forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/SequenceDbWsTools.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.io.BufferedReader;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.io.InputStreamReader;
  31 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.net.URLConnection;
  34 import java.net.URLEncoder;
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.SortedSet;
  38 import java.util.TreeSet;
  39
  40 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  41 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  42 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  43 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  44 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  45 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  46 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  47 import org.forester.util.ForesterUtil;
  48 import org.forester.util.SequenceIdParser;
  49
  50 public final class SequenceDbWsTools {
  51
  52     private static final boolean ALLOW_TAXONOMY_CODE_HACKS = true;                                         //TODO turn off for final realease!
  53     public final static String   BASE_UNIPROT_URL          = "http://www.uniprot.org/";
  54     public final static String   BASE_EMBL_DB_URL          = "http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/";
  55     public final static String   EMBL_DBS_EMBL             = "embl";
  56     public final static String   EMBL_DBS_REFSEQ_P         = "refseqp";
  57     public final static String   EMBL_DBS_REFSEQ_N         = "refseqn";
  58     private final static String  URL_ENC                   = "UTF-8";
  59     private final static boolean DEBUG                     = false;
  60
  61     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromCommonName( final String cn, final int max_taxonomies_return )
  62             throws IOException {
  63         final List<String> result = getTaxonomyStringFromCommonName( cn, max_taxonomies_return );
  64         if ( result.size() > 0 ) {
  65             return parseUniProtTaxonomy( result );
  66         }
  67         return null;
  68     }
  69
  70     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromCommonNameStrict( final String cn,
  71                                                                            final int max_taxonomies_return )
  72             throws IOException {
  73         final List<UniProtTaxonomy> taxonomies = getTaxonomiesFromCommonName( cn, max_taxonomies_return );
  74         if ( ( taxonomies != null ) && ( taxonomies.size() > 0 ) ) {
  75             final List<UniProtTaxonomy> filtered_taxonomies = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
  76             for( final UniProtTaxonomy taxonomy : taxonomies ) {
  77                 if ( taxonomy.getCommonName().equalsIgnoreCase( cn ) ) {
  78                     filtered_taxonomies.add( taxonomy );
  79                 }
  80             }
  81             return filtered_taxonomies;
  82         }
  83         return null;
  84     }
  85
  86     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromId( final String id, final int max_taxonomies_return )
  87             throws IOException {
  88         final List<String> result = getTaxonomyStringFromId( id, max_taxonomies_return );
  89         if ( result.size() > 0 ) {
  90             return parseUniProtTaxonomy( result );
  91         }
  92         return null;
  93     }
  94
  95     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromScientificName( final String sn,
  96                                                                          final int max_taxonomies_return )
  97             throws IOException {
  98         // Hack!  Craniata? ..
  99         if ( sn.equals( "Drosophila" ) ) {
 100             return uniProtTaxonomyToList( UniProtTaxonomy.DROSOPHILA_GENUS );
 101         }
 102         else if ( sn.equals( "Xenopus" ) ) {
 103             return uniProtTaxonomyToList( UniProtTaxonomy.XENOPUS_GENUS );
 104         }
 105         // else if ( sn.equals( "Nucleariidae and Fonticula group" ) ) {
 106         //     return hack( UniProtTaxonomy.NUCLEARIIDAE_AND_FONTICULA );
 107         // }
 108         final List<String> result = getTaxonomyStringFromScientificName( sn, max_taxonomies_return );
 109         if ( result.size() > 0 ) {
 110             return parseUniProtTaxonomy( result );
 111         }
 112         return null;
 113     }
 114
 115     /**
 116      * Does not return "sub-types".
 117      * For example, for "Mus musculus" only returns "Mus musculus"
 118      * and not "Mus musculus", "Mus musculus bactrianus", ...
