forester/java/src/org/forester/test/examples/Example1.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2011 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2011 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.test.examples;
  28
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.IOException;
  31
  32 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  33 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  34 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  35 import org.forester.util.ForesterUtil;
  36
  37 public class Example1 {
  38
  39     public static void main( final String[] args ) {
  40         // Reading-in of (a) tree(s) from a file.
  41         final File treefile = new File( "/home/czmasek/tol_117_TEST.xml" );
  42         PhylogenyParser parser = null;
  43         try {
  44             parser = ForesterUtil.createParserDependingOnFileType( treefile, true );
  45         }
  46         catch ( final IOException e ) {
  47             e.printStackTrace();
  48         }
  49         Phylogeny[] phys = null;
  50         try {
  51             phys = ForesterUtil.readPhylogenies( parser, treefile );
  52         }
  53         catch ( final IOException e ) {
  54             e.printStackTrace();
  55         }
  56         // Display of the tree(s) with Archaeopteryx.
  57         Archaeopteryx.createApplication( phys );
  58     }
  59 }