forester/ruby/evoruby/lib/evo/io/parser/hmmscan_domain_extractor.rb

   1 #
   2 # = lib/evo/io/parser/hmmscan_domain_extractor.rb - HmmscanDomainExtractor class
   3 #
   4 # Copyright::    Copyright (C) 2017 Christian M. Zmasek
   5 # License::      GNU Lesser General Public License (LGPL)
   6 #
   7 # Last modified: 2017/02/20
   8
   9 require 'lib/evo/util/constants'
  10 require 'lib/evo/msa/msa_factory'
  11 require 'lib/evo/io/msa_io'
  12 require 'lib/evo/io/writer/fasta_writer'
  13 require 'lib/evo/io/parser/fasta_parser'
  14 require 'lib/evo/io/parser/hmmscan_parser'
  15
  16 module Evoruby
  17   class HmmscanDomainExtractor
  18
  19     ADD_TO_CLOSE_PAIRS = 0
  20     def initialize
  21     end
  22
  23     # raises ArgumentError, IOError, StandardError
  24     def parse( domain_id,
  25       hmmscan_output,
  26       fasta_sequence_file,
  27       outfile,
  28       passed_seqs_outfile,
  29       failed_seqs_outfile,
  30       e_value_threshold,
  31       length_threshold,
  32       add_position,
  33       add_domain_number,
  34       add_species,
  35       min_linker,
  36       log )
  37
  38       Util.check_file_for_readability( hmmscan_output )
  39       Util.check_file_for_readability( fasta_sequence_file )
  40       Util.check_file_for_writability( outfile + ".fasta" )
  41       Util.check_file_for_writability( passed_seqs_outfile )
  42       Util.check_file_for_writability( failed_seqs_outfile )
  43
  44       in_msa = nil
  45       factory = MsaFactory.new()
  46       in_msa = factory.create_msa_from_file( fasta_sequence_file, FastaParser.new() )
  47
  48       if ( in_msa == nil || in_msa.get_number_of_seqs() < 1 )
  49         error_msg = "could not find fasta sequences in " + fasta_sequence_file
  50         raise IOError, error_msg
  51       end
  52
  53       out_msa = Msa.new
  54
  55       failed_seqs = Msa.new
  56       passed_seqs = Msa.new
  57       out_msa_pairs = nil
  58       out_msa_isolated = nil
  59       out_msa_singles = nil
  60       out_msa_single_domains_protein_seqs = nil
  61       out_msa_close_pairs_protein_seqs = nil
  62       out_msa_close_pairs_only_protein_seqs = nil
  63       out_msa_isolated_protein_seqs = nil
  64       out_msa_isolated_only_protein_seqs = nil
  65       out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs = nil
  66       if min_linker
  67         out_msa_pairs = Msa.new
  68         out_msa_isolated = Msa.new
  69         out_msa_singles = Msa.new
  70         out_msa_single_domains_protein_seqs = Msa.new
  71         out_msa_close_pairs_protein_seqs = Msa.new
  72         out_msa_close_pairs_only_protein_seqs = Msa.new
  73         out_msa_isolated_protein_seqs = Msa.new
  74         out_msa_isolated_only_protein_seqs = Msa.new
  75         out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs  = Msa.new
  76       end
  77
  78       ld = Constants::LINE_DELIMITER
  79
  80       domain_pass_counter                = 0
  81       domain_fail_counter                = 0
  82       passing_domains_per_protein        = 0
  83       proteins_with_failing_domains      = 0
  84       domain_not_present_counter         = 0
  85       protein_counter                    = 1
  86       max_domain_copy_number_per_protein = -1
  87       max_domain_copy_number_sequence    = ""
  88       passing_target_length_sum          = 0
  89       overall_target_length_sum          = 0
  90       overall_target_length_min          = 10000000
  91       overall_target_length_max          = -1
  92       passing_target_length_min          = 10000000
  93       passing_target_length_max          = -1
  94
  95       overall_target_ie_min          = 10000000
