forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.ws.uniprot;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import sun.reflect.generics.reflectiveObjects.NotImplementedException;
  31
  32 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  33 //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
  34
  35
  36     private String _pa;
  37     private String _de;
  38     private String _os;
  39     private String _tax_id;
  40     private String _symbol;
  41
  42     private EbiDbEntry() {
  43     }
  44
  45
  46     public Object clone() {
  47         throw new NotImplementedException();
  48     }
  49
  50     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  51         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  52         for( final String line : lines ) {
  53             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  54                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "PA", ";" ) );
  55             }
  56             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  57                // if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  58                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DE" ) );
  59                 //}
  60             }
  61           //  else if ( line.startsWith( "GN" ) ) {
  62           //      if ( ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) ) {
  63           //          e.setSymbol( extract( line, "Name=", ";" ) );
  64           //      }
  65           //  }
  66             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  67                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  68                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  69                 }
  70                 else {
  71                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS" ) );
  72                 }
  73             }
  74             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  75                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  76                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  77                 }
  78             }
  79         }
  80         return e;
  81     }
  82
  83     @Override
  84     public String getAccession() {
  85         return _pa;
  86     }
  87
  88     private void setPA( final String pa ) {
  89         if ( _pa == null ) {
  90             _pa= pa;
  91         }
  92     }
  93
  94     @Override
  95     public String getSequenceName() {
  96         return _de;
  97     }
  98
  99     private void setDe( final String rec_name ) {
 100         if ( _de == null ) {
 101             _de = rec_name;
 102         }
 103     }
 104
 105     @Override
 106     public String getTaxonomyScientificName() {
 107         return _os;
 108     }
 109
 110     private void setOs( final String os ) {
 111         if ( _os== null ) {
 112             _os = os;
 113         }
 114     }
 115
 116     @Override
 117     public String getTaxonomyIdentifier() {
 118         return _tax_id;
 119     }
 120
 121     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 122         if ( _tax_id == null ) {
 123             _tax_id = tax_id;
 124         }
 125     }
 126
 127     @Override
 128     public String getSequenceSymbol() {
 129         return _symbol;
 130     }
 131
 132     private void setSymbol( final String symbol ) {
 133         if ( _symbol == null ) {
 134             _symbol = symbol;
 135         }
 136     }
 137 }