forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29 import java.util.SortedSet;
  30 import java.util.TreeSet;
  31 import java.util.regex.Matcher;
  32 import java.util.regex.Pattern;
  33
  34 import org.forester.go.GoTerm;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  36 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  40
  41     //    public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  42     //        final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  43     //        for( final String line : lines ) {
  44     //            if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  45     //                e.setPA( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "PA" ) );
  46     //            }
  47     //            else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  48     //                e.setDe( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DE" ) );
  49     //            }
  50     //            else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  51     //                if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  52     //                    e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "OS", "(" ) );
  53     //                }
  54     //                else {
  55     //                    e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "OS" ) );
  56     //                }
  57     //            }
  58     //            else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  59     //                if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  60     //                    e.setTaxId( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  61     //                }
  62     //            }
  63     //        }
  64     //        return e;
  65     //    }
  66     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainTextForRefSeq( final List<String> lines ) {
  67         final Pattern X_PATTERN = Pattern.compile( "^[A-Z]+" );
  68         final Pattern chromosome_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/chromosome=\"(\\w+)\"" );
  69         final Pattern map_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/map=\"([\\w+\\.])\"" );
  70         final Pattern gene_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/gene=\"(.+)\"" );
  71         final Pattern mim_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"MIM:(\\d+)\"" );
  72         final Pattern taxon_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"taxon:(\\d+)\"" );
  73         final Pattern interpro_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"InterPro:([A-Z0-9]+)\"" );
  74         final Pattern uniprot_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"UniProtKB/[A-Za-z-]*:(\\w+)\"" );
  75         final Pattern hgnc_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"[A-Z:]*HGNC:(\\d+)\"" );
  76         final Pattern geneid_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"GeneID:(\\d+)\"" );
  77         final Pattern pdb_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"PDB:([A-Z0-9]+)\"" );
  78
  79
  80         final Pattern ec_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/EC_number=\"([\\.\\-\\d]+)\"" );
  81         final Pattern product_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/product=\"(\\w{1,10})\"" );
  82         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  83         final StringBuilder def = new StringBuilder();
  84         boolean in_definition = false;
  85         boolean in_features = false;
  86         boolean in_source = false;
  87         boolean in_gene = false;
  88         boolean in_cds = false;
  89         boolean in_mrna = false;
  90         boolean in_protein = false;
  91         for( final String line : lines ) {
  92             if ( line.startsWith( "ACCESSION " ) ) {
  93                 e.setAccession( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "ACCESSION" ) );
  94                 in_definition = false;
  95             }
  96             else if ( line.startsWith( "ID " ) ) {
  97                 e.setAccession( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "ID", ";" ) );
  98                 in_definition = false;
  99             }
 100             else if ( line.startsWith( "DEFINITION " ) || ( line.startsWith( "DE " ) ) ) {
 101                 boolean definiton = false;
 102                 if ( line.startsWith( "DEFINITION " ) ) {
 103                     definiton = true;
 104                 }
 105                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
 106                     if ( definiton ) {
 107                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DEFINITION", "[" ) ) );
 108                     }
 109                     else {
 110                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DE", "[" ) ) );
 111                     }
 112                 }
 113                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
 114                     if ( definiton ) {
