forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.regex.Matcher;
  31 import java.util.regex.Pattern;
  32
  33 import org.forester.go.GoTerm;
  34 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
  36 import org.forester.util.ForesterUtil;
  37
  38 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  39
  40     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  41         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  42         for( final String line : lines ) {
  43             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  44                 e.setPA( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "PA" ) );
  45             }
  46             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  47                 e.setDe( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DE" ) );
  48             }
  49             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  50                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  51                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "OS", "(" ) );
  52                 }
  53                 else {
  54                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "OS" ) );
  55                 }
  56             }
  57             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  58                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  59                     e.setTaxId( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  60                 }
  61             }
  62         }
  63         return e;
  64     }
  65
  66     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainTextForRefSeq( final List<String> lines ) {
  67         final Pattern X_PATTERN = Pattern.compile( "^[A-Z]+" );
  68         final Pattern chromosome_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/chromosome=\"(\\w+)\"" );
  69         final Pattern map_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/map=\"([\\w+\\.])\"" );
  70         final Pattern gene_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/gene=\"(.+)\"" );
  71         final Pattern mim_xref_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"MIM:(\\d+)\"" );
  72         final Pattern taxon_xref_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"taxon:(\\d+)\"" );
  73         final Pattern interpro_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"InterPro:(IP\\d+)\"" );
  74         final Pattern uniprot_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"UniProtKB/TrEMBL:(\\w+)\"" );
  75         final Pattern ec_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/EC_number=\"[\\.\\-\\d]+\"" );
  76         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  77         final StringBuilder def = new StringBuilder();
  78         boolean in_definition = false;
  79         boolean in_features = false;
  80         boolean in_source = false;
  81         boolean in_gene = false;
  82         boolean in_cds = false;
  83         boolean in_protein = false;
  84         for( final String line : lines ) {
  85             if ( line.startsWith( "ACCESSION " ) ) {
  86                 e.setPA( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "ACCESSION" ) );
  87                 in_definition = false;
  88             }
  89             else if ( line.startsWith( "ID " ) ) {
  90                 e.setPA( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "ID", ";" ) );
  91                 in_definition = false;
  92             }
  93             else if ( line.startsWith( "DEFINITION " ) || ( line.startsWith( "DE " ) ) ) {
  94                 boolean definiton = false;
  95                 if ( line.startsWith( "DEFINITION " ) ) {
  96                     definiton = true;
  97                 }
  98                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
  99                     if ( definiton ) {
 100                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DEFINITION", "[" ) ) );
 101                     }
 102                     else {
 103                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DE", "[" ) ) );
 104                     }
 105                 }
 106                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
 107                     if ( definiton ) {
 108                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DEFINITION", "." ) ) );
 109                     }
 110                     else {
 111                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DE", "." ) ) );
 112                     }
 113                 }
 114                 else {
 115                     if ( definiton ) {
 116                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DEFINITION" ) ) );
 117                     }
 118                     else {
 119                         x( def, ( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DE" ) ) );
 120                     }
 121                 }
 122                 if ( definiton ) {
 123                     in_definition = true;
 124                 }
 125             }
 126             else if ( line.startsWith( "  ORGANISM " ) ) {
 127                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 128                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "  ORGANISM", "(" ) );
 129                 }
 130                 else {