 119      *
 120      */
 121     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromScientificNameStrict( final String sn,
 122                                                                                final int max_taxonomies_return )
 123             throws IOException {
 124         final List<UniProtTaxonomy> taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( sn, max_taxonomies_return );
 125         if ( ( taxonomies != null ) && ( taxonomies.size() > 0 ) ) {
 126             final List<UniProtTaxonomy> filtered_taxonomies = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 127             for( final UniProtTaxonomy taxonomy : taxonomies ) {
 128                 if ( taxonomy.getScientificName().equalsIgnoreCase( sn ) ) {
 129                     filtered_taxonomies.add( taxonomy );
 130                 }
 131             }
 132             return filtered_taxonomies;
 133         }
 134         return null;
 135     }
 136
 137     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromTaxonomyCode( final String code,
 138                                                                        final int max_taxonomies_return )
 139             throws IOException {
 140         final String my_code = new String( code );
 141         if ( ALLOW_TAXONOMY_CODE_HACKS ) {
 142             final List<UniProtTaxonomy> l = resolveFakeTaxonomyCodes( max_taxonomies_return, my_code );
 143             if ( l != null ) {
 144                 return l;
 145             }
 146         }
 147         final List<String> result = getTaxonomyStringFromTaxonomyCode( my_code, max_taxonomies_return );
 148         if ( result.size() > 0 ) {
 149             return parseUniProtTaxonomy( result );
 150         }
 151         return null;
 152     }
 153
 154     public static SequenceDatabaseEntry obtainEmblEntry( final Identifier id, final int max_lines_to_return )
 155             throws IOException {
 156         final List<String> lines = queryEmblDb( id, max_lines_to_return );
 157         return EbiDbEntry.createInstanceFromPlainText( lines );
 158     }
 159
 160     public static SequenceDatabaseEntry obtainRefSeqEntryFromEmbl( final Identifier id, final int max_lines_to_return )
 161             throws IOException {
 162         final List<String> lines = queryEmblDb( id, max_lines_to_return );
 163         return EbiDbEntry.createInstanceFromPlainTextForRefSeq( lines );
 164     }
 165
 166     public static SortedSet<String> obtainSeqInformation( final Phylogeny phy,
 167                                                           final boolean ext_nodes_only,
 168                                                           final boolean allow_to_set_taxonomic_data,
 169                                                           final int lines_to_return ) throws IOException {
 170         final SortedSet<String> not_found = new TreeSet<String>();
 171         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 172             final PhylogenyNode node = iter.next();
 173             if ( ext_nodes_only && node.isInternal() ) {
 174                 continue;
 175             }
 176             String query = null;
 177             Identifier id = null;
 178             Db db = Db.NONE;
 179             if ( node.getNodeData().isHasSequence() && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null )
 180                     && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() )
 181                     && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() )
 182                     && node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().toLowerCase().startsWith( "uniprot" ) ) {
 183                 query = node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue();
 184                 db = Db.UNIPROT;
 185             }
 186             else if ( node.getNodeData().isHasSequence()
 187                     && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null )
 188                     && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() )
 189                     && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() )
 190                     && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().toLowerCase().startsWith( "embl" ) || node
 191                             .getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().toLowerCase().startsWith( "ebi" ) ) ) {
 192                 query = node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue();
 193                 db = Db.EMBL;
 194             }
 195             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 196                 if ( ( query = ForesterUtil.extractUniProtKbProteinSeqIdentifier( node ) ) != null ) {
 197                     db = Db.UNIPROT;
 198                 }
 199                 else if ( ( id = SequenceIdParser.parse( node.getName() ) ) != null ) {
 200                     if ( id.getProvider().equalsIgnoreCase( Identifier.NCBI ) ) {
 201                         db = Db.NCBI;
 202                     }
 203                     else if ( id.getProvider().equalsIgnoreCase( Identifier.REFSEQ ) ) {
 204                         db = Db.REFSEQ;
 205                     }
 206                 }
 207             }
 208             if ( db == Db.NONE ) {
 209                 not_found.add( node.getName() );
 210             }
 211             SequenceDatabaseEntry db_entry = null;
 212             if ( !ForesterUtil.isEmpty( query ) ) {
 213                 if ( db == Db.UNIPROT ) {
 214                     if ( DEBUG ) {
 215                         System.out.println( "uniprot: " + query );
 216                     }
 217                     db_entry = obtainUniProtEntry( query, lines_to_return );
 218                 }
 219                 if ( ( db == Db.EMBL ) || ( ( db == Db.UNIPROT ) && ( db_entry == null ) ) ) {
 220                     if ( DEBUG ) {
 221                         System.out.println( "embl: " + query );
 222                     }
 223                     db_entry = obtainEmblEntry( new Identifier( query ), lines_to_return );
 224                     if ( ( db == Db.UNIPROT ) && ( db_entry != null ) ) {
 225                         db = Db.EMBL;
 226                     }
 227                 }
 228             }
 229             else if ( ( db == Db.REFSEQ ) && ( id != null ) ) {
 230                 db_entry = obtainRefSeqEntryFromEmbl( id, lines_to_return );
 231             }
 232             else if ( ( db == Db.NCBI ) && ( id != null ) ) {
 233                 db_entry = obtainEmblEntry( id, lines_to_return ); //TODO ?
