forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/fasta_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/fasta_parser - FastaParser class
   3 #
   4 # Copyright::  Copyright (C) 2006-2007 Christian M. Zmasek
   5 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # $Id: fasta_parser.rb,v 1.11 2010/10/08 22:04:17 cmzmasek Exp $
   8 #
   9 # last modified: 05/17/2007
  10
  11 require 'lib/evo/io/parser/msa_parser'
  12 require 'lib/evo/msa/msa'
  13
  14 require 'iconv'
  15
  16 module Evoruby
  17
  18   class FastaParser < MsaParser
  19
  20     def initialize
  21     end
  22
  23     def parse( path )
  24       Util.check_file_for_readability( path )
  25       msa = Msa.new
  26       current_seq = String.new()
  27       name        = String.new()
  28       saw_first_seq = false
  29       ic = Iconv.new( 'UTF-8//IGNORE', 'UTF-8' )
  30       File.open( path ) do | file |
  31         while line = file.gets
  32           line = ic.iconv( line )
  33           if can_ignore?( line, saw_first_seq )
  34
  35           elsif line =~ /^\s*>\s*(.+)/
  36             saw_first_seq = true
  37             add_seq( name, current_seq, msa )
  38             name = $1
  39             current_seq = String.new()
  40           elsif line =~ /^\s*(.+)/
  41             if name.length < 1
  42               error_msg = "format error at: " + line
  43               raise IOError, error_msg
  44             end
  45             # was: seq = $1.rstrip
  46             seq =  $1.gsub(/\s+/, '')
  47             current_seq << seq
  48           else
  49             error_msg = "Unexpected line: " + line
  50             raise IOError, error_msg
  51           end
  52         end
  53       end
  54       add_seq( name, current_seq, msa )
  55       return msa
  56     end
  57
  58     private
  59
  60     def add_seq( name, seq, msa )
  61       if name.length > 0 && seq.length > 0
  62         msa.add( name, seq )
  63       end
  64     end
  65
  66     def can_ignore?( line, saw_first_seq )
  67       return ( line !~ /\S/  ||
  68          line =~ /^\s*#/ ||
  69          ( !saw_first_seq && line =~/^\s*[^>]/ ) )
  70     end
  71
  72   end # class FastaParser
  73
  74 end # module Evoruby