forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/UniProtEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29 import java.util.regex.Matcher;
  30 import java.util.regex.Pattern;
  31
  32 import org.forester.go.BasicGoTerm;
  33 import org.forester.go.GoTerm;
  34 import org.forester.util.ForesterUtil;
  35
  36 public final class UniProtEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  37
  38     public final static Pattern GO_PATTERN = Pattern.compile( "GO;\\s+GO:(\\d+);\\s+([PF]):([^;]+);" );
  39     private String              _ac;
  40     private String              _name;
  41     private String              _symbol;
  42     private String              _gene_name;
  43     private String              _os_scientific_name;
  44     private String              _tax_id;
  45
  46     private UniProtEntry() {
  47     }
  48
  49     @Override
  50     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  51         throw new CloneNotSupportedException();
  52     }
  53
  54     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  55         final UniProtEntry e = new UniProtEntry();
  56         for( final String line : lines ) {
  57             //System.out.println( line );
  58             if ( line.startsWith( "AC" ) ) {
  59                 e.setAc( DatabaseTools.extract( line, "AC", ";" ) );
  60             }
  61             else if ( line.startsWith( "DE" ) && ForesterUtil.isEmpty( e.getSequenceName() ) ) {
  62                 if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  63                     e.setSequenceName( DatabaseTools.extract( line, "Full=", ";" ) );
  64                 }
  65                 else if ( ( line.indexOf( "SubName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  66                     e.setSequenceName( DatabaseTools.extract( line, "Full=", ";" ) );
  67                 }
  68             }
  69             else if ( line.startsWith( "DE" ) && ForesterUtil.isEmpty( e.getSequenceSymbol() ) ) {
  70                 if ( line.indexOf( "Short=" ) > 0 ) {
  71                     e.setSequenceSymbol( DatabaseTools.extract( line, "Short=", ";" ) );
  72                 }
  73             }
  74             else if ( line.startsWith( "GN" ) && ForesterUtil.isEmpty( e.getGeneName() ) ) {
  75                 if ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) {
  76                     e.setGeneName( DatabaseTools.extract( line, "Name=", ";" ) );
  77                 }
  78             }
  79             else if ( line.startsWith( "DR" ) ) {
  80                 if ( line.indexOf( "GO;" ) > 0 ) {
  81                     Matcher m = GO_PATTERN.matcher( line );
  82                     if ( m.find() ) {
  83                         String n = m.group( 1 );
  84                         String ns_str = m.group( 2 );
  85                         String desc = m.group( 3 );
  86                         if ( ns_str.equals( "F" ) ) {
  87
  88                         System.out.println( "GO:" + n + " " + desc + " " + ns );
  89                         GoTerm go = new BasicGoTerm( n, desc, ns, false );
  90                         //  e.setGeneName( DatabaseTools.extract( line, "Name=", ";" ) );
  91                     }
  92                 }
  93             }
  94             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  95                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  96                     e.setOsScientificName( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  97                 }
  98                 else {
  99                     e.setOsScientificName( DatabaseTools.extract( line, "OS", "." ) );
 100                 }
 101             }
 102             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
 103                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
 104                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
 105                 }
 106             }
 107         }
 108         return e;
 109     }
 110
 111     private void setSequenceSymbol( String symbol ) {
 112         _symbol = symbol;
 113     }
 114
 115     @Override
 116     public String getAccession() {
 117         return _ac;
 118     }
 119
 120     private void setAc( final String ac ) {
 121         if ( _ac == null ) {
 122             _ac = ac;
 123         }
 124     }
 125
 126     @Override
 127     public String getSequenceName() {
 128         return _name;
 129     }
 130
 131     private void setSequenceName( final String name ) {
 132         if ( _name == null ) {
 133             _name = name;
 134         }
 135     }
 136
 137     @Override
 138     public String getTaxonomyScientificName() {
 139         return _os_scientific_name;
 140     }
 141
 142     private void setOsScientificName( final String os_scientific_name ) {
 143         if ( _os_scientific_name == null ) {
 144             _os_scientific_name = os_scientific_name;
 145         }
 146     }
 147
 148     @Override
 149     public String getTaxonomyIdentifier() {
 150         return _tax_id;
 151     }
 152
 153     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 154         if ( _tax_id == null ) {
 155             _tax_id = tax_id;
 156         }
 157     }
 158
 159     private void setGeneName( final String gene_name ) {
 160         if ( _gene_name == null ) {
 161             _gene_name = gene_name;
 162         }
 163     }
 164
 165     @Override
 166     public String getSequenceSymbol() {
 167         return _symbol;
 168     }
 169
 170     @Override
 171     public boolean isEmpty() {
 172         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 173                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() )
 174                 && ForesterUtil.isEmpty( getGeneName() ) && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil
 175                 .isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 176     }
 177
 178     @Override
 179     public String getProvider() {
 180         return "uniprot";
 181     }
 182
 183     @Override
 184     public String getGeneName() {
 185         return _gene_name;
 186     }
 187 }