forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.forester.go.GoTerm;
  31 import org.forester.util.ForesterUtil;
  32
  33 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  34
  35     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
  36     private String _pa;
  37     private String _de;
  38     private String _os;
  39     private String _tax_id;
  40     private String _symbol;
  41     private String _provider;
  42
  43     private EbiDbEntry() {
  44     }
  45
  46     @Override
  47     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  48         throw new CloneNotSupportedException();
  49     }
  50
  51     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainTextForRefSeq( final List<String> lines ) {
  52         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  53         for( final String line : lines ) {
  54             //  System.out.println( "-" + line );
  55             if ( line.startsWith( "ACCESSION" ) ) {
  56                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "ACCESSION" ) );
  57             }
  58             else if ( line.startsWith( "DEFINITION" ) ) {
  59                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
  60                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION", "[" ) );
  61                 }
  62                 else {
  63                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION" ) );
  64                 }
  65             }
  66             else if ( line.startsWith( "SOURCE" ) ) {
  67                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  68                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE", "(" ) );
  69                 }
  70                 else {
  71                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE" ) );
  72                 }
  73             }
  74         }
  75         return e;
  76     }
  77
  78     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  79         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  80         for( final String line : lines ) {
  81             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  82                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "PA" ) );
  83             }
  84             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  85                 e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DE" ) );
  86             }
  87             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  88                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  89                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  90                 }
  91                 else {
  92                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS" ) );
  93                 }
  94             }
  95             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  96                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  97                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  98                 }
  99             }
 100         }
 101         return e;
 102     }
 103
 104     @Override
 105     public String getAccession() {
 106         return _pa;
 107     }
 108
 109     private void setPA( final String pa ) {
 110         if ( _pa == null ) {
 111             _pa = pa;
 112         }
 113     }
 114
 115     @Override
 116     public String getSequenceName() {
 117         return _de;
 118     }
 119
 120     private void setDe( final String rec_name ) {
 121         if ( _de == null ) {
 122             _de = rec_name;
 123         }
 124     }
 125
 126     @Override
 127     public String getTaxonomyScientificName() {
 128         return _os;
 129     }
 130
 131     private void setOs( final String os ) {
 132         if ( _os == null ) {
 133             _os = os;
 134         }
 135     }
 136
 137     @Override
 138     public String getTaxonomyIdentifier() {
 139         return _tax_id;
 140     }
 141
 142     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 143         if ( _tax_id == null ) {
 144             _tax_id = tax_id;
 145         }
 146     }
 147
 148     @Override
 149     public String getSequenceSymbol() {
 150         return _symbol;
 151     }
 152
 153     @Override
 154     public boolean isEmpty() {
 155         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 156                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 157                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 158     }
 159
 160     @Override
 161     public String getProvider() {
 162         return _provider;
 163     }
 164
 165     public void setProvider( final String provider ) {
 166         _provider = provider;
 167     }
 168
 169     @Override
 170     public String getGeneName() {
 171         return null;
 172     }
 173
 174     @Override
 175     public List<GoTerm> getGoTerms() {
 176         return null;
 177     }
 178 }