 234             }
 235             if ( ( db_entry != null ) && !db_entry.isEmpty() ) {
 236                 final Sequence seq = node.getNodeData().isHasSequence() ? node.getNodeData().getSequence()
 237                         : new Sequence();
 238                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( db_entry.getAccession() ) ) {
 239                     String type = null;
 240                     if ( db == Db.EMBL ) {
 241                         type = "embl";
 242                     }
 243                     else if ( db == Db.UNIPROT ) {
 244                         type = "uniprot";
 245                     }
 246                     else if ( db == Db.NCBI ) {
 247                         type = "ncbi";
 248                     }
 249                     else if ( db == Db.REFSEQ ) {
 250                         type = "refseq";
 251                     }
 252                     seq.setAccession( new Accession( db_entry.getAccession(), type ) );
 253                 }
 254                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( db_entry.getSequenceName() ) ) {
 255                     seq.setName( db_entry.getSequenceName() );
 256                 }
 257                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( db_entry.getSequenceSymbol() ) ) {
 258                     seq.setSymbol( db_entry.getSequenceSymbol() );
 259                 }
 260                 final Taxonomy tax = node.getNodeData().isHasTaxonomy() ? node.getNodeData().getTaxonomy()
 261                         : new Taxonomy();
 262                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( db_entry.getTaxonomyScientificName() ) ) {
 263                     tax.setScientificName( db_entry.getTaxonomyScientificName() );
 264                 }
 265                 if ( allow_to_set_taxonomic_data && !ForesterUtil.isEmpty( db_entry.getTaxonomyIdentifier() ) ) {
 266                     tax.setIdentifier( new Identifier( db_entry.getTaxonomyIdentifier(), "uniprot" ) );
 267                 }
 268                 node.getNodeData().setTaxonomy( tax );
 269                 node.getNodeData().setSequence( seq );
 270             }
 271             else if ( db != Db.NONE ) {
 272                 not_found.add( node.getName() );
 273             }
 274             try {
 275                 Thread.sleep( 10 );// Sleep for 10 ms
 276             }
 277             catch ( final InterruptedException ie ) {
 278             }
 279         }
 280         return not_found;
 281     }
 282
 283     public static SequenceDatabaseEntry obtainUniProtEntry( final String query, final int max_lines_to_return )
 284             throws IOException {
 285         final List<String> lines = queryUniprot( "uniprot/" + query + ".txt", max_lines_to_return );
 286         return UniProtEntry.createInstanceFromPlainText( lines );
 287     }
 288
 289     public static List<String> queryDb( final String query, int max_lines_to_return, final String base_url )
 290             throws IOException {
 291         if ( ForesterUtil.isEmpty( query ) ) {
 292             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty query " );
 293         }
 294         if ( max_lines_to_return < 1 ) {
 295             max_lines_to_return = 1;
 296         }
 297         final URL url = new URL( base_url + query );
 298         if ( DEBUG ) {
 299             System.out.println( "url: " + url.toString() );
 300         }
 301         final URLConnection urlc = url.openConnection();
 302         final BufferedReader in = new BufferedReader( new InputStreamReader( urlc.getInputStream() ) );
 303         String line;
 304         final List<String> result = new ArrayList<String>();
 305         while ( ( line = in.readLine() ) != null ) {
 306             if ( DEBUG ) {
 307                 System.out.println( line );
 308             }
 309             result.add( line );
 310             if ( result.size() > max_lines_to_return ) {
 311                 break;
 312             }
 313         }
 314         in.close();
 315         try {
 316             // To prevent accessing online dbs in too quick succession.
