forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.regex.Pattern;
  31
  32 import org.forester.go.GoTerm;
  33 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  34 import org.forester.util.ForesterUtil;
  35
  36 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  37
  38     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  39         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  40         for( final String line : lines ) {
  41             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  42                 e.setPA( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "PA" ) );
  43             }
  44             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  45                 e.setDe( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DE" ) );
  46             }
  47             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  48                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  49                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "OS", "(" ) );
  50                 }
  51                 else {
  52                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "OS" ) );
  53                 }
  54             }
  55             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  56                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  57                     e.setTaxId( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  58                 }
  59             }
  60         }
  61         return e;
  62     }
  63
  64     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainTextForRefSeq( final List<String> lines ) {
  65         final Pattern X_PATTERN = Pattern.compile( "^[A-Z]+" );
  66         final Pattern chromosome_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/chromosome=\"(\\w+)\"" );
  67         final Pattern map_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/map=\"([\\w+\\.])\"" );
  68         final Pattern gene_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/gene=\"(.+)\"" );
  69         final Pattern mim_xref_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"MIM:(\\d+)\"" );
  70         final Pattern taxon_xref_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"taxon:(\\d+)\"" );
  71         final Pattern interpro_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"InterPro:(IP\\d+)\"" );
  72         final Pattern uniprot_PATTERN = Pattern.compile( "\\s+/db_xref=\"UniProtKB/TrEMBL:(\\w+)\"" );
  73         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  74         final StringBuilder def = new StringBuilder();
  75         boolean in_def = false;
  76         boolean in_features = false;
  77         boolean in_source = false;
  78         boolean in_gene = false;
  79         boolean in_cds = false;
  80         boolean in_protein = false;
  81         for( final String line : lines ) {
  82             if ( line.startsWith( "ACCESSION " ) ) {
  83                 e.setPA( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "ACCESSION" ) );
  84                 in_def = false;
  85             }
  86             else if ( line.startsWith( "DEFINITION " ) ) {
  87                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
  88                     def.append( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DEFINITION", "[" ) );
  89                 }
  90                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
  91                     def.append( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "DEFINITION", "." ) );
  92                 }
  93                 else {
  94                     def.append( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "DEFINITION" ) );
  95                 }
  96                 in_def = true;
  97             }
  98             else if ( line.startsWith( "  ORGANISM " ) ) {
  99                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 100                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFromTo( line, "  ORGANISM", "(" ) );
 101                 }
 102                 else {
 103                     e.setOs( SequenceDbWsTools.extractFrom( line, "  ORGANISM" ) );
 104                 }
 105                 //  in_def = false;
 106             }
 107             else if ( line.startsWith( " " ) && in_def ) {
 108                 def.append( " " );
 109                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
 110                     def.append( SequenceDbWsTools.extractTo( line, "[" ) );
 111                 }
 112                 else if ( line.indexOf( "." ) > 0 ) {
 113                     def.append( SequenceDbWsTools.extractTo( line, "." ) );
 114                 }
 115                 else {
 116                     def.append( line.trim() );
