forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.ws.uniprot;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.forester.util.ForesterUtil;
  31
  32 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  33
  34     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
  35     private String _pa;
  36     private String _de;
  37     private String _os;
  38     private String _tax_id;
  39     private String _symbol;
  40
  41     private EbiDbEntry() {
  42     }
  43
  44     @Override
  45     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  46         throw new CloneNotSupportedException();
  47     }
  48
  49
  50     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceForRefSeq( final List<String> lines ) {
  51         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  52         for( final String line : lines ) {
  53             System.out.println( "-" + line );
  54             if ( line.startsWith( "ACCESSION" ) ) {
  55                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "ACCESSION" ) );
  56             }
  57             else if ( line.startsWith( "DEFINITION" ) ) {
  58                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
  59                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITIO", "[" ) );
  60                 }
  61                 else {
  62                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION" ) );
  63                 }
  64
  65
  66             }
  67
  68             else if ( line.startsWith( "SOURCE" ) ) {
  69                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  70                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE", "(" ) );
  71                 }
  72                 else {
  73                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE" ) );
  74                 }
  75             }
  76
  77         }
  78         return e;
  79     }
  80
  81
  82
  83     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  84         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  85         for( final String line : lines ) {
  86             System.out.println( "->" + line );
  87             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  88                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "PA" ) );
  89             }
  90             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  91                 // if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  92                 e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DE" ) );
  93                 //}
  94             }
  95             //  else if ( line.startsWith( "GN" ) ) {
  96             //      if ( ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) ) {
  97             //          e.setSymbol( extract( line, "Name=", ";" ) );
  98             //      }
  99             //  }
 100             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
 101                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 102                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
 103                 }
 104                 else {
 105                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS" ) );
 106                 }
 107             }
 108             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
 109                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
 110                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
 111                 }
 112             }
 113         }
 114         return e;
 115     }
 116
 117     @Override
 118     public String getAccession() {
 119         return _pa;
 120     }
 121
 122     private void setPA( final String pa ) {
 123         if ( _pa == null ) {
 124             _pa = pa;
 125         }
 126     }
 127
 128     @Override
 129     public String getSequenceName() {
 130         return _de;
 131     }
 132
 133     private void setDe( final String rec_name ) {
 134         if ( _de == null ) {
 135             _de = rec_name;
 136         }
 137     }
 138
 139     @Override
 140     public String getTaxonomyScientificName() {
 141         return _os;
 142     }
 143
 144     private void setOs( final String os ) {
 145         if ( _os == null ) {
 146             _os = os;
 147         }
 148     }
 149
 150     @Override
 151     public String getTaxonomyIdentifier() {
 152         return _tax_id;
 153     }
 154
 155     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 156         if ( _tax_id == null ) {
 157             _tax_id = tax_id;
 158         }
 159     }
 160
 161     @Override
 162     public String getSequenceSymbol() {
 163         return _symbol;
 164     }
 165
 166     private void setSymbol( final String symbol ) {
 167         if ( _symbol == null ) {
 168             _symbol = symbol;
 169         }
 170     }
 171
 172     @Override
 173     public boolean isEmpty() {
 174         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 175                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 176                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 177     }
 178 }