forester/java/src/org/forester/ws/seqdb/UniProtEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.forester.util.ForesterUtil;
  31
  32 public final class UniProtEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  33
  34     private String _ac;
  35     private String _name;
  36     private String _os_scientific_name;
  37     private String _tax_id;
  38
  39     private UniProtEntry() {
  40     }
  41
  42     @Override
  43     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  44         throw new CloneNotSupportedException();
  45     }
  46
  47     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  48         final UniProtEntry e = new UniProtEntry();
  49         for( final String line : lines ) {
  50             if ( line.startsWith( "AC" ) ) {
  51                 e.setAc( DatabaseTools.extract( line, "AC", ";" ) );
  52             }
  53             else if ( line.startsWith( "DE" ) && ForesterUtil.isEmpty( e.getSequenceName() ) ) {
  54                 if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  55                     e.setSequenceName( DatabaseTools.extract( line, "Full=", ";" ) );
  56                 }
  57                 else if ( ( line.indexOf( "SubName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  58                     e.setSequenceName( DatabaseTools.extract( line, "Full=", ";" ) );
  59                 }
  60             }
  61             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  62                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  63                     e.setOsScientificName( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  64                 }
  65                 else {
  66                     e.setOsScientificName( DatabaseTools.extract( line, "OS", "." ) );
  67                 }
  68             }
  69             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  70                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  71                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  72                 }
  73             }
  74         }
  75         return e;
  76     }
  77
  78     @Override
  79     public String getAccession() {
  80         return _ac;
  81     }
  82
  83     private void setAc( final String ac ) {
  84         if ( _ac == null ) {
  85             _ac = ac;
  86         }
  87     }
  88
  89     @Override
  90     public String getSequenceName() {
  91         return _name;
  92     }
  93
  94     private void setSequenceName( final String name ) {
  95         if ( _name == null ) {
  96             _name = name;
  97         }
  98     }
  99
 100     @Override
 101     public String getTaxonomyScientificName() {
 102         return _os_scientific_name;
 103     }
 104
 105     private void setOsScientificName( final String os_scientific_name ) {
 106         if ( _os_scientific_name == null ) {
 107             _os_scientific_name = os_scientific_name;
 108         }
 109     }
 110
 111     @Override
 112     public String getTaxonomyIdentifier() {
 113         return _tax_id;
 114     }
 115
 116     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 117         if ( _tax_id == null ) {
 118             _tax_id = tax_id;
 119         }
 120     }
 121
 122     @Override
 123     public String getSequenceSymbol() {
 124         return "";
 125     }
 126
 127     @Override
 128     public boolean isEmpty() {
 129         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 130                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 131                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 132     }
 133
 134     @Override
 135     public String getProvider() {
 136         return "uniprot";
 137     }
 138 }