 131                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "  ORGANISM" ) );
 132                 }
 133                 //  in_def = false;
 134             }
 135             else if ( line.startsWith( "OS " ) ) {
 136                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 137                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "OS", "(" ) );
 138                 }
 139                 else {
 140                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "OS" ) );
 141                 }
 142             }
 143             else if ( line.startsWith( " " ) && in_definition ) {
 144                 def.append( " " );
 145                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
 146                     def.append( SequenceDbWsTools.extractTo( line, "[" ) );
 147                 }
 148                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
 149                     def.append( SequenceDbWsTools.extractTo( line, "." ) );
 150                 }
 151                 else {
 152                     def.append( line.trim() );
 153                 }
 154             }
 155             else {
 156                 in_definition = false;
 157             }
 158             if ( X_PATTERN.matcher( line ).find() ) {
 159                 in_features = false;
 160                 in_source = false;
 161                 in_gene = false;
 162                 in_cds = false;
 163                 in_protein = false;
 164                 // in_def = false;
 165             }
 166             if ( line.startsWith( "FEATURES " ) ) {
 167                 in_features = true;
 168             }
 169             if ( in_features && line.startsWith( "     source " ) ) {
 170                 in_source = true;
 171                 in_gene = false;
 172                 in_cds = false;
 173                 in_protein = false;
 174             }
 175             if ( in_features && line.startsWith( "     gene " ) ) {
 176                 in_source = false;
 177                 in_gene = true;
 178                 in_cds = false;
 179                 in_protein = false;
 180             }
 181             if ( in_features && line.startsWith( "     CDS " ) ) {
 182                 in_source = false;
 183                 in_gene = false;
 184                 in_cds = true;
 185                 in_protein = false;
 186             }
 187             if ( in_features && line.startsWith( "     Protein " ) ) {
 188                 in_source = false;
 189                 in_gene = false;
 190                 in_cds = false;
 191                 in_protein = true;
 192             }
 193             if ( in_protein || in_cds ) {
 194                 final Matcher m = ec_PATTERN.matcher( line );
 195                 if ( m.find() ) {
 196                     e.addAnnotation( new Annotation( "EC", m.group( 1 ) ) );
 197                 }
 198             }
 199         }
 200         if ( def.length() > 0 ) {
 201             e.setDe( def.toString().trim() );
 202         }
 203         return e;
 204     }
 205
 206     private static void x( final StringBuilder sb, final String s ) {
 207         if ( sb.length() > 0 ) {
 208             sb.append( " " );
 209         }
 210         sb.append( s.trim() );
 211     }
 212     // FIXME actually this is NCBI entry
 213     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
 214     private String           _pa;
 215     private String           _de;
 216     private String           _os;
 217     private String           _tax_id;
 218     private String           _symbol;
 219     private String           _provider;
 220     private List<Accession>  _cross_references;
 221     private List<Annotation> _annotations;
 222     private String           _gene_name;
 223
 224     // TODO  PUBMED   15798186
 225     //TODO  (FEATURES)
 226     // source /db_xref="taxon:9606"
 227     // gene            1..2881
 228     // /gene="RBM39"
 229     //
 230     // /db_xref="MIM:604739"
 231     // CDS
 232     // /gene="RBM39"
 233     // /db_xref="MIM:604739"
 234     // /db_xref="InterPro:IPR002475"
 235     // /product="Bcl-2"
 236     // /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q5J7V1" <- reparse?
 237     //
 238     // Protein
 239     /*
 240     LOCUS       NM_184234               2881 bp    mRNA    linear   PRI 16-JUN-2013
 241     DEFINITION  Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript
 242             variant 1, mRNA.
 243     ACCESSION   NM_184234
 244     VERSION     NM_184234.2  GI:336176061
 245     KEYWORDS    RefSeq.
 246     SOURCE      Homo sapiens (human)
 247     ORGANISM  Homo sapiens
 248             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
 249             Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
 250             Catarrhini; Hominidae; Homo.
 251     REFERENCE   1  (bases 1 to 2881)
 252     AUTHORS   Sillars-Hardebol,A.H., Carvalho,B., Belien,J.A., de Wit,M.,
 253             Delis-van Diemen,P.M., Tijssen,M., van de Wiel,M.A., Ponten,F.,
 254             Meijer,G.A. and Fijneman,R.J.
 255     TITLE     CSE1L, DIDO1 and RBM39 in colorectal adenoma to carcinoma
 256             progression
 257     JOURNAL   Cell Oncol (Dordr) 35 (4), 293-300 (2012)
 258     PUBMED   22711543
 259     REMARK    GeneRIF: Data show that CSE1L, DIDO1 and RBM39 mRNA expression
 260             levels correlated with chromosome 20q DNA copy number status.
