2 package org.forester.util;
4 import java.util.HashMap;
7 public final class TaxonomyUtil {
9 public static String getTaxGroupByTaxCode( final String code ) {
10 return _default_taxcode_taxgroup_map.get( code );
13 public static int getTaxIdFromFakeTaxCode( final String code ) {
14 return FAKE_CODE_TO_ID_MAP.get( code );
17 public static boolean isHasTaxIdFromFakeTaxCode( final String code ) {
18 return FAKE_CODE_TO_ID_MAP.containsKey( code );
20 private final static Map<String, String> _default_taxcode_taxgroup_map = new HashMap<String, String>();
22 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HUMAN", "deuterostomia" );
23 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HOMSA", "deuterostomia" );
24 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PANTR", "deuterostomia" );
25 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GORGO", "deuterostomia" );
26 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PONAB", "deuterostomia" );
27 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NOMLE", "deuterostomia" );
28 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MACMU", "deuterostomia" );
29 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PAPHA", "deuterostomia" );
30 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CALJA", "deuterostomia" );
31 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TARSY", "deuterostomia" );
32 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MICMU", "deuterostomia" );
33 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "OTOGA", "deuterostomia" );
34 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TUPBE", "deuterostomia" );
35 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MOUSE", "deuterostomia" );
36 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RAT", "deuterostomia" );
37 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MESAU", "deuterostomia" );
38 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DIPOR", "deuterostomia" );
39 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAVPO", "deuterostomia" );
40 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HETGA", "deuterostomia" );
41 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SPETR", "deuterostomia" );
42 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "OCHPR", "deuterostomia" );
43 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RABIT", "deuterostomia" );
44 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BOVIN", "deuterostomia" );
45 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SHEEP", "deuterostomia" );
46 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BALMU", "deuterostomia" );
47 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TURTR", "deuterostomia" );
48 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PIG", "deuterostomia" );
49 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LAMPA", "deuterostomia" );
50 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HORSE", "deuterostomia" );
51 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MYOLU", "deuterostomia" );
52 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PTEVA", "deuterostomia" );
53 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AILME", "deuterostomia" );
54 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CANFA", "deuterostomia" );
55 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FELCA", "deuterostomia" );
56 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ERIEU", "deuterostomia" );
57 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SORAR", "deuterostomia" );
58 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LOXAF", "deuterostomia" );
59 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PROCA", "deuterostomia" );
60 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ECHTE", "deuterostomia" );
61 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHOHO", "deuterostomia" );
62 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DASNO", "deuterostomia" );
63 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MACEU", "deuterostomia" );
64 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SARHA", "deuterostomia" );
65 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MONDO", "deuterostomia" );
66 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ORNAN", "deuterostomia" );
67 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHICK", "deuterostomia" );
68 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MELGA", "deuterostomia" );
69 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ANAPL", "deuterostomia" );
70 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TAEGU", "deuterostomia" );
71 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ALLMI", "deuterostomia" );
72 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PELSI", "deuterostomia" );
73 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ANOCA", "deuterostomia" );
74 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "XENLA", "deuterostomia" );
75 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "XENTR", "deuterostomia" );
76 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LATCH", "deuterostomia" );
77 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ORYLA", "deuterostomia" );
78 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "XIPMA", "deuterostomia" );
79 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GASAC", "deuterostomia" );
80 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TAKRU", "deuterostomia" );
81 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TETNG", "deuterostomia" );
82 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ORENI", "deuterostomia" );
83 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GADMO", "deuterostomia" );
84 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DANRE", "deuterostomia" );
85 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CALMI", "deuterostomia" );
86 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PETMA", "deuterostomia" );
87 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CIOIN", "deuterostomia" );
88 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CIOSA", "deuterostomia" );
89 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "OIKDI", "deuterostomia" );
90 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BRAFL", "deuterostomia" );
91 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SACKO", "deuterostomia" );
92 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "STRPU", "deuterostomia" );
93 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FICAL", "deuterostomia" );
94 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "OPHHA", "deuterostomia" );
95 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYTBI", "deuterostomia" );
96 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LYTVA", "deuterostomia" );
97 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PATMI", "deuterostomia" );
98 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROSE", "protostomia" );
99 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROSI", "protostomia" );
100 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROME", "protostomia" );
101 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROYA", "protostomia" );
102 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROER", "protostomia" );
103 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROAN", "protostomia" );
104 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROPE", "protostomia" );
105 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROPS", "protostomia" );
106 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROWI", "protostomia" );