 115                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DEFINITION", "." ) ) );
 116                     }
 117                     else {
 118                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DE", "." ) ) );
 119                     }
 120                 }
 121                 else {
 122                     if ( definiton ) {
 123                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DEFINITION" ) ) );
 124                     }
 125                     else {
 126                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DE" ) ) );
 127                     }
 128                 }
 129                 if ( definiton ) {
 130                     in_definition = true;
 131                 }
 132             }
 133             else if ( line.startsWith( "  ORGANISM " ) ) {
 134                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 135                     e.setTaxonomyScientificName( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "  ORGANISM", "(" ) );
 136                 }
 137                 else {
 138                     e.setTaxonomyScientificName( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "  ORGANISM" ) );
 139                 }
 140                 //  in_def = false;
 141             }
 142             else if ( line.startsWith( "OS " ) ) {
 143                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 144                     e.setTaxonomyScientificName( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "OS", "(" ) );
 145                 }
 146                 else {
 147                     e.setTaxonomyScientificName( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "OS" ) );
 148                 }
 149             }
 150             else if ( line.startsWith( " " ) && in_definition ) {
 151                 def.append( " " );
 152                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
 153                     def.append( SequenceDbWsTools.extractTo( line, "[" ) );
 154                 }
 155                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
 156                     def.append( SequenceDbWsTools.extractTo( line, "." ) );
 157                 }
 158                 else {
 159                     def.append( line.trim() );
 160                 }
 161             }
 162             else {
 163                 in_definition = false;
 164             }
 165             if ( !line.startsWith( "FT " ) && X_PATTERN.matcher( line ).find() ) {
 166                 in_features = false;
 167                 in_source = false;
 168                 in_gene = false;
 169                 in_cds = false;
 170                 in_mrna = false;
 171                 in_protein = false;
 172                 // in_def = false;
 173             }
 174             if ( line.startsWith( "FEATURES " ) || line.startsWith( "FT " ) ) {
 175                 in_features = true;
 176             }
 177             if ( in_features && ( line.startsWith( "     source " ) || line.startsWith( "FT   source " ) ) ) {
 178                 in_source = true;
 179                 in_gene = false;
 180                 in_cds = false;
 181                 in_mrna = false;
 182                 in_protein = false;
 183             }
 184             if ( in_features && ( line.startsWith( "     gene " ) || line.startsWith( "FT   gene " ) ) ) {
 185                 in_source = false;
 186                 in_gene = true;
 187                 in_cds = false;
 188                 in_mrna = false;
 189                 in_protein = false;
 190             }
 191             if ( in_features && ( line.startsWith( "     CDS " ) || line.startsWith( "FT   CDS " ) ) ) {
 192                 in_source = false;
 193                 in_gene = false;
 194                 in_cds = true;
 195                 in_mrna = false;
 196                 in_protein = false;
 197             }
 198             if ( in_features && ( line.startsWith( "     Protein " ) || line.startsWith( "FT   Protein " ) ) ) {
 199                 in_source = false;
 200                 in_gene = false;
 201                 in_cds = false;
 202                 in_mrna = false;
 203                 in_protein = true;
 204             }
 205             if ( in_features && ( line.startsWith( "     mRNA " ) || line.startsWith( "FT   mRNA " ) ) ) {
 206                 in_source = false;
 207                 in_gene = false;
 208                 in_cds = false;
 209                 in_mrna = true;
 210                 in_protein = false;
 211             }
 212             if ( in_source ) {
 213                 final Matcher m = taxon_PATTERN.matcher( line );
 214                 if ( m.find() ) {
 215                     e.setTaxId( m.group( 1 ) );
 216                 }
 217             }
 218             if ( in_cds || in_gene ) {
 219                 final Matcher hgnc = hgnc_PATTERN.matcher( line );
 220                 if ( hgnc.find() ) {
 221                     e.addCrossReference( new Accession( hgnc.group( 1 ), "hgnc" ) );