 261     REFERENCE   2  (bases 1 to 2881)
 262     AUTHORS   Huang,G., Zhou,Z., Wang,H. and Kleinerman,E.S.
 263     TITLE     CAPER-alpha alternative splicing regulates the expression of
 264             vascular endothelial growth factor(1)(6)(5) in Ewing sarcoma cells
 265     JOURNAL   Cancer 118 (8), 2106-2116 (2012)
 266     PUBMED   22009261
 267     REMARK    GeneRIF: Increased VEGF(165) expression is secondary to the
 268             down-regulation of CAPER-alpha by EWS/FLI-1. CAPER-alpha mediates
 269             alternative splicing and controls the shift from VEGF(189) to
 270             VEGF(165) .
 271     REFERENCE   3  (bases 1 to 2881)
 272     AUTHORS   Han,B., Stockwin,L.H., Hancock,C., Yu,S.X., Hollingshead,M.G. and
 273             Newton,D.L.
 274     TITLE     Proteomic analysis of nuclei isolated from cancer cell lines
 275             treated with indenoisoquinoline NSC 724998, a novel topoisomerase I
 276             inhibitor
 277     JOURNAL   J. Proteome Res. 9 (8), 4016-4027 (2010)
 278     PUBMED   20515076
 279     REMARK    Erratum:[J Proteome Res. 2011 Apr 1;10(4):2128]
 280     REFERENCE   4  (bases 1 to 2881)
 281     AUTHORS   Zhang,J.Y., Looi,K.S. and Tan,E.M.
 282     TITLE     Identification of tumor-associated antigens as diagnostic and
 283             predictive biomarkers in cancer
 284     JOURNAL   Methods Mol. Biol. 520, 1-10 (2009)
 285     PUBMED   19381943
 286     REFERENCE   5  (bases 1 to 2881)
 287     AUTHORS   Dutta,J., Fan,G. and Gelinas,C.
 288     TITLE     CAPERalpha is a novel Rel-TAD-interacting factor that inhibits
 289             lymphocyte transformation by the potent Rel/NF-kappaB oncoprotein
 290             v-Rel
 291     JOURNAL   J. Virol. 82 (21), 10792-10802 (2008)
 292     PUBMED   18753212
 293     REMARK    GeneRIF: this study identifies CAPERalpha (RNA binding motif
 294             protein 39) as a new transcriptional coregulator for v-Rel and
 295             reveals an important role in modulating Rel's oncogenic activity.