107 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROMO", "protostomia" );
108 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROVI", "protostomia" );
109 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROGR", "protostomia" );
110 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AEDAE", "protostomia" );
111 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ANOGA", "protostomia" );
112 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CULPI", "protostomia" );
113 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BOMMO", "protostomia" );
114 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DANPL", "protostomia" );
115 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ATTCE", "protostomia" );
116 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ACREC", "protostomia" );
117 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAMFO", "protostomia" );
118 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "APIME", "protostomia" );
119 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NASVI", "protostomia" );
120 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TRICA", "protostomia" );
121 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ACYPI", "protostomia" );
122 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RHOPR", "protostomia" );
123 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PEDHC", "protostomia" );
124 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ARTSF", "protostomia" );
125 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DAPPU", "protostomia" );
126 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HOMAM", "protostomia" );
127 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ANTGC", "protostomia" );
128 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NARAN", "protostomia" );
129 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SCUCO", "protostomia" );
130 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "STRMM", "protostomia" );
131 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "IXOSC", "protostomia" );
132 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TETUR", "protostomia" );
133 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MESMA", "protostomia" );
134 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LIMPO", "protostomia" );
135 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HYPDU", "protostomia" );
136 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAEBR", "protostomia" );
137 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAERE", "protostomia" );
138 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAEBE", "protostomia" );
139 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAEEL", "protostomia" );
140 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAEJA", "protostomia" );
141 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PRIPA", "protostomia" );
142 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BRUMA", "protostomia" );
143 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "WUCBA", "protostomia" );
144 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TRISP", "protostomia" );
145 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "APLCA", "protostomia" );
146 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LOTGI", "protostomia" );
147 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CRAGI", "protostomia" );
148 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PINFU", "protostomia" );
149 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CTEXX", "protostomia" );
150 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HELRO", "protostomia" );
151 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SCHMA", "protostomia" );
152 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CLOSI", "protostomia" );
153 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ECHMU", "protostomia" );
154 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SCHMD", "protostomia" );
155 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ACRDI", "cnidaria" );
156 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NEMVE", "cnidaria" );
157 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HMAXX", "cnidaria" );
158 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HYDMA", "cnidaria" ); //TODO
159 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TRIAD", "placozoa" );
160 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MNELE", "ctenophora" );
161 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AMPQE", "porifera" );
162 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AMPQU", "porifera" ); //TODO
163 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MONBE", "choanoflagellida" );
164 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SALS5", "choanoflagellida" );
165 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AMOPA", "ichthyophonida & filasterea" );
166 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SARXX", "ichthyophonida & filasterea" );
167 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SPHAR", "ichthyophonida & filasterea" ); //TODO
168 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAPO3", "ichthyophonida & filasterea" );
169 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAPOW", "ichthyophonida & filasterea" ); //TODO
170 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AALXX", "dikarya" );
171 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GIBZE", "dikarya" );
172 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HYPVG", "dikarya" );
173 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MAGGR", "dikarya" );
174 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THIHA", "dikarya" );
175 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THITE", "dikarya" );
176 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHAGB", "dikarya" );
177 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NEUCR", "dikarya" );
178 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BOTF4", "dikarya" );
179 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SCLS1", "dikarya" );
180 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PFIXX", "dikarya" );
181 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MYCGM", "dikarya" );
182 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MYCPJ", "dikarya" );
183 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MPSXX", "dikarya" );
184 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BCOXX", "dikarya" );
185 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "APPXX", "dikarya" );
186 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "APMXX", "dikarya" );
187 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "APSXX", "dikarya" );
188 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "COCSA", "dikarya" );
189 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SETTU", "dikarya" );
190 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYRTR", "dikarya" );
191 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHANO", "dikarya" );
192 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ASPFN", "dikarya" );
193 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ASPNC", "dikarya" );
194 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ASPCL", "dikarya" );
195 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "EMENI", "dikarya" );
196 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NEOFI", "dikarya" );
197 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "COCIM", "dikarya" );
198 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "UNCRE", "dikarya" );
