forester/python/clad_sum.py

   1 from sys import argv
   2 import re
   3
   4 infile = argv[ 1 ]
   5
   6 print( 'Infile: ', infile )
   7
   8 match = 0
   9 lessspecific = 0
  10 qu = 0
  11 na = 0
  12 no_match = 0
  13
  14 with open( infile ) as f:
  15     for line in f:
  16         line = line.strip()
  17         if not line.startswith('#'):
  18             elements = line.split('\t')
  19             if elements[ 1 ] == 'Matching Clades':
  20                 if (elements[ 0 ].endswith(elements[ 2 ])):
  21                     match+=1
  22                 else:
  23                     my_regex = r".+\|" + re.escape(elements[ 2 ]) + r"\."
  24                     if  re.search(my_regex, elements[ 0 ]):
  25                         lessspecific+=1
  26                     elif elements[ 2 ] == '?':
  27                         qu+=1
  28                         print('?       :  ', line)
  29                     elif elements[ 0 ].endswith( 'NA' ):
  30                         na+=1
  31                         print('NA      :  ', line)
  32                     else:
  33                         no_match+=1
  34                         print('no match:  ', line)
  35
  36 print()
  37 print( 'Match                            :', match )
  38 print( 'Less specific match              :', lessspecific )
  39 print( 'No match: result undeceided ("?"):',  qu )
  40 print( 'No match: target is "NA"         :',  na )
  41 print( 'No match                         :',  no_match )