  96       overall_target_ie_max          = -1
  97       passing_target_ie_min          = 10000000
  98       passing_target_ie_max          = -1
  99
 100       hmmscan_datas = []
 101
 102       hmmscan_parser = HmmscanParser.new( hmmscan_output )
 103       results = hmmscan_parser.parse
 104
 105       prev_query = nil
 106       saw_target = false
 107
 108       results.each do | r |
 109
 110         if ( prev_query != nil ) && ( r.query != prev_query )
 111           protein_counter += 1
 112           passing_domains_per_protein = 0
 113           if !saw_target
 114             log << domain_not_present_counter.to_s + ": " + prev_query.to_s + " lacks target domain" + ld
 115             domain_not_present_counter += 1
 116           end
 117           saw_target = false
 118         end
 119
 120         prev_query = r.query
 121
 122         if domain_id != r.model
 123           next
 124         end
 125
 126         saw_target = true
 127
 128         sequence  = r.query
 129         number    = r.number
 130         out_of    = r.out_of
 131         env_from  = r.env_from
 132         env_to    = r.env_to
 133         i_e_value = r.i_e_value
 134         prev_query = r.query
 135
 136         length = 1 + env_to - env_from
 137
 138         overall_target_length_sum += length
 139         if length > overall_target_length_max
 140           overall_target_length_max = length
 141         end
 142         if length < overall_target_length_min
 143           overall_target_length_min = length
 144         end
 145
 146         if i_e_value > overall_target_ie_max
 147           overall_target_ie_max = i_e_value
 148         end
 149         if i_e_value < overall_target_ie_min
 150           overall_target_ie_min = i_e_value
 151         end
 152
 153         if ( ( ( e_value_threshold < 0.0 ) || ( i_e_value <= e_value_threshold ) ) &&
 154         ( ( length_threshold <= 0 ) || ( length >= length_threshold.to_f ) ) )
 155           hmmscan_datas << HmmsearchData.new( sequence, number, out_of, env_from, env_to, i_e_value )
 156           passing_target_length_sum += length
 157           passing_domains_per_protein += 1
 158           if length > passing_target_length_max
 159             passing_target_length_max = length
 160           end
 161           if length < passing_target_length_min
 162             passing_target_length_min = length
 163           end
 164           if i_e_value > passing_target_ie_max
 165             passing_target_ie_max = i_e_value
 166           end
 167           if i_e_value < passing_target_ie_min
 168             passing_target_ie_min = i_e_value
 169           end
 170           if ( passing_domains_per_protein > max_domain_copy_number_per_protein )
 171             max_domain_copy_number_sequence    = sequence
 172             max_domain_copy_number_per_protein = passing_domains_per_protein
 173           end
 174         else # no pass
 175           log << domain_fail_counter.to_s + ": " + sequence.to_s + " fails threshold(s)"
 176           if ( ( e_value_threshold.to_f >= 0.0 ) && ( i_e_value > e_value_threshold ) )
 177             log << " iE=" + i_e_value.to_s
 178           end
 179           if ( ( length_threshold.to_f > 0 ) && ( env_to - env_from + 1 ) < length_threshold.to_f )
 180             le = env_to - env_from + 1
 181             log << " l=" + le.to_s
 182           end
 183           log << ld
 184           domain_fail_counter += 1
 185         end
 186
 187         if number > out_of
 188           error_msg = "number > out_of (this should not have happened)"
 189           raise StandardError, error_msg
 190         end
 191
 192         if number == out_of
 193           if !hmmscan_datas.empty?