 222                 }
 223                 final Matcher geneid = geneid_PATTERN.matcher( line );
 224                 if ( geneid.find() ) {
 225                     e.addCrossReference( new Accession( geneid.group( 1 ), "geneid" ) );
 226                 }
 227             }
 228             if ( in_protein || in_cds || in_gene || in_mrna ) {
 229                 final Matcher ec = ec_PATTERN.matcher( line );
 230                 if ( ec.find() ) {
 231                     e.addAnnotation( new Annotation( "EC", ec.group( 1 ) ) );
 232                 }
 233                 final Matcher gene = gene_PATTERN.matcher( line );
 234                 if ( gene.find() ) {
 235                     e.setGeneName( gene.group( 1 ) );
 236                 }
 237                 final Matcher uniprot = uniprot_PATTERN.matcher( line );
 238                 if ( uniprot.find() ) {
 239                     e.addCrossReference( new Accession( uniprot.group( 1 ), "uniprot" ) );
 240                 }
 241                 final Matcher interpro = interpro_PATTERN.matcher( line );
 242                 if ( interpro.find() ) {
 243                     e.addCrossReference( new Accession( interpro.group( 1 ), "interpro" ) );
 244                 }
 245                 final Matcher mim = mim_PATTERN.matcher( line );
 246                 if ( mim.find() ) {
 247                     e.addCrossReference( new Accession( mim.group( 1 ), "mim" ) );
 248                 }
 249                 final Matcher product = product_PATTERN.matcher( line );
 250                 if ( product.find() ) {
 251                     e.setSequenceSymbol( product.group( 1 ) );
 252                 }
 253                 final Matcher pdb = pdb_PATTERN.matcher( line );
 254                 if ( pdb.find() ) {
 255                     e.addCrossReference( new Accession( pdb.group( 1 ), "pdb" ) );
 256                 }
 257             }
 258         }
 259         if ( def.length() > 0 ) {
 260             e.setSequenceName( def.toString().trim() );
 261         }
 262         return e;
 263     }
 264
 265     private static void x( final StringBuilder sb, final String s ) {
 266         if ( sb.length() > 0 ) {
 267             sb.append( " " );
 268         }
 269         sb.append( s.trim() );
 270     }
 271     // FIXME actually this is NCBI entry
 272     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
 273     private String                _pa;
 274     private String                _de;
 275     private String                _os;
 276     private String                _tax_id;
 277     private String                _symbol;
 278     private String                _provider;
 279     private SortedSet<Accession>  _cross_references;
 280     private SortedSet<Annotation> _annotations;
 281     private String                _gene_name;
 282
 283     // TODO  PUBMED   15798186
 284     //TODO  (FEATURES)
 285     // source /db_xref="taxon:9606"
 286     // gene            1..2881
 287     // /gene="RBM39"
 288     //
 289     // /db_xref="MIM:604739"
 290     // CDS
 291     // /gene="RBM39"
 292     // /db_xref="MIM:604739"
 293     // /db_xref="InterPro:IPR002475"
 294     // /product="Bcl-2"
 295     // /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q5J7V1" <- reparse?
 296     //
 297     // Protein
 298     /*
 299     LOCUS       NM_184234               2881 bp    mRNA    linear   PRI 16-JUN-2013
 300     DEFINITION  Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript
 301             variant 1, mRNA.
 302     ACCESSION   NM_184234
 303     VERSION     NM_184234.2  GI:336176061
 304     KEYWORDS    RefSeq.
 305     SOURCE      Homo sapiens (human)
 306     ORGANISM  Homo sapiens
 307             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
 308             Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
 309             Catarrhini; Hominidae; Homo.
 310     REFERENCE   1  (bases 1 to 2881)
 311     AUTHORS   Sillars-Hardebol,A.H., Carvalho,B., Belien,J.A., de Wit,M.,
 312             Delis-van Diemen,P.M., Tijssen,M., van de Wiel,M.A., Ponten,F.,
 313             Meijer,G.A. and Fijneman,R.J.
 314     TITLE     CSE1L, DIDO1 and RBM39 in colorectal adenoma to carcinoma
 315             progression
 316     JOURNAL   Cell Oncol (Dordr) 35 (4), 293-300 (2012)
 317     PUBMED   22711543
 318     REMARK    GeneRIF: Data show that CSE1L, DIDO1 and RBM39 mRNA expression
 319             levels correlated with chromosome 20q DNA copy number status.
 320     REFERENCE   2  (bases 1 to 2881)
 321     AUTHORS   Huang,G., Zhou,Z., Wang,H. and Kleinerman,E.S.
 322     TITLE     CAPER-alpha alternative splicing regulates the expression of
 323             vascular endothelial growth factor(1)(6)(5) in Ewing sarcoma cells
 324     JOURNAL   Cancer 118 (8), 2106-2116 (2012)
 325     PUBMED   22009261
 326     REMARK    GeneRIF: Increased VEGF(165) expression is secondary to the
 327             down-regulation of CAPER-alpha by EWS/FLI-1. CAPER-alpha mediates