 117                 }
 118             }
 119             else {
 120                 in_def = false;
 121             }
 122             if ( X_PATTERN.matcher( line ).find() ) {
 123                 in_features = false;
 124                 in_source = false;
 125                 in_gene = false;
 126                 in_cds = false;
 127                 in_protein = false;
 128                 // in_def = false;
 129             }
 130             if ( line.startsWith( "FEATURES " ) ) {
 131                 in_features = true;
 132             }
 133             if ( in_features && line.startsWith( "     source " ) ) {
 134                 in_source = true;
 135                 in_gene = false;
 136                 in_cds = false;
 137                 in_protein = false;
 138             }
 139             if ( in_features && line.startsWith( "     gene " ) ) {
 140                 in_source = false;
 141                 in_gene = true;
 142                 in_cds = false;
 143                 in_protein = false;
 144             }
 145             if ( in_features && line.startsWith( "     CDS " ) ) {
 146                 in_source = false;
 147                 in_gene = false;
 148                 in_cds = true;
 149                 in_protein = false;
 150             }
 151             if ( in_features && line.startsWith( "     Protein " ) ) {
 152                 in_source = false;
 153                 in_gene = false;
 154                 in_cds = false;
 155                 in_protein = true;
 156             }
 157         }
 158         if ( def.length() > 0 ) {
 159             e.setDe( def.toString().trim() );
 160         }
 161         return e;
 162     }
 163     // FIXME actually this is NCBI entry
 164     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
 165     private String               _pa;
 166     private String               _de;
 167     private String               _os;
 168     private String               _tax_id;
 169     private String               _symbol;
 170     private String               _provider;
 171     private ArrayList<Accession> _cross_references;
 172     private String               _gene_name;
 173
 174     // TODO  PUBMED   15798186
 175     //TODO  (FEATURES)
 176     // source /db_xref="taxon:9606"
 177     // gene            1..2881
 178     // /gene="RBM39"
 179     //
 180     // /db_xref="MIM:604739"
 181     // CDS
 182     // /gene="RBM39"
 183     // /db_xref="MIM:604739"
 184     // /db_xref="InterPro:IPR002475"
 185     // /product="Bcl-2"
 186     // /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q5J7V1" <- reparse?
 187     //
 188     // Protein
 189     /*
 190     LOCUS       NM_184234               2881 bp    mRNA    linear   PRI 16-JUN-2013
 191     DEFINITION  Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript
 192             variant 1, mRNA.
 193     ACCESSION   NM_184234
 194     VERSION     NM_184234.2  GI:336176061
 195     KEYWORDS    RefSeq.
 196     SOURCE      Homo sapiens (human)
 197     ORGANISM  Homo sapiens
 198             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
 199             Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
 200             Catarrhini; Hominidae; Homo.
 201     REFERENCE   1  (bases 1 to 2881)
 202     AUTHORS   Sillars-Hardebol,A.H., Carvalho,B., Belien,J.A., de Wit,M.,
 203             Delis-van Diemen,P.M., Tijssen,M., van de Wiel,M.A., Ponten,F.,
 204             Meijer,G.A. and Fijneman,R.J.
 205     TITLE     CSE1L, DIDO1 and RBM39 in colorectal adenoma to carcinoma
 206             progression
 207     JOURNAL   Cell Oncol (Dordr) 35 (4), 293-300 (2012)
 208     PUBMED   22711543
 209     REMARK    GeneRIF: Data show that CSE1L, DIDO1 and RBM39 mRNA expression
 210             levels correlated with chromosome 20q DNA copy number status.
 211     REFERENCE   2  (bases 1 to 2881)
 212     AUTHORS   Huang,G., Zhou,Z., Wang,H. and Kleinerman,E.S.
 213     TITLE     CAPER-alpha alternative splicing regulates the expression of
 214             vascular endothelial growth factor(1)(6)(5) in Ewing sarcoma cells
 215     JOURNAL   Cancer 118 (8), 2106-2116 (2012)
 216     PUBMED   22009261
 217     REMARK    GeneRIF: Increased VEGF(165) expression is secondary to the
 218             down-regulation of CAPER-alpha by EWS/FLI-1. CAPER-alpha mediates
 219             alternative splicing and controls the shift from VEGF(189) to
 220             VEGF(165) .
 221     REFERENCE   3  (bases 1 to 2881)
 222     AUTHORS   Han,B., Stockwin,L.H., Hancock,C., Yu,S.X., Hollingshead,M.G. and
 223             Newton,D.L.
 224     TITLE     Proteomic analysis of nuclei isolated from cancer cell lines
 225             treated with indenoisoquinoline NSC 724998, a novel topoisomerase I
