forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/fasta_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/fasta_parser - FastaParser class
   3 #
   4 # Copyright::  Copyright (C) 2006-2007 Christian M. Zmasek
   5 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # $Id: fasta_parser.rb,v 1.11 2010/10/08 22:04:17 cmzmasek Exp $
   8 #
   9 # last modified: 05/17/2007
  10
  11 require 'lib/evo/io/parser/msa_parser'
  12 require 'lib/evo/msa/msa'
  13
  14 require 'iconv'
  15
  16 module Evoruby
  17
  18     class FastaParser < MsaParser
  19
  20         def initialize
  21         end
  22
  23         def parse( path )
  24             Util.check_file_for_readability( path )
  25             msa = Msa.new
  26             current_seq = String.new()
  27             name        = String.new()
  28             saw_first_seq = false
  29             ic = Iconv.new( 'UTF-8//IGNORE', 'UTF-8' )
  30             File.open( path ) do | file |
  31                 while line = file.gets
  32                     line = ic.iconv( line )
  33                     if can_ignore?( line, saw_first_seq )
  34
  35                     elsif line =~ /^\s*>\s*(.+)/
  36                         saw_first_seq = true
  37                         add_seq( name, current_seq, msa )
  38                         name = $1
  39                         current_seq = String.new()
  40                     elsif line =~ /^\s*(.+)/
  41                         if name.length < 1
  42                             error_msg = "format error at: " + line
  43                             raise IOError, error_msg
  44                         end
  45                         # was: seq = $1.rstrip
  46                         seq =  $1.gsub(/\s+/, '')
  47                         current_seq = current_seq + seq
  48                     else
  49                         error_msg = "Unexpected line: " + line
  50                         raise IOError, error_msg
  51                     end
  52                 end
  53             end
  54             add_seq( name, current_seq, msa )
  55             return msa
  56         end
  57
  58         private
  59
  60         def add_seq( name, seq, msa )
  61             if name.length > 0 && seq.length > 0
  62                 msa.add( name, seq )
  63             end
  64         end
  65
  66         def can_ignore?( line, saw_first_seq )
  67             return ( line !~ /\S/  ||
  68                  line =~ /^\s*#/ ||
  69                  line =~ /^\s*%/ ||
  70                  line =~ /^\s*\/\// ||
  71                  line =~ /^\s*!!/ ||
  72                  ( !saw_first_seq && line =~/^\s*[^>]/ ) )
  73         end
  74
  75     end # class FastaParser
  76
  77 end # module Evoruby