forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.ws.uniprot;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import sun.reflect.generics.reflectiveObjects.NotImplementedException;
  31
  32 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  33
  34     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
  35     private String _pa;
  36     private String _de;
  37     private String _os;
  38     private String _tax_id;
  39     private String _symbol;
  40
  41     private EbiDbEntry() {
  42     }
  43
  44     @Override
  45     public Object clone() {
  46         throw new NotImplementedException();
  47     }
  48
  49     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  50         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  51         for( final String line : lines ) {
  52             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  53                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "PA", ";" ) );
  54             }
  55             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  56                 // if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  57                 e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DE" ) );
  58                 //}
  59             }
  60             //  else if ( line.startsWith( "GN" ) ) {
  61             //      if ( ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) ) {
  62             //          e.setSymbol( extract( line, "Name=", ";" ) );
  63             //      }
  64             //  }
  65             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  66                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  67                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  68                 }
  69                 else {
  70                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS" ) );
  71                 }
  72             }
  73             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  74                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  75                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  76                 }
  77             }
  78         }
  79         return e;
  80     }
  81
  82     @Override
  83     public String getAccession() {
  84         return _pa;
  85     }
  86
  87     private void setPA( final String pa ) {
  88         if ( _pa == null ) {
  89             _pa = pa;
  90         }
  91     }
  92
  93     @Override
  94     public String getSequenceName() {
  95         return _de;
  96     }
  97
  98     private void setDe( final String rec_name ) {
  99         if ( _de == null ) {
 100             _de = rec_name;
 101         }
 102     }
 103
 104     @Override
 105     public String getTaxonomyScientificName() {
 106         return _os;
 107     }
 108
 109     private void setOs( final String os ) {
 110         if ( _os == null ) {
 111             _os = os;
 112         }
 113     }
 114
 115     @Override
 116     public String getTaxonomyIdentifier() {
 117         return _tax_id;
 118     }
 119
 120     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 121         if ( _tax_id == null ) {
 122             _tax_id = tax_id;
 123         }
 124     }
 125
 126     @Override
 127     public String getSequenceSymbol() {
 128         return _symbol;
 129     }
 130
 131     private void setSymbol( final String symbol ) {
 132         if ( _symbol == null ) {
 133             _symbol = symbol;
 134         }
 135     }
 136 }