463             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8464             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8465             n = t15.getNode( "ab" );
8466             while ( n != null ) {
8467                 ext.add( n );
8468                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8469             }
8470             if ( ext.size() != 6 ) {
8471                 return false;
8472             }
8473             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8474                 return false;
8475             }
8476             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8477                 return false;
8478             }
8479             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8480                 return false;
8481             }
8482             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8483                 return false;
8484             }
8485             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8486                 return false;
8487             }
8488             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8489                 return false;
8490             }
8491             //
8492             //
8493             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8494             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8495             ext.clear();
8496             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8497             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8498             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8499             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8500             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8501             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8502             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8503             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8504             n = t16.getNode( "ab" );
8505             while ( n != null ) {
8506                 ext.add( n );
8507                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8508             }
8509             if ( ext.size() != 4 ) {
8510                 return false;
8511             }
8512             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524         }
8525         catch ( final Exception e ) {
8526             e.printStackTrace( System.out );
8527             return false;
8528         }
8529         return true;
8530     }
8531
8532     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8533         try {
8534             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8535             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABBXEFGHIJ" );
8536             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXCXEFGHIJ" );
8537             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXDDEFGHIJ" );
8538             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8539             l.add( s0 );
8540             l.add( s1 );
8541             l.add( s2 );
8542             l.add( s3 );
8543             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8544             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8545                 return false;
8546             }
8547             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8548                 return false;
8549             }
8550             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8551                 return false;
8552             }
8553             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8554                 return false;
8555             }
8556         }
8557         catch ( final Exception e ) {
8558             e.printStackTrace( System.out );
8559             return false;
8560         }
8561         return true;
8562     }
8563
8564     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8565         try {
8566             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8567             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8568                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8569                 if ( id != null ) {
8570                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8571                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8572                 }
8573                 return false;
8574             }
8575             //
8576             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8577             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8578                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8579                 if ( id != null ) {
8580                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8581                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8582                 }
8583                 return false;
8584             }
8585             //
8586             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8587             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8588                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8589                 if ( id != null ) {
8590                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8591                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8592                 }
8593                 return false;
8594             }
8595             //
8596             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8597             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8598                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8599                 if ( id != null ) {
8600                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8601                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8602                 }
8603                 return false;
8604             }
8605             //
8606             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8607             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8608                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8609                 if ( id != null ) {
8610                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8611                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8612                 }
8613                 return false;
8614             }
8615             //
8616             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8617             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8618                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8619                 if ( id != null ) {
8620                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8621                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8622                 }
8623                 return false;
8624             }
8625             //
8626             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8627             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8628                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8629                 if ( id != null ) {
8630                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8631                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8632                 }
8633                 return false;
8634             }
8635             //
8636             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8637             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8638                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8639                 if ( id != null ) {
8640                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8641                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8642                 }
8643                 return false;
8644             }
8645             //
8646             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8647             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8648                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8649                 if ( id != null ) {
8650                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8651                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8652                 }
8653                 return false;
8654             }
8655             //
8656             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8657             if ( id != null ) {
8658                 return false;
8659             }
8660             // lcl_91970_unknown_
8661         }
8662         catch ( final Exception e ) {
8663             e.printStackTrace( System.out );
8664             return false;
8665         }
8666         return true;
8667     }
8668 }