forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/UniProtWsTools.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.ws.uniprot;
  27
  28 import java.io.BufferedReader;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.io.InputStreamReader;
  31 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.net.URLConnection;
  34 import java.net.URLEncoder;
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.regex.Matcher;
  38 import java.util.regex.Pattern;
  39
  40 import org.forester.util.ForesterUtil;
  41
  42 public final class UniProtWsTools {
  43
  44     public enum Db {
  45         UNKNOWN, UNIPROT;
  46     }
  47     public final static String   BASE_URL           = "http://www.uniprot.org/";
  48
  49     public final static String   BASE_EMBL_DB_URL   = "http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/embl/";
  50     private final static String  URL_ENC            = "UTF-8";
  51     // uniprot/expasy accession number format (6 chars):
  52     // letter digit letter-or-digit letter-or-digit letter-or-digit digit
  53     private final static Pattern UNIPROT_AC_PATTERN = Pattern
  54                                                             .compile( "^.*[a-zA-Z0-9]?([A-NR-ZOPQ]\\d[A-Z0-9]{3}\\d)[^a-zA-Z0-9]?" );
  55     private final static boolean DEBUG              = false;
  56
  57     private static String encode( final String str ) throws UnsupportedEncodingException {
  58         return URLEncoder.encode( str.trim(), URL_ENC );
  59     }
  60
  61     /**
  62      * Returns null if no match.
  63      *
  64      * @param query
  65      * @param db
  66      * @return
  67      */
  68     static public String parseUniProtAccessor( final String query ) {
  69         final Matcher m = UNIPROT_AC_PATTERN.matcher( query );
  70         if ( m.lookingAt() ) {
  71             return m.group( 1 );
  72         }
  73         else {
  74             return null;
  75         }
  76     }
  77
  78
  79
  80     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromCommonName( final String cn, final int max_taxonomies_return )
  81             throws IOException {
  82         final List<String> result = getTaxonomyStringFromCommonName( cn, max_taxonomies_return );
  83         if ( result.size() > 0 ) {
  84             return parseUniProtTaxonomy( result );
  85         }
  86         return null;
  87     }
  88
  89     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromCommonNameStrict( final String cn,
  90                                                                            final int max_taxonomies_return )
  91             throws IOException {
  92         final List<UniProtTaxonomy> taxonomies = getTaxonomiesFromCommonName( cn, max_taxonomies_return );
  93         if ( ( taxonomies != null ) && ( taxonomies.size() > 0 ) ) {
  94             final List<UniProtTaxonomy> filtered_taxonomies = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
  95             for( final UniProtTaxonomy taxonomy : taxonomies ) {
  96                 if ( taxonomy.getCommonName().equalsIgnoreCase( cn ) ) {
  97                     filtered_taxonomies.add( taxonomy );
  98                 }
  99             }
 100             return filtered_taxonomies;
 101         }
 102         return null;
 103     }
 104
 105     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromId( final String id, final int max_taxonomies_return )
 106             throws IOException {
 107         final List<String> result = getTaxonomyStringFromId( id, max_taxonomies_return );
 108         if ( result.size() > 0 ) {
 109             return parseUniProtTaxonomy( result );
 110         }
 111         return null;
 112     }
 113
 114     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromScientificName( final String sn,
 115                                                                          final int max_taxonomies_return )
 116             throws IOException {
 117         // Hack!  Craniata? ..
 118         if ( sn.equals( "Drosophila" ) ) {
 119             return hack( UniProtTaxonomy.DROSOPHILA_GENUS );
 120         }
 121         else if ( sn.equals( "Xenopus" ) ) {
 122             return hack( UniProtTaxonomy.XENOPUS_GENUS );
 123         }
 124         final List<String> result = getTaxonomyStringFromScientificName( sn, max_taxonomies_return );
 125         if ( result.size() > 0 ) {
 126             return parseUniProtTaxonomy( result );
 127         }
 128         return null;
 129     }
 130
 131     /**
 132      * Does not return "sub-types".
 133      * For example, for "Mus musculus" only returns "Mus musculus"
 134      * and not "Mus musculus", "Mus musculus bactrianus", ...
 135      *
 136      */
 137     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromScientificNameStrict( final String sn,
 138                                                                                final int max_taxonomies_return )
 139             throws IOException {
 140         final List<UniProtTaxonomy> taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( sn, max_taxonomies_return );
 141         if ( ( taxonomies != null ) && ( taxonomies.size() > 0 ) ) {
 142             final List<UniProtTaxonomy> filtered_taxonomies = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 143             for( final UniProtTaxonomy taxonomy : taxonomies ) {
 144                 if ( taxonomy.getScientificName().equalsIgnoreCase( sn ) ) {
 145                     filtered_taxonomies.add( taxonomy );
 146                 }
 147             }
 148             return filtered_taxonomies;
 149         }
 150         return null;
 151     }
 152
 153     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromTaxonomyCode( final String code,
 154                                                                        final int max_taxonomies_return )
 155             throws IOException {
 156         String my_code = new String( code );
 157         // Hacks!
