forester/java/src/org/forester/test/examples/Example3.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2011 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2011 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.test.examples;
  28
  29 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  30 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  31 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  32
  33 public class Example3 {
  34
  35     public static void main( final String[] args ) {
  36         // Creating a new rooted tree with four external nodes.
  37         final Phylogeny phy = new Phylogeny();
  38         final PhylogenyNode root = new PhylogenyNode();
  39         final PhylogenyNode d1 = new PhylogenyNode();
  40         final PhylogenyNode d2 = new PhylogenyNode();
  41         final PhylogenyNode d11 = new PhylogenyNode();
  42         final PhylogenyNode d12 = new PhylogenyNode();
  43         root.setName( "root" );
  44         d1.setName( "1" );
  45         d2.setName( "2" );
  46         d11.setName( "1-1" );
  47         d12.setName( "1-2" );
  48         root.addAsChild( d1 );
  49         root.addAsChild( d2 );
  50         d2.addAsChild( d11 );
  51         d2.addAsChild( d12 );
  52         phy.setRoot( root );
  53         phy.setRooted( true );
  54         // Using a variety of iterators to visit the nodes of the newly created tree.
  55         System.out.println( "post-order:" );
  56         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
  57             System.out.println( it.next().getName() );
  58         }
  59         System.out.println( "pre-order:" );
  60         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
  61             System.out.println( it.next().getName() );
  62         }
  63         System.out.println( "level-order:" );
  64         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorLevelOrder(); it.hasNext(); ) {
  65             System.out.println( it.next().getName() );
  66         }
  67         System.out.println( "external nodes only:" );
  68         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
  69             System.out.println( it.next().getName() );
  70         }
  71     }
  72 }