 317             Thread.sleep( 20 );
 318         }
 319         catch ( final InterruptedException e ) {
 320             e.printStackTrace();
 321         }
 322         return result;
 323     }
 324
 325     public static List<String> queryEmblDb( final Identifier id, final int max_lines_to_return ) throws IOException {
 326         final StringBuilder url_sb = new StringBuilder();
 327         url_sb.append( BASE_EMBL_DB_URL );
 328         if ( ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() ) || id.getProvider().equalsIgnoreCase( Identifier.NCBI ) ) {
 329             url_sb.append( SequenceDbWsTools.EMBL_DBS_EMBL );
 330             url_sb.append( '/' );
 331         }
 332         else if ( id.getProvider().equalsIgnoreCase( Identifier.REFSEQ ) ) {
 333             if ( id.getValue().toUpperCase().indexOf( 'P' ) == 1 ) {
 334                 url_sb.append( SequenceDbWsTools.EMBL_DBS_REFSEQ_P );
 335                 url_sb.append( '/' );
 336             }
 337             else {
 338                 url_sb.append( SequenceDbWsTools.EMBL_DBS_REFSEQ_N );
 339                 url_sb.append( '/' );
 340             }
 341         }
 342         return queryDb( id.getValue(), max_lines_to_return, url_sb.toString() );
 343     }
 344
 345     public static List<String> queryUniprot( final String query, final int max_lines_to_return ) throws IOException {
 346         return queryDb( query, max_lines_to_return, BASE_UNIPROT_URL );
 347     }
 348
 349     private static String encode( final String str ) throws UnsupportedEncodingException {
 350         return URLEncoder.encode( str.trim(), URL_ENC );
 351     }
 352
 353     private static List<String> getTaxonomyStringFromCommonName( final String cn, final int max_lines_to_return )
 354             throws IOException {
 355         return queryUniprot( "taxonomy/?query=common%3a%22" + encode( cn ) + "%22&format=tab", max_lines_to_return );
 356     }
 357
 358     private static List<String> getTaxonomyStringFromId( final String id, final int max_lines_to_return )
 359             throws IOException {
 360         return queryUniprot( "taxonomy/?query=id%3a%22" + encode( id ) + "%22&format=tab", max_lines_to_return );
 361     }
 362
 363     private static List<String> getTaxonomyStringFromScientificName( final String sn, final int max_lines_to_return )
 364             throws IOException {
 365         return queryUniprot( "taxonomy/?query=scientific%3a%22" + encode( sn ) + "%22&format=tab", max_lines_to_return );
 366     }
 367
 368     private static List<String> getTaxonomyStringFromTaxonomyCode( final String code, final int max_lines_to_return )
 369             throws IOException {
 370         return queryUniprot( "taxonomy/?query=mnemonic%3a%22" + encode( code ) + "%22&format=tab", max_lines_to_return );
 371     }
 372
 373     private static List<UniProtTaxonomy> parseUniProtTaxonomy( final List<String> result ) throws IOException {
 374         final List<UniProtTaxonomy> taxonomies = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 375         for( final String line : result ) {
 376             if ( ForesterUtil.isEmpty( line ) ) {
 377                 // Ignore empty lines.
 378             }
 379             else if ( line.startsWith( "Taxon" ) ) {
 380                 final String[] items = line.split( "\t" );
 381                 if ( !( items[ 1 ].equalsIgnoreCase( "Mnemonic" ) && items[ 2 ].equalsIgnoreCase( "Scientific name" )
 382                         && items[ 3 ].equalsIgnoreCase( "Common name" ) && items[ 4 ].equalsIgnoreCase( "Synonym" )
 383                         && items[ 5 ].equalsIgnoreCase( "Other Names" ) && items[ 6 ].equalsIgnoreCase( "Reviewed" )
 384                         && items[ 7 ].equalsIgnoreCase( "Rank" ) && items[ 8 ].equalsIgnoreCase( "Lineage" ) ) ) {
 385                     throw new IOException( "Unreconized UniProt Taxonomy format: " + line );
 386                 }
 387             }
 388             else {
 389                 if ( line.split( "\t" ).length > 4 ) {
 390                     taxonomies.add( new UniProtTaxonomy( line ) );
 391                 }
 392             }
 393         }
 394         return taxonomies;
 395     }
 396
 397     private static List<UniProtTaxonomy> resolveFakeTaxonomyCodes( final int max_taxonomies_return, final String code )
 398             throws IOException {
 399         if ( code.equals( "CAP" ) ) {
 400             return getTaxonomiesFromId( "283909", max_taxonomies_return );
 401         }
 402         else if ( code.equals( "FUGRU" ) ) {
 403             return getTaxonomiesFromId( "31033", max_taxonomies_return );
