forester/ruby/evoruby/files/00_phylogeny_factory.template

   1 # $Id: 00_phylogeny_factory.template,v 1.9 2008/11/25 22:25:52 cmzmasek Exp $
   2
   3 # Name convention if alignment specific parameters
   4 # are to be used (such as HMMs for hmmalign):
   5 #  the substring before the first underscore is a
   6 #  unique identifier and needs to match the identifiers
   7 #  in '% <parameter-type> <unique-id>=<value>' statements
   8 #  Example:
   9 #  alignment name     : 'bcl2_new_alignment'
  10 #  parameter statments: '% HMM bcl2=Bcl2_ls'
  11 #                       '% RSL bcl2=60'
  12 $ PROBCONS=/home/czmasek/SOFTWARE/PROBCONS/probcons_v1_12/probcons
  13 $ DIALIGN_TX=/home/czmasek/SOFTWARE/DIALIGNTX/DIALIGN-TX_1.0.1/source/dialign-tx
  14 $ DIALIGN_DIR=/home/czmasek/SOFTWARE/DIALIGNTX/DIALIGN-TX_1.0.1/conf
  15 $ MAFFT=/home/czmasek/SOFTWARE/MAFFT/mafft-6.240/src/mafft
  16 $ T_COFFEE=/home/czmasek/SOFTWARE/T_COFFEE/T-COFFEE_distribution_Version_6.78/bin_linux/t_coffee
  17 $ MUSCLE=/home/czmasek/SOFTWARE/MUSCLE/muscle3.7/muscle
  18 $ CLUSTALW=/home/czmasek/SOFTWARE/CLUSTALW/clustalw-2.0.9/src/clustalw2
  19 $ KALIGN=/home/czmasek/SOFTWARE/KALIGN/kalign203/kalign
  20 $ HMMALIGN=/home/czmasek/SOFTWARE/HMMER/hmmer-2.3.2/src/hmmalign
  21 $ MSA_PRO=/home/czmasek/SOFTWARE/FORESTER/DEV/forester-atv/ruby/evoruby/exe/msa_pro.rb
  22 $ PHYLO_PL=/home/czmasek/SOFTWARE/FORESTER/DEV/forester-atv/perl/phylo_pl.pl
  23
  24 # Default value is 40.
  25 % RSL SRCR=50
  26 % RSL NACHT=50
  27 % RSL TIR=60
  28 % RSL Bcl2=100
  29 % RSL homeobox=40
  30
  31 % PHYLO_OPT=-WIB100q@1nxbwS21
  32
  33 % TMP_DIR  = /home/czmasek/tmp/
  34
  35 # Need to give full path for HMM files.
  36 % HMM NACHT=/home/czmasek/DATA/PFAM/NACHT_ls_cz.hmm
  37 % HMM TIR=/home/czmasek/DATA/PFAM/PFAM_LS/TIR.ls.hmm
  38 % HMM SRCR=/home/czmasek/DATA/PFAM/PFAM_LS/SRCR.ls.hmm
  39 % HMM Homeobox=/home/czmasek/DATA/PFAM/PFAM_LS/Homeobox.ls.hmm
  40 % HMM Cofilin_ADF=/home/czmasek/DATA/PFAM/PFAM_LS/Cofilin_ADF.ls.hmm
  41
  42
  43 > KALIGN $ -o $_kalign
  44 > MSA_PRO -o=p -n=10 -rr=0.5 -rsl=%[RSL]% $_kalign $_kalign_05_%[RSL]%.aln
  45 > MSA_PRO -o=n -n=10 -rr=0.5 -rsl=%[RSL]% $_kalign $_kalign_05_%[RSL]%.nex
  46 > PHYLO_PL %[PHYLO_OPT]% $_kalign_05_%[RSL]%.aln $_kalign_05_%[RSL]% %[TMP_DIR]%
  47 -
  48
  49 > HMMALIGN -q -m -o $_hmmalign_m %[HMM]% $
  50 > MSA_PRO -o=p -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_hmmalign_m $_hmmalign_m_05_%[RSL]%.aln
  51 > MSA_PRO -o=n -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_hmmalign_m $_hmmalign_m_05_%[RSL]%.nex
  52 > PHYLO_PL %[PHYLO_OPT]% $_hmmalign_m_05_%[RSL]%.aln $_hmmalign_m_05_%[RSL]% %[TMP_DIR]%
