forester/perl/pf_cutoff_extract.pl

   1 #!/usr/bin/perl -W
   2
   3 # $Id: pf_cutoff_extract.pl,v 1.4 2009/11/11 02:28:19 cmzmasek Exp $
   4
   5 # This extracts GA, TC, or NC score cutoff values from
   6 # Pfam HMM files (GA1, TC1, NC1)
   7 # Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   8 # All rights reserved
   9 # Created 2007-08-01 in Winterthur, Switzerland by CMZ
  10
  11 # Usage: pf_cutoff_extract.pl <Pfam HMM file> <GA|TC|NC> <outfile>
  12
  13 use strict;
  14
  15 if ( scalar( @ARGV ) != 3 ) {
  16     print "\npf_cutoff_extract.pl <Pfam HMM file> <GA|TC|NC> <outfile>\n\n";
  17     exit( -1 );
  18 }
  19
  20 my $infile      = $ARGV[ 0 ];
  21 my $cutoff_type = uc( $ARGV[ 1 ] );
  22 my $outfile     = $ARGV[ 2 ];
  23
  24 my $GA = "GA";
  25 my $TC = "TC";
  26 my $NC = "NC";
  27
  28 if ( -e $outfile ) {
  29     die "\n$0: \"$outfile\" already exists.\n\n";
  30 }
  31 unless( ( -s $infile ) && ( -f $infile ) && ( -T $infile ) ) {
  32     die "\n$0: cannot read from \"$infile\".\n\n";
  33 }
  34 unless( $cutoff_type eq $GA || $cutoff_type eq $TC || $cutoff_type eq $NC ) {
  35     die "\n$0: illegal value \"$cutoff_type\" for cutoff type.\n\n";
  36 }
  37
  38 open( IN, "$infile" ) || die "\n$0: Cannot open file \"$infile\": $!\n";
  39 open( OUT, ">$outfile" ) || die "\n$0: Cannot create file \"$outfile\": $!\n";
  40
  41 my $line        = "";
  42 my $name        = "";
  43 my $line_number = 0;
  44 my $n           = 0;
  45
  46 while ( $line = <IN> ) {
  47     $line_number++;
  48     if ( $line =~ /^NAME\s+(.+)/ ) {
  49         if ( length( $name ) > 0 ) {
  50             die "\n$0: Unexpected line $line at line $line_number: $!\n";
  51         }
  52         $name = $1;
  53     }
  54     elsif ( $line =~ /^$cutoff_type\s+(\S+)\s+[^;]+/ ) {
  55         if ( length( $name ) < 1 ) {
  56             die "\n$0: Unexpected line $line at line $line_number: $!\n";
  57         }
  58         $n++;
  59         print OUT "$name $1\n";
  60         $name = "";
  61     }
  62     elsif ( $line =~ /\/\// ) {
  63        $name = "";
  64     }
  65 }
  66
  67 close( OUT ) || die "\n$0: Cannot close file \"$outfile\": $!\n";;
  68
  69 print( "\nExtracted $n $cutoff_type" . "1 values to \"$outfile\"\n" );
  70 print( "\nOK\n" );
  71
  72 exit( 0 );
  73