forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.regex.Matcher;
  31 import java.util.regex.Pattern;
  32
  33 import org.forester.go.GoTerm;
  34 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  35 import org.forester.util.ForesterUtil;
  36
  37 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  38
  39     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  40         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  41         for( final String line : lines ) {
  42             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  43                 e.setPA( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "PA" ) );
  44             }
  45             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  46                 e.setDe( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DE" ) );
  47             }
  48             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  49                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  50                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "OS", "(" ) );
  51                 }
  52                 else {
  53                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "OS" ) );
  54                 }
  55             }
  56             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  57                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  58                     e.setTaxId( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  59                 }
  60             }
  61         }
  62         return e;
  63     }
  64     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainTextForRefSeq( final List<String> lines ) {
  65          final Pattern  X_PATTERN       = Pattern.compile( "^[A-Z]+" );
  66          final Pattern  chromosome_PATTERN       = Pattern.compile( "\\s+/chromosome=\"(\\w+)\"" );
  67          final Pattern  map_PATTERN       = Pattern.compile( "\\s+/map=\"([\\w+\\.])\"" );
  68          final Pattern  gene_PATTERN       = Pattern.compile( "\\s+/gene=\"(.+)\"" );
  69          final Pattern  mim_xref_PATTERN       = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"MIM:(\\d+)\"" );
  70          final Pattern  taxon_xref_PATTERN       = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"taxon:(\\d+)\"" );
  71
  72          final Pattern  interpro_PATTERN       = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"InterPro:(IP\\d+)\"" );
  73          final Pattern  uniprot_PATTERN       = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"UniProtKB/TrEMBL:(\\w+)\"" );
  74
  75
  76         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  77         final StringBuilder def = new StringBuilder();
  78         boolean in_def = false;
  79         boolean in_features = false;
  80         boolean in_source = false;
  81         boolean in_gene = false;
  82         boolean in_cds  = false;
  83         boolean in_protein  = false;
  84         for( final String line : lines ) {
  85
  86             if ( line.startsWith( "ACCESSION " ) ) {
  87                 e.setPA( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "ACCESSION" ) );
  88                 in_def = false;
  89             }
  90             else if ( line.startsWith( "DEFINITION " ) ) {
  91                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
  92                     def.append( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DEFINITION", "[" ) );
  93                 }
  94                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
  95                     def.append( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DEFINITION", "." ) );
  96                 }
  97                 else {
  98                     def.append( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DEFINITION" ) );
  99                 }
 100                 in_def = true;
 101             }
 102             else if ( line.startsWith( "  ORGANISM " ) ) {
 103                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 104                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "  ORGANISM", "(" ) );
 105                 }
 106                 else {
 107                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "  ORGANISM" ) );
 108                 }
 109               //  in_def = false;
 110             }
 111             else if ( line.startsWith( " " ) && in_def ) {
 112                 def.append( " " );
 113                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
 114                     def.append( SequenceDbWsTools.extractTo( line, "[" ) );
