forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/DatabaseTools.java

   1
   2 package org.forester.ws.uniprot;
   3
   4 import java.util.regex.Matcher;
   5 import java.util.regex.Pattern;
   6
   7 public class DatabaseTools {
   8
   9     //The format for GenBank Accession numbers are:
  10     //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
  11     //Protein:    3 letters + 5 numerals
  12     //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
  13     private final static Pattern GENBANK_NUCLEOTIDE_AC_PATTERN_1 = Pattern
  14                                                                          .compile( "(?:\\A|.*[^a-zA-Z0-9])([A-Z]\\d{5})(?:[^a-zA-Z0-9]|\\Z)" );
  15     private final static Pattern GENBANK_NUCLEOTIDE_AC_PATTERN_2 = Pattern
  16                                                                          .compile( "(?:\\A|.*[^a-zA-Z0-9])([A-Z]{2}\\d{6})(?:[^a-zA-Z0-9]|\\Z)" );
  17     private final static Pattern GENBANK_PROTEIN_AC_PATTERN      = Pattern
  18                                                                          .compile( "(?:\\A|.*[^a-zA-Z0-9])([A-Z]{3}\\d{5})(?:[^a-zA-Z0-9]|\\Z)" );
  19     private final static boolean DEBUG                           = false;
  20
  21     /**
  22      * Returns null if no match.
  23      *
  24      * @param query
  25      * @param db
  26      * @return
  27      */
  28     static public String parseGenbankAccessor( final String query ) {
  29         Matcher m = GENBANK_NUCLEOTIDE_AC_PATTERN_1.matcher( query );
  30         if ( m.lookingAt() ) {
  31             return m.group( 1 );
  32         }
  33         else {
  34             m = GENBANK_NUCLEOTIDE_AC_PATTERN_2.matcher( query );
  35             if ( m.lookingAt() ) {
  36                 return m.group( 1 );
  37             }
  38             else {
  39                 m = GENBANK_PROTEIN_AC_PATTERN.matcher( query );
  40                 if ( m.lookingAt() ) {
  41                     return m.group( 1 );
  42                 }
  43                 else {
  44                     return null;
  45                 }
  46             }
  47         }
  48     }
  49
  50     static String extract( final String target, final String a, final String b ) {
  51         final int i_a = target.indexOf( a );
  52         final int i_b = target.indexOf( b );
  53         if ( ( i_a < 0 ) || ( i_b < i_a ) ) {
  54             throw new IllegalArgumentException( "attempt to extract from [" + target + "] between [" + a + "] and ["
  55                     + b + "]" );
  56         }
  57         return target.substring( i_a + a.length(), i_b ).trim();
  58     }
  59
  60     static String extract( final String target, final String a ) {
  61         final int i_a = target.indexOf( a );
  62         return target.substring( i_a + a.length() ).trim();
  63     }
  64 }