 194             process_hmmscan_datas( hmmscan_datas,
 195             in_msa,
 196             add_position,
 197             add_domain_number,
 198             add_species,
 199             out_msa,
 200             out_msa_singles,
 201             out_msa_pairs,
 202             out_msa_isolated,
 203             min_linker,
 204             out_msa_single_domains_protein_seqs,
 205             out_msa_close_pairs_protein_seqs,
 206             out_msa_close_pairs_only_protein_seqs,
 207             out_msa_isolated_protein_seqs,
 208             out_msa_isolated_only_protein_seqs,
 209             out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs )
 210             domain_pass_counter += hmmscan_datas.length
 211             if passed_seqs.find_by_name_start( sequence, true ).length < 1
 212               add_sequence( sequence, in_msa, passed_seqs )
 213             else
 214               error_msg = "this should not have happened"
 215               raise StandardError, error_msg
 216             end
 217           else # no pass
 218             if failed_seqs.find_by_name_start( sequence, true ).length < 1
 219               add_sequence( sequence, in_msa, failed_seqs )
 220               proteins_with_failing_domains += 1
 221             else
 222               error_msg = "this should not have happened"
 223               raise StandardError, error_msg
 224             end
 225           end
 226           hmmscan_datas.clear
 227         end
 228
 229       end # results.each do | r |
 230
 231       if (prev_query != nil) && (!saw_target)
 232         log << domain_not_present_counter.to_s + ": " + prev_query.to_s + " lacks target domain" + ld
 233         domain_not_present_counter += 1
 234       end
 235
 236       if domain_pass_counter < 1
 237         error_msg = "no domain sequences were extracted"
 238         raise IOError, error_msg
 239       end
 240
 241       if ( domain_not_present_counter + passed_seqs.get_number_of_seqs + proteins_with_failing_domains ) != protein_counter
 242         error_msg = "not present + passing + not passing != proteins in sequence (fasta) file (this should not have happened)"
 243         raise StandardError, error_msg
 244       end
 245
 246       puts
 247       log << ld
 248
 249       log << ld
 250       avg_pass = ( passing_target_length_sum / domain_pass_counter )
 251       puts( "Passing target domain lengths: average: " + avg_pass.to_s  )
 252       log << "Passing target domain lengths: average: " + avg_pass.to_s
 253       log << ld
 254       puts( "Passing target domain lengths: min-max: " + passing_target_length_min.to_s + " - "  + passing_target_length_max.to_s)
 255       log << "Passing target domain lengths: min-max: " + passing_target_length_min.to_s + " - "  + passing_target_length_max.to_s
 256       log << ld
 257       puts( "Passing target domain iE:      min-max: " + passing_target_ie_min.to_s + " - "  + passing_target_ie_max.to_s)
 258       log << "Passing target domain iE:      min-max: " + passing_target_ie_min.to_s + " - "  + passing_target_ie_max.to_s
 259       log << ld
 260       puts( "Passing target domains:            sum: " + domain_pass_counter.to_s  )
 261       log << "Passing target domains:            sum: " + domain_pass_counter.to_s
 262       log << ld
 263       log << ld
 264       puts
 265       sum = domain_pass_counter + domain_fail_counter
 266       avg_all = overall_target_length_sum / sum
 267       puts( "All target domain lengths:     average: " + avg_all.to_s  )
 268       log << "All target domain lengths:     average: " + avg_all.to_s
 269       log << ld
 270       puts( "All target domain lengths:     min-max: " + overall_target_length_min.to_s + " - "  + overall_target_length_max.to_s)
 271       log << "All target domain lengths:     min-max: " + overall_target_length_min.to_s + " - "  + overall_target_length_max.to_s
 272       log << ld
 273       puts( "All target target domain iE:   min-max: " + overall_target_ie_min.to_s + " - "  + overall_target_ie_max.to_s)
 274       log << "All target target domain iE:   min-max: " + overall_target_ie_min.to_s + " - "  + overall_target_ie_max.to_s
 275       log << ld
 276       puts( "All target domains:                sum: " + sum.to_s  )
 277       log << "All target domains:                sum: " + sum.to_s
 278
 279       puts
 280       puts( "Proteins with passing target domain(s): " + passed_seqs.get_number_of_seqs.to_s )
 281       puts( "Proteins with no passing target domain: " + proteins_with_failing_domains.to_s )
 282       puts( "Proteins with no target domain        : " + domain_not_present_counter.to_s )
 283
 284       log << ld
 285       log << ld
 286       puts
 287       puts( "Max target domain copy number per protein: " + max_domain_copy_number_per_protein.to_s )
 288       log << "Max target domain copy number per protein: " + max_domain_copy_number_per_protein.to_s
 289       log << ld
 290