 115                 }
 116                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
 117                     def.append( SequenceDbWsTools.extractTo( line, "." ) );
 118                 }
 119                 else {
 120                     def.append( line.trim() );
 121                 }
 122             }
 123             else {
 124                 in_def = false;
 125             }
 126
 127
 128             if (  X_PATTERN.matcher( line ).find() ) {
 129                 in_features = false;
 130                 in_source = false;
 131                 in_gene = false;
 132                 in_cds = false;
 133                 in_protein  = false;
 134                // in_def = false;
 135             }
 136
 137
 138             if ( line.startsWith( "FEATURES " ) ) {
 139                 in_features = true;
 140
 141             }
 142
 143             if ( in_features && line.startsWith( "     source " ) ) {
 144                 in_source = true;
 145                 in_gene = false;
 146
 147                 in_cds = false;
 148                 in_protein  = false;
 149             }
 150             if ( in_features && line.startsWith( "     gene " ) ) {
 151
 152                 in_source = false;
 153                 in_gene = true;
 154
 155                 in_cds = false;
 156                 in_protein  = false;
 157             }
 158             if ( in_features && line.startsWith( "     CDS " ) ) {
 159                 in_source = false;
 160                 in_gene = false;
 161
 162                 in_cds = true;
 163                 in_protein  = false;
 164             }
 165             if ( in_features && line.startsWith( "     Protein " ) ) {
 166                 in_source = false;
 167                 in_gene = false;
 168
 169                 in_cds = false;
 170                 in_protein  = true;
 171             }
 172         }
 173         if ( def.length() > 0 ) {
 174             e.setDe( def.toString().trim() );
 175         }
 176         return e;
 177     }
 178     // FIXME actually this is NCBI entry
 179     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
 180     private String _pa;
 181     private String _de;
 182     private String _os;
 183     private String _tax_id;
 184
 185
 186     private String _symbol;
 187     private String _provider;
 188
 189     private ArrayList<Accession> _cross_references;
 190     private String               _gene_name;
 191     // TODO  PUBMED   15798186
 192     //TODO  (FEATURES)
 193     // source /db_xref="taxon:9606"
 194     // gene            1..2881
 195     // /gene="RBM39"
 196     //
 197     // /db_xref="MIM:604739"
 198     // CDS
 199     // /gene="RBM39"
 200     // /db_xref="MIM:604739"
 201     // /db_xref="InterPro:IPR002475"
 202     // /product="Bcl-2"
 203
 204     // /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q5J7V1" <- reparse?
 205     //
 206     // Protein
 207     /*
 208     LOCUS       NM_184234               2881 bp    mRNA    linear   PRI 16-JUN-2013
 209     DEFINITION  Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript
 210             variant 1, mRNA.
 211     ACCESSION   NM_184234
 212     VERSION     NM_184234.2  GI:336176061
 213     KEYWORDS    RefSeq.
 214     SOURCE      Homo sapiens (human)
 215     ORGANISM  Homo sapiens
 216             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
 217             Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
 218             Catarrhini; Hominidae; Homo.
 219     REFERENCE   1  (bases 1 to 2881)
 220     AUTHORS   Sillars-Hardebol,A.H., Carvalho,B., Belien,J.A., de Wit,M.,
 221             Delis-van Diemen,P.M., Tijssen,M., van de Wiel,M.A., Ponten,F.,
 222             Meijer,G.A. and Fijneman,R.J.
 223     TITLE     CSE1L, DIDO1 and RBM39 in colorectal adenoma to carcinoma
 224             progression
 225     JOURNAL   Cell Oncol (Dordr) 35 (4), 293-300 (2012)
 226     PUBMED   22711543
 227     REMARK    GeneRIF: Data show that CSE1L, DIDO1 and RBM39 mRNA expression
 228             levels correlated with chromosome 20q DNA copy number status.
 229     REFERENCE   2  (bases 1 to 2881)
 230     AUTHORS   Huang,G., Zhou,Z., Wang,H. and Kleinerman,E.S.
 231     TITLE     CAPER-alpha alternative splicing regulates the expression of
 232             vascular endothelial growth factor(1)(6)(5) in Ewing sarcoma cells
 233     JOURNAL   Cancer 118 (8), 2106-2116 (2012)
 234     PUBMED   22009261
 235     REMARK    GeneRIF: Increased VEGF(165) expression is secondary to the
 236             down-regulation of CAPER-alpha by EWS/FLI-1. CAPER-alpha mediates