199 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AJECG", "dikarya" );
200 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TUBMM", "dikarya" );
201 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NAUCC", "dikarya" );
202 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "YEAST", "dikarya" );
203 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "KLULA", "dikarya" );
204 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ASHGO", "dikarya" );
205 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CANAL", "dikarya" );
206 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CANTT", "dikarya" );
207 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DEBHA", "dikarya" );
208 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "YARLI", "dikarya" );
209 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SCHJY", "dikarya" );
210 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SCHOT", "dikarya" );
211 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SCHPO", "dikarya" );
212 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PNECA", "dikarya" );
213 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AGABU", "dikarya" );
214 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "COPC7", "dikarya" );
215 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LACBS", "dikarya" );
216 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LACBI", "dikarya" ); //TODO
217 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PLEOS", "dikarya" );
218 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CPUXX", "dikarya" );
219 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SERL9", "dikarya" );
220 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "JARXX", "dikarya" );
221 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GLOTR", "dikarya" );
222 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FPIXX", "dikarya" );
223 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PPLXX", "dikarya" );
224 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TRAVE", "dikarya" );
225 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "WOLCO", "dikarya" );
226 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CERSU", "dikarya" );
227 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DICSQ", "dikarya" );
228 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HETAN", "dikarya" );
229 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CRYNE", "dikarya" );
230 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TREME", "dikarya" );
231 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MALGO", "dikarya" );
232 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "USTMA", "dikarya" );
233 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MELLP", "dikarya" );
234 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PUCGR", "dikarya" );
235 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RHOGR", "dikarya" );
236 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SPORO", "dikarya" );
237 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "WALSC", "dikarya" );
238 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MUCCI", "other fungi" );
239 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHYBL", "other fungi" );
240 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RHIOR", "other fungi" );
241 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MVNXX", "other fungi" );
242 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CREXX", "other fungi" );
243 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ALLMA", "other fungi" );
244 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BATDJ", "other fungi" );
245 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SPIPN", "other fungi" );
246 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GONPR", "other fungi" );
247 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PIRSE", "other fungi" );
248 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ENCCU", "other fungi" );
249 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ENCHA", "other fungi" );
250 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "VITCO", "other fungi" );
251 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ENTBH", "other fungi" );
252 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TRAHO", "other fungi" );
253 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "VAVCU", "other fungi" );
254 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "EDHAE", "other fungi" );
255 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FALXX", "nucleariidae and fonticula group" );
256 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DICDI", "amoebozoa" );
257 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DICPU", "amoebozoa" );
258 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DICFS", "amoebozoa" );
259 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "POLPA", "amoebozoa" );
260 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ENTHI", "amoebozoa" );
261 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ENTDS", "amoebozoa" );
262 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FRAVE", "embryophyta" );
263 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PRUPE", "embryophyta" );
264 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CUCSA", "embryophyta" );
265 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SOYBN", "embryophyta" );
266 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MEDTR", "embryophyta" );
267 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MANES", "embryophyta" );
268 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RICCO", "embryophyta" );
269 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "POPTR", "embryophyta" );
270 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ARALY", "embryophyta" );
271 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ARATH", "embryophyta" );
272 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THEHA", "embryophyta" );
273 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CARPA", "embryophyta" );
274 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CCLXX", "embryophyta" );
275 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CITSI", "embryophyta" );
276 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "EUCGR", "embryophyta" );
277 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "VITVI", "embryophyta" );
278 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SOLLC", "embryophyta" );
279 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SOLPI", "embryophyta" );
280 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SOLTU", "embryophyta" );
281 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TOBAC", "embryophyta" );
282 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MIMGU", "embryophyta" );
283 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AQUCA", "embryophyta" );
284 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SORBI", "embryophyta" );
285 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MAIZE", "embryophyta" );
286 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PANVG", "embryophyta" );
287 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SETIT", "embryophyta" );
288 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ORYSA", "embryophyta" );
289 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ORYSJ", "embryophyta" );
290 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BRADI", "embryophyta" );
291 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HORVD", "embryophyta" );
292 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MUSAM", "embryophyta" );
