forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/fasta_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/fasta_parser - FastaParser class
   3 #
   4 # Copyright::  Copyright (C) 20017 Christian M. Zmasek
   5 # License::    GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # last modified: 05/17/2007
   8
   9 require 'lib/evo/io/parser/msa_parser'
  10 require 'lib/evo/msa/msa'
  11
  12 #require 'iconv'
  13
  14 module Evoruby
  15
  16   class FastaParser < MsaParser
  17
  18     def initialize
  19     end
  20
  21     def parse( path )
  22       Util.check_file_for_readability( path )
  23       msa = Msa.new
  24       current_seq = String.new()
  25       name        = String.new()
  26       saw_first_seq = false
  27       ic = Iconv.new( 'UTF-8//IGNORE', 'UTF-8' )
  28       File.open( path ) do | file |
  29         while line = file.gets
  30           line = ic.iconv( line )
  31           if can_ignore?( line, saw_first_seq )
  32
  33           elsif line =~ /^\s*>\s*(.+)/
  34             saw_first_seq = true
  35             add_seq( name, current_seq, msa )
  36             name = $1
  37             current_seq = String.new()
  38           elsif line =~ /^\s*(.+)/
  39             if name.length < 1
  40               error_msg = "format error at: " + line
  41               raise IOError, error_msg
  42             end
  43             # was: seq = $1.rstrip
  44             seq =  $1.gsub(/\s+/, '')
  45             current_seq << seq
  46           else
  47             error_msg = "Unexpected line: " + line
  48             raise IOError, error_msg
  49           end
  50         end
  51       end
  52       add_seq( name, current_seq, msa )
  53       return msa
  54     end
  55
  56     private
  57
  58     def add_seq( name, seq, msa )
  59       if name.length > 0 && seq.length > 0
  60         msa.add( name, seq )
  61       end
  62     end
  63
  64     def can_ignore?( line, saw_first_seq )
  65       return ( line !~ /\S/  ||
  66          line =~ /^\s*#/ ||
  67          ( !saw_first_seq && line =~/^\s*[^>]/ ) )
  68     end
  69
  70   end # class FastaParser
  71
  72 end # module Evoruby