 291       if ( max_domain_copy_number_per_protein > 1 )
 292         puts( "First target protein with this copy number: " + max_domain_copy_number_sequence )
 293         log << "First target protein with this copy number: " + max_domain_copy_number_sequence
 294         log << ld
 295       end
 296
 297       write_msa( out_msa, outfile + ".fasta"  )
 298       write_msa( passed_seqs, passed_seqs_outfile )
 299       write_msa( failed_seqs, failed_seqs_outfile )
 300
 301       if out_msa_pairs
 302         write_msa( out_msa_pairs, outfile + "_" + min_linker.to_s + ".fasta")
 303       end
 304
 305       if out_msa_singles
 306         write_msa( out_msa_singles, outfile + "_singles.fasta")
 307       end
 308
 309       if out_msa_isolated
 310         write_msa( out_msa_isolated, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_isolated.fasta");
 311       end
 312
 313       if out_msa_single_domains_protein_seqs
 314         write_msa( out_msa_single_domains_protein_seqs, outfile + "_proteins_with_singles.fasta" )
 315       end
 316
 317       if out_msa_close_pairs_protein_seqs
 318         write_msa( out_msa_close_pairs_protein_seqs, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_proteins_close_pairs.fasta" )
 319       end
 320
 321       if out_msa_close_pairs_only_protein_seqs
 322         write_msa( out_msa_close_pairs_only_protein_seqs, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_proteins_with_close_pairs_only.fasta" )
 323       end
 324
 325       if  out_msa_isolated_protein_seqs
 326         write_msa(  out_msa_isolated_protein_seqs, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_proteins_with_isolated_domains.fasta" )
 327       end
 328
 329       if out_msa_isolated_only_protein_seqs
 330         write_msa( out_msa_isolated_only_protein_seqs, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_proteins_with_isolated_domains_only.fasta" )
 331       end
 332
 333       if out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs
 334         write_msa( out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs, outfile + "_" + min_linker.to_s + "_proteins_with_isolated_and_close_pairs.fasta" )
 335       end
 336
 337       if min_linker
 338         if ( out_msa_single_domains_protein_seqs.get_number_of_seqs +
 339         out_msa_close_pairs_only_protein_seqs.get_number_of_seqs +
 340         out_msa_isolated_only_protein_seqs.get_number_of_seqs +
 341         out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs.get_number_of_seqs ) != passed_seqs.get_number_of_seqs
 342           error_msg = "this should not have happened"
 343           raise StandardError, error_msg
 344         end
 345       end
 346
 347       log << ld
 348       log << "passing target domains                       : " + domain_pass_counter.to_s + ld
 349       log << "failing target domains                       : " + domain_fail_counter.to_s + ld
 350       log << "proteins in sequence (fasta) file            : " + in_msa.get_number_of_seqs.to_s + ld
 351       log << "proteins in hmmscan outputfile               : " + protein_counter.to_s + ld
 352       log << "proteins with passing target domain(s)       : " + passed_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 353       log << "proteins with no passing target domain       : " + proteins_with_failing_domains.to_s + ld
 354       log << "proteins with no target domain               : " + domain_not_present_counter.to_s + ld
 355       if min_linker
 356         log << "min linker length                            : " + min_linker.to_s + ld
 357         log << "single domains                               : " + out_msa_singles.get_number_of_seqs.to_s + ld
 358         log << "domains in close pairs                       : " + (2 * out_msa_pairs.get_number_of_seqs).to_s + ld
 359         log << "isolated domains                             : " + out_msa_isolated.get_number_of_seqs.to_s + ld
 360         log << "proteins with single domains                 : " + out_msa_single_domains_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 361         log << "proteins with close pair domains             : " + out_msa_close_pairs_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 362         log << "proteins with close pair domains only        : " + out_msa_close_pairs_only_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 363         log << "proteins with isolated domains               : " + out_msa_isolated_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 364         log << "proteins with isolated domains only          : " + out_msa_isolated_only_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 365         log << "proteins with close pair and isolated domains: " + out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs.get_number_of_seqs.to_s + ld
 366       end
 367
 368       log << ld
 369
 370       return domain_pass_counter
 371
 372     end # parse
 373
 374     private
 375
 376     def write_msa( msa, filename )