  53 -
  54
  55 > HMMALIGN -q -o $_hmmalign %[HMM]% $
  56 > MSA_PRO -o=p -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_hmmalign $_hmmalign_05_%[RSL]%.aln
  57 > MSA_PRO -o=n -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_hmmalign $_hmmalign_05_%[RSL]%.nex
  58 > PHYLO_PL %[PHYLO_OPT]% $_hmmalign_05_%[RSL]%.aln $_hmmalign_05_%[RSL]% %[TMP_DIR]%
  59 -
  60
  61 > PROBCONS $ > $_probcons
  62 > MSA_PRO -o=p -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_probcons $_probcons_05_%[RSL]%.aln
  63 > MSA_PRO -o=n -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_probcons $_probcons_05_%[RSL]%.nex
  64 > PHYLO_PL %[PHYLO_OPT]% $_probcons_05_%[RSL]%.aln $_probcons_05_%[RSL]% %[TMP_DIR]%
  65 -
  66
  67 > DIALIGN_TX DIALIGN_DIR $ $_dialigntx
  68 > MSA_PRO -o=p -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_dialigntx $_dialigntx_05_%[RSL]%.aln
  69 > MSA_PRO -o=n -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_dialigntx $_dialigntx_05_%[RSL]%.nex
  70 > PHYLO_PL %[PHYLO_OPT]% $_dialigntx_05_%[RSL]%.aln $_dialigntx_05_%[RSL]% %[TMP_DIR]%
  71 -
  72
  73 > MAFFT --maxiterate 1000 --localpair --quiet $ > $_mafft
  74 > MSA_PRO -o=p -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_mafft $_mafft_05_%[RSL]%.aln
  75 > MSA_PRO -o=n -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_mafft $_mafft_05_%[RSL]%.nex
  76 > PHYLO_PL %[PHYLO_OPT]% $_mafft_05_%[RSL]%.aln $_mafft_05_%[RSL]% %[TMP_DIR]%
  77 -
  78
  79 #> T_COFFEE $ -outfile $_tcoffee
  80 #> rm $.dnd
  81 #> MSA_PRO -o=p -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_tcoffee $_tcoffee_05_%[RSL]%.aln
  82 #> MSA_PRO -o=n -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_tcoffee $_tcoffee_05_%[RSL]%.nex
  83 #> PHYLO_PL %[PHYLO_OPT]% $_tcoffee_05_%[RSL]%.aln $_tcoffee_05_%[RSL]% %[TMP_DIR]%
  84 #> rm $.dnd
  85 #> rm $.html
  86 #-
  87
  88 > MUSCLE  -maxiters 1000 -maxtrees 100 -clw -in $ -out $_muscle
  89 > MSA_PRO -o=p -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_muscle $_muscle_05_%[RSL]%.aln
  90 > MSA_PRO -o=n -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_muscle $_muscle_05_%[RSL]%.nex
  91 > PHYLO_PL %[PHYLO_OPT]%  $_muscle_05_%[RSL]%.aln  $_muscle_05_%[RSL]% %[TMP_DIR]%
  92 -
  93
  94 > CLUSTALW $ -outfile=$_clustalw
  95 > rm $.dnd
  96 > MSA_PRO -o=p -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_clustalw $_clustalw_05_%[RSL]%.aln
  97 > MSA_PRO -o=n -n=10 -rr=0.5 -c -rsl=%[RSL]% $_clustalw $_clustalw_05_%[RSL]%.nex
  98 > PHYLO_PL %[PHYLO_OPT]% $_clustalw_05_%[RSL]%.aln $_clustalw_05_%[RSL]% %[TMP_DIR]%
  99 > rm $.dnd
 100 -