293 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PICAB", "embryophyta" );
294 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SELML", "embryophyta" );
295 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHYPA", "embryophyta" );
296 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AMBTC", "embryophyta" );
297 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "OSTLU", "chlorophyta" );
298 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ORCXX", "chlorophyta" );
299 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "OSTTA", "chlorophyta" );
300 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MICPC", "chlorophyta" );
301 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MICSR", "chlorophyta" );
302 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ASCXX", "chlorophyta" );
303 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLVA", "chlorophyta" );
304 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CSUXX", "chlorophyta" );
305 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLRE", "chlorophyta" );
306 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "VOLCA", "chlorophyta" );
307 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CYAME", "rhodophyta" );
308 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GALSU", "rhodophyta" );
309 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHOCR", "rhodophyta" );
310 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CYAPA", "glaucocystophyceae" );
311 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "EMIHU", "hacrobia" );
312 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GUITH", "hacrobia" );
313 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PLACH", "alveolata" );
314 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PLAF7", "alveolata" );
315 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PLAYO", "alveolata" );
316 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PLAVS", "alveolata" );
317 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THEAN", "alveolata" );
318 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THEPA", "alveolata" );
319 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BABBO", "alveolata" );
320 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "EIMTE", "alveolata" );
321 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TOXGO", "alveolata" );
322 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CRYHO", "alveolata" );
323 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CRYPV", "alveolata" );
324 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CRYPI", "alveolata" );
325 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CRYCO", "alveolata" );
326 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THOHE", "alveolata" );
327 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PARTE", "alveolata" );
328 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TETTS", "alveolata" );
329 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "OTRXX", "alveolata" );
330 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BLEJA", "alveolata" );
331 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PERM5", "alveolata" );
332 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ICHMG", "alveolata" );
333 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FCYXX", "stramenopiles" );
334 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHATR", "stramenopiles" );
335 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THAPS", "stramenopiles" );
336 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THAOC", "stramenopiles" );
337 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AURAN", "stramenopiles" );
338 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ECTSI", "stramenopiles" );
339 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHYIN", "stramenopiles" );
340 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHYRM", "stramenopiles" );
341 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHYSO", "stramenopiles" );
342 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHYCI", "stramenopiles" );
343 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHYCP", "stramenopiles" );
344 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HYAAE", "stramenopiles" );
345 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYTUL", "stramenopiles" );
346 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AKEXX", "stramenopiles" );
347 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SAGXX", "stramenopiles" );
348 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ALIXX", "stramenopiles" );
349 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BLAHO", "stramenopiles" );
350 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BIGNA", "rhizaria" );
351 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TRYB2", "excavata" );
352 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TRYCR", "excavata" );
353 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LEIMA", "excavata" );
354 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LEIIN", "excavata" );
355 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LEIBR", "excavata" );
356 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BODSA", "excavata" );
357 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NAEGR", "excavata" );
358 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GIAIC", "excavata" );
359 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GIALA", "excavata" ); //TODO
360 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TRIVA", "excavata" );
361 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TTRXX", "apusozoa" );
362 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THETR", "apusozoa" ); //TODO //FIXME
363 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METAC", "archaea" );
364 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METBF", "archaea" );
365 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METMA", "archaea" );
366 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METBU", "archaea" );
367 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METB6", "archaea" );
368 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METHU", "archaea" );
369 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METMJ", "archaea" );
370 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METLZ", "archaea" );
371 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METTP", "archaea" );
372 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HALMA", "archaea" );
373 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NATPH", "archaea" );
374 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HALS3", "archaea" );
375 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HALSP", "archaea" );
376 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HALWD", "archaea" );
377 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ARCFU", "archaea" );
378 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METJA", "archaea" );
379 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "META3", "archaea" );
380 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METMP", "archaea" );
381 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METVS", "archaea" );
382 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METS3", "archaea" );
383 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METST", "archaea" );
384 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METTH", "archaea" );
385 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METKA", "archaea" );
386 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYRFU", "archaea" );