 377       io = MsaIO.new()
 378       w = FastaWriter.new()
 379       w.set_line_width( 60 )
 380       w.clean( true )
 381       begin
 382         io.write_to_file( msa, filename, w )
 383       rescue Exception
 384         error_msg = "could not write to \"" + filename + "\""
 385         raise IOError, error_msg
 386       end
 387     end
 388
 389     def add_sequence( sequence_name, in_msa, add_to_msa )
 390       seqs = in_msa.find_by_name_start( sequence_name, true )
 391       if ( seqs.length < 1 )
 392         error_msg = "sequence \"" + sequence_name + "\" not found in sequence file"
 393         raise StandardError, error_msg
 394       end
 395       if ( seqs.length > 1 )
 396         error_msg = "sequence \"" + sequence_name + "\" not unique in sequence file"
 397         raise StandardError, error_msg
 398       end
 399       seq = in_msa.get_sequence( seqs[ 0 ] )
 400       add_to_msa.add_sequence( seq )
 401     end
 402
 403     def process_hmmscan_datas( hmmscan_datas,
 404       in_msa,
 405       add_position,
 406       add_domain_number,
 407       add_species,
 408       out_msa,
 409       out_msa_singles,
 410       out_msa_pairs,
 411       out_msa_isolated,
 412       min_linker,
 413       out_msa_single_domains_protein_seqs,
 414       out_msa_close_pairs_protein_seqs,
 415       out_msa_close_pairs_only_protein_seqs,
 416       out_msa_isolated_protein_seqs,
 417       out_msa_isolated_only_protein_seqs,
 418       out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs )
 419
 420       actual_out_of = hmmscan_datas.size
 421       saw_close_pair = false
 422       saw_isolated = false
 423
 424       seq_name = ""
 425       prev_seq_name = nil
 426
 427       hmmscan_datas.each_with_index do |hmmscan_data, index|
 428         if hmmscan_data.number < ( index + 1 )
 429           error_msg = "hmmscan_data.number < ( index + 1 ) (this should not have happened)"
 430           raise StandardError, error_msg
 431         end
 432
 433         seq_name =  hmmscan_data.seq_name
 434
 435         extract_domain( seq_name,
 436         index + 1,
 437         actual_out_of,
 438         hmmscan_data.env_from,
 439         hmmscan_data.env_to,
 440         in_msa,
 441         out_msa,
 442         add_position,
 443         add_domain_number,
 444         add_species )
 445
 446         if min_linker
 447           if actual_out_of == 1
 448             extract_domain( seq_name,
 449             1,
 450             1,
 451             hmmscan_data.env_from,
 452             hmmscan_data.env_to,
 453             in_msa,
 454             out_msa_singles,
 455             add_position,
 456             add_domain_number,
 457             add_species )
 458             if out_msa_single_domains_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 459               add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_single_domains_protein_seqs )
 460             else
 461               error_msg = "this should not have happened"
 462               raise StandardError, error_msg
 463             end
 464
 465           else
 466             first = index == 0
 467             last = index == hmmscan_datas.length - 1
 468
 469             if ( ( first && ( ( hmmscan_datas[ index + 1 ].env_from - hmmscan_data.env_to ) > min_linker) )  ||
 470             ( last && ( ( hmmscan_data.env_from - hmmscan_datas[ index - 1 ].env_to ) > min_linker ) ) ||
 471             ( !first && !last &&  ( ( hmmscan_datas[ index + 1 ].env_from - hmmscan_data.env_to ) > min_linker ) &&
 472             ( ( hmmscan_data.env_from - hmmscan_datas[ index - 1 ].env_to ) > min_linker ) ) )
 473
 474               extract_domain( seq_name,
 475               index + 1,
 476               actual_out_of,
 477               hmmscan_data.env_from,
 478               hmmscan_data.env_to,
 479               in_msa,
 480               out_msa_isolated,
 481               add_position,
 482               add_domain_number,
 483               add_species )
 484               saw_isolated = true
 485
 486             elsif !first
 487
 488               from = hmmscan_datas[ index - 1 ].env_from
 489               to = hmmscan_data.env_to
 490
 491               if ADD_TO_CLOSE_PAIRS > 0
 492                 from = from - ADD_TO_CLOSE_PAIRS
 493                 if from < 1
 494                   from = 1
 495                 end
 496                 to = to + ADD_TO_CLOSE_PAIRS
 497                 temp_seqs = in_msa.find_by_name_start( seq_name, true )
 498                 temp_seq = in_msa.get_sequence( temp_seqs[ 0 ] )
 499                 if to >  temp_seq.get_length
 500                   to =  temp_seq.get_length
 501                 end
 502               end
 503
 504               extract_domain( seq_name,
 505               index.to_s  + "+" + ( index + 1 ).to_s,
 506               actual_out_of,
 507               from,
 508               to,
 509               in_msa,
