forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/SequenceDatabaseEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.SortedSet;
  29
  30 import org.forester.go.GoTerm;
  31 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  32 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
  33 import org.forester.sequence.MolecularSequence;
  34
  35 public interface SequenceDatabaseEntry {
  36
  37     public String getAccession();
  38
  39     public String getGeneName();
  40
  41     public SortedSet<GoTerm> getGoTerms();
  42
  43     public SortedSet<Annotation> getAnnotations();
  44
  45     public String getProvider();
  46
  47     public String getSequenceName();
  48
  49     public String getSequenceSymbol();
  50
  51     public String getTaxonomyIdentifier();
  52
  53     public String getTaxonomyScientificName();
  54
  55     public boolean isEmpty();
  56
  57     public SortedSet<Accession> getCrossReferences();
  58
  59     public String getMap();
  60
  61     public String getChromosome();
  62
  63     public MolecularSequence getMolecularSequence();
  64 }