 158         if ( my_code.equals( "FUGRU" ) ) {
 159             my_code = "TAKRU";
 160         }
 161         else if ( my_code.equals( "CAP" ) ) {
 162             return hack( UniProtTaxonomy.CAPITELLA_TELATA_SPECIES );
 163         }
 164         final List<String> result = getTaxonomyStringFromTaxonomyCode( my_code, max_taxonomies_return );
 165         if ( result.size() > 0 ) {
 166             return parseUniProtTaxonomy( result );
 167         }
 168         return null;
 169     }
 170
 171     private static List<String> getTaxonomyStringFromCommonName( final String cn, final int max_lines_to_return )
 172             throws IOException {
 173         return queryUniprot( "taxonomy/?query=common%3a%22" + encode( cn ) + "%22&format=tab", max_lines_to_return );
 174     }
 175
 176     private static List<String> getTaxonomyStringFromId( final String id, final int max_lines_to_return )
 177             throws IOException {
 178         return queryUniprot( "taxonomy/?query=id%3a%22" + encode( id ) + "%22&format=tab", max_lines_to_return );
 179     }
 180
 181     private static List<String> getTaxonomyStringFromScientificName( final String sn, final int max_lines_to_return )
 182             throws IOException {
 183         return queryUniprot( "taxonomy/?query=scientific%3a%22" + encode( sn ) + "%22&format=tab", max_lines_to_return );
 184     }
 185
 186     private static List<String> getTaxonomyStringFromTaxonomyCode( final String code, final int max_lines_to_return )
 187             throws IOException {
 188         return queryUniprot( "taxonomy/?query=mnemonic%3a%22" + encode( code ) + "%22&format=tab", max_lines_to_return );
 189     }
 190
 191     private static List<UniProtTaxonomy> hack( final UniProtTaxonomy tax ) {
 192         final List<UniProtTaxonomy> l = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 193         l.add( tax );
 194         return l;
 195     }
 196
 197     private static List<UniProtTaxonomy> parseUniProtTaxonomy( final List<String> result ) throws IOException {
 198         final List<UniProtTaxonomy> taxonomies = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 199         for( final String line : result ) {
 200             if ( ForesterUtil.isEmpty( line ) ) {
 201                 // Ignore empty lines.
 202             }
 203             else if ( line.startsWith( "Taxon" ) ) {
 204                 //TODO next the check format FIXME
 205             }
 206             else {
 207                 if ( line.split( "\t" ).length > 4 ) {
 208                     taxonomies.add( new UniProtTaxonomy( line ) );
 209                 }
 210             }
 211         }
 212         return taxonomies;
 213     }
 214
 215
 216     public static List<String> queryEmblDb( final String query, int max_lines_to_return ) throws IOException {
 217         return queryDb( query,
 218                         max_lines_to_return,
 219                         BASE_EMBL_DB_URL ) ;
 220     }
 221
 222
 223
 224     public static List<String> queryUniprot( final String query, int max_lines_to_return ) throws IOException {
 225         return queryDb( query,
 226                 max_lines_to_return,
 227                 BASE_URL ) ;
 228
 229
 230     }
 231
 232     public static List<String> queryDb( final String query,
 233                                         int max_lines_to_return,
 234                                         final String base_url ) throws IOException {
 235         if ( ForesterUtil.isEmpty( query ) ) {
 236             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty query " );
 237         }
 238         if ( max_lines_to_return < 1 ) {
 239             max_lines_to_return = 1;
 240         }
 241         final URL url = new URL( base_url + query );
 242         if ( DEBUG ) {
 243             System.out.println( "url: " + url.toString() );
 244         }
 245         final URLConnection urlc = url.openConnection();
 246         final BufferedReader in = new BufferedReader( new InputStreamReader( urlc.getInputStream() ) );
 247         String line;
 248         final List<String> result = new ArrayList<String>();
 249         while ( ( line = in.readLine() ) != null ) {
 250             result.add( line );
 251             if ( result.size() > max_lines_to_return ) {
 252                 break;
 253             }
 254         }
 255         in.close();
 256         return result;
 257     }
 258
 259
 260     public static SequenceDatabaseEntry obtainUniProtEntry( final String query, final int max_lines_to_return )
 261             throws IOException {
 262         final List<String> lines = queryUniprot( "uniprot/" + query + ".txt", max_lines_to_return );
 263         return UniProtEntry.createInstanceFromPlainText( lines );
 264     }
 265
 266     public static SequenceDatabaseEntry obtainEmblEntry( String query, int max_lines_to_return ) throws IOException {
 267         final List<String> lines = queryEmblDb( "query", max_lines_to_return );
 268         return EbiDbEntry.createInstanceFromPlainText( lines );
 269     }
 270 }