forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.forester.util.ForesterUtil;
  31
  32 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  33
  34     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
  35     private String _pa;
  36     private String _de;
  37     private String _os;
  38     private String _tax_id;
  39     private String _symbol;
  40     private String _provider;
  41
  42     private EbiDbEntry() {
  43     }
  44
  45     @Override
  46     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  47         throw new CloneNotSupportedException();
  48     }
  49
  50
  51     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainTextForRefSeq( final List<String> lines ) {
  52         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  53         for( final String line : lines ) {
  54           //  System.out.println( "-" + line );
  55             if ( line.startsWith( "ACCESSION" ) ) {
  56                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "ACCESSION" ) );
  57             }
  58             else if ( line.startsWith( "DEFINITION" ) ) {
  59                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
  60                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION", "[" ) );
  61                 }
  62                 else {
  63                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION" ) );
  64                 }
  65
  66
  67             }
  68
  69             else if ( line.startsWith( "SOURCE" ) ) {
  70                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  71                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE", "(" ) );
  72                 }
  73                 else {
  74                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE" ) );
  75                 }
  76             }
  77
  78         }
  79         return e;
  80     }
  81
  82
  83
  84     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  85         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  86         for( final String line : lines ) {
  87
  88             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  89                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "PA" ) );
  90             }
  91             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  92                 // if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  93                 e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DE" ) );
  94                 //}
  95             }
  96             //  else if ( line.startsWith( "GN" ) ) {
  97             //      if ( ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) ) {
  98             //          e.setSymbol( extract( line, "Name=", ";" ) );
  99             //      }
 100             //  }
 101             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
 102                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 103                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
 104                 }
 105                 else {
 106                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS" ) );
 107                 }
 108             }
 109             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
 110                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
 111                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
 112                 }
 113             }
 114         }
 115         return e;
 116     }
 117
 118     @Override
 119     public String getAccession() {
 120         return _pa;
 121     }
 122
 123     private void setPA( final String pa ) {
 124         if ( _pa == null ) {
 125             _pa = pa;
 126         }
 127     }
 128
 129     @Override
 130     public String getSequenceName() {
 131         return _de;
 132     }
 133
 134     private void setDe( final String rec_name ) {
 135         if ( _de == null ) {
 136             _de = rec_name;
 137         }
 138     }
 139
 140     @Override
 141     public String getTaxonomyScientificName() {
 142         return _os;
 143     }
 144
 145     private void setOs( final String os ) {
 146         if ( _os == null ) {
 147             _os = os;
 148         }
 149     }
 150
 151     @Override
 152     public String getTaxonomyIdentifier() {
 153         return _tax_id;
 154     }
 155
 156     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 157         if ( _tax_id == null ) {
 158             _tax_id = tax_id;
 159         }
 160     }
 161
 162     @Override
 163     public String getSequenceSymbol() {
 164         return _symbol;
 165     }
 166
 167     private void setSymbol( final String symbol ) {
 168         if ( _symbol == null ) {
 169             _symbol = symbol;
 170         }
 171     }
 172
 173     @Override
 174     public boolean isEmpty() {
 175         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 176                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 177                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 178     }
 179
 180     @Override
 181     public String getProvider() {
 182         return _provider;
 183     }
 184
 185     public void setProvider( final String provider ) {
 186          _provider = provider;
 187     }
 188 }