forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/DatabaseTools.java

   1 package org.forester.ws.uniprot;
   2
   3 import java.util.regex.Matcher;
   4 import java.util.regex.Pattern;
   5
   6
   7 public class DatabaseTools {
   8     //The format for GenBank Accession numbers are:
   9     //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
  10     //Protein:    3 letters + 5 numerals
  11     //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
  12
  13     private final static Pattern GENBANK_NUCLEOTIDE_AC_PATTERN_1 = Pattern
  14     .compile( "^.*[^a-zA-Z0-9]?([A-Z]\\d{5})[^a-zA-Z0-9]?" );
  15
  16     private final static Pattern GENBANK_NUCLEOTIDE_AC_PATTERN_2 = Pattern
  17     .compile( "^.*[^a-zA-Z0-9]?([A-Z]{2}\\d{6})[^a-zA-Z0-9]?" );
  18
  19     private final static Pattern GENBANK_PROTEIN_AC_PATTERN = Pattern
  20     .compile( "^.*[^a-zA-Z0-9]?([A-Z]{3}\\d{5})[^a-zA-Z0-9]?" );
  21
  22
  23
  24     private final static boolean DEBUG              = false;
  25
  26     /**
  27      * Returns null if no match.
  28      *
  29      * @param query
  30      * @param db
  31      * @return
  32      */
  33     static public String parseGenbankAccessor( final String query ) {
  34         Matcher m = GENBANK_NUCLEOTIDE_AC_PATTERN_1.matcher( query );
  35         if ( m.lookingAt() ) {
  36             return m.group( 1 );
  37         }
  38         else {
  39              m = GENBANK_NUCLEOTIDE_AC_PATTERN_2.matcher( query );
  40             if ( m.lookingAt() ) {
  41                 return m.group( 1 );
  42             }
  43             else {
  44                 m = GENBANK_PROTEIN_AC_PATTERN.matcher( query );
  45                 if ( m.lookingAt() ) {
  46                     return m.group( 1 );
  47                 }
  48                 else {
  49                     return null;
  50                 }
  51             }
  52         }
  53     }
  54
  55     static String extract( final String target, final String a, final String b ) {
  56         final int i_a = target.indexOf( a );
  57         final int i_b = target.indexOf( b );
  58         if ( ( i_a < 0 ) || ( i_b < i_a ) ) {
  59             throw new IllegalArgumentException( "attempt to extract from [" + target + "] between [" + a + "] and ["
  60                     + b + "]" );
  61         }
  62         return target.substring( i_a + a.length(), i_b ).trim();
  63     }
  64
  65
  66
  67     static String extract( final String target, final String a ) {
  68         final int i_a = target.indexOf( a );
  69         return target.substring( i_a + a.length() ).trim();
  70     }
  71
  72 }