387 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYRKO", "archaea" );
388 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYRAB", "archaea" );
389 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYRHO", "archaea" );
390 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THEON", "archaea" );
391 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NANEQ", "archaea" );
392 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NITMS", "archaea" );
393 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THEAC", "archaea" );
394 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THEVO", "archaea" );
395 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PICTO", "archaea" );
396 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYRAR", "archaea" );
397 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYRCJ", "archaea" );
398 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYRAE", "archaea" );
399 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYRIL", "archaea" );
400 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THENV", "archaea" );
401 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CALMQ", "archaea" );
402 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SULAC", "archaea" );
403 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SULTO", "archaea" );
404 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SULSO", "archaea" );
405 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METS5", "archaea" );
406 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AERPE", "archaea" );
407 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "STAMF", "archaea" );
408 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THEPD", "archaea" );
409 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HYPBU", "archaea" );
410 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "IGNH4", "archaea" );
411 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "KORCO", "archaea" );
412 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ECOLI", "bacteria" );
413 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ECO57", "bacteria" );
414 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SHIFL", "bacteria" );
415 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SALTY", "bacteria" );
416 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "YERPE", "bacteria" );
417 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHOLU", "bacteria" );
418 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHOPR", "bacteria" );
419 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "VIBCH", "bacteria" );
420 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SHEDO", "bacteria" );
421 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PSEF5", "bacteria" );
422 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PSEPF", "bacteria" );
423 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PSEAE", "bacteria" );
424 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHRSD", "bacteria" );
425 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DECAR", "bacteria" );
426 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RALME", "bacteria" );
427 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NITEU", "bacteria" );
428 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NITMU", "bacteria" );
429 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THIDE", "bacteria" );
430 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ALHEH", "bacteria" );
431 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HALHL", "bacteria" );
432 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NITOC", "bacteria" );
433 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THICR", "bacteria" );
434 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "IDILO", "bacteria" );
435 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LEGPN", "bacteria" );
436 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "XANAC", "bacteria" );
437 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "XYLFT", "bacteria" );
438 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AGRT5", "bacteria" );
439 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RHIEC", "bacteria" );
440 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BRAJA", "bacteria" );
441 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RHOPT", "bacteria" );
442 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RHOS1", "bacteria" );
443 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ROSDO", "bacteria" );
444 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAUCR", "bacteria" );
445 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ACICY", "bacteria" );
446 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RHORU", "bacteria" );
447 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HAEIN", "bacteria" );
448 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PASMU", "bacteria" );
449 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NEIME", "bacteria" );
450 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ACIFE", "bacteria" );
451 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DESPS", "bacteria" );
452 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DESDE", "bacteria" );
453 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SYNAS", "bacteria" );
454 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GEOME", "bacteria" );
455 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GEOSL", "bacteria" );
456 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ANADE", "bacteria" );
457 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MYXXA", "bacteria" );
458 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ACIBL", "bacteria" );
459 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SOLUS", "bacteria" );
460 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RHOBA", "bacteria" );
461 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "KINRD", "bacteria" );
462 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "KOCRD", "bacteria" );
463 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MICPN", "bacteria" );
464 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "STRCO", "bacteria" );
465 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THEFY", "bacteria" );
466 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MYCLE", "bacteria" );
467 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MYCTU", "bacteria" );
468 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CORJK", "bacteria" );
469 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RHOOB", "bacteria" );
470 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RUBXD", "bacteria" );
471 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLAU", "bacteria" );
472 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ROSCS", "bacteria" );
473 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HERAU", "bacteria" );
474 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SPHTD", "bacteria" );
475 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DEIGD", "bacteria" );
476 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DEIRA", "bacteria" );
477 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THET8", "bacteria" );
478 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ANAVT", "bacteria" );
479 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NOSS7", "bacteria" );
480 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NOSP7", "bacteria" );
481 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ACAM1", "bacteria" );
482 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MICAN", "bacteria" );