 237             alternative splicing and controls the shift from VEGF(189) to
 238             VEGF(165) .
 239     REFERENCE   3  (bases 1 to 2881)
 240     AUTHORS   Han,B., Stockwin,L.H., Hancock,C., Yu,S.X., Hollingshead,M.G. and
 241             Newton,D.L.
 242     TITLE     Proteomic analysis of nuclei isolated from cancer cell lines
 243             treated with indenoisoquinoline NSC 724998, a novel topoisomerase I
 244             inhibitor
 245     JOURNAL   J. Proteome Res. 9 (8), 4016-4027 (2010)
 246     PUBMED   20515076
 247     REMARK    Erratum:[J Proteome Res. 2011 Apr 1;10(4):2128]
 248     REFERENCE   4  (bases 1 to 2881)
 249     AUTHORS   Zhang,J.Y., Looi,K.S. and Tan,E.M.
 250     TITLE     Identification of tumor-associated antigens as diagnostic and
 251             predictive biomarkers in cancer
 252     JOURNAL   Methods Mol. Biol. 520, 1-10 (2009)
 253     PUBMED   19381943
 254     REFERENCE   5  (bases 1 to 2881)
 255     AUTHORS   Dutta,J., Fan,G. and Gelinas,C.
 256     TITLE     CAPERalpha is a novel Rel-TAD-interacting factor that inhibits
 257             lymphocyte transformation by the potent Rel/NF-kappaB oncoprotein
 258             v-Rel
 259     JOURNAL   J. Virol. 82 (21), 10792-10802 (2008)
 260     PUBMED   18753212
 261     REMARK    GeneRIF: this study identifies CAPERalpha (RNA binding motif
 262             protein 39) as a new transcriptional coregulator for v-Rel and
 263             reveals an important role in modulating Rel's oncogenic activity.