 404         }
 405         else if ( code.equals( "GIALA" ) ) {
 406             return getTaxonomiesFromId( "5741", max_taxonomies_return );
 407         }
 408         else if ( code.equals( "TRIVE" ) ) {
 409             return getTaxonomiesFromId( "413071", max_taxonomies_return );
 410         }
 411         else if ( code.equals( "CAPOWC" ) ) {
 412             return getTaxonomiesFromId( "192875", max_taxonomies_return );
 413         }
 414         else if ( code.equals( "SPHARC" ) ) {
 415             return getTaxonomiesFromId( "667725", max_taxonomies_return );
 416         }
 417         else if ( code.equals( "THETRA" ) ) {
 418             return getTaxonomiesFromId( "529818", max_taxonomies_return );
 419         }
 420         else if ( code.equals( "CHLVUL" ) ) {
 421             return getTaxonomiesFromId( "574566", max_taxonomies_return );
 422         }
 423         else if ( code.equals( "CITCLE" ) ) {
 424             return getTaxonomiesFromId( "85681", max_taxonomies_return );
 425         }
 426         else if ( code.equals( "MYCPOP" ) ) {
 427             return getTaxonomiesFromId( "85929", max_taxonomies_return );
 428         }
 429         else if ( code.equals( "AGABB" ) ) {
 430             return getTaxonomiesFromId( "597362", max_taxonomies_return );
 431         }
 432         else if ( code.equals( "BAUCOM" ) ) {
 433             return getTaxonomiesFromId( "430998", max_taxonomies_return );
 434         }
 435         else if ( code.equals( "DICSQU" ) ) {
 436             return getTaxonomiesFromId( "114155", max_taxonomies_return );
 437         }
 438         else if ( code.equals( "FOMPIN" ) ) {
 439             return getTaxonomiesFromId( "40483", max_taxonomies_return );
 440         }
 441         else if ( code.equals( "HYDMA" ) ) {
 442             return getTaxonomiesFromId( "6085", max_taxonomies_return );
 443         }
 444         else if ( code.equals( "MYCFI" ) ) {
 445             return getTaxonomiesFromId( "83344", max_taxonomies_return );
 446         }
 447         else if ( code.equals( "OIDMAI" ) ) {
 448             return getTaxonomiesFromId( "78148", max_taxonomies_return );
 449         }
 450         else if ( code.equals( "OSTRC" ) ) {
 451             return getTaxonomiesFromId( "385169", max_taxonomies_return );
 452         }
 453         else if ( code.equals( "POSPL" ) ) {
 454             return getTaxonomiesFromId( "104341", max_taxonomies_return );
 455         }
 456         else if ( code.equals( "SAICOM" ) ) {
 457             return getTaxonomiesFromId( "5606", max_taxonomies_return );
 458         }
 459         else if ( code.equals( "SERLA" ) ) {
 460             return getTaxonomiesFromId( "85982", max_taxonomies_return );
 461         }
 462         else if ( code.equals( "SPORO" ) ) {
 463             return getTaxonomiesFromId( "40563", max_taxonomies_return );
 464         }
 465         else if ( code.equals( "ACRALC" ) ) {
 466             return getTaxonomiesFromId( "398408", max_taxonomies_return );
 467         }
 468         else if ( code.equals( "THITER" ) ) {
 469             return getTaxonomiesFromId( "35720", max_taxonomies_return );
 470         }
 471         else if ( code.equals( "MYCTHE" ) ) {
 472             return getTaxonomiesFromId( "78579", max_taxonomies_return );
 473         }
 474         else if ( code.equals( "CONPUT" ) ) {
 475             return getTaxonomiesFromId( "80637", max_taxonomies_return );
 476         }
 477         else if ( code.equals( "WOLCOC" ) ) {
 478             return getTaxonomiesFromId( "81056", max_taxonomies_return );
 479         }
 480         else if ( code.equals( "CLAGRA" ) ) {
 481             return getTaxonomiesFromId( "27339", max_taxonomies_return );
 482         }
 483         else if ( code.equals( "XANPAR" ) ) {
 484             return getTaxonomiesFromId( "107463", max_taxonomies_return );
 485         }
 486         else if ( code.equals( "HYDPIN" ) ) {
 487             return getTaxonomiesFromId( "388859", max_taxonomies_return );
 488         }
 489         else if ( code.equals( "SERLAC" ) ) {
 490             return getTaxonomiesFromId( "85982", max_taxonomies_return );
 491         }
 492         else {
 493             return null;
 494         }
 495     }
 496
 497     private static List<UniProtTaxonomy> uniProtTaxonomyToList( final UniProtTaxonomy tax ) {
 498         final List<UniProtTaxonomy> l = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 499         l.add( tax );
 500         return l;
 501     }
 502
 503     public enum Db {
 504         UNIPROT, EMBL, NCBI, NONE, REFSEQ;
 505     }
 506 }