forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.ws.uniprot;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  31
  32     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
  33     private String _pa;
  34     private String _de;
  35     private String _os;
  36     private String _tax_id;
  37     private String _symbol;
  38
  39     private EbiDbEntry() {
  40     }
  41
  42     @Override
  43     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  44         throw new CloneNotSupportedException();
  45     }
  46
  47     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  48         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  49         for( final String line : lines ) {
  50             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  51                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "PA", ";" ) );
  52             }
  53             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  54                 // if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  55                 e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DE" ) );
  56                 //}
  57             }
  58             //  else if ( line.startsWith( "GN" ) ) {
  59             //      if ( ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) ) {
  60             //          e.setSymbol( extract( line, "Name=", ";" ) );
  61             //      }
  62             //  }
  63             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  64                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  65                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  66                 }
  67                 else {
  68                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS" ) );
  69                 }
  70             }
  71             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  72                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  73                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  74                 }
  75             }
  76         }
  77         return e;
  78     }
  79
  80     @Override
  81     public String getAccession() {
  82         return _pa;
  83     }
  84
  85     private void setPA( final String pa ) {
  86         if ( _pa == null ) {
  87             _pa = pa;
  88         }
  89     }
  90
  91     @Override
  92     public String getSequenceName() {
  93         return _de;
  94     }
  95
  96     private void setDe( final String rec_name ) {
  97         if ( _de == null ) {
  98             _de = rec_name;
  99         }
 100     }
 101
 102     @Override
 103     public String getTaxonomyScientificName() {
 104         return _os;
 105     }
 106
 107     private void setOs( final String os ) {
 108         if ( _os == null ) {
 109             _os = os;
 110         }
 111     }
 112
 113     @Override
 114     public String getTaxonomyIdentifier() {
 115         return _tax_id;
 116     }
 117
 118     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 119         if ( _tax_id == null ) {
 120             _tax_id = tax_id;
 121         }
 122     }
 123
 124     @Override
 125     public String getSequenceSymbol() {
 126         return _symbol;
 127     }
 128
 129     private void setSymbol( final String symbol ) {
 130         if ( _symbol == null ) {
 131             _symbol = symbol;
 132         }
 133     }
 134 }