 328             alternative splicing and controls the shift from VEGF(189) to
 329             VEGF(165) .
 330     REFERENCE   3  (bases 1 to 2881)
 331     AUTHORS   Han,B., Stockwin,L.H., Hancock,C., Yu,S.X., Hollingshead,M.G. and
 332             Newton,D.L.
 333     TITLE     Proteomic analysis of nuclei isolated from cancer cell lines
 334             treated with indenoisoquinoline NSC 724998, a novel topoisomerase I
 335             inhibitor
 336     JOURNAL   J. Proteome Res. 9 (8), 4016-4027 (2010)
 337     PUBMED   20515076
 338     REMARK    Erratum:[J Proteome Res. 2011 Apr 1;10(4):2128]
 339     REFERENCE   4  (bases 1 to 2881)
 340     AUTHORS   Zhang,J.Y., Looi,K.S. and Tan,E.M.
 341     TITLE     Identification of tumor-associated antigens as diagnostic and
 342             predictive biomarkers in cancer
 343     JOURNAL   Methods Mol. Biol. 520, 1-10 (2009)
 344     PUBMED   19381943
 345     REFERENCE   5  (bases 1 to 2881)
 346     AUTHORS   Dutta,J., Fan,G. and Gelinas,C.
 347     TITLE     CAPERalpha is a novel Rel-TAD-interacting factor that inhibits
 348             lymphocyte transformation by the potent Rel/NF-kappaB oncoprotein
 349             v-Rel
 350     JOURNAL   J. Virol. 82 (21), 10792-10802 (2008)
 351     PUBMED   18753212
 352     REMARK    GeneRIF: this study identifies CAPERalpha (RNA binding motif
 353             protein 39) as a new transcriptional coregulator for v-Rel and
 354             reveals an important role in modulating Rel's oncogenic activity.
 355     REFERENCE   6  (bases 1 to 2881)
 356     AUTHORS   Cazalla,D., Newton,K. and Caceres,J.F.
 357     TITLE     A novel SR-related protein is required for the second step of
 358             Pre-mRNA splicing
 359     JOURNAL   Mol. Cell. Biol. 25 (8), 2969-2980 (2005)
 360     PUBMED   15798186
 361     REFERENCE   7  (bases 1 to 2881)
 362     AUTHORS   Dowhan,D.H., Hong,E.P., Auboeuf,D., Dennis,A.P., Wilson,M.M.,
 363             Berget,S.M. and O'Malley,B.W.
 364     TITLE     Steroid hormone receptor coactivation and alternative RNA splicing
 365             by U2AF65-related proteins CAPERalpha and CAPERbeta
 366     JOURNAL   Mol. Cell 17 (3), 429-439 (2005)
 367     PUBMED   15694343
 368     REFERENCE   8  (bases 1 to 2881)
 369     AUTHORS   Sun,N.N., Fastje,C.D., Wong,S.S., Sheppard,P.R., Macdonald,S.J.,
 370             Ridenour,G., Hyde,J.D. and Witten,M.L.
 371     TITLE     Dose-dependent transcriptome changes by metal ores on a human acute
 372             lymphoblastic leukemia cell line
 373     JOURNAL   Toxicol Ind Health 19 (7-10), 157-163 (2003)
 374     PUBMED   15747776
 375     REMARK    GeneRIF: 10 genes were down-regulated following treatment of the
 376             T-ALL cells with 0.15 and 1.5 microg/mL of metal ores at 72 h
 377     REFERENCE   9  (bases 1 to 2881)
 378     AUTHORS   Jung,D.J., Na,S.Y., Na,D.S. and Lee,J.W.
 379     TITLE     Molecular cloning and characterization of CAPER, a novel
 380             coactivator of activating protein-1 and estrogen receptors
 381     JOURNAL   J. Biol. Chem. 277 (2), 1229-1234 (2002)
 382     PUBMED   11704680
 383     REMARK    GeneRIF: This paper describes the mouse gene.
 384     REFERENCE   10 (bases 1 to 2881)
 385     AUTHORS   Imai,H., Chan,E.K., Kiyosawa,K., Fu,X.D. and Tan,E.M.
 386     TITLE     Novel nuclear autoantigen with splicing factor motifs identified
 387             with antibody from hepatocellular carcinoma
 388     JOURNAL   J. Clin. Invest. 92 (5), 2419-2426 (1993)
 389     PUBMED   8227358
 390     COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
 391             reference sequence was derived from DC346351.1, BC141835.1 and
 392             C75555.1.
 393             On Jun 16, 2011 this sequence version replaced gi:35493810.
 394
 395             Summary: This gene encodes a member of the U2AF65 family of
 396             proteins. The encoded protein is found in the nucleus, where it
 397             co-localizes with core spliceosomal proteins. It has been shown to
 398             play a role in both steroid hormone receptor-mediated transcription
 399             and alternative splicing, and it is also a transcriptional
 400             coregulator of the viral oncoprotein v-Rel. Multiple transcript
 401             variants have been observed for this gene. A related pseudogene has
 402             been identified on chromosome X. [provided by RefSeq, Aug 2011].
