forester/java/src/org/forester/util/ExternalProgram.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.util;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.io.InputStream;
  31 import java.io.OutputStream;
  32
  33 public class ExternalProgram {
  34
  35     public static boolean isExecuteableFile( final File path_to_cmd_f ) {
  36         if ( !path_to_cmd_f.exists() ) {
  37             return false;
  38         }
  39         else if ( path_to_cmd_f.isDirectory() ) {
  40             return false;
  41         }
  42         else if ( !path_to_cmd_f.canExecute() ) {
  43             return false;
  44         }
  45         return true;
  46     }
  47     private Process      _process;
  48     private final String _path_to_cmd;
  49
  50     public ExternalProgram( final String path_to_cmd ) {
  51         final File path_to_cmd_f = new File( path_to_cmd );
  52         checkCmdFile( path_to_cmd_f );
  53         _path_to_cmd = path_to_cmd_f.getAbsolutePath();
  54     }
  55
  56     private void checkCmdFile( final File path_to_cmd_f ) {
  57         if ( !path_to_cmd_f.exists() ) {
  58             throw new IllegalArgumentException( "[" + path_to_cmd_f.getAbsolutePath() + "] does not exist" );
  59         }
  60         else if ( path_to_cmd_f.isDirectory() ) {
  61             throw new IllegalArgumentException( "[" + path_to_cmd_f.getAbsolutePath() + "] is a directory" );
  62         }
  63         else if ( !path_to_cmd_f.canExecute() ) {
  64             throw new IllegalArgumentException( "[" + path_to_cmd_f.getAbsolutePath() + "] is not executeable" );
  65         }
  66     }
  67
  68     public InputStream getErrorStream() {
  69         return getProcess().getErrorStream();
  70     }
  71
  72     public InputStream getInputStream() {
  73         return getProcess().getInputStream();
  74     }
  75
  76     public OutputStream getOutputStream() {
  77         return getProcess().getOutputStream();
  78     }
  79
  80     private String getPathToCmd() {
  81         return _path_to_cmd;
  82     }
  83
  84     private Process getProcess() {
  85         return _process;
  86     }
  87
  88     public Process launch( final String[] opts ) throws IOException, InterruptedException {
  89         String[] cmd;
  90         if ( ( opts == null ) || ( opts.length < 1 ) ) {
  91             cmd = new String[ 1 ];
  92         }
  93         else {
  94             cmd = new String[ opts.length + 1 ];
  95             for( int i = 0; i < opts.length; i++ ) {
  96                 cmd[ i + 1 ] = opts[ i ];
  97             }
  98         }
  99         cmd[ 0 ] = getPathToCmd();
 100         System.out.println();
 101         for( final String element : cmd ) {
 102             System.out.print( element + " " );
 103         }
 104         System.out.println();
 105         setProcess( Runtime.getRuntime().exec( cmd ) );
 106         return getProcess();
 107     }
 108
 109     private void setProcess( final Process process ) {
 110         _process = process;
 111     }
 112
 113     public int waitFor() {
 114         try {
 115             return getProcess().waitFor();
 116         }
 117         catch ( final InterruptedException e ) {
 118             // TODO Auto-generated catch block
 119             getProcess().destroy();
 120             e.printStackTrace();
 121             return -1;
 122         }
 123     }
 124 }