forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/general_msa_parser.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/general_msa_parser - GeneralMsaParser class
   3 #
   4 # Copyright::    Copyright (C) 2017 Christian M. Zmasek
   5 # License::      GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # Last modified: 2017/02/07
   8
   9 require 'lib/evo/io/parser/msa_parser'
  10 require 'lib/evo/msa/msa'
  11
  12 module Evoruby
  13   class GeneralMsaParser < MsaParser
  14     def initialize
  15     end
  16
  17     def parse( path )
  18       Util.check_file_for_readability( path )
  19       block                       = -1
  20       current_seq_index_per_block = -1
  21       current_name                = nil
  22       saw_ignorable = true
  23       is_first      = true
  24       msa = Msa.new
  25
  26       File.open( path ) do | file |
  27         while line = file.gets
  28           line.encode!("UTF-8", :invalid => :replace, :undef => :replace, :replace => "?")
  29           if can_ignore?( line )
  30             saw_ignorable = true
  31           elsif ( is_first && is_program_name_line?( line ) )
  32           elsif( line =~ /^\S+\s+.+\s*$/ || line =~ /^\s+.+\s*$/ || line =~ /^\S+\s*$/ )
  33             if ( saw_ignorable )
  34               block += 1
  35               current_seq_index_per_block = -1
  36               saw_ignorable = false
  37             end
  38             current_seq_index_per_block += 1
  39             if ( line =~ /^(\S+)\s+(.+?)\s*$/ )
  40               name = $1
  41               seq  = $2.gsub( /\s/, '.' )
  42               a = msa.find_by_name( name, false, false )
  43               if ( a.length < 1 )
  44                 msa.add( name, seq )
  45               elsif ( a.length == 1 )
  46                 msa.get_sequence( a[ 0 ] ).append!( seq )
  47               else
  48                 error_msg = "Unexpected error at line: " + line
  49                 raise IOError, error_msg
  50               end
  51               current_name = name
  52             elsif ( line =~ /^\s+(.+?)\s*$/ )
  53               seq = $1.gsub( /\s/, '.' )
  54               a = msa.find_by_name( current_name, false, false )
  55               if ( a.length != 1  )
  56                 error_msg = "Unexpected error at line: " + line
  57                 raise IOError, error_msg
  58               else
  59                 msa.get_sequence( a[ 0 ] ).append!( seq )
  60               end
  61
  62             elsif ( line =~ /^(\S+)\s*$/ )
  63               seq = $1
  64               if block == 0
  65                 error_msg = "First block cannot contain unnamed sequences"
  66                 raise IOError, error_msg
  67               else
  68                 msa.get_sequence( current_seq_index_per_block ).append!( seq )
  69               end
  70               current_name = nil
  71             end
  72           else
  73             error_msg = "Unexpected line: " + line
  74             raise IOError, error_msg
  75           end
  76           if ( is_first )
  77             is_first = false
  78           end
  79         end
  80       end
  81       return msa
  82     end # def parse( path )
  83
  84     private
  85
  86     def can_ignore?( line )
  87       return ( line !~ /[A-Za-z\-?\*_\.]/ ||
  88       line =~ /^\s+[*\.:]/ ||
  89       line =~ /^\s*#/ ||
  90       line =~ /^\s*%/ ||
  91       line =~ /^\s*\/\// ||
  92       line =~ /^\s*!!/  )
  93     end
  94
  95     def is_program_name_line?( line )
  96       return ( line =~ /^CLUSTAL\s/ ||
  97       line =~ /^MUSCLE\s\(/ ||
  98       line =~ /^PROBCONS\s/ )
  99     end
 100   end # class GeneralMsaParser
 101
 102 end # module Evoruby