forester/java/src/org/forester/test/examples/Example1.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2011 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2011 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.test.examples;
  28
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.IOException;
  31
  32 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  33 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  34 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  35 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  36 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  37
  38 public class Example1 {
  39
  40     public static void main( final String[] args ) {
  41         // Reading-in of (a) tree(s) from a file.
  42         final File treefile = new File( "/home/czmasek/tol_117_TEST.xml" );
  43         PhylogenyParser parser = null;
  44         try {
  45             parser = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( treefile, true );
  46         }
  47         catch ( final IOException e ) {
  48             e.printStackTrace();
  49         }
  50         Phylogeny[] phys = null;
  51         try {
  52             phys = PhylogenyMethods.readPhylogenies( parser, treefile );
  53         }
  54         catch ( final IOException e ) {
  55             e.printStackTrace();
  56         }
  57         // Display of the tree(s) with Archaeopteryx.
  58         Archaeopteryx.createApplication( phys );
  59     }
  60 }