 264     REFERENCE   6  (bases 1 to 2881)
 265     AUTHORS   Cazalla,D., Newton,K. and Caceres,J.F.
 266     TITLE     A novel SR-related protein is required for the second step of
 267             Pre-mRNA splicing
 268     JOURNAL   Mol. Cell. Biol. 25 (8), 2969-2980 (2005)
 269     PUBMED   15798186
 270     REFERENCE   7  (bases 1 to 2881)
 271     AUTHORS   Dowhan,D.H., Hong,E.P., Auboeuf,D., Dennis,A.P., Wilson,M.M.,
 272             Berget,S.M. and O'Malley,B.W.
 273     TITLE     Steroid hormone receptor coactivation and alternative RNA splicing
 274             by U2AF65-related proteins CAPERalpha and CAPERbeta
 275     JOURNAL   Mol. Cell 17 (3), 429-439 (2005)
 276     PUBMED   15694343
 277     REFERENCE   8  (bases 1 to 2881)
 278     AUTHORS   Sun,N.N., Fastje,C.D., Wong,S.S., Sheppard,P.R., Macdonald,S.J.,
 279             Ridenour,G., Hyde,J.D. and Witten,M.L.
 280     TITLE     Dose-dependent transcriptome changes by metal ores on a human acute
 281             lymphoblastic leukemia cell line
 282     JOURNAL   Toxicol Ind Health 19 (7-10), 157-163 (2003)
 283     PUBMED   15747776
 284     REMARK    GeneRIF: 10 genes were down-regulated following treatment of the
 285             T-ALL cells with 0.15 and 1.5 microg/mL of metal ores at 72 h
 286     REFERENCE   9  (bases 1 to 2881)
 287     AUTHORS   Jung,D.J., Na,S.Y., Na,D.S. and Lee,J.W.
 288     TITLE     Molecular cloning and characterization of CAPER, a novel
 289             coactivator of activating protein-1 and estrogen receptors
 290     JOURNAL   J. Biol. Chem. 277 (2), 1229-1234 (2002)
 291     PUBMED   11704680
 292     REMARK    GeneRIF: This paper describes the mouse gene.
 293     REFERENCE   10 (bases 1 to 2881)
 294     AUTHORS   Imai,H., Chan,E.K., Kiyosawa,K., Fu,X.D. and Tan,E.M.
 295     TITLE     Novel nuclear autoantigen with splicing factor motifs identified
 296             with antibody from hepatocellular carcinoma
 297     JOURNAL   J. Clin. Invest. 92 (5), 2419-2426 (1993)
 298     PUBMED   8227358
 299     COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
 300             reference sequence was derived from DC346351.1, BC141835.1 and
 301             C75555.1.
 302             On Jun 16, 2011 this sequence version replaced gi:35493810.
 303
 304             Summary: This gene encodes a member of the U2AF65 family of
 305             proteins. The encoded protein is found in the nucleus, where it
 306             co-localizes with core spliceosomal proteins. It has been shown to
 307             play a role in both steroid hormone receptor-mediated transcription
 308             and alternative splicing, and it is also a transcriptional
 309             coregulator of the viral oncoprotein v-Rel. Multiple transcript
 310             variants have been observed for this gene. A related pseudogene has
 311             been identified on chromosome X. [provided by RefSeq, Aug 2011].
 312
 313             Transcript Variant: This variant (1) encodes the longest isoform
 314             (a, also called CC1.4).
 315
 316             Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
 317             publications that are available for this gene. Please see the Gene
 318             record to access additional publications.
 319
 320             ##Evidence-Data-START##
 321             Transcript exon combination :: BC141835.1, L10911.1 [ECO:0000332]
 322             RNAseq introns              :: mixed/partial sample support
 323                                            ERS025081, ERS025082 [ECO:0000350]
 324             ##Evidence-Data-END##
 325             COMPLETENESS: complete on the 3' end.
 326     PRIMARY     REFSEQ_SPAN         PRIMARY_IDENTIFIER PRIMARY_SPAN        COMP
 327             1-578               DC346351.1         3-580
 328             579-2872            BC141835.1         429-2722
 329             2873-2881           C75555.1           1-9                 c
 330     FEATURES             Location/Qualifiers
 331      source          1..2881
 332                      /organism="Homo sapiens"
 333                      /mol_type="mRNA"
 334                      /db_xref="taxon:9606"
 335                      /chromosome="20"
 336                      /map="20q11.22"
 337      gene            1..2881
 338                      /gene="RBM39"
 339                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 340                      /note="RNA binding motif protein 39"
 341                      /db_xref="GeneID:9584"
 342                      /db_xref="HGNC:15923"
 343                      /db_xref="HPRD:09201"
 344                      /db_xref="MIM:604739"
 345      exon            1..396
 346                      /gene="RBM39"
 347                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 348                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 349      STS             35..262
 350                      /gene="RBM39"
 351                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 352                      /standard_name="REN58946"
 353                      /db_xref="UniSTS:383746"
 354      misc_feature    221..223
 355                      /gene="RBM39"
 356                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 357                      /note="upstream in-frame stop codon"
 358      STS             299..453
 359                      /gene="RBM39"
 360                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 361                      /standard_name="G64285"
 362                      /db_xref="UniSTS:158667"
 363      exon            397..460
 364                      /gene="RBM39"
 365                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 366                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 367      CDS             410..2002
 368                      /gene="RBM39"
 369                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 370                      /note="isoform a is encoded by transcript variant 1;
 371                      coactivator of activating protein-1 and estrogen
 372                      receptors; functional spliceosome-associated protein 59;
 373                      RNA-binding region (RNP1, RRM) containing 2;
 374                      hepatocellular carcinoma protein 1; splicing factor HCC1"
 375                      /codon_start=1
 376                      /product="RNA-binding protein 39 isoform a"
 377                      /protein_id="NP_909122.1"
 378                      /db_xref="GI:35493811"
 379                      /db_xref="CCDS:CCDS13266.1"
 380                      /db_xref="GeneID:9584"
 381                      /db_xref="HGNC:15923"
 382                      /db_xref="HPRD:09201"
 383                      /db_xref="MIM:604739"
 384                      /translation="MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRS
 385                      HERKRSKSKERKRSRDRERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGP
 386                      KFNSAIRGKIGLPHSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQL
 387                      AARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRV
 388                      LGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRI
 389                      ESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASS
 390                      ASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLMARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVAE
 391                      FSFVIDLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDV
 392                      IEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPL
 393                      PTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR"
 394      misc_feature    413..415
 395                      /gene="RBM39"
 396                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 397                      /experiment="experimental evidence, no additional details
 398                      recorded"
 399                      /note="N-acetylalanine; propagated from
 400                      UniProtKB/Swiss-Prot (Q14498.2); acetylation site"
 401
 402      exon            461..510
 403                      /gene="RBM39"
 404                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 405                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 406
 407      exon            1902..2874
 408                      /gene="RBM39"
 409                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 410                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 411      STS             1956..2182
 412                      /gene="RBM39"
 413                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 414                      /standard_name="REN58786"
 415                      /db_xref="UniSTS:383586"
 416      STS             2104..2148
 417                      /gene="RBM39"
 418                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 419                      /standard_name="D19S1033"
 420                      /db_xref="UniSTS:154759"
 421      STS             2145..2400
 422                      /gene="RBM39"
 423                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 424                      /standard_name="REN58785"
 425                      /db_xref="UniSTS:383585"
 426
 427      polyA_signal    2851..2856
 428                      /gene="RBM39"
 429                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 430      polyA_site      2874
 431                      /gene="RBM39"
 432                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 433     ORIGIN
 434         1 atttggagct tggggcagct tctcgcgaga gcccgtgctg agggctctgt gaggccccgt
 435        61 gtgtttgtgt gtgtgtatgt gtgctggtga atgtgagtac agggaagcag cggccgccat
 436       121 ttcagggagc ttgtcgacgc tgtcgcaggg gtggatcctg agctgccgaa gccgccgtcc
 437       181 tgctctcccg cgtgggcttc tctaattcca ttgttttttt tagattctct cgggcctagc
 438       241 cgtccttgga acccgatatt cgggctgggc ggttccgcgg cctgggccta ggggcttaac
 439
 440
 441
 442     */
 443     private EbiDbEntry() {
 444     }
 445
 446     private void addCrossReference( final Accession accession ) {
 447         if ( _cross_references == null ) {
 448             _cross_references = new ArrayList<Accession>();
 449         }
 450         System.out.println( "XREF ADDED: " + accession );
 451         _cross_references.add( accession );
 452     }
 453
 454     @Override
 455     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
 456         throw new CloneNotSupportedException();
 457     }
 458
 459     @Override
 460     public String getAccession() {
 461         return _pa;
 462     }
 463
 464     @Override
 465     public List<Accession> getCrossReferences() {
 466         return _cross_references;
 467     }
 468
 469     @Override
 470     public String getGeneName() {
 471         return _gene_name;
 472     }
 473
 474     @Override
 475     public List<GoTerm> getGoTerms() {
 476         return null;
 477     }
 478
 479     @Override
 480     public String getProvider() {
 481         return _provider;
 482     }
 483
 484     @Override
 485     public String getSequenceName() {
 486         return _de;
 487     }
 488
 489     @Override
 490     public String getSequenceSymbol() {
 491         return _symbol;
 492     }
 493
 494     @Override
 495     public String getTaxonomyIdentifier() {
 496         return _tax_id;
 497     }
 498
 499
 500
 501     @Override
 502     public String getTaxonomyScientificName() {
 503         return _os;
 504     }
 505
 506     @Override
 507     public boolean isEmpty() {
 508         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 509                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 510                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 511     }
 512
 513     private void setDe( final String rec_name ) {
 514         if ( _de == null ) {
 515             _de = rec_name;
 516         }
 517     }
 518
 519     private void setGeneName( final String gene_name ) {
 520         if ( _gene_name == null ) {
 521             _gene_name = gene_name;
 522         }
 523     }
 524
 525     private void setOs( final String os ) {
 526         if ( _os == null ) {
 527             _os = os;
 528         }
 529     }
 530
 531     private void setPA( final String pa ) {
 532         if ( _pa == null ) {
 533             _pa = pa;
 534         }
 535     }
 536
 537     public void setProvider( final String provider ) {
 538         _provider = provider;
 539     }
 540
 541     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 542         if ( _tax_id == null ) {
 543             _tax_id = tax_id;
 544         }
 545     }
 546 }