forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.forester.util.ForesterUtil;
  31
  32 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  33
  34     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
  35     private String _pa;
  36     private String _de;
  37     private String _os;
  38     private String _tax_id;
  39     private String _symbol;
  40     private String _provider;
  41
  42     private EbiDbEntry() {
  43     }
  44
  45     @Override
  46     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  47         throw new CloneNotSupportedException();
  48     }
  49
  50     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainTextForRefSeq( final List<String> lines ) {
  51         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  52         for( final String line : lines ) {
  53             //  System.out.println( "-" + line );
  54             if ( line.startsWith( "ACCESSION" ) ) {
  55                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "ACCESSION" ) );
  56             }
  57             else if ( line.startsWith( "DEFINITION" ) ) {
  58                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
  59                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION", "[" ) );
  60                 }
  61                 else {
  62                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION" ) );
  63                 }
  64             }
  65             else if ( line.startsWith( "SOURCE" ) ) {
  66                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  67                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE", "(" ) );
  68                 }
  69                 else {
  70                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE" ) );
  71                 }
  72             }
  73         }
  74         return e;
  75     }
  76
  77     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  78         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  79         for( final String line : lines ) {
  80             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  81                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "PA" ) );
  82             }
  83             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  84                 // if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  85                 e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DE" ) );
  86                 //}
  87             }
  88             //  else if ( line.startsWith( "GN" ) ) {
  89             //      if ( ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) ) {
  90             //          e.setSymbol( extract( line, "Name=", ";" ) );
  91             //      }
  92             //  }
  93             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  94                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  95                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  96                 }
  97                 else {
  98                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS" ) );
  99                 }
 100             }
 101             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
 102                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
 103                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
 104                 }
 105             }
 106         }
 107         return e;
 108     }
 109
 110     @Override
 111     public String getAccession() {
 112         return _pa;
 113     }
 114
 115     private void setPA( final String pa ) {
 116         if ( _pa == null ) {
 117             _pa = pa;
 118         }
 119     }
 120
 121     @Override
 122     public String getSequenceName() {
 123         return _de;
 124     }
 125
 126     private void setDe( final String rec_name ) {
 127         if ( _de == null ) {
 128             _de = rec_name;
 129         }
 130     }
 131
 132     @Override
 133     public String getTaxonomyScientificName() {
 134         return _os;
 135     }
 136
 137     private void setOs( final String os ) {
 138         if ( _os == null ) {
 139             _os = os;
 140         }
 141     }
 142
 143     @Override
 144     public String getTaxonomyIdentifier() {
 145         return _tax_id;
 146     }
 147
 148     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 149         if ( _tax_id == null ) {
 150             _tax_id = tax_id;
 151         }
 152     }
 153
 154     @Override
 155     public String getSequenceSymbol() {
 156         return _symbol;
 157     }
 158
 159     private void setSymbol( final String symbol ) {
 160         if ( _symbol == null ) {
 161             _symbol = symbol;
 162         }
 163     }
 164
 165     @Override
 166     public boolean isEmpty() {
 167         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 168                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 169                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 170     }
 171
 172     @Override
 173     public String getProvider() {
 174         return _provider;
 175     }
 176
 177     public void setProvider( final String provider ) {
 178         _provider = provider;
 179     }
 180 }