 510               out_msa_pairs,
 511               add_position,
 512               add_domain_number,
 513               add_species )
 514               saw_close_pair = true
 515             end
 516           end
 517         end
 518         if prev_seq_name && prev_seq_name != seq_name
 519           error_msg = "this should not have happened"
 520           raise StandardError, error_msg
 521         end
 522         prev_seq_name = seq_name
 523       end # each
 524       if saw_isolated
 525         if out_msa_isolated_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 526           add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_isolated_protein_seqs )
 527         else
 528           error_msg = "this should not have happened"
 529           raise StandardError, error_msg
 530         end
 531       end
 532       if saw_close_pair
 533         if out_msa_close_pairs_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 534           add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_close_pairs_protein_seqs )
 535         else
 536           error_msg = "this should not have happened"
 537           raise StandardError, error_msg
 538         end
 539       end
 540       if saw_close_pair && saw_isolated
 541         if out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 542           add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_isolated_and_close_pair_protein_seqs )
 543         else
 544           error_msg = "this should not have happened"
 545           raise StandardError, error_msg
 546         end
 547       elsif saw_close_pair
 548         if out_msa_close_pairs_only_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 549           add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_close_pairs_only_protein_seqs )
 550         else
 551           error_msg = "this should not have happened"
 552           raise StandardError, error_msg
 553         end
 554       elsif saw_isolated
 555         if out_msa_isolated_only_protein_seqs.find_by_name_start( seq_name, true ).length < 1
 556           add_sequence( seq_name, in_msa, out_msa_isolated_only_protein_seqs )
 557         else
 558           error_msg = "this should not have happened"
 559           raise StandardError, error_msg
 560         end
 561       end
 562     end # def process_hmmscan_data
 563
 564     def extract_domain( sequence,
 565       number,
 566       out_of,
 567       seq_from,
 568       seq_to,
 569       in_msa,
 570       out_msa,
 571       add_position,
 572       add_domain_number,
 573       add_species )
 574       if number.is_a?( Fixnum ) && ( number < 1 || out_of < 1 || number > out_of )
 575         error_msg = "number=" + number.to_s + ", out of=" + out_of.to_s
 576         raise StandardError, error_msg
 577       end
 578       if seq_from < 1 || seq_to < 1 || seq_from >= seq_to
 579         error_msg = "impossible: seq-from=" + seq_from.to_s + ", seq-to=" + seq_to.to_s
 580         raise StandardError, error_msg
 581       end
 582       seqs = in_msa.find_by_name_start( sequence, true )
 583       if seqs.length < 1
 584         error_msg = "sequence \"" + sequence + "\" not found in sequence file"
 585         raise IOError, error_msg
 586       end
 587       if seqs.length > 1
 588         error_msg = "sequence \"" + sequence + "\" not unique in sequence file"
 589         raise IOError, error_msg
 590       end
 591       # hmmscan is 1 based, whereas sequences are 0 bases in this package.
 592       seq = in_msa.get_sequence( seqs[ 0 ] ).get_subsequence( seq_from - 1, seq_to - 1 )
 593
 594       orig_name = seq.get_name
 595
 596       seq.set_name( orig_name.split[ 0 ] )
 597
 598       if add_position
 599         seq.set_name( seq.get_name + "_" + seq_from.to_s + "-" + seq_to.to_s )
 600       end
 601
 602       if out_of != 1 && add_domain_number
 603         seq.set_name( seq.get_name + "~" + number.to_s + "-" + out_of.to_s )
 604       end
 605
 606       if add_species
 607         a = orig_name.rindex "["
 608         b = orig_name.rindex "]"
 609         unless a && b
 610           error_msg = "species not found in " + orig_name
 611           raise StandardError, error_msg
 612         end
 613         species = orig_name[ a .. b ]
 614         seq.set_name( seq.get_name + " " + species )
 615       end
 616       out_msa.add_sequence( seq )
 617     end
 618
 619     def is_ignorable?( line )
 620       return ( line !~ /[A-Za-z0-9-]/ || line =~/^#/ )
 621     end
 622
 623   end # class HmmscanDomainExtractor
 624
 625   class HmmsearchData
 626     def initialize( seq_name, number, out_of, env_from, env_to, i_e_value )
 627       @seq_name = seq_name
 628       @number = number
 629       @out_of = out_of
 630       @env_from = env_from
 631       @env_to = env_to
 632       @i_e_value = i_e_value
 633     end
 634     attr_reader :seq_name, :number, :out_of, :env_from, :env_to, :i_e_value
 635   end
 636
 637 end # module Evoruby
 638