forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/UniProtEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.forester.util.ForesterUtil;
  31
  32 public final class UniProtEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  33
  34     private String _ac;
  35     private String _rec_name;
  36     private String _os_scientific_name;
  37     private String _tax_id;
  38     private String _symbol;
  39
  40     private UniProtEntry() {
  41     }
  42
  43     @Override
  44     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  45         throw new CloneNotSupportedException();
  46     }
  47
  48     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  49         final UniProtEntry e = new UniProtEntry();
  50         for( final String line : lines ) {
  51             if ( line.startsWith( "AC" ) ) {
  52                 e.setAc( DatabaseTools.extract( line, "AC", ";" ) );
  53             }
  54             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  55                 if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  56                     e.setRecName( DatabaseTools.extract( line, "Full=", ";" ) );
  57                 }
  58             }
  59             else if ( line.startsWith( "GN" ) ) {
  60                 if ( ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) ) {
  61                     e.setSymbol( DatabaseTools.extract( line, "Name=", ";" ) );
  62                 }
  63             }
  64             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  65                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  66                     e.setOsScientificName( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  67                 }
  68                 else {
  69                     e.setOsScientificName( DatabaseTools.extract( line, "OS", "." ) );
  70                 }
  71             }
  72             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  73                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  74                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  75                 }
  76             }
  77         }
  78         return e;
  79     }
  80
  81     @Override
  82     public String getAccession() {
  83         return _ac;
  84     }
  85
  86     private void setAc( final String ac ) {
  87         if ( _ac == null ) {
  88             _ac = ac;
  89         }
  90     }
  91
  92     @Override
  93     public String getSequenceName() {
  94         return _rec_name;
  95     }
  96
  97     private void setRecName( final String rec_name ) {
  98         if ( _rec_name == null ) {
  99             _rec_name = rec_name;
 100         }
 101     }
 102
 103     @Override
 104     public String getTaxonomyScientificName() {
 105         return _os_scientific_name;
 106     }
 107
 108     private void setOsScientificName( final String os_scientific_name ) {
 109         if ( _os_scientific_name == null ) {
 110             _os_scientific_name = os_scientific_name;
 111         }
 112     }
 113
 114     @Override
 115     public String getTaxonomyIdentifier() {
 116         return _tax_id;
 117     }
 118
 119     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 120         if ( _tax_id == null ) {
 121             _tax_id = tax_id;
 122         }
 123     }
 124
 125     @Override
 126     public String getSequenceSymbol() {
 127         return _symbol;
 128     }
 129
 130     private void setSymbol( final String symbol ) {
 131         if ( _symbol == null ) {
 132             _symbol = symbol;
 133         }
 134     }
 135
 136     @Override
 137     public boolean isEmpty() {
 138         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 139                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 140                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 141     }
 142
 143     @Override
 144     public String getProvider() {
 145         return "uniprot";
 146     }
 147 }