forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/fasta_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/fasta_parser - FastaParser class
   3 #
   4 # Copyright::    Copyright (C) 2017 Christian M. Zmasek
   5 # License::      GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # Last modified: 2017/02/07
   8
   9 require 'lib/evo/io/parser/msa_parser'
  10 require 'lib/evo/msa/msa'
  11
  12 module Evoruby
  13
  14   class FastaParser < MsaParser
  15
  16     def initialize
  17     end
  18
  19     def parse( path )
  20       Util.check_file_for_readability( path )
  21       msa = Msa.new
  22       current_seq = String.new()
  23       name        = String.new()
  24       saw_first_seq = false
  25       File.open( path ) do | file |
  26         while line = file.gets
  27
  28           line.encode!("UTF-8", :invalid => :replace, :undef => :replace, :replace => "?")
  29           if can_ignore?( line, saw_first_seq )
  30
  31           elsif line =~ /^\s*>\s*(.+)/
  32             saw_first_seq = true
  33             add_seq( name, current_seq, msa )
  34             name = $1
  35             current_seq = String.new()
  36           elsif line =~ /^\s*(.+)/
  37             if name.length < 1
  38               error_msg = "format error at: " + line
  39               raise IOError, error_msg
  40             end
  41             # was: seq = $1.rstrip
  42             seq =  $1.gsub(/\s+/, '')
  43             current_seq << seq
  44           else
  45             error_msg = "Unexpected line: " + line
  46             raise IOError, error_msg
  47           end
  48         end
  49       end
  50       add_seq( name, current_seq, msa )
  51       return msa
  52     end
  53
  54     private
  55
  56     def add_seq( name, seq, msa )
  57       if name.length > 0 && seq.length > 0
  58         msa.add( name, seq )
  59       end
  60     end
  61
  62     def can_ignore?( line, saw_first_seq )
  63       return ( line !~ /\S/  ||
  64          line =~ /^\s*#/ ||
  65          ( !saw_first_seq && line =~/^\s*[^>]/ ) )
  66     end
  67
  68   end # class FastaParser
  69
  70 end # module Evoruby