forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29 import java.util.SortedSet;
  30 import java.util.TreeSet;
  31 import java.util.regex.Matcher;
  32 import java.util.regex.Pattern;
  33
  34 import org.forester.go.GoTerm;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  36 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  40
  41     //    public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  42     //        final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  43     //        for( final String line : lines ) {
  44     //            if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  45     //                e.setPA( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "PA" ) );
  46     //            }
  47     //            else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  48     //                e.setDe( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DE" ) );
  49     //            }
  50     //            else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  51     //                if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  52     //                    e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "OS", "(" ) );
  53     //                }
  54     //                else {
  55     //                    e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "OS" ) );
  56     //                }
  57     //            }
  58     //            else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  59     //                if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  60     //                    e.setTaxId( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  61     //                }
  62     //            }
  63     //        }
  64     //        return e;
  65     //    }
  66     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainTextForRefSeq( final List<String> lines ) {
  67         final Pattern X_PATTERN = Pattern.compile( "^[A-Z]+" );
  68         final Pattern chromosome_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/chromosome=\"(\\w+)\"" );
  69         final Pattern map_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/map=\"([\\w+\\.])\"" );
  70         final Pattern gene_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/gene=\"(.+)\"" );
  71         final Pattern mim_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"MIM:(\\d+)\"" );
  72         final Pattern taxon_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"taxon:(\\d+)\"" );
  73         final Pattern interpro_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"InterPro:([A-Z0-9]+)\"" );
  74         final Pattern uniprot_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"UniProtKB/[A-Za-z-]*:(\\w+)\"" );
  75         final Pattern hgnc_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"[A-Z:]*HGNC:(\\d+)\"" );
  76         final Pattern geneid_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"GeneID:(\\d+)\"" );
  77         final Pattern pdb_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"PDB:([A-Z0-9]+)\"" );
  78         final Pattern ec_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/EC_number=\"([\\.\\-\\d]+)\"" );
  79         final Pattern product_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/product=\"(\\w{1,10})\"" );
  80         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  81         final StringBuilder def = new StringBuilder();
  82         boolean in_definition = false;
  83         boolean in_features = false;
  84         boolean in_source = false;
  85         boolean in_gene = false;
  86         boolean in_cds = false;
  87         boolean in_mrna = false;
  88         boolean in_protein = false;
  89         for( final String line : lines ) {
  90             if ( line.startsWith( "ACCESSION " ) ) {
  91                 e.setAccession( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "ACCESSION" ) );
  92                 in_definition = false;
  93             }
  94             else if ( line.startsWith( "ID " ) ) {
  95                 e.setAccession( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "ID", ";" ) );
  96                 in_definition = false;
  97             }
  98             else if ( line.startsWith( "DEFINITION " ) || ( line.startsWith( "DE " ) ) ) {
  99                 boolean definiton = false;
 100                 if ( line.startsWith( "DEFINITION " ) ) {
 101                     definiton = true;
 102                 }
 103                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
 104                     if ( definiton ) {
 105                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DEFINITION", "[" ) ) );
 106                     }
 107                     else {
 108                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DE", "[" ) ) );
 109                     }
 110                 }
 111                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
 112                     if ( definiton ) {