 226             inhibitor
 227     JOURNAL   J. Proteome Res. 9 (8), 4016-4027 (2010)
 228     PUBMED   20515076
 229     REMARK    Erratum:[J Proteome Res. 2011 Apr 1;10(4):2128]
 230     REFERENCE   4  (bases 1 to 2881)
 231     AUTHORS   Zhang,J.Y., Looi,K.S. and Tan,E.M.
 232     TITLE     Identification of tumor-associated antigens as diagnostic and
 233             predictive biomarkers in cancer
 234     JOURNAL   Methods Mol. Biol. 520, 1-10 (2009)
 235     PUBMED   19381943
 236     REFERENCE   5  (bases 1 to 2881)
 237     AUTHORS   Dutta,J., Fan,G. and Gelinas,C.
 238     TITLE     CAPERalpha is a novel Rel-TAD-interacting factor that inhibits
 239             lymphocyte transformation by the potent Rel/NF-kappaB oncoprotein
 240             v-Rel
 241     JOURNAL   J. Virol. 82 (21), 10792-10802 (2008)
 242     PUBMED   18753212
 243     REMARK    GeneRIF: this study identifies CAPERalpha (RNA binding motif
 244             protein 39) as a new transcriptional coregulator for v-Rel and
 245             reveals an important role in modulating Rel's oncogenic activity.
 246     REFERENCE   6  (bases 1 to 2881)
 247     AUTHORS   Cazalla,D., Newton,K. and Caceres,J.F.
 248     TITLE     A novel SR-related protein is required for the second step of
 249             Pre-mRNA splicing
 250     JOURNAL   Mol. Cell. Biol. 25 (8), 2969-2980 (2005)
 251     PUBMED   15798186
 252     REFERENCE   7  (bases 1 to 2881)
 253     AUTHORS   Dowhan,D.H., Hong,E.P., Auboeuf,D., Dennis,A.P., Wilson,M.M.,
 254             Berget,S.M. and O'Malley,B.W.
 255     TITLE     Steroid hormone receptor coactivation and alternative RNA splicing
 256             by U2AF65-related proteins CAPERalpha and CAPERbeta
 257     JOURNAL   Mol. Cell 17 (3), 429-439 (2005)
 258     PUBMED   15694343
 259     REFERENCE   8  (bases 1 to 2881)
 260     AUTHORS   Sun,N.N., Fastje,C.D., Wong,S.S., Sheppard,P.R., Macdonald,S.J.,
 261             Ridenour,G., Hyde,J.D. and Witten,M.L.
 262     TITLE     Dose-dependent transcriptome changes by metal ores on a human acute
 263             lymphoblastic leukemia cell line
 264     JOURNAL   Toxicol Ind Health 19 (7-10), 157-163 (2003)
 265     PUBMED   15747776
 266     REMARK    GeneRIF: 10 genes were down-regulated following treatment of the
 267             T-ALL cells with 0.15 and 1.5 microg/mL of metal ores at 72 h
 268     REFERENCE   9  (bases 1 to 2881)
 269     AUTHORS   Jung,D.J., Na,S.Y., Na,D.S. and Lee,J.W.
 270     TITLE     Molecular cloning and characterization of CAPER, a novel
 271             coactivator of activating protein-1 and estrogen receptors
 272     JOURNAL   J. Biol. Chem. 277 (2), 1229-1234 (2002)
 273     PUBMED   11704680
 274     REMARK    GeneRIF: This paper describes the mouse gene.
 275     REFERENCE   10 (bases 1 to 2881)
 276     AUTHORS   Imai,H., Chan,E.K., Kiyosawa,K., Fu,X.D. and Tan,E.M.
 277     TITLE     Novel nuclear autoantigen with splicing factor motifs identified
 278             with antibody from hepatocellular carcinoma
 279     JOURNAL   J. Clin. Invest. 92 (5), 2419-2426 (1993)
 280     PUBMED   8227358
 281     COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
 282             reference sequence was derived from DC346351.1, BC141835.1 and
 283             C75555.1.
 284             On Jun 16, 2011 this sequence version replaced gi:35493810.
 285
 286             Summary: This gene encodes a member of the U2AF65 family of
 287             proteins. The encoded protein is found in the nucleus, where it
 288             co-localizes with core spliceosomal proteins. It has been shown to
 289             play a role in both steroid hormone receptor-mediated transcription
 290             and alternative splicing, and it is also a transcriptional
 291             coregulator of the viral oncoprotein v-Rel. Multiple transcript
 292             variants have been observed for this gene. A related pseudogene has
 293             been identified on chromosome X. [provided by RefSeq, Aug 2011].
