forester/java/src/org/forester/test/examples/Example4.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2011 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2011 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.test.examples;
  28
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.IOException;
  31
  32 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  33 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  34 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  35 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  36 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 public class Example4 {
  40
  41     public static void main( final String[] args ) {
  42         // Reading-in of (a) tree(s) from a file.
  43         final File treefile = new File( "/home/czmasek/tol_117_TEST.xml" );
  44         PhylogenyParser parser = null;
  45         try {
  46             parser = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( treefile, true );
  47         }
  48         catch ( final IOException e ) {
  49             e.printStackTrace();
  50         }
  51         Phylogeny[] phys = null;
  52         try {
  53             phys = PhylogenyMethods.readPhylogenies( parser, treefile );
  54         }
  55         catch ( final IOException e ) {
  56             e.printStackTrace();
  57         }
  58         // Writing trees to a file.
  59         final File outfile = new File( "/home/czmasek/tol_117_TEST_out.xml" );
  60         try {
  61             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
  62             writer.toPhyloXML( phys, 0, outfile, ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  63         }
  64         catch ( final Exception e ) {
  65             e.printStackTrace();
  66         }
  67     }
  68 }