forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/UniProtEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.ws.uniprot;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 public final class UniProtEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  31
  32     private String _ac;
  33     private String _rec_name;
  34     private String _os_scientific_name;
  35     private String _tax_id;
  36     private String _symbol;
  37
  38     private UniProtEntry() {
  39     }
  40
  41     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  42         final UniProtEntry e = new UniProtEntry();
  43         for( final String line : lines ) {
  44             if ( line.startsWith( "AC" ) ) {
  45                 e.setAc( extract( line, "AC", ";" ) );
  46             }
  47             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  48                 if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  49                     e.setRecName( extract( line, "Full=", ";" ) );
  50                 }
  51             }
  52             else if ( line.startsWith( "GN" ) ) {
  53                 if ( ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) ) {
  54                     e.setSymbol( extract( line, "Name=", ";" ) );
  55                 }
  56             }
  57             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  58                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  59                     e.setOsScientificName( extract( line, "OS", "(" ) );
  60                 }
  61                 else {
  62                     e.setOsScientificName( extract( line, "OS", "." ) );
  63                 }
  64             }
  65             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  66                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  67                     e.setTaxId( extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  68                 }
  69             }
  70         }
  71         return e;
  72     }
  73
  74     private static String extract( final String target, final String a, final String b ) {
  75         final int i_a = target.indexOf( a );
  76         final int i_b = target.indexOf( b );
  77         if ( ( i_a < 0 ) || ( i_b < i_a ) ) {
  78             throw new IllegalArgumentException( "attempt to extract from [" + target + "] between [" + a + "] and ["
  79                     + b + "]" );
  80         }
  81         return target.substring( i_a + a.length(), i_b ).trim();
  82     }
  83
  84     @Override
  85     public String getAccession() {
  86         return _ac;
  87     }
  88
  89     private void setAc( final String ac ) {
  90         if ( _ac == null ) {
  91             _ac = ac;
  92         }
  93     }
  94
  95     @Override
  96     public String getSequenceName() {
  97         return _rec_name;
  98     }
  99
 100     private void setRecName( final String rec_name ) {
 101         if ( _rec_name == null ) {
 102             _rec_name = rec_name;
 103         }
 104     }
 105
 106     @Override
 107     public String getTaxonomyScientificName() {
 108         return _os_scientific_name;
 109     }
 110
 111     private void setOsScientificName( final String os_scientific_name ) {
 112         if ( _os_scientific_name == null ) {
 113             _os_scientific_name = os_scientific_name;
 114         }
 115     }
 116
 117     @Override
 118     public String getTaxonomyIdentifier() {
 119         return _tax_id;
 120     }
 121
 122     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 123         if ( _tax_id == null ) {
 124             _tax_id = tax_id;
 125         }
 126     }
 127
 128     @Override
 129     public String getSequenceSymbol() {
 130         return _symbol;
 131     }
 132
 133     private void setSymbol( final String symbol ) {
 134         if ( _symbol == null ) {
 135             _symbol = symbol;
 136         }
 137     }
 138 }