 294
 295             Transcript Variant: This variant (1) encodes the longest isoform
 296             (a, also called CC1.4).
 297
 298             Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
 299             publications that are available for this gene. Please see the Gene
 300             record to access additional publications.
 301
 302             ##Evidence-Data-START##
 303             Transcript exon combination :: BC141835.1, L10911.1 [ECO:0000332]
 304             RNAseq introns              :: mixed/partial sample support
 305                                            ERS025081, ERS025082 [ECO:0000350]
 306             ##Evidence-Data-END##
 307             COMPLETENESS: complete on the 3' end.
 308     PRIMARY     REFSEQ_SPAN         PRIMARY_IDENTIFIER PRIMARY_SPAN        COMP
 309             1-578               DC346351.1         3-580
 310             579-2872            BC141835.1         429-2722
 311             2873-2881           C75555.1           1-9                 c
 312     FEATURES             Location/Qualifiers
 313      source          1..2881
 314                      /organism="Homo sapiens"
 315                      /mol_type="mRNA"
 316                      /db_xref="taxon:9606"
 317                      /chromosome="20"
 318                      /map="20q11.22"
 319      gene            1..2881
 320                      /gene="RBM39"
 321                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 322                      /note="RNA binding motif protein 39"
 323                      /db_xref="GeneID:9584"
 324                      /db_xref="HGNC:15923"
 325                      /db_xref="HPRD:09201"
 326                      /db_xref="MIM:604739"
 327      exon            1..396
 328                      /gene="RBM39"
 329                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 330                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 331      STS             35..262
 332                      /gene="RBM39"
 333                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 334                      /standard_name="REN58946"
 335                      /db_xref="UniSTS:383746"
 336      misc_feature    221..223
 337                      /gene="RBM39"
 338                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 339                      /note="upstream in-frame stop codon"
 340      STS             299..453
 341                      /gene="RBM39"
 342                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 343                      /standard_name="G64285"
 344                      /db_xref="UniSTS:158667"
 345      exon            397..460
 346                      /gene="RBM39"
 347                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 348                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 349      CDS             410..2002
 350                      /gene="RBM39"
 351                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 352                      /note="isoform a is encoded by transcript variant 1;
 353                      coactivator of activating protein-1 and estrogen
 354                      receptors; functional spliceosome-associated protein 59;
 355                      RNA-binding region (RNP1, RRM) containing 2;
 356                      hepatocellular carcinoma protein 1; splicing factor HCC1"
 357                      /codon_start=1
 358                      /product="RNA-binding protein 39 isoform a"
 359                      /protein_id="NP_909122.1"
 360                      /db_xref="GI:35493811"
 361                      /db_xref="CCDS:CCDS13266.1"
 362                      /db_xref="GeneID:9584"
 363                      /db_xref="HGNC:15923"
 364                      /db_xref="HPRD:09201"
 365                      /db_xref="MIM:604739"
 366                      /translation="MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRS
 367                      HERKRSKSKERKRSRDRERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGP
 368                      KFNSAIRGKIGLPHSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQL
 369                      AARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRV
 370                      LGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRI
 371                      ESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASS
 372                      ASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLMARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVAE
 373                      FSFVIDLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDV
 374                      IEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPL
 375                      PTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR"
 376      misc_feature    413..415
 377                      /gene="RBM39"