 403
 404             Transcript Variant: This variant (1) encodes the longest isoform
 405             (a, also called CC1.4).
 406
 407             Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
 408             publications that are available for this gene. Please see the Gene
 409             record to access additional publications.
 410
 411             ##Evidence-Data-START##
 412             Transcript exon combination :: BC141835.1, L10911.1 [ECO:0000332]
 413             RNAseq introns              :: mixed/partial sample support
 414                                            ERS025081, ERS025082 [ECO:0000350]
 415             ##Evidence-Data-END##
 416             COMPLETENESS: complete on the 3' end.
 417     PRIMARY     REFSEQ_SPAN         PRIMARY_IDENTIFIER PRIMARY_SPAN        COMP
 418             1-578               DC346351.1         3-580
 419             579-2872            BC141835.1         429-2722
 420             2873-2881           C75555.1           1-9                 c
 421     FEATURES             Location/Qualifiers
 422      source          1..2881
 423                      /organism="Homo sapiens"
 424                      /mol_type="mRNA"
 425                      /db_xref="taxon:9606"
 426                      /chromosome="20"
 427                      /map="20q11.22"
 428      gene            1..2881
 429                      /gene="RBM39"
 430                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 431                      /note="RNA binding motif protein 39"
 432                      /db_xref="GeneID:9584"
 433                      /db_xref="HGNC:15923"
 434                      /db_xref="HPRD:09201"
 435                      /db_xref="MIM:604739"
 436      exon            1..396
 437                      /gene="RBM39"
 438                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 439                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 440      STS             35..262
 441                      /gene="RBM39"
 442                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 443                      /standard_name="REN58946"
 444                      /db_xref="UniSTS:383746"
 445      misc_feature    221..223
 446                      /gene="RBM39"
 447                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 448                      /note="upstream in-frame stop codon"
 449      STS             299..453
 450                      /gene="RBM39"
 451                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 452                      /standard_name="G64285"
 453                      /db_xref="UniSTS:158667"
 454      exon            397..460
 455                      /gene="RBM39"
 456                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 457                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 458      CDS             410..2002
 459                      /gene="RBM39"
 460                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 461                      /note="isoform a is encoded by transcript variant 1;
 462                      coactivator of activating protein-1 and estrogen
 463                      receptors; functional spliceosome-associated protein 59;
 464                      RNA-binding region (RNP1, RRM) containing 2;
 465                      hepatocellular carcinoma protein 1; splicing factor HCC1"
 466                      /codon_start=1
 467                      /product="RNA-binding protein 39 isoform a"
 468                      /protein_id="NP_909122.1"
 469                      /db_xref="GI:35493811"
 470                      /db_xref="CCDS:CCDS13266.1"
 471                      /db_xref="GeneID:9584"
 472                      /db_xref="HGNC:15923"
 473                      /db_xref="HPRD:09201"
 474                      /db_xref="MIM:604739"
 475                      /translation="MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRS
 476                      HERKRSKSKERKRSRDRERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGP
 477                      KFNSAIRGKIGLPHSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQL
 478                      AARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRV
 479                      LGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRI
 480                      ESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASS
 481                      ASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLMARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVAE
 482                      FSFVIDLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDV
 483                      IEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPL
 484                      PTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR"
 485      misc_feature    413..415
 486                      /gene="RBM39"
 487                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 488                      /experiment="experimental evidence, no additional details
 489                      recorded"
 490                      /note="N-acetylalanine; propagated from
