forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/UniProtTaxonomyEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.ws.uniprot;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 public final class UniProtTaxonomyEntry {
  31
  32     private String _id;
  33     private String _ac;
  34     private String _rec_name;
  35     private String _os_scientific_name;
  36     private String _os_common_name;
  37     private String _tax_id;
  38
  39     private UniProtTaxonomyEntry() {
  40     }
  41
  42     public static UniProtTaxonomyEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  43         final UniProtTaxonomyEntry e = new UniProtTaxonomyEntry();
  44         for( final String line : lines ) {
  45             if ( line.startsWith( "ID" ) ) {
  46                 e.setId( line.split( "\\s+" )[ 1 ] );
  47             }
  48             else if ( line.startsWith( "AC" ) ) {
  49                 e.setAc( extract( line, "AC", ";" ) );
  50             }
  51             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  52                 if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  53                     e.setRecName( extract( line, "Full=", ";" ) );
  54                 }
  55                 if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
  56                     e.setRecName( extract( line, "Full=", ";" ) );
  57                 }
  58             }
  59             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  60                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  61                     e.setOsScientificName( extract( line, "OS", "(" ) );
  62                 }
  63                 else {
  64                     e.setOsScientificName( extract( line, "OS", "." ) );
  65                 }
  66             }
  67             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  68                 e.setTaxId( extract( line, "OX", ";" ) );
  69             }
  70         }
  71         return e;
  72     }
  73
  74     private static String extract( final String target, final String a, final String b ) {
  75         final int i_a = target.indexOf( a );
  76         final int i_b = target.indexOf( b );
  77         if ( ( i_a < 0 ) || ( i_b < i_a ) ) {
  78             throw new IllegalArgumentException( "attempt to extract from [" + target + "] between [" + a + "] and ["
  79                     + b + "]" );
  80         }
  81         return target.substring( i_a + a.length() + 1, i_b - 1 ).trim();
  82     }
  83
  84     public String getId() {
  85         return _id;
  86     }
  87
  88     private void setId( final String id ) {
  89         _id = id;
  90     }
  91
  92     public String getAc() {
  93         return _ac;
  94     }
  95
  96     private void setAc( final String ac ) {
  97         _ac = ac;
  98     }
  99
 100     public String getRecName() {
 101         return _rec_name;
 102     }
 103
 104     private void setRecName( final String rec_name ) {
 105         _rec_name = rec_name;
 106     }
 107
 108     public String getOsScientificName() {
 109         return _os_scientific_name;
 110     }
 111
 112     private void setOsScientificName( final String os_scientific_name ) {
 113         _os_scientific_name = os_scientific_name;
 114     }
 115
 116     public String getOsCommonName() {
 117         return _os_common_name;
 118     }
 119
 120     private void setOsCommonName( final String os_common_name ) {
 121         _os_common_name = os_common_name;
 122     }
 123
 124     public String getTaxId() {
 125         return _tax_id;
 126     }
 127
 128     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 129         _tax_id = tax_id;
 130     }
 131 }