 378                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 379                      /experiment="experimental evidence, no additional details
 380                      recorded"
 381                      /note="N-acetylalanine; propagated from
 382                      UniProtKB/Swiss-Prot (Q14498.2); acetylation site"
 383
 384      exon            461..510
 385                      /gene="RBM39"
 386                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 387                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 388
 389      exon            1902..2874
 390                      /gene="RBM39"
 391                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 392                      /inference="alignment:Splign:1.39.8"
 393      STS             1956..2182
 394                      /gene="RBM39"
 395                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 396                      /standard_name="REN58786"
 397                      /db_xref="UniSTS:383586"
 398      STS             2104..2148
 399                      /gene="RBM39"
 400                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 401                      /standard_name="D19S1033"
 402                      /db_xref="UniSTS:154759"
 403      STS             2145..2400
 404                      /gene="RBM39"
 405                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 406                      /standard_name="REN58785"
 407                      /db_xref="UniSTS:383585"
 408
 409      polyA_signal    2851..2856
 410                      /gene="RBM39"
 411                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 412      polyA_site      2874
 413                      /gene="RBM39"
 414                      /gene_synonym="CAPER; CAPERalpha; FSAP59; HCC1; RNPC2"
 415     ORIGIN
 416         1 atttggagct tggggcagct tctcgcgaga gcccgtgctg agggctctgt gaggccccgt
 417        61 gtgtttgtgt gtgtgtatgt gtgctggtga atgtgagtac agggaagcag cggccgccat
 418       121 ttcagggagc ttgtcgacgc tgtcgcaggg gtggatcctg agctgccgaa gccgccgtcc
 419       181 tgctctcccg cgtgggcttc tctaattcca ttgttttttt tagattctct cgggcctagc
 420       241 cgtccttgga acccgatatt cgggctgggc ggttccgcgg cctgggccta ggggcttaac
 421
 422
 423
 424     */
 425     private EbiDbEntry() {
 426     }
 427
 428     private void addCrossReference( final Accession accession ) {
 429         if ( _cross_references == null ) {
 430             _cross_references = new ArrayList<Accession>();
 431         }
 432         System.out.println( "XREF ADDED: " + accession );
 433         _cross_references.add( accession );
 434     }
 435
 436     @Override
 437     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
 438         throw new CloneNotSupportedException();
 439     }
 440
 441     @Override
 442     public String getAccession() {
 443         return _pa;
 444     }
 445
 446     @Override
 447     public List<Accession> getCrossReferences() {
 448         return _cross_references;
 449     }
 450
 451     @Override
 452     public String getGeneName() {
 453         return _gene_name;
 454     }
 455
 456     @Override
 457     public List<GoTerm> getGoTerms() {
 458         return null;
 459     }
 460
 461     @Override
 462     public String getProvider() {
 463         return _provider;
 464     }
 465
 466     @Override
 467     public String getSequenceName() {
 468         return _de;
 469     }
 470
 471     @Override
 472     public String getSequenceSymbol() {
 473         return _symbol;
 474     }
 475
 476     @Override
 477     public String getTaxonomyIdentifier() {
 478         return _tax_id;
 479     }
 480
 481     @Override
 482     public String getTaxonomyScientificName() {
 483         return _os;
 484     }
 485
 486     @Override
 487     public boolean isEmpty() {
 488         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 489                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 490                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 491     }
 492
 493     private void setDe( final String rec_name ) {
 494         if ( _de == null ) {
 495             _de = rec_name;
 496         }
 497     }
 498
 499     private void setGeneName( final String gene_name ) {
 500         if ( _gene_name == null ) {
 501             _gene_name = gene_name;
 502         }
 503     }
 504
 505     private void setOs( final String os ) {
 506         if ( _os == null ) {
 507             _os = os;
 508         }
 509     }
 510
 511     private void setPA( final String pa ) {
 512         if ( _pa == null ) {
 513             _pa = pa;
 514         }
 515     }
 516
 517     public void setProvider( final String provider ) {
 518         _provider = provider;
 519     }
 520
 521     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 522         if ( _tax_id == null ) {
 523             _tax_id = tax_id;
 524         }
 525     }
 526 }