 491                      UniProtKB/Swiss-Prot (Q14498.2); acetylation site"
 492
 493      exon            461..510
 494                      /gene="RBM39"
 495                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 496                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 497
 498      exon            1902..2874
 499                      /gene="RBM39"
 500                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 501                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 502      STS             1956..2182
 503                      /gene="RBM39"
 504                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 505                      /standard_name="REN58786"
 506                      /db_xref="UniSTS:383586"
 507      STS             2104..2148
 508                      /gene="RBM39"
 509                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 510                      /standard_name="D19S1033"
 511                      /db_xref="UniSTS:154759"
 512      STS             2145..2400
 513                      /gene="RBM39"
 514                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 515                      /standard_name="REN58785"
 516                      /db_xref="UniSTS:383585"
 517
 518      polyA_signal    2851..2856
 519                      /gene="RBM39"
 520                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 521      polyA_site      2874
 522                      /gene="RBM39"
 523                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 524     ORIGIN
 525         1 atttggagct tggggcagct tctcgcgaga gcccgtgctg agggctctgt gaggccccgt
 526        61 gtgtttgtgt gtgtgtatgt gtgctggtga atgtgagtac agggaagcag cggccgccat
 527       121 ttcagggagc ttgtcgacgc tgtcgcaggg gtggatcctg agctgccgaa gccgccgtcc
 528       181 tgctctcccg cgtgggcttc tctaattcca ttgttttttt tagattctct cgggcctagc
 529       241 cgtccttgga acccgatatt cgggctgggc ggttccgcgg cctgggccta ggggcttaac
 530
 531
 532
 533     */
 534     private EbiDbEntry() {
 535     }
 536
 537     private void addCrossReference( final Accession accession ) {
 538         if ( _cross_references == null ) {
 539             _cross_references = new TreeSet<Accession>();
 540         }
 541         System.out.println( "XREF ADDED: " + accession );
 542         _cross_references.add( accession );
 543     }
 544
 545     @Override
 546     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
 547         throw new CloneNotSupportedException();
 548     }
 549
 550     @Override
 551     public String getAccession() {
 552         return _pa;
 553     }
 554
 555     @Override
 556     public SortedSet<Accession> getCrossReferences() {
 557         return _cross_references;
 558     }
 559
 560     @Override
 561     public String getGeneName() {
 562         return _gene_name;
 563     }
 564
 565     @Override
 566     public SortedSet<GoTerm> getGoTerms() {
 567         return null;
 568     }
 569
 570     @Override
 571     public String getProvider() {
 572         return _provider;
 573     }
 574
 575     @Override
 576     public String getSequenceName() {
 577         return _de;
 578     }
 579
 580     @Override
 581     public String getSequenceSymbol() {
 582         return _symbol;
 583     }
 584
 585     private void setSequenceSymbol( String symbol ) {
 586         _symbol = symbol;
 587     }
 588
 589     @Override
 590     public String getTaxonomyIdentifier() {
 591         return _tax_id;
 592     }
 593
 594     @Override
 595     public String getTaxonomyScientificName() {
 596         return _os;
 597     }
 598
 599     @Override
 600     public boolean isEmpty() {
 601         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 602                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 603                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 604     }
 605
 606     private void setSequenceName( final String rec_name ) {
 607         if ( _de == null ) {
 608             _de = rec_name;
 609         }
 610     }
 611
 612     private void setGeneName( final String gene_name ) {
 613         if ( _gene_name == null ) {
 614             _gene_name = gene_name;
 615         }
 616     }
 617
 618     private void setTaxonomyScientificName( final String os ) {
 619         if ( _os == null ) {
 620             _os = os;
 621         }
 622     }
 623
 624     private void setAccession( final String pa ) {
 625         if ( _pa == null ) {
 626             _pa = pa;
 627         }
 628     }
 629
 630     public void setProvider( final String provider ) {
 631         _provider = provider;
 632     }
 633
 634     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 635         if ( _tax_id == null ) {
 636             _tax_id = tax_id;
 637         }
 638     }
 639
 640     @Override
 641     public SortedSet<Annotation> getAnnotations() {
 642         return _annotations;
 643     }
 644
 645     private void addAnnotation( final Annotation annotation ) {
 646         if ( _annotations == null ) {
 647             _annotations = new TreeSet<Annotation>();
 648         }
 649         _annotations.add( annotation );
 650     }
 651 }