 296     REFERENCE   6  (bases 1 to 2881)
 297     AUTHORS   Cazalla,D., Newton,K. and Caceres,J.F.
 298     TITLE     A novel SR-related protein is required for the second step of
 299             Pre-mRNA splicing
 300     JOURNAL   Mol. Cell. Biol. 25 (8), 2969-2980 (2005)
 301     PUBMED   15798186
 302     REFERENCE   7  (bases 1 to 2881)
 303     AUTHORS   Dowhan,D.H., Hong,E.P., Auboeuf,D., Dennis,A.P., Wilson,M.M.,
 304             Berget,S.M. and O'Malley,B.W.
 305     TITLE     Steroid hormone receptor coactivation and alternative RNA splicing
 306             by U2AF65-related proteins CAPERalpha and CAPERbeta
 307     JOURNAL   Mol. Cell 17 (3), 429-439 (2005)
 308     PUBMED   15694343
 309     REFERENCE   8  (bases 1 to 2881)
 310     AUTHORS   Sun,N.N., Fastje,C.D., Wong,S.S., Sheppard,P.R., Macdonald,S.J.,
 311             Ridenour,G., Hyde,J.D. and Witten,M.L.
 312     TITLE     Dose-dependent transcriptome changes by metal ores on a human acute
 313             lymphoblastic leukemia cell line
 314     JOURNAL   Toxicol Ind Health 19 (7-10), 157-163 (2003)
 315     PUBMED   15747776
 316     REMARK    GeneRIF: 10 genes were down-regulated following treatment of the
 317             T-ALL cells with 0.15 and 1.5 microg/mL of metal ores at 72 h
 318     REFERENCE   9  (bases 1 to 2881)
 319     AUTHORS   Jung,D.J., Na,S.Y., Na,D.S. and Lee,J.W.
 320     TITLE     Molecular cloning and characterization of CAPER, a novel
 321             coactivator of activating protein-1 and estrogen receptors
 322     JOURNAL   J. Biol. Chem. 277 (2), 1229-1234 (2002)
 323     PUBMED   11704680
 324     REMARK    GeneRIF: This paper describes the mouse gene.
 325     REFERENCE   10 (bases 1 to 2881)
 326     AUTHORS   Imai,H., Chan,E.K., Kiyosawa,K., Fu,X.D. and Tan,E.M.
 327     TITLE     Novel nuclear autoantigen with splicing factor motifs identified
 328             with antibody from hepatocellular carcinoma
 329     JOURNAL   J. Clin. Invest. 92 (5), 2419-2426 (1993)
 330     PUBMED   8227358
 331     COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
 332             reference sequence was derived from DC346351.1, BC141835.1 and
 333             C75555.1.
 334             On Jun 16, 2011 this sequence version replaced gi:35493810.
 335
 336             Summary: This gene encodes a member of the U2AF65 family of
 337             proteins. The encoded protein is found in the nucleus, where it
 338             co-localizes with core spliceosomal proteins. It has been shown to
 339             play a role in both steroid hormone receptor-mediated transcription
 340             and alternative splicing, and it is also a transcriptional
 341             coregulator of the viral oncoprotein v-Rel. Multiple transcript
 342             variants have been observed for this gene. A related pseudogene has
 343             been identified on chromosome X. [provided by RefSeq, Aug 2011].
 344
 345             Transcript Variant: This variant (1) encodes the longest isoform
 346             (a, also called CC1.4).
 347
 348             Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
 349             publications that are available for this gene. Please see the Gene
 350             record to access additional publications.
 351
 352             ##Evidence-Data-START##
 353             Transcript exon combination :: BC141835.1, L10911.1 [ECO:0000332]
 354             RNAseq introns              :: mixed/partial sample support
 355                                            ERS025081, ERS025082 [ECO:0000350]
 356             ##Evidence-Data-END##
 357             COMPLETENESS: complete on the 3' end.
 358     PRIMARY     REFSEQ_SPAN         PRIMARY_IDENTIFIER PRIMARY_SPAN        COMP
 359             1-578               DC346351.1         3-580
 360             579-2872            BC141835.1         429-2722
 361             2873-2881           C75555.1           1-9                 c
 362     FEATURES             Location/Qualifiers
 363      source          1..2881
 364                      /organism="Homo sapiens"
 365                      /mol_type="mRNA"
 366                      /db_xref="taxon:9606"
 367                      /chromosome="20"
 368                      /map="20q11.22"
 369      gene            1..2881
 370                      /gene="RBM39"
 371                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 372                      /note="RNA binding motif protein 39"
 373                      /db_xref="GeneID:9584"
 374                      /db_xref="HGNC:15923"
 375                      /db_xref="HPRD:09201"
 376                      /db_xref="MIM:604739"
 377      exon            1..396
 378                      /gene="RBM39"
 379                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 380                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 381      STS             35..262
 382                      /gene="RBM39"
 383                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 384                      /standard_name="REN58946"
 385                      /db_xref="UniSTS:383746"
 386      misc_feature    221..223
 387                      /gene="RBM39"
 388                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 389                      /note="upstream in-frame stop codon"
 390      STS             299..453
 391                      /gene="RBM39"
 392                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 393                      /standard_name="G64285"
 394                      /db_xref="UniSTS:158667"
 395      exon            397..460
 396                      /gene="RBM39"
 397                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 398                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 399      CDS             410..2002
 400                      /gene="RBM39"
 401                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 402                      /note="isoform a is encoded by transcript variant 1;
 403                      coactivator of activating protein-1 and estrogen
 404                      receptors; functional spliceosome-associated protein 59;
 405                      RNA-binding region (RNP1, RRM) containing 2;
 406                      hepatocellular carcinoma protein 1; splicing factor HCC1"
 407                      /codon_start=1
 408                      /product="RNA-binding protein 39 isoform a"
 409                      /protein_id="NP_909122.1"
 410                      /db_xref="GI:35493811"