483 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TRIER", "bacteria" );
484 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SYNEL", "bacteria" );
485 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SYNY3", "bacteria" );
486 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GLOVI", "bacteria" );
487 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PROMA", "bacteria" );
488 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PROMP", "bacteria" );
489 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PROMM", "bacteria" );
490 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SYNS3", "bacteria" );
491 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLPB", "bacteria" );
492 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PROAE", "bacteria" );
493 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PELLU", "bacteria" );
494 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PROVI", "bacteria" );
495 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLP8", "bacteria" );
496 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLTE", "bacteria" );
497 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLCH", "bacteria" );
498 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLTA", "bacteria" );
499 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FLAJO", "bacteria" );
500 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GRAFK", "bacteria" );
501 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CYTH3", "bacteria" );
502 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BACFR", "bacteria" );
503 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BACTN", "bacteria" );
504 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PORGI", "bacteria" );
505 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SALRD", "bacteria" );
506 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AKKM8", "bacteria" );
507 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "METI4", "bacteria" );
508 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LEPIC", "bacteria" );
509 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BACAN", "bacteria" );
510 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BACC3", "bacteria" );
511 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BACSU", "bacteria" );
512 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BACHD", "bacteria" );
513 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "GEOKA", "bacteria" );
514 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LISMO", "bacteria" );
515 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "STAAU", "bacteria" );
516 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CLOP1", "bacteria" );
517 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CARHZ", "bacteria" );
518 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THETN", "bacteria" );
519 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DESHA", "bacteria" );
520 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "EUBR3", "bacteria" );
521 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FERNB", "bacteria" );
522 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THELT", "bacteria" );
523 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "THEMA", "bacteria" );
524 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MYCGE", "bacteria" );
525 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MYCPN", "bacteria" );
526 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "MESFL", "bacteria" );
527 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "UREPA", "bacteria" );
528 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BORBU", "bacteria" );
529 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "TREPA", "bacteria" );
530 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLPN", "bacteria" );
531 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLFF", "bacteria" );
532 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CHLMU", "bacteria" );
533 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RICTY", "bacteria" );
534 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BARHE", "bacteria" );
535 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PELUB", "bacteria" );
536 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RICB8", "bacteria" );
537 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "RICRO", "bacteria" );
538 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FRATU", "bacteria" );
539 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "STRPN", "bacteria" );
540 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "STRPY", "bacteria" );
541 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LACLA", "bacteria" );
542 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LACAC", "bacteria" );
543 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "BIFLO", "bacteria" );
544 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FUSNU", "bacteria" );
545 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DEHE1", "bacteria" );
546 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "DEHSB", "bacteria" );
547 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "NITSB", "bacteria" );
548 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "SULNB", "bacteria" );
549 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "CAMJE", "bacteria" );
550 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "HELPH", "bacteria" );
551 _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AQUAE", "bacteria" );
553 private final static Map<String, Integer> FAKE_CODE_TO_ID_MAP = new HashMap<String, Integer>();
555 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CTEXX", 283909 );
556 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "HMAXX", 6085 );
557 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "SARXX", 72019 );
558 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "AALXX", 398408 );
559 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "PFIXX", 83344 );
560 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "MPSXX", 692275 );
561 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "BCOXX", 430998 );
562 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "APPXX", 178873 );
563 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "APMXX", 46634 );
564 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "APSXX", 1042127 );
565 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CPUXX", 80637 );
566 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "JARXX", 202697 );
567 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "FPIXX", 40483 );
568 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "PPLXX", 104341 );
569 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "MVNXX", 1069443 );
570 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CREXX", 61392 );
571 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "FALXX", 691883 );
572 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CCLXX", 85681 );
573 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "ORCXX", 385169 );
574 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "ASCXX", 763042 );
575 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CSUXX", 574566 );
576 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "OTRXX", 1172189 );
577 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "FCYXX", 186039 );
578 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "AKEXX", 702273 );
579 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "SAGXX", 876976 );
580 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "ALIXX", 87102 );
581 FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "TTRXX", 529818 );