forester/ruby/evoruby/exe/fasta_compare.rb

   1 #!/usr/local/bin/ruby -w
   2
   3 require 'lib/evo/sequence/sequence'
   4 require 'lib/evo/msa/msa'
   5 require 'lib/evo/msa/msa_factory'
   6 require 'lib/evo/io/writer/fasta_writer'
   7 require 'lib/evo/io/parser/fasta_parser'
   8
   9 module Evoruby
  10
  11   input1 = ARGV[ 0 ]
  12   input2 = ARGV[ 1 ]
  13
  14   f = MsaFactory.new()
  15
  16   msa1 = nil
  17   msa2 = nil
  18
  19   begin
  20     msa1 = f.create_msa_from_file( input1, FastaParser.new() )
  21     msa2 = f.create_msa_from_file( input2, FastaParser.new() )
  22   rescue Exception => e
  23     puts "error: " + e.to_s
  24     exit
  25   end
  26
  27   only_in_1 = Msa.new
  28   only_in_2 = Msa.new
  29   in_both = Msa.new
  30
  31   for i in 0 ... msa1.get_number_of_seqs()
  32     seq = msa1.get_sequence( i )
  33     name = seq.get_name
  34     if msa2.has?( name )
  35       in_both.add_sequence(seq)
  36     else
  37       only_in_1.add_sequence(seq)
  38     end
  39   end
  40
  41   for j in 0 ... msa2.get_number_of_seqs()
  42     seq = msa2.get_sequence( j )
  43     name = seq.get_name
  44     unless msa1.has?( name )
  45       only_in_2.add_sequence(seq)
  46     end
  47   end
  48
  49   puts "only in 1: " + only_in_1.get_number_of_seqs.to_s
  50   puts "only in 2: " + only_in_2.get_number_of_seqs.to_s
  51   puts "in both  : " + in_both.get_number_of_seqs.to_s
  52
  53   w = FastaWriter.new
  54   w.write(only_in_1, "only_in_1.fasta")
  55   w.write(only_in_2, "only_in_2.fasta")
  56   w.write(in_both, "in_both.fasta")
  57
  58 end