 411                      /db_xref="CCDS:CCDS13266.1"
 412                      /db_xref="GeneID:9584"
 413                      /db_xref="HGNC:15923"
 414                      /db_xref="HPRD:09201"
 415                      /db_xref="MIM:604739"
 416                      /translation="MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRS
 417                      HERKRSKSKERKRSRDRERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGP
 418                      KFNSAIRGKIGLPHSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQL
 419                      AARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRV
 420                      LGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRI
 421                      ESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASS
 422                      ASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLMARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVAE
 423                      FSFVIDLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDV
 424                      IEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPL
 425                      PTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR"
 426      misc_feature    413..415
 427                      /gene="RBM39"
 428                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 429                      /experiment="experimental evidence, no additional details
 430                      recorded"
 431                      /note="N-acetylalanine; propagated from
 432                      UniProtKB/Swiss-Prot (Q14498.2); acetylation site"
 433
 434      exon            461..510
 435                      /gene="RBM39"
 436                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 437                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 438
 439      exon            1902..2874
 440                      /gene="RBM39"
 441                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 442                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 443      STS             1956..2182
 444                      /gene="RBM39"
 445                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 446                      /standard_name="REN58786"
 447                      /db_xref="UniSTS:383586"
 448      STS             2104..2148
 449                      /gene="RBM39"
 450                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 451                      /standard_name="D19S1033"
 452                      /db_xref="UniSTS:154759"
 453      STS             2145..2400
 454                      /gene="RBM39"
 455                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 456                      /standard_name="REN58785"
 457                      /db_xref="UniSTS:383585"
 458
 459      polyA_signal    2851..2856
 460                      /gene="RBM39"
 461                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 462      polyA_site      2874
 463                      /gene="RBM39"
 464                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 465     ORIGIN
 466         1 atttggagct tggggcagct tctcgcgaga gcccgtgctg agggctctgt gaggccccgt
 467        61 gtgtttgtgt gtgtgtatgt gtgctggtga atgtgagtac agggaagcag cggccgccat
 468       121 ttcagggagc ttgtcgacgc tgtcgcaggg gtggatcctg agctgccgaa gccgccgtcc
 469       181 tgctctcccg cgtgggcttc tctaattcca ttgttttttt tagattctct cgggcctagc
 470       241 cgtccttgga acccgatatt cgggctgggc ggttccgcgg cctgggccta ggggcttaac
 471
 472
 473
 474     */
 475     private EbiDbEntry() {
 476     }
 477
 478     private void addCrossReference( final Accession accession ) {
 479         if ( _cross_references == null ) {
 480             _cross_references = new ArrayList<Accession>();
 481         }
 482         System.out.println( "XREF ADDED: " + accession );
 483         _cross_references.add( accession );
 484     }
 485
 486     @Override
 487     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
 488         throw new CloneNotSupportedException();
 489     }
 490
 491     @Override
 492     public String getAccession() {
 493         return _pa;
 494     }
 495
 496     @Override
 497     public List<Accession> getCrossReferences() {
 498         return _cross_references;
 499     }
 500
 501     @Override
 502     public String getGeneName() {
 503         return _gene_name;
 504     }
 505
 506     @Override
 507     public List<GoTerm> getGoTerms() {
 508         return null;
 509     }
 510
 511     @Override
 512     public String getProvider() {
 513         return _provider;
 514     }
 515
 516     @Override
 517     public String getSequenceName() {
 518         return _de;
 519     }
 520
 521     @Override
 522     public String getSequenceSymbol() {
 523         return _symbol;
 524     }
 525
 526     @Override
 527     public String getTaxonomyIdentifier() {
 528         return _tax_id;
 529     }
 530
 531     @Override
 532     public String getTaxonomyScientificName() {
 533         return _os;
 534     }
 535
 536     @Override
 537     public boolean isEmpty() {
 538         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 539                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 540                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 541     }
 542
 543     private void setDe( final String rec_name ) {
 544         if ( _de == null ) {
 545             _de = rec_name;
 546         }
 547     }
 548
 549     private void setGeneName( final String gene_name ) {
 550         if ( _gene_name == null ) {
 551             _gene_name = gene_name;
 552         }
 553     }
 554
 555     private void setOs( final String os ) {
 556         if ( _os == null ) {
 557             _os = os;
 558         }
 559     }
 560
 561     private void setPA( final String pa ) {
 562         if ( _pa == null ) {
 563             _pa = pa;
 564         }
 565     }
 566
 567     public void setProvider( final String provider ) {
 568         _provider = provider;
 569     }
 570
 571     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 572         if ( _tax_id == null ) {
 573             _tax_id = tax_id;
 574         }
 575     }
 576
 577     @Override
 578     public List<Annotation> getAnnotations() {
 579         return _annotations;
 580     }
 581
 582     private void addAnnotation( final Annotation annotation ) {
 583         if ( _annotations == null ) {
 584             _annotations = new ArrayList<Annotation>();
 585         }
 586         _annotations.add( annotation );
 587     }
 588 }