forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/UniProtEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.forester.util.ForesterUtil;
  31
  32 public final class UniProtEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  33
  34     private String _ac;
  35     private String _name;
  36     private String _symbol;
  37     private String _gene_name;
  38     private String _os_scientific_name;
  39     private String _tax_id;
  40
  41     private UniProtEntry() {
  42     }
  43
  44     @Override
  45     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  46         throw new CloneNotSupportedException();
  47     }
  48
  49     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  50         final UniProtEntry e = new UniProtEntry();
  51         for( final String line : lines ) {
  52             System.out.println( line );
  53             if ( line.startsWith( "AC" ) ) {
  54                 e.setAc( DatabaseTools.extract( line, "AC", ";" ) );
  55             }
  56             else if ( line.startsWith( "DE" ) && ForesterUtil.isEmpty( e.getSequenceName() ) ) {
  57                 if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  58                     e.setSequenceName( DatabaseTools.extract( line, "Full=", ";" ) );
  59                 }
  60                 else if ( ( line.indexOf( "SubName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  61                     e.setSequenceName( DatabaseTools.extract( line, "Full=", ";" ) );
  62                 }
  63             }
  64             else if ( line.startsWith( "DE" ) && ForesterUtil.isEmpty( e.getSequenceSymbol() ) ) {
  65                 if ( line.indexOf( "Short=" ) > 0 ) {
  66                     e.setSequenceSymbol( DatabaseTools.extract( line, "Short=", ";" ) );
  67                 }
  68             }
  69             else if ( line.startsWith( "GN" ) && ForesterUtil.isEmpty( e.getGeneName() ) ) {
  70                 if ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) {
  71                     e.setGeneName( DatabaseTools.extract( line, "Name=", ";" ) );
  72                 }
  73             }
  74             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  75                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  76                     e.setOsScientificName( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  77                 }
  78                 else {
  79                     e.setOsScientificName( DatabaseTools.extract( line, "OS", "." ) );
  80                 }
  81             }
  82             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  83                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  84                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  85                 }
  86             }
  87         }
  88         return e;
  89     }
  90
  91     private void setSequenceSymbol( String symbol ) {
  92         _symbol = symbol;
  93     }
  94
  95     @Override
  96     public String getAccession() {
  97         return _ac;
  98     }
  99
 100     private void setAc( final String ac ) {
 101         if ( _ac == null ) {
 102             _ac = ac;
 103         }
 104     }
 105
 106     @Override
 107     public String getSequenceName() {
 108         return _name;
 109     }
 110
 111     private void setSequenceName( final String name ) {
 112         if ( _name == null ) {
 113             _name = name;
 114         }
 115     }
 116
 117     @Override
 118     public String getTaxonomyScientificName() {
 119         return _os_scientific_name;
 120     }
 121
 122     private void setOsScientificName( final String os_scientific_name ) {
 123         if ( _os_scientific_name == null ) {
 124             _os_scientific_name = os_scientific_name;
 125         }
 126     }
 127
 128     @Override
 129     public String getTaxonomyIdentifier() {
 130         return _tax_id;
 131     }
 132
 133     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 134         if ( _tax_id == null ) {
 135             _tax_id = tax_id;
 136         }
 137     }
 138
 139     private void setGeneName( final String gene_name ) {
 140         if ( _gene_name == null ) {
 141             _gene_name = gene_name;
 142         }
 143     }
 144
 145     @Override
 146     public String getSequenceSymbol() {
 147         return _symbol;
 148     }
 149
 150     @Override
 151     public boolean isEmpty() {
 152         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 153                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() )
 154                 && ForesterUtil.isEmpty( getGeneName() ) && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil
 155                 .isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 156     }
 157
 158     @Override
 159     public String getProvider() {
 160         return "uniprot";
 161     }
 162
 163     @Override
 164     public String getGeneName() {
 165         return _gene_name;
 166     }
 167 }