 113                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DEFINITION", "." ) ) );
 114                     }
 115                     else {
 116                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DE", "." ) ) );
 117                     }
 118                 }
 119                 else {
 120                     if ( definiton ) {
 121                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DEFINITION" ) ) );
 122                     }
 123                     else {
 124                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DE" ) ) );
 125                     }
 126                 }
 127                 if ( definiton ) {
 128                     in_definition = true;
 129                 }
 130             }
 131             else if ( line.startsWith( "  ORGANISM " ) ) {
 132                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 133                     e.setTaxonomyScientificName( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "  ORGANISM", "(" ) );
 134                 }
 135                 else {
 136                     e.setTaxonomyScientificName( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "  ORGANISM" ) );
 137                 }
 138                 //  in_def = false;
 139             }
 140             else if ( line.startsWith( "OS " ) ) {
 141                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 142                     e.setTaxonomyScientificName( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "OS", "(" ) );
 143                 }
 144                 else {
 145                     e.setTaxonomyScientificName( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "OS" ) );
 146                 }
 147             }
 148             else if ( line.startsWith( " " ) && in_definition ) {
 149                 def.append( " " );
 150                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
 151                     def.append( SequenceDbWsTools.extractTo( line, "[" ) );
 152                 }
 153                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
 154                     def.append( SequenceDbWsTools.extractTo( line, "." ) );
 155                 }
 156                 else {
 157                     def.append( line.trim() );
 158                 }
 159             }
 160             else {
 161                 in_definition = false;
 162             }
 163             if ( !line.startsWith( "FT " ) && X_PATTERN.matcher( line ).find() ) {
 164                 in_features = false;
 165                 in_source = false;
 166                 in_gene = false;
 167                 in_cds = false;
 168                 in_mrna = false;
 169                 in_protein = false;
 170                 // in_def = false;
 171             }
 172             if ( line.startsWith( "FEATURES " ) || line.startsWith( "FT " ) ) {
 173                 in_features = true;
 174             }
 175             if ( in_features && ( line.startsWith( "     source " ) || line.startsWith( "FT   source " ) ) ) {
 176                 in_source = true;
 177                 in_gene = false;
 178                 in_cds = false;
 179                 in_mrna = false;
 180                 in_protein = false;
 181             }
 182             if ( in_features && ( line.startsWith( "     gene " ) || line.startsWith( "FT   gene " ) ) ) {
 183                 in_source = false;
 184                 in_gene = true;
 185                 in_cds = false;
 186                 in_mrna = false;
 187                 in_protein = false;
 188             }
 189             if ( in_features && ( line.startsWith( "     CDS " ) || line.startsWith( "FT   CDS " ) ) ) {
 190                 in_source = false;
 191                 in_gene = false;
 192                 in_cds = true;
 193                 in_mrna = false;
 194                 in_protein = false;
 195             }
 196             if ( in_features && ( line.startsWith( "     Protein " ) || line.startsWith( "FT   Protein " ) ) ) {
 197                 in_source = false;
 198                 in_gene = false;
 199                 in_cds = false;
 200                 in_mrna = false;
 201                 in_protein = true;
 202             }
 203             if ( in_features && ( line.startsWith( "     mRNA " ) || line.startsWith( "FT   mRNA " ) ) ) {
 204                 in_source = false;
 205                 in_gene = false;
 206                 in_cds = false;
 207                 in_mrna = true;
 208                 in_protein = false;
 209             }
 210             if ( in_source ) {
 211                 final Matcher m = taxon_PATTERN.matcher( line );
 212                 if ( m.find() ) {
 213                     e.setTaxId( m.group( 1 ) );
 214                 }
 215             }
 216             if ( in_cds || in_gene ) {
 217                 final Matcher hgnc = hgnc_PATTERN.matcher( line );
 218                 if ( hgnc.find() ) {
 219                     e.addCrossReference( new Accession( hgnc.group( 1 ), "hgnc" ) );
 220                 }
 221                 final Matcher geneid = geneid_PATTERN.matcher( line );
 222                 if ( geneid.find() ) {
 223                     e.addCrossReference( new Accession( geneid.group( 1 ), "geneid" ) );
 224                 }
 225             }
 226             if ( in_protein || in_cds || in_gene || in_mrna ) {
 227                 final Matcher ec = ec_PATTERN.matcher( line );
 228                 if ( ec.find() ) {
 229                     e.addAnnotation( new Annotation( "EC", ec.group( 1 ) ) );
 230                 }
 231                 final Matcher gene = gene_PATTERN.matcher( line );
 232                 if ( gene.find() ) {
 233                     e.setGeneName( gene.group( 1 ) );
 234                 }
 235                 final Matcher uniprot = uniprot_PATTERN.matcher( line );
 236                 if ( uniprot.find() ) {
 237                     e.addCrossReference( new Accession( uniprot.group( 1 ), "uniprot" ) );
 238                 }
 239                 final Matcher interpro = interpro_PATTERN.matcher( line );
 240                 if ( interpro.find() ) {
 241                     e.addCrossReference( new Accession( interpro.group( 1 ), "interpro" ) );
 242                 }
 243                 final Matcher mim = mim_PATTERN.matcher( line );
 244                 if ( mim.find() ) {
 245                     e.addCrossReference( new Accession( mim.group( 1 ), "mim" ) );
 246                 }
 247                 final Matcher product = product_PATTERN.matcher( line );
 248                 if ( product.find() ) {
 249                     e.setSequenceSymbol( product.group( 1 ) );
 250                 }
 251                 final Matcher pdb = pdb_PATTERN.matcher( line );
 252                 if ( pdb.find() ) {
 253                     e.addCrossReference( new Accession( pdb.group( 1 ), "pdb" ) );
 254                 }
 255             }
 256         }
 257         if ( def.length() > 0 ) {
 258             e.setSequenceName( def.toString().trim() );
 259         }
 260         return e;
 261     }
 262
 263     private static void x( final StringBuilder sb, final String s ) {
 264         if ( sb.length() > 0 ) {
 265             sb.append( " " );
 266         }
 267         sb.append( s.trim() );
 268     }
 269     // FIXME actually this is NCBI entry
 270     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
 271     private String                _pa;
 272     private String                _de;
 273     private String                _os;
 274     private String                _tax_id;
 275     private String                _symbol;
 276     private String                _provider;
 277     private SortedSet<Accession>  _cross_references;
 278     private SortedSet<Annotation> _annotations;
 279     private String                _gene_name;
 280
 281     // TODO  PUBMED   15798186
 282     //TODO  (FEATURES)
 283     // source /db_xref="taxon:9606"
 284     // gene            1..2881
 285     // /gene="RBM39"
 286     //
 287     // /db_xref="MIM:604739"
 288     // CDS
 289     // /gene="RBM39"
 290     // /db_xref="MIM:604739"
 291     // /db_xref="InterPro:IPR002475"
 292     // /product="Bcl-2"
 293     // /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q5J7V1" <- reparse?
 294     //
 295     // Protein
 296     /*
 297     LOCUS       NM_184234               2881 bp    mRNA    linear   PRI 16-JUN-2013
 298     DEFINITION  Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript
 299             variant 1, mRNA.
 300     ACCESSION   NM_184234
 301     VERSION     NM_184234.2  GI:336176061
 302     KEYWORDS    RefSeq.
 303     SOURCE      Homo sapiens (human)
 304     ORGANISM  Homo sapiens
 305             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
 306             Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
 307             Catarrhini; Hominidae; Homo.
 308     REFERENCE   1  (bases 1 to 2881)
 309     AUTHORS   Sillars-Hardebol,A.H., Carvalho,B., Belien,J.A., de Wit,M.,
 310             Delis-van Diemen,P.M., Tijssen,M., van de Wiel,M.A., Ponten,F.,
 311             Meijer,G.A. and Fijneman,R.J.
 312     TITLE     CSE1L, DIDO1 and RBM39 in colorectal adenoma to carcinoma
 313             progression
 314     JOURNAL   Cell Oncol (Dordr) 35 (4), 293-300 (2012)
 315     PUBMED   22711543
 316     REMARK    GeneRIF: Data show that CSE1L, DIDO1 and RBM39 mRNA expression
 317             levels correlated with chromosome 20q DNA copy number status.
 318     REFERENCE   2  (bases 1 to 2881)
 319     AUTHORS   Huang,G., Zhou,Z., Wang,H. and Kleinerman,E.S.
 320     TITLE     CAPER-alpha alternative splicing regulates the expression of
 321             vascular endothelial growth factor(1)(6)(5) in Ewing sarcoma cells
 322     JOURNAL   Cancer 118 (8), 2106-2116 (2012)
 323     PUBMED   22009261
 324     REMARK    GeneRIF: Increased VEGF(165) expression is secondary to the
 325             down-regulation of CAPER-alpha by EWS/FLI-1. CAPER-alpha mediates
 326             alternative splicing and controls the shift from VEGF(189) to
 327             VEGF(165) .
 328     REFERENCE   3  (bases 1 to 2881)
 329     AUTHORS   Han,B., Stockwin,L.H., Hancock,C., Yu,S.X., Hollingshead,M.G. and
 330             Newton,D.L.
 331     TITLE     Proteomic analysis of nuclei isolated from cancer cell lines
 332             treated with indenoisoquinoline NSC 724998, a novel topoisomerase I
 333             inhibitor
 334     JOURNAL   J. Proteome Res. 9 (8), 4016-4027 (2010)
 335     PUBMED   20515076
 336     REMARK    Erratum:[J Proteome Res. 2011 Apr 1;10(4):2128]
 337     REFERENCE   4  (bases 1 to 2881)
 338     AUTHORS   Zhang,J.Y., Looi,K.S. and Tan,E.M.
 339     TITLE     Identification of tumor-associated antigens as diagnostic and
 340             predictive biomarkers in cancer
 341     JOURNAL   Methods Mol. Biol. 520, 1-10 (2009)
 342     PUBMED   19381943
 343     REFERENCE   5  (bases 1 to 2881)
 344     AUTHORS   Dutta,J., Fan,G. and Gelinas,C.
 345     TITLE     CAPERalpha is a novel Rel-TAD-interacting factor that inhibits
 346             lymphocyte transformation by the potent Rel/NF-kappaB oncoprotein
 347             v-Rel
 348     JOURNAL   J. Virol. 82 (21), 10792-10802 (2008)
 349     PUBMED   18753212
 350     REMARK    GeneRIF: this study identifies CAPERalpha (RNA binding motif
 351             protein 39) as a new transcriptional coregulator for v-Rel and
 352             reveals an important role in modulating Rel's oncogenic activity.
 353     REFERENCE   6  (bases 1 to 2881)
 354     AUTHORS   Cazalla,D., Newton,K. and Caceres,J.F.
 355     TITLE     A novel SR-related protein is required for the second step of
 356             Pre-mRNA splicing
 357     JOURNAL   Mol. Cell. Biol. 25 (8), 2969-2980 (2005)
 358     PUBMED   15798186
 359     REFERENCE   7  (bases 1 to 2881)
 360     AUTHORS   Dowhan,D.H., Hong,E.P., Auboeuf,D., Dennis,A.P., Wilson,M.M.,
 361             Berget,S.M. and O'Malley,B.W.
 362     TITLE     Steroid hormone receptor coactivation and alternative RNA splicing
 363             by U2AF65-related proteins CAPERalpha and CAPERbeta
 364     JOURNAL   Mol. Cell 17 (3), 429-439 (2005)
 365     PUBMED   15694343
 366     REFERENCE   8  (bases 1 to 2881)
 367     AUTHORS   Sun,N.N., Fastje,C.D., Wong,S.S., Sheppard,P.R., Macdonald,S.J.,
 368             Ridenour,G., Hyde,J.D. and Witten,M.L.
 369     TITLE     Dose-dependent transcriptome changes by metal ores on a human acute
 370             lymphoblastic leukemia cell line
 371     JOURNAL   Toxicol Ind Health 19 (7-10), 157-163 (2003)
 372     PUBMED   15747776
 373     REMARK    GeneRIF: 10 genes were down-regulated following treatment of the
 374             T-ALL cells with 0.15 and 1.5 microg/mL of metal ores at 72 h
 375     REFERENCE   9  (bases 1 to 2881)
 376     AUTHORS   Jung,D.J., Na,S.Y., Na,D.S. and Lee,J.W.
 377     TITLE     Molecular cloning and characterization of CAPER, a novel
 378             coactivator of activating protein-1 and estrogen receptors
 379     JOURNAL   J. Biol. Chem. 277 (2), 1229-1234 (2002)
 380     PUBMED   11704680
 381     REMARK    GeneRIF: This paper describes the mouse gene.
 382     REFERENCE   10 (bases 1 to 2881)
 383     AUTHORS   Imai,H., Chan,E.K., Kiyosawa,K., Fu,X.D. and Tan,E.M.
 384     TITLE     Novel nuclear autoantigen with splicing factor motifs identified
 385             with antibody from hepatocellular carcinoma
 386     JOURNAL   J. Clin. Invest. 92 (5), 2419-2426 (1993)
 387     PUBMED   8227358
 388     COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
 389             reference sequence was derived from DC346351.1, BC141835.1 and
 390             C75555.1.
 391             On Jun 16, 2011 this sequence version replaced gi:35493810.
 392
 393             Summary: This gene encodes a member of the U2AF65 family of
 394             proteins. The encoded protein is found in the nucleus, where it
 395             co-localizes with core spliceosomal proteins. It has been shown to
 396             play a role in both steroid hormone receptor-mediated transcription
 397             and alternative splicing, and it is also a transcriptional
 398             coregulator of the viral oncoprotein v-Rel. Multiple transcript
 399             variants have been observed for this gene. A related pseudogene has
 400             been identified on chromosome X. [provided by RefSeq, Aug 2011].
 401
 402             Transcript Variant: This variant (1) encodes the longest isoform
 403             (a, also called CC1.4).
 404
 405             Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
 406             publications that are available for this gene. Please see the Gene
 407             record to access additional publications.
 408
 409             ##Evidence-Data-START##
 410             Transcript exon combination :: BC141835.1, L10911.1 [ECO:0000332]
 411             RNAseq introns              :: mixed/partial sample support
 412                                            ERS025081, ERS025082 [ECO:0000350]
 413             ##Evidence-Data-END##
 414             COMPLETENESS: complete on the 3' end.
 415     PRIMARY     REFSEQ_SPAN         PRIMARY_IDENTIFIER PRIMARY_SPAN        COMP
 416             1-578               DC346351.1         3-580
 417             579-2872            BC141835.1         429-2722
 418             2873-2881           C75555.1           1-9                 c
 419     FEATURES             Location/Qualifiers
 420      source          1..2881
 421                      /organism="Homo sapiens"
 422                      /mol_type="mRNA"
 423                      /db_xref="taxon:9606"
 424                      /chromosome="20"
 425                      /map="20q11.22"
 426      gene            1..2881
 427                      /gene="RBM39"
 428                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 429                      /note="RNA binding motif protein 39"
 430                      /db_xref="GeneID:9584"
 431                      /db_xref="HGNC:15923"
 432                      /db_xref="HPRD:09201"
 433                      /db_xref="MIM:604739"
 434      exon            1..396
 435                      /gene="RBM39"
 436                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 437                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 438      STS             35..262
 439                      /gene="RBM39"
 440                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 441                      /standard_name="REN58946"
 442                      /db_xref="UniSTS:383746"
 443      misc_feature    221..223
 444                      /gene="RBM39"
 445                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 446                      /note="upstream in-frame stop codon"
 447      STS             299..453
 448                      /gene="RBM39"
 449                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 450                      /standard_name="G64285"
 451                      /db_xref="UniSTS:158667"
 452      exon            397..460
 453                      /gene="RBM39"
 454                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 455                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 456      CDS             410..2002
 457                      /gene="RBM39"
 458                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 459                      /note="isoform a is encoded by transcript variant 1;
 460                      coactivator of activating protein-1 and estrogen
 461                      receptors; functional spliceosome-associated protein 59;
 462                      RNA-binding region (RNP1, RRM) containing 2;
 463                      hepatocellular carcinoma protein 1; splicing factor HCC1"
 464                      /codon_start=1
 465                      /product="RNA-binding protein 39 isoform a"
 466                      /protein_id="NP_909122.1"
 467                      /db_xref="GI:35493811"
 468                      /db_xref="CCDS:CCDS13266.1"
 469                      /db_xref="GeneID:9584"
 470                      /db_xref="HGNC:15923"
 471                      /db_xref="HPRD:09201"
 472                      /db_xref="MIM:604739"
 473                      /translation="MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRS
 474                      HERKRSKSKERKRSRDRERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGP
 475                      KFNSAIRGKIGLPHSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQL
 476                      AARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRV
 477                      LGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRI
 478                      ESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASS
 479                      ASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLMARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVAE
 480                      FSFVIDLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDV
 481                      IEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPL
 482                      PTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR"
 483      misc_feature    413..415
 484                      /gene="RBM39"
 485                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 486                      /experiment="experimental evidence, no additional details
 487                      recorded"
 488                      /note="N-acetylalanine; propagated from
 489                      UniProtKB/Swiss-Prot (Q14498.2); acetylation site"
 490
 491      exon            461..510
 492                      /gene="RBM39"
 493                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 494                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 495
 496      exon            1902..2874
 497                      /gene="RBM39"
 498                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 499                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 500      STS             1956..2182
 501                      /gene="RBM39"
 502                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 503                      /standard_name="REN58786"
 504                      /db_xref="UniSTS:383586"
 505      STS             2104..2148
 506                      /gene="RBM39"
 507                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 508                      /standard_name="D19S1033"
 509                      /db_xref="UniSTS:154759"
 510      STS             2145..2400
 511                      /gene="RBM39"
 512                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 513                      /standard_name="REN58785"
 514                      /db_xref="UniSTS:383585"
 515
 516      polyA_signal    2851..2856
 517                      /gene="RBM39"
 518                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 519      polyA_site      2874
 520                      /gene="RBM39"
 521                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 522     ORIGIN
 523         1 atttggagct tggggcagct tctcgcgaga gcccgtgctg agggctctgt gaggccccgt
 524        61 gtgtttgtgt gtgtgtatgt gtgctggtga atgtgagtac agggaagcag cggccgccat
 525       121 ttcagggagc ttgtcgacgc tgtcgcaggg gtggatcctg agctgccgaa gccgccgtcc
 526       181 tgctctcccg cgtgggcttc tctaattcca ttgttttttt tagattctct cgggcctagc
 527       241 cgtccttgga acccgatatt cgggctgggc ggttccgcgg cctgggccta ggggcttaac
 528
 529
 530
 531     */
 532     private EbiDbEntry() {
 533     }
 534
 535     private void addCrossReference( final Accession accession ) {
 536         if ( _cross_references == null ) {
 537             _cross_references = new TreeSet<Accession>();
 538         }
 539         System.out.println( "XREF ADDED: " + accession );
 540         _cross_references.add( accession );
 541     }
 542
 543     @Override
 544     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
 545         throw new CloneNotSupportedException();
 546     }
 547
 548     @Override
 549     public String getAccession() {
 550         return _pa;
 551     }
 552
 553     @Override
 554     public SortedSet<Accession> getCrossReferences() {
 555         return _cross_references;
 556     }
 557
 558     @Override
 559     public String getGeneName() {
 560         return _gene_name;
 561     }
 562
 563     @Override
 564     public SortedSet<GoTerm> getGoTerms() {
 565         return null;
 566     }
 567
 568     @Override
 569     public String getProvider() {
 570         return _provider;
 571     }
 572
 573     @Override
 574     public String getSequenceName() {
 575         return _de;
 576     }
 577
 578     @Override
 579     public String getSequenceSymbol() {
 580         return _symbol;
 581     }
 582
 583     private void setSequenceSymbol( final String symbol ) {
 584         _symbol = symbol;
 585     }
 586
 587     @Override
 588     public String getTaxonomyIdentifier() {
 589         return _tax_id;
 590     }
 591
 592     @Override
 593     public String getTaxonomyScientificName() {
 594         return _os;
 595     }
 596
 597     @Override
 598     public boolean isEmpty() {
 599         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 600                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 601                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 602     }
 603
 604     private void setSequenceName( final String rec_name ) {
 605         if ( _de == null ) {
 606             _de = rec_name;
 607         }
 608     }
 609
 610     private void setGeneName( final String gene_name ) {
 611         if ( _gene_name == null ) {
 612             _gene_name = gene_name;
 613         }
 614     }
 615
 616     private void setTaxonomyScientificName( final String os ) {
 617         if ( _os == null ) {
 618             _os = os;
 619         }
 620     }
 621
 622     private void setAccession( final String pa ) {
 623         if ( _pa == null ) {
 624             _pa = pa;
 625         }
 626     }
 627
 628     public void setProvider( final String provider ) {
 629         _provider = provider;
 630     }
 631
 632     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 633         if ( _tax_id == null ) {
 634             _tax_id = tax_id;
 635         }
 636     }
 637
 638     @Override
 639     public SortedSet<Annotation> getAnnotations() {
 640         return _annotations;
 641     }
 642
 643     private void addAnnotation( final Annotation annotation ) {
 644         if ( _annotations == null ) {
 645             _annotations = new TreeSet<Annotation>();
 646         }
 647         _annotations.add( annotation );
 648     }
 649 }