forester/java/src/org/forester/test/examples/Example5.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2011 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2011 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.test.examples;
  28
  29 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  30 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  31 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  32 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  33 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  34 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  35
  36 public class Example5 {
  37
  38     public static void main( final String[] args ) {
  39         // Creating a new rooted tree with two external nodes.
  40         final Phylogeny phy = new Phylogeny();
  41         final PhylogenyNode root = new PhylogenyNode();
  42         final PhylogenyNode d1 = new PhylogenyNode();
  43         final PhylogenyNode d2 = new PhylogenyNode();
  44         // Setting of distances.
  45         d1.setDistanceToParent( 1.2 );
  46         d2.setDistanceToParent( 2.4 );
  47         // Adding species information.
  48         final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
  49         t1.setScientificName( "Nematostella vectensis" );
  50         d1.getNodeData().addTaxonomy( t1 );
  51         final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
  52         t2.setScientificName( "Monosiga brevicollis" );
  53         d2.getNodeData().addTaxonomy( t2 );
  54         // Adding gene names.
  55         final Sequence s1 = new Sequence();
  56         s1.setName( "Bcl-2" );
  57         d1.getNodeData().addSequence( s1 );
  58         final Sequence s2 = new Sequence();
  59         s2.setName( "Bcl-2" );
  60         d2.getNodeData().addSequence( s2 );
  61         // Root is a speciation.
  62         final Event ev = new Event();
  63         ev.setSpeciations( 1 );
  64         ev.setDuplications( 0 );
  65         root.getNodeData().setEvent( ev );
  66         // Putting the tree together.
  67         root.addAsChild( d1 );
  68         root.addAsChild( d2 );
  69         phy.setRoot( root );
  70         phy.setRooted( true );
  71         // Displaying the newly created tree with Archaeopteryx.
  72         Archaeopteryx.